SÉROTYPAGE DE PNEUMOCOQUE EN PORTAGE RHINOPHARYNGÉ CHEZ LES ENFANTS DE LA RÉGION DE MARRAKECH

ROYAUME DU MAROC

UNIVERSITE MOHAMMED V DE RABAT FACULTE DE MEDECINE ET DE

PHARMACIE RABAT

ANNEE: 2019 THESE N°: 310

Sérotypage de pneumocoque en portage rhinopharyngé

-chez les enfants de la région de

Marrakech-THESE

Présentée et soutenue publiquement le : …………..

PAR

Mr. Mossab TAYANE

Né le 28 Janivier 1993 à Settat.

De L’Ecole Royale du Service de Santé Militaire - Rabat

Pour l'Obtention du Diplôme de

Docteur en Medecine

MOTS CLES : Streptococcus pneumoniae – Vaccin anti-pneumococcique – Sérotypage.

JURY

Mr. C. MAHRAOUI PRESIDENT

Professeur de Pédiatrie

Mr. S. ZOUHAIR RAPPORTEUR

Professeur de Microbiologie

Mme. N. HAFIDI JUGE

Professeur de Pédiatrie

Mr. A. GAOUZI JUGE

Professeur de Pédiatrie

Mr. Y. SEKHSOKH JUGE

MOHAMMED V DE RABAT

FACULTE DE MEDECINE ET DE PHARMACIE - RABAT

DOYENS HONORAIRES :

1962 – 1969 : Professeur Abdelmalek FARAJ 1969 – 1974 : Professeur Abdellatif BERBICH 1974 – 1981 : Professeur Bachir LAZRAK 1981 – 1989 : Professeur Taieb CHKILI

1989 – 1997 : Professeur Mohamed Tahar ALAOUI 1997 – 2003 : Professeur Abdelmajid BELMAHI 2003 - 2013 : Professeur Najia HAJJAJ – HASSOUNI

ADMINISTRATION :

Doyen

Professeur Mohamed ADNAOUI

Vice-Doyen chargé des Affaires Académiques et estudiantines Professeur Brahim LEKEHAL

Vice-Doyen chargé de la Recherche et de la Coopération Professeur Toufiq DAKKA

Vice-Doyen chargé des Affaires Spécifiques à la Pharmacie Professeur Jalal TAOUFIK

Secrétaire Général

1 - ENSEIGNANTS-CHERCHEURS MEDECINS ET PHARMACIENS

PROFESSEURS :

DECEMBRE 1984

Pr. MAAOUNI Abdelaziz Médecine Interne – Clinique Royale

Pr. MAAZOUZI Ahmed Wajdi Anesthésie -Réanimation Pr. SETTAF Abdellatif Pathologie Chirurgicale NOVEMBRE ET DECEMBRE 1985

Pr. BENSAID Younes Pathologie Chirurgicale

JANVIER, FEVRIER ET DECEMBRE 1987

Pr. LACHKAR Hassan Médecine Interne

Pr. YAHYAOUI Mohamed Neurologie

DECEMBRE 1989

Pr. ADNAOUI Mohamed Médecine Interne –Doyen de la FMPR

Pr. OUAZZANI Taïbi Mohamed Réda Neurologie

JANVIER ET NOVEMBRE 1990

Pr. HACHIM Mohammed* Médecine-Interne

Pr. KHARBACH Aîcha Gynécologie -Obstétrique

Pr. TAZI Saoud Anas Anesthésie Réanimation

FEVRIER AVRIL JUILLET ET DECEMBRE 1991

Pr. AZZOUZI Abderrahim Anesthésie Réanimation- Doyen de FMPO

Pr. BAYAHIA Rabéa Néphrologie

Pr. BELKOUCHI Abdelkader Chirurgie Générale Pr. BENCHEKROUN Belabbes Abdellatif Chirurgie Générale

Pr. BENSOUDA Yahia Pharmacie galénique

Pr. BERRAHO Amina Ophtalmologie

Pr. BEZAD Rachid Gynécologie Obstétrique Méd. Chef Maternité des Orangers

Pr. CHERRAH Yahia Pharmacologie

Pr. CHOKAIRI Omar Histologie Embryologie

Pr. KHATTAB Mohamed Pédiatrie

Pr. SOULAYMANI Rachida Pharmacologie- Dir. du Centre National PV Rabat Pr. TAOUFIK Jamal Chimie thérapeutique V.D à la pharmacie+Dir. du CEDOC +

DECEMBRE 1992

Pr. AHALLAT Mohamed Chirurgie Générale Doyen de FMPT

Pr. BENSOUDA Adil Anesthésie Réanimation

Pr. CHAHED OUAZZANI Laaziza Gastro-Entérologie Pr. CHRAIBI Chafiq Gynécologie Obstétrique

Pr. EL OUAHABI Abdessamad Neurochirurgie

Pr. FELLAT Rokaya Cardiologie

Pr. GHAFIR Driss* Médecine Interne

Pr. JIDDANE Mohamed Anatomie

Pr. TAGHY Ahmed Chirurgie Générale

Pr. ZOUHDI Mimoun Microbiologie

MARS 1994

Pr. BENJAAFAR Noureddine Radiothérapie

Pr. BEN RAIS Nozha Biophysique

Pr. CAOUI Malika Biophysique

Pr. CHRAIBI Abdelmjid

Endocrinologie et Maladies Métaboliques Doyen de la FMPA

Pr. EL AMRANI Sabah Gynécologie Obstétrique Pr. EL BARDOUNI Ahmed Traumato-Orthopédie Pr. EL HASSANI My Rachid Radiologie

Pr. ERROUGANI Abdelkader Chirurgie Générale – Directeur du CHIS-Rabat

Pr. ESSAKALI Malika Immunologie

Pr. ETTAYEBI Fouad Chirurgie Pédiatrique

Pr. HASSAM Badredine Dermatologie

Pr. IFRINE Lahssan Chirurgie Générale

Pr. MAHFOUD Mustapha Traumatologie – Orthopédie Pr. RHRAB Brahim Gynécologie –Obstétrique

Pr. SENOUCI Karima Dermatologie

MARS 1994

Pr. ABBAR Mohamed* Urologie Directeur Hôpital My Ismail Meknès Pr. ABDELHAK M’barek Chirurgie – Pédiatrique

Pr. BENTAHILA Abdelali Pédiatrie

Pr. BENYAHIA Mohammed Ali Gynécologie – Obstétrique Pr. BERRADA Mohamed Saleh Traumatologie – Orthopédie Pr. CHERKAOUI Lalla Ouafae Ophtalmologie

Pr. LAKHDAR Amina Gynécologie Obstétrique

MARS 1995

Pr. ABOUQUAL Redouane Réanimation Médicale

Pr. AMRAOUI Mohamed Chirurgie Générale Pr. BAIDADA Abdelaziz Gynécologie Obstétrique Pr. BARGACH Samir Gynécologie Obstétrique Pr. DRISSI KAMILI Med Nordine* Anesthésie Réanimation Pr. EL MESNAOUI Abbes Chirurgie Générale Pr. ESSAKALI HOUSSYNI Leila Oto-Rhino-Laryngologie

Pr. HDA Abdelhamid* Cardiologie Inspecteur du Service de Santé des FAR Pr. IBEN ATTYA ANDALOUSSI Ahmed Urologie

Pr. OUAZZANI CHAHDI Bahia Ophtalmologie

Pr. SEFIANI Abdelaziz Génétique

Pr. ZEGGWAGH Amine Ali Réanimation Médicale DECEMBRE 1996

Pr. AMIL Touriya* Radiologie

Pr. BELKACEM Rachid Chirurgie Pédiatrie Pr. BOULANOUAR Abdelkrim Ophtalmologie Pr. EL ALAMI EL FARICHA EL Hassan Chirurgie Générale

Pr. GAOUZI Ahmed Pédiatrie

Pr. MAHFOUDI M’barek* Radiologie

Pr. OUZEDDOUN Naima Néphrologie

Pr. ZBIR EL Mehdi* Cardiologie DirecteurHôp.Mil. d’Instruction Med V Rabat NOVEMBRE 1997

Pr. ALAMI Mohamed Hassan Gynécologie-Obstétrique

Pr. BEN SLIMANE Lounis Urologie

Pr. BIROUK Nazha Neurologie

Pr. ERREIMI Naima Pédiatrie

Pr. FELLAT Nadia Cardiologie

Pr. KADDOURI Noureddine Chirurgie Pédiatrique

Pr. KOUTANI Abdellatif Urologie

Pr. LAHLOU Mohamed Khalid Chirurgie Générale

Pr. MAHRAOUI CHAFIQ Pédiatrie

Pr. TOUFIQ Jallal Psychiatrie Directeur Hôp.Ar-razi Salé Pr. YOUSFI MALKI Mounia Gynécologie Obstétrique

