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Les APEC sont un sous-groupe d’ExPEC avec lesquels ils partagent les déterminants génétiques de virulence. De plus, des E. coli isolés des poulets, qu’ils soient sains ou affectés par la colibacillose aviaire, peuvent combiner des facteurs de virulence les rendant potentiellement capables d’infecter les humains. Le danger pour les humains est encore amplifié par le développement, qui survient suite à l’utilisation des antimicrobiens, des résistances antimicrobiennes. Celles-ci peuvent toucher des antimicrobiens de très haute importance en santé humaine tels que les céphalosporines de troisième génération (exemple : ceftriaxone et ceftiofur) ou la colistine qui est utilisée en santé humaine pour combattre les bactéries résistantes aux céphalosporines de troisième génération et aux carbapénems.
Le mécanisme le plus important de résistance des E. coli aux céphalosporines de troisième génération est la production de béta-lactamases à spectre étendu (ESBL) de type CTX-M et des AmpC-béta-lactamases de type CMY. La production de ces enzymes est contrôlée par des gènes de mêmes noms qui sont le plus souvent localisés sur des éléments génétiques mobiles tels que les plasmides. Ces plasmides sont en même temps porteurs de gènes de résistance à d’autres antimicrobiens. La conséquence de cette co-localisation est que l’utilisation d’un seul antimicrobien peut conduire à la sélection des résistances à d’autres. Quant à la résistance à la colistine, elle est médiée par des mécanismes aussi bien chromosomiques que plasmidiques. Les plasmides porteurs de gènes mcr de résistance à la colistine sont parfois les mêmes qui portent les gènes d’ESBL/AmpC ; de ce fait, l’on se retrouve totalement démuni d’options thérapeutiques face aux bactéries qui possèdent un plasmide porteur à la fois de gènes d’ESBL/AmpC et mcr.
Au Québec, l’usage des antimicrobiens est strictement réglementé. Les céphalosporines de troisième génération ainsi que la colistine ne sont pas homologués en aviculture. Aucune étude n’a encore évalué la présence de E. coli aviaires résistants à la colistine au Québec, mais la présence des souches productrices de d’ESBL/AmpC a déjà été rapportée. En outre, peu d’études ont été effectuées sur l’identification des plasmides porteurs des gènes d’ESBL/AmpC. Au Sénégal et au Vietnam, aussi bien les céphalosporines de troisième génération que la colistine peuvent être utilisées en production avicole car l’utilisation d’antimicrobiens en production animale n’est pas réglementée dans ces pays. Des études ont
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déjà rapporté la présence de gènes d’ESBL/AmpC et du gène mcr-1 chez des E. coli aviaires au Vietnam, mais aucune étude de ce genre n’a été effectuée au Sénégal.
La présence des E. coli pathogènes et multirésistants dans des animaux et produits animaux destinés à la consommation humaine telle que la volaille représente un danger pour les humains. En effet, ceux-ci peuvent être transmis aux humains via des contacts directs ou lors de la consommation des produits contaminés. Pour estimer ce risque, il est important de mener des études pour estimer la prévalence de tels pathogènes dans les élevages. Il est aussi primordial de maintenir l’efficacité des antimicrobiens en entravant les voies de propagation de la RAM et pour y arriver, il faut préalablement connaître les mécanismes génétiques à la base de ces résistances.
Hypothèses :
Les E. coli isolés des poulets sains et ceux provenant des poulets malades au Sénégal ont des profils comparables de RAM et de virulence;
Les E. coli isolés de poulets de fermes au Canada (Québec), au Sénégal, et au Vietnam sont potentiellement capables d’infecter les humains et/ou résistants aux antimicrobiens d’importance critique pour les humains.
La résistance aux antimicrobiens d’importance critiques en médecine humaine (C3G, fluoroquinolones et colistine) est plus élevée au Sénégal et au Vietnam comparativement au Canada (Québec);
Il n’y a pas d’implication de clone pandémique de type ST131 dans la RAM des E.
coli isolés des poulets dans les trois pays.
Objectifs
L’objectif de cette étude est de caractériser des E. coli isolés des poulets de fermes au Sénégal, au Québec et au Vietnam du point de vue de leur virulence et de leur résistance antimicrobienne.
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1. Caractériser les E. coli isolés de poulets suspects de colibacilloses au Sénégal: identifier, sur la base de leurs profils de virulence et de résistance antimicrobienne, les isolats potentiellement à risque pour les humains.
2. Caractériser les E. coli isolés de poulets cliniquement sains au Sénégal : déterminer les profils de virulence et de résistance antimicrobienne, identifier les isolats potentiellement pathogènes pour les humains, les plasmides porteurs de gènes d’ESBL/AmpC ainsi que les facteurs de risque associés à la présence d’isolats résistants aux C3G dans les fermes.
3. Caractériser les E. coli isolés de poulets cliniquement sains au Québec : déterminer les profils de virulence et de résistance antimicrobienne, identifier les isolats potentiellement pathogènes pour les humains ainsi que les plasmides porteurs de gènes d’ESBL/AmpC.
4. Caractériser les E. coli isolés de poulets cliniquement sains au Vietnam : déterminer les profils de virulence et de résistance antimicrobienne, identifier les isolats potentiellement pathogènes pour les humains ainsi que les plasmides porteurs de gènes d’ESBL/AmpC.
5. Tester la susceptibilité à la colistine des isolats potentiels producteurs d’ESBL/AmpC isolés de fèces de poulets au Québec, au Sénégal et au Vietnam et déterminer si les gènes d’ESBL/AmpC de résistance aux céphalosporines de 3ème génération et mcr-1 et
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