Chapitre III. Résultats et discussion
III.1.3. Discussion
La salinité est l'un des graves problèmes environnementaux qui cause le stress osmotique, et en conséquence la réduction de la croissance des plantes et de la productivité des cultures dans les régions arides et semi arides (Cicek et Cakirlar, 2002). Le stress salin affecte de nombreux aspects du métabolisme des plantes et par conséquent, la croissance et le rendement sont réduits. Au cours des deux dernières décennies, l'utilisation de rhizobactéries favorisant la croissance des plantes (PGPR) pour une agriculture durable s’est considérablement développée dans diverses régions du monde. Des augmentations significatives de la croissance et du rendement des cultures agricoles en réponse à l'inoculation avec les PGPR ont été rapportées par plusieurs chercheurs (Singh et al., 2011).
Dans cette étude, le périmètre de la Mina et du bas-Chéliff dans la wilaya de Rélizane (Algérie) ont été choisis comme lieux de prélèvement et d’isolement d’espèces microbiennes diazotrophiques libres. Le criblage de l’ensemble des isolats sur la base de leurs activités PGP, puis la réalisation d’essais d’inoculation in vivo des plantules de blé par les meilleurs isolats sélectionnés sont les principaux objectifs de ce travail.
Selon Asloum (1990) un sol est considéré comme salin si la CE est supérieure à 4
dS/m. Douaoui et al., (2006) et Gacem et al., (2009) considèrent les sols de ces régions comme des sols salins. La mesure de la conductivité électrique des différents échantillons de sols prélevés à partir des deux régions a montré des valeurs allant de 6,10 à 13,30 dS/m confirmant la nature saline des sols prélevés.
D’après la carte de salinité réalisée par Douaoui et al., (2006), les sols de la plaine du bas-Chéliff sont caractérisés par plusieurs zones de salinité variable, de non salin jusqu’au très salin. En effet, les zones non salines et de salinité moyenne ne représentent qu’une faible partie de cette plaine. La plaine de la Mina de son côté est une zone se situant au sud de la zone du bas-Chéliff qui caractérisée par des sols de salinité variable, de non salin jusqu’au extrêmement salin (Gacem et al., 2009).
La présence de ces quantités élevées de sels dans la solution du sol abaisse le potentiel hydrique et réduit fortement la disponibilité en eau, car la concentration des sols en sel est inversement proportionnelle à leur taux d’humidité (Wadleigh et Fireman, 1949). Ceci explique probablement les faibles taux d’humidité enregistrés dans les différents échantillons du sol étudié (11,33 à 17,84%). La valorisation de ce type de sols passe inéluctablement par l’introduction d’êtres vivants capables de résister à ces conditions défavorables et capables d’enrichir la zone par des substances promotionnelles de la croissance des plantes.
Chapitre III Résultats et discussion
~ 50 ~
La capacité de fixation d’azote atmosphérique comme moyens de fertilisation a été utilisée comme critère d’isolement et de sélection de la flore microbienne du sol de la région de la Mina et du bas-Chéliff. Pour se faire, un screening par la culture sur trois milieux de cultures exempts d’azotes a été utilisé pour l’isolement et la sélection des bactéries diazotrophiques. Des recherches précédentes avaient prouvé la rapidité et la simplicité de ce procédé (Döbereiner et Day, 1976). Dans ce travail, cette méthode a effectivement abouti à l'isolement des rhizobactéries diazotrophiques de plusieurs genres bactériens. Les 296 isolats obtenus, tous étaient capables de croitre sur les trois milieux de culture utilisés exempts d’azote.
Plusieurs travaux rapportent que les bactéries isolées d'un environnement salin sont plus susceptibles de survivre à des concentrations de sel inhibitrices que leurs homologues provenant d'habitats non salins (Douka et al., 1978; Hua et al., 1982). De même il a été signalé que le succès de l’exploitation d’une souche en contrôle biologique ou comme biofertilisant est le plus souvent dépendant de la source d’isolement et que son utilisation dans des conditions différentes peut ne pas affecter ses performances (Duffy et al., 1997).
Les essais préliminaires de l’identification des isolats a permis de mettre en évidence la présence d’une grande diversité d’espèces microbiennes. Parmi ces isolats, 68% sont des bactéries à coloration de Gram négative, et 32% à coloration de Gram positive. Sept genres différents (Bacillus, Stenotrophomonas, Enterobacter, Klebsiella, Serratia, Pseudomonas et
Raoultella) ont été détectés. Parmi ceux-ci un seul genre est à coloration de Gram positive
(Bacillus). Ces résultats sont en accord avec la plupart des études sur les bactéries de la rhizosphère qui rapportent que les souches à coloration de Gram négative sont plus nombreuses et que parfois la rhizosphère tend à sélectionner des bactéries à coloration de Gram négative par rapport à celles à coloration de Gram positive (Kloepper et al., 1992; Gilbert et al., 1993).
Plusieurs travaux visant l’isolement des bactéries fixatrices d'azote ont révélé une grande diversité de diazotrophes dans la rhizosphère de différentes cultures (Vessey, 2003). Les genres bactériens rencontrés durant notre étude sont comparables à ceux signalés par plusieurs travaux se rapportant aux bactéries associées à la rhizosphère de plusieurs plantes. Divers genres, y compris Bacillus, Stenotrophomonas, Enterobacter, Klebsiella et
Pseudomonas ont été isolés de la rhizosphère des plantes de blé dans différentes parties du
NHZ de l'Inde (Verma et al., 2015), Bacillus et Stenotrophomonas ont déjà été isolés à partir
de la rhizosphère de blé (Majeed et al., 2015), l'isolement d’Enterobacter, Azospirillum et
Chapitre III Résultats et discussion
~ 51 ~
par Tahir et al.,( 2013). Serratia et Raoultella avec d'autres genres ont également été trouvés dans la rhizosphère du blé dans le Rio Grande do Sul, (Brésil) par Moreira et al., (2016).
L’identification des isolats est basée sur le séquençage partiel de leurs ADNr 16S jouant un rôle majeur dans l’étude de la phylogénie et de la taxonomie bactérienne (Olsen et Woese, 1993; Janda et Abbott, 2007). L’amplification et le séquençage du gène ARNr 16S suivi par la comparaison de la séquence obtenue à des bases de données ont démontré leur efficacité pour l’identification bactérienne, Il s’agit d’une méthode universelle, précise et objective (Petti, 2007).
Dans notre étude, la majorité des rhizobactéries isolées (63%) sont des entérobactéries. Ces derniers ont été trouvés en association avec un grand nombre d'espèces végétales, telles que le citron (Citrus aurantium) (Araujo et al., 2001), le maïs (Hinton et Bacon, 1995), le riz (Rosenblueth et al., 2004; Verma et al., 2004), la patate douce (Ipomoea batatas) (Reiter et
al., 2003; Asis et Adachi 2004), le soja (Kuklinsky-Sobral et al., 2004) et le blé (Iniguez et
Chapitre III Résultats et discussion
~ 52 ~