Université de Bordeaux UF de Biologie
MASTER SCIENCES, TECHNOLOGIES, SANTÉ
Mention Biodiversité, Ecologie & Evolution 1ère année
Année Universitaire 2019/2020
RAPPORT DE STAGE
PIVETTI Romain
Création d’une clef de détermination multicritères des Bryophytes
Stage effectué du 27/04/20 au 24/06/2020 Maître de stage : Mr Gabriel BALLOUX
Organisme d'accueil : GABRIEL BALLOUX, Ingénieur Indépendant
0635922877
gabyballoux@hotmail.fr
Table des matières
Table des illustrations ...
Table des tableaux ...
Table des figures ...
Introduction ...1
Matériel et méthodes ...2
Liste d’espèces et choix des critères ...2
Les critères de morphologie générale ...2
Les critères de morphologie de l’appareil végétatif ...3
Les critères de morphologie de l’appareil reproducteur ...4
Les critères écologiques ...5
Développement de la clef de détermination multicritères CDM-bryo ...6
Résultats et discussions ...7
Résultats du développement et phase de tests ...7
Améliorations et mises à jour ...8
Conclusion : ... 10 Bibliographie : ...
Remerciements : ...
Résumé : ...
Table des illustrations Table des tableaux
Tableau I: Extrait de la base de données de "CDM-bryo" ...2 Tableau II: tables de références de l’aspect du peuplement des mousses et des couleurs ...9
Table des figures
Figure 1: Exemple de mousse à port dendroide, Climacium dendroides ...3 Figure 2: Exemple de mousse à marge dentée à l'apex, Dicranum scoprium Hedw ...3 Figure 3: Exemple de mousse a capsule striée, Orthotricum affine Brid ...4 Figure 4: Extrait du code de "CDM-bryo", défninition des variables « port », « taille_tige » et « couleur_tige » ...6 Figure 5: Extrait du code de "CDM-bryo", exemple de boucle "SI" interrogeant la base de données ...7 Figure 6: extrait du code de « CDM-bryo », exemple de données brutes dans le code (en vert). ...8
Introduction
Les bryophytes sont un domaine d’étude en constante évolution, dont les connaissances sont sans cesse révisées et complétées par de nouvelles études. Ils comprennent trois phylum, selon la classification la plus récente (Hugonnot et al. 2017a), dont celui des Bryophyta, aussi dit Bryophytes au sens strict. Ces derniers, connus comme les mousses, sont un phylum d’un grand intérêt. En effet, en plus d’être répartit partout dans le monde dans une grande variété d’habitats (Crandall-Stotler &
Bartholomew-Began 2007), il s’agit d’un phylum très riche en espèces puisqu’il est représenté par environ 13 000 espèces connues dans le monde, et quelques 980 espèces connues en France (Hugonnot et al. 2017a).
Il existe de nombreux ouvrages traitant des Bryophytes et de leur identification, et ce depuis longtemps (Douin 1892; Hugonnot et al. 2017a; “Bryophytes de France” 2020). Toutefois, ces clefs de détermination sont souvent destinées à des bryologues confirmés, utilisant une terminologie spécialisée peu accessible pour un novice. Par ailleurs, elles emploient souvent des critères inobservables sur le terrain, car invisibles à l’œil nu ou à la loupe à main, ou encore reposent sur l’observation des sporophytes alors qu’ils ne sont pas toujours présents. Par ailleurs, il n’existe pas de clef de détermination numérique pour l’ensemble des Bryophytes.
Nous avons décidé de créer une clef de détermination multicritères des Bryophytes, nommée
« CDM-bryo », pour les avantages qu’elle présente. Une telle clef est tout d’abord facile à mettre à jour (Farr 2006; Dallwitz et al. 2018). Ainsi il est possible de la faire évoluer en parallèle des connaissances, sans qu’elle tombe dans l’obsolescence, tant du point de vue du vocabulaire qu’elle emploie, que de celui de la réalité écologique et taxonomique. De plus, elle est plus facilement accessible. Peu importe où l’on se trouve, l’utilisation de cette clef est possible et sa diffusion est plus simple grâce à sa nature numérique (Farr 2006). Il est aussi possible d’avoir une certaine tolérance par rapport à une erreur d’appréciation de la part d’un utilisateur vis-à-vis d’un critère sans que cela mette en péril la bonne identification de l’individu, là où une clef dichotomique classique nous mènerait de façon certaine à une identification erronée (Dallwitz et al. 2018). Enfin, nous nous sommes efforcés d’utiliser des critères observables à l’œil nu ou avec une loupe à main, et un vocabulaire accessible et facilement compréhensible, de sorte que cette clef soit exploitable par une gamme d’utilisateurs la plus large possible.
