Matériel et Méthodes
6 Matériel et Méthodes
6.11 Analyse Imagerie Confocale
Les lames de microscopies ont été analysées à l’aide d’un microscope confocal Leica Sp5-SMD objectif 63x à immersion d’huile, et zoom numérique 2x (Plateforme MRI). Les images ont été acquises dans le volume de la cellule avec des tranches optiques (Z) de 1 µm (correspondant à la taille maximale connue d’un peroxysome).
6.11.A Cell Profiler
Le logiciel « ImageJ » a permis l’étude de cellules entières. Les images des différents plans d’une même cellule isolée ont ensuite été introduites dans le logiciel d’analyse d’images « Cell Profiler ». Ce logiciel a la capacité de mesurer l’aire de chaque marquage Pex14. « Cell Profiler » a ensuite classifié chaque objet mesuré dans les différents plans de la cellule isolée selon le seuil choisi de 0,7 µm diamètre. Nous avons choisi ce seuil de 0,7 µm afin de distinguer les peroxysomes « matures » des peroxysomes plus petits qui sont les peroxysomes immatures et divisés par fission. Le nombre de peroxysomes « matures » et nombre total de peroxysomes par cellule a été recueilli du logiciel « Cell Profiler » et le rapport de ces chiffres a été analysé dans Excel (Microsoft). Ces rapports sont ensuite comparés pour chaque type de condition (exposé ou non à Env).
6.11.B Imaris
Les images confocales acquises ont été utilisées dans le logiciel « Imaris » pour reconstituer chaque cellule de façon tridimensionnelle. Ce logiciel « Imaris » a ensuite été utilisé pour quantifier la colocalisation entre deux types d’organelles (les peroxysomes et les lysosomes). « Imaris » permet d’identifier chaque marquage et de le modéliser par des vésicules sphériques de 1 µm de diamètre. La colocalisation des sphères modélisées de peroxysomes (marquage Pex14) par rapport aux sphères de lysosomes (marquage Cathepsine D) peut être mesurée par « Imaris » à un seuil de 0,3 µm. Ce nombre de sphères de peroxysomes
81 colocalisant ou non avec les sphères de lysosomes est calculé dans le volume de la cellule par « Imaris ». Ces nombres sont ensuite reportés dans Excel pour calculer le rapport du nombre de peroxysomes colocalisés avec des lysosomes et le nombre total de peroxysomes pour chaque cellule. Ces rapports sont ensuite comparés pour chaque type de condition (exposé ou non à Env).
6.12 Statistiques
Les différences sont considérées significatives à *p<0,05, **p<0,01 et ***p<0,001 La variance des résultats a été mesurée grâce au test t sur GraphPad Prism
82
82
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