Contribution à la production d’un document technique synthétisant les données sur les pathologies parasitaires des animaux d’élevage

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Contribution à la production d’un document technique

synthétisant les données sur les pathologies parasitaires

des animaux d’élevage

Iris Berchel

To cite this version:

Iris Berchel. Contribution à la production d’un document technique synthétisant les données sur les pathologies parasitaires des animaux d’élevage. Sciences du Vivant [q-bio]. 2020. �hal-02790746�

Université des Antilles INRAE Antilles-Guyane UFR Sciences Exactes et Naturelles Domaine Duclos - Prise d’Eau

Campus de Fouillole 97170 Petit-Bourg

97110 Pointe-à-Pitre

Licence Sciences de la Vie et de la Terre

Option Biologie des Organismes

Contribution à la production d’un document technique synthétisant les

données sur les pathologies parasitaires des animaux d’élevage.

Rapport de stage présenté par Iris Berchel

Année universitaire 2019-2020

Tuteur en entreprise : Madame Madly MOUTOUSSAMY Tuteur académique : Madame DROMARD Charlotte

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Photos de couverture :

• Tiques Amblyomma variegatum mâle et femelle, libre de droit, téléchargé à cette adresse : https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Amblyomma-variegatum-female-male-dorsal.jpg

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REMERCIEMENTS

A l’issue de mon stage, et avant tout développement sur cette expérience enrichissante, j’adresse mes remerciements à toutes les personnes ayant contribué de près ou de loin à la réalisation de ce travail.

J’aimerais tout d’abord exprimer ma reconnaissance et mes sincères remerciements à mon professeur encadrant, madame Dromard pour son soutien et son dévouement dans la recherche de stage.

Je tenais également à remercier le personnel du service de l’institut Inrae et plus particulièrement monsieur Harry Ozier-Lafontaine, le président du centre Antilles-Guyane, qui a eu l’amabilité de m’accueillir comme stagiaire au sein de cette unité de recherche.

Je remercie bien évidemment, madame Madly Moutoussamy, ma tutrice de stage et médiatrice scientifique à l’Unité de Recherches Zootechniques, pour m’avoir dirigé tout au long de ce stage, ainsi que pour sa bienveillance notamment pour l’aide qu’elle m’a apporté sur la rédaction du rapport final.

Chacune de ces personnes ont rendu mon stage passionnant et m’ont permis de développer des compétences tout en solidifiant celles que j’avais déjà, et pour cela je leur en suis particulièrement reconnaissante.

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Sommaire

REMERCIEMENTS ... 3

LISTE DES ACRONYMES ET GLOSSAIRE ... 5

RÉSUMÉ ... 6

PRÉSENTATION DE L’ENTREPRISE ... 7

1. INTRODUCTION ... 9

2. MATÉRIELS ET MÉTHODES ... 10

2.1 Les recherches bibliographiques ... 10

2.2 L’élaboration des fichiers Excel ... 10

3. RÉSULTATS ET DISCUSSIONS ... 12

4. CONCLUSION ET PERSPECTIVES ... 14

RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUES ... 15

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LISTE DES ACRONYMES

- CIRAD : Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement

- INRA : Institut National de Recherche Agronomique

- INRAE : Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement

- IRSTEA : Institut national de recherche en sciences et technologiques pour l’environnement et l’agriculture

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RÉSUMÉ

En Guadeloupe, les parasites occasionnent des pertes de productivité considérables en élevage avec un impact économique très important. A l’Unité de Recherches Zootechniques du centre INRAE Antilles-Guyane, des recherches sont réalisées pour mettre au point des stratégies limitant les pathologies parasitaires, dans une démarche agroécologique (gestion de pâturage, association d’espèces pâturant sur la même parcelle, utilisation de plantes alicamentaires1…). Les résultats de ces recherches sont diffusés aux professionnels agricoles via des documents techniques publiés par l’unité.

