FICHE À DÉTACHER
La Lettre du Cardiologue • N° 493 - mars 2016 | 29
f i c h e t e c h n i q u e
Sous la responsabilité de ses auteurs
n° 35
Le programme OsiriX est constitué de 3 fenêtres principales :
➤ La première est la base de données, où toutes les images seront importées et stockées.
➤ La seconde est la visionneuse 2D, à laquelle on accède à partir de la barre d’outils sur la première page, et qui va permettre de visualiser et manipuler les images en 2D.
➤ La troisième comprend les différents outils de traitement 3D, accessibles par le bouton 2D/3D de la barre d’outils de la visionneuse 2D. Ces fenêtres sont dédiées à la visualisation et à la manipulation des données en 3D.
Base de données
Cette partie contient une barre d’outils principale, une liste de noms de patients et d’examens, des vignettes et un volet de visualisation (figure 1). Chaque ligne correspond à une étude. Chaque examen contient une ou plusieurs séries. Cette fenêtre énumère les données importées et permet d’obtenir un aperçu des images. Les images peuvent être importées en cliquant sur l’icône Importer, à partir des fichiers DICOM, contenus par exemple sur le CD distribué au patient après la réalisation de l’examen.
La barre d’outils peut être personnalisée à partir du menu Format, en glissant et en déplaçant les icônes depuis, ou jusqu’à, la barre d’outils. Les icônes Demander, Envoyer sont utiles uniquement lors du travail en relation avec un PACS (Picture Archiving and Communication System), système d’archivage et de communication d’images, sans quoi elles peuvent être retirées de la barre d’outils.
Des albums peuvent être utilisés pour classer les études.
Pour visualiser une série d’images, il faut sélectionner son nom dans la liste des études, puis cliquer sur le bouton Vision- neuse 2D dans la barre d’outils.
L’ imagerie en coupe occupe une place de plus en plus importante dans notre pratique quotidienne. Les patients arrivent désormais avec leurs examens de scanner ou d’IRM, sur divers supports tels que clés USB, CD ou DVD. Ces examens comptent de nombreuses séries et séquences d’images ou de films qui sont souvent volumineuses. La plupart de ces images sont en format DICOM (Digital Imaging and COmmunication in Medicine), ce qui leur confère une très haute résolution ; elles contiennent toutes les informations spatiotemporelles pour effectuer des mesures dans l’espace et dans le temps. La plupart des supports d’examens contiennent un viewer adapté, mais chacun d’entre eux est configuré différemment, et tous n’ont pas un fonctionnement optimal.
Ici, nous proposons un viewer DICOM très intuitif, facile à utiliser, rapide et puissant, compatible avec différentes modalités, gratuit à télécharger, du moins sur Mac, dans sa version simple, qui est déjà très performante. Le viewer OsiriX nous est ici expliqué par notre collègue le Dr Golmehr Ashrafpoor et par un des concepteurs de ce logiciel, le Dr Antoine Rosset, tous deux de Genève.
A. Azarine
(hôpital européen Georges-Pompidou, Paris
)
OsiriX : logiciel de traitement d’images médicales
G. Ashrafpoor*, A. Rosset**
* Clinique des Grangettes, Genève, Suisse.
** Service de radiologie, hôpital de la Tour, Meyrin, Suisse.
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fiche technique n° 35 FICHE À DÉTACHER
FICHE À DÉTACHER
L’outil Propager applique les modifications de réglages (NF, NL, zoom) à toutes les séries affichées (plusieurs fenêtres).
Finalement, le bouton 2D/3D permet d’accéder aux différentes formes de visionneuse 3D.
Visionneuse 3D
La visionneuse 3D comprend plusieurs outils de traitement 3D.
Ces outils nécessitent des données 3D, telle une acquisition scanner ou IRM. Ces outils ne fonctionnent pas sur une série angiographique (projection 2D).
La première section inclut les modes multiplans MPR (multi- planar reformatting) :
➤ Le mode 3D MPR permet de générer des coupes dans n’im- porte quelle position et orientation à l’intérieur du volume 3D, à l’aide de 3 coupes orthogonales. Vous pouvez ainsi, en chan- geant les axes, retrouver les vues 2 cavités, petit axe, 3 cavités et 4 cavités. Vous pouvez vous mettre dans l’axe exact d’un vaisseau pour en calculer le diamètre grâce à la double obliquité.
