Analyse des données obtenues par RMN du proton

3.3.1 Analyse des effets « inoculation » et « temps de cinétique » sur les variations métaboliques globales

Une analyse en composantes principales (ACP) a mis en évidence l’impact majeur de la phase d’infection (CP1) et de l’isolat inoculé (CP2) sur les données globales obtenues en RMN (Fig. III.10).

Dans cette étude, le stade de développement du mildiou explique 38,9% des variations observées entre les échantillons, avec une séparation nette entre les temps 12-24 hpi et 72 hpi. Le type de souche inoculé à un effet plus faible, évalué à 20,1% des variations observées. L'éloignement de l’échantillon 259 inoculé par Colmar des deux autres réplicats peut

CP1: 38,9 %

CP

2:

20,1 %

CP1 et CP2 expliquent 59 % de la variabilité totale.

12hpi 24hpi 72hpi !"#$%&'!(# )"#*+,-./+# /"#01# # $2 34 #356 7#8# $274#9:6;#8# 12hpi 24hpi 72hpi !"#$%&'!(# )"#*+,-./+# /"#01# # $2 34 #356 7#8# $274#9:6;#8#

Analyse en Composantes Principales: Scores plot!

CP1: 38,9 %

CP

2:

20,1 %

CP1 et CP2 expliquent 59 % de la variabilité totale.

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Analyse en Composantes Principales: Scores plot!

A

Fig. III.9. Evaluation des effets “inoculation” et “temps de cinétique” sur les variations métabolomiques observées en RMN.

L'ellipse rouge regroupe les échantillons prélevés à 12 hpi, la bleue ceux prélevés à 24 hpi, et la verte les prélèvements 72hpi. A 72 hpi, les échantillons d'un même triplicat sont représentés sur fond bleu (non-inoculé), vert (inoculation Lednice) ou violet (inoculation Colmar). L'échantillon 259 Colmar présente un profil métabolomique éloigné des autres

Fig. III.10: Evaluation des effets « inoculation » et « temps de cinétique » sur les variations métabolomiques observées en RMN.

L’ellipse en rouge regroupe les échantillons prélevés à 12 hpi, la bleue ceux prélevés à 24 hpi, et la verte les prélèvements 72 hpi. A 72 hpi, les échantillons d’un même triplicat sont représentés sur fond bleu (non-inoculé), vert (inoculation Lednice) ou violet (inoculation Colmar). L’échantillon 259 Colmar présente un profil métabolomique éloigné des autres.

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expliquer en partie ces résultats. Lors de l’analyse LC-MS, les variations métaboliques entre les échantillons étaient plus importantes à 48 et 72 hpi, ce qui est cohérent avec les résultats de RMN. Les résultats de l’ACP montrent que le stade de l'infection à un impact majeur sur l’évolution du métabolisme de la plante. Les variations entre les échantillons ont donc été abordées selon 2 critères: la cinétique d’infection, d'une part, et la souche inoculée d'autre part.

3.3.2 Variations du métabolome selon le temps de cinétique

Les échantillons ont été analysés en fonction du temps auquel ils ont été prélevés, sans considération de l’isolat de mildiou inoculé. Les contenus en saccharose, proline et acide tartrique des échantillons semblent diminuer durant l’infection, tandis que les signaux dus aux hexoses augmentent au cours du temps (Fig. III.11).

Fig. III.10: Variation d’intensité des signaux de certains métabolites en fonction du temps post-inoculation

A. Le signal de certains métabolites augmente au cours de la cinétique (en vert), d’autres diminue (en rose). Suc: saccharose; Tartrat: tartrate; acCaff: «motif» acide caféique; Fruct: fructose; Gluc: glucose; Pro: Proline; X: indique que la zone intégrée contient des résonances d’une ou plusieurs autres molécules non identifiées.

