Approches globales pour
l’étude de l’expression
6200 gènes
5’ 3’
15 000 molécules d’ ARNm
50 millions de
molécules de protéines
cellule
ANALYSE DU TRANSCRIPTOME
NORTHERN
PUCES A.D.N
RT-PCR quantitative
RESULTAT DE NORTHERN (sonde FTR1)
Filtres
BRUIT DE FOND
Normalisation globale :
• (volume d’un spot / volume de tous les spots) x aires des spots
• (volume d’un spot / volume de tous les spots) x facteur
• (volume d’un spot / volume de tous les spots matchés) x facteur
Normalisation par rapport à un ou quelques spots :
• actine, enzymes de ménage
Normalisation
cat8 WT
• 3000 spots détectés.
• l’expression de 34 gènes est altérée par la délétion de CAT8.
Transcriptome : détail d’un filtre
Problème : l’interprétation des résultats
sa connaissance du sujet
les fonctions métaboliques concernées
la localisation chromosomique
l’analyse des séquences ADN
la consultation des banques de données
l’utilisation de logiciels (Genespring)
6000 ORF
Tous les gènes sur une lame Sondes cDNA fluorescentes Hybridations simultanées
microarrays
3000 gènes par filtre
Sondes cDNA radioactives 2 hybridations successives
filtres filtres
PUCES A.D.N.
CHAMBRE D’HYBRIDATION
CORNING®
SCANNER
Types d’applications
• Mutant / sauvage
• Conditions physiologiques
• Expression tissu specifique
• Malade / état normal
• Effets d’une drogue
comparaison de 2 images
(ou groupes d’images)
• Expressions en fonction du temps
• Analyse multiples conditions analyse sérielle
Graphes multiples
DO1 DO6 -1h 0 glu. +15
min. +1h +2h +3h DO16 Détail cluster
formation clustersdes
regroupements en fonction des différents
profils d’expression
cluster
Pat Brown, Stanford
BANQUES DE DONNEES MICROARRAY
James Garrels, Beverly
Bernstein_de acetylase
Causton_
stress
Cavalieri_m anifold
Chu_sporu lation
DeRisi_me tabolic
Epstein_Mito chondrial
Ferea_ada ptative
Foury_
YFH1
Gasch_s tress
Hardwick_ra pamycin
Hughes_com pendium
Hugues_
noise
Claude Jacq (ENS Paris)
