Escherichia coli entéro-agrégants (ECE Ag)[70,72]

Très proches des EPEC, ce groupe de germes semble être à l’origine des diarrhées prolongées chez le nourrisson et le jeune enfant. Pour l’instant aucun sérotype n’a pu être défini et aucune toxine isolée. Elle est l’une des causes des diarrhées des voyageurs de l’enfant.

6- Campylobacter[6, 109]

La campylobactériose est une zoonose. Les espèces Campylobacter jejuni et Campylobacter coli sont présentes dans le tractus digestif de la plupart des animaux domestiques (essentiellement volaille).

La contamination se fait par consommation de viande de volaille insuffisamment cuite. Il s’agit de la cause la plus fréquente de diarrhée bactérienne dans les pays industrialisés. Elle touche préférentiellement les nourrissons et les adolescents.

Après une incubation de 3 jours, les Campylobacter sont responsables de diarrhées passagères sans retentissement général, mais avec douleurs périombilicales intenses. La diarrhée, rarement sanglante (15 %), dure de 4 à 5 jours. En dehors d’épidémies ou de recherches systématiques, le diagnostic n’est habituellement pas fait. Campylobacter a pu être observé comme agent causal de diarrhées parfois récidivantes chez les patients infectés par le VIH, avec portage chronique fréquent. L’évolution est bénigne, la déshydratation rare ; la diarrhée sanglante peut se prolonger ou évoluer par poussées, de même que les douleurs abdominales. Le syndrome de Guillain et Barré fait partie des complications classiques ; un SHU, d’autres manifestations dysimmunitaires, sont possibles.

Les lésions de colite sont segmentaires, constituées d’un infiltrat à polynucléaires initialement puis lymphoplasmocytaire sans constitution de granulome épithélioïde.

La recherche s’effectue à partir des selles. L’examen direct peut avoir un intérêt : dans la phase aiguë, on peut observer la présence de bactéries en « vol d’oiseaux » à Gram négatif. La culture nécessite un milieu sélectif et une

atmosphère microaérophile. Elle fait partie de la recherche systématique effectuée dans toute coproculture.

7- Salmonelles [6, 105,109]

Bacilles à gram négatif appartenant à la famille des enterobacteriaceaes. Leur classification est basée sur les caractères antigéniques ( antigène O du groupe, antigène H flagellaire et rarement l’antigène k de l’enveloppe.

Responsables de gastroentérites fébriles entraînant parfois des septicémies, les salmonelles représentent la plus importante des zoonoses des pays industrialisés. Le genre Salmonella comporte deux espèces génomiques dont Salmonella enterica, la plus fréquente, comporte plusieurs sous-espèces.

Ainsi, Salmonella typhi devient Salmonella enterica sous-espèce enterica sérotype typhi. La sous espèce enterica est adaptée aux animaux à sang chaud. On distingue des sérotypes strictement humains, Salmonella typhi, paratyphi A, sendai.

La structure antigénique des salmonelles est bien connue. Les antigènes somatiques (O) de composition lipopolysaccharidique et les antigènes flagellaires (H) ont été utilisés pour les sérotypages des différentes espèces isolées. Le sérodiagnostic reste négatif pendant la première semaine. Les anticorps anti-O apparaissent ensuite, suivis des anticorps anti-H. Les anticorps anti-O disparaissent après la maladie, tandis que les anti-H persistent longtemps.

L’antibiothérapie instituée précocement empêche l’apparition des anticorps. Ce sérodiagnostic sert d’orientation mais non de diagnostic, ou peut aider rétrospectivement s’il y a eu présomption de salmonellose. Le seul diagnostic de certitude est l’isolement. La bactérie étant facile à cultiver et à

identifier, il faut tout mettre en œuvre pour l’isoler, éventuellement sur des prélèvements répétés.

