LE CHAMP THÉMATIQUE DE L’APPEL À PROJETS 2007 L’appel à projets portait sur les thématiques suivantes :

- génomique des bioagresseurs et de leurs interactions avec les plantes ; génomique des champignons, insectes et nématodes phytopathogènes (la génomique à grande échelle des bactéries pathogènes est éligible dans l’AAP

- production de biocarburants et de bioproduits (applications santé exclues) ; - amélioration du rendement et de l’hétérosis ;

- développement d’outils et de ressources pour la génomique ; bioinformatique incluse.

2 LES RÉSULTATS DE L’APPEL À PROJETS

L’édition 2007 a reçu 60 projets, qui couvrent bien les 4 axes thématiques de l’appel. Ce nombre de soumis-sions est en recul par rapport à 2006 (89) ; au-delà du fait qu’en 2006 un appel à projets dans le cadre de l’ERA Plant genomics s’était s’ajouté à l’AAP national, cette baisse traduit vraisemblablement un début de saturation des équipes mobilisables ; la fin des programmes lancés en 2005 devrait permettre de retrouver dès 2008 la capacité nominale de réponses. L’équilibre entre projets menés par des partenaires académiques et projets menés en partenariat (avec le secteur privé intervenant pour au moins 15 % du coût total) se maintient au niveau très satisfaisant connu dès le lancement du programme en 2005.

Le comité d’évaluation puis le comité de pilotage a retenu 26 projets de qualité excellente, dont 23 ont été finan-cés par l’ANR. Tous les axes de l’AAP sont finanfinan-cés :

Axe 1 : 8 projets Axe 2 : 3 projets Axe 3 : 5 projets Axe 4 : 7 projets

La réponse concernant la génomique des bioagresseurs, l’axe 1, est très soutenue et est en phase avec le besoin d’aider la lutte contre les pathogènes qui limitent fortement le rendement final au champ, quelles que soient les espèces cultivées.

L’axe 2 concerne le programme bioénergie et les 3 projets financés mobilisent des fonds plus importants que les autres projets de génomique fonctionnelle ; ces projets portent sur le colza, le tournesol et le maïs et sont menés en partenariat public/privé.

On retrouve l’équilibre recherché entre le secteur public et les entreprises, avec 9 projets sur 23 menés en partenariat, dont 3 portant sur les bioénergies.

L’édition 2007 voit l’arrivée d’une nouvelle plante (l’hévéa) et le panel des entreprises continue de croître (Michelin, Syngenta et une nouvelle TPE).

Universités 13,1 %

Autres établissements d'enseignement sup. 11%

CEA 10,9 %

CNRS 9 %

INRA 37 %

IRD 2 %

PME 1,3 %

Entreprises autres que PME 10,1 %

Divers public 3,7 %

Divers privé 2 %

Répartition des financements par nature des bénéficiaires

P O I N T S D E R E P È R E

Structure support : INRA Montant total attribué : 12,5 M€ Montant moyen attribué par projet : 545,5 K€

Principales dates de l’appel à projets : Nombre total de partenaires : 92 Mise en ligne : 19 janvier Nombre moyen de partenaires

Clôture : 30 mars par projet : 4

Réunions du comité d’évaluation : Nombre d’entreprises : 16 17 avril ; 18 et 19 juin Nombre de projets rattachés à des Réunion du comité de pilotage : 26 juin pôles de compétitivité : 4

Président du comité de pilotage Michel Boucly

Directeur des Engagements et du Développement, Sofiprotéol Président du comité d’évaluation Georges Pelletier

Directeur de recherche, Laboratoire Amélioration des plantes, INRA

Directeur plate-forme génomique et bio-informatique Biogemma Responsable du programme pour Dominique Laborde

l’unité support

Responsable du programme pour l’ANR Francis Quétier

P R O G R A M M E R É S E A U D E G É N O M I Q U E A N I M A L E

Nombre de projets présentés : 30 Nombre de projets financés : 8

Taux de succès : 26,7 %

La production animale (viande, poissons, coquillages, mais aussi œufs et produits laitiers) constitue un secteur économique important pour la France. Les aspects qualité sont tout aussi impératifs que les aspects quantita-tifs, ces derniers impliquant le côté sanitaire des élevages. Les recherches nécessaires doivent prendre en compte ces différentes demandes et sur un éventail d’espèces très important : bovins, ovins, caprins, porc, lapins, volailles, poissons, coquillages. Des espèces élevées dans des buts non-alimentaires n’en présentant pas moins des intérêts économiques, la définition des animaux de rente s’élargit au cheval et à plusieurs autres.

Les recherches sur des animaux modèles ne sont éligibles que lorsque les résultats visés peuvent s’appliquer de manière efficace aux animaux de rente.

Ces nécessités sont prises en compte dans l’élaboration du champ des appels à projets chaque année, en aménageant les évolutions nécessaires, telles l’apparition de maladies émergentes qui nécessitent une réacti-vité rapide. La symbiose entre les recherches très amont et les recherches plus finalisées a été mise en place depuis une bonne dizaine d’années.