Les travaux réalisés pendant le stage, contribueront à la réalisation d’un document technique sur les pathologies des animaux d’élevage, liées à la tique sénégalaise, Amblyomma

variegatum. Ces travaux consistent en une recherche bibliographique sur ce parasite, ciblée

sur 3 sujets :

- La détermination des zones de présence

- Les pathologies liées chez les animaux et adaptation - Les résistances aux traitements

La liste des documents répertoriés est analysée selon leur nature (thèse, article, …) et selon les sujets traités, via les mots clés.

1 _{Un alicament est une ressource alimentaire combinant une valeur nutritionnelle et une valeur sanitaire}

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PRÉSENTATION DE L’ENTREPRISE

Le stage s’est déroulé au sein du centre INRAE Antilles-Guyane à l’Unité de Recherches Zootechniques (URZ). L’INRA est devenu « INRAE » (Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement), issu de la fusion entre l’INRA (Institut National de Recherche Agronomique) et Irstea (Institut National de Recherche en Sciences et Technologiques pour l’Environnement et l’Agriculture) depuis le 1er janvier 2020. Aujourd’hui, les travaux de recherche principaux sont basés sur trois domaines interdépendants qui sont : l’agriculture, l’alimentation et l’environnement. La mission principale de l’institut de recherche, est le développement de l’agriculture pour répondre aux besoins nutritionnels de l’homme, tout en prenant en compte le respect de l’environnement. Le centre INRAE implanté en Guadeloupe et en Guyane, couvre une part représentative des problématiques de l’agriculture et de l’environnement insulaire et continental tropical. Les équipes sont réparties en 6 unités dont 2 unités mixtes et 2 unités expérimentales, 3 plateaux techniques, 88 ha de surfaces expérimentales et 1000 m2 de serres, (INRAE, 2020).

L’URZ a pour mission principale d’améliorer les productions animales en milieu tropical et humide, dans le but de produire des connaissances, des méthodes, des technologies et des innovations. Les territoires d’investigations sont ceux de la Caraïbe insulaire et continentale et les espèces étudiées sont des ruminants et des monogastriques. Le projet principal de l’unité est de « promouvoir des systèmes d’élevage efficients dans un milieu à fortes contraintes dans une perspectives agro écologique » tout en prenant en compte l’équilibre de l’animal dans son milieu, la valorisation de la biodiversité, l’optimisation de l’économie et la complexité caractérisant les systèmes d’élevage tropicaux tout en abordant les deux grands axes de recherche scientifiques et techniques, (INRA-URZ, 2019).

Le stage est encadré par la médiatrice scientifique de l’unité, Madly Moutoussamy. A l’URZ, elle a pour mission principale de produire des documents techniques, thématiques ou d’information (fiches, brochures, vidéos, diaporamas …) à partir des résultats des recherches (savoirs et savoir-faire), obtenus par les chercheurs de l’unité. Ces documents sont destinés aux professionnels (agriculteurs, techniciens, agents de développement, formateurs), aux décideurs-bailleurs, aux apprenants et au grand public (figure 1). Leur diffusion est assurée sous différents formats (pdf, vidéo, epub, papier, ...) en ligne (Sites Web de l’URZ2,

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ProdInra3_{, TransFAIRE}4_{, Coatis RITA}5_{), par email et en direct (journées techniques, cours,}

réunions, …).

Figure 1 : Organisation de l’action de médiation scientifique à INRAE-URZ

3 _{Archive ouverte des productions d’INRAE : https://prodinra.inra.fr/?locale=fr#}

4 _{Système d’information sur les produits de la recherche du centre INRAE Antilles Guyane :}

http://transfaire.antilles.inra.fr/

5 _{Coatis, le système de gestion de l'information des Réseaux d'Innovation et de Transfert Agricole dans les} Départements d'Outre-Mer : https://coatis.rita-dom.fr/?HomePage

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1.

INTRODUCTION

Dans les pays tropicaux, il existe des contraintes sanitaires qui limitent le développement des ressources animales. Au nombre de ces contraintes, les pathologies transmises par les tiques occupent une place importante, et les systèmes d’élevage évoluent dans un contexte particulièrement difficile avec l’abondance parasitaire dans le milieu.

