f.i Evolution des traitements

pourrait identifier les six génotypes du HCV (1-6) mais pas les sous-types (Montenegro et al., 2013).

- Les techniques moléculaires: la méthode standard pour le génotypage du HCV est le séquençage du génome au niveau des régions core / E1 ou NS5B suivie par un analyse phylogénétique (Murphy et al., 2007). Plusieurs tests approuvés de génotypage du HCV sont également disponibles dans le commerce (Chevaliez & Pawlotsky, 2012 ; Saludes et al., 2014). Certains de ces tests sont basés sur une amplification PCR classique suivie d'une hybridation inverse avec des sondes spécifiques fixées sur des membranes.

I.2.e.iv. Le sous-typage

Le sous-typage du HCV est important pour les études épidémiologiques, en particulier dans le cas d’épidémies, mais il n'est pas considéré comme cliniquement pertinent pour le traitement par l’interféron-α et la ribavirine. Cependant, le sous-typage peut s’avérer cliniquement utile à l'ère des nouvelles thérapies utilisant des antiviraux à action directe (DAAs « pour Direct Acting Antivirals »). Par exemple, les études conduites sur le télaprévir, le boceprevir, le faldaprevir et le siméprevir ont révélé des taux de SVR (pour Sustained Virologic Response)

(caractérisée par l’absence du HCV douze semaines après l’achèvement du traitement) inférieurs pour le sous-type 1a du HCV par rapport au sous-type 1b (Schneider et al., 2014). Ces résultats ont conduit au développement d’un test d'hybridation inverse permettant de différencier les sous-types 1a et 1b du HCV (Chevaliez et al., 2009).

I.2.f. Traitements

I.2.f.i. Evolution des traitements

Le but principal des thérapies anti-HCV chez les patients chroniquement infectés est la prévention de la progression vers une cirrhose et le développement d’un CHC. Le traitement de l’infection chronique par le HCV a radicalement changé au cours de ces 5 dernières années.

Pendant longtemps, les traitements ont consisté en l’administration d’interféron alpha pégylé (PEG-IFNα) et de ribavirine. L’interféron alpha permet de renforcer la réponse antivirale de

l’hôte. La conjugaison de l’IFN au polyéthylène-glycol augmente sa stabilité dans le sang. La ribavirine est un analogue de la guanosine renforçant l’activité antivirale de l’interféron (Feld & Hoofnagle, 2005 ; Pawlotsky et al., 2004). Ce traitement permettait l’obtention d’une réponse virologique prolongée, correspondant à la disparition de l’ARN viral dans le sang 6 mois après arrêt du traitement chez 50% des patients infectés par le génotype 1 et 80% des patients présentant le génotype 2 (Zeuzem, 2008). Cependant, les effets secondaires associés étaient importants (nausées, perte de poids, fatigue et dépression).

Suite à l’isolement du HCV, de nombreux outils de culture cellulaire ont pu être développés pour caractériser le cycle viral. Ces différents systèmes ont permis d’identifier des inhibiteurs spécifiques du HCV appelés agents antiviraux à action directe (DAA). La plupart de ces agents ciblent l’étape de réplication du virus. La première génération de DAAs (boceprévir et télaprévir) qui inhibe spécifiquement l’action de la sérine protéase du HCV (NS3-4A), a été introduite en 2011 (Jacobson et al., 2011 ; Poordad et al., 2011). Ces molécules ont été co- administrées avec le PEG-IFNα et la ribavirine aux patients infectés par le génotype 1 du HCV (figure 5). Cette première génération d’inhibiteurs a permis une nette amélioration de l’efficacité des traitements. Cependant, ces traitements induisaient de sévères effets secondaires et l’apparition de virus résistants. En 2014, une deuxième génération d’inhibiteurs de la protéase NS3-4A a pu été développée. Ces DAAs présentent une activité pangénotypique, une barrière génétique à l’apparition de virus résistants supérieure et une moins grande toxicité (Jacobson et al., 2014). Plusieurs inhibiteurs de la protéase NS3-4A sont encore en phase d’évaluation clinique (Deutsch & Papatheodoridis, 2010 ; Koklu et al., 2017 ; Kumada et al., 2016 ; Zeuzem et al., 2012).

Les inhibiteurs de protéase constituent des antiviraux puissants et sont devenus les composants incontournables de tous les traitements des hépatites C chroniques de génoptype 1. Cependant, le site actif de NS3 étant peu conservé parmi les génotypes, la recherche de molécules ciblant d’autres protéines virales a été nécessaire (Clark et al., 2013) pour élargir le spectre d’action des traitements.

