Chapitre 5 : Résultats : Analyse biologique des listes de séquences sélectionnées
5.2 Enrichissements en voies métaboliques des annotations associées aux listes de séquences
Les deux composés comparés dans notre étude sont des agonistes PPAR ciblant le diabète de type 2. PPAR régule principalement des gènes impliqués dans le métabolisme et dans les processus inflammatoires. Nous nous sommes ici concentrés sur la partie métabolique et avons voulu vérifier si les séquences appartenant aux principales voies métaboliques avaient été préférentiellement sélectionnées. Dans cette optique, un enrichissement en séquences des gènes des voies métaboliques a été calculé pour les listes sélectionnées par NSCRob par rapport à une lame de puce à ADN complète.
Dix-huit voies métaboliques d’intérêt totalisant 302 gènes (soit 501 séquences) ont été sélectionnées (Tableau 5.1). Ces voies ne sont pas exhaustives mais contiennent des gènes pour lesquels les fonctions sont consolidées. Le nombre total de séquences et le nombre de séquences dans les voies métaboliques d’intérêt ont été calculés pour la lame entière et pour les listes de séquences sélectionnées par NSCRob. Un test exact de Fisher (voir détail en Annexe D) a ensuite été réalisé afin de déterminer si l’enrichissement obtenu était statistiquement significatif.
Voies métaboliques Nombre de
gènes Nombre de séquences Glycolyse 21 41 Néoglucogenèse 6 8 Métabolisme du glycogène 29 53
Voie des pentoses phosphates 7 10
Métabolisme du pyruvate 28 45
Cycle du citrate 18 27
Phosphorylation oxydative 47 61
Dépenses d'énergie 2 4
Transport des lipides 21 37
Synthèse des acides gras 12 20
Oxydation des acides gras - Transport des acides gras 11 21 Oxydation des acides gras - β-oxydation mitochondriale 19 28 Oxydation des acides gras - β-oxydation peroxisomale 10 13 Oxydation des acides gras - ω-oxydation 42 65
Synthèse du cholestérol 9 20
Synthèse des corps cétoniques 11 19
Synthèse des triglycérides 11 25
Dégradation des triglycérides 6 16
5.2.1 Comparaison entre rosiglitazone et SCOMP
Ces enrichissements ont été calculés pour les jeux de données qui permettent la comparaison entre rosiglitazone et SCOMP à trois doses (28 µmol/kg, 84 µmol/kg et 280 µmol/kg) dans trois organes (muscle squelettique, foie et tissu adipeux inguinal) (Tableau 5.2).
28 µmol/kg 84 µmol/kg 280 µmol/kg Nombre de séquences 41174 41174 41174 Nombre de séquences des
voies métaboliques 501 501 501
Pourcentage 1.2 1.2 1.2
Nombre de séquences 632 432 438
Nombre de séquences des
voies métaboliques 8 6 4
Pourcentage 1.3 1.4 0.9
P-value 0.85 0.66 0.82
Nombre de séquences 282 118 390
Nombre de séquences des
voies métaboliques 17 17 38
Pourcentage 6 14.4 9.7
P-value < 0.01 < 0.01 < 0.01
Nombre de séquences 6 126 599
Nombre de séquences des
voies métaboliques 0 25 6 Pourcentage 0 19.8 1 P-value 1 < 0.01 0.85 Lame entière Soleus Foie TAI
TAB. 5.2 : Enrichissements en séquences des voies métaboliques pour les résultats de NSCRob dans la comparaison entre rosiglitazone et SCOMP
Les résultats sont présentés pour tous les organes et toutes les doses de traitement. La p-value représente la significativité de l’enrichissement des listes de séquences sélectionnées par NSCRob par rapport à la lame entière. Les cases sont en vert si la p-value est significative (< 0.01), en rouge sinon.
Soleus : muscle squelettique. TAI : tissu adipeux inguinal.
Dans le muscle squelettique, l’enrichissement en séquences des voies métaboliques d’intérêt n’est significatif à aucune dose. Cette absence d’enrichissement pourrait être expliquée par une activité métabolique moindre que dans le foie et le tissu adipeux inguinal (TAI), par une expression faible de PPARγ comparée à celle du TAI (Tableau 5.3) ou par l’activation de mécanismes indépendants du transcriptome.
Muscle squelettique Foie Tissu adipeux inguinal PPARαααα 2134 10149 518 PPARγγγγ 1547 3777 28897
TAB. 5.3 : Niveau d’expression de PPARαααα et PPARγγγγ dans les organes étudiés
Les valeurs fournies sont les moyennes des intensités correspondant aux souris diabétiques db/db tous jeux de données confondus.
