Disponibilité sur site, la portabilité (par exemple, pour POC) [87]

Avec l'avènement de l'automatisation et la miniaturisation, plusieurs techniques ont été proposées pour servir de portables, appareils éventuellement POC et cette caractéristique pourrait bientôt être considéré comme une caractéristique de performance. Par exemple, la PCR multiplex couplés à des dispositifs de détection de la microélectronique a été envisagé pour la perspective d'au-chevet-pour les tests viraux. Un prototype de poche avec Bio-Bar-code méthodologie a été conçu pour un test POC des agents génétiques et infectieux. Il est

probable que ce genre d'appareils va devenir largement disponibles à des fins diagnostiques de routine, en particulier pour la détection d'agents pathogènes (par exemple, le bioterrorisme, les épidémies, etc), à l'avenir. Cependant, en dehors de généralités, aucune évaluation formelle n'a été prise concernant les caractéristiques attendues des portables, appareils POC des tests de diagnostic moléculaire.

10.7. Coût [87]

Une étude récente comparant trois méthodes de génotypage dans un laboratoire de diagnostic de routine a révélé que le coût du test par réactif (hors coût du PCR et du travail) variait de 0,50 $ à 2,00 $. Cela suggère que le coût total de génotypage est dans la gamme d'immunoessais. En ce qui concerne le coût du génotypage à haut débit, le coût par génotype a été estimé à entre 0,20 $ et 0,30 $ en 2002. Il a été proposé que les plates-formes à haut débit doivent permettre de réduire le coût pour seulement quelques cents par génotype dans l'avenir. Basé sur les tendances actuelles en technologies à haut débit, cet objectif semble être réalisable dans l'avenir.

Tableau 18 : technologies innovatrices pour le diagnostic en bactériologie [10].

Device Fabricant Méthode de détection

RAPID, Ruggedized Advanced Pathogen Identification Device RAZOR

HANAA, Handheld Advanced Nucleic Acid Analyzer Bio-Seeq DiversiLab LIAT Lab-in-a-tube GeneXpert Unnamed (microfluidic) Nanochip Quantum Dot Verigene Scansystem Biacore Spreeta Tiger Non nommé Non nommé Non nommé Non nommé Non nommé Non nommé Non nommé

Idaho Technology, Salt Lake City, UT Idaho Technology, Salt Lake City, UT Lawrence Livermore National Laboratory, Livermore, CA

Smiths Detection, Pinebrook, NJ Bacterial Barcodes, Inc., Houston, TX Iquum, Inc., Allston, MA

Cepheid, Sunnyvale, CA HandyLab, Ann Arbor, MI Nanogen, San Diego, CA Quantum Dot, Hayward, CA Nanosphere, Northbrook, IL Hemosystem, Marseilles, France Biacore, Piscataway, NJ

Texas Instruments, Attleboro, MA

Isis Pharmaceuticals Carlsbad, CA and Science Applications International

Corporation, San Diego, CA Non disponible commercialement Non disponible commercialement Non disponible commercialement Non disponible commercialement Non disponible commercialement Non disponible commercialement Non disponible commercialement

PCR en temps réel PCR en temps réel PCR en temps réel PCR en temps réel Rep-PCR Various PCR en temps réel Diverses Diverses Nanocrystaux Nanoparticules d’or Chimioluminescence Optique Optique Spectrometrie de masse champs magnétique Microbalance Acoustique Electrochimique Ampérometrique Optique NASBA

L’utilisation de la biologie moléculaire en bactériologie permet, tout d’abord, un gain de temps réel ce qui devrait permettre un traitement adapté plus précoce, une diminution du nombre de jours d’hospitalisation et au total une baisse significative du coût.

Mais comme nous avons pu le voir, il ne faut pas utiliser les techniques de biologie moléculaire lorsque les techniques traditionnelles font mieux et à moindre coût. En effet, malgré les imperfections, les techniques usuelles possèdent un avantage décisif de simplicité de mise en œuvre et sont bien corrélées avec les données cliniques.

