Evaluation comparative de deux méthodes de réalisation de l’examen cytobactériologique des urines au Centre National Hospitalier Universitaire Hubert Koutoukou Maga de Cotonou (Bénin)

(1)

MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

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UNIVERSITE D’ABOMEY-CALAVI

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ECOLE POLYTECHNIQUE D’ABOMEY-CALAVI

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DEPARTEMENT DE GENIE DE BIOLOGIE HUMAINE

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Option : Analyses biomédicales

RAPPORT DE STAGE DE FIN DE FORMATION DU PREMIER CYCLE POUR L’OBTENTION DU DIPLOME DE LICENCE PROFESSIONNELLE

THEME

Présenté et soutenu par :

Fernand Noutin MICHODIGNI & Stécy Luce Oluségun TOHON

Le Vendredi 07 Novembre 2014 avec une mention Très-Bien Devant le jury composé de :

Président : Prof Honoré S. BANKOLE Membre 1 : Dr Angèle T. AHOYO

Membre 2 : Dr Victorien T. DOUGNON

Sous la direction de :

Année académique : 2013-2014 7^ème promotion

Tuteur: Superviseur:

Gérard AHOTIN

Ingénieur en analyses biomédicales

Dr Angèle Théodora AHOYO

Microbiologiste/Hygiéniste

Maître assistante des universités du CAMES

Evaluation comparative de deux méthodes de réalisation de l’examen cytobactériologique des urines au Centre National Hospitalier Universitaire Hubert Koutoukou Maga de Cotonou

(Bénin)

(2)

REALISE ET SOUTENU PAR FERNAND MICHODIGNI ET STECY TOHON

REPUBLIQUE DU BENIN

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MINISTERE D’ETAT CHARGE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE

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UNIVERSITE D’ABOMEY-CALAVI

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ECOLE POLYTECHNIQUE D’ABOMEY-CALAVI

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DEPARTEMENT DE GENIE DE BIOLOGIE HUMAINE

DIRECTEUR : Professeur Félicien AVLESSI

DIRECTEUR ADJOINT : Professeur Clément BONOU

CHEF DU DEPARTEMENT : Docteur Julien A.G. SEGBO

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REALISE ET SOUTENU PAR FERNAND MICHODIGNI ET STECY TOHON LISTE DES ENSEIGNANTS DU DEPARTEMENT DE GENIE DE BIOLOGIE

HUMAINE DES ANNEES ACADEMIQUES 2011 – 2014

I- ENSEIGNANTS PERMANENTS

N° NOM et Prénoms Matières enseignées 01 Feu ADISSODA Cyrille Anglais

02 AHOYO Théodora Angèle Microbiologie Générale 03 AIKOU Nicolas Biochimie

04 AKPOVI D. Casimir Physiologie humaine et Biochimie 05 ALITONOU Guy Chimie Organique

06 ANAGO Eugénie Biochimie Structurale et Métabolique 07 ANAGONOU Sylvère Education Physique et Sportive 08 ATCHADE Pascal Parasitologie

09 AVLESSI Félicien Chimie Générale

10 BANKOLE Honoré Bactériologie Appliquée

11 DOSSOU Cyriaque Techniques d’Expression et Méthodes de Communication

12 HOUNSOSSOU Hubert Biométrie et Anatomie Générale 13 LOKO S. Frédéric Biochimie Clinique

14 LOZES Evelyne Immunologie Générale

15 SECLONDE Hospice Immuno-Hématologie et Transfusion Sanguine

16 SEGBO A. G. Julien Biologie Générale, Biochimie Structurale, Biochimie Métabolique et Biologie Moléculaire

17 TOPANOU Adolphe Hématologie Générale

18 YANDJOU Gabriel Techniques d’Expression et Méthodes de Communication

19 YOVO K. S. Paulin Physiologie Humaine, Pharmacologie et Toxicologie

i

(4)

Evaluation comparative deux méthodes de réalisation de l’Examen Cytobactériologique des Urines au CNHU-HKM

II- ENSEIGNANTS VACATAIRES

N° NOM et Prénoms Matières enseignées 01 ABLEY Sylvestre Déontologie Médicale 02 AKOWANOU Christian Physique

03 AGBANGLA Clément Génétique Moléculaire

04 AGOSSOU Gilles Législation et Droit du Travail 05 AKOGBETO Martin Entomologie Médicale

06 BINAZON Claude César Soins Infirmiers et Education pour la Santé

07 COFFI Aristide Anglais

08 DARBOUX Raphaël Histologie 09 DESSOUASSI Noël Biophysique

10 DOUGNON T. Victorien Méthodologie de recherche 11 DOSSEVI Lordson Techniques Instrumentales

12 FOURN Léonard Santé Publique

13 HOUNNON Hyppolite Mathématiques 14 MASLOKONON Vincent Histologie Générale

15 SENOU Maximin Histologie

ii

(5)

DEDICACE

(6)

A tous les ingénieurs et techniciens des différents laboratoires médicaux.

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(7)

REMERCIEMENTS

(8)

Ce rapport de fin de formation a été réalisé grâce à l’appui de plusieurs personnes altruistes. A la fin de la rédaction de ce document, qu’il nous soit donc permis d’adresser nos profondes gratitudes ;

 aux autorités et enseignants de l'EPAC, en particulier ceux du département de Génie de Biologie Humaine. Chers professeurs, vous avez contribué très efficacement à notre formation universitaire.

Recevez-ici le témoignage de notre profonde gratitude ;

 au Docteur Angèle Théodora AHOYO, qui malgré ses multiples occupations a accepté de suivre le présent travail. C’est un grand plaisir pour nous de vous avoir eu comme superviseur. Vos qualités intellectuelles, professionnelles et humaines nous inspireront pour de grandes réussites dans la vie. Que Dieu vous comble au-delà de vos attentes ;

 au Docteur Dissou AFFOLABI pour avoir suivi de près ce travail malgré vos multiples occupations. Veuillez accepter nos profonds et sincères remerciements ;

 au Docteur Victorien T. DOUGNON, pour votre disponibilité et les corrections apportées dans la réalisation de ce document. Demeurez toujours pour nous un ami et un modèle à suivre ;

 au Docteur Jeanne OREKAN et à notre tuteur Monsieur Gérard AHOTIN pour avoir été toujours disponibles à répondre à nos préoccupations. Merci pour votre contribution dans la réalisation de ce travail. Que Dieu vous comble de ses grâces ;

 à Madame Bernadette EKPANGBO et Monsieur KOUKPOLIYI pour toute leur contribution ;

 au Professeur Abdoulaye IDRISSOU, Directeur du CNHU-HKM.

