• Aucun résultat trouvé

Découverte de nouvelles protéines impliquées dans la spermatogenèse chez le rat

N/A
N/A
Protected

Academic year: 2021

Partager "Découverte de nouvelles protéines impliquées dans la spermatogenèse chez le rat"

Copied!
331
0
0

Texte intégral

(1)

HAL Id: tel-01127389

https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01127389

Submitted on 7 Mar 2015

HAL is a multi-disciplinary open access

archive for the deposit and dissemination of sci-entific research documents, whether they are pub-lished or not. The documents may come from teaching and research institutions in France or abroad, or from public or private research centers.

L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est destinée au dépôt et à la diffusion de documents scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, émanant des établissements d’enseignement et de recherche français ou étrangers, des laboratoires publics ou privés.

spermatogenèse chez le rat

Sophie Chocu

To cite this version:

Sophie Chocu. Découverte de nouvelles protéines impliquées dans la spermatogenèse chez le rat. Biologie de la reproduction. Université Rennes 1, 2014. Français. �NNT : 2014REN1S064�. �tel-01127389�

(2)

� � �

�������������������������������

����������������������������������������������������� �����������������

������������������������������������

�������������������

���������������������������������

��������������

�������������

������������������������������� �����������������������������������������������

�����������������������������������������������������������������������������������������������������

��������������

��������������������

�������������������

��������������������

�������

������������������������ ��������������������� ��������������������������� ������������������ ������������������������������������������� ������������ ����������������� ���������������������������������� ������������ ��������������������� ������������������������������������������ ������������ ��������������� ������������������������������������� ������������� ������������� �������������������������������������� ���������� ��������������� ������������������������������� �������������������

(3)
(4)

�������������������������������������������������������������������������������

��������������������

(5)
(6)

!

REMERCIEMENTS

! ����������������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������������ ����������������������������������������������� � ���������������������������������������������������������������������������������������������� ������������ ��� ��������� ������ ������ ����� �������������� ����������� ������������ ��� ����� ��� ��� ����������� ������������ ������������� ������ ���� ����� ������� ���� ������������ ��� ������ ��� ��� ���������������� ��� ��� ��������� ��� �������� ��������� ���� ������������� ����� ������������ ��� ��������� ����������� ��� ��� ��������� ��� �������� ��� ����� ��� ��� ��������� ���������� ����� �������� ������� ����������� �� ���������� ����������� ��� �������� ��������������� ���� ������ ������� ��� ������������������������� � ��������������������������������������������������������������������������������������� ��������� �� ��� ���� �������� ��� �������� ��� ������� ��� �� ��� ���������� ���� �������� ��� ��� ���������������� ��� ����� �������� ���� ��� ��� ������ ��� ��������� ��������� ���� ��� ����� ����������������������������������������������������������������������� � ������ �� ������ ��������� ��� ��� ������������� ��������� �������� ����������� ����� �������� ������������ ���������� ������������������ ��� ������ �������� ����� ����� ����� ���� ������ ��� ������� �������������������������������������������������������������������������������������������� ��������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������������ �������������������������������������������������������������������������������������������� ����������������������� � ���������� ����� � �������� ���������������� ���������������������������������� ��������� �������� ���������� ����� ������ ���������� �� ������� ��� ����� �� ������ ���������� ��������� ����� ��� ����������� ���� ������� ��� ���������� ��� ������ ��������� ������ ��� �������� ��������� ����

(7)

�������������� ��������� ����������� ��� ��������� ��� �������� �������� ����� ��� ��������� ����� ���� ��������������� ��� ���� ����� ����� ������ ����� ���� ������� ��� ��������� ������������� ��� �������� ��������� ���� �������� ���� ��� �������� ��� ������ ���������� ��� ��� ����������� ��� ���������� ��������������� ������ �� ��������� ������ ����� �������� ��������� ���� ��� ������� ����������� ��� ��������� �������������������� � ������� ��������� ������������� ��������� ������� �������� ������������������������������������������������������������������������������������������������ ��������������������������������������������������������������������������������������� ��������������������������������������������������������������������������������������������� ��������������������������������������������������������������� � ��� ��������� ����� ����������������� ��������� �������� ����� ��� ������������ ������ ������� ������������������������������������������������������������������������������������������������� ����������������������������������������������������������������������������������������� ����������������������������������������������������������������������������������������������������� ���� ����� ������ �������� ���������� ��� ����� ��������� ���������������� ��� �� ������ ��������� ������ ����������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������������ ��� ���� ����� ��� ���������� ����������� �� ��� �������� ��� ���� �������� ����������� ����� ��� ��������� ����������� ����������������� ��� ������� ���� ������� ������ �� ��� �������������� ���� �������� ��� ��������������������������������������������������������������������������������������������� ��������������������������������������������������������������������������� � ��� �������� ����������� ��������� ������� ��� �������� ��� ��������� �������� ����� ������ ����� �������� ���������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������������������������������ � ���������������������������������������������������������������������������������������������� ���������������������������������������������������������������������������������������������� ���������������������������������������� ��

