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Submitted on 3 Jun 2020
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Détection d’un QTL potentiel sur le chromosome 1 pour l’aptitude au concours de saut d’obstacle
Sophie Brard, Anne Ricard
To cite this version:
Sophie Brard, Anne Ricard. Détection d’un QTL potentiel sur le chromosome 1 pour l’aptitude au concours de saut d’obstacle. 39. Journée de la Recherche Equine, Feb 2013, Paris, France. 2013, 39ème Journée de la Recherche Equine. �hal-01189849�
Jusqu’à présent, la sélection des chevaux de sport a été réalisée grâce aux performances propres des animaux et à leur pédigrée. Avec l’arrivée de la
génomique, il devient possible d’expliquer les performances de chevaux génotypés et
d’éventuellement localiser les régions du génome influant sur leurs performances.
L’objectif de cette étude est de localiser des QTL (Quantitative trait loci) pour le CSO en utilisant les génotypes de 1 010 chevaux de sport.
On peut tirer de cette étude que:
• La performance en CSO est un caractère complexe polygénique.
• Un QTL potentiel se situe sur le chromosome 1.
Il sera intéressant de tenter de localiser des gènes d’intérêt à proximité du QTL détecté, par
comparaison avec des génomes mieux connus.
Remerciements : les génotypages ont été obtenus grâce au projet JUMPSNP supporté pas l'ANSF, l'ANAA, la FNC et
financé par l'INRA, l'IFCE et le Fonds Eperon.
Animaux : 93% des 1 010 chevaux sont des étalons.
Marqueurs
Performances
Indices génétiques pour le CSO des chevaux génotypés, de leurs descendants, de leurs collatéraux et de leurs ancêtres
Pseudo-performances des chevaux génotypés
Modèle
Seuil : usuellement : 0,05, mais 44 424 tests indépendants
correction de Bonferonni P-value < 10
-5Avec les SNP, un QTL potentiel est détecté sur le chromosome 1 (compris entre le seuil de tendance et le seuil de significativité).
Avec les haplotypes (groupe de gènes proches se transmettant ensemble) reconstitués pour chaque SNP, des QTL potentiels sont détectés sur les
chromosomes 1, 11 et 16.
Le QTL du chromosome 1 est détecté avec les deux modèles : P-value = 5,404*10
-05et P-value =
3,048*10
-05respectivement.
Anglo- Arabe
130
Selle Français
703 Selle
Etranger 164
Pur-sang 11
Race des chevaux de sport génotypés
54 602 SNP (Single nucleotide polymorphism) disponibles
44 424 SNP retenus
Call freq > 80%
Test de Hardy - Weinberg
Fréquence de l’allèle minimum > 5%
y = xb + Za + e
Vecteur : Résiduelle Vecteur : Effets aléatoires
génétiques polygéniques V(a)=A σ
2aMatrice
d’incidence Coefficient de
régression de
l’effet d’un allèle de référence au SNP
Vecteur :
X(cheval i) = 0, 1 ou 2 suivant le nombre d’allèles de référence dans son génotype
Vecteur : Pseudo- performances
Manhattan plot de –log10(P-value) avec le modèle mixte uni-SNP
Significatif Tendance
Manhattan plot de –log10(P-value) avec le modèle haplotypique
Significatif Tendance
Dérégression
Introduction
Matériel et méthodes
Résultats
Conclusion
39 eme Journée de la Recherche Equine
28 février 2013
Auteurs : Sophie Brard 1 , Anne Ricard 2 3
1
INRA, UR 631, 31326 Castanet-Tolosan, France,
2INRA, UMR 1313, 78352 Jouy-en-Josas, France,
3