Notre séjour au CNHU-HKM a été possible grâce à vous. Recevez, Monsieur le Directeur, l’expression de toute notre reconnaissance ;

vi

(9)

 au Professeur Achille MASSOUGBODJI, chef service du laboratoire de microbiologie du CNHU-HKM. Trouvez ici l’expression de notre reconnaissance ;

 au Professeur Sévérin ANAGONOU, chef service adjoint du service de microbiologie pour votre compréhension et votre simplicité ;

 aux personnels du laboratoire de Bactériologie-Virologie du CNHU-HKM pour votre contribution à la réalisation de ce travail.

Sincères remerciements ;

 à tout le personnel de la société Sysmet, en particulier Monsieur CAPO-CHICHI Pierre pour leur apport en matière de documentation ;

 à tous ceux qui de près ou de loin ont contribué à la réalisation de ce travail, nos sincères remerciements ;

Fernand MICHODIGNI

&

Stécy TOHON vii

(10)

 A DIEU tout puissant

Je te rends grâce pour tout, merci DIEU trois fois SAINT. Que ta volonté soit faite. Amen !

 A mon père Bonaventure TOHON

Toi qui as œuvré pour l’éducation et la réussite de tes enfants, trouve à travers ce travail, le témoignage de ma reconnaissance et de mon profond attachement. Que Dieu te garde toujours dans son amour.

 A ma tendre mère Nicole ALAPINI

Ce présent travail ne saurait combler tant d’années de souffrances et de sacrifices. Que cette œuvre reste le témoignage vivant de ton immense amour maternel sans lequel je ne pouvais y parvenir. Puisse le Seigneur notre Dieu permettre que tu jouisses pleinement des fruits de l’arbre que tu as planté. Profonde affection.

 A mes frères et sœurs Esméralda, Gaddiel, Atsel et Dodai

Que le seigneur notre Dieu vous soutienne également dans la réussite de vos projets.

 A tous mes amis, Aristide Z., Fabiola K., Sylvie H., Sonita T., Esther T., Isaac K. et Joël A.

Pour votre amitié, votre soutien et vos encouragements durant cette formation ! Sincères remerciements.

 A mon camarade Fernand MICHODIGNI

Pour ton amitié et ta bonne collaboration tout au long de ce travail.

Stécy TOHON

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(11)

 A Dieu Le Père, Son Fils Jésus-Christ et au Saint Esprit

Je rends grâce à DIEU, Le Tout Puissant, Le Miséricordieux, Le Connaisseur de l’invisible tout comme du visible. Que ta volonté soit faite. Amen !

 Mon père, Grégoire MICHODIGNI

Merci pour tout Papa ! Que l’avenir soit pour toi satisfaction et soulagement. Que Dieu te garde en vie. Amen !

 A ma mère, Marie-Louise AGON

Merci maman ! Que le Tout Puissant te garde aussi longtemps auprès de nous ! Amen !

 A mon grand frère, Docteur Justin DEHOUMON

Je prie le tout puissant afin qu’il renforce davantage le lien qui nous unit.

 A mes amis, Rock D., Jean-Paul F., Alao A., Karen G. Lucrèce V., Sandrine Z., Salmath A., Prudence H., Sidic A., Wahib F., D’Assise Z.

Je prie le tout puissant de sauvegarder nos relations. Bonne chance à nous pour la suite.

 A ma camarade, Stécy Luce TOHON.

Pour les moments de labeur, de courtoisie et d’humeurs passés ensemble. Je nous souhaite une très bonne chance.

Fernand MICHODIGNI

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(12)

HOMMAGES

(13)

 A son Excellence le Président du Jury

C’est un grand honneur que vous nous faites en acceptant de présider notre Jury de soutenance de rapport de stage de fin de formation. Nous tiendrons compte de vos remarques pour améliorer la qualité de ce travail. Respectueux Hommages !

 Aux Honorables membres du Jury

C’est un insigne honneur que vous nous faites en acceptant de juger ce travail. Veuillez trouver ici, l’expression de notre profonde gratitude et de nos sincères considérations. Vos critiques nous aideront à en améliorer la qualité. Respectueux Hommages !

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(14)

Evaluation comparative de deux méthodes de réalisation de l’Examen Cytobactériologique des Urines au CNHU-HKM

LISTE DES SIGLES

ET ABBREVIATIONS

(15)

°C : degré Celsius µl : Microlitre

CLED : Cystine-Lactose-Electrolyte-Déficient

CNHU-HKM : Centre National Hospitalier et Universitaire Hubert Koutoukou MAGA

ECBU : EMB : EPAC :

Examen Cytobactériologique des Urines Eosine Bleu de Méthylène

Ecole Polytechnique d’Abomey- Calavi GBH : Génie de Biologie Humaine

h : Heure(s) min : Minute(s) ml : Millilitre mm3

: Millimètre cube pH : Potentiel Hydrogène

% : Pourcentage

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(16)

Evaluation comparative de deux méthodes de réalisation de l’examen cytobactériologique des urines au CNHU

LISTE DES TABLEAUX

(17)

Tableau I: Comparaison des moyennes et écart-types des paramètres évalués………..21 Tableau II: Répartition des échantillons en fonction de la leucocyturie et de la bactériurie pour l’UF- 500i………...24 Tableau III: Répartition des échantillons en fonction de la leucocyturie et de la bactériurie pour la méthode manuelle……….25 Tableau IV: Comparaison des résultats de la leucocyturie entre les deux méthodes………..26 Tableau V: Comparaison des résultats de l’hématurie entre les deux méthodes………27 Tableau VI : Comparaison des résultats de la bactériurie entre les deux méthodes……….………….28 Tableau VII: Performances de l’automate dans la détection des

paramètres évalués………...29

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(18)

LISTE DES FIGURES

(19)

Figure I : Répartition des patients en fonction du sexe…………....22 Figure II : Répartition des patients en fonction de l’âge……….23

xvii

(20)

RESUME

(21)