Les salmonelles typhiques (Salmonella typhi, Salmonella paratyphi A, B et C) sont inféodées à l’homme. La contamination se fait par ingestion d’aliments souillés par une contamination fécale humaine. Il s’agit soit de malades, soit de porteurs chroniques asymptomatiques (excrétion de l’entérobactérie depuis plus de 1 an dans les selles). L’amélioration des conditions d’hygiène et le traitement systématique des eaux sont les moyens les plus sûrs de la prévention. Ainsi, en France, on observe un taux d’incidence annuelle faible et stable d’environ 600 cas, le plus souvent importés.

Bien que répandue dans l’ensemble du monde (incidence annuelle estimée à 0,5 %), la typhoïde est préoccupante surtout dans les pays en développement où la résistance aux antibiotiques communs en rend la prise en charge difficile. Les signes cliniques et une bactériémie fréquente apparaissent 7 à 15 jours après contamination. La diarrhée n’étant présente que dans deux tiers des cas. Le diagnostic est évoqué devant une fièvre au retour d’un voyage en pays d’endémie. Le tableau le plus fréquent est celui d’un syndrome infectieux avec hépatosplénomégalie et douleurs abdominales aspécifiques, les symptômes classiques de dissociation du pouls ou les taches rosées étant en fait très rares. Des complications liées à l’invasion et la dissémination bactériennes ou à la toxine sont classiques mais rares : perforations, hémorragies, tuphos, collapsus, abcès spléniques.

L’examen endoscopique mettrait en évidence des lésions d’entérocolite aiguë aspécifique. Le diagnostic, initialement souvent méconnu, se fait à partir des hémocultures positives ou des examens de selles réalisés en cas de diarrhée.

La résistance aux ampicillines étant de plus en plus fréquente, le traitement de référence est devenu les fluoroquinolones ou les céphalosporines de troisième génération.

La plupart des sérotypes de salmonelles non typhiques (« mineures ») sont ubiquitaires et contaminent les volailles, les œufs, les viandes de boucherie, les produits laitiers, les fruits de mer. Ainsi, les œufs sont incriminés dans 56 % des cas de diarrhée à Salmonella enteritidis, et les volailles, les viandes ou les œufs dans 50 % des cas des diarrhées attribuées à d’autres espèces de salmonelles.

Les animaux domestiques constituent le principal réservoir. Ici encore, les modalités d’élevage des animaux de boucherie semblent en cause dans l’augmentation de l’incidence des infections, notamment par le sérotype Salmonella enteritidis.

Les salmonelles « mineures » constituent ainsi la principale cause de TIAC. Une recrudescence estivale des contaminations est observée. Ces diarrhées d’origine alimentaire touchent préférentiellement les âges extrêmes ou les immunodéprimés. Elles représentent 7 % des diarrhées des voyageurs.

L’incubation dure de 8 à 48 heures. La diarrhée est en général hydrique de type sécrétoire et rarement sanglante. Néanmoins, il existe une grande variété allant de la gastroentérite banale au tableau pseudo-appendiculaire. L’absence de rétrocession de la diarrhée au-delà de 5 jours doit faire rechercher un autre diagnostic. Les bactériémies engendrées par les salmonelles peuvent être responsables de greffes aortiques, le plus souvent sur des plaques athéromateuses, susceptibles d’évoluer vers des anévrismes « mycotiques ». Par ailleurs, une immunodépression est fréquemment associée à l’infection par les salmonelles, favorisant le développement d’infections pulmonaires ou urinaires,

notamment nosocomiales. Les lésions endoscopiques sont aspécifiques et vont de l’érythème aux ulcérations creusantes sans topographie évocatrice. Les hémocultures sont en règle négatives, sauf chez l’immunodéprimé. Le diagnostic bactériologique repose sur l’examen de selles.

L’excrétion n’excède pas 6 semaines. Néanmoins, un portage chronique est possible dans 20 % des cas, favorisé par une antibiothérapie. Un milieu d’enrichissement des selles et des milieux sélectifs inhibant la flore commensale sont nécessaires. L’identification ne pose pas de problème particulier. La recherche est systématique dans toute coproculture.

