Figure 1 C E D 18S5.8S25S5S5S AB

A

B

18S 5.8S 25S

5S 5S

NTS2 5'-ETS ITS1 ITS2 3'-ETS

NTS1 NTS1

P T 500 bp

1 3 6 7 9 10 11 12 13 14 18 1

5'-ETS

No Tag (TAP) RPA90::TAP No Tag (HA) RPA90::HA 25

20

15

10

5

0 2 30

Fold enrichment

C

tUTP9 (UTP-A)

UTP1 (UTP-B)

UTP22 (UTP-C)

No Tag (TAP) UTP7

Fold enrichment

0 2 4 6 8 10 12 14 16 18

T S P T S P T S P T S P

Cy5 100 99.1 30.6 100 92.3 6.20 100 85.7 21.9 100 99.7 1.50

IP efficiency 3.06% 0.62% 2.19% 0.15%

D

tUTP4 tUTP5 tUTP8 tUTP10 tUTP15 tUTP17

10

Fold enrichment

14 12

8 6 4 2 0

Cy5 100 123 67.2 100 123 81.1 100 90.2 26.3 100 115 3.00

IP efficiency 6.72% 8.11% 2.63% 0.30%

T S P T S P T S P T S P T S P T S P

100 101 17.9 1.79%

100 80.2 32.1 3.21%

E

POL5 NOP15 ENT5

8

6

4

2

0

Fold enrichment

T S P

Cy5 100 98.7 6.10 IP efficiency 0.61%

T S P

100 61.8 35.6 3.56%

No Tag (TAP)

T S P

100 110 62.9 6.29%

7

5

3

1

Figure 1

3,0

2,0

1,0

0,0

0 4 8 12 16 20 24

Time in Dox (hours)

Log OD600 tet::rpa43

tet::rpa43 + Dox

A

B

C

RPA43 + -

1 0,39 1 1,38 1 1,17 1 0,76

RPA190::TAP tUTP4::TAP tUTP9::TAP UTP7::TAP

+ - + - + -

α-Protein A α-G6PDH 14 12 10 8 6 4 2 0

Fold enrichment

tUTP4::TAP tUTP4::TAP (+ Dox)

tUTP9::TAP tUTP9::TAP (+ Dox)

UTP7::TAP UTP7::TAP (+ Dox) 11

3 3 11 3 11 3 11 3 11 3 11

25

20

15

10

5

0

Fold enrichment

tUTP9::TAP tUTP9::TAP + RNase UTP1::TAP UTP1::TAP

+ RNase 11 13

6 5'- 9 6 5'- 911 13 6 5'- 911 13 6 5'- 911 13

10

0 12

8 6 4 Fold enrichment 2

D

11 3 tUTP9::TAP

tet::tUTP5

tUTP9::TAP tet::tUTP5 (+ Dox)

tUTP9::TAP tet::tUTP15 (+ Dox) tUTP9::TAP tet::tUTP15 11

3 3 11 3 11

1 1,14

1 0,99 α-Protein A

α-G6PDH

tUTP5 + -

tUTP9::TAP

tUTP15 + - tUTP9::TAP

α-Protein A α-G6PDH 40

30

20

10

0

RPA190::TAP RPA190::TAP (+Dox)

Fold enrichment

11 13

3 6 5'- 9 3 6 5'- 9 11 13

18S 5.8S 25S

5S 5S

NTS2 5'-ETS ITS1 ITS2 3'-ETS

NTS1 NTS1

P T 500 bp

L A B C D E F G H I J K L

B

C A

D

0,0 1,0 2,0 4,5 4,0 3,5 3,0 2,5

1,5

0,5

0 3 6 9 12 15 18 21 24

Wild-type + Dox

tet::tUTP5

tet::tUTP5 + Dox

Time in Dox (hours) Log OD600

0,0 1,0 2,0 4,5 4,0 3,5 3,0 2,5

1,5

0,5

0 3 6 9 12 15 18 21 24

Wild-type + Dox

tet::tUTP15

tet::tUTP15 + Dox

Time in Dox (hours) Log OD600

Wild-type tet::tUTP5 tet::tUTP15 tet::RPA190 rpa12::

Dox - +

1,2 1,0 0,8 0,6 0,4 0,2 0,0

- + - + - + -

16 12 8 4 0

A B C D E F G H I J K L

Wild-type rpa12::

3,0 2,5 2,0 1,5 1,0 0,5 0,0

A B C D E F G H I J K L

Wild-type Wild-type + Dox

3,0 2,5 2,0 1,5 1,0 0,5 0,0

A B C D E F G H I J K L

tet::RPA190 tet::RPA190

+ Dox

3,0 2,5 2,0 1,5 1,0 0,5 0,0

A B C D E F G H I J K L

tet::tUTP5 tet::tUTP5 + Dox

3,0 2,5 2,0 1,5 1,0 0,5 0,0

A B C D E F G H I J K L

tet::tUTP15 tet::tUTP15 + Dox

Wild-type tet::tUTP5

H0 H24 H0 H6 H12 H18 H24

0 20 40 60 80 100 120

tUTP5 ACT1

Relative mRNA levels (%)