Les infections urinaires constituent un motif fréquent de consultation en médecine. Le diagnostic repose sur le résultat de l’examen cytobactériologique des urines pouvant être réalisé manuellement ou à l’aide d’automates. La présente étude a alors visé une comparaison des résultats de la méthode manuelle prise comme méthode de référence à ceux du Sysmex UF-500i, un automate nouvellement expérimenté au Centre National Hospitalier et Universitaire Hubert Koutoukou Maga de Cotonou. Pour y parvenir, 350 échantillons d’urines ont été collectés de patients reçus au laboratoire de bactériologie du CNHU-HKM de Cotonou. Ces échantillons ont été analysés par la méthode manuelle et par le Sysmex UF-500i. De l’analyse des échantillons collectés, il ressort que la sensibilité de l’UF-500i pour les leucocytes, hématies et bactéries est respectivement de 95,56%, 100% et 32%. La spécificité pour les leucocytes (100%), les hématies (93,55%) et pour les bactéries (100%) est satisfaisante. Il ressort de cette étude que l’UF-500i est utile dans la partie cytologique de l’examen cytobactériologique des urines et permet le tri des échantillons d’urines qui seront probablement à culture négative.

Mots-clés : Infections urinaires, Examen cytobactériologique des urines, Sysmex UF-500i.

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(22)

ASBTRACT

(23)

The urinary tract infections constitute a frequent motive of consultation in medicine. The diagnosis rests on the result of the Bacteriological and Cytological Exam of Urines capable to be achieved by hand or with the help of automatons. The present survey aimed a comparison of the results of the manual method taken like method of reference to those of the Sysmex UF-500i; an automaton newly experimented at the Center National Hospitable and Academic Hubert Koutoukou Maga of Cotonou, then. To arrive there, 350 samples of urines have been collected of patients received to the laboratory of bacteriology of the CNHU-HKM of Cotonou. These samples have been analyzed by the manual method and by the Sysmex UF-500i. Of the analysis of the samples collected, he/it comes out again that the sensitivity of the UF-500i for the White Blood Cells, Red Blood Cells and bacteria are respectively of 95, 56%, 100% and 32%. The specificity for the White Blood Cells (100%), the Red Blood Cells (93,55%), as well as for the bacteria (100%) is satisfactory.

It ensues of this survey that the UF-500i useful in the cytological part of the Bacteriological and Cytological Exam of Urines and permits the sorting of the sample of urines that will probably be to negative culture.

Keywords: Urinary tract infections, bacteriogical and cytological exam of urines, Sysmex UF -500i.

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(24)

SOMMAIRE

(25)

Pages

Introduction……….. 1

Première partie : Synthèse bibliographique………... 4 Deuxième partie : Matériel et méthodes………. 11 Troisième partie : Résultats et commentaire………. 20

Conclusion………... 33

Suggestions………. 34

Références bibliographiques……… 35

Table des matières………. 39

xxiii

(26)

INTRODUCTION

(27)

Les infections urinaires constituent un motif fréquent de consultation en médecine [1].Elles représentent plus de sept millions de consultations et un million d’hospitalisations aux Etats-Unis [2]. Au Bénin, en 2012, le nombre de cas d’infections urinaires rencontrés en consultation et en hospitalisation a été évalué à plus de dix-huit mille trois cent [3].

Souvent considérées comme banales et bénignes, les infections urinaires peuvent néanmoins avoir des conséquences pathologiques sévères. Elles peuvent aboutir à une dissémination hématogène ou une insuffisance rénale que ce soit chez l’homme ou chez la femme [4, 5, 6].

Une telle situation impose alors une prise en charge convenable de ces infections, véritable problème de santé publique. Cette prise en charge est basée sur un diagnostic bactériologique obtenu après l'examen cytobactériologique des urines.

Cet examen comprend deux phases : une analyse cytologique et une analyse bactériologique. L’analyse cytologique permet de quantifier les cellules présentes dans les urines telles que les leucocytes, hématies, cellules épithéliales par un comptage de celles-ci avec les cellules de numération. Quant à l’analyse bactériologique, elle permet la numération bactérienne et l’identification du germe responsable de l’infection.

Avec le progrès de la technologie, les laboratoires de bactériologie peuvent désormais réaliser cet examen de façon manuelle et automatisée. La méthode classique dépendant essentiellement du technicien est de plus en plus renforcée grâce à des automates tels que le Sysmex UF- 500i, le Sysmex UF-1000i, l’Urised, Vitek2 [1, 7, 8, 9].

Dans le cadre de l’amélioration de ses performances, le Centre National Hospitalier Universitaire a acquis le Sysmex UF-500i. La phase pilote d’évaluation de cet appareil a conduit à la présente étude.

2

(28)

Elle a eu pour objectif général de comparer les résultats de la méthode manuelle à ceux du Sysmex UF-500i.

Plus spécifiquement, il s’est agi de :

 comparer les résultats de la leucocyturie de la méthode manuelle à ceux du Sysmex UF-500i ;

 comparer les résultats de l’hématurie de la méthode manuelle à ceux du Sysmex UF-500i ;

 comparer les résultats de la bactériurie de la méthode manuelle à ceux du Sysmex UF-500i

Pour atteindre ces objectifs, un plan à trois parties a été adopté. En dehors de l’introduction et de la conclusion, la première partie a concerné la synthèse bibliographique. La méthodologie suivie a été présentée dans la deuxième partie. Quant à la dernière partie, elle a abordé les résultats et le commentaire.

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(29)

PREMIERE PARTIE :

SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE

(30)

1.1. Infections urinaires 1.1.1. Définition

Les infections urinaires regroupent un ensemble de pathologies, symptomatiques ou non, caractérisées par l'infection du tractus urinaire (muqueuse des voies urinaires ou parenchyme rénal) ou de ses annexes et par une positivité de la culture des urines [11, 12]. Elles sont généralement classées en deux catégories à savoir : les infections urinaires simples et les infections urinaires compliquées.

1.1.2. Types d’infections urinaires

 Infections urinaires simples

Ce sont, les infections urinaires de la femme n’ayant aucun terrain particulier, aucune maladie associée et aucune anomalie organique ou fonctionnelle de l’arbre urinaire. Les hommes ne peuvent pas avoir d’infection urinaire simple car, chez eux, l’infection urinaire s’accompagne toujours d’une anomalie organique ou fonctionnelle de l’arbre urinaire [13, 11].