NOVEMBRE 1998

Pr. BENOMAR ALI Neurologie Doyen de la FMP Abulcassis Pr. BOUGTAB Abdesslam Chirurgie Générale

Pr. ER RIHANI Hassan Oncologie Médicale

JANVIER 2000

Pr. ABID Ahmed* Pneumo-phtisiologie

Pr. AIT OUAMAR Hassan Pédiatrie

Pr. BENJELLOUN Dakhama Badr.Sououd Pédiatrie

Pr. BOURKADI Jamal-Eddine Pneumo-phtisiologie Directeur Hôp. My Youssef Pr. CHARIF CHEFCHAOUNI Al Montacer Chirurgie Générale

Pr. ECHARRAB El Mahjoub Chirurgie Générale Pr. EL FTOUH Mustapha Pneumo-phtisiologie

Pr. EL MOSTARCHID Brahim* Neurochirurgie

Pr. MAHMOUDI Abdelkrim* Anesthésie-Réanimation Pr. TACHINANTE Rajae Anesthésie-Réanimation Pr. TAZI MEZALEK Zoubida Médecine Interne NOVEMBRE 2000

Pr. AIDI Saadia Neurologie

Pr. AJANA Fatima Zohra Gastro-Entérologie

Pr. BENAMR Said Chirurgie Générale

Pr. CHERTI Mohammed Cardiologie

Pr. ECH-CHERIF EL KETTANI Selma Anesthésie-Réanimation

Pr. EL HASSANI Amine Pédiatrie - Directeur Hôp.Cheikh Zaid

Pr. EL KHADER Khalid Urologie

Pr. EL MAGHRAOUI Abdellah* Rhumatologie

Pr. GHARBI Mohamed El Hassan Endocrinologie et Maladies Métaboliques

Pr. MDAGHRI ALAOUI Asmae Pédiatrie

Pr. ROUIMI Abdelhadi* Neurologie

DECEMBRE 2000

Pr.ZOHAIR ABDELLAH * ORL

Pr. BALKHI Hicham* Anesthésie-Réanimation Pr. BENABDELJLIL Maria Neurologie

Pr. BENAMAR Loubna Néphrologie

Pr. BENAMOR Jouda Pneumo-phtisiologie Pr. BENELBARHDADI Imane Gastro-Entérologie

Pr. BENNANI Rajae Cardiologie

Pr. BENOUACHANE Thami Pédiatrie

Pr. BEZZA Ahmed* Rhumatologie

Pr. BOUCHIKHI IDRISSI Med Larbi Anatomie Pr. BOUMDIN El Hassane* Radiologie

Pr. CHAT Latifa Radiologie

Pr. DAALI Mustapha* Chirurgie Générale Pr. DRISSI Sidi Mourad* Radiologie

Pr. EL HIJRI Ahmed Anesthésie-Réanimation Pr. EL MAAQILI Moulay Rachid Neuro-Chirurgie Pr. EL MADHI Tarik Chirurgie-Pédiatrique Pr. EL OUNANI Mohamed Chirurgie Générale

Pr. ETTAIR Said Pédiatrie - Directeur Hôp. d’EnfantsRabat Pr. GAZZAZ Miloudi* Neuro-Chirurgie

Pr. HRORA Abdelmalek Chirurgie Générale

Pr. KABBAJ Saad Anesthésie-Réanimation

Pr. KABIRI EL Hassane* Chirurgie Thoracique Pr. LAMRANI Moulay Omar Traumatologie Orthopédie

Pr. LEKEHAL Brahim Chirurgie Vasculaire Périphérique Pr. MAHASSIN Fattouma* Médecine Interne

Pr. MEDARHRI Jalil Chirurgie Générale Pr. MIKDAME Mohammed* Hématologie Clinique Pr. MOHSINE Raouf Chirurgie Générale

Pr. NOUINI Yassine Urologie - Directeur Hôpital Ibn Sina

Pr. SABBAH Farid Chirurgie Générale

Pr. SEFIANI Yasser Chirurgie Vasculaire Périphérique Pr. TAOUFIQ BENCHEKROUN Soumia Pédiatrie

DECEMBRE 2002

Pr. AL BOUZIDI Abderrahmane* Anatomie Pathologique

Pr. AMEUR Ahmed * Urologie

Pr. AMRI Rachida Cardiologie

Pr. AOURARH Aziz* Gastro-Entérologie Pr. BAMOU Youssef * Biochimie-Chimie

Pr. BELMEJDOUB Ghizlene* Endocrinologie et Maladies Métaboliques

Pr. BENZEKRI Laila Dermatologie

Pr. BENZZOUBEIR Nadia Gastro-Entérologie Pr. BERNOUSSI Zakiya Anatomie Pathologique Pr. BICHRA Mohamed Zakariya* Psychiatrie

Pr. CHOHO Abdelkrim * Chirurgie Générale

Pr. CHKIRATE Bouchra Pédiatrie

Pr. EL ALAMI EL Fellous Sidi Zouhair Chirurgie Pédiatrique Pr. EL HAOURI Mohamed * Dermatologie

Pr. FILALI ADIB Abdelhai Gynécologie Obstétrique

Pr. HAJJI Zakia Ophtalmologie

Pr. IKEN Ali Urologie

Pr. JAAFAR Abdeloihab* Traumatologie Orthopédie

Pr. KRIOUILE Yamina Pédiatrie

Pr. MABROUK Hfid* Traumatologie Orthopédie Pr. MOUSSAOUI RAHALI Driss* Gynécologie Obstétrique Pr. OUJILAL Abdelilah Oto-Rhino-Laryngologie

Pr. RACHID Khalid * Traumatologie Orthopédie Pr. RAISS Mohamed Chirurgie Générale Pr. RGUIBI IDRISSI Sidi Mustapha* Pneumo-phtisiologie

Pr. RHOU Hakima Néphrologie

Pr. SIAH Samir * Anesthésie Réanimation

Pr. THIMOU Amal Pédiatrie

Pr. ZENTAR Aziz* Chirurgie Générale

JANVIER 2004

Pr. ABDELLAH El Hassan Ophtalmologie

Pr. AMRANI Mariam Anatomie Pathologique Pr. BENBOUZID Mohammed Anas Oto-Rhino-Laryngologie Pr. BENKIRANE Ahmed* Gastro-Entérologie

Pr. BOULAADAS Malik Stomatologie et Chirurgie Maxillo-faciale

Pr. BOURAZZA Ahmed* Neurologie

Pr. CHAGAR Belkacem* Traumatologie Orthopédie Pr. CHERRADI Nadia Anatomie Pathologique

Pr. EL FENNI Jamal* Radiologie

Pr. EL HANCHI ZAKI Gynécologie Obstétrique Pr. EL KHORASSANI Mohamed Pédiatrie

Pr. EL YOUNASSI Badreddine* Cardiologie

Pr. HACHI Hafid Chirurgie Générale

Pr. JABOUIRIK Fatima Pédiatrie

Pr. KHARMAZ Mohamed Traumatologie Orthopédie Pr. MOUGHIL Said Chirurgie Cardio-Vasculaire Pr. OUBAAZ Abdelbarre * Ophtalmologie

Pr. TARIB Abdelilah* Pharmacie Clinique

Pr. TIJAMI Fouad Chirurgie Générale

Pr. ZARZUR Jamila Cardiologie

JANVIER 2005

Pr. ABBASSI Abdellah Chirurgie Réparatrice et Plastique Pr. AL KANDRY Sif Eddine* Chirurgie Générale

Pr. ALLALI Fadoua Rhumatologie

Pr. AMAZOUZI Abdellah Ophtalmologie

Pr. AZIZ Noureddine* Radiologie

Pr. BAHIRI Rachid Rhumatologie Directeur Hôp. Al Ayachi Salé

Pr. BARKAT Amina Pédiatrie

Pr. BENYASS Aatif Cardiologie

Pr. DOUDOUH Abderrahim* Biophysique Pr. EL HAMZAOUI Sakina * Microbiologie

Pr. HAJJI Leila Cardiologie (mise en disponibilité

Pr. HESSISSEN Leila Pédiatrie

Pr. LAAROUSSI Mohamed Chirurgie Cardio-vasculaire Pr. LYAGOUBI Mohammed Parasitologie

Pr. RAGALA Abdelhak Gynécologie Obstétrique

Pr. SBIHI Souad Histo-Embryologie Cytogénétique Pr. ZERAIDI Najia Gynécologie Obstétrique