Matériel et méthodes
La création de la clef de détermination multicritères a nécessité la réalisation de plusieurs étapes.
Liste d’espèces et choix des critères
Il a d’abord fallu créer une base de données sur laquelle s’appuyer pour la programmation de la clef (Tableau I). Elle a été créée sous la forme d’un tableau à double entrée sous Microsoft Excel 2004. La première entrée est la liste d’espèces que notre clef de détermination sera en mesure d’identifier et la seconde entrée comprend tous les critères qui permettront d’arriver à cette identification.
La liste des espèces a été constituée en recensant les espèces communes de France et quelques espèces considérées comme rares mais susceptibles d’être rencontrées en métropole (Thouvenot 2007; Hugonnot 2014; Hugonnot et al. 2017b, a). Nous nous sommes efforcés d’être le plus exhaustif et le plus complet possible afin que la clef de détermination ne souffre d’aucune lacune et permette d’identifier la majorité des espèces rencontrées. Ceci nous a fait aboutir à une liste de 230 espèces.
Le choix des critères s’est fait dans l’optique d’être facilement compréhensible par toute personne n’étant pas spécialiste des Bryophytes, tout en étant suffisamment précis pour permettre une identification fiable et efficace des espèces. Nous avons réparti nos critères en quatre catégories : morphologie générale, appareil végétatif, appareil reproducteur, et écologie de l’espèce.
Les critères de morphologie générale
Le port dendroïde de la mousse : Ce critère comprend deux modalités, « oui » ou « non », afin de distinguer les mousses dont les tiges sont en forme de petit arbre (Glime 2012)(Figure 11), de celles dont les tiges ne le sont pas.
La taille de la tige : Nous avons choisi de renseigner une plage de valeurs pour que l’âge de la mousse ou la variation intraspécifique possible n’empêchent pas la bonne identification de l’espèce.
1 Source : Storey, Malcolm (Photographe) (2001), Climacium dendroides [image numérique], P27107. Récupéré sur https://www.bioimages.org.uk/html/r151058.htm?3
TABLEAU I:EXTRAIT DE LA BASE DE DONNEES DE "CDM-BRYO"
Lorsque nos documents ne nous donnaient qu’une valeur unique, un encadrement de cette valeur à l’entier inférieur et à l’entier supérieur a été fait.
La couleur de la tige et la couleur des feuilles : Ces critères comprennent huit modalités, « blanc », « brun », « glauque »,
« gris », « jaune », « noir », « rouge » et « vert ». Pour simplifier l’utilisation de la clef ainsi que la part d’interprétation individuelle, nous avons choisi de ne pas faire intervenir de nuances de couleurs telles que « vert pâle », « vert foncé », « vert jaunâtre ». Dans ce dernier cas, deux modalités sont renseignées pour une espèce,
« vert » et « jaune ». Autant de modalités que nécessaire ont pu être renseignées, afin de réduire le risque d’éventuelles erreurs.
Les critères de morphologie de l’appareil végétatif
Le dimorphisme foliaire : Seulement deux modalités possibles, « oui » ou « non ». S’il existe un dimorphisme foliaire chez une espèce, la forme des feuilles caulinaires et la forme des feuilles raméales ont été séparées en deux critères distincts.
La forme des feuilles caulinaires et la forme des feuilles raméales : Six modalités sont utilisées pour ce critère, on peut ainsi avoir « cordée », « falciforme », « lancéolée », « ovale »,
« spatulée » et « triangulaire ». Les feuilles pouvant être vue comme oblongues ou lingulées ont été regroupées sous le critère « ovale », dans un souci de simplification des observations et de réduction des erreurs liées à une mauvaise maîtrise de la terminologie. De même que pour les couleurs des tiges et des feuilles, plusieurs modalités pourront être renseignées par l’utilisateur de la clef. Cela a été fait lors de la création de la base de données, afin de permettre une identification correcte même en cas de doute.