 Infections urinaires compliquées

Il s’agit des infections urinaires survenant chez des patients ayant au moins un facteur de risque (grossesses, immunodépression, sujet âgé, tumeur…) pouvant rendre l’infection plus grave et le traitement plus complexe [14, 15].

5

(31)

1.1.3. Epidémiologie

Les infections urinaires constituent une pathologie fréquente. Les femmes ont un risque d’infection urinaire multiplié par quatorze par rapport aux hommes. La proportion de femmes adultes qui disent avoir eu un épisode d’infection urinaire au cours de leur vie est de 40 à 50%.

Elles surviennent dans 20% des cas chez les hommes. La fréquence des infections urinaires augmente avec l’âge. Elles concernent 10 à 20%

des sujets de plus de 65 ans.

1.1.4. Etiologies et germes responsables

Les infections urinaires sont généralement causées par un seul microorganisme. Escherichia coli est l’agent responsable dans plus de 80% des infections urinaires et Staphylococcus saprophyticus dans 10

% à 15 % des infections. Occasionnellement, d’autres agents infectieux peuvent être impliqués tels que Klebsiella spp, Proteus mirabilis et Enterococcus faecalis.

L’étiologie des infections urinaires varie selon les facteurs de risque et le type d’infections [14].

1.2. Diagnostic biologique

Il repose sur l’examen cytobactériologique des urines dont la réalisation impose des techniques rigoureuses de prélèvement, des conditions de conservation et de manipulation précises ainsi qu’une interprétation critique des résultats.

6

(32)

1.2.1. Prélèvement

L’objectif est de recueillir l’urine vésicale, normalement stérile, en évitant sa contamination lors de la miction par la flore commensale qui colonise l’urètre et la région périnéale.

 Conditions de prélèvement

Le prélèvement doit être réalisé si possible le matin au réveil, sur les premières urines qui sont concentrées. Chez l’enfant ou un malade avec sonde, obtenir un échantillon urinaire de qualité est plus difficile encore que chez l’adulte. Ainsi :

 Chez l’adulte

Après lavage des mains, les hommes doivent faire un nettoyage soigneux du méat urinaire. Quant aux femmes, elles feront une désinfection locale des régions génitales externes lors de leur toilette.

Enfin, il faut un recueil du milieu du jet des urines du matin de préférence, ou ayant séjourné au moins 4 heures dans la vessie sans boire.

 Chez le malade avec sonde

Le tuyau d'évacuation sera clampé pendant 10 minutes afin de laisser l'urine s'accumuler en amont. L'urine sera ponctionnée via l'opercule spécifique de la sonde après désinfection à l'alcool iodé.

Il convient de privilégier ce type de prélèvement juste après un changement de sonde.

 Chez le nourrisson

Après un nettoyage soigneux de la région périnéale, un sac plastique collecteur sera fixé au moyen d'un adhésif. Ce sac ne doit pas être laissé plus de 30 minutes [17, 13].

7

(33)

1.2.2. Numération manuelle a- Examen macroscopique

Il permet de noter:

- l'aspect des urines: limpide, trouble

- la couleur : jaune, hématique, éventuellement colorée par les médicaments [7].

b- Examen microscopique

Elle s'effectue directement sur un échantillon d'urine au microscope en utilisant un hématimètre. La numération des éléments figurés des urines se fait dans un hématimètre en verre de type Nageotte, Lemaur, ou Malassez dans des volumes respectifs de 50, 40, et 1 mm³. La cellule Kova est aussi utilisée. Le résultat est exprimé par mm³, ou par ml.

Les urines normales contiennent moins de 10 leucocytes par mm³soit 10⁴/ml et moins de 10 hématies par mm³soit aussi 10⁴/ml [16, 18].

Le seuil de leucocyturie retenu comme pathologique est fixé à une valeur

≥ 10⁴/ml [1, 8, 18].

Néanmoins, une leucocyturie peut être absente dans d’authentiques infections urinaires :

- si l’ECBU a été effectué trop tôt ;

- chez certains patients ayant une neutropénie ; - si les urines ne sont pas traitées rapidement.

Ensuite, la numération semi-quantitative de cylindres, cellules épithéliales, cristaux, de levure est systématiquement effectuée.

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(34)

 Coloration GRAM

La coloration Gram d’un frottis urinaire permet d’avoir des informations sur la morphologie des bactéries et le type de Gram [19].

 Uroculture

C’est la culture des microorganismes à partir des urines prélevées de façon aseptique. Elle permet de faire la numération bactérienne et l’isolement. Les milieux les plus utilisés sont : le milieu CLED ;le milieu de Mac-Conkey et EMB [8,19].

L'ensemencement doit répondre au double but de dénombrer les bactéries et d'isoler la ou les bactéries en cause en obtenant des colonies bien distinctes les unes des autres [16, 20]. Il existe plusieurs modes d’ensemencement permettant l’évaluation quantitative de la bactériurie à savoir : la méthode originale de Kass, la méthode simplifiée de Véron, la méthode de la lame immergée et la méthode de l'anse calibrée.

Cette dernière est actuellement la plus utilisée. Pour ce fait, l'urine est prélevée à l'aide d'une anse de 10μl et ensemencée selon une méthode standardisée qui permet de convertir l'aspect de la culture en UFC/ml, et ce sans dénombrement. Cette méthode simple, sans dilution préalable, permet une numération de 10³ à 10⁶UFC/ml tout en permettant l'obtention de colonies isolées.

9

(35)

I.2.3.-Numération automatisée

Il existe plusieurs automates qui peuvent être utilisés dans l’analyse cytobactériologique des urines. Nous avons entre autres : l’Urised, le SediMAX, l’UF-500i et l’UF-1000i. Chacun d’eux est basé sur un principe [1, 10, 21].