AVRIL 2006

Pr. ACHEMLAL Lahsen* Rhumatologie

Pr. AKJOUJ Said* Radiologie

Pr. BELMEKKI Abdelkader* Hématologie

Pr. BENCHEIKH Razika O.R.L

Pr. BIYI Abdelhamid* Biophysique

Pr. BOUHAFS Mohamed El Amine Chirurgie - Pédiatrique

Pr. BOULAHYA Abdellatif* Chirurgie Cardio – Vasculaire. Pr. CHENGUETI ANSARI Anas Gynécologie Obstétrique

Pr. DOGHMI Nawal Cardiologie

Pr. FELLAT Ibtissam Cardiologie

Pr. FAROUDY Mamoun Anesthésie Réanimation Pr. HARMOUCHE Hicham Médecine Interne Pr. HANAFI Sidi Mohamed* Anesthésie Réanimation Pr. IDRISS LAHLOU Amine* Microbiologie

Pr. JROUNDI Laila Radiologie

Pr. KARMOUNI Tariq Urologie

Pr. KILI Amina Pédiatrie

Pr. KISRA Hassan Psychiatrie

Pr. KISRA Mounir Chirurgie – Pédiatrique Pr. LAATIRIS Abdelkader* Pharmacie Galénique Pr. LMIMOUNI Badreddine* Parasitologie

Pr. MANSOURI Hamid* Radiothérapie

Pr. OUANASS Abderrazzak Psychiatrie

Pr. SAFI Soumaya* Endocrinologie

Pr. SEKKAT Fatima Zahra Psychiatrie

Pr. SOUALHI Mouna Pneumo – Phtisiologie

Pr. TELLAL Saida* Biochimie

Pr. ZAHRAOUI Rachida Pneumo – Phtisiologie DECEMBRE 2006

Pr SAIR Khalid Chirurgie générale Dir. Hôp.Av.Marrakech OCTOBRE 2007

Pr. ABIDI Khalid Réanimation médicale Pr. ACHACHI Leila Pneumo phtisiologie Pr. ACHOUR Abdessamad* Chirurgie générale

Pr. AIT HOUSSA Mahdi * Chirurgie cardio vasculaire Pr. AMHAJJI Larbi * Traumatologie orthopédie

Pr. AOUFI Sarra Parasitologie

Pr. BAITE Abdelouahed * Anesthésie réanimation Directeur ERSSM Pr. BALOUCH Lhousaine * Biochimie-chimie

Pr. BENZIANE Hamid * Pharmacie clinique Pr. BOUTIMZINE Nourdine Ophtalmologie Pr. CHERKAOUI Naoual * Pharmacie galénique Pr. EHIRCHIOU Abdelkader * Chirurgie générale

Pr. EL BEKKALI Youssef * Chirurgie cardio-vasculaire Pr. EL ABSI Mohamed Chirurgie générale

Pr. EL MOUSSAOUI Rachid Anesthésie réanimation Pr. EL OMARI Fatima Psychiatrie

Pr. GHARIB Noureddine Chirurgie plastique et réparatrice Pr. HADADI Khalid * Radiothérapie

Pr. ICHOU Mohamed * Oncologie médicale

Pr. ISMAILI Nadia Dermatologie

Pr. KEBDANI Tayeb Radiothérapie

Pr. LALAOUI SALIM Jaafar * Anesthésie réanimation Pr. LOUZI Lhoussain * Microbiologie

Pr. MADANI Naoufel Réanimation médicale

Pr. MAHI Mohamed * Radiologie

Pr. MARC Karima Pneumo phtisiologie

Pr. MASRAR Azlarab Hématologie biologique

Pr. MRANI Saad * Virologie

Pr. OUZZIF Ez zohra * Biochimie-chimie Pr. RABHI Monsef * Médecine interne Pr. RADOUANE Bouchaib* Radiologie Pr. SEFFAR Myriame Microbiologie Pr. SEKHSOKH Yessine * Microbiologie

Pr. SIFAT Hassan * Radiothérapie

Pr. TABERKANET Mustafa * Chirurgie vasculaire périphérique Pr. TACHFOUTI Samira Ophtalmologie

Pr. TAJDINE Mohammed Tariq* Chirurgie générale Pr. TANANE Mansour * Traumatologie-orthopédie Pr. TLIGUI Houssain Parasitologie

Pr. TOUATI Zakia Cardiologie

DECEMBRE 2008

MARS 2009

Pr. ABOUZAHIR Ali * Médecine interne

Pr. AGADR Aomar * Pédiatrie

Pr. AIT ALI Abdelmounaim * Chirurgie Générale Pr. AIT BENHADDOU El Hachmia Neurologie

Pr. AKHADDAR Ali * Neuro-chirurgie

Pr. ALLALI Nazik Radiologie

Pr. AMINE Bouchra Rhumatologie

Pr. ARKHA Yassir Neuro-chirurgie Directeur Hôp.des Spécialités Pr. BELYAMANI Lahcen* Anesthésie Réanimation

Pr. BJIJOU Younes Anatomie

Pr. BOUHSAIN Sanae * Biochimie-chimie

Pr. BOUI Mohammed * Dermatologie

Pr. BOUNAIM Ahmed * Chirurgie Générale Pr. BOUSSOUGA Mostapha * Traumatologie-orthopédie

Pr. CHTATA Hassan Toufik * Chirurgie Vasculaire Périphérique Pr. DOGHMI Kamal * Hématologie clinique

Pr. EL MALKI Hadj Omar Chirurgie Générale Pr. EL OUENNASS Mostapha* Microbiologie Pr. ENNIBI Khalid * Médecine interne Pr. FATHI Khalid Gynécologie obstétrique

Pr. HASSIKOU Hasna * Rhumatologie

Pr. KABBAJ Nawal Gastro-entérologie

Pr. KABIRI Meryem Pédiatrie

Pr. KARBOUBI Lamya Pédiatrie

Pr. LAMSAOURI Jamal * Chimie Thérapeutique Pr. MARMADE Lahcen Chirurgie Cardio-vasculaire

Pr. MESKINI Toufik Pédiatrie

Pr. MESSAOUDI Nezha * Hématologie biologique Pr. MSSROURI Rahal Chirurgie Générale

Pr. NASSAR Ittimade Radiologie

Pr. OUKERRAJ Latifa Cardiologie

Pr. RHORFI Ismail Abderrahmani * Pneumo-Phtisiologie OCTOBRE 2010

Pr. ALILOU Mustapha Anesthésie réanimation Pr. AMEZIANE Taoufiq* Médecine Interne Pr. BELAGUID Abdelaziz Physiologie

Pr. CHADLI Mariama* Microbiologie

Pr. CHEMSI Mohamed* Médecine Aéronautique Pr. DAMI Abdellah* Biochimie- Chimie Pr. DARBI Abdellatif* Radiologie

Pr. DENDANE Mohammed Anouar Chirurgie Pédiatrique

Pr. EL KHARRAS Abdennasser* Radiologie

Pr. EL MAZOUZ Samir Chirurgie Plastique et Réparatrice

Pr. EL SAYEGH Hachem Urologie

Pr. ERRABIH Ikram Gastro-Entérologie

Pr. LAMALMI Najat Anatomie Pathologique Pr. MOSADIK Ahlam Anesthésie Réanimation Pr. MOUJAHID Mountassir* Chirurgie Générale

Pr. NAZIH Mouna* Hématologie

Pr. ZOUAIDIA Fouad Anatomie Pathologique DECEMBRE 2010

Pr.ZNATI Kaoutar Anatomie Pathologique MAI 2012

Pr. AMRANI Abdelouahed Chirurgie pédiatrique Pr. ABOUELALAA Khalil * Anesthésie Réanimation Pr. BENCHEBBA Driss * Traumatologie-orthopédie Pr. DRISSI Mohamed * Anesthésie Réanimation Pr. EL ALAOUI MHAMDI Mouna Chirurgie Générale Pr. EL KHATTABI Abdessadek * Médecine Interne Pr. EL OUAZZANI Hanane * Pneumophtisiologie Pr. ER-RAJI Mounir Chirurgie Pédiatrique

Pr. JAHID Ahmed Anatomie Pathologique

Pr. MEHSSANI Jamal * Psychiatrie

Pr. RAISSOUNI Maha * Cardiologie

* Enseignants Militaires FEVRIER 2013

Pr.AHID Samir Pharmacologie

Pr.AIT EL CADI Mina Toxicologie

Pr.AMRANI HANCHI Laila Gastro-Entérologie

Pr.AMOR Mourad Anesthésie Réanimation

Pr.AWAB Almahdi Anesthésie Réanimation

Pr.BELAYACHI Jihane Réanimation Médicale Pr.BELKHADIR Zakaria Houssain Anesthésie Réanimation Pr.BENCHEKROUN Laila Biochimie-Chimie

Pr.BENKIRANE Souad Hématologie

Pr.BENNANA Ahmed* Informatique Pharmaceutique Pr.BENSGHIR Mustapha * Anesthésie Réanimation Pr.BENYAHIA Mohammed * Néphrologie