C’est seulement en cas d’insuffisance de ces techniques que la biologie moléculaire doit être utilisée (bactéries non cultivables ou nécessitant un temps d’incubation prolongé, difficulté d’identification) ou pour différencier une souche virulente d’une souche non pathogène. La généralisation des tests de biologie moléculaire ne se fera probablement que lorsque leur degré d’automatisation sera suffisant pour permettre une réduction des coûts financiers et/ou une économie en personnels.

L’apparition de kits et d’automates va permettre d’améliorer la standardisation et la reproductibilité des résultats, la nouvelle génération de themocycleurs est plus rapide : la PCR se fait dans des microtubes (capillaire) à paroi très fine limitant l’inertie lors des changements de température.

On peut tout de même observer que l’utilisation de la biologie moléculaire a amélioré le diagnostic de pathologie tel que la tuberculose.

Quant à l’interprétation des résultats, il faut rester vigilant car de nombreuses études sont encore nécessaires pour définir clairement les seuils de positivité traduisant une significativité pathologique. En effet, si la présence d’un micro-organisme pathogène dans un échantillon normalement stérile signe une pathologie, l’interprétation est moins évidente dans des prélèvements présentant une flore associée ou l’existence de rares bactéries détectables par la méthode d’amplification n’est pas toujours synonyme de pathogénicité.

Dans l'avenir, il sera nécessaire de développer des techniques de diagnostic plus rapides, d'augmenter l'automatisation des tests et d'avoir une plus grande adaptabilité pour pouvoir faire face aux nouvelles menaces infectieuses, en particulier les agents de bioterrorisme et les

pathogènes émergents. L'association de nouveaux outils qui sont actuellement en cours de développement dans les laboratoires de recherche, la réorganisation générale des laboratoires d'analyse de biologie médicale et l'amélioration des systèmes de communications entre les cliniciens et les microbiologistes cliniques conduiront à de profonds changements dans la façon de travailler des microbiologistes.

Résumé

Titre : Apports des techniques moleculaires en bacteriologie Auteur : Fouad CHARAFI

Mots clés : Bactérie – Techniques moléculaires– Diagnostic – Avantages.

Les méthodes de biologie moléculaire pour la détection et la caractérisation des micro-organismes ont révolutionné le diagnostic en bactériologie et font désormais partie du traitement des échantillons en routine. Les techniques de la réaction de polymérisation en chaîne (PCR) ont ouvert la voie dans cette nouvelle ère, en permettant la détection rapide et spécifique des bactéries qui étaient auparavant difficiles ou impossibles à détecter par les méthodes traditionnelles de bactériologie. En plus de la détection de microorganismes exigeants, une détection plus rapide par des méthodes moléculaires est désormais possible pour les agents pathogènes d'importance en santé publique. Les méthodes moléculaires ont maintenant progressé au-delà de l'identification afin de détecter les gènes de résistance aux antibiotiques et fournir des informations ayant un intérêt épidémiologique tel que la caractérisation des souches par génotypage. Avec l'avènement de la PCR multiplex, la PCR en temps réel, les techniques d’amplification isotherme et l'amélioration de l'efficacité grâce à l'automatisation, le coût des méthodes moléculaires est en baisse de telle sorte que le rôle des méthodes moléculaires est devenu de plus en plus accrue. Ce travail portera sur l'utilité clinique des méthodes moléculaires effectuées dans le laboratoire de bactériologie clinique, illustré par de nombreux exemples de la façon dont ils ont changé le diagnostic en laboratoire et par conséquent la gestion des maladies infectieuses d’étiologie bactérienne.

Abstract

Title: Contributions of molecular techniques in bacteriology Author: Fouad CHARAFI

Keywords: Bacteria, Molecular techniques, Diagnosis, Benefits.