 UF-500i et UF-1000i

Leur principe de fonctionnement repose sur la fluoro-cytométrie en flux. Basés sur la technologie de lasers semi-conducteurs et l’utilisation de polymethines comme fluorochromes, ils permettent d’effectuer une numération des hématies, des leucocytes, des bactéries, des cylindres et des cellules épithéliales. S’y ajoutent une mesure quantitative pour les cristaux, les levures, les spermatozoïdes, les cylindres pathologiques, les petites cellules rondes ainsi que la détection du mucus. Les urines sont automatiquement homogénéisées et traitées à une cadence d’environ 100 échantillons par heure. Le volume minimal nécessaire est d’environ 1 ml. Les éléments urinaires, marqués avec les fluorochromes, sont hydro-dynamiquement focalisés dans un flux de gainage. Ils traversent le faisceau laser. La lumière laser diffusée, la fluorescence et l’impédance sont détectées séparément et sont transformées en signaux électriques. Chaque particule est différenciée selon 3 paramètres : taille, structure et la fluorescence.

10

(36)

DEUXIEME PARTIE :

MATERIEL ET METHODES

(37)

2.1. Cadre

La présente étude a été rendue possible grâce à deux cadres : l’un institutionnelle et l’autre technique.

L’Ecole Polytechnique d’Abomey-Calavi, a servi de cadre institutionnel. Particulièrement, le département de Génie de Biologie Humaine qui a assuré notre formation pendant trois ans.

Le Centre National Hospitalier Universitaire Hubert Koutoukou MAGA de Cotonou a servi de cadre technique. Il a été créé en 1962 par la loi N°62-36 du 30 octobre 1962 et est l’hôpital de dernier recours au Bénin.

Le CNHU-HKM est organisé en plusieurs services, parmi lesquels nous avons les services médicotechniques tels que la radiologie et les laboratoires de : l’hématologie, l’immuno-hématologie, la biochimie clinique et la microbiologie divisée en deux services : le service de Parasitologie-Mycologie-Sérologie et celui Bactériologie-Virologie.

Le service de Bactériologie-Virologie, où se sont déroulés les travaux de cette étude, est logé dans le bloc multisectoriel des laboratoires et fait face au laboratoire de Biochimie clinique. Divers examens sont réalisés dans ce service à savoir : l’examen cytobactériologique des urines; le spermogramme, le spermocytogramme; la spermoculture ; la coproculture ; l’hémoculture ; et la recherche de bacilles acido-alcoolo-résistants.

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(38)

2.2. Matériel

2.2.1. Type d’étude

Il s’agit d‘une étude prospective transversale qui s’est déroulée du 06 Juin au 06 Septembre 2014.

2.2.2. Matériel biologique

Il est composé de 350 échantillons d’urines de patients reçus au CNHU-HKM de Cotonou.

 Collecte des données

La collecte des données a été faite à partir de la fiche d’enquête (Annexe I).

2.2.3. Milieux de culture

La gélose CLED a été utilisée pour la numération des microorganismes.

2.2.4. Réactifs

Cinq types de réactif et un type d'échantillon de contrôle ont été utilisés dans cette étude. Il s’est agi de :

 UFII SHEATH

 UFII PACK-SED

 UFII PACK-BAC

 UFII SEARCH-SED

 UFII SEARCH-BAC

Tous sont des réactifs spécifiques du Sysmex UF- 500i (Annexe II).

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(39)

2.2.5. Equipements

 Microscope optique ;

 Réfrigérateur ;

 Etuve ;

 Autoclave ;

 Sysmex UF-500i ;

 Bouteille de gaz.

2.2.6. Consommables

 Lames et lamelles ;

 Flacon d’urine stérile;

 Coton cardé ;

 Compresses ;

 Anses calibrées à 10µl ;

 Bec bunsen ;

 Cellules de Malassez ;

 Portoir ;

 Papier buvard ;

 Marqueur permanent ;

 Verre à pied;

 Boîtes de Pétri ;

 Eau de javel ;

 Allumettes ;

 Gélose CLED (Annexe III)

 Gants en latex.

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(40)

2.3. Méthodes

2.3.1. Premier jour

 Phase pré-analytique

Les échantillons d’urines ont été réceptionnés en tenant compte des critères d’exclusion. Les échantillons présentant une hématurie macroscopique, à forte concentration de petites particules de mucus ou de débris, acheminés plus de 2 heures dans le laboratoire ou insuffisants n’ont pas été pris en compte. Ils sont ensuite étiquetés et enregistrés.

Les lames ainsi que les cellules de Malassez ont été identifiées.

 Phase analytique - Méthode manuelle

 Macroscopie :

L’échantillon a été homogénéisé. La couleur et la turbidité des urines ont été appréciées.

 Mise en culture

A l’aide d’une anse calibrée de 10µl, l’échantillon préalablement homogénéisé a été prélevé puis ensemencé en étoile sur CLED. Les boîtes ont été incubées à l’étuve à 37° C pendant 24h en aérobiose.

 Microscopie

L’échantillon d’urine a été homogénéisé et prélevé avec une anse calibrée de 10µl. Ensuite, il a été réparti dans l’une des chambres de la cellule de Malassez par capillarité. Un temps de sédimentation d’environ 3min a été observé.

15

(41)

 Lecture

La lecture a été faite au microscope optique à l’objectif x40. La numération des leucocytes et des hématies a été faite dans les 10 bandes de la cellule. Cela a permis d’avoir la leucocyturie et l’hématurie par mm ³. Sachant que 1mm³ correspond 10^-3ml, une conversion a été effectuée afin d’obtenir les valeurs par ml.

- Méthode automatisée

Pour cette étude, le Sysmex UF-500i a été utilisée.

 Technique

Il existe deux types d'analyses des échantillons : le mode manuel et le mode passeur. Au cours de l’étude, le mode manuel a été utilisé.

L'analyse en mode manuel a été effectuée quand l'appareil est prêt pour l'aspiration. Pour cela l'échantillon d’urines a été homogénéisé et un volume de 1ml a été aspiré par la pipette d’aspiration de l’automate.

Pendant toute la durée d’analyse la lumière verte s’allume et l’alarme sonore retentit. Le pot d’urine a été retiré quand l’alarme sonore s’est arrêtée. L’échantillon suivant a été passée lorsque la lumière verte commence à clignoter orange. Les résultats sont systématiquement affichés sur l’écran de l’ordinateur dans un délai d’une minute. Ces résultats ont été reportés sur la fiche d’enquête.

 Phase post-analytique

A la fin de la manipulation, les cellules de Malassez ont été rincées, les pots d’urine ont été détruits, la paillasse a été nettoyé, le nettoyage et la maintenance de l’appareil ont été effectués (Annexe IV).