Ainsi, des inhibiteurs de la protéine NS5A ont pu être développés. Ils se lient au domaine I de la protéine, affectant ses fonctions lors de la réplication et de l’assemblage du virus (Gao et al., 2010 ; Guedj et al., 2013). La première génération d’inhibiteurs de NS5A est principalement efficace contre le génotype 1. Le daclatasvir est le premier inhibiteur de NS5A mis sur le marché (Pol et al., 2012). Il est bien supporté par les patients et est actuellement

inhibiteur de NS3-4A, l’asunaprevir (Manns et al., 2014 ; Osinusi et al., 2013 ; Sulkowski et al., 2014). Une deuxième génération d’inhibiteurs de NS5A a vu le jour récemment. Ils présentent une forte activité antivirale contre tous les génotypes et induisent peu de résistance (elbasvir, velpatasvir, samatasvir). Finalement, les inhibiteurs de NS5A présentent un plus large spectre une meilleure tolérance que les inhibiteurs de protéase.

Le troisième groupe d’inhibiteur du HCV correspond aux inhibiteurs de la RdRp (pour RNA- dependent RNA polymerase) NS5B. Ils sont divisés en deux catégories : les inhibiteurs nucléosidiques et non nucléosidiques. Les analogues nucléosidiques sont incorporés lors de la synthèse de la chaîne d’ARN viral et bloquent l’élongation de celle-ci. Les inhibiteurs non nucléosidiques se fixent sur un des sites allostériques de l’enzyme induisant un changement conformationel qui inhibe son activité. Du fait de la conservation du site actif de RdRp NS5B, les inhibiteurs nucléosidiques sont efficaces contre une large gamme de génotypes. La séquence du site actif tolérant peu de variabilité, ces antiviraux induisent peu de mutations de résistance (Pawlotsky et al., 2012). Cependant, ces inhibiteurs peuvent interférer avec l’ARN polymérase mitochondriale et s’avérer toxiques. Parmi ces inhibiteurs, le sofosbuvir présente une grande efficacité contre une large gamme de génotypes, une grande résistance à l’apparition de mutants de résistance et une faible toxicité (Lam et al., 2012). Cette molécule est une pro-drogue qui après métabolisation par le foie constitue un analogue nucléosidique triphosphate de l’uridine qui est pharmacologiquement actif. Elle entre dans la composition de la plupart traitements actuels contre le HCV (Lam et al., 2012).

Les inhibiteurs non nucléosidiques de NS5B ont une efficacité limitée principalement contre le génotype 1 et présentent une faible barrière de résistance.

Ces différentes molécules anti-virales sont généralement utilisées en combinaison pour améliorer l’efficacité du traitement (tableau 1).

Figure 5. Evolution des traitements depuis l’identification du virus HCV. Le taux de guérison de

la maladie a augmenté considérablement au cours des années pour atteidnre plus de 90% avec l’introduction des traitements sans interférons vers l’année 2014. PI : Inhibiteurs des protéases (D’après Webster et al., 2015).

Tableau 1. Caractéristiques des DAAs de la deuxième génération. Ce tableau montre les cibles ainsi que les indications cliniques des antiviraux (DAAs) de la deuxième génération.

Molecule Class Target Genotype Association

Simeprevir Non-nucleoside

polymerase inhibitor NS3/4A _protease Genotype 1,4 Sofosbuvir

Grazoprevir Non-nucleoside polymerase inhibitor

NS3/4A

protease Genotype 1,4 Elbasvir

Paritaprevir Non-nucleoside polymerase inhibitor NS3/4A protease Genotype 1,4 Ombitasvir + ritonavir +/- dasabuvir Daclatasvir Non-nucleoside

polymerase inhibitor NS5A Genotype 1, 2, 3 Sofosbuvir

Elbasvir Non-nucleoside

polymerase inhibitor NS5A Genotype 1,4 Grazoprevir

Ledipasvir Non-nucleoside

polymerase inhibitor NS5A Genotype 1,4 Sofosbuvir

Ombitasvir Non-nucleoside

polymerase inhibitor NS5A Genotype 1,4

Paritaprevir + ritonavir +/-

dasabuvir

Velpatasvir Non-nucleoside

polymerase inhibitor NS5A Pangenotypic Sofosbuvir

Dasabuvir Non-nucleoside

polymerase inhibitor NS5B Genotype 1

Ombitasvir + paritaprevir +

ritonavir

Sofosbuvir Nucléotide polymérase

inhibitor NS5B Pangenotypic

Ledipasvir Daclatasvir Simeprevir Velpatasvir