➤ Le mode MPR orthogonal permet une évaluation simul- tanée d’une région d’intérêt dans le plan axial, coronal et sagittal.
➤ Le mode MPR curviligne permet de reconstruire une image linéaire à partir d’une structure curviligne en naviguant dans 3 coupes orthogonales (figure 3).
Les outils de cette première section sont essentiellement les mêmes que pour la visionneuse 2D.
Visionneuse 2D
Cette partie permet d’afficher et de manipuler une série d’images en 2D. La visionneuse 2D contient une barre d’outils principale, des vignettes et un volet de visualisation (figure 2). Lorsque l’on clique sur le bouton Base de données, la fenêtre de la Visionneuse se ferme.
Lorsque l’outil Niveau de fenêtre est sélectionné, le dépla- cement de la souris dans l’axe horizontal et vertical permet d’ajuster le contraste et l’intensité de l’image, respectivement. Le contraste est aussi appelé “niveau de fenêtre” (NF), et l’intensité
“largeur de fenêtre” (LF). L’outil avec menu déroulant NF &
LF contient différents préréglages de niveaux de contraste et d’intensité. L’outil CLUT (Color Look Up Tables) permet d’attribuer des couleurs aux images.
Il existe plusieurs fonctions pour exporter les images (vers le logiciel iPhoto, vers un courrier électronique, vers une imprimante DICOM). Une série d’images peut aussi être exportée en un film ou vers un fichier DICOM.
Les icônes permettent d’afficher les images dans le plan axial, coronal ou sagittal dans la visionneuse 2D.
L’outil Coupe épaisse permet d’augmenter l’épaisseur de coupe.
L’outil Explorer permet de faire défiler les images de la série (la barre d’espace du clavier a la même fonction). La vitesse de défilement peut être réglée dans Taux.
Figure 1. Base de données, où toutes les images seront importées et stockées.
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fiche technique n°35
FICHE À DÉTACHER
FICHE À DÉTACHER
Figure 2. Visionneuse 2D : elle permet de visualiser et manipuler les images en 2D.
Figure 3. Traitement en 3D : visualisation et manipulation des données en 3D.
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fiche technique n° 35 FICHE À DÉTACHER
➤ Tourner autour du point focal : permet de bouger l’objet autour de son centre de gravité.
➤ Faire tourner la caméra : permet de modifier l’angle de vue.
➤ Point 3D : permet de marquer une structure spécifique.
➤ Sculpter : permet de découper autour d’une zone d’intérêt (appuyer sur la touche retour après avoir délimité la structure) ou d’effacer une zone (appuyer sur la touche effacer du clavier après avoir délimité la zone à effacer).
➤ Effacement de l’os : permet d’effacer une structure osseuse en cliquant dessus.
➤ Le niveau de détail peut être ajusté de fin à grossier.
➤ Rogner : affiche un cube de rognage composé de 3 × 2 plans orthogonaux permettant de rogner l’objet.
➤ Orientation : permet d’afficher les caractéristiques d’orien- tation de l’objet.
Avec ces instructions, vous pouvez déjà commencer à explorer en 3D les CD d’imagerie en coupe de type scanner. ■ La deuxième section permet de créer des reconstructions tridi-
mensionnelles par projection :
➤ Le mode MIP 3D (maximum intensity projection) permet notamment de visualiser les vaisseaux opacifiés par le contraste.
➤ Le mode 3D en rendu volumique permet d’attribuer plusieurs couleurs et niveaux de transparence aux différents types de tissus (os, muscle, peau).
➤ Le mode 3D en rendu surfacique permet de définir un isocontour et d’en produire une représentation 3D vectorielle.
➤ Le mode 3D endoscopie permet de naviguer à travers une lumière afin d’évaluer l’intérieur d’une structure.
Dans cette deuxième section, les outils Niveau de fenêtre, Contraste, Déplacer, Zoom, Rotation, NF & LF et CLUT sont identiques à ceux de la visionneuse 2D. Les outils spécifiques à cette section comprennent :
G. Ashrafpoor déclare ne pas avoir de liens d’intérêts en relation avec cet article.
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