Wild-type tet::tUTP15

H0 H24 H0 H6 H12 H18 H24

0 20 40 60 80 100 120

tUTP15 ACT1

Relative mRNA levels (%)

Dox - + - + - + - +

35S - 33/32S -

20S -

1 0,91 1 0,67 1 0,35 1 0,24 Wild-type tet::tUTP5 tet::tUTP15 tet::RPA190

E

tet::tUTP5 0 6 12 18 24

tet::tUTP5

trf5::∆ tet::tUTP5

rrp6::∆ tet::tUTP5 trf5::∆ rrp6::∆

trf5::∆WT rrp6::∆ trf5::∆ rrp6::∆

0 6 12 18 24 0 6 12 18 24 0 6 12 18 24 I

II III IV

V

VI

- -

tet::UTP11 0 6 12 18 24

tet::UTP11

trf5::∆ tet::UTP11

rrp6::∆ tet::UTP11 trf5::∆ rrp6::∆

trf5::∆WT rrp6::∆ trf5::∆ rrp6::∆

0 6 12 18 24 0 6 12 18 24 0 6 12 18 24

- - I II III IV

V

VI Time in DOX

(hours)

2

- 35S - 33/32S

- 23S - 20S - 27SA 27SA

- 25S

- 18S 27SB

- - - - - - - - -

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 29 30 28 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48

0 50 100 150 200

0 6 12 18 24

Time in DOX (Hours)

% of initial value

tet::tUTP5 tet::tUTP5 trf5

tet::tUTP5 rrp6

tet::tUTP5 trf5

rrp6

0 50 100 150 200

0 6 12 18 24

Time in DOX (Hours)

% of initial value

tet::UTP11 tet::UTP11 trf5

tet::UTP11 rrp6

tet::UTP11 trf5

rrp6

Figure 4

- 27SA ₂

- PGK1 - 25S - 18S - 23S

* - 17S' - 20S - 27SA/B - 35S - 32S

- 21S - 23S

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14

Total RNA Poly(A) ⁺ RNA

Wild-t ype

rrp6

∆ rrp6

∆ tr f5 ∆

I

II III

IV V VI

0 12 0 12

tet::tUTP5 rrp6

∆ tr f5 ∆

tet::tUTP5 rrp6

∆

Time in DOX (hours)

0 0 0

Wild-t ype

rrp6

∆ rrp6

∆ tr f5 ∆

0 12 0 12

tet::tUTP5 rrp6

∆ tr f5 ∆

tet::tUTP5 rrp6

∆

0 0 0

Figure 5

3,5 3,0 2,5 2,0 1,5 1,0 0,5

0,0 6 5'- 9 11 13

Fold enrichment

6 5'- 9 11 13 TRF5::TAP TRF5::TAP

+ RNase 0

1 2 3 4 5 6 7

Fold enrichment

No Tag (TAP) TRF5::TAP TRF4::TAP AIR1::TAP AIR2::TAP MTR4::TAP RRP6::TAP RRP44::TAP

3,5 3,0 2,5 2,0 1,5 1,0 0,5 0,0

Fold enrichment

TRF5::TAP TRF5::TAP (+ Dox) 6 5'- 9 11 13

3 3 6 5'- 9 11 13

A

B C

TRF5::TAP

RPA43 + -

α -Protein A α -G6PDH

1 0,86

T S P T S P T S P T S P T S P T S P T S P

Cy5

IP efficiency 0.86%

100 62.4 8.6 100 62.2 3.6 100 ND 145 100 ND 90.6 100 49.5 52.0 100 88.1 24.7 100 85.3 11.6

14.5% 9.06% 5.20% 2.47% 1.16%

0.36%

Figure 6

18S 5.8S 25S

early UTP-A binding

SSU-processome (UTPs) assembly

UTP-A binding delayed

Death by Default Nucleolar Surveillance Polyadenylation by TRAMP Degradation by the Exosome