(8)

��� ������ ������ �� ����������� �������� ����� ���� ��������� ��� ���������� ���� ����������� ��� ��������� ���� ��������� ����������������� �� ��� ���� ��� ������ ������� ������ ������ ���� ������� ������������ ��� �������� ������� ���������� ���� ������� ������ ����� ���� ������ ������ ���� ������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������������� ���������������������������������������������� � ������ �� ������ ������� ����� ���� ������������ ������������� ��� ������������ ������ ���������� ��������������������������������� � ������ ���� ������� ��� ��� ������ ��� ������� ������� ������� ���������� ���������� ������� ������ ��������� ���������� ��������� ������ ��� �������� ������ ������ ����� ������� ���� ��������� �������� ������������������������������������������������������������������������������ � ���������������������������������������������������� � ������������������������������������������������������������������������������������� � �������������������������������������������������������������������������������������������� ��������������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������ � ������������������������������������������������������������������������������������������������ ���������� �������������� ������������������������������������ � ��� ������� ������� ������� ��� ����������������������������������������������������������������������������������������������� ���������������������������������������������������������������������������������������������� ������� ���� ����� �������� ����� ��� ���� ���� ����������� ��� ������������ ��� ���������� ��� ���� ���� ����������������������������������������������������������

(9)
(10)
(11)

��� �������� �� ���� �������� ��� ����� ��� �������� ���������� ��� ���������� ���� ��� ������� ����������������������������������������������������������������������������������������� �������� ���� �������� �������� ��� ����������� ���� ���� ���������� ��� ���������� ��������������� ������� ��� ��� ��������� ��� ��� �������������� ������������� ���� ����������� ��� �������� ���� ��� ��������� ���������������� ����� ������� ��� ������ ������������� ����� ���� ��� ����� ��� ����� ������������ ��� �������� ������� ���� ������������ ��� ��� ������������� ����������� ���� ��������� ��������������� ����������� ��� ����������� ��� ������������ �� ���� ����������� ��� ��� ����������� ��� ���������������� ����� ����������� ���� ����������� ���� ������������� ��� ��������������� ���������������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������������ ��������� ��� �������� ������� ��� ����� ���������� ���� ��� �������� ���� ��������� ����������� ��� ��� ����������������������������������������������������������������������������������������� ����� �������� ���� ������������� ������ ���� ��������� ����������� ��� ���� ��������� ��� ��������� �������������������������������������������������������������������������������������������������� ���� ������� ��� ������� ��� ��������� ��� �������� ��� ���������� ���� ������� ��� ����� ������� �������������������������������������������������������������������������������������������������� ���� ��������� �� ��������� ���� ����� �������� ������������ ��������� ����� ��������� ���� ��������� ���������� ���������������� �������������� �� ����������������� ���������������������������� ���������� ������������ ��� ������������� ��� ������� ��� �������������� ������������ ������������ ��������������������������������������������������������������������������������������������� �������� �������� ���������� ���� �������� ��� ��� ��������� ��� �������� ���� ������������ ���� ���������� �������� ��������� ��������� ���� ���� ��������� ��� ��������� ��� ���� �������� ��� ���������������� ���� ���� �������� ������ ������������ ��������� ��������������� ��� ������ ��� ���� ���������������������������������������������������������������������������������������������� ���� ���� ������������ ������� ��� ��� ���� ������� ���� ������������ ������ ��� ���������� ��� ��������� �������������������������������������������������������������������������������������������� ��������������������������������������������������������������������������������������������� ���������� ��� ������������� ���� ���� ��������� ��� �������� ���� ����������� ��� ����� ������� ���� �������������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������������ ���� ��������� ������ ������� ������� ��� ��� ������������� ���� ���� ��������� �������� ��������� �������������������������������������������������������������������������������������������������

(12)

����������������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������������������� ��� ����������������� ���� ��������� ����������� �� ���������� ��� ���� ��������� ��� ������������� ������������������������������������������������������������������������������������������� �������������������������������������������������������������������������������������������� ��� ���������� ���� ��������� ��� �������� ������� ��� ����� ������ ������ ��� ����� ������ ������ ���� ������������������������������������������������������������������������������������������ ��������� �� ��������� ��������� ������������ � �� ����������������������������� �� ������������ ���������������������������������������������������������������������������������������������� ������� ����� ���� ��������� ������������ ��� ������� ������ ��� ���������������� ���� ��������� ����������������������������������������������������������������������������������������������� ��������������������������������������������������������������������������������������������� ������������ ����� ������������ ���� ������������� ���� ���� ��� ��������� ������� ������������������������������������������������������������������������������������������� ���������������������������������������������������������������������������������������������� ��������������������������������������������� ��������������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������������������������������������������������������������������������ ������� ��������� �� ����� ������� ���� ��������� ����������� ������ ��� ����� ���� ���� ��������� ���������������������������������������������������������������������������� ��������������������������������������������������������������������������������������� ��� ����������������� ���� ���������� ������������� ��� ������������� ������ ��� ������������� ���� ������������������������������������������������������������������������������������������� ���� ����� ��������� ��������� ����� ��� �������� ��� ��� ��������� �������������� ������� ����� ������ ���������������������������������������������������������������������������������������������� ��� ����������� ������ ������������� ��� ���������� ���� ���� ��������� ����������������� ���������������� ���������� �� ����� ������� ������ ��� ����� ��� ���� �� ��� ��������� ���� �� ����� ��������� �� ���� �������� ����� ��� ����� ������� ������ ���� ���� ������������ ���� ���������� ������������������������������������������������������������������������������������ �������� ��������� ��� ��� ���������� ����������� ��� ����� ������� ������� ���� ��� ����� ������� ���� ������������������������������������������������������������������������������������������������ �����������������������������������������������������������������������������������������������

(13)

���������������������������������������������������������������������������������������������� ��������������������������������� ���� ������� ���������������� ���� ���� ��������� ����� ����� ����� ��� ���� ������������� ���� ���������������������������������������������������������������������������������������������� ��������������� ��������� ��� ����������������� ������������ ��� ���������� �������� ����� ������������ ����������� ���� ����������������� ��������� ����� ������ ������������ ���� ������ �� ����������������������������������������������������������������������������������������������� ����� ��� ����� ���� ��� ��������������� ������������ ���� �� ���� ��� �������� �� ���� ����� ����������������������������������������������������������������������������������������������� ����������������������������������������������������������������������������������������������≥� ���� ������ ����� ������ ������������ ������������ ��� �������������� ��� ������� ������������� ��� �������������� �������� �������� ������ �������� ��������������� �������������� ���������� ������������� ������ ��� ������ ���������������������������� �������������� ���� �� ���� ��������������������������������������������������������������������������������������������� ������� ����� ����� ����� ������������� ����������������� ���������� ��������� ����� ���� ���������������������������������������������������������������������������������������������� ����������������������������������������������������������������������������������������������� ��� ��������� �� ����� ������������� ���� ��� �������� ������� ��� ���� ������� �������������� �� ��� ������������������������������������������������������������������������������� ��� ����������� ���� ����������� ��� �������� ��� ����� ������ ����������� �� ��� ����������� ������������������������������������������������������������������������������������������ �������������������������������������������������������������������������������������� �������������������������������������������������������������������������������������������� �������������������������������������������������������������������������������������������� ����������������������������������������������������������������������������������������������� ��������� ��� ��� ������������� ����� ��� ����� ��� ������� ��� ��������� ����� ���� �������� ���� ����������������������������������������������������������������������������������������������� ����� �� ������� ������ ���������� ��� ������� �� ��� ���������������� ���� ��� ������� �� �� ������������ ��������������� ����� ���������� ��� ������ ��� ����������� ����� ��� ���� ����� ������� ������������� ����� ���� ��������� ����������� ����� ���������������� ����������� ����� ��� ������������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������� ������� ���������� �� ���� ���� ����������� ���������� ������������� ���� ������ �� ��� ������� ���

(14)