16

(42)

2.3.2. Deuxième jour

- Numération des bactéries

La lecture a été réalisée en comparant la densité des colonies présentes sur la gélose à une série de reproductions d’étalons de bactéries par ml d’urine (Annexe V). Ces chiffres indiquent le nombre d’Unité Formant Colonies par ml.

Les résultats ont été transcris directement sur la fiche d’enquête.

2.3.3. Analyse des données

La saisie et l’analyse des données ont été faites avec les logiciels Epi data, Microsoft Excel et XL Stat version 2011.

Les paramètres étaient la leucocyturie, l’hématurie et la bactériurie. Les moyennes de ces différents paramètres ont été comparées deux à deux à l’aide du test de Student à un seuil de significativité de 5%.

2.3.4. Contrôle de qualité

Le contrôle de qualité de cette étude s’est limité à la sensibilité et la spécificité.

Dans le contexte du laboratoire d’analyses biomédicales, la sensibilité et la spécificité d’un test de diagnostic sont habituellement déterminées respectivement comme la probabilité que ce test soit positif quand le patient est malade et la probabilité que le test soit négatif quand le patient n’est pas malade. En l’absence des données cliniques, le recours à une méthode de référence est préconisé, à condition que la sensibilité et la spécificité de cette méthode soient supérieures à 95%

[22].

17

(43)

Dans cette étude, la méthode de référence est la méthode manuelle.

Les formules suivantes ont été utilisées : VN

V_N : le paramètre compté est non significatif par deux méthodes.

F_N : le paramètre compté est significatif par la méthode manuelle et non significatif par la méthode automatisée.

VP : le paramètre compté est significatif par les deux méthodes.

F_P : le paramètre compté est non significatif par la méthode manuelle et, significatif par la méthode automatisée.

L’algorithme suivant résume la méthodologie suivie : V_N+F_P

Spécificité =

VP+FN

Sensibilité =

V_P

18

(44)

19

Macroscopie (Turbidité, couleur)

Analyse

Cytologique

Analyse bactériologique

Examen quantitatif (Leucocytes et

hématies)

Ensemencement en étoile sur CLED et incubation à l’étuve à

37°C pendant 24h

Numération des germes (Bactériurie)

Jour 2 Jour 1

Méthode manuelle Méthode automatisée

SYSMEX UF-500i

Algorithme de la méthodologie suivie

(45)

TROISIEME PARTIE :

RESULTATS ET COMMENTAIRE

(46)

3.1. Moyennes et écart-types des différents paramètres évalués.

Le Tableau I indique la comparaison des moyennes et écart-types des paramètres évalués.

Tableau I : Comparaison des moyennes et écart-types des paramètres évalués.

Méthode

Paramètres

Automatisée manuelle Moyenne Ecart

type

Moyenne Ecart type

p-value

Leucocyturie

160404a 30

43172a 34 0,138

Hématurie

17660a 28

9125b 25 <0,0001

Bactériurie

3927a 11

33350b 46 <0,0001

Les moyennes portant les mêmes lettres ne sont pas significatives au seuil de significativité de 5%.

21

(47)

3.2. Caractéristiques des patients

3.2.1. Répartition des patients en fonction du sexe

La Figure I montre que 54% des échantillons d’urines provenaient des femmes.

Figure I: Répartition des patients en fonction du sexe Féminin

54%

Masculin 46%

22

(48)

3.2.2. Répartition des patients en fonction de l’âge

La Figure II montre la répartition de la population en fonction de l’âge.

La tranche d’âges la plus représentée était celle de 20 à 30 ans soit un taux de 22,86%.

Figure II : Répartition des patients en fonction de l’âge.

13,14%

10,29%

22,86%

18,57%

12,57% 14%

5,14%

2,57%

0,86%

0 5 10 15 20 25

[0-10] [10-20] [20-30] [30-40] [40-50] [50-60] [60-70] [70-80] [80-90]

Fréqences (%)

Tranches d'âges

23

(49)

3.3. Caractéristiques biologiques des échantillons

3.3.1. Répartition des échantillons en fonction de la leucocyturie et de la bactériurie pour chaque méthode

Le Tableau II indique qu’une bactériurie significative a été observée pour 44,83% (39/87) d’échantillons d’urines à leucocyturie significative.

Tableau II : Répartition des échantillons en fonction de la leucocyturie et de la bactériurie pour la méthode automatisée.

Leucocyturie (/ml)

Bactériurie (/ml) Total

<30000 ≥ 30000

n=263 (%) n=87 (%) n=350(%) <10⁴ 262 48 310 (99,62) (55,17) (88,57) ≥ 10⁴ 01 39 40 (00,38) (44,83) (11,43)

24

(50)

Le Tableau III montre qu’une bactériurie significative a été observée pour 42,75% (56/131) d’échantillons d’urines à leucocyturie significative.

Tableau III: Répartition des échantillons en fonction de la leucocyturie et de la bactériurie pour la méthode manuelle.

Leucocyturie (/ml)

Bactériurie (/ml) Total <10⁴ ≥ 10⁴

n=219 (%) n=131(%) n=350(%) <10⁴ 150 75 225 (68,49) (57,25) (64,29)

≥ 10⁴ 69 56 125 (31,51) (42,75) (35,71)

25

(51)

3.3.2. Comparaison des deux méthodes

Le Tableau IV montre la comparaison des résultats de la leucocyturie entre les deux méthodes. Sur les 350 échantillons d’urines étudiés, 04 présentent des résultats discordants soit 1,14 %.

Tableau IV : Comparaison des résultats de la leucocyturie entre les deux méthodes.

Méthode manuelle

Méthode automatisée Total Significative Non significative

≥ 10⁴(%) <10⁴(%)

Significative 86 00 86 (96) (00)

≥ 30000

Non significative 04 260 264 (04) (100)

<30000

Total 90 260 350 (100) (100)

26

(52)

Le Tableau V montre que sur les 350 échantillons d’urines étudiés, 20 présentent des résultats discordants en ce qui concerne l’hématurie soit 05, 71%.

Tableau V : Comparaison des résultats de l’hématurie entre les deux méthodes.

≥ 10⁴(%) <10⁴(%)

Significative 40 20 60 ≥ 30000 (100) (06,45)

Non significative 00 290 290

<30000 (00) (93,55)

Total 40 310 350 (100) (100)

27

(53)

Le Tableau VI montre que sur les 350 échantillons d’urines étudiés, 85 présentent des résultats discordants pour la bactériurie soit 24,29%.

