Bilan et caractéristiques du jeu de données diatomiques

Au total, dans le cadre de cette étude 215 relevés diatomiques ont fait l’objet de déterminations et de comptage. Mais au final, 5 d’entre eux n’ont pas pu bénéficier au de données de chimie suffisamment complètes à mettre en correspondance. Le jeu de données biologiques analysé, portant sur 210 relevés complets, contenait au total 494

codes-taxons différents (voir Annexe 4 et Annexe 5, Tome 2).

Sur le plan quantitatif global, cette biodiversité diatomique repérée pendant le programme Nouvelle-Calédonie est du même ordre de grandeur que pour les listes de taxons recensés lors d’autres programmes d’étude menés antérieurement sur les cours d’eau de DOM français îliens (Réunion, Antilles).

Afin de mieux approcher le nombre total de taxons réellement reconnus à l’espèce dans le Programme Nouvelle-Calédonie, il a cependant fallu toiletter un peu la liste, qui contenait quelques informations hétérogènes par rapport à ce niveau de résolution taxonomique-cible :

• Un code « fourre-tout » unique XXXX a été utilisé pour le comptage de 23 valves

de taxons non-identifiés (ni à l’espèce, ni au genre), représentant 12 taxons différents et de 1 à 6 valves au maximum dans un relevé individuel (effectif complètement marginal par rapport à l’assise du jeu de données diatomiques de l’étude). Ces taxons ne présente qu’un faible intérêt pratique, notamment pour la bioindication, et la très faible plus-value envisageable ne justifie pas de très lourdes recherches bibliographiques, éventuellement stériles (si endémisme), pour essayer de nommer plus avant ces taxons avec une très faible fiabilité. En effet, l’effectif observé par taxon et par station-type n’est pas suffisant pour établir une diagnose de taxon. Ces taxons complètement marginaux ont été comptés sous un unique code taxon fourre-tout XXXX et font l’objet d’une information descriptive alphanumérique en remarque sur les relevés ou ils ont été observés.

• 16 codes de genres ont été utilisés pour déterminer au genre des taxons non-

reconnus à la résolution taxonomique supérieure de l’espèce (ADCS =

Achnanthidium sp, 42 valves ; ADSP = Adlafia sp, 40 valves ; ATCS = Actinocyclus

sp., 88 valves ; BRCS = Brachysira sp, 20 valves ; ENSP = Encyonema sp., 96 valves ; EOSP= Eolimna sp., 7 valves ; EUNS = Eunotia sp, 227 valves ; FALS =

Fallacia sp. , 22 valves, FRAS = Fragilaria sp.,15 valves ; FRSP = Frustulia sp, 6

valves ; GOMS = Gomphonema sp, 279 valves ; KOBS = Kobayasiella sp., 52 valves ; NASP = Navicula sp, 35 valves ; NUPS = Nupela sp., 9 valves ; NZSS =

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L’effectif cumulé de ces taxons identifiés au genre (en tout 1 040 valves, que l’on peut cumuler avec les 23 valves de taxons XXXX précédents), représente un effectif cumulé de 1 063 valves au total pour les 210 relevés diatomiques exploités, l’effectif moyen par relevé de l’étude étant de 512 valves (soit un pourcentage de moins de 1 % de l’assise des inventaires en effectif total cumulé, qui compte 110 124 valves).

L’information écologique représentée par ces unités taxonomiques globalisantes, au demeurant imprécises par rapport à la signification écologique qu’elles pourraient revêtir, est négligeable par rapport au temps qu’il aurait fallu pour des déterminations à l’espèce et par rapport à une utilisation pratique en bio-indication.

