2 Algorithmes 1 -Intérêt de l’analyse des séquences

• Alignement local: Plus long chemin entre n’importe quelles arêtes (i,j) et (i’, j’) du graphe d’édition.. • Quelle mesure

global, c'est-à-dire entre les deux séquences sur toute leur longueur local, entre une séquence et une partie d’une autre séquence.. Similarité global

En bioinformatique, la comparaison de séquences ADN deux à deux doit permettre de trouver des homologies c’est-à-dire comment les séquences ont muté à travers les espèces

• score d’homologie: la valeur du score diminue avec le nombre de différences observées entre les deux séquences. • score de distance: la valeur du score augmente avec le nombre

Pour des distances évolutives plus grandes, les probabilités de substitution des acides aminés les uns envers les autres sont estimées et non calculées directement en comparant

Alignement multiple progressif : ajout des séquences en fonction de leurs distances dans l’arbre (distance  , on commence par aligner les deux plus proches .  Alignement

Famille de matrices correspondant à différentes distances évolutives entre les séquences : PAM120 et BLOSUM80 : estimation des fréquences de substitution entre acides aminés pour

• score d’homologie: la valeur du score diminue avec le nombre de différences observées entre les deux séquences.. • score de distance: la valeur du score augmente avec le nombre