La présence d’une marge dentée : Les modalités sont
« oui » ou « non ». Nous avons considéré que la marge des feuilles était dentée, et donc indiqué « oui », indépendamment de la qualité des dents (fines, régulières, irrégulières etc.), ainsi que de leur position (tout le long de la feuille ou uniquement à l’apex) (Figure 22). Il a aussi été considéré que si aucune précision n’était faite dans la description de l’espèce, alors il sera renseigné « NA ».
2Source : Storey, Malcolm (Photographe) (1970), Dicranum scoparium Hedw [image numérique], P52888. Récupéré sur https://www.bioimages.org.uk/html/r146442.htm?4
FIGURE 1:EXEMPLE DE MOUSSE A PORT DENDROIDE, CLIMACIUM DENDROIDES
FIGURE 2:EXEMPLE DE MOUSSE A MARGE DENTEE A L'APEX,DICRANUM SCOPRIUM HEDW
La présence d’une marge récurvée : A l’instar de la présence de dents, les modalités possibles sont « oui » ou « non ». Ici aussi, s’il n’était pas précisé dans la description de l’espèce que la marge est récurvée, nous avons indiqué « NA ».
La forme de l’apex des feuilles : Il peut être « obtus mutique », « obtus mucroné », « aigu aristé » ou « aigu sans poil hyalin », « aigu avec poil hyalin ». Plusieurs de ces modalités peuvent s’appliquer à une même espèce, on les a donc toutes renseignées pour que l’identification soit possible malgré un doute ou une variation intraspécifique.
Le nombre de nervures sur les feuilles : Les feuilles des mousses peuvent présenter une, deux, trois ou aucune nervure. Les modalités de ce critère sont donc numériques et prennent les valeurs « 0 », « 1 », « 2 », « 3 ». Comme précédemment, la variabilité de certaines espèces est prise en compte dans la base de données.
La taille relative des nervures : Elle peut être très courte ou s’étendre jusqu’à l’apex.
S’agissant d’un critère déterminant dans l’identification des espèces, nous avons traduit ces variations de longueur en un indice variant de 0 à 1. 0 signifie qu’il n’y a pas de nervure sur la feuille et 1 qu’elle se prolonge jusqu’à l’apex. Une plage de valeurs a été renseignée comme modalité car il existe une variation intraspécifique concernant ce critère.
La longueur des feuilles : Comme pour la longueur de la tige, les modalités de ce critère sont sous la forme d’une plage de valeurs. Ceci permet d’augmenter les chances d’identifications correctes, malgré l’imprécision qui peut exister lors de la mesure des feuilles, ou encore en éliminant l’influence de l’âge des feuilles ou des différences pouvant exister entre les feuilles caulinaires et les feuilles raméales.
Les critères de morphologie de l’appareil reproducteur
Position du gamétange : Les mousses se répartissent en deux catégories. Les
« pleurocarpes » et les « acrocarpes ». Ce sont là les deux modalités possibles pour ce critère.
La forme de l’urne : Nous avons réduit toutes les nuances de formes possibles à quatre modalités. Ainsi l’urne peut être « cylindrique », « ovale », « pyriforme » ou
« sphérique ». Le renseignement de ce critère n’a pas toujours été possible du fait de la rareté des sporophytes de certaines espèces. Dans ce cas, il a été renseigné « NA ».
La présence de stries sur l’urne : Ici les modalités se résument à « oui » (Figure 33) ou « non ».
Lorsque qu’il n’était pas clairement indiqué que l’urne est striée ou non, nous avons indiqué « NA ».
3Source : Storey, Malcolm (Photographe) (2000), Orthotricum affine Brid [image numérique], P16551. Récupéré sur https://www.bioimages.org.uk/html/r147026.htm?3
FIGURE 3:EXEMPLE DE MOUSSE A CAPSULE STRIEE, ORTHOTRICUM AFFINE BRID
La couleur de la soie : Ce critère comprend quatre modalités, qui sont « brun », « jaune »,
« rouge » et « vert ». La même logique que pour la couleur de la tige et des feuilles a été appliquée à ce critère afin de réduire les erreurs d’interprétation dans les nuances de couleurs. Ainsi, plusieurs couleurs ont pu être renseignées pour une même espèce.
