Ce sont des coliformes qui présentent les mêmes propriétés et caractéristiques des coliformes totaux après incubation à la température de 44°C.
Le groupe des coliformes fécaux comprend les espèces suivantes:
Citrobacter freudii, Citrobacter diversus, Citrobacter amalonaticus, Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae, Esherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca, Moellerella wisconsensus, Salmonella (sous-genre III Arizona), Yersinia enterolitica [04].
Intérêt hygiénique de dénombrement des coliformes fécaux :
La présence de coliformes fécaux dans un milieu aquatique, et plus particulièrement d’ E.coli , est considérée comme un bon indicateur d’une contamination récente du milieu par du matériel fécal humain ou d’animaux à sang chaud [45]. Néanmoins, leur mise en évidence dans l’eau n’est pas la preuve de la présence de pathogènes, mais elle permet de la suspecter fortement [91,96].
Un autre test peut fournir les mêmes indications que celles fournies par le dénombrement des coliformes fécaux, c’est le dénombrement des E.coli présumés qui correspondent à des coliformes thermotolérants qui produisent de l’indole à partir du tryptophane, à 44°C. L’examen peut donc être orienté vers l’un ou l’autre de ces dénombrements [04].
3.3. Esherichia coli :
Définition :Le terme « E.coli » correspond à des coliformes thermotolérants qui produisent de l’indole à partir du tryptophane et ont les caractères biochimiques propres à cette espèce [04].
Intérêt de la recherche et de dénombrement d’Esherichia coli :
Selon l’OMS, l’indicateur le plus précis pour estimer la pollution fécale est en fait Esherichia coli, en raison de son abondance dans les fécès humaines (jusqu’à 1 milliard de bactéries par gramme de matière fraîche), et de sa persistance pour être recherché (sa durée de détection dans l’eau à 20°C varie d’une semaine à un mois) [91,97].
3.4. Les streptocoques fécaux :
Définition :Sous la dénomination générale de « sreptocoques fécaux », il faut entendre l’ensemble des streptocoques possédant la substance (acide teichoïque) antigène caractéristique du groupe D de Lancefield [90].
Du point de vue taxonomique, ils appartiennent aux genres Enterococcus et Streptococcus. Le genre Enterococcus comprend les streptocoques qui se caractérisent par une large tolérance à des conditions de croissance défavorables, notamment les espèces Enterococcus faecalis, E.faecium, E.durans, E.hirae, E.avium, E.casseliflavius, E.cecorum, E.gallinarum et E.solitarus. La plupart de ces espèces peuvent être considérées en pratique comme des indicateurs spécifiques d’une pollution fécale humaine. Toutefois, on peut aussi les isoler à partir des fécès d’animaux. Certaines espèces, comme E.faecalis, E.malodoratus et E.solitarus se rencontrent principalement sur des végétaux.
En ce qui concerne le genre Streptococcus, seuls Streptococcus bovis et S.equinus possèdent l’antigène du groupe D et font partie du groupe des streptocoques fécaux. On les trouve principalement dans les excréments d’animaux [98].
Intérêt de dénombrement des streptocoques fécaux :
Bien que ce groupe semble assez ubiquiste, il est généralement considéré comme un indicateur fiable de pollution fécale, car tous sont des hôtes normaux de l’intestin de l’homme et de certains animaux à sang chaud, et ont un habitat fécal [04,45,90].
En plus, le rôle principal des streptocoques fécaux était de faire partie du rapport coliformes fécaux/streptocoques fécaux utilisé comme indicateur de la nature de la source fécale [49]. Donc la détermination pratique de l’origine de la pollution fécale est indiquée par le rapport CF/SF :
a.
Si le rapport CF/SF est supérieur ou égal à 4 (CF/SF ≥4), la source probable de contamination est les déchets humains.b.
Si le rapport CF/SF est inférieur ou égal à 0,7 (CF/SF ≤0,7), la source probable de contamination est les déchets de bétail ou de basse-cour.c.