L’antibiogramme doit être systématique en raison de la fréquence des résistances. Les salmo- 448 H. Aumaître et al. Nelles produisent une entérotoxine. De très nombreux gènes sont requis pour la virulence de Salmonella enterica ; cette approche diagnostique reste cependant du domaine de la recherche. Les indications du traitement doivent être réservées aux formes sévères ou en cas de terrain à risque en cas de bactériémie (nourrissons, valvulaires, immunodéprimés, etc.). En effet, il ne semble pas qu’une antibiothérapie réduise l’intensité ou la durée des symptômes. Des études ont décrit une augmentation de la fréquence des récidives et un risque accru de portage chronique. Le traitement fait appel aux fluoroquinolones ou aux céphalosporines de troisième génération. Dans les formes graves, si le patient vient d’un pays à risque de résistance, il est licite de proposer une association antibiotique en attente des résultats de l’antibiogramme. Le traitement du portage chronique fait appel aux quinolones (ciprofloxacine pour 6 semaines) ou à l’amoxicilline si la souche est sensible (6 g/j pour 6 semaines). Le taux d’éradication est de plus de 80 %.

8- Yersinia [5,6,25, 104]

Les souches de Yersinia enterocolitica pathogènes pour l’homme appartiennent aux biotypes 1B à 5 et ne comportent qu’un petit nombre de sérotypes. Les sérotypes O:3, O:5, O:8, O:9 sont ceux le plus fréquemment rencontrés ; ils peuvent toutefois se rencontrer dans des biotypes ou espèces non pathogènes.

Ce sont des bactéries ubiquitaires, d’identification relativement récente et dont le rôle pathogène augmente parallèlement à l’extension de la conservation des aliments au froid. Des épidémies ont été rapportées dans les pays du Nord de l’Europe. Les sources de contamination sont variées : laitages crus, eaux contaminées, viande de boucherie essentiellement le porc, légumes précuits ou prédécoupés.

Yersinia enterocolitica est responsable de diarrhée à début brutal, faite de huit à dix selles par 24 heures, sanglante dans 10 à 30 % des cas, fébrile accompagnée de douleurs abdominales. La diarrhée a une évolution prolongée souvent supérieure à 2 semaines. Des phénomènes immunitaires réactionnels sont rencontrés fréquemment : adénolymphite mésentérique de l’enfant mimant l’appendicite, arthrites réactionnelles (syndrome de Fiessenger-Leroy-Reiter), etc.

L’endoscopie, qui doit être totale pour avoir une sensibilité suffisante, met en évidence des lésions segmentaires de la muqueuse, prédominant au côlon droit, associées à une iléite terminale et dont l’aspect macroscopique et histologique est aspécifique. Des tests relativement faciles à mettre en œuvre permettent de mettre en évidence un plasmide codant pour une adhésine. Ce plasmide est présent chez toutes les souches pathogènes mais peut se perdre au cours des repiquages. L’isolement se fait sur milieux sélectifs. Une approche biochimique simplifiée permet de mettre en évidence des caractères retrouvés

chez les souches pathogènes indépendamment de la présence du plasmide. La recherche de Yersinia est systématique dans toute coproculture et effectuée bien que l’incidence en France soit faible par rapport à l’Europe du Nord.

Le traitement fait appel aux fluoroquinolones ou aux céphalosporines de troisième génération ; le triméthoprime-sulfaméthoxazole et les tétracyclines sont également efficaces.

C. Etiologies de la diarrhée [5, 6, 25,104] 1. Diarrhées aigue (DA)

 Hydro électrolytiques : sécrétoire et motrice  >3 selles liquides / J ; > 300 g / J.

 Causes :

 Bactériennes  Virales  Parasitaires

 Médicamenteuses : +++ antibiotiques, colchicine, digitaline  Signes de gravité :

 Terrain : vieillard, nourrisson  Déshydratation

 Diagnostic : coproculture  Tableaux cliniques

 Bactéries invasives : fièvre, syndromedysentérique  Shigella, Salmonella, E. coli

 Bactéries entérotoxiques : incubation courte 1 à 4 hrs  Choléra, staphylocoques, E coli

Deuxième partie :