Pr.BOUATIA Mustapha Chimie Analytique et Bromatologie Pr.BOUABID Ahmed Salim* Traumatologie orthopédie

Pr BOUTARBOUCH Mahjouba Anatomie

Pr.CHAIB Ali * Cardiologie

Pr.DENDANE Tarek Réanimation Médicale

Pr.DINI Nouzha * Pédiatrie

Pr.ECH-CHERIF EL KETTANI Mohamed Ali Anesthésie Réanimation Pr.ECH-CHERIF EL KETTANI Najwa Radiologie

Pr.EL FATEMI NIZARE Neuro-chirurgie

Pr.EL GUERROUJ Hasnae Médecine Nucléaire Pr.EL HARTI Jaouad Chimie Thérapeutique

Pr.EL JAOUDI Rachid * Toxicologie

Pr.EL KABABRI Maria Pédiatrie

Pr.EL KHANNOUSSI Basma Anatomie Pathologique

Pr.EL KHLOUFI Samir Anatomie

Pr.EL KORAICHI Alae Anesthésie Réanimation Pr.EN-NOUALI Hassane * Radiologie

Pr.ERRGUIG Laila Physiologie

Pr.FIKRI Meryem Radiologie

Pr.GHFIR Imade Médecine Nucléaire

Pr.IMANE Zineb Pédiatrie

Pr.IRAQI Hind Endocrinologie et maladies métaboliques

Pr.KABBAJ Hakima Microbiologie

Pr.KADIRI Mohamed * Psychiatrie

Pr.MAAMAR Mouna Fatima Zahra Médecine Interne

Pr.MEDDAH Bouchra Pharmacologie

Pr.MELHAOUI Adyl Neuro-chirurgie

Pr.MRABTI Hind Oncologie Médicale

Pr.NEJJARI Rachid Pharmacognosie

Pr.OUBEJJA Houda Chirugie Pédiatrique

Pr.OUKABLI Mohamed * Anatomie Pathologique

Pr.RAHALI Younes Pharmacie Galénique

Pr.RATBI Ilham Génétique

Pr.RAHMANI Mounia Neurologie

Pr.REDA Karim * Ophtalmologie

Pr.REGRAGUI Wafa Neurologie

Pr.RKAIN Hanan Physiologie

Pr.ROSTOM Samira Rhumatologie

Pr.ROUAS Lamiaa Anatomie Pathologique

Pr.ROUIBAA Fedoua * Gastro-Entérologie

Pr SALIHOUN Mouna Gastro-Entérologie

Pr.SAYAH Rochde Chirurgie Cardio-Vasculaire Pr.SEDDIK Hassan * Gastro-Entérologie

Pr.ZERHOUNI Hicham Chirurgie Pédiatrique

AVRIL 2013

Pr.EL KHATIB MOHAMED KARIM * Stomatologie et Chirurgie Maxillo-faciale MAI 2013

Pr.BOUSLIMAN Yassir Toxicologie

MARS 2014

Pr. ACHIR Abdellah Chirurgie Thoracique

Pr.BENCHAKROUN Mohammed * Traumatologie- Orthopédie Pr.BOUCHIKH Mohammed Chirurgie Thoracique

Pr. EL KABBAJ Driss * Néphrologie

Pr. EL MACHTANI IDRISSI Samira * Biochimie-Chimie

Pr. HARDIZI Houyam Histologie- Embryologie-Cytogénétique

Pr. HASSANI Amale * Pédiatrie

Pr. HERRAK Laila Pneumologie

Pr. JANANE Abdellah * Urologie

Pr. JEAIDI Anass * Hématologie Biologique

Pr. KOUACH Jaouad* Génycologie-Obstétrique

Pr. LEMNOUER Abdelhay* Microbiologie

Pr. MAKRAM Sanaa * Pharmacologie

Pr. OULAHYANE Rachid* Chirurgie Pédiatrique

Pr. RHISSASSI Mohamed Jaafar CCV

Pr. SABRY Mohamed* Cardiologie

Pr. SEKKACH Youssef* Médecine Interne

Pr. TAZI MOUKHA Zakia Génécologie-Obstétrique AVRIL 2014

PROFESSEURS AGREGES :

DECEMBRE 2014

Pr. ABILKASSEM Rachid* Pédiatrie

Pr. AIT BOUGHIMA Fadila Médecine Légale Pr. BEKKALI Hicham * Anesthésie-Réanimation Pr. BENAZZOU Salma Chirurgie Maxillo-Faciale Pr. BOUABDELLAH Mounya Biochimie-Chimie

Pr. BOUCHRIK Mourad* Parasitologie

Pr. DERRAJI Soufiane* Pharmacie Clinique

Pr. DOBLALI Taoufik* Microbiologie

Pr. EL AYOUBI EL IDRISSI Ali Anatomie

Pr. EL GHADBANE Abdedaim Hatim* Anesthésie-Réanimation Pr. EL MARJANY Mohammed* Radiothérapie

Pr. FEJJAL Nawfal Chirurgie Réparatrice et Plastique

Pr. JAHIDI Mohamed* O.R.L

Pr. LAKHAL Zouhair* Cardiologie

Pr. OUDGHIRI NEZHA Anesthésie-Réanimation

Pr. RAMI Mohamed Chirurgie Pédiatrique

Pr. SABIR Maria Psychiatrie

Pr. SBAI IDRISSI Karim* Médecine préventive, santé publique et Hyg. AOUT 2015

Pr. MEZIANE Meryem Dermatologie

Pr. TAHRI Latifa Rhumatologie

JANVIER 2016

Pr. BENKABBOU Amine Chirurgie Générale

Pr. EL ASRI Fouad* Ophtalmologie

Pr. ERRAMI Noureddine* O.R.L

Pr. NITASSI Sophia O.R.L

JUIN 2017

Pr. ABI Rachid* Microbiologie

Pr. ASFALOU Ilyasse* Cardiologie

Pr. BOUAYTI El Arbi* Médecine préventive, santé publique et Hyg.

Pr. BOUTAYEB Saber Oncologie Médicale

Pr. EL GHISSASSI Ibrahim Oncologie Médicale

Pr. OURAINI Saloua* O.R.L

Pr. RAZINE Rachid Médecine préventive, santé publique et Hyg.

Pr. ZRARA Abdelhamid* Immunologie

2 - ENSEIGNANTS-CHERCHEURS SCIENTIFIQUES

PROFESSEURS/Prs. HABILITES

Pr. ABOUDRAR Saadia Physiologie

Pr. ALAMI OUHABI Naima Biochimie-chimie

Pr. ALAOUI KATIM Pharmacologie

Pr. ALAOUI SLIMANI Lalla Naïma Histologie-Embryologie

Pr. ANSAR M’hammed Chimie Organique et Pharmacie Chimique Pr .BARKIYOU Malika Histologie-Embryologie

Pr. BOUHOUCHE Ahmed Génétique Humaine

Pr. BOUKLOUZE Abdelaziz Applications Pharmaceutiques Pr. CHAHED OUAZZANI Lalla Chadia Biochimie-chimie

Pr. DAKKA Taoufiq Physiologie

Pr. FAOUZI Moulay El Abbes Pharmacologie

Pr. IBRAHIMI Azeddine Biologie moléculaire/Biotechnologie

Pr. KHANFRI Jamal Eddine Biologie

Pr. OULAD BOUYAHYA IDRISSI Med Chimie Organique

Pr. REDHA Ahlam Chimie

Pr. TOUATI Driss Pharmacognosie

Pr. ZAHIDI Ahmed Pharmacologie

Mise à jour le 10/10/2018 Khaled Abdellah

Je dédie cette thèse à

A Allah

Tout puissant

Qui m’a inspiré

Qui m’a guidé dans le bon chemin

Je vous dois ce que je suis devenue

Louanges et remerciements

Pour votre clémence et miséricorde

A ceux qui me sont les plus chers

A ceux qui ont toujours cru en moi

A ceux qui m’ont toujours encouragée

À

FEU SA MAJESTÉ LE ROI

HASSAN II

À

SA MAJESTÉ LE ROI

MOHAMED VI

Chef Suprême et Chef d’Etat-Major Général

des Forces Armées Royales

Roi du MAROC et garant de son intégrité territoriale

À

SON ALTESSE ROYALE

LE PRINCE HÉRITIER

MOULAY EL HASSAN

À

SON ALTESSE ROYALE

LE PRINCE MOULAY RACHID

A

Monsieur le Général de Corps d’Armée

Abdelfattah LOUARAK

Inspecteur Général des FAR et Commandant de la Zone Sud

En témoignage de notre grand respect

Notre profonde considération et sincère admiration

A

Monsieur le Médecin Général de Brigade

Abdelhamid HDA

Professeur de Cardiologie.