B. Représentation du signal de la proline au cours du temps, sans distinction de l’inoculation. Les courbes bleues représentent les échantillons prélevés à 72hpi, en vert 48hpi, en rouge, 12hpi

A B

Fig: Variations variation d’intensité des signaux de métabolites durant les prélèvements

A.  Le signal de certains métabolites augmente au cours de la cinétique (en vert), d’autres diminue (en rose) Suc: sucrose;Tartrat: tartrate; acCaff: «motif» acide caféique; Fruct: fructose; Gluc: glucose; GABA: acide gamma aminobutyrique;

Pro: Proline; Leu: Leucine; Isol: isoleucine; Val: valine; X: indique que la zone intégrée contient des résonances d’une ou plusieurs autres molécules non identifiées.

B. Représentation du signal de la proline au cours du temps, sans distinction de l’inoculation. Les courbes bleues représentent les échantillons prélevés à 72hpi, en vert 48hpi, en rouge, 12hpi

12 hpi 24 hpi 72 hpi

Fig. III.11: Variation d’intensité des signaux de certains métabolites en fonction du temps post-inoculation.

A)  Le signal de certains métabolites augmente au cours de la cinétique (en vert), d’autres diminue (en rose). Suc: saccharose; Tartrat: tartrate; acCaff: « motif » acide caféique; Fuct: fructose; Gluc: glucose; Pro: Proline; X: indique que la zone intégrée contient des résonances d’une ou plusieurs autres molécules non identifiées.

B)  Représentation du signal de la proline au cours du temps, sans distinction de l'inoculation. Les courbes bleues représentent les échantillons prélevés à 72hpi; en vert 48 hpi, en rouge 12 hpi..

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3.3.3 Variations du métabolome selon l’isolat de P. viticola inoculé

Une comparaison entre échantillons infectés et échantillons non-inoculés a été réalisée, indépendamment du temps de prélèvement. Les échantillons infectés présentent une diminution de la leucine, de la valine et du GABA par rapport aux échantillons non-inoculés. A l’inverse, des dérivés du saccharose se concentrent dans les feuilles infectées. L’effet « inoculation » étant plus net à 72 hpi, les analyses suivantes se sont focalisées sur les échantillons prélevés à ce stade. Soixante-neuf variables ont été identifiés comme significativement différentes à 0,05%. Trente deux variables ont été attribuées à des résonances du saccharose, du GABA, de la valine, de l'isoleucine, de la leucine, et de la quercetine-O-glucoside (ou quercetine-O-glucuronide). Les échantillons infectés par l’isolat Lednice accumulent des acides-aminés, tandis que le signal du saccharose est faible par rapport aux échantillons non-inoculés (Fig. III.12). Les échantillons infectés par l’isolat Colmar présentent une trop forte dispersion au sein des réplicats biologiques pour aboutir à des conclusions statistiquement significatives (Fig. III.13).

Fig. III.11: Variation d’intensité de certains métabolites durant l’infection par l’isolat Lednice à 72hpi

Le signal de la valine, isoleucine, et du GABA, augmente après infection par l’isolat Lednice (en vert), celui de dérivés du saccharose diminue (en rose) , en comparaison des échantillons non-inoculés. Suc: sucrose; Tartrat: GABA: acide gamma aminobutyrique; Leu: Leucine; Isol: isoleucine; Val: valine; X: indique que la zone intégrée contient des résonances d’une ou plusieurs autres molécules non identifiées.

Fig. III.12: Variation d’intensité de certains métabolites durant l’infection par l’isolat Lednice à 72 hpi.

Le signal de la valine, isoleucine et du GABA, augmente après infection par l’isolat Lednice (en vert), celui de dérivés du saccharose diminue (en rose), en comparaison des échantillons non-inoculés. Suc: sucrose; Tartrat: tartarique; GABA: acide gamma aminobutyrique; Leu: Leucine; Isol: isoleucine; Val: valine; X: indique que la zone intégrée contient des résonnances d’une ou plusieurs autres molécules non identifiées.

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