Tableau VI : Comparaison des résultats de la bactériurie entre les deux méthodes.

≥ 10⁴(%) <10⁴(%)

Significative 40 00 40 ≥ 10⁴ (32) (00)

Non significative 85 225 310 <104

(68) (100)

Total 125 225 350 (100) (100)

28

(54)

Le tableau VII montre la performance de l’automate dans la détection des paramètres évalués. La sensibilité et la spécificité de l’UF-500i sont respectivement pour la leucocyturie 95,56% et 100%, pour l’hématurie100% et 93,55% et pour la bactériurie 32% et 100%.

Tableau VII : Performances de l’automate dans la détection des paramètres évalués

Paramètres Sensibilité

(%)

Spécificité (%)

Leucocytes 95,56 100

Hématies 100 93,55

Bactéries 32 100

29

(55)

3.4. Commentaire

L’objectif général de cette étude était de comparer les résultats de la méthode manuelle à ceux du Sysmex UF- 500i dans l’examen cytobactériologique des urines. Un mois après son installation, nous avons mené une étude prospective sur 350 échantillons d’urines provenant de patients hospitalisés et externes.

Sur les 350 échantillons d’urines examinés, 54% provenaient des femmes. Cette fréquence élevée de femmes à infection urinaire potentielle s’explique par l’anatomie féminine, plus enclin aux infections urinaires que l’appareil masculin. Cette assertion est en adéquation avec les travaux de Comes [1]. En effet, les résultats de ses travaux ont révélé que plus de la moitié de la population d’étude était de sexe féminin.

La tranche d’âges la plus représentée était celle de 20 à 30 ans (22,86%). C’est dans cette tranche d’âges en effet que s’observe une intense activité sexuelle. Cette observation est en concordance avec les résultats des travaux de Kouwafin & da-Matha [23]. Ces derniers ont noté une fréquence plus élevée dans cette tranche d’âges.

Une discordance de 05,71% a été observée pour la numération des hématies. En effet, les hématies détectées par l’automate s’avèrent souvent être des levures ou des cristaux. Cette observation confirme les travaux réalisés par Geudet et al. [24] puis Murotani et Nishi-ku [25]. Ces derniers ont montré que l’automate détecte des levures, des cristaux et même les bulles d’air comme étant des globules rouges.

Pour pallier une telle situation, il faudrait que le technicien réalise un contrôle microscopique de la répartition des éléments ou un décompte total avec une cellule de numération.

30

(56)

Pour la bactériurie, il y a eu une discordance de 24,29% des résultats pour les deux méthodes. La poursuite du diagnostic d’une infection urinaire repose sur une bactériurie et une leucocyturie significatives [13]. Dans cette étude, avec la méthode automatisée, 74,05% des échantillons sont à leucocyturie et à bactériurie non significative. Cela est en concordance avec les travaux de Wang et al.

en 2013 [26] qui ont montré que dans la plupart des cas, la majorité des échantillons sont à culture négative. Cependant, au laboratoire du CNHU-HKM avec la méthode manuelle tous les échantillons sont systématiquement ensemencés sur plusieurs milieux. Ainsi, l’automate réduit considérablement le temps de rendu des résultats dont la culture s’avère négative de 24 heures à quelques minutes.

La sensibilité de l’UF-500i pour les leucocytes et des hématies est respectivement de 95,56%, 100% et 32%. Quant à sa spécificité, elle est de 100% pour les leucocytes, 93,55% pour les hématies et 100% pour les bactéries. Il en ressort que l’UF-500i est performant dans la numération des hématies et des leucocytes. Ceci est en adéquation avec les recommandations de la norme NFISO 3534. En effet, elle recommande que les performances analytiques d’une technique sont bonnes lorsque la sensibilité et la spécificité de cette technique sont supérieures à 80%.

31

(57)

CONCLUSION ET

SUGGESTIONS

(58)

CONCLUSION

Cette étude nous a permis de réaliser une évaluation comparative de la méthode manuelle et du Sysmex UF-500i dans la réalisation de l’examen cytobactériologique des urines. A l’issue des travaux réalisés, nous pouvons dire que l’automate est performant dans la numération des hématies et leucocytes. Aussi, permet-il un gain de temps technique non négligeable et un dépistage rapide des échantillons d’urines à culture négative.

Toutefois, il présente une insuffisance d’ordre technique en ce qui concerne les échantillons d’urines à leucocyturie et bactériurie significatives. En effet, il ne fait pas l’identification bactérienne et est obligé d’être suppléé par la méthode manuelle dans ces cas. Loin d’être un substitut à la méthode manuelle, il vient plutôt la compléter.

33

(59)

SUGGESTIONS

A la lumière de nos résultats, nous formulons les suggestions suivantes:

 A l’endroit du ministère de la santé:

- De veiller à équiper les laboratoires de biologie médicale, d’appareils de qualité et d’un environnement propice à une bonne conservation de ces appareils.

 A l’endroit des autorités du service de Bactériologie-virologie du CNHU-HKM de Cotonou:

- Mettre à la disposition des biotechnologistes des microscopes de qualité ainsi que des consommables.

- Renforcer le personnel du laboratoire.

34

(60)

REFERENCES

BIBLIOGRAPHIQUES

(61)

1- Comes J.-F. Epidémiologie bactérienne des cystites non compliquées en Lorraine, Biologie médicale, Nancy : Faculté de médecine de l’Université Henri Poincaré, 2011, 89 p.

2- Berland Y, Dussol B. Néphrologie pour l’interne, Marseille : Faculté de Marseille, 2000, 30 p.

3- Amoussou R.K, Acakpo A.S, Ami-Toure R, Koukoui Y.N.R, Vodungbo V., Koulony O. et al. Annuaire des statistiques sanitaires, Bénin, 2012.

4- Ben Haj Khalifa A, Khedher M. Fréquence et résistance aux antibiotiques des bactéries uropathogènes à l’hôpital universitaire Tahar sfar de Mahdia, Revue Tunisienne d’Infectiologie, 2010 ; 4, 2 : 57-61.

5- Bourquia A, Rakdani B, Sahni K, Zaid D. Profil de l’infection urinaire dans un service de néphrologie Médecine de Maghreb 1992 ; 33 : 11-6 p.