Inspecteur du Service de Santé des Forces Armées Royales.

En témoignage de notre grand respect,

A

Monsieur le Médecin Colonel Major

Abdellatif BOULAHYA

Professeur de Chirurgie Cardio-Vasculaire.

Médecin chef de L’Hôpital Militaire Avicenne de Marrakech

En témoignant de notre grand respect et notre profonde considération

A

Monsieur le Médecin Colonel Major

EL Mehdi ZBIR

Professeur de Cardiologie.

Médecin chef de l’HMIMV – Rabat

A

Monsieur le Médecin Colonel Major Mohammed ABBAR Professeur

d’urologie

Directeur de l’HMMI-Meknès.

En témoignant de notre grand respect et notre profonde considération

A

Monsieur le Médecin Colonel

Taoufiq AMEZIANE

Professeur en Médecine Interne

Directeur de l’E.R.S.S.M

A ma chère mère Mme KABLI Halima

Tu es ma raison d’exister, ma joie, mon bonheur, tu as marqué chaque moment

de mon existence, tu étais chaque année, chaque jour et chaque seconde, cœur

et âme présente pour me donner soutient et éclairer mon chemin, tu m’as

procuré force et courage, tu m’as donné ton tout, tu étais le refuge pendant

mes moments de détresse.

Des profondeurs de mon cœur, je te suis reconnaissant pour ton amour

immesurable, pour tes prières durant les longues nuits. Je suis ce que je suis,

après Dieu tout puissant, grâce à toi. Merci Allah de m’avoir donné une mère

si tendre, si dévouée, si forte qui m’as éduqué et qui as épaulé durant toutes

mon existence de près et de loin. Mon amour pour toi est sans fins.

Ce modeste travail t’est dédié, bien que quoique je fasse, quoique je dise, rien

ne suffira pour te rendre ce que tu m’as offert, rien ne suffira pour décrire mon

admiration et amour envers toi.

Qu’Allah te protège, te procure longue vie et préserve ta santé

A mon cher père Mr TAYANE AbdelHak

A l’homme qui a fait de moi un homme, mon exemple à suivre, mon idole, mon

protecteur, tu es pour moi le père idéal, l’ami et le conseiller.

Tu as tout mon amour, respect et admiration, ainsi que ma considération pour

toutes tes peines et tes sacrifices pour m’élever et m’éduquer. Merci pour tes

prières pour moi auprès de Dieu tout puissant, Merci tout simplement d’être

présent à mes côtés pendant mes joies et mes chagrins. J’espère de toutes mes

profondeurs que je sois le fils que tu as toujours rêvé d’avoir, j’espère que ce

moment tant attendu te rendra fier de moi, car tout le temps j’étais fier de toi.

Je te dédie ce modeste travail, bien que rien sur terre ne saurait exprimer mon

amour, mon respect et ma profonde reconnaissance.

Qu’Allah tout puissant te protège, te procure longue vie, santé et miséricorde.

A mon cher frère Moncef

Je ne trouve pas les mots pour exprimer mon amour, mon affection et pensées,

tu es pour moi le frère, et le meilleur ami. Merci pour ton soutien durant ce

long chemin, merci pour tes encouragements qui ont été pour moi d’un grand

réconfort, et Merci d’avoir cru en moi, je t’en suis reconnaissant.

Ce travail est un témoignage de mon attachement et amour

A mon cher frère Mohamed Amine

En souvenir d’une enfance agréable, et en mémoire des plus beaux souvenirs

que nous avions partagé, ce travail t’es dédié en témoignage de mon amour et

affection.

Que Dieu tout puissant te protège, te procure santé et bonheur, et te guide

sur la bonne voie.

A mes grands-parents maternels

Que ce modeste travail soit l’expression de vos vœux que vous n’avez cessé de

formuler dans vos prières.

Je prie DIEU tout puissant de vous offrir longue vie, santé et miséricorde.

A la mémoire de mes grands-parents paternels disparus trop tôt

Vous n’avez cessé d’être présent dans mon esprit, aujourd’hui je vous dédie le

fruit de mes études. Que DIEU le miséricordieux vous accueille dans son

éternel paradis

A ma chère tante Khadija

Ces quelques mots ne sauront exprimer mon amour, tu étais pour moi ma

deuxième mère, ton départ me peine toujours. Je te dédie ce travail

A toute la famille TAYANE et à toute la famille KABLI

Que ce modeste travail, soit un témoignage de mon affection, et mes pensées,

je vous le dédie, et je vous souhaite plein de bonheur et de santé, que notre

famille soit toujours prospère.

A mes compagnons

Alaa SOBHI

et son épouse Abir, Mouad MOUJOUD et sa fiancée Nada,

Afaf TAHIRI ALAOUI, Amine MIMOUNI et sa fiancée Rim, Mouad

Amraoui et son épouse Sara, Walid SALAMA, Jamal NAJI, Anass

HADARI et son épouse Soukaina, Hamza ZINE-EDDINE et son épouse

Bouchra, JEDDAB Achraf, Abdel-Ilhah ACHOURI :

Les mots me trompent pour vous exprimer mon affection, mes pensées, et ma

gratitude, vous êtes ceux qui m’ont apporté joie et bonheur durant ce long

voyage, je vous dois les meilleurs souvenirs de mon existence.

En mémoire des années passés à vos côtés, en mémoire du chemin commun qui

nous a réuni, et en témoignage de mon respect, affection et amour, je vous

dédie ce travail. Que Dieu tout puissant, vous accorde santé, bonheur et

prospérité. Je vous souhaite une vie joyeuse et glorieuse.

A mes chers amis

AJARCIF Abdelkrim, AZNAG Mohammed Amine, Ayoub BOUAYDA,

Mohamed BELMEJJAD, Med Amine SAAD, Khalil CHAFI, AADI

Youssef, NACHIT Amr, OUCHEN Walid, LAHLOU Noureddine, Ayoub

IDRISSI, Amine ENNOUALI, Anass CHAHBANDER, Yassine

ERROUHI, Oussama Ali LABKER, Ali ABYABA, Hassan ESSALEK,

Soukaina ROKHSI, Amal HASNAOUI, Lamiaa NAIR

En témoignage de l’amitié qui nous réunis, je vous souhaite plein de santé et

de bonheur.

A tous mes camardes de l’Ecole Royale du Service de Santé Militaire,

promotion 2010

A tous mes collègues de la faculté de médecine et de pharmacie de

Rabat, promotion 2010

Que Dieu vous aide à exercer ce noble métier avec dignité, et bonne foi

Je vous souhaite plein de bonheur et de joie dans votre vie.

A Mr Taoufik FOUKOUS: technicien de laboratoire et major de

service de microbiologie et de biologie moléculaire de l’hôpital

militaire avicenne.

Je tiens tant à vous remercier pour les efforts que vous avez fournis pour

contribuer à la réalisation de la partie technique de ce travail, je vous en suis

reconnaissant.

A tous ceux qui me sont chers

A tous les patients qui me seront confiés…

A tous ceux qui ont contribué à l'élaboration de ce travail…

A tous ceux qui ont pour mission cette pénible tâche de soulager l'être

humain et d'essayer de lui procurer le bien-être physique, psychique et social…

A tous ceux connus ou inconnus qui vont feuilleter un jour ce modeste

travail…

A mon maitre et président de thèse

Mr. Le Professeur MAHRAOUI Chafiq

Professeur en Pédiatrie

Vous nous avez honoré en acceptant de présider le jury de cette thèse

Votre sérieux, votre rigueur de travail, ainsi que votre dévouement

professionnel sans limites sont l’objet de notre admiration, et un exemple dans

l’exercice de la profession

Veillez accepter, cher maitre, l’expression de notre reconnaissance et de notre

profonde estime.

A mon cher maitre et directeur de thèse

Mr le Professeur ZOUHAIR Said

Professeur de Microbiologie

Chef de service de Microbiologie et de Biologie Moléculaire de

l’Hôpital Militaire Avicenne – Marrakech

Vous nous avez honoré par votre confiance en nous confiant un sujet de cette

ampleur

Nous vous remercions pour votre bonté, votre modestie, votre patience, votre

disponibilité et vos encouragements.

Votre sérieux et rigueur, ainsi que vos qualités humaines sont pour nous un

exemple à emprunter aussi bien comme exemple à suivre dans notre vie

quotidienne que pour l’exercice la profession

Veuillez accepter ici, cher maitre, l’expression de notre gratitude et profonde

reconnaissance

A mon maître et juge de thèse

Mme le professeur HAFIDI Naima

Professeur en Pédiatrie

Nous vous remercions vivement de l’honneur que vous nous faites en

acceptant de siéger parmi notre jury de thèse

Nous sommes très reconnaissants de la spontanéité avec laquelle vous avez

accepté de juger notre travail.