Les critères écologiques
Milieu : Pour ce critère, nous avons fait en sorte d’être suffisamment exhaustif et précis, sans multiplier à outrance les modalités. C’est pourquoi elles sont au total de huit, à savoir
« anthropique », « berge », « forêt », « marais », « paroi rocheuse », « pelouse », « prairie » et « sol nu ». La modalité « anthropique » comprend tous les milieux d’origine anthropique, et régulièrement modifiés par l’homme, tels que les champs cultivés, les jardins, les routes, les cimetières, les chemins, les carrières etc. La modalité « berge » fait référence aux milieux tels que les bords de cours d’eau, de sources ou de cascades. Sous la modalité « forêt » sont regroupés tous les milieux boisés comme les bois, les sous-bois et les forêts elles-mêmes. Les milieux humides tels que les marais, les tourbières et les marécages sont regroupés sous la modalité « marais ». Pour ce critère, la niche écologique des espèces a volontairement été agrandit en prenant en compte les milieux où l’espèce apparait rarement mais peut tout de même être rencontrée. De cette façon, les chances d’aboutir à une identification juste augmentent, et notre clef n’en est que plus précise.
Support : Nous avons retenu trois types de supports, qui sont « rocher », « sol » et « tronc ».
La modalité « tronc » fait référence à tous les supports organiques comme les troncs, les branches des arbres, les racines et les souches en décomposition. Ici aussi, la niche écologique des espèces a volontairement été élargie, pour prendre en compte des occurrences rares.
Aspect du peuplement : L’aspect du peuplement se décline en « coussin », « draperie »,
« isolé », « manchon », « plage » et « touffe ». L’aspect du peuplement peut changer d’une population à une autre, plusieurs modalités sont donc possibles pour une même espèce. On a de fait appliqué la même logique d’exhaustivité des occurrences que pour les deux critères précédents.
pH du substrat : Le substrat peut être « acide », « neutre » ou « basique ». La niche écologique des espèces a, ici aussi, pu être volontairement élargie. L’objectif est de faciliter une utilisation de terrain de la clef, là où une détermination précise du pH n’est pas toujours possible.
Humidité du sol : Les modalités de ce critère sont « faible », « moyenne » ou « forte ». Une humidité « faible » fait référence à un milieu sec voir très sec. Une humidité « moyenne » sera intermédiaire entre sec et humide, et est souvent associée à l’une ou l’autre des modalités pour élargir la niche des espèces. Enfin une humidité « forte » fait référence à des milieux humides, des milieux dans la zone de battement des eaux, voire submergés.
Luminosité : Pour ce critère aussi les modalités sont « faibles », « moyenne » et « forte ». Ici, un éclairement « faible » signifie un milieu ombragé, un éclairement « fort » fait référence à un milieu ensoleillé, et un éclairement « moyen » pourra signifier que l’espèce supporte aussi bien l’ombre que le soleil, ou que l’espèce se trouve dans un milieu mi-ombragé mi-ensoleillé. Encore une fois nous avons appliqué notre logique d’exhaustivité des occurrences et d’élargissement des niches.
Développement de la clef de détermination multicritères CDM-bryo
La clef de détermination a été codée dans le langage informatique R, à l’aide de la version 4.0.2 et de RStudio. « CDM-bryo » a été développé de sorte qu’il interroge la base de données créée et qu’il renvoie à l’utilisateur les noms de genre et d’espèce de l’individu qu’il tente d’identifier. On peut distinguer trois phases dans l’exécution du programme : une phase de définition, une phase de test, et enfin une phase de comparaison.
La phase de définition consiste en la définition de variables qui prennent des valeurs correspondantes aux modalités des critères. Pour ce faire, l’utilisateur se voit poser une série de 24 questions lui permettant de renseigner les caractéristiques de l’individu à identifier. Les modalités possibles lui sont présentées et il lui suffit de renseigner celle correspondante. A chaque réponse, une variable prend la valeur renseignée par l’utilisateur. (Figure 4)
Vient ensuite la phase de test. Il s’agit de l’exécution, à proprement parler, du programme.