1 LE CHAMP THÉMATIQUE DE L’APPEL À PROJETS 2007 L’appel à projets portait sur les thématiques suivantes :

- création d’outils et de ressources en génomique : animaux de génotypes particuliers, banques génomiques et de c-ADN, micro-arrays..., nouveaux outils bio-informatiques ;

- recherches génériques : structure, diversité et expression des génomes, séquençage et annotation ; - recherches finalisées : physiopathologie des caractères d’intérêt socio-économiques, diversité génétique,

identification de gènes gouvernant les traits d’intérêt, génomique de la résistance à des agents pathogènes affectant les élevages, transfert de technologies vers de nouvelles espèces.

2 LES RÉSULTATS DE L’APPEL À PROJETS

Le nombre de projets reçus (30), est un peu plus faible qu’en 2006 et traduit peut-être un début de saturation des équipes mobilisables ; la fin des projets 2005 devrait permettre de retrouver ou même dépasser les 50 projets dès l’édition 2008. L’ensemble de ces projets recouvre bien les 3 thématiques et l’équilibre entre les projets de recherche fondamentale, menés essentiellement par des partenaires académiques, et les projets finalisés, menés en partenariat public/privé, est satisfaisant.

Sur les 8 projets retenus, 4 sont menés par des partenaires académiques et 4 le sont en partenariat public/

privé ; l’équilibre se maintient bien et comme les années précédentes, le secteur privé apporte un financement significatif (de 20 à 50 % du coût total) dans chacun des projets menés en partenariat.

Les 3 thématiques de l’appel à projets sont couvertes, avec 1 projet de bio-informatique pour identifier les pro-moteurs des gènes de vertébrés, 1 projet sur la structure haplotypique des génomes des populations de porc françaises et 5 projets sur les traits d’intérêt pour la production animale.

P O I N T S D E R E P È R E

Le trait majoritaire en 2007, déjà très présent les deux années précédentes, concerne la fertilité, et est étudié à un niveau très fondamental, avec la perspective assez réaliste que les résultats obtenus sur une espèce de mammifère seront bien transposables aux autres.

Un autre trait particulier porte sur l’approche génomique de la résis-tance des ruminants à la fièvre de la vallée du Rift ; c’est une maladie émergente, de type virale, qui se développe de manière importante dans un foyer africain (Kenya) et pourrait s’étendre au-delà. Il s’agit donc de la 3^emaladie émergente, avec la grippe aviaire et la blue-tongue, pour laquelle l’ANR finance

Structure support : INRA Montant total attribué : 2,6 M€ Montant moyen attribué par projet : 333 K€

Principales dates de l’appel à projets : Nombre total de partenaires : 32 Mise en ligne : 19 janvier Nombre moyen de partenaires

Clôture : 2 avril par projet : 4

Réunions du comité d’évaluation : Nombre d’entreprises : 3

13 avril ; 7 et 8 juin Nombre de projets rattachés à des Réunion du comité de pilotage : 22 juin pôles de compétitivité : 1

Président du comité de pilotage Serge Paran

Président de l’Union nationale des coopératives agricoles d’élevage et d’insémination animale (UNCEIA) Président du comité d’évaluation Francis Galibert

Professeur émérite université de Rennes

Responsables du programme pour Bernard Coudurier

Universités 5,3 %

Autres établissements d'enseignement sup. 12,5 %

CEA 9,4 %

P R O G R A M M E G É N O M I Q U E M I C R O B I E N N E À G R A N D E É C H E L L E

Nombre de projets présentés : 12 Nombre de projets financés : 4

Taux de succès : 36,3 %

L’arrivée des nouveaux séquenceurs d’ADN à haut puis ultra-haut débit est un saut technologique qui permet d’une part d’abaisser significativement les coûts de séquençage et d’autre part de réaliser les opérations de séquençage dans un laps de temps très court. En conséquence, il est devenu possible pour l’étude des géno-mes bactériens de proposer des projets de génomique comparative à partir d’espèces différentes d’un même genre ou d’isolats différents d’une même espèce pour cerner une propriété particulière, par exemple compren-dre la structure et l’évolution des régions du génome impliquées dans la virulence et le spectre d’hôte. Par ail-leurs, il devient possible d’établir la composition en bactéries d’écosystèmes complexes naturels, tels des milieux aquatiques ou le tube digestif humain, et d’écosystèmes également complexes mais créés de toutes pièces par l’homme, telles les stations d’épuration des eaux usées ; cette approche correspond à la métagé-nomique. Une percée notable dans ce domaine a été de pouvoir reconstituer complètement, à partir de séquençage métagénomique, le génome d’une bactérie incultivable. Ceci est particulièrement important puis-que l’immense majorité des bactéries de la planète (95 %) sont encore aujourd’hui incultivables séparément.

L’ANR a donc lancé en 2007 un programme dédié aux projets de microbiologie qui impliquent du séquençage massif dans les perspectives mentionnées ci-dessus.

Initialement, un domaine supplémentaire était prévu dans l’AAP 2007, avec la génomique bactérienne à haut débit pour identifier des enzymes intéressant la chimie industrielle (réactions plus économes en énergie et moins polluantes) mais en raison de contraintes budgétaires, ce volet n’a pu apparaÎtre ; il devrait être prévu en 2008.

1 LE CHAMP THÉMATIQUE DE L’APPEL À PROJETS