no UTP-A & no surveillance no UTP & no surveillance

delayed SSU-processome assembly

UTP-A binding

no SSU-processome assembly

23S accumulation

Wild-type

no UTP-A binding UTP-A binding no UTP-A binding

D

20S 18S

23S A

D

A

+1 A

A

35S

23S

A

-A

A

A

-A

23S

A

SSU-processome

(UTPs) assembly A

-A

D

20S 18S

D

20S 18S

U3 UTP-A UTP-B UTP-C Other UTP LSU P : promoter T : terminator

B C A

O P

18S 5.8S 25S

T

B C A

O B C

A O

B C O A

A

A

A

B

A

B C A

O

18S 5.8S 25S

5S 5S

NTS2 5'-ETS ITS1 ITS2 3'-ETS

NTS1 NTS1

P T 500 bp

3 6 7 9 10 11 12 13 14 18

5'-ETS

U3 P : promoter

T : terminator B UTP-B LSU

UTP-C C

UTP-A A

Other UTP O

P

18S 5.8S 25S

T

BC A O

BC A A O

A2A3

BCAO BC

A O

BCAO

BCAO P

18S 5.8S 25S

T

BC A O

BC AO

BCO A

A2A3

A

BC A O

0 5 10 25

20

15

tUTP9::TAP (OD 600 0,8)

tUTP9::TAP (OD 600 5,0)

Fold enrichment

Figure S1

B

35S +1

ITS1 ITS2 3’-ETS

5’-ETS

18S

D A ₀

33S

A ₁ 32S

27SA ₂ A ₂

C ₂

27SA ₃ A ₃ ->B _1S

A ₃ ->B _1S

27SB _S

E<-C ₂

7S _S 26S

C ₂ ->C ₁ C ₂ ->C ₁

5.8S _S 25S

A ₃

18S 5.8S 25S

20S

A ₂ A ₃ B B _1S

C ₂ C ₁

1L E

A ₀ A ₁ D B ₂

a

b c d e

f

tet::tUTP5

0 6 12 18 24

tet::tUTP15 tet::tUTP17

0 6 12 18 24 0 6 12 18 24

WT

0 24

tet::UTP11

0 6 12 18 24

tet::MPP10 tet::RPA190

0 6 12 18 24 0 6 12 18 24

WT

0 24

- 35S - 33/32S

- 23S - 20S

- 35S - 33/32S

- 23S - 20S

A

18S D

20S

A ₂ A ₃ A ₀ A ₁ D

23S A ₀ -A ₂

17S' ^{D A 2 A 3}

0 1 2 3 4 5

0 4 8 12 16 20 24

Time in DOX (Hours)

Wild-type (D) tet::tUTP5 tet::tUTP5 (D)

tet::tUTP15 tet::tUTP15 (D) tet::tUTP17 tet::tUTP17 (D)

Log OD600

0 1 2 3 4 5

0 4 8 12 16 20 24

Log OD600

Wild-type (D) tet::A190 tet::A190 (D)

tet::UTP11 tet::UTP11(D) tet::MPP10 tet::MPP10 (D)

Time in DOX (Hours)

C

tet::tUTP15

0 6 12 18 24

tet::tUTP15

trf5::∆ tet::tUTP15

rrp6::∆ tet::tUTP15 trf5::∆ rrp6::∆

trf5:: ∆ WT rrp6:: ∆ trf5:: ∆ rrp6:: ∆

0 6 12 18 24 0 6 12 18 24 0 6 12 18 24

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 I

II III IV

V

VI

2

- 35S - 33/32S

- 23S - 20S - 27SA

27SA

- 25S

- 18S - 27SB -

Time in DOX (hours)

Figure S3

0 1 2 3 4

0 4 8 12 16 20 24

Time in DOX (Hours) Log OD600

tet::tUTP5 tet::tUTP5 (D)

tet::tUTP5 trf5 ∆ tet::tUTP5 rrp6 ∆

tet::tUTP5 trf5 ∆ (D) tet::tUTP5 rrp6 ∆ (D) tet::tUTP5 trf5 ∆ rrp6 ∆ tet::tUTP5 trf5 ∆ rrp6 ∆ (D)

0 1 2 3 4

0 4 8 12 16 20 24

Time in DOX (Hours)

Log OD600

tet::UTP11 tet::UTP11 (D)

tet::UTP11 trf5 ∆ tet::UTP11 trf5 ∆ (D)

tet::UTP11 rrp6 ∆ tet::UTP11 rrp6 ∆ (D)

tet::UTP11 trf5 ∆ rrp6 ∆ tet::UTP11 trf5 ∆ rrp6 ∆ (D)

0 1 2 3 4

0 4 8 12 16 20 24

Time in DOX (Hours)

Log OD600

tet::tUTP15 tet::tUTP15 (D)

tet::tUTP15 trf5 ∆ tet::tUTP15 trf5 ∆ (D)

tet::tUTP15 rrp6 ∆ tet::tUTP15 rrp6 ∆ (D)

0 1 2 3 4 5

0 4 8 12 16 20 24

WT (D) trf5 ∆ (D) rrp6 ∆ (D)

trf5 ∆ rrp6 ∆ (D) trf4 ∆ (D) trf4 ∆ rrp6 ∆ (D) Log OD600

Time in DOX (Hours)