Étapes de construction de notre ontologie

Cette section émerge de la précédente et même pourrait s’y inclure. Cependant, l’intérêt de sa mise en évidente ici, est de la valoriser davantage.

Nous résumons nos étapes issues de Diligent, de NeOn et de ontoForInfoScience (Section 3.3.1 du chapitre 3), au nombre de neuf (9). Ces étapes ou phases sont plus ou moins communes à ces trois (3) méthodes et compatibles en parties avec la norme I3E 1074-1995 (Section 3.3.1 du chapitre 3). Elles constituent le socle de notre démarche méthodologique, vu la nature du domaine de notre projet de recherche.

– Étape 1 : Spécification des besoins

Pour la construction de l’ontologie, sont largement suffisantes les raisons déjà évoquées dans le chapitre 1, introductif, auxquelles se rajoute celle qui suit : il n’existe pas d’ontologie de référence en MT africaine. Il en existe à l’état embryonnaire (cf chapitre 3) tant au niveau terminologique qu’au niveau iconique (icOnto de Kuicheu).

– Étape 2 : Questions de compétences

Ces questions se rapportent à la spécification des besoins. L’ontologie ontoMEDTRAD a deux niveaux de réponse : le premier terminologique et le second iconique. A chaque niveau plusieurs applications sémantiques peuvent être réalisées : constitution d’un fond organisationnel continu des connaissances, des pratiques et expériences de la MT. Ces ontologies à travers SysMEDTRAD vont constituer le support principal d’un cadre d’échange sous forme de plateforme web social et sémantique entre PMT et leur permettre d’exercer leur art de guérisseur. Ces derniers seront aidés par l’usage du langage iconique une fois celui-ci à terme.

– Étape 3 : Acquisition de connaissances

Cette phase implique l’acquisition de connaissances. Elle comprend la sélection des matériaux à étudier (sur le domaine) et la sélection des méthodes pour extraire les connaissances. Ces activités mélangent souvent différentes méthodes, comme : l’analyse textuelle des livres et des documents, et l’extraction manuelle et/ou automatique des termes (concept et propriétés). Du point de vue terminologique, nous avons utilisé les procédés visant les échanges et interviews avec le PMT par des rencontres physiques, des réunions, une documentation riche en MT relavant des programmes nationaux, ONG (Prometra), travaux scientifiques en biosciences, le web et des ouvrages. Du point de vue iconique, nous avons utilisé des techniques de catégorisation afin de mettre en relief les critères-attributs et valeurs permettant d’amorcer l’ontologie visuelle (langage iconique) par le concept de plante (en justification par les cas d’utilisation). Chaque concept à iconiser peut constituer un travail considérable. Ainsi par exemple la représentation iconique visuelle de la plante dépasse le cadre de la MT pour aborder de manière dense la physicalité des plantes traitée par la morphologie en botanique. Pour l’émergence et la rétention de critères attributs et valeurs, nous avons fait usage d’un outil automatique d’apprentissage et de classification Weka (cf section 6.3.4 "sélection des critères" du chapitre 6). Ce sont ces attributs qui seront conceptualisés et puis après formalisés en classes dans ontoMEDTRAD.

Le point de vue d’intérêt majeur de notre travail consistant à traiter un patient, nous a amenés à la définition de trois cas d’utilisation dominants notamment UC1 : diagnostiquer la maladie sur le patient,

UC2 : déterminer le remède et UC3 : préparer le remède et l’administrer. Ainsi se signale le point de départ de notre modélisation conceptuelle. La description de ces cas d’utilisation nous conduits à asseoir les concepts et les relations fondamentaux à partir desquels nous allons étendre (élargir) le champ des concepts et le spectre relationnel. A ce titre, nous avons fait usage de tableau, de dictionnaire et d’un modèle conceptuel graphique (diagramme de classes sous UML) décrits succinctement comme suit :

i) un tableau de concepts et de propriétés, contenant des concepts, des définitions, des synonymes, des valeurs et des propriétés autorisées ;

ii) un dictionnaire de verbes contenant des verbes identifiés candidats à être des relations, ainsi que leurs définitions textuelles ;

iii) un modèle conceptuel graphique qui représente des relations conceptuelles entre des concepts uti-lisant des graphiques et des structures similaire au diagramme de classes sous UML.

– Étape 5 : Intégration et importation de concepts depuis des ontologies existantes

La réutilisation de concepts des ontologies de fondement (OBO², BFO), ou core (PO), concerne peu de concepts ici, vu le mode opératoire de la MT très différent de celui de la MM. C’est pourquoi, nous avons plus cherché, après la définition des termes de nos concepts, à les confronter aux ontologies existantes. Le concept de plante dans PO [194] [204] est décrit chimiquement en détail, mais beaucoup plus sommairement d’un point de vue morphologique. Les principes actifs des plantes médicinales traditionnelles ne sont pas abordées en MT du point de vue du PMT.