Molecular biological methods for the detection and characterisation of microorganisms have revolutionised diagnostic microbiology and are now part of routine specimen processing. Polymerase chain reaction (PCR) techniques have led the way into this new era by allowing specific and rapid detection of microorganisms that were previously difficult or impossible to detect by traditional microbiological methods. In addition to detection of fastidious microorganisms, more rapid detection by molecular methods is now possible for pathogens of public health importance. Molecular methods have now progressed beyond identification to detect antimicrobial resistance genes and provide public health information such as strain characterisation by genotyping. With the advent of multiplex PCR, real-time PCR, isothermal amplification techniques and improvements in efficiency through automation, the costs of molecular methods are decreasing such that the role of molecular methods will further increase. This review will focus on the clinical utility of molecular methods performed in the clinical microbiology laboratory, illustrated with the many examples of how they have changed laboratory diagnosis and therefore the management of infectious diseases.

ﺺﺨﻠﻣ

ﻥﺍﻭﻨﻌﻟﺍ : ﺎﻴﺭﻴﺘﻜﺒﻟﺍ ﻡﻠﻋ ﻲﻓ ﺔﻴﺌﻴﺯﺠﻟﺍ ﺕﺎﻴﻨﻘﺘﻟﺍ ﺕﺎﻤﺎﻬﺴﺇ ﻑﺭﻁ ﻥﻤ : ﻲﻓﺭﺎﺸﻟﺍ ﺩﺍﺅﻓ ﺔﻴﺴﻴﺌﺭﻟﺍ ﺕﺎﻤﻠﻜﻟﺍ : ﺎﻴﺭﻴﺘﻜﺒ – ﺔﻴﺌﻴﺯﺠ ﺕﺎﻴﻨﻘﺘ – ﺹﻴﺨﺸﺘ – ﺩﺌﺍﻭﻓ . ﺹﻴﺨﺸﺘﻟﺍ ﻲﻓ ﺓﺭﻭﺜ ﺔﻘﻴﻗﺩﻟﺍ ﺔﻴﺤﻟﺍ ﺕﺎﻨﺌﺎﻜﻟﺍ ﺹﺌﺎﺼﺨ ﺩﻴﺩﺤﺘﻭ ﻑﺸﻜﻟ ﺔﻴﺌﻴﺯﺠﻟﺍ ﺎﻴﺠﻭﻟﻭﻴﺒﻟﺍ ﻕﺭﻁ ﺕﺜﺩﺤﺃ ﻭ ﻡﻴﺜﺍﺭﺠﻟﺍ ﻡﻠﻋﻭ ﺕﺎﻨﻴﻌﻠﻟ ﺔﻴﻨﻴﺘﻭﺭﻟﺍ ﺔﺠﻟﺎﻌﻤﻟﺍ ﻥﻤ ﺀﺯﺠ ﻥﻵﺍ ﻲﻫ . لﺴﻠﺴﺘﻤﻟﺍ ﺓﺭﻤﻠﺒﻟﺍ لﻋﺎﻔﺘ ﺕﺎﻴﻨﻘﺘ ﺕﺤﺘﻓ ﺩﻘﻟ (PCR) ﻋﻭﻨﻟﺍ ﻭ ﻊﻴﺭﺴﻟﺍ ﻑﺸﻜﻟﺎﺒ ﺡﺎﻤﺴﻟﺍ لﻼﺨ ﻥﻤ ﺓﺩﻴﺩﺠﻟﺍ ﺔﺒﻘﺤﻟﺍ ﻩﺫﻫ ﻲﻓ ﻕﻴﺭﻁﻟﺍ ﻥﻤ ﻥﺎﻜ ﻲﺘﻟﺍ ﺎﻴﺭﻴﺘﻜﺒﻟﺍ ﻥﻋ ﻲ ﻡﻴﺜﺍﺭﺠﻟﺍ ﻡﻠﻋ ﻲﻓ ﺔﻴﺩﻴﻠﻘﺘﻟﺍ ﻕﺭﻁﻟﺎﺒ ﺎﻬﻨﻋ ﻑﺸﻜﻟﺍ ﺎﻘﺒﺎﺴ لﻴﺤﺘﺴﻤﻟﺍ ﻭﺃ ﺏﻌﺼﻟﺍ . ﺕﺎﻨﺌﺎﻜﻟﺍ ﻥﻋ ﻑﺸﻜﻟﺍ ﻰﻟﺇ ﺔﻓﺎﻀﻹﺎﺒ ﺕﺍﺫ ﺽﺍﺭﻤﻷﺍ ﺕﺎﺒﺒﺴﻤ ﻥﻋ ﺔﻴﺌﻴﺯﺠﻟﺍ ﺏﻴﻟﺎﺴﻷﺍ ﺔﻁﺴﺍﻭﺒ ﻉﺭﺴﺃ لﻜﺸﺒﻭ ﻑﺸﻜﻟﺍ ﻥﻵﺍ ﻥﻜﻤﻤﻟﺍ ﻥﻤ ،ﺔﺴﺎﺴﺤﻟﺍ ﺔﻴﺤﻟﺍ ﺔﻤﺎﻌﻟﺍ ﺔﺤﺼﻠﻟ ﺔﻴﻤﻫﻷﺍ . ﻷﺍ ﺕﻤﺩﻘﺘ ﺩﻘﻟ ﺔﻤﻭﺎﻘﻤﻟﺍ ﺕﺎﻨﻴﺠﻟﺍ ﻥﻋ ﻑﺸﻜﺘﻟ ﺩﻴﺩﺤﺘﻟﺍ ﺀﺍﺭﻭ ﺎﻤ ﻰﻟﺇ ﻥﻵﺍ ﺔﻴﺌﻴﺯﺠﻟﺍ ﺏﻴﻟﺎﺴ ﻲﻨﻴﺠﻟﺍ ﻁﻴﻤﻨﺘﻟﺍ لﻼﺨ ﻥﻤ ﺕﻻﻼﺴﻟﺍ ﻑﺼﻭﻜ ﺔﻴﺌﺎﺒﻭﻟﺍ ﺔﻴﻤﻫﻷﺍ ﺕﺍﺫ ﺕﺎﻤﻭﻠﻌﻤﻟﺍ ﺭﻴﻓﻭﺘﻭ ،ﺔﻴﻭﻴﺤﻟﺍ ﺕﺍﺩﺎﻀﻤﻠﻟ . ﻊﻤ ﻡﻭﺩﻗ PCR ،ﺓﺩﺩﻌﺘﻤﻟﺍ PCR ﻤ ﺓﺀﺎﻔﻜﻟﺍ ﻥﻴﺴﺤﺘﻭ ﺔﺘﺒﺎﺜﻟﺍ ﺓﺭﺍﺭﺤﻟﺍ ﻲﻓ ﻡﻴﺨﻀﺘﻟﺍ ﺕﺎﻴﻨﻘﺘﻭ ،ﻲﻘﻴﻘﺤﻟﺍ ﺕﻗﻭﻟﺍ ﻲﻓ ﻥ ﺭﺜﻜﺄﻓ ﺭﺜﻜﺃ ﺩﻴﺍﺯﺘﻴ ﺢﺒﺼﺃ ﺔﻴﺌﻴﺯﺠﻟﺍ ﻕﺭﻁﻟﺍ ﺭﻭﺩ ﻥﺃ ﺙﻴﺤﺒ ﺕﻀﻔﺨﻨﺇ ﺔﻴﺌﻴﺯﺠﻟﺍ ﺏﻴﻟﺎﺴﻷﺍ ﺔﻔﻠﻜﺘ ﻥﺈﻓ ،ﺔﺘﻤﺘﻷﺍ لﻼﺨ . ،ﻱﺭﻴﺭﺴﻟﺍ ﻡﻴﺜﺍﺭﺠﻟﺍ ﻡﻠﻋ ﺭﺒﺘﺨﻤ ﻲﻓ ﻯﺭﺠﺘ ﻲﺘﻟﺍ ﺔﻴﺌﻴﺯﺠﻟﺍ ﺏﻴﻟﺎﺴﻷﺍ ﻥﻤ ﺔﻴﺭﻴﺭﺴﻟﺍ ﺓﺩﺌﺎﻔﻟﺍ ﻰﻠﻋ لﻤﻌﻟﺍ ﺍﺫﻫ ﺯﻜﺭﻴﺴﻭ ﻴﺨﺸﺘﻟﺍ ﺎﻬﺒ ﺕﺭﻴﻏ ﻲﺘﻟﺍ ﺔﻴﻔﻴﻜﻟﺍ ﺓﺩﻴﺩﻋ ﺔﻠﺜﻤﺃ لﻼﺨ ﻥﻤ ﺎﺤﻀﻭﻤ ﺨﻤﻟﺍ ﺹ ﻲﻟﺎﺘﻟﺎﺒﻭ ،ﻱﺭﺒﺘ ﺭﻴﺒﺩﺘ ﺔﻴﻔﻴﻜ ﺽﺍﺭﻤﻷﺍ ﻨﻔﻌﺘﻟﺍ ﺔﻴﺭﻴﺘﻜﺒﻟﺍ ﺕﺎﺒﺒﺴﻤﻟﺍ ﺕﺍﺫ ﺔﻴ .

