Annexe 1 : Résultats complémentaires.
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Annexe 1 : Résultats complémentaires.
Annexe 1.A. : Tables de données de localisations des protéines Cop.
Table 1.1 : Programme PSORT-b.
Protéine extra- membrane périplasme membrane cytoplasme Prédiction
cellulaire externe cytoplasmique finale
CopV 2 2 2 2 2 Inconnue
CopT 2.5 2.5 2.5 2.5 0 Pas cytoplasmique
CopM 2.5 2.5 2.5 2.5 0 Pas cytoplasmique
CopK 2.5 2.5 2.5 2.5 0 Pas cytoplasmique
CopN 2 2 2 2 2 Inconnue
CopS 0 0 0 7.88 2.11 Membr. Cyt.
CopR 0 0 0.01 0.01 9.97 Cytoplasmique
CopA 0.11 0.06 9.76 0.06 0 Periplasmique
CopB 0.11 0.06 9.76 0.06 0 Periplasmique
CopC 0.11 0.06 9.76 0.06 0 Periplasmique
CopD 0 0 0 10 0 Membr. Cyt.
CopI 2.5 2.5 2.5 2.5 0 Pas cytoplasmique
CopJ 2 2 2 2 2 Inconnue
CopG 2.5 2.5 2.5 2.5 0 Pas cytoplasmique
CopF 0 0 0 10 0 Membr. Cyt.
CopL 2 2 2 2 2 Inconnue
CopQ 2.5 2.5 2.5 2.5 0 Pas cytoplasmique
CopH 2.5 2.5 2.5 2.5 0 Pas cytoplasmique
CopE 2 2 2 2 2 Inconnue
Scores de localisation
Légende : La somme des scores égale toujours 10, 10 étant une certitude et 0 étant une certitude nulle de localisation dans le compartiment cellulaire considéré. Si des scores ne
peuvent être donnés, la valeur de 10 se réparti équitablement entre les compartiments cellulaires.
Table 1.2 : Programmes de prédiction de domaine transmembranaire (THMM, TMPred et DAS).
Logiciel TMHMM TMPred DAS
Protéine # segment # segment # segment
CopV 0 1 0
CopT 1 1 1
CopM 1 1 1
CopK 0 1 1
CopN 0 1 1
CopS 2 2 2
CopR 0 0 0
CopA 0 1 1
CopB 0 1 1
CopC 0 1 2
CopD 8 8 7
CopI 0 1 1
CopJ 1 1 1
CopG 0 1 1
CopF 7 10 7
CopL 0 2 4
CopQ 1 1 1
CopH 1 1 1
CopE 0 1 0
Légende : Plus le nombre de segments potentiellement transmembranaire est élevé, plus la prédiction selon laquelle la protéine est transmembranaire est élevée.
Annexe 1 : Résultats complémentaires.
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Annexe 1.B. : Vérification du phénotype persistant de la souche CH34.
Après croissance des colonies de C. metallidurans CH34 sur 3 mM en Cu(II), obtenues au départ d’une préculture induite à 0,3 mM en Cu(II), huit de ces colonies ont été prélevées et remises en culture liquide sans Cu(II) ajouté à la préculture. Après croissance en phase liquide jusqu’à DO d’environ 1, une aliquote de chaque culture a été striée à 3 mM en Cu(II). Aucune croissance n’a été observée après incubation. Les colonies isolées du milieu à 3 mM n’ont donc pas acquis un caractère phénotypique suite à une mutation génotypique.
Annexe 1.C. : Induction de l’îlot cop par un stress aigu.
Afin de vérifier l’hypothèse suivant laquelle l’îlot cop est impliqué dans le stress aigu, un essai d’induction de l’a résistance est réalisé pour un temps de contact bref entre la cellule et le cuivre (table 1.3).
Table 1.3 : Effet d’une induction de 30 minutes sur C. metallidurans.
Inducteur
Souche CH34 AE104 AE1744
284 gluc +++ +++ +++
284gluc +Cu( II ) 1mM + - ++
284gluc +Cu( II ) 2mM - - -
284gluc +Cu( II ) 3mM - - -
Inducteur
Souche CH34 AE104 AE1744
284 gluc +++ +++ +++
284gluc +Cu( II ) 1mM +++ - +++
284gluc +Cu( II ) 2mM ++ - ++
284gluc +Cu( II ) 3mM - - ++
0,3 mM Cu(II) -
Légende : la colonne de gauche indique le milieu solide sur lequel les cultures ont été striées, avec ou sans inducteur ajouté à la préculture. « +++ » correspond à un tapis bactérien dense, « ++ » correspond à un tapis moyen, «+ » correspond à un tapis sur les premières
stries.
La CMI de la souche AE1744 (au moins 3 mM en Cu(II)) est plus élevée que celle de CH34 (2 mM) lorsque du Cu(II) à 0,3 mM est ajouté à la préculture durant 30 minutes.