Cet honneur nous touche infiniment et nous tenons à vous exprimer, chère

Maitre, nos sincères remerciements et notre profond respect.

A mon maître et juge de thèse

Monsieur le professeur Ahmed GAOUZI

Professeur de pédiatrie

Nous sommes très sensibles à l’honneur que vous nous faites en acceptant de

juger ce travail.

Veuillez accepter, cher Maître, l’expression de notre profond respect et de

notre reconnaissance.

A mon maitre, et juge de thèse

Mr le professeur SEKHSOUKH Yacine

Professeur de Microbiologie

Je vous remercie très sincèrement pour l’honneur que vous me faites en

siégeant parmi mon jury de thèse.

Je suis particulièrement touché par votre accueil et votre sympathie.

Ayez l’assurance, cher Maître, de ma grande estime et mon admiration.

Liste des

LISTE DES FIGURES

Figure 1: Carte de réaction Dry Spot Pneumo pour identification rapide ...9

Figure 2: Test positif d’identification rapide sur Dry Spot Pneumo ... 10

Figure 3: Croisement d’une souche de S.pneumoniae avec les pools d'antisérum de P

à T ... 14

Figure 4: Croisement de la même souche avec les antisérums A, C, D, E et F ... 14

Figure 5: Photo d'une PCR sur système PCR en temps réel CFX96 Bio Rad ... 16

Figure 6: Taux de portage de Pneumocoque chez les enfants prélevés. ... 18

Figure 7: Portage de pneumocoque selon les tranches d’âge ... 19

Figure 8: Taux du portage de pneumocoque selon la fratrie ... 20

Figure 9: Taux de portage en fonction la prise antérieure ou non de l'antibiothérapie 21

Figure 10: Taux de portage de S.pneumoniae selon les doses vaccinales. ... 23

Figure 11: Répartition des différents sérogroupes isolés. ... 26

Figure 12: Tableau montrant les différents sérotypes inclus dans chaque vaccin ... 32

LISTE DES TABLEAUX

Tableau I: Tableau des sérotypes des souches de pneumocoques fourni avec le kit

ImmuLex™ Pneumotest latex ... 13

Tableau II: Taux de portage en fonction la prise antérieure ou non de

l'antibiothérapie ... 21

Tableau III: Taux de portage de S.pneumoniae selon les doses vaccinales. ... 22

INTRODUCTION ... 1

MATERIELS ET METHODES ... 4

II. Analyse microbiologique ... 6

1. Procédure du Prélèvement ... 6 2. Examen direct ... 7 3. Culture ... 7 4. Test à l’optochine ... 8 5. Solubilité dans la bile ... 8 6. Recherche des antigènes capsulaire par test d’agglutination ... 9 7. Antibiogramme ... 10

III. Sérogroupage ... 12

IV. Analyse statistique... 16

RESULTATS ... 17

I. Taux du portage de Pneumocoque ... 18

1. Taux de portage de pneumocoque en fonction de l’âge ... 19 2. Taux de portage de Pneumocoque selon la fratrie... 19

3. Antibiothérapie ... 20 4. Vaccination Antipneumococcique ... 22 5. Analyse statistique ... 24

II. Sérogroupage ... 25

III. Sérotypage ... 27

DISCUSSION ... 28

I. Portage de pneumocoque ... 29

II. Facteurs influençant le portage rhinopharyngé de S.pneumoniae ... 30

1. L’âge ... 30 2. L’existence ou non d’une fratrie ... 30 3. Effet de l’antibiothérapie sur le portage de pneumocoque ... 31 4. Vaccination et portage de S.pneumoniae ... 31 5. Sérotypage ... 33

CONCLUSION ... 37

RESUMES ... 40

REFERENCES ... 44

1

2

Le Streptococcus pneumoniae (S.pneumoniae), communément appelé Pneumocoque, colonise les voies aériennes supérieures dès les premiers mois de vie, et fait partie de la flore commensale du rhinopharynx de l’homme.

Le pneumocoque représente une cause importante de morbidité et mortalité en pathologie infectieuse pédiatrique. Il représente une cause majeure des infections bactériennes invasives (pneumopathies, bactériémies, méningites, arthrites) et des otites moyennes aiguës de l'enfant âgé de trois mois à deux ans. Les infections à S.pneumoniae demeurent un problème de santé publique, surtout dans les pays en voie de développement ou la couverture vaccinale reste faible [1].

Au Maroc, jusqu’à l’année 2010, 4000 enfants de moins de 5 ans décédaient annuellement de pneumonie, 15% de décès survenaient suite à des complications de méningites, et une Otite Moyenne Aiguë (OMA) sur trois étaient dues au Pneumocoque. Le ministère de la santé a introduit le vaccin antipneumococcique dans le cadre du programme national d’immunisation (PNI), car c’est le meilleur moyen de prévention. En effet le vaccin pneumococcique 13 valent (PCV13) a été introduit dans le PNI en octobre 2010, et remplacé par le vaccin pneumococcique 10 valent (PCV10) en juillet 2012 [2, 3].

La surveillance de la résistance du pneumocoque aux antibiotiques a été inscrite dès 1998 dans le projet européen de lutte contre la résistance bactérienne aux antibiotiques, la résistance du pneumocoque à la pénicilline ayant été choisie par les experts comme l’un des cinq indicateurs de l’effet délétère de la consommation d’antibiotiques en Europe [4].

3

De nombreuses études ont démontrées que la surveillance des souches circulantes de Pneumocoque chez l’enfant apporte des informations sur les souches circulantes et permet d’obtenir des données sur l’impact de la vaccination antipneumococcique [4, 5].

Naturellement sensible aux antibiotiques, le S.pneumoniae a acquis au cours des cinq dernières décennies de nombreuses résistances, d’où la nécessité d’étudier la sensibilité des souches du pneumocoques isolées vis-à-vis des antibiotiques testés.

Notre travail portera sur l’étude du portage rhinopharyngé de pneumocoque chez la population pédiatrique ayant bénéficiée de la vaccination anti-pneumocoque selon le PNI au niveau de la région de Marrakech, et l’identification des différents sérogroupes impliqués.

Le sérogroupage et le sérotypage des souches de S.pneumoniae circulantes nous permettront de déterminer si ces souches sont incluses dans le PCV10 adopté par le Programme National d’Immunisation.

4

MATERIELS

ET METHODES

5

I. Caractéristiques de l’étude

1. Type de l’étude

Il s’agit d’une étude épidémiologique prospective réalisée au niveau de la région de Marrakech au cours de l’année 2018, dont l’objectif principale est de déterminer les sérotypes de S.pneumoniae circulants.

2. Population concernée

Cette étude intéresse la population pédiatrique, spécifiquement les nourrissons de 06 à 36 mois, vaccinés selon le Programme National d’Immunisation qui intègre le vaccin pneumococcique 10 valent (PCV10) depuis 2012.

3. Lieu de l’étude

Ce travail a été réalisé sur la région de Marrakech, les prélèvements ont été faits au cours des consultations pédiatriques après consentement des parents.

Les prélèvements ont été aussitôt acheminés au Laboratoire de microbiologie, virologie et biologie moléculaire de l’Hôpital Militaire Avicenne-Marrakech pour analyse microbiologique.

4. Recueil des données

Les données sur lesquelles on a travaillé au cours de notre étude ont été recueillie lors des consultations pédiatriques à l’aide d’un questionnaire.

Ces données sont :

 Age, sexe, taille de la fratrie  Antibiothérapie reçue

6  Vaccination reçue, et doses vaccinales

II. Analyse microbiologique

L’identification microbiologique de S.pneumoniae repose sur la reconnaissance de caractéristiques morphologiques typiques, et sur les résultats de tests phénotypiques.

1. Procédure du Prélèvement

Cette étude porte sur le portage rhinopharyngé de S.pneumoniae, les prélèvements sont alors fait par écouvillonnage nasopharyngé à l’aide d’un kit adapté.

La technique est identique pour l’adulte et l’enfant.  Matériel

 Ecouvillon en dacron

 Tube contenant le milieu de transport  Gants stériles

 Masque  Protocole

 Mettre des gants à usage unique et un masque.

 Étiqueter le tube conformément aux bonnes pratiques de laboratoire.  Faire asseoir le patient, la tête droite.

7

 Soulever la pointe du nez de manière à offrir la vision de la fosse nasale.

 Saisir entre deux doigts l’écouvillon par le corps et non par le bouchon.

 Introduire l’écouvillon dans la narine perpendiculairement au plan de la face en longeant le plancher de la fosse nasale.