Annexe 1 : Principales gammes de kits commercialisées pour la microbiologie clinique [5].

Bactéries kits Sociétés

Chlamydia trachomatis (CT) Neisseria

gonorrhoeae (NG)

Détection après amplification

 (Cobas) Amplicor CT/NG (PCR)  (Cobas) TaqMan CT (PCR en temps réel)  Amplified (uniquement CT) (NASBA)

 Aptima COmbo 2 (TMA et HPA) Peut aussi être isolée (CT ou NG)  BD ProbeTec CT/NG (SDA)

 Hybrid Capture CT/GC

 RealArt artus (PCR en temps réel)

Détection directe sur échantillon

Pace 2 (existe aussi uniquement pour CT ou NG)

Détection sur culture

Accuprobe NG (HPA)

Détection combinée ou isolée de CT et NG

CT ID, GC ID, CT/GC Hybrid Capture 2

Roche BioMérieux Gen-Probe Becton-Dickinson Digene Qiagen BioMérieux Gen-Probe Digene Mycobacterium tuberculosis (MT) Mycobacterium sp

Détection après amplification

 Cobas Amplicor M. Avium (PCR)  Cobas Amplicor M. intracellulare (PCR)  Amplified (complexe MT) [TMA et HPA]

Détection après amplification

 Genotype Mycobacteria Direct (NASBA et reverse dot-blot) (M. avium, M. intracellulare, M. kansaii, M. maloense, M. tuberculosis complex)  RealArt artus (M. tuberculosis complex)

Détection directe sur prélèvement

 Genotype^® MTB Direct v3.0 (reverse dot-blot) [M. avium, M. intracellulare, M. kansaii, M. maloense, M. tuberculosis complex]

Détection sur culture

 AccuProbe (HPA) Nombreuses mycobactéries (M. avium, M. intracellulare, M. gordonae, M. Kansaii)

 AccuProbe (complexe MT) (HPA)

 Inno-LiPA Mycobacteria (Reverse dot-blot) [M. tuberculosis complex, M. kansasii, M. xenopi, M. gordonae, M. Genavense, M. simiae, M. marinum et M. ulcerans, M. celatum, mais, M. avium, M. intracellulare, M.

scrofulaceum, M. malmoense, M. haemophilum, M. chelonae complex, M. fortuitum complex, et M. smegmatis]