Dans le foie, l’enrichissement est significatif à toutes les doses avec des pourcentages de séquences des voies métaboliques d’intérêt valant respectivement 6, 14.4 et 9.7 pour les doses 28, 84 et 280 µmol/kg (Tableau 5.2). On observe que ce pourcentage décroît à la dose la plus élevée, ce qui est étonnant car une augmentation avec la dose pourrait être attendue. Cependant, la dose 280 µmol/kg est très élevée et les écarts les plus importants entre les deux produits peuvent alors être moins liés au métabolisme et plus à des effets secondaires. Des différences importantes en termes de voies métaboliques sont observées dans le foie, alors que PPARγ y est à peine plus exprimé que dans le muscle squelettique. Cette observation est certainement liée à la composante α du composé SCOMP (voie Annexe A) car PPARα est majoritairement exprimé dans le foie (Tableau 5.3).
Dans le TAI, pour la dose 28 µmol/kg, aucune séquence sélectionnée par NSCRob n’appartient aux voies métaboliques d’intérêt et l’enrichissement n’est pas significatif (Tableau 5.2). Ce résultat n’est pas surprenant car la liste obtenue par NSCRob ne contient que 6 séquences. Il semble y avoir très peu de différences à cette dose dans le TAI entre les deux composés (cf observation faite au chapitre 4, paragraphes 4.3.3.1 et 4.3.3.2). L’enrichissement est significatif à la dose 84 µmol/kg : 19.8% de séquences des voies d’intérêt sont présentes dans la liste obtenue avec NSCRob. C’est le pourcentage le plus important observé ici et il très certainement dû à une expression élevée de PPARγ dans le TAI. En revanche, à la dose 280 µmol/kg, aucun enrichissement significatif n’est observé. Ce phénomène est plus accentué que la diminution observée à la dose la plus importante dans le foie. Outre la possibilité de sélection de séquences liées à des effets secondaires, ce cas est celui qui comporte le plus de variables initiales (17622). Etant donné le faible nombre d’observations considéré jusqu’à présent, les limites des méthodes sont peut-être atteintes pour ce jeu de données.
5.2.2 Impact de l’ajout d’animaux
La comparaison effectuée au chapitre 4 (cf 4.3.4) entre n = 12 et n = 18 observations a permis d’établir que, pour NSCRob, considérer plus d’animaux réduit uniquement le nombre de séquences sans en sélectionner de nouvelles, peut-être en supprimant des séquences non
discriminantes. Cette comparaison a été poursuivie en termes d’enrichissement des séquences sélectionnées en voies métaboliques d’intérêt (Tableau 5.4).
Dans tous les jeux de données, on observe une chute en termes de quantité de séquences du métabolisme en passant de n = 12 à n = 18, mais cette chute est associée à une augmentation du pourcentage d’enrichissement. Cette augmentation est particulièrement flagrante pour la dose 280µmol/kg avec un passage de 9.7% pour n = 12 à 27.4% pour n = 18. On peut alors dans ce cas observer une augmentation de l’enrichissement avec la dose de traitement. Les diminutions d’enrichissement aux hautes doses semblent donc pouvoir être contrebalancées par une augmentation du nombre d’animaux considérés. La dose 280 µmol/kg est celle qui, pour le foie, contient le plus de variables (10770). Il semble donc plus facile de gérer cette quantité de variables avec plus d’observations. Ces résultats appuient l’hypothèse émise au chapitre 4 selon laquelle augmenter le nombre d’observations permettraient d’éliminer des séquences non discriminantes et de conserver les séquences les plus intéressantes.
28 µmol/kg 84 µmol/kg 280 µmol/kg
Nombre de séquences 41174 41174 41174
Nombre de séquences des
voies métaboliques 501 501 501
Pourcentage 1.2 1.2 1.2
Nombre de séquences 282 118 390
Nombre de séquences des
voies métaboliques 17 17 38
Pourcentage 6 14.4 9.7
P-value < 0.01 < 0.01 < 0.01
Nombre de séquences 206 40 62
Nombre de séquences des
voies métaboliques 16 9 17 Pourcentage 7.8 22.5 27.4 P-value < 0.01 < 0.01 < 0.01 Lame entière Foie n = 12 Foie n = 18
TAB. 5.4 : Enrichissements en séquences des voies métaboliques dans le foie pour les résultats de NSCRob – Comparaison entre n ==== 12 et n ==== 18
Les résultats sont présentés pour toutes les doses de traitement. La p-value représente la significativité de l’enrichissement des listes de séquences sélectionnées par NSCRob par rapport à la lame entière.
5.2.3 Conclusion
Pour la comparaison entre rosiglitazone et SCOMP, les résultats d’enrichissement observés sont cohérents avec les niveaux d’expression de PPAR dans les tissus et avec les connaissances actuelles du rôle de PPAR dans le contrôle du métabolisme. D’autre part, la comparaison entre n = 12 et n = 18 semble confirmer que l’on conserve les séquences les plus intéressantes quand on augmente le nombre d’observations. Il faut néanmoins rappeler que beaucoup de modifications transcriptomiques ne sont pas directement liées aux gènes cibles de PPAR et peuvent être beaucoup plus difficiles à interpréter que des changements d’ordre métabolique.