En Guadeloupe, la tique Amblyomma variegatum (tique sénégalaise), est responsable de la diffusion de plusieurs maladies, dont par exemple, la cowdriose6, qui est endémique en Guadeloupe, à Marie-Galante, à Antigua et à la Désirade (Vachery et al 2011). Aux Antilles, les maladies transmises aux animaux d’élevage, par les tiques sénégalaises, ont des conséquences importantes sur l’aspect médical et économique, (perte de production, entrave aux échanges commerciaux, …).

A l’URZ, plusieurs documents techniques sur l’utilisation de plantes dans le contrôle de pathologies, sont en préparation, avec une partie présentant les différentes pathologies parasitaires des animaux d’élevage. L’objectif de ce stage de trois semaines, était de contribuer à la réalisation de cette partie, en réalisant une recherche bibliographique la plus exhaustive, sur 3 sujets relatifs à la tique Amblyomma variegatum :

- La détermination des zones de présence

- Les pathologies liées chez les animaux et adaptation - Les résistances aux traitements

Dans la suite du rapport, seront présentées, la partie expérimentale faisant état du matériel et de la méthode employée, suivie de l’analyse des résultats et enfin d’une discussion aboutissant à des perspectives relatives aux travaux réalisés.

6 _{Cowdriose : Encore appelée « heartwater », la cowdriose est due à Ehrlichia ruminatium (anciennement} appelée Cowdria ruminatium). C’est une maladie infectieuse, virulente, inoculable, non contagieuse qui, en Afrique de l’Ouest et aux Antilles, est transmise par la tique Amblyomma variegatum

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2.

MATÉRIELS ET MÉTHODES

Les résultats obtenus par la recherche bibliographique, (documents : thèses, articles scientifiques) sont présentés dans un tableur Excel.

2.1 Les recherches bibliographiques

La démarche de recherche bibliographique a été préparée à partir de la lecture de documents méthodologiques (INRA IST, 2011, Moutoussamy 2019) et de recommandations de la tutrice : recherche de thèses soutenues depuis les années 2000 et pour les autres travaux, ceux qui ont été publiés depuis 2010.

Les recherches sur Amblyomma variegatum ont été réalisées à partir de différents sites internet (Sciences direct, ProdInra, Bibliothèque universitaire). Les articles retenus, devaient traiter d’au moins un des sujets :

- La détermination des zones de présence de la tique Amblyomma variegatum. - Les pathologies liées chez les animaux et adaptation

- Les résistances aux traitements

Le point de départ de la recherche fût d’abord une première approche globale, puis, au fur et à mesure de l’avancée des travaux, une précision en fonction des sujets. Les recherches ont suivi une orientation en entonnoir, c’est à dire du plus général au plus particulier.

La lecture des articles trouvés permettait de repérer d’autres articles cités dans les sources, qui pouvaient correspondre davantage à notre sujet. La recherche est alors facilitée puisque toutes les informations nécessaires sont données (auteurs, titres, années.). On peut ainsi repérer les articles très cités. Pour chaque document retenu, sa liste bibliographique était analysée, pour trouver d’autres références recherchées.

2.2 L’élaboration des fichiers Excel

Les documents obtenus (articles, publications, thèses, ouvrages, …) ont été listés et classés dans un fichier Excel, sur deux feuilles :

- Feuille 1 : avec la référence, le résumé, et la conclusion de chaque article, - Feuille 2 : avec la référence et les différents mots clés.

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12

3.

RÉSULTATS ET DISCUSSIONS

Les recherches bibliographiques ont abouti à une liste de publications scientifiques (thèses, et articles). La tique Sénégalaise fait l’objet de recherche depuis de nombreuses années dans des domaines très différents (biologie, génétique, enzymes salivaires, répartition, …). Le tri à l’aide de mots clés était donc nécessaire pour répondre à la commande (3 sujets).

Les données répertoriées dans les tableaux ont été analysées avec des calculs statistiques. Le premier graphique représente l’effectif des thèses et articles retenues, sur 3 décennies.

