Les espèces pathogènes de l’Homme

Les Vibrio pathogènes de l’Homme sont classés en deux grandes catégories (Tantillo et al., 2004) :

 Les Vibrio cholériques appartenant aux sérogroupes O1/O139 de V. cholerae ;

Figure 2 : Arbre phylogénétique basé sur l’analyse en MLSA de 8 gènes de ménage concaténés (ftsZ, gapA, gyrB, mreB, pyrH,

recA, rpoA, et topA) (Sawabe et al., 2013). 18 clades ont été définis pour les Vibrio. Les clades délimités par un trait rouge

plein correspondent aux nouveaux clades proposés, ceux indiqués par un trait pointillé rouge ou bleu sont respectivement les clades qui ont été modifiés et qui restent inchangés par rapport à l’étude de Sawabe et al., 2007.

13  Les Vibrio non cholériques, appartenant aux sérogroupes non-O1/non-O139 de V.

cholerae ainsi qu’aux espèces V. parahaemolyticus, V. vulnificus, V. alginolyticus, V. fluvialis, V. damsela (renommée Photobacterium damsela ; Gauthier et al., 1995), V. furnissii, V. hollisae (renommée Grimontia hollisae ; Thompson et al., 2003), V. mimicus, V. metschnikovii et V. cincinnatiensis.

Les trois principaux types de pathologies associées à chacune des espèces sont présentés dans le tableau 1.

Les espèces V. cholerae, V. parahaemolyticus, V. vulnificus et V. alginolyticus sont responsables de la plupart des infections observées chez l’Homme et représentent un réel problème de santé publique (Baker-Austin et al., 2016).

I.2.1.1. V. cholerae

V. cholerae, initialement observée par Filippo Pacini à Florence en 1854 puis isolée, trente

ans plus tard par Robert Koch en Egypte, est la première espèce de Vibrio à avoir été découverte (Thompson et al., 2004). A la différence des autres Vibrio, cette espèce possède la capacité de se développer en eau douce et est ainsi retrouvée au niveau des eaux côtières et

+++ : association fréquente ; ++ : association possible ; + : association rare ; * : association n’étant pas clairement établie.

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estuariennes ainsi que dans les rivières. Cette espèce est subdivisée en 200 sérogroupes établis sur la base de l’antigène O (Harris et al., 2012).

Les sérogroupes O1 et O139 sont associés à des épidémies de choléra, une maladie caractérisée par de violentes diarrhées sécrétoires à l’origine d’une intense déshydratation pouvant entraîner la mort en l’absence de traitement rapide (Sack et al., 2004). Bien que la contamination survienne principalement suite à l’ingestion d’eau ou d’aliments contaminés, le choléra peut également se transmettre de personne à personne. Cette maladie est endémique dans les pays d’Afrique, d’Amérique latine et du sud et de l’est de l’Asie, ayant un accès limité à l’eau potable et aux structures médicales. Dans le reste du monde, seuls quelques cas sporadiques d’importation sont observés (Mandal et al., 2011).

Les vibrions appartenant aux autres sérogroupes causent principalement des gastro-entérites peu sévères mais peuvent également entraîner des infections extra-intestinales telles que des infections des oreilles ou de la peau (Chen et al., 2015; Hao et al., 2015).

I.2.1.2. V. parahaemolyticus

L’espèce V. parahaemolyticus, isolée pour la première fois en 1950 au Japon, est rencontrée dans les eaux marines et estuariennes (Fujino et al., 1953). Elle est actuellement responsable de la majorité des toxi-infections alimentaires liées à l’ingestion de produits de la mer à l’origine de gastro-entérites aiguës. La contamination peut également survenir par voie cutanée, lors de l’exposition d’une plaie à de l’eau contaminée, et conduire à la nécrose des tissus. La classification des souches appartenant à cette espèce est basée sur l’identification des antigènes O et K. Le clone pandémique O3:K6 a été rencontré pour la première fois en 1996 à Calcutta (Okuda et al., 1997) puis s’est ensuite rapidement répandu aux Etats-Unis, en Amérique du sud ainsi qu’en Europe (Nair et al., 2007). Aujourd’hui, de nouveaux variants pandémiques tels que O4:K12, O4:KUT, O1:K25 et O4:K68, sont observés dans de nombreuses régions du monde (Martinez-Urtaza et al., 2013 ; Turner et al., 2013 ; Ansaruzzaman et al., 2008).

I.2.1.3. V. vulnificus

V. vulnificus, isolée pour la première fois en 1964 sous le nom de V. parahaemolyticus, a

été reconnue comme une espèce à part entière dans les années 1970 (Hollis et al., 1976 ; Blake et al., 1979). Cette espèce a pour habitat naturel les eaux côtières et estuariennes et s’avère être la principale cause de mortalités liées à l’ingestion de fruits de mer contaminés.

15 A titre d’exemple, aux Etats-Unis, V. vulnificus est à l’origine de 95% des décès liés à l’ingestion de fruits de mer (Jones et Oliver, 2009). En Europe, seuls des cas sporadiques ont été recensés. La contamination se fait également par voie cutanée, lors de l’exposition d’une plaie pré-existante à de l’eau contaminée et entraine des infections nécrosantes (Horseman et Surani, 2011). Chez V. vulnificus, les souches sont classées en biotypes, définis sur la base de critères biochimiques. Les souches pathogènes pour l’Homme appartiennent principalement au biotype 1 mais également au biotype 3 (Bisharat et al., 2005).

I.2.1.4. V. alginolyticus

V. alginolyticus, isolée pour la première fois en 1997, est l’espèce de Vibrio la plus halophile

(Smolikova et al., 2001). Elle est ainsi retrouvée dans les écosystèmes marins. Les infections causées par V. alginolyticus restent plus rares et moins sévères que celles engendrées par les 3 espèces de Vibrio décrites précédemment. Il s’agit principalement d’infections superficielles de la peau et des oreilles. Cependant, une augmentation rapide du nombre d’infections à V.

alginolyticus a été constatée, notamment aux Etats-Unis (Newton et al., 2012). Une étude

réalisée en Floride entre 1998 et 2007 a montré que V. alginolyticus représentait une part non négligeable (20%) des infections causées par Vibrio chez l’Homme (Weis et al., 2011). En Europe, seuls des cas sporadiques ont été décrits (Schets et al., 2011 ; Reilly et al., 2011).

I.2.1.5. Les autres espèces

Les espèces V. mimicus, G. hollisae, V. fluvialis et V. furnissii ont principalement été isolées lors de gastroentérites (Chitov et al., 2009 ; Hinestrosa et al., 2007 ; Chowdhury et al., 2012 ; Altekruse et al., 2000) alors que P. damselae, V. cincinnatiensis et V. metschnikovii sont plus particulièrement rencontrées lors d’infections cutanées ou de septicémies (Goodell et al., 2004 ; Hansen et al., 1993). Bien que les vibrioses causées par ces espèces soient moins courantes et généralement moins sévères que celles entrainées par les 4 espèces décrites précédemment, elles doivent être prises en considération. Plusieurs études ont mis en évidence l’implication des transferts horizontaux de gènes dans la distribution des gènes de virulence au sein du genre Vibrio (Boyd et al., 2000 ; Baffone et al., 2006 ; Snoussi et al., 2008). Ces phénomènes pourraient ainsi conduire à l’émergence de nouvelles souches pathogènes présentant un réel problème en santé publique.

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