 Genotype^® Mycobacterium MTBC (Reverse dot-blot) Complex Mycobacterium tuberculosis

 Genotype® Mycobacterium CM/AS (Reverse dot-blot) Identification de 26 mycobactéries (M. avium ssp., M. chelonae, M. abscessus, M. fortuitum, M. gordonae, M. intracellulare, M. scrofulaceum, M. interjectum, M. kansasii, M. malmoense, M. peregrinum, M. marinum/M. ulcerans, Complexe M. tuberculosis, M. xenopi, M. simiae, M. mucogenicum, M. goodii, M. celatum, M. smegmatis, M. genavense, M. lentiflavum, M. heckeshornense, M. szulgai/M. intermedium, M. phlei, M. haemophilum, M. kansasii, M. ulcerans, M. gastri, M. asiaticum, M. shimoidei)

 Genotype® MTBDR (Reverse dot-blot) Détection des résistances de MT à l’isoniazide et à la rifampicine Roche BioMérieux Hain Lifescience Qiagen Biocentric Gen-Probe Innogenetics Biocentric

Autres bactéries Identification générale de bactéries

Séquençage de régions bactériennes (cf. ARN 16S)

 Microseq  PyroMark

Détection sur culture

 AccuProbe (HPA) (Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, S. groupe A et B, Enterococcus, Campylobacter, Hæmophilus influenzae) PNA FISH S. aureus (FISH)

PNA FISH Enterococcus fæcalis (FISH)

Celera Biotage

Gen-Probe AdvanDx

Gamme Génotype®

EHEC : détection et identification des Escherichia coli

Enterococcus : identification génétique des entérocoques et des résistances à la vancomycine-enterohémorragiques

Blood Culture : identification des bactéries Gram+ et Gram– à partir d'hémocultures (EHEC)

Staphylococcies : identification des staphylocoques, du gène mecA, et du gène PVL

MicroIDent : détection et identification génétique des bactéries anaérobies parodontopathogènes

Détection sur échantillon clinique

GASDirect (HPA) : Streptococcus groupe A

Test IDI-Strep B (Streptococcus B-Hybridation directe)

Test IDI-MRSA (détection de la résistance à la méthicilline du S. aureus-Hybridation directe)

SepCheck (FISH sur sang total)

(S. aureus, S. Coagulase Négative, Streptococcus sp, E. fæcium et E. fæcalis, E. coli, Pseudomonas aeruginosa et Enterobacterium sp)

TOCScan (quantification de bactéries-PCR en temps réel SYBRGreen) Génotype® MRSA Direct (Reverse dot-blot) : détection directe des S. aureus résistants à la méthicilline

Gamme LightCycler (PCR en temps réel) Liste de bactéries (non exhaustif)

Détection de bactéries

Pseudomonas aeruginosa Enterococcus fæcalis S. aureus et SCoN

Recherche de résistance aux traitements

Recherche de résistance à la méthicilline (MecA) des Streptococcus sp Recherche de résistance à la vancomycine (vanA/vanB) des Enterococcus sp Gamme RealArt artus (PCR en temps réel)

Borrelia sp Campylobacter sp Listeria monocytogenes sp Biocentric Gen-Probe Becton-Dickinson GeneOhm Science RiboTechnologies/ Microscreen Biocentric Roche Qiagen

Annexe 2 : Exemples de polymorphismes génétiques liés à la réponse aux infections (Certains des polymorphismes décrits sont le résultat d’études à faible effectif et attendent donc

confirmation d’études à plus grande échelle. Ce tableau est donc donné à titre informatif et à interpréter avec prudence) [54].