 Enfoncer l’écouvillon jusqu’au contact de la paroi rhino-pharyngée.  Faire rouler l’écouvillon entre les doigts pour prélever l’échantillon de

mucus.

 Retirer l’écouvillon dans l’axe et prendre garde à ne pas toucher l’orifice narinaire.

 Introduire l’écouvillon dans le tube contenant le milieu de transport, sectionner le corps en amont et fermer le bouchon[6].

 Les prélèvements sont acheminés au laboratoire dans les plus brefs délais.

2. Examen direct

Au microscope, S.pneumoniae apparait sous forme de lancettes, diplocoques ou en chainettes de Cocci gram positif [7].

3. Culture

Après incubation, sur gélose de sang, ° 35°C avec 5% de CO2, les colonies de S.pneumoniae apparaissent grisâtres, de petite taille, mucoïdes, et entourées d’une zone verdâtre d’hémolyse. Après incubation pendant 48 heures en même ambiance, les colonies présentent une dépression centrale.

8

Cependant, une identification poussée est indispensable pour confirmer l’identité. La différenciation entre S.pneumoniae et les autres streptocoques est réalisée par deux réactions spécifiques : test à l’optochine, et solubilité dans la bile (Sodium déoxycholate) [7].

4. Test à l’optochine

L’optochine est un agent antibactérien, qui n’est pas utilisé en thérapeutique, mais plutôt pour l’identification microbiologique de streptocoques.

Ce test est communément utilisé comme méthode facile et non couteuse pour identifier les souches de S.pneumoniae. L’optochine permet d’inhiber la croissance de S.pneumoniae.

Le test à l’optochine permet de différencier le pneumocoque des autres types de streptocoques qui sont décrits comme résistant.

Un disque d’optochine de 6mm et imprégné à 5ug, est placé sur une gélose de sang préalablement ensemencée par une suspension bactérienne et incubé pendant 18 à 24h en atmosphère CO2. Le test est considéré comme positif si une zone d’inhibition d’au moins 14mm apparait autour du disque. Or si une zone d’inhibition apparait et qu’elle est inférieure à 14mm, un test de solubilité dans la bile doit être réalisé [8].

5. Solubilité dans la bile

Ce caractère est testé par une solution de sodium déoxycholate à 10%, une suspension de bactéries est inoculée dans cette solution, si une agglutination apparait, la souche est dite insoluble.

9

Les souches de pneumocoque sont solubles dans la bile. Cette solubilité est corrélée au pouvoir autolytique de S.pneumoniae [9].

6. Recherche des antigènes capsulaire par test

d’agglutination

L’identification de pneumocoque peut être également orientée par une technique d’identification rapide utilisant des particules de latex sensibilisées par des anticorps reconnaissant les différents sérotypes capsulaires. Ce réactif peut être utilisé directement sur produit pathologique.

L’identification par culture reste la méthode de référence, or la recherche des antigènes capsulaire trouve son intérêt si le patient a reçu une antibiothérapie avant recueil des prélèvements.

Le kit dont on dispose à l’Hôpital Militaire Avicenne est le Oxoid Dry Spot Pneumo.

10

Un test est considéré positif si une agglutination apparait après mise en contact d’une culture en suspension avec le réactif, ensuite le diluant est mélangé avec le réactif pour éliminer les faux positifs.

Figure 2: Test positif d’identification rapide sur Dry Spot Pneumo

7. Antibiogramme

L’antibiogramme permet de tester sur milieu de culture l’efficacité d’une molécule antibiotique sur les souches bactériennes, il permet donc de donner des indications sur l’efficacité in vitro des antibiotiques.

Or, cet examen bactériologique n’est pas utilisé en routine, il trouve son intérêt dans les infections graves, récidivantes ou dans les échecs thérapeutiques.

L’antibiogramme est utilisé également pour :

 Surveiller les résistances bactériennes pour des buts épidémiologiques

 Conforter l’identification bactérienne par la mise en évidence des résistances naturelles

11

Comme tous les coques a Gram positif, S.pneumoniae est naturellement résistant au mécillinam, a l’aztréonam, aux quinolones (sauf fluoroquinolones antipneumococciques) et à la colistine. Comme toutes les bactéries du genre Streptococcus, S.pneumoniae présente une résistance à bas niveau aux aminosides [10].

L’automatisation de l’antibiogramme a considérablement réduit le temps de travail et, pour les systèmes rapides, accéléré la réponse au clinicien. De plus, l’automatisation a significativement amélioré la fiabilité des résultats grâce à la standardisation des réactifs et de la procédure et à l’informatisation qui évite les erreurs de catégorisation et de transcription.

Le système d’antibiogramme automatisé dont on dispose à l’Hôpital Militaire Avicenne, il permet l’dentification bactérienne ainsi que la réalisation du test de sensible aux antibiotiques en utilisant le principe de microdilution à base de bouillon et se base sur la lecture colorimétrique de la croissance bactérienne en présence d’antibiotique.

12

III. Sérogroupage

La méthode de référence pour la détermination du sérotype du S.pneumoniae repose l’utilisation de la réaction de Neufeld. Le principe de de cette technique consiste à étaler un échantillon (20ul) de culture en suspension sur une lame, qui sera séchée et fixée, ensuite des sérum immuns sont ajoutés, puis les lames sont examinées au microscope ; la réaction est dite positive si on observe un gonflement de la capsule (Quellung reaction). Cependant, cette méthode reste difficile à réaliser, et doit être effectuée par un biologiste expérimenté [11].

Dans notre travail, la technique de sérogroupage utilisée est le test rapide d’agglutination de particules de latex sensibilisées par des anticorps. Le principe de cette technique consiste à placer un volume (25ul) de culture en suspension sur une carte de réaction jetable, puis des gouttes de sérum immuns contenant des anticorps spécifiques sont mélangées successivement avec la préparation jusqu’à agglutination. Le test est positif si on observe une agglutination [11].

1. Kit de sérogroupage

Le kit utilisé pour le sérogroupage est l’ImmuLex™ Pneumotest Kit (Statens Serum Institut, Copenhague, Danemark), celui-ci contient :

 14 pools de particules de latex recouvertes d’antisérum (de P à T, et de A à I).

 50 cartes de réaction jetables.

 Un tableau contenant la distribution des souches de S.pneumoniae selon les sérotypes. (Tableau1)

13

2. Déroulement du test

Dans un premier temps, la souche est mise en contact avec les sérums immuns de P à T, puis à l’aide du tableau fourni dans le kit, on met la souche en contact avec les antisérums de A à I.

Par exemple, une souche a été prélevée puis mélangée avec les pools d’antisérums de P à T, cette souche a agglutiné avec l’antisérum T (Figure3). Dans un deuxième temps, suivant le tableau (tableau1), la même souche a été mélangée avec les antisérums A, C, D, E et F, une agglutination a été observée avec l’antisérum A (Figure4). la souche donc appartient au sérogroupe 2 [12].

Tableau I: Tableau des sérotypes des souches de pneumocoques fourni avec le kit ImmuLex™ Pneumotest latex

Pool P Q R S T Non-vaccine groups/types A 1 18 (18F, 18A, 18B, 18C) 4 5 2 B 19 (19F, 19A, 19B, 19C) 6 (6A, 6B, 6C) 3 8 C 7 (7F, 7A, 7B, 7C) 20 24 (24F, 24A, 24B) 31, 40 D _{(9A, 9L, 9N, 9V)} 9 11 (11F, 11A, 11B, 11C, 11D) 16 (16F, 16A) 36, 37 E _{(12F, 12A, 12B)} 12 10 (10F, 10A, 10B, 10C) 33 (33F, 33A, 33B, 33C, 33D) 21, 39 F _{(17F, 17A)} 17 _{(22F, 22A)} 22 27 32 (32F, 32A) 41 (41F, 41A) G 29, 34 35 (35F, 35A, 35B, 35C) 42 47 (47F, 47A) H 14 23 (23F, 23A, 23B) 15 (15F, 15A, 15B, 15C) 13 28 (28F, 28A) I _{38, 43, 44, 45, 46, 48} 25 (25F, 25A)

14

Figure 3: Croisement d’une souche de S.pneumoniae avec les pools d'antisérum de P à T

Figure 4: Croisement de la même souche avec les antisérums A, C, D, E et F

3. Limites du test

Le kit ImmuLex™ Pneumotest ne peut permettre à lui seul d’identifier le sérotype, le type est alors déterminé par PCR.

4. Biologie moléculaire

Le sérogroupage et sérotypage de S.pneumoniae ne sont pas utilisés dans la pratique clinique, or leur intérêt est surtout épidémiologique, visant à déterminer les sérotypes les plus impliqués en pathologie infectieuse[13].