��������������������������������������������������������������������������������������������� ��������� �������� ��� ���� ��������������� ���� ��������� ��� ������� ������������� ��� ��������� �������������������������������������������������������������������������������������������������� ����������������������������������������������������������������������������������������������� ��������� ��� ����� ������� ��� �������� ������� �������� ����� ���� ����� ������������ ������������ ����������������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������������ ������������ ��� ���� ��� ���� ������ ������ ����������� ������ ����������������� ���������� ����������� �������� ��� ����� ������ ����� ���� ������� ������� �������� ��� ��������������� ����������� ������ ��� ����� ���� ���� ����� ������ ���� ���� �������� ����� ������� ������������� �������� ���� ������� ����������� ��� ���������������� ��� ��� ���������������� ���� ������������������������������������������������������������������������������������������� �������������������������������������������������������������������������������������������� ����������������������������������������������������������������������������������������������� �������������������������������������������������������������������������������������������� �������������������������������������������������������������������������������������������� ��������� ��� ������ ���� ������� ���������� ��� ��������������� ��� ��� ���������������� ���� ���� ��������� ��� ������������ ���� �������� ���� �������� ��� ��� ����������������� ���� ��������� ��� �������� ����� ��������� ����� ��� �������� ��������� ��� ��� ����������� ��� ��������� ��������� ����� ���������������������������������������������������������������������������������������������� ����������������������������������������������������������� �������������������������������������������������������������������������������������� ������� ��� ��������� ������������� ������� ���� ������� ��������������� �������� �������� ����� ����������� ���� ��� ������ ���� ���� ��������� ���� ��� ������������� ����� ���������� ��� �������� ������������������������������������������������������������������������������������������ ��� ��������������� ����� ��� ����� ����� �������� ��� ������������ ����� ��� ��� ����������� ���� ���� ���������� �������������� ����� �������� ����� ����������� ���� ���������� ����� ��� ������� ������������� ���������� ��������� ��� ���� ��������� ���� �� �������� ������� � ����������� ������������������������������������������������������������������������������������������������ ������������������������������������������������������������������������������������������ ��������������������������������������������������������������������������������������������� �������������������������������������������������������������������������������������������������� �������������������������������������

(15)

�������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������������������� ������� ��� ���� ������ ���� ��� ������������ ���� ������ ���������� ���������� ���� ��������� ������ ���������������������������������������������������������������������������������������� ������ ��������� ��� ����� ��� ��� �������� ��� �������� ���� ���������� ���� ������� ����� ����������� �������������� ����� ������������� ���������� ��� ����� ��� ��� ����������� ������������� ����� ������������������������������������������������������������������������������������������������� �� �������� ����� ����� ���������� �������� �������� ������� � �� ��������������� ����� �� �� ��������������� ���� ���������� ����������� ������������� �������� ����������������� ���������������� ���� ��������� �� �������� ��������� ���� ������� ���������� ������������� ���������� ����� ��� ������������ ���� ��������� ����������� �������������� ����� ������������� ���� ���������������������������������������������� ����������������� ������������������������������ ��� ��������� ��� ������ ��������� ��� ������ ���� ��������� ��� �������� ��� ���������� ���� ��������� ����������������������������������������������������������������������������������������������� �����������������

(16)

ABREVIATIONS! �������������������������������������������������������� ������������������������������ ���������������������������������������������������������������� ���������������������������� ��������������������������������������� ������������������������������������������������ ���������������������� ������������������������������������������� ��������������������������������������� ������������������������������� ������������������� ������������������������������ ������������� ������ ������������ ��������������������������������� ���������������������������������������������������������������� ������������������� ����������������������� ��������������������� ������������������������������������ ��������������������������������� ���������������������������������������������� �������������������������������������������� ������������������������������ ����������� ���� ������������������� ��������������������������������������� �������������������������� ���������������������������� �������������������� �������������������������������������������������������� �������������������������������������� ��������������������������������������� ������������������������������� ������������������������������������������� ��������������������������� �������������������������� ��� �������������� ������������� ������������������������������������������������������������ ����������������������������

(17)

�������������������������� ������������������������������ ������������������������������������������������ ���������������������������������� �������������������������� �������������������������������������������������� ����� ���� ���� ������� ������ ���������������������������������������������� ������������������ ������������������������������������� �������������������������������������������� ������������������������������ ������������������������������������������������ ���������������������������������� ���������������������������������� �������������������� �������������������� �������������� ����������������������������������� ���������������������������������������������������������������������� ����������������������������� ������������������������ ���������������������������� ���������������������������� ��������������������������������������� ���������������������������������������������������� ������������������������������������������� ������������������� ����������������������� ���������������������� ��������������������������������� ������������������ ���������������������������������������������������� ���������������������� �������������������������� ������������������������ ������������������������������� ������������������������������� ������������������������������������������������� ���������������������������

(18)

�������������������������� �������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������ ������������������������ ��������������������������������������������������� ������������������������������ �������������������������������� ����������������������������� ������������������������� �������������������������� ������������������������������������ ������������������������ �������������������� �������������������������������� ������������������������������������������������������������������������������������ ��������������������������� ���������������������������� �������������������������������� ������ �������� ������������ � �� � ��������������������������� ��������������������������������������������������������������� ��������������������������������������������������������������������� ������������������������������ ������������������ ���������������������������� ������������������������������������������������������� ���������������������������������������� ���!���������������������������������� �������������������� ��������������������������������� �������������������� ���������������������� ��������������������������������������� ������������������������� ���������������������������������������������� ����������������������������������������������

(19)
(20)

INTRODUCTION)...)1! I.! La!fonction!testiculaire!chez!les!mammifères!...!1! A.! Le%testicule%...%1! B.! La%spermatogenèse%chez%les%mammifères%...%7! C.! Régulation%de%la%spermatogenèse%...%10! II.! L’analyse!protéomique!...!39! A.! De%la%cellule%à%la%source%du%spectromètre%...%40! B.! La%spectrométrie%de%masse%en%protéomique%...%42! C.! Approches%de%protéomique%...%52! D.! Les%bases%de%données%de%séquence%...%63! E.! Ontologies%et%bases%de%données%biologiques%...%68! III.! Les!études!protéogénomiques!...!73! A.! La%protéogénomique%...%74! B.! La%protéogénomique%au%sens%élargi%...%79! IV.! Approches!«!Omiques!»!et!spermatogenèse!...!85! A.! Transcriptomique%et%étude%de%la%spermatogenèse%...%85! B.! La%protéomique%pour%comprendre%la%spermatogenèse%...%88! C.! Génomique%intégrative%et%spermatogenèse.%...%91! OBJECTIFS)...)94! MÉTHODOLOGIES)...)96! II.! Préparation,des,échantillons,en,vue,des,analyses,protéomiques!...!98! A.! Préparation,de,protéines%...%98! B.! Préparation%d’extraits%peptidiques%...%100! III.! Analyses!protéomiques!...!101! A.! Acquisition%des%données%%par%analyse%LC%MS/MS%...%103! ��! Analyse%des%données%...%104!

C. Traitement des données de protéomique ... 105

D.! Utilisation%de%la%Gene%Ontology%...%108!

RÉSULTATS)...)110!

Chapitre)1)...)112! Découverte)de)nouveaux)loci)codants)par)une)approche)protéomique)informée) par)la)transcriptomique)(PIT)!dans)les)cellules)germinales)de)rat!

Figure

FIG. 1. Experimental design and PIT workflow. A schematic diagram of the strategy used to identify novel protein-coding loci by combining transcriptomic and proteomic data analysis.
FIG. 2. PIT and refinement strategies used to select novel high-confidence protein-coding loci expressed in germ cells
FIG. 3. Genomic and transcriptomic features of MS-identified transcripts. MS-identified TUTs, and known lncRNAs were compared to nonidentified TUTs and known lncRNAs and to MS-identified mRNAs
FIG. 4. Cell-specific expression patterns of XLOC_013843 (VAMP9) and XLOC_001949 (T-ENOL) transcripts
+3

Références

Documents relatifs

Même si l’al- lure globale est similaire à celle que l’on a obtenu lors des simulations par éléments finis (voir chapitre 3), les champs de gradients sont très bruités, ceci

Relay feedback controllers present some advantages which make them a perfect substitute to continuous control laws (see for instance [11], [14], [27], [28]). Indeed, they can

r Basic Protocol 4: integration of ChIP-seq and RNA-seq results: comparison be- tween genes associated with the ChIP-seq peaks, differentially expressed genes reported by

observed with a size ≥ 5000 bp leading to scattered dots. The dotted line separates the red regression line corresponding to transcripts < 600 bp and the blue one to transcripts

Differential expression studies were until now restricted to gene level studies, i.e., ignoring the transcript level information, to cases where the set of expressed transcripts

We show experimentally, on simulated and real data, that FlipFlop is more accurate than simple pooling strategies and than other existing methods for isoform deconvolution from

This work features 4 important novelties: i) we propose a statistically sound nonparametric estimation of the inherent mean-variance relationship in RNA- seq data; ii) we present

In addition to the intersection of independent per-study analyses (where genes were declared to be differentially expressed if identified in more than half of the studies with