Ces dernières années, les gouvernements cherchent à aider financièrement les PMT à tester cliniquement les principes actifs des plantes utilisées. Plusieurs travaux en biosciences sur l’éthnobotanique de la sous-région sont déjà bien riches (travaux de recherche universitaires et avancés menés sous l’égide de l’ex ORSTOM devenu Institut de recherche pour le développement (IRD)). Il est prévu l’intégration des curricula de formation en MT africaine dans des écoles et universités comme cela se fait en Chine. Le regain d’intérêt de la MT amène à permettre aussi l’intégration progressive de centres de MT dans les structures hospitalières de soins de santé de la MM.

Nous n’abordons pas les principes actifs dans ontoMEDTRAD. Il y a des systèmes universels et in-ternationaux de classification que nous avons analysés et intégrés en partie. Il s’agit notamment pour les concepts de maladie et de symptôme de la CIM-10 (ICD-10)³ et de SNOMED-CT (Systematized No-menclature of Medicine - Clinical Terms), une terminologie internationale de MM. La classification du règne du vivant nous intéresse à travers les noms scientifiques des plantes (faisant partie des végétaux) et ceux des animaux utilisés tous en MT. Elle est traitée par le NCBI (National Center for Biotechnology Information, organismal classification)^{4 et 5}adossé à OBO. Il est possible d’accéder à moult ontologies de référence via Ontobee^{6 et 7}, comme le montre [242]. Ontobee est un puissant outil serveur, point focal de liaison de termes de concepts d’ontologies formelles existantes et de référence.

Le terme herbe, dans une acception large, est utilisé pour désigner toute plante annuelle ou vivace, non ligneuse. 2. http ://www.obofoundry.org/ consulté en 2015 3. http ://apps.who.int/classifications/icd10/browse/2015/en consulté en 2015 4. http ://www.obofoundry.org/ontology/ncbitaxon.html consulté en 2017 5. https ://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3037419/ consulté en 2016 6. http ://www.ontobee.org/ consulté en 2017 7. http ://www.ontobee.org/sparql consulté en 2017

– Étape 6 : Formalisation

La représentation formelle de l’ontologie est créée en utilisant un langage logique (LDs comme OWL). En partant de la conception (phase 3), les développeurs produisent des descriptions formelles. La connais-sance du domaine est ensuite organisée en tenant compte des principes ontologiques et formels. Ce qui implique de raffiner des structures conceptuelles antérieures afin de respecter les contraintes ontologiques et logiques. Les activités principales de cette phase sont :

i) Construire une taxonomie, l’ontologie de niveau supérieur sélectionnée ; caractériser les types de relation is_a et part_of ;

ii) Décrire les relations et propriétés (attributs) des classes. Il en est de même pour des noms synonymes, définitions et annotations, selon la langue ;

iii) Créer des définitions formelles des classes, qui sont dérivées des définitions textuelles relevant du discours littéraire ;

iv) Décrire les propriétés et attributs en tant que types de données, cardinalités, quantificateurs exis-tentiels et universels ;

v) Peupler les classes par les individus, les instances ; vi) Adjoindre des règles (via SWRL).

– Étape 7 : Formalisation avancée

Cette étape implique une évaluation de l’ontologie. A la fois la validation ontologique (correspondance entre l’ontologie et le monde réel) et la vérification ontologique (analyse en fonction de l’exactitude et de la consistance) y sont effectuées. Les exemples de critères de validation sont : la non-récursivité dans les défi-nitions, la spécification de différents types de parties de relations, la définition des relations, fonctionnelles, inverses, symétriques, la création de cardinalités, ...

– Étape 8 : Documentation

Toutes les activités du cycle de vie sont documentées et organisées. La documentation est produite avec la construction de l’ontologie. Elle englobe le document de spécification (phase 2), les documents de référence relatifs au domaine (phase 3), les modèles conceptuels (phase 4), les ontologies réutilisées (phases 5 et 6), le contenu ontologique et formel (phase 6) et d’autres notes utiles.

– Étape 9 : Disponibilité de l’ontologie et emploi

Enfin, dans la phase 9, le développeur rend l’artefact ontologique disponible pour être téléchargé et visualisé par une communauté d’utilisateurs. Les étapes de cette phase sont les suivantes :

i) exporter le contenu de l’ontologie de l’éditeur vers le référentiel Web ;

ii) présenter l’ontologie sous forme graphique, qui peut faciliter la compréhension de la structure par les utilisateurs.

Remarque

Ces étapes n’ont pas les mêmes degrés de description (formelle [155]) et d’importance. Au stade actuel de notre ontologie (ontoMEDTRAD) et de notre recherche, d’autres validations sont en vue pour le déploiement web effectif en environnement wiki sémantique (virtuoso choisi). Ce qui suit en tient compte.

( A ) ( B )

Figure5.6 – Vues synoptiques succinctes de la spécification des besoins à l’implémentation de la solution en machine