Formation des complexes de transcription 42!

Pour les différents types d’ARN transcrits, il existe trois principaux types de promoteurs spécifiques de la PolIII (Geiduschek and Kassavetis, 2001; Schramm and Hernandez, 2002; Dieci et al., 2007). Les promoteurs de la plupart des gènes transcrits par la PolIII incluent des régions de contrôle internes (ICRs) qui sont des structures intragéniques

discontinues composées de blocs de séquences essentielles séparés par des nucléotides non- essentiels. Les séquences ICRs sont hautement conservées entre les différents gènes et les différentes espèces.

Un des premiers promoteurs caractérisés de la PolIII est celui des gènes codant pour l’ARNr5S de X. laevis (Bogenhagen et al., 1980; Sakonju et al., 1980; Schramm and Hernandez, 2002; Dieci et al., 2007). Il est classé comme étant le promoteur de type 1 et ses ICRs comprennent trois éléments distincts : une boîte A, un élément intermédiaire (IE) et une boîte C. Dans les promoteurs de type 1, l'ICR est reconnue par TFIIIA (Engelke et al., 1980; Sakonju et al., 1981). La formation du complexe TFIIIA-ADN permet la liaison de TFIIIC (Lassar et al., 1983), et le recrutement consécutif de TFIIIB, composé de TBP, Brf1 et Bdp1 (Bartholomew et al., 1991; Kassavetis et al., 1991). La liaison de TFIIIB au promoteur permet ensuite le recrutement de l’ARN polymérase III (Figure 11).

La plupart des gènes de classe III, dans lesquels sont inclus les ARNt, les ARN VAs, Alu, EBER, 7SL, B1 et B2, ont des promoteurs de type 2 composé d’une boite A et B intragéniques. La boîte A est localisée plus loin du site d’initiation dans les promoteurs de type 1 que dans ceux de type 2, et l’espace entre les boîtes A et les boîtes B varie en fonction de la localisation de l’intron. La force des promoteurs de type 1 et de type 2 est également affectée par des séquences extragéniques qui, en contraste avec les éléments promoteurs internes, montrent fréquemment peu ou pas de conservation. Dans le cas des promoteurs de type 2, les boîtes A et boîtes B sont reconnues directement par TFIIIC (Lassar et al., 1983). Après la liaison de TFIIIC, la voie de recrutement de la polymérase est similaire à celle des promoteurs de type 1, avec le recrutement consécutif de TFIIIB et de l’ARN polymérase III (Figure 11).

Dans les promoteurs de type 3, comme ceux des gènes de mammifères U6 et 7SK, la transcription est indépendante d’éléments intragéniques et est dictée seulement par des éléments promoteurs externes (Murphy et al., 1986; DAS et al., 1988; KUNKEL and PEDERSON, 1988). Ils sont localisés dans la région 5’ jouxtante du gène et consiste en un élément de séquence proximal (PSE) et une boite TATA en aval. L’expression des gènes dépendants du promoteur de type 3 est augmentée par un élément de séquence distal (DSE), qui contient des sites de liaison aux protéines. L’élément de séquence proximal (PSE) est reconnu par un complexe composé de multiples sous-unités appelées SNAPc (snRNA Activating Protein complex). La boite TATA est reconnue par le composant TBP ayant une activité spécialisée TFIIIB-like (Schramm et al., 2000; Teichmann et al., 2000). La liaison de SNAPc et l’activité TFIIIB-like mène ensuite au recrutement de l’ARN polymérase III. De

façon intéressante, la voie de recrutement dans laquelle TFIIIB est directement recruté sur une boite TATA peut être observée in vitro avec TFIIIB de S. cerevisiae. Ceci révèle un aspect profond de la transcription PolIII, à savoir que, TFIIIB est suffisant pour recruter l’ARN polymérase et dirige quelques cycles de transcription. Par conséquent, TFIIIA, TFIIIC et SNAPc peuvent être vus comme facteurs de recrutement dont la principale fonction est de guider TFIIIB aux différents promoteurs, qui sont capables ensuite de recruter l’ARN polymérase III. Ces trois promoteurs sont requis pour une transcription efficace in vivo (Brow and Guthrie, 1990; ESCHENLAUER et al., 1993) (Figure 11).

En plus de ces trois types décrits, il existe des promoteurs avec des éléments externes et internes (Dieci et al., 2000; Ouyang et al., 2000; Yukawa et al., 2000; Giuliodori et al., 2003). Un exemple d’un tel promoteur hybride est celui du promoteur du gène ARNsn U6 de S. cerevisiae. Ce promoteur contient une boîte A et une boîte B localisées sur une position inhabituelle de 120 pb en aval de la région codante, et une boite TATA localisée en amont du site de départ de la transcription (Figure 11).

Les éléments promoteurs internes

Le transcriptome PolIII utilise un large éventail d’éléments promoteurs dans la région de transcription. Pour la plupart des gènes de classe III, ce sont les boîtes A et boîtes B. La boîte B se trouve à une distance variable (de 30 à 60 pb) en aval de la boîte A, ce qui reflète le rôle de ces deux boîtes dans l'orientation du positionnement du facteur de transcription TFIIIC. TFIIIC dirige ensuite l'association du facteur de transcription TFIIIB sur une séquence d'environ 50 pb en amont du site d'initiation de la transcription.