Graphique 1 : Évolution des effectifs entre les thèses et les articles retenus

Sur ces 30 ans, 32 productions scientifiques sur les 3 sujets ont été répertoriées: 5 thèses ont été soutenues et 27 articles ont été publiés. L’effectif des articles et les thèses augmentent significativement avec le temps : le nombre de thèses triple et le nombre d’articles quadruple sur cette période. Cela traduit l’effort fourni par les scientifiques, pour trouver des solutions aux problèmes liés à ce pathogène.

Le graphique 2 représente la répartition des mots clés en pourcentage. Les mots clés ticks,

Amblyomma variegatum, ont été écartés, puisque qu’ils étaient sur représentés. Les mots clés

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Graphique 2 : Répartition des mots clés

Les pourcentages ont été calculés par rapport au nombre de publications. Ils sont compris entre 9% et 25%. Un quart des publications concernent les bovins et presqu’autant la région Caraïbe (22 %). 44% sont relatives aux pathologies (vecteurs de maladies, Ehrlichia

ruminantium – agent responsable de la cowdriose-, pathogens, cowdriose). 16 % traitent de la

répartition de la tique et 9% de la génétique. 9% des publications concernent le Bénin. En effet, Amblyomma variegatum est une espèce originaire de l’Afrique mais elle est aussi présente dans la Caraïbe, car les animaux d’élevage de cette région (bovins, caprins), proviennent en partie de ce continent.

La diversité des mots clés traduit l’étendue des sujets traités sur cette tique.

• Discussions et limite de l’étude

La principale difficulté rencontrée, vient du fait que l’approche brute du sujet produit énormément d’articles et de travaux effectués. Par ailleurs, à partir du titre, du sommaire ou même du résumé d’un article, il était difficile de décider s’il répondait aux critères fixés. Il fallait lire l’article. De plus, la plupart des publications scientifiques sont écrites en anglais, ce qui peut renforcer la charge de travail et nécessite une rigueur tout au long de la lecture.

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4.

CONCLUSION ET PERSPECTIVES

Ce stage a été l’occasion de découvrir la recherche agronomique, notamment sur l’agro écologie, à travers les sujets de stage des autres stagiaires et doctorants que j’ai rencontrés à INRAE, ainsi que par la visite de 2 exploitations pilotes en polyculture élevage. Ces visites ont été réalisées à l’occasion de conseils scientifiques de 2 unités de recherche du centre, en présence de la délégation de chefs de départements d’INRAE et d’évaluateurs scientifiques venus pour cette rencontre. Par ailleurs, j’ai également assisté à la soutenance d’une thèse, intitulée « Evaluation d’une stratégie de valorisation de biomasse en alicaments anthelminthiques pour les petits ruminants dans les systèmes polyculture élevage ». J’en sortie très enrichie.

Par ailleurs, j’ai affiné ma méthodologie de recherche bibliographique. J’ai découvert différents types de publications scientifiques J’ai aussi optimisé la hiérarchisation de mes tâches.

Mon travail servira à la réalisation de documents techniques. Dans les perspectives, j’aurais souhaité participer à la rédaction de ce type de documents.

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RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUES

- Andlauer, W., Fürst, P., 2002. Nutraceuticals : a piece of history, present status and outlook. . Food Research 35, 171-176.

- INRA IST, 2011. Introduction à la recherche d’informations scientifiques via le Web. Infodoc express, 53 p.

- INRA, 2019. Fiche de présentation de l’Unité de recherches Zootechniques (URZ). - INRAE, 2020. Chiffre clés du centre Antilles-Guyane. Repéré à

https://www.inrae.fr/centres/antilles-guyane le 28/01/20.

- Moutoussamy M., 2019. Consignes pour la rédaction du mémoire professionnel. Document interne, 9 p.

- Vachéry N., Martinez D., Lefrançois T., 2011. La Cowdriose dans la Caraïbe. Bulletin epidémiologique, santé animale et alimentation n°43/spécial DOM-TOM p 45-48