Quelques codes ont été affectés au recensement de taxons présentant des

déformations tératologiques. Le logiciel Omnidia propose en effet des codes

spécifiques à la détermination d’une forme tératologique mais pour certaines espèces ou certains genres seulement. Sinon, un code par défaut désigne toute forme déformée (codée DEFO). D’une part, les codes correspondant à une espèce tératologique identifiée à l’espèce ont été rapportés à la même espèce, signifiant que bien qu’affectés d’une déformation, les effectifs de valves déformées appartiennent à la même espèce. D’autre part, les codes impossibles à rapporter à une espèce précise (3 codes genres tératologiques : ENCT = Encyonema sp. forme tératologique, GOMT = Gomphonema sp. forme tératologique, NIZT = Nitzschia sp. forme tératologique) ont été regroupés sous le code DEFO.

En tenant compte de ces quelques particularités, en ne prenant pas en compte le code DEFO, qui a été cependant maintenu dans la liste des abréviations taxonomiques pour tenir compte des observations de formes tératologiques non identifiées à l’espèce, et après regroupements de synonymes, ce sont en tout 466 taxons différents qui ont été reconnus et identifiés au niveau de l’espèce au cours de l’actuel programme Nouvelle- Calédonie.

Pour mémoire, ce score de biodiversité est d’un ordre de grandeur tout-à-fait comparable à celui observé aux Antilles (où 512 taxons vrais ont pu être identifiés en regroupant la flore de la Martinique et la Guadeloupe), et un peu plus important que celui recensé à la Réunion (343 taxons vrais), dans le contexte d’une île sensiblement plus petite, jeune à l’échelle des temps géologiques, que l’origine volcanique a fait s’édifier et émerger au milieu de l’Océan Indien dans un contexte plutôt isolé du reste du monde, hors archipel des Mascareignes.

Le Tableau 4 ci-dessous résume les données de taxonomie de cette étude.

Tableau 4 : Degré de détermination taxinomique des espèces de l’étude Nouvelle-Calédonie.

Nb total de codes taxons utilisés dans les

inventaires Nb de codes taxons redondants ( taxons non identifiés à l’espèce + formes tératologiques) Nb de taxons vrais utilisés en vue des

analyses Nb de taxons répertoriés d’après la littérature Nb de taxons non déterminées d’après les données de la littérature (Espèces sous N°) 494 28 466 435 31

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Le travail réalisé pendant le présent programme a constitué un bon compromis à la jonction entre le domaine scientifique et les applications opérationnelles. Sur le plan taxonomique, dans notre jeu de données d’étude, il a été possible d’identifier 466

espèces différentes. Parmi elles, 435 avaient déjà été répertoriées, soit dans la

bibliographie mondiale, soit dans certains échantillonnages locaux collectés à l’occasion des quelques missions historiques d’inventaire scientifique réalisées sur place par le passé. Par contre, 31 nouvelles espèces, la plupart probablement endémiques, n’avaient encore jamais été référencées. Elles ont cependant pu être reconnues et comptées en tant qu’espèces particulières, au moyen d’un code à 4 caractères utilisant des lettres pour leur attribuer un nom de genre, suivies d’1 à 2 chiffres permettant de les identifier et de les compter au niveau de l’espèce. Au final, ce programme a permis de réaliser de nouvelles investigations de nature taxonomique (Le Cohu et al., 2017) ; (Marquié et al., accepted 2018). Il a d’autre part permis de formaliser une connaissance totalement nouvelle sur les préférences auto-écologiques des espèces trouvées localement (paramètres abiotiques naturels, paramètres associés à des usages et à des altérations anthropiques). Enfin, il a permis la mise au point et la diffusion d’un nouvel outil efficient d’appui à la surveillance des cours d’eau locaux s’appuyant sur le maillon des diatomées benthiques, très utile sur le plan sociétal et patrimonial.

Il convient en effet de rappeler qu’avant le début de réalisation de ce programme, aucun scientifique ou acteur sociétal, au niveau mondial comme au niveau local, n’était capable de déterminer les assemblages diatomiques locaux en routine, de leur affecter les préférences écologiques adéquates et de les utiliser pour le diagnostic opérationnel des conditions écologiques et du degré d’altération anthropique des cours d’eau, ce qui va maintenant pouvoir passer rapidement dans la pratique routinière des réseaux de surveillance.

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