Cette phase d’exécution a été construite pour que la base de données soit interrogée selon une condition, qui est la même pour chaque critère. Cette condition est que la valeur prise par la variable doit être la même que la valeur renseignée dans la base de données. Si cette condition est réalisée, alors l’espèce correspondante est extraite du tableau. Ainsi, la structure du programme se présente comme une suite de boucle « SI » (Figure 5). Il a fallu une boucle par critère, et chaque boucle n’interroge qu’une colonne de la base de données, celle correspondante au critère qui est traité par le programme. Initialement, à l’issue de la première boucle, le programme créait un sous-tableau de la base de données initiale. Par la suite, chaque boucle interrogeait le sous-tableau issu de la boucle précédente et en créait un nouveau afin qu’à chaque étape le nombre d’espèces possibles se réduise.
Il est rapidement apparu que cette construction en cascade n’était pas optimale car tous les critères n’étaient pas utilisés, puisque dès la huitième boucle (sur 24) la liste d’espèces était réduite à zéro.
La structure du programme a été repensée pour que chaque boucle soit indépendante des autres. A présent, chaque boucle interroge la base de données et en extrait un sous-tableau contenant les FIGURE 4:EXTRAIT DU CODE DE "CDM-BRYO", DEFNINITION DES VARIABLES « PORT »,« TAILLE_TIGE » ET « COULEUR_TIGE »
espèces remplissant la condition. Si la totalité des critères est utilisée pour identifier une espèce grâce à cette structure, elle ne permet pas d’avoir un seul nom d’espèce une fois toutes les boucles réalisées, contrairement à la structure en cascade. C’est pourquoi une troisième et dernière phase est nécessaire dans le programme.
En effet, lorsque toutes les boucles ont fini de tourner, on se retrouve avec 24 sous-tableaux contenant chacun un nombre d’espèces différent des 23 autres. D’où la nécessité de la phase de comparaison. On compare ici les noms d’espèces de chacun des sous-tableaux pour extraire celui (ou ceux) commun(s) aux 24 sous-tableaux à l’aide d’une boucle « POUR ». Après cette ultime boucle, une dernière variable est créée, contenant les noms d’espèces extraient, et ce contenu est renvoyé en sortie du programme à l’utilisateur, lui donnant le résultat de sa recherche.
Résultats et discussions
Résultats du développement et phase de tests
A l’issue du développement nous avons obtenu un programme dont toutes les instructions s’exécutent correctement jusqu’à la dernière ligne de code. On entre maintenant dans la phase de tests du programme.
Il ne s’agit plus ici de la deuxième phase interne au programme mais de la suite du processus de création d’un programme. En effet, la partie Matériel et Méthodes de ce rapport de stage présente les étapes de conception et de développement du programme. C’est-à-dire l’étape où l’on définit les tâches que devra réaliser le programme pour répondre aux objectifs fixés et de quelles façons on les lui fera réaliser (la conception), et l’étape où l’on rédige les lignes de codes qui traduisent les tâches à réaliser et constituent le programme (le développement). Une fois que le code du programme est entièrement rédigé, il faut le tester pour détecter tout bug pouvant exister au sein du programme et les corriger. C’est notamment grâce à cela que l’on a pu déceler le problème de construction exposé dans la partie Matériel et Méthodes. Cette étape est à l’heure actuelle toujours en cours et a déjà permis de rendre le programme plus fiable en corrigeant certaines coquilles dans le code. Le programme sera testé de différentes façons.
Tout d’abord nous le testons en interne avec des exemples fictifs. En effet, nous avons choisi aléatoirement une dizaine d’espèces dans la base de données et nous avons utilisé les données dont nous disposions pour faire tourner le programme. Ces premiers tests ont permis de corriger des défauts et des erreurs dans les lignes de code et d’obtenir un programme bien plus fonctionnel et
FIGURE 5:EXTRAIT DU CODE DE "CDM-BRYO", EXEMPLE DE BOUCLE "SI" INTERROGEANT LA BASE DE DONNEES
nous avons fait appel à différents utilisateurs. Parmi eux on retrouve l’équipe en charge du projet ainsi que des bryologues confirmés et spécialistes de ce domaine. Le but de ces tests est de voir si le programme que nous avons créé est efficace et si des améliorations peuvent être faites.