En plus de la boîte A, la transcription du gène de l’ARNr5S ne requiert non pas la boîte B, mais une boîte C et un élément intermédiaire, reconnue par le facteur de transcription gène-spécifique TFIIIA. Beaucoup de gènes (comme les gènes codant pour l’ARN7SL et les ARN vault) ne sont pas strictement liés aux gènes codant pour les ARNt, ils possèdent des éléments promoteurs internes, des combinaisons boîte A-boîte B ARNt-like qui sont essentielles pour la transcription. Dans d’autres cas, comme RPR1 par exemple, les boîtes A et les boîtes B sont situées à l’intérieur d’une séquence transcrite qui a évolué à partir d’un transcrit mature. Quelquefois, une double boite B est présente en combinaison avec la boite A. Récemment, on a constaté que des boites B interagissent avec TFIIIC et servent comme point de repère du génome qui empêche la diffusion de marques épigénétiques hétérochromatiques dans les génomes (Noma et al., 2006) (Figure 11).

Les éléments promoteurs en amont

Une fois associé de façon stable avec la région 5’ juxtaposante, TFIIIB recrute la PolIII et promeut l’initiation et la réinitiation de la transcription. Un composant clé de TFIIIB, TBP, ou un facteur relié à TBP (TRF1 chez D. melanogaster) interagit avec l’ADN en amont, autour de la position -30. En conséquence, on trouve en amont, de beaucoup de gènes de classe III, une boite TATA ou un élément de séquence TATA-like. L’élément TATA n’est pas seulement essentiel en amont de tous les gènes à qui il manque des éléments promoteurs internes (comme les gènes de l’ARN7SK), mais un élément TATA fonctionnel peut être également nécessaire en amont des gènes contenant la combinaison boite A-boite B. De manière cohérente, des motifs de séquence en amont centrés autour de la région interagissante avec TBP ont été retrouvés en amont des gènes ARNt chez beaucoup d’eucaryotes (Giuliodori et al., 2003). Un élément promoteur en amont bien caractérisé des gènes de classe III est PSE (Proximal Sequence Element) qui interagit avec un facteur composé de plusieurs sous-unités, appelé de façon variable, SNAPc (snRNA activating protein complex), PBP (the peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR)-binding protein) ou PTF (Proximal sequence element-binding transcription factor) (Schramm and Hernandez, 2002). PSE est généralement localisé à environ 20 pb en amont de la boite TATA. Dans les cellules humaines, SNAPc lié à PSE, facilite l’association d'un variant spécifique de TFIIIB à l’ADN par l’intermédiaire de la boîte TATA.

Le niveau d’expression des gènes de classe III avec un promoteur complètement externe basé sur TATA/PSE est augmenté par la présence de DSE (Distal Sequence Element). DSE contient quelques sites de liaisons aux protéines, plus fréquemment un élément SPH et une séquence octamérique recrutant les facteurs de transcription STAF1 (Selenocysteine tRNA gene transcription activating factor 1) et Oct1 (Octamer 1), respectivement. Des sites de liaison en amont pour d'autres facteurs de transcription, comme SP1 (Specificity Protein 1)

et ATF (Activating Transcription Factor) ont été trouvé sporadiquement pour stimuler la transcription de certains gènes de classe III (Figure 11).

L’élément terminateur

La PolIII est unique, car elle termine sa transcription par des résidus T (T>4 chez les vertébrés et T>5 chez la levure) en absence de facteurs accessoires (Braglia et al., 2005) (Figure 11).

Figure 11. Les différents promoteurs de l'ARN polymérase III et ses composants (d'après Teichmann et al., 2010). (A) Les types de promoteurs de l'ARN polymérase III chez les Hommes (Hs), Drosophila melanogaster (Dm), et Saccharomyces cerevisiae (Sc). Les promoteurs de type 1 et 2 sont similaires, mais les promoteurs U6 sont différents dans les trois espèces. (B) Les promoteurs et les facteurs de transcription de la machinerie de transcription PolIII humaine.

2.2.2.3.2. Assemblage des complexes de transcription

La formation du complexe d’initiation de la PolIII a d’abord été décrite comme un mécanisme séquentiel, grâce à des expériences in vitro. Le modèle d’assemblage séquentiel propose que les facteurs généraux de transcription se fixent sur le promoteur dans un ordre précis et assurent le recrutement ultérieur de l’ARN Polymérase.

Toutefois, à ce modèle séquentiel s’oppose le modèle de type holoenzyme dans lequel la machinerie de transcription est pré-assemblée et fonctionnelle. En effet, on a observé l’existence de sous-complexes pré-assemblés de la machinerie de transcription PolIII (Wang et al., 1997; Lane et al., 2011). Chez S. cerevisiae, une holoenzyme fonctionnelle a pu être caractérisée mais dans une proportion très faible (moins de 1% des ARN Pol III) (Chédin et al., 1998). Cette holoenzyme pourrait, par conséquent, provenir d’un complexe de pré- initiation assemblé séquentiellement, et co-purifiée dans des conditions ménagées. Une autre hypothèse, expliquant la présence de sous-complexes pré-assemblés, suppose que les sous- unités se séquestrent en s’associant. Cette séquestration empêcherait ainsi des interactions avec d’autres protéines compétitrices, et favoriserait par ailleurs l’interaction des sous-unités de la machinerie de transcription entre elles (Geiduschek and Kassavetis, 2001).

2.2.2.4. La machinerie de transcription de l'ARN Polymérase III