Gènes contenant des polymorphismes d'intérêt

Rôle schématique des gènes Agent infectieux ou états infectieux associés à

certains polymorphismes Polymorphisme au rôle potentiellement délétère

Polymorphismes modifiant la reconnaissance de l'agent pathogène Les récepteurs TLRs (Toll-like receptors) TLR2, 4 et 5 ● TLR2 (cf R753Q) ● TLR4 ● TLR5 CD14 MBL (mannose binding lectin) Collectines du surfactant (SP-A et SP-D) Récepteur FcγIIA (ou CD32)

Rôle dans l’immunité non spécifique (innée) Présents à la surface des

monocytes-macrophages, des polynucléaires et des cellules dendritiques, récepteurs reconnaissant la surface d’agents bactériens et participant à l’initiation de la réponse inflammatoire Récepteur pour les bactéries Gram (+), les mycobactéries et les levures

Récepteur pour les liposaccharides (LPS) des bactéries Gram (-)

Récepteur pour les flagellines des bactéries Rôle dans l’immunité non spécifique Situé sur la membrane des macrophages ou sous forme soluble, co-récepteur des TLRs pour les bacilles gram (+) et (-)

Protéine soluble de la phase aigüe de l'inflammation reconnaissant les sucres à la surface de certaines bactéries, virus et parasites et activant le complement (voie des lectines) Rôle de défense (immunité non spécifique) dans les alvéoles pulmonaires

Récepteur à la surface des macrophages et polynucléaires activant la phagocytose après fixation de l'IgG2a, immunoglobuline opsonisant les bactéries encapsulées

Association à un sepsis sévère

● Blocage de la réponse aux lipoprotéines bacteriennes et à certaines bactéries Gram + (cf staphylococcus sp)

● Infections post-opératoires à Gram (-) ● Protection contre la légionellose

● Risque de survenue de méningococcémies ● Légionellose grave

Augmentation de la morbidité et la mortalité au cours de sepsis sévères (Allèle –159TT)

Risque d'infection grave quel que soit l'agent pathogène notamment chez les sujets immunodéprimés

Risque de pneumopathie sous ventilation mécanique

Risque de développer une pneumonie à pneumocoques

Risque de développer une méningococcémie Polymorphismes affectant la réponse à l'infection

TNFα Interleukine 1 (IL-1) Interleukine 4 (IL-4) Interleukine 6 (IL-6) Interleukine 10 (IL-10)

Cytokine pro inflammatoire – rôle central dans le choc septique

Cytokines pro-inflammatoires (1α, 1β, 1ra) Cytokine pro-inflammatoire jouant un rôle dans la stimulation et la différenciation des lymphocytes T helper 2 (Th2)

Cytokine pro-inflammatoire Cytokine pro-inflammatoire

Risque de choc septique grave Risque de surmortalité chez les prématurés sous ventilation mécanique

Surmortalité dans les chocs septiques et les Méningococcémies

Risque de survenue d'une bronchiolite

Risque de sépticémie en période néonatale en cas d'infection à cocci gram (+)

● Risque de bronchiolite sévère ● Etats septiques sévères

Infections graves à cocci gram (+) et (-), à champignons et infections opportunistes Risque de sepsis plus sévère

IRAK (IL-1 receptor-associated kinase)

Caspase 12

Kinase intracellulaire induisant NK-κB et participant à la réaction inflammatoire Protéase, inhibiteur de la réponse inflammatoire

Infections graves à cocci gram (+) et (-), à champignons et infections opportunistes Risque de sepsis plus sévère

Polymorphismes des voies de la coagulation PAI-1 (plasminogen

activator inhibitor)

Régulation de la fibrinolyse Méningococcémie sévère

Polymorphisme au rôle potentiellement protecteur CCR5

CC3L1

Chimiokine, récepteur membranaire présent sur les lymphocytes CD4 participant à la fixation du VIH sur sa cible

Chimiokine, ligand de CCR5

Rôle protecteur du polymorphisme D32 (CCR5D32) empêchant/limitant la fixation du virus VIH sur le lymphocyte T CD4

Passage au stade sida plus tardif

Nombre de duplications segmentaires variables (nombre de copies du gène variable)

Un nombre bas de copies est associé à une évolution de la maladie plus rapide

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