Améliorations et mises à jour
Bien que la phase de tests soit toujours en cours, il est d’ores et déjà possible d’envisager le devenir de « CDM-bryo ». Des mises à jour seront nécessaires et indispensables pour en faire un outil de référence.
En effet, il n’est pour le moment pas possible pour l’utilisateur de sélectionner plusieurs modalités pour un critère, ce qui l’oblige à faire des choix, et augmente sensiblement le risque de mauvaise identification. Par ailleurs, à l’heure actuelle l’interface d’utilisation du programme est très peu ergonomique puisqu’elle se résume en un script R qu’il faut exécuter. Bien qu’un effort ait été fait pour que l’utilisation du programme soit intuitive et agréable pour l’utilisateur, le développement d’une vraie interface serait une amélioration non négligeable pour l’utilisation de « CDM-bryo » par un large public. De même, pour permettre une utilisation plus large et plus simple, le développement d’une application pour smartphone représente une évolution des plus intéressantes pour « CDM- bryo » puisque son utilisation connaitrait bien moins de conditions que s’il n’existe que sur ordinateur et sa diffusion serait encore plus grande et rapide. Ces deux derniers points vont bien au-delà de mes compétences actuelles et nécessiteraient l’intervention d’un informaticien de formation.
Enfin, je vois pour l’heure une dernière modification, d’envergure en comparaison des modifications précédentes. Le programme actuel comporte des données en dur dans son code (Figure 6). En effet, pour les tests, les données de la base de données sont considérées comme des chaines de caractères qu’il nous a fallu écrire dans le code du programme pour que les tests puissent se faire. Bien que le programme fonctionne, cette façon de procéder présente nombres de défauts.
Outre le fait qu’il s’agisse d’une façon bien peu élégante de coder pour un informaticien, la présence de toutes les chaines de caractères écrites en dur dans le programme compliquent sensiblement les projets de mises à jour. Toute modification du programme sera très chronophage et une mise à jour
FIGURE 6: EXTRAIT DU CODE DE «CDM-BRYO », EXEMPLE DE DONNEES BRUTES DANS LE CODE (EN VERT).
de la base de données impliquerait de reprendre chacune des lignes du programme, rendant la tâche quasi impossible.
Pour pallier à tout cela il existe une méthode de programmation qui permet d’alléger le code du programme et de rendre extrêmement simple les mises à jour de ce dernier. Cette méthode repose sur l’utilisation de tables de références. Une table de références est un document sous forme de tableau qui regroupe toutes les modalités possibles pour un critère (Tableau II). A chacune de ces modalités est attribué un code (numérique ou alphanumérique) qui lui sera propre et qui sera unique.
Ainsi, dans le code du programme on ne retrouvera plus que le code attribué à une modalité. De ce fait, le programme ne comparera plus le contenu de la base de données avec une valeur brute écrite dans son code, mais avec la valeur qu’il trouvera dans la table de référence. Par la suite le programme extrait les espèces qui remplissent les conditions des tests comme dans la version actuelle. Cette méthode présente l’avantage que si la base de données vient à être complétée avec de nouvelles espèces, il n’est pas nécessaire de toucher au programme, alors qu’actuellement cette tâche est complexe et extrêmement chronophage. Si ce sont des critères que l’on ajoute, il suffira de créer les tables de références correspondantes et d’ajouter les boucles nécessaires, ce qui est une tâche bien plus réalisable qu’à l’heure actuelle. Et si ce sont les critères déjà existants qui sont modifiés, alors il suffira de modifier les tables de références existantes, ce qui est très rapide à faire. Il ne nous a pas été possible de mettre en place cette méthode car, malgré nos efforts, nos échanges et rencontres avec un informaticien, il nous a été impossible de traduire les principes de cette méthode en langage R. En effet, nous avons passé beaucoup de temps à étudier et tenter de coder cette nouvelle version du programme, mais il est une étape du traitement que nous n’avons pu réussir à rendre opérationnelle malgré tous nos efforts. Ici aussi, l’intervention d’un informaticien de formation maitrisant le langage R est indispensable pour permettre la pérennité de « CDM-bryo ».
