Les effets de la consanguinité

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La consanguinité se traduit presque toujours, en moyenne, par une baisse de la performance appelée dépression de consanguinité. Elle devrait pour cette raison être évitée autant que possible – en souffrant comme seule exception les tests de détection des éventuelles maladies d’origine génétique (page 192). Ce fléchissement de la performance est maximal pour les caractères sur lesquels les croisements ont les effets les plus bénéfiques (les caractères associés à la reproduction et à la survie, par exemple). Plus généralement, l’élevage en consanguinité est susceptible d’entraîner, en moyenne :

– un ralentissement de la vitesse de croissance et une réduction du format (y compris chez l’adulte) ;

– une diminution de la productivité laitière.

La consanguinité se traduit par un recul de l’hétérozygotie. Son effet négatif sur les performances provient du fait que la baisse de l’hétérozygotie entraîne la perte de tous les bénéfices qui étaient associés à l’action de la dominance entre allèles au niveau des loci hétérozygotes. Aussi la reproduction en consanguinité peut-elle être considérée, d’une certaine manière, comme l’exact inverse du croisement et la dépression de consanguinité comme l’exact inverse de l’hétérosis. Il est difficile, cependant, de comparer quantitativement la dépression de consanguinité et l’effet d’hétérosis dans la mesure où la première se manifeste au sein d’une population – telle qu’une race – tandis que la seconde est généralement associée à des croisements entre races ou entre lignées différentes.

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Le coefficient de consanguinité F a été défini et se calcule comme la probabilité que les deux allèles à un locus quelconque d’un individu soient identiques parce que descendants du même allèle d’un ancêtre commun à ses deux parents. Le coefficient de consanguinité donne la proportion d’hétérozygotie qui a été perdue par rapport à un point de référence donné ; il est toujours une mesure relative à un point de départ supposé ou spécifié, plusieurs générations en amont, pour lequel on admet que la consanguinité était nulle (F = 0). Le coefficient de consanguinité est une mesure d’une perte d’hétérozygotie relative – et non pas absolue.

Calculer le coefficient de consanguinité d’un sujet en retraçant son ascendance n’est possible que si sa généalogie est connue avec précision. Même dans ce cas, il est rare que la filiation puisse être reconstituée sur de nombreuses générations. Toutefois, comme on peut le voir dans le tableau 9.1, la contribution à la consanguinité des ascendants 3 à 4 générations en amont est beaucoup plus faible que celle des ascendants distants de 1 ou 2 générations seulement.

Tableau 9.1. Les coefficients de consanguinité de la descendance en fonction des liens de parenté des deux parents.

Lien de parenté des deux parents Coefficient de consanguinité F de la descendance *

Pleins frère et sœur 0,25 Parent et progéniture 0,25

Demi-frère et sœur 0,125

Deux grands-parents en commun 0,0625 Un grand-parent en commun 0,0313

* On considère que F = 0 pour l’ancêtre commun.

Remarque : Les chiffres de ce tableau peuvent être interprétés comme la part d’hétérozygotie qui a été perdue par rapport à la population d’origine (par exemple 25 %, 12,5 %, etc.).

Au fur et à mesure que l’hétérozygotie décline, l’homozygotie augmente.

Des sujets non apparentés ont une plus forte probabilité de porter des allèles différents en un locus donné que des individus qui ont un lien de parenté. La reproduction consanguine réduit la probabilité que deux allèles différents d’un même gène se retrouvent ensemble chez le même zygote. Pour l’exprimer d’une autre manière, si les individus qui

s’accouplent au sein d’une population sont plus apparentés les uns aux autres que la moyenne, cela accroît la proportion des individus de la génération suivante qui porteront deux allèles identiques en un locus quelconque. L’augmentation de F dans une population se traduit par une augmentation de la probabilité de l’homozygotie.

Le coefficient de consanguinité F d’un individu est exprimé par la formule :

F = somme des (1/2)ⁿ(1+F_A)

où n est le nombre d’individus qui relient, le long de la chaîne de parenté, les deux parents de l’animal en passant par leur ancêtre commun (en comptant les parents, l’ancêtre commun et tous les intermédiaires) et F_A le coefficient de consanguinité de cet ancêtre commun (lorsque sa valeur n’est pas connue, on considère que F_A = 0) – et ce, pour chaque ancêtre commun aux deux parents du sujet (voir les exemples 9B et 9C).

Le coefficient de consanguinité varie de 0 (animaux non consanguins) à 1 (hétérozygotie initiale entièrement perdue, homozygotie généralisée des loci). Alternativement, il peut être exprimé en pourcentage, de 0 % à 100 %.

Exemple 9B. Calcul de F lorsque l’ancêtre commun aux parents d’un sujet est un de leurs propres parents.

La mère et le père du sujet ont le même père (D).

Les deux parents du sujet (animal X) n’ont qu’une chaîne de parenté : ADB n = 3

Le coefficient de consanguinité de l’animal X est : F(x) = (1/2)³ = 0,125.

Exemple 9C. Calcul de F lorsque les deux parents du sujet ont plusieurs ascendants communs.

Tableau 9.2. Calcul de chaque composant de F correspondant aux différents ascendants communs aux deux parents du sujet.

Chaînes de parenté n (1/2)ⁿ F_A (1/2)ⁿ(1+F_A)

ADB 3 0,125 0,125 0,1406*

ADGEB 5 0,0313 0 0,0313

ADFJGEB 7 0,0078 0 0,0078

F = Σ (1/2)n(1+F_A) 0,1797

* 0,125 × (1 + 0,125) = 0,1406.

L’ancêtre commun D est lui-même issu d’un accouplement consanguin car ses parents F et G sont demi-frère et sœur.

Noter au passage que D et E sont demi-frère et sœur, ce qui fait que B est lui-même issu d’un accouplement consanguin. Toutefois, ceci ne joue aucun rôle dans les liens de parenté entre A et B et n’influence donc pas le coefficient de consanguinité de X.

Remarque importante : aucun individu ne doit apparaître deux fois dans la même chaîne de parenté reliant les deux parents (une description plus détaillée de cette méthode est donnée par Falconer, 1989).