Si le rapport CF/SF est compris entre 0,7 et 4 (0,7< CF/SF >4), la source probable de contamination est à la fois les déchets humains et animaux [99]. Les streptocoques fécaux, les meilleurs indicateurs de contamination dans l’eau de mer : Dans l’eau de mer, le groupe des entérocoques représente le meilleur indicateur disponible de la contamination fécale en provenance d’animaux à sang chaud. Ils survivent plus longtemps dans l’eau de mer que les coliformes fécaux. En plus, il existe une corrélation positive entre les affections gasrtro-intestinales et les niveaux d’entérocoques dans l’eau de mer [49,53,54,100].
4. Microorganismes indicateurs, non réellement spécifiques de pollution
fécale :
4.1. Les bactéries aérobies revivifiables (germes aérobies mésophiles,
hétérotrophes) :
Définition :
Dans un dénombrement dit de germes totaux, on distingue deux catégories des bactéries cultivant, sur le plan hygiénique : les germes saprophytes, qui se développent à 20°C ; et les germes dits « pathogènes », qui se multiplient à 37°C. Cette distinction provient du fait évident, qu’à 20°C on favorise le développement des germes spécifiques de l’eau, et qu’à 37°C (température du corps humain) on sélectionne les microorganismes provenant de l’homme ou des animaux à sang chaud, de leurs sécrétions, de leurs flores naturelles et en particulier des matières fécales. Il s’agit donc des bactéries hébergées par l’homme ou l’animal [23].
Intérêt de dénombrement des germes totaux :
Cet examen vise à dénombrer non spécifiquement le plus grand nombre de microorganismes, en particulier de bactéries se développant dans les conditions aérobies habituelles de culture [04].
Le dénombrement des germes hétérotrophes, cultivant à 37°C est souvent considéré comme accessoire, il n’apporte pas d’information supplémentaire intéressante, par rapport à celle fournie par le trio des indicateurs de qualité. Il est en effet illusoire de vouloir définir le degré de pureté d’une eau, sur la base de son contenu en bactéries totales. Lorsque ce dénombrement est pratiqué, de façon systématique, pour connaître la distribution spatiale et temporelle des bactéries hétérotrophes, il représente une alternative moderne et efficace d’évaluation de la qualité [23].
Ce dénombrement peut donner aussi des indications importantes pour juger la validité de techniques utilisées pour la recherche d’autres paramètres : un nombre très élevé de germes par rapport à un nombre très faible de coliformes rend le dénombrement de ces derniers très incertain [04].
4.2. Les Clostridium sulfito-réducteurs :
Définition :Ce groupe se compose de microorganismes anaérobies sporogènes, dont le plus caractéristique, Clostridium perfringens, normalement présent dans les fécès, mais en moins grand nombre qu’E.coli.
Les spores de Clostridium peuvent survivre dans l’eau beaucoup plus que les coliformes et ils résistent à la désinfection.
Intérêt de la recherche des Clostridium sulfito-réducteurs :
La présence des spores de Clostridium dans les eaux désinfectées peut indiquer que le traitement est déficient et que des pathogènes résistants à la désinfection ont pu également survivre. En raison de leur longévité, ils sont surtout capables d’indiquer une contamination intermittente ou à distance, et ne sont pas donc recommandés pour la surveillance de routine des réseaux de distribution.
Comme ils ont tendance à survivre et à s’accumuler, on risque de les retrouver très loin, dans le temps et dans l’espace, de la source de pollution, ce qui peut donner lieu à des fausses alertes [56,98].
Par ailleurs, les Clostridium sulfito-réducteurs sont souvent considérés comme des témoins de pollution fécale. La forme spore, beaucoup plus résistante que les formes végétatives des coliformes et des streptocoques fécaux, permettrait ainsi de déceler une pollution fécale ancienne ou intermittente [04].