6- Conférence de Consensus co-organisée par la SPILF et l’AFU Infections urinaires nosocomiales de l’adulte Médecine et Maladies Infectieuses, Paris : Institut Pasteur, 2002.

7- Konan P.G.K. Prévalence de l’infection urinaire chez les sondés dans les services d’urologie du CHU de COCODY : Etude préliminaire, Bactériologie-Virologie, Côte d’Ivoire, Université nationale de Côte d’Ivoire, 1994-1995, 69 p.

8- Bonacorsi S. Examen Cytobactériologique des urines, In : Dénis F, Ploy M.C, Martin C, Bigen E, Quentin R, et coll. dir. Bactériologie médicale-techniques usuelles, 2^nde Edition, Paris : Elsevier Masson, Novembre 2011, 180-7 p.

9- Archambaud M, Clave D. Diagnostic bactériologique direct d’une infection : Les prélèvements-principales bactéries en cause- interprétation-Bactériologie-Hygiène, Toulouse, 2008, 37 p.

36

(62)

10- Sysmex Corporation, Sysmex UF-500i mode d’emploi, KOBE Japon, Octobre 2009.

11- Catala M, André J.M, Katsanis G, Poirier J. Appareil urinaire, In : Histologie : organes, systèmes et appareils niveau PCEM2- DCEM1, Faculté de médecine, Université Pierre et Marie Curie, 2007-2008, 93-100 p.

12- Laurent HENRY. L’appareil urinaire, laboratoire d’Histologie- Embryologie-Cytogénétique, Université Montpellier I : Faculté de Médecine de Montpellier-Nîmes, 2009-2010, 18 p.

13- Agence Française de Sécurité Sanitaire des Produits de Santé Diagnostic et antibiothérapie des infections urinaires bactériennes communautaires du nourrisson et de l’enfant, Paris : AFSSAPS, 2007, 75 p.

14- Caron F, Galpérine T, Dumarcet N, Azria R, Bingen E, Botto H, et al. Diagnostic et antibiotherapie des infections urinaires bacteriennes communautaires chez l’adulte, Paris : agence française de sécurité sanitaire des produits de santé, 2008, 102 p.

15- Thirion D.J.G, Williamson D. Les infections urinaires : une approche clinique, Pharmacothérapie, Pharmactuel, 2003 Octobre- Novembre-Décembre ; 36, 5 : 246-56.

16- François, Brandstätter H, Bréchet A.-C, Huttner A. Infections Urinaires, Hôpital Universitaire de Genève : Département de Médecine communautaire de Premier Recours et des urgences- Service de médecine de premier recours, 2^ème édition, 2013.

17- Vidoni M. Pyélonéphrites et prostatites aiguës prises en charge en ville : - épidémiologie bactérienne et sensibilité de Escherichia coli aux antibiotiques - apport de la bandelette urinaire et de l’imagerie, Médecine Générale, faculté de médecine de Créteil : université paris Val-de-Marne, 2010, 60 p.

37

(63)

18- Elkharrat D, Arrouy L, Benhamou F, Dray A, Grenet J, Le Corre A.

Épidémiologie de l’infection urinaire communautaire de l’adulte en France in. LOBEL B, SOUSSY CJ. Les infections urinaires. Paris : Springer-Verlag, 2007,

19- Fauchère J.L, Avril J.T. Bactériologie générale et médicale, Paris : Ellipses, 2002, 183-92 p.

20- Bougattoucha W ; Boudelaa Y. L’examen cytobactériologique des urines, Biologie, Algérie : Ecole de formation paramédicale de Shikda, 2010, 36 p.

21- Moustapha Abarry. Fiche de l’examen cytobactériologique des urines pour Sysmex UF-500i, Accra Ghana.

22- Schwartz G.1978. Estimating the dimension of a model.

Ann.Statist., 6: 461-4.

23- da-Matha A.I, Kouwafin B. Leucocyturie et bactériurie dans les infections urinaires, Bactériologie, Université d’Abomey-Calavi : Ecole Polytechnique d’Abomey-Calavi, 2012, 61 p.

24- Geudet T, Rieder-Monsh C, Saez M, Pujol A. Que faut-il attendre de l’automatisation de sédiment urinaire ? A propos du Sysmex UF 1000 bioMerieux, LABM Schuh Bio 67-Biosphère, Strasbourg, France, 2008.

25- Sysmex Coporation, Murotani, Nishi-ku, Japon, kobe 651-2241, 2009, UF-1000i/ UF-500i Cninical Case Study ver.2.

26- Wang J.-h, Zang Lei, Li Wei, Wang X.-l, Feing N, Zhu J.-h. 2012, Evalution of Sysmex UF-500i automated urinary sediment analyzer in screening urinary tract infection, Lab. Med. and Clinic, March;

7.0, 2 p.

38

(64)

TABLE DES MATIERES

(65)

Liste des enseignants du département……….. i

DEDICACE………... iii

REMERCIEMENTS……… v

HOMMAGES……… x

LISTE DES SIGLES ET ABBREVIATIONS……… xii

LISTE DES TABLEAUX………. xiv

LISTE DES FIGURES……… xvi

RESUME……….. xviii

ABSTRACT……….. xx

SOMMAIRE………. xxii

INTRODUCTION………. 1

PREMIERE PÄRTIE : Synthèse bibliographique……….. 4

1.1. Infections urinaires……….. 5

1.1.1. Définition……… 5

1.1.2. Types d’infections urinaires………. 5

1.1.3. Epidémiologie……… 6

1.1.4. Etiologies et germes responsables……… 6

1.2. Diagnostic biologique……….. 6

1.2.1. Prélèvement……….. 7

1.2.2. Numération manuelle……… 8

1.2.3. Numération automatisée……….. 10

DEUXIEME PARTIE: Matériel et méthodes……….. 11

2.1. Cadre………... 12

2.2. Matériel……… 13

2.2.2. Matériel biologique……… 13

2.2.3. Milieux de culture………. 13

2.2.4. Réactifs……….. 13

2.2.5. Equipements………. 14

2.2.6. Consommables………. 14

2.3. Méthodes………. 15

2.3.1. Premier jour………... 15

2.3.2. Deuxième jour……….. 17

2.3.3. Analyse des données……….. 17

2.3.4. Contrôle de qualité……… 17

40 40