TABLEAU II: TABLES DE REFERENCES DE L’ASPECT DU PEUPLEMENT DES MOUSSES ET DES COULEURS
Conclusion
Pour conclure ce rapport, nous pouvons considérer que les objectifs du projet ont été atteints.
Nous avons en effet créé une base de données opérationnelle et la plus complète possible qui se base sur des critères que l’on peut observer à l’œil nu ou avec une loupe à main. Les modalités ont été choisies et utilisées de sorte que même un néophyte puisse les comprendre. Nous avons utilisé un vocabulaire simple mais précis pour garantir la fiabilité de notre base de données.
Du point de vue du programme en lui-même, le bilan est un peu plus nuancé. En effet, le processus de développement n’est pas tout à fait abouti et des améliorations, plus ou moins importantes, sont à apporter à « CDM-bryo ». Toutefois, le résultat à l’issue de ces deux mois de stage est satisfaisant. En effet, le travail de conception a été mené à son terme, et les principes de fonctionnement du programme ainsi que sa structure ont été identifiés comme étant ceux répondant le mieux à nos objectifs. Par ailleurs, les défauts et améliorations possibles ayant été identifiées nous savons comment faire évoluer «CDM-bryo », pour lui assurer un avenir.
Ainsi, à l’issue de ces deux mois de stage, nous avons créé une base de données et un outil tous deux inédits. Rien de tel n’existe pour l’ensemble des Bryophytes métropolitains, bien que des projets similaires aient été menés pour certaines familles de mousses. La base de données ainsi que le programme produit, bien que pas tout à fait finalisé, peuvent être vu comme de solides bases pour un développement plus poussé du projet « CDM-bryo », qui mériterait d’être mené par des spécialistes des mousses en concert avec des informaticiens.
Bibliographie :
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Remerciements :
Je tiens tout d’abord à remercier Monsieur Gabriel BALLOUX, qui m’a proposé ce sujet de stage qui a éveillé mon intérêt dès la lecture de son intitulé. Il a été un encadrant attentif et soucieux de me transmettre ses connaissances et la collaboration n’en a été que plus profitable.
Je remercie également Laurence SENECHAL-CHEVALIER pour l’aide précieuse qu’elle m’a apportée pendant la création de la base de données, et sans qui le temps nécessaire à sa confection aurait été doublé. Un grand merci aussi au président du CRES (Club de Recherches et d’Explorations Souterraines), Monsieur Gérard BOUSQUET, qui a eu la gentillesse de s’impliquer dans le projet en prenant le temps de m’expliquer des principes de programmation et qui s’est intéressé au projet
« CDM-bryo » tout au long de son avancement.
Enfin je tiens à remercier Mesdames Isabelle CHARISSOU et Maria INFANTE-SANCHEZ ainsi que Messieurs Alain ROYAUD et Vincent HUGONNOT pour leurs réponses à mes sollicitations en leur qualité d’experts en Bryophytes et pour l’aide et les conseils qu’ils m’ont apportés vis-à-vis de ce projet de création d’une clef de déterminations.
Résumé :
Un grand intérêt est porté aux Bryophytes, du fait de leur large répartition. En témoigne la littérature florissante à leur sujet ainsi que la constante évolution des connaissances les concernant.
Cette littérature regorge de clefs de détermination, mais la plupart sont désormais obsolètes, ou bien trop complexes pour être utilisées par un néophyte.
C’est dans cette optique que le programme « CDM-bryo » a été développé. L’objectif est de créer une clef de détermination multicritères des bryophytes qui puisse être accessible et utilisable aussi bien par un bryologue confirmé que par un débutant. « CDM-bryo » a aussi été conçu de sorte qu’il puisse être utilisé sur le terrain avec un minimum de matériel d’observation. De plus, un tel programme peut être mis à jour facilement et donc rester une référence fiable dans le temps.
A l’issue de ce stage, une base de données regroupant 230 espèces de mousses a été créée pour que le programme puisse s’y référer et ce dernier à été codé dans une première version et est entré en phase de test. Des améliorations sont bien entendu nécessaires pour rendre « CDM-bryo » parfaitement opérationnel.
La version actuelle de « CDM-bryo » est une base solide pour un développement plus important du programme, qui lui se doit d’être mené par des informaticiens de formation.
