Les populations sauvages de truites communes sont fortement structurées à l’échelle européenne, avec de fortes différenciations génétiques entre les populations du nord et du sud
(Antunes et al. 2002; Cortey et al. 2009). L’emploi de l’ADN mitochondrial, et plus
particulièrement de la région de contrôle ou D-loop, a permis de révéler l’existence de cinq lignées évolutives majeures : atlantique (AT), méditerranéenne (ME), adriatique (AD), danubienne (DA), et Marmoratus (MA)(Bernatchez et al. 1992; Antunes et al. 2002) (Figure 11)
- 70 - Figure 11 : Distribution géographique des cinq lignées évolutives de l’espèce Salmo trutta L. issus de l’analyse de l’ADN mitochondrial (issus de Antunes et al. (2002)produit à partir de(Bernatchez et al. 1992) ).
Une sixième lignée évolutive, le Duero, a été mise en évidence par Suárez et al. (2001). Cette
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On peut identifier au sein de la lignée atlantique plus particulièrement, 3 haplotypes (clade AT
3-1, AT 3-2, AT 3-3) (Cortey et al. 2009). Le clade Atlantique AT-3-2 a la particularité d’être
subdivisé en trois sous-clade (2-4, 2-5, 2-6) (Cortey et al. 2009). Ceux-ci se distribuent
spatialement sur toute l’Europe, néanmoins tous se trouvent présents entre la Mer Cantabrique et le sud de la France, cette aire
constitue une limite
géographique de distribution des clades entre le nord et le sud. Le nord de l’Europe est caractérisé
majoritairement par deux
haplotypes (Clade AT3-1, clade AT3-2-4, Figure 12). Alors que les
populations du sud sont
caractérisées quant à elles, par
deux autres haplotypes
atlantiques (Clade 3-2-5 et Clade 3-3, Figure 13) et la lignée du Duero (Figure 12). Quant au clade AT-3-2-6 il a la particularité de se localiser au sud de la France (Figure 12).
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igure 12: Distribution géographique des différents haplotypes de la lignée atlantique de l’espèce Salmo trutta L. issu de l’analyse de l’ADN mitochondrial (issu de(Cortey et al. 2009))
Au niveau local, dans le bassin de l’Adour, Aurelle et al. (2001) utilise l’ADN mitochondrial pour
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La lignée I correspond aux haplotypes DA, DB et DC (Figure 13, (Aurelle & Berrebi 2001)). Ceux-ci correspondent, aux haplotypes 3-1 et 3-2-4 de l’étude Cortey et al. (2009). On les retrouve dans le bassin hydrogéographique de l’Adour et plus particulièrement dans les Nives, les Gaves (ici le Gave de Pau) et dans l’Adour Amont (Figure 13).
La lignée II regroupe les haplotypes AE+BB (Figure 13, (Aurelle & Berrebi 2001)) qui correspondent quant à eux aux haplotypes 3-2-5 et 3-2-6 . Ceux-ci et donc la lignée II sont localisés majoritairement dans les bassins de la Nivelle et de l’Untxin (Figure 13, (Aurelle &
Berrebi 2001)) . D’autres haplotypes ont été détectés dans l’étude de Aurelle et al. (2001) mais
en moindre proportion que ceux des lignées I et II. En se référant à
l’article de Cortey et al.
(2009), on détecte dans la Nivelle et les Nives des haplotypes
correspondant aux clades 3-2-5 et 3-2-6, tandis que les autres haplotypes détectés dans l’Adour correspondent aux clades 3-1 et 3-2-4.
Figure 13Distribution géographique des différents haplotypes de la lignée atlantique de l’espèce Salmo trutta L. issus de l’analyse de l’ADN mitochondrial dans le Sud-Ouest de la France (issus de Aurelle et al. (2001))
L’aire de la mer Cantabrique et le sud de la France qui comprend le bassin de l’Adour peuvent-être ainsi considérés comme, constituant une aire géographique majeure pour la différenciation
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de la lignée atlantique (Cortey et al. 2009) laquelle semble avoir eu lieu après la différenciation des principales lignées évolutives européennes (Aurelle & Berrebi 2001).
L’analyse du polymorphisme nucléaire, et plus particulièrement le locus de la LDH, codant pour de la lactate déshydrogénase spécifique de l’œil, met également en exergue que le nord-ouest de l’Europe a été colonisé indépendamment par deux lignées de truite commune.(Hamilton et al. 1989). L’une, qualifiée d’ancestrale, porteuse de l’allèle *100, et l’autre qualifiée de moderne, porteuse de l’allèle *90. La distribution spatiale de ces allèles montre une prédominance de l’allèle *90 au nord-ouest de l’Europe par rapport à l’allèle *100 qui est minoritaire dans cette région (Hamilton et al. 1989) et majoritaire au sud de la façade atlantique (Hamilton et al. 1989). L’étude deHynes et al. (1996)utilisant l’ADN mitochondrial suggère que le modèle de colonisation peut être plus complexe et comprend la survenue de plus de deux évènements de colonisation. Garcia-Marin et al. (1999b) propose, sur la base de la variation allozimique, que le nord-ouest de l’Europe a été recolonisé par trois lignées issues de différents refuges glaciaires: la lignée Nord-Ouest atlantique, la lignée Sud-Nord-Ouest Atlantique, et la lignée Ponto-Caspienne .Bernatchez (2001)quant à lui corrobore le processus de recolonisation par trois lignées en réfutant la recolonisation par une lignée Ponto-caspienne, tout en émettant l’hypothèse de la contribution
de la péninsule Ibérique à la recolonisation. Mais, Weiss et al. (2000)l’infirme car les haplotypes
trouvés dans les rivières portugaises ne sont retrouvés nulle part ailleurs, ceci suppose que ces populations portugaises ont eu peu d’échanges avec les autres populations du bassin atlantique. Il émet donc l’hypothèse que la dispersion postglaciaire de la truite commune au nord de l’Europe est géographiquement plus limitée et, plus précisément, que les populations de l’Atlantique nord proviendraient de refuges glaciaires localisés au nord de la péninsule Ibérique. Cette hypothèse est soutenue par Aurelle et al. (2002) qui explique que le sud-ouest de la France
n’était pas prisonnier des glaces durant la dernière période glaciaire. Aurelle et al. (2002)ajoute
également que la distribution des différentes lignées ne correspond pas au scénario dans lequel une lignée moderne remplace une lignée ancestrale. Ainsi les populations du sud de la France auraient contribué à la recolonisation du nord de l’Europe avec d’autres lignées atlantiques
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(Aurelle et al. 2002), tandis que la prédominance de l’allèle *100 dans les populations de l’est du bassin de l’Adour pourrait provenir du sud puisque cet allèle est majoritaire en Espagne et serait venu en second contact avec les populations possédant l’allèle *90 présentes avant la dernière glaciation (Aurelle et al. 2002).