Après sérogroupage par technique d’agglutination des particules de latex sensibilisées par des anticorps (pool latex antisera, Statens Serum Institut, Copenhagen, Danemark), la biologie moléculaire par technique de PCR va servir à identifier le sérotype de chacune des souches cibles dans notre travail[14].

15 Principe et étapes :

1. Extraction de l’ADN : de nombreux kit permettent une extraction rapide de l’ADN, et peut être aussi effectuée par des automates adaptés.

2. Mélange de réactifs :  Echantillon d’ADN  ADN-polymérase  Nucléotides  Les Amorces.

3. Le mélange est soumis à des variations de température grâce à un thermocycleur :

Le thermocycleur est programmé à faire 30 à 40 cycles, dont chacun passe par 3 étapes (Dénaturation 94°C ; Hybridation 45-50°C ; Elongation 72°C). Après chaque cycle, le nombre de copie est doublé.

4. Analyse des fragments obtenus par électrophorèse.

L’interprétation des profils peut se faire par lecture visuelle ou aidée par ordinateur, cependant dans notre étude, l’interprétation a été faite par ordinateur grâce à un logiciel conçu pour cette fin[15].

16

Figure 5: Photo d'une PCR sur système PCR en temps réel CFX96 Bio Rad

IV. Analyse statistique

Les données recueillies ont été traitées et interprétées en utilisant l’EXCEL et le logiciel SPSS Statistics 19.

17

18

I. Taux du portage de Pneumocoque

Durant notre travail, qui a porté sur une période allant de Janvier 2018 à Avril 2018, un nombre de 158 enfants dont l’âge varie entre 6 et 36 mois, vaccinés selon le Programme National d’Immunisation par le Synflorix (PCV10) ont été prélevés par écouvillonnage nasopharyngé.

Les prélèvements ont été aussitôt acheminés au laboratoire de microbiologie, virologie et biologie moléculaire de l’Hôpital Militaire Avicenne-Marrakech, et mis en culture sur gélose de sang.

Une culture positive a été observée sur 65 prélèvements.

Le taux de portage de pneumocoque chez la population pédiatrique de la région de Marrakech durant la période de notre étude est de 42%.

Figure 6: Taux de portage de Pneumocoque chez les enfants prélevés.

Ce taux de portage varie en fonction de différentes variables, à savoir : l’Age, la fratrie, le mode de garde, la saison, la vaccination, l’antibiothérapie…

19

1. Taux de portage de pneumocoque en fonction de l’âge

La moyenne d’âge des enfants colonisés par S.pneumoniae est de 11 mois et 25 jours.

La tranche d’âge la plus touchée par le S.pneumoniae varie entre 6 et 12 mois avec un pourcentage de 70.8 % (p < 0,001)

Figure 7: Portage de pneumocoque selon les tranches d’âge

2. Taux de portage de Pneumocoque selon la fratrie

Concernant la fratrie, 38.7% des enfants concernés par notre étude n’ont pas de fratrie, 26.5% ont un seul frère, et 33,3% ont plus d’un seul frère.

Nous avons remarqué un taux de portage de :

 Seulement 26.7% des enfants n’ayant pas de frères ou sœur.  51.7% des enfants ayant 1 seul frère ou sœur.

20

Nous avons constaté que la taille de la fratrie influence le portage rhinopharyngé de pneumocoque. (p=0,011)

Figure 8: Taux du portage de pneumocoque selon la fratrie

3. Antibiothérapie

Parmi les enfants concernés par notre étude, seulement 23.2% ont reçu une antibiothérapie dans les jours précédant le prélèvement.

Nous notons que :

 75% des enfants ayant reçu une antibiothérapie ont une culture négative.  47.1% des enfant qui n’ont pas reçu d’antibiotiques sont colonisée par

21

Nous avons trouvé que 86% des enfants porteurs de pneumocoque n’ont pas reçu une antibiothérapie durant les trois derniers mois précédant le prélèvement (p=0,021)

Tableau II: Taux de portage en fonction la prise antérieure ou non de l'antibiothérapie

Culture

Total Positive Négative

Antibiothérapie Reçue Effectif 9 27 36

% 25% 75% 100%

Non reçue Effectif 56 63 119

% 47,1% 52,9% 100%

Total Effectif 65 90 155

% 41,9% 58,1% 100%

Figure 9: Taux de portage en fonction la prise antérieure ou non de l'antibiothérapie 25% 47,1% 75% 52,9% 0% 10% 20% 30% 40% 50% 60% 70% 80%

ANTIBIOTHÉRAPIE ANTÉRIEURE AUCUNE ANTIBIOTHÉRAPIE

Ta ux de p o rt ag e

22

4. Vaccination Antipneumococcique

Notre étude a concerné les enfants vaccinés selon le Programme National d’Immunisation (PNI), qui consiste -concernant la vaccination antipneumococcique- en l’administration de deux doses, au deuxième et le quatrième mois, et un rappel au douzième mois.

Tous les enfants prélevés ont été vaccinés par le SynflorixR, qui est le vaccin antipneumococcique 10 valent (PCV10), disponible au niveau des centres de santé du Royaume.

Nous avons trouvé que les enfants ayant eu plus d’une dose de PCV10, sont moins colonisés par S.pneumoniae (p=0,006):

 76.9% des enfants n’ayant reçu qu’une seule dose de PCV10 sont porteurs.  Les enfants ayant reçu deux doses sont colonisés à 45.4%.

 Les enfants qui ont eu les deux doses et le rappel sont porteurs à 22.9%.

Tableau III: Taux de portage de S.pneumoniae selon les doses vaccinales.

Culture

Total Positive Négative

Doses de vaccin 1 Dose Effectif 10 3 13

% 76.9% 23.1% 100,0%

2 Doses Effectif 40 48 88

% 45.4% 54.6% 100,0%

2 Doses et Rappel Effectif 11 37 48

% 22.9% 77.1% 100,0%

Total Effectif 61 88 149

23

24

5. Analyse statistique

Taille de la fratrie 0,011 Significative

Sans 1 1 seul 0,35 [0,15 - 0,80] 0,013 Plus de 1 0,34 [0,15 - 0,74] 0,007 Antibiothérapie 0,021 Significative Non reçue 1 Reçue 0,37 [0,16 – 0,86] 0,021

Doses vaccinales 0,006 Très significative

0 1

1 dose 0,15 [0,10 - 2,29] 0,172

2 doses 0,60 [0,052 - 6,86] 0,68

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II. Sérogroupage

Le sérogroupage a été réalisé au laboratoire de microbiologie, virologie et biologie moléculaire de l’Hôpital Militaire Avicenne en utilisant le kit de sérogroupage « ImmuLex™ Pneumotest Kit ».

Parmi les 65 souches isolées, seuls 16 souches sont non sérogroupables par test d’agglutination direct.

Les sérogroupes obtenus à partir de nos 65 cultures positives de S.pneumoniae sont au nombre de 13, parmi lesquels le sérogroupe 19 est les plus représenté (14 souches), suivi par les sérogroupes 6, 3, et 23.

Le tableau ci-dessous montre la représentativité des différents sérogroupes retrouvés dans nos isolats.

Tableau IV: Représentativité des différents sérogroupes des souches isolées

Sérogroupes

Nombre d’isolats

/65

%

26

La répartition des sérogroupes au niveau de la région des Marrakech au cours de l’année 2019 est représenté dans la figure suivante :

Figure 11: Répartition des différents sérogroupes isolés. Non sérogroupables Sérogroupe 19 Sérogroupe 3 Sérogroupe 6 Sérogroupe 15 Sérogroupe 23

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III. Sérotypage

Le sérotypage a été réalisé par technique de PCR en temps réel dans le laboratoire de microbiologie et de biologie moléculaire de l’Hôpital Militaire Avicenne-Marrakech, sur les souches du "sérogroupe 19" et le "sérogroupe 6". Concernant le "sérogroupe 3", la technique de PCR n’a pas été nécessaire.

La lecture des résultats a été faite grâce à un automate -Bio Rad CFX96-

1. Sérotype 19

Parmi 65 souches, 14 souches appartiennent au "sérogroupe 19", dont 1 seule a été sérotypée "19A", et aucune n’a été sérotypée "19F". Il s’agit donc de 1 sérotype "19A" et 13 sérotypes "19B" ou "19C" (non A et non F)

2. Sérotype 6

Le sérotypage de ce groupe permet uniquement de déterminer si la souche appartient aux sérotypes A ou B d’une part, et C ou D d’autre part.

Parmi 6 souches appartenant au "sérogroupe 6" obtenues dans notre série, deux sont de sérotype "6 C ou D" et non vaccinaux, et 4 souches appartiennent au "6 A/B", or la différentiation entre "6A" et "6B" nécessite le recours à la réaction de Neufield en utilisant un antisérum spécifique(en cours)[16].

3. Sérotype 3

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