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Submitted on 5 Jun 2020
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Identification d’un nouveau virus influenza D en France
Elias Salem, Gilles Meyer, Claire Pelletier, Mariette Ducatez
To cite this version:
Elias Salem, Gilles Meyer, Claire Pelletier, Mariette Ducatez. Identification d’un nouveau virus in- fluenza D en France. 17èmes Journées francophones de virologie, Apr 2015, Paris, France. Virologie, 2015. �hal-02796314�
Identification d’un nouveau virus influenza D en France
Elias Salem1, Gilles Meyer1, Claire Pelletier2, Mariette Ducatez1
1 Université de Toulouse, INP, ENVT, INRA, UMR 1225, 31076 Toulouse, FRANCE
2 Direction du Développement Rural et de l'Agriculture - Service : LDA71, 71000 Mâcon – France Contact : m.ducatez@envt.fr
Démarche et Résultats Introduction
• La transmission inter-espèces de pathogènes du réservoir animal vers l’homme constitue un risque majeur d’émergence avec un impact important en santé animale et en santé publique.
• Des études récentes aux USA (1) et en Chine (2) ont permis l’identification d’un nouveau Genre nommé pour l’instant Influenza D dans la famille des Orthomyxoviridae.
• Ce nouveau virus ne partage que 50% d’homologie avec les virus influenza C déjà caractérisés (3).
• Ce virus, détecté chez le porc et les bovins, se réplique chez le furet, modèle animal de choix pour l’étude des virus influenza chez l’homme, suggérant une infection possible de l’homme (3).
• 134 prélèvements respiratoires bovins (écouvillons nasaux, fragments de poumons, lavages broncho-alvéolaires) collectés entre 2011 et 2014
• Echantillons testés par PCR quantitative : détection du virus influenza D dans 6 échantillons (4.5%) avec des valeurs de cycle seuil « ct » variant entre 15 et 35.
• Co-infections avec le virus respiratoire syncytial bovin, l’herpesvirus-1, Pasteurella multocida, Mannheimia haemolytica, et Histophilus somni ont été identifiées dans 4 des échantillons positifs pour le virus influenza D (4) (tableau 1).
Remerciements : Source de financement : Institut Carnot Santé Animale (ICSA), projet “RESPICARE”. Nous remercions le Plateau de Génomique GeT-Purpan, UDEAR UMR 5165 CNRS/UPS, CHU PURPAN, Toulouse (France) pour le séquençage.
• Nous avons détecté la présence du virus influenza D en France chez des bovins ayant des symptômes respiratoires entre 2011 et 2014 (4).
• Le génome d’un échantillon représentatif était très proche des génomes de virus influenza D trouvés chez le porc et les bovins aux Etats-Unis (4) et en Chine.
• La détection de ce nouveau pathogène soulève de multiples questions (risque d’émergence, spectre d’hôte, origine, diversité, évolution, pathogenèse, transmission...) dont les réponses seront nécessaires au développement de stratégies de diagnostic et de contrôle de la maladie.
Conclusions et Perspectives
• Les 7 segments de D/bovine/France/2986/2012 se regroupent clairement aves les segments des virus américains et chinois d’influenza D ce qui suggère l’existence d’un ancêtre commun à toutes ces souches (4).
• La séquence complète du génome de
D/bovine/France/2986/2012 est 94,6 à 98,7% identique à celle de ses homologues américains tel
swine/Oklahoma/1334/2011, ce qui suggère une transmission intercontinentale du pathogène (Tableau 2, 4).
• Deux lignées d’influenza D ont été mises en évidence aux Etats-Unis (5). L’analyse phylogénétique gène par gène de D/bovine/France/2986/2012 avec toutes les séquences
disponibles dans les bases de données suggère que
D/bovine/France/2986/2012 n’appartient à aucune de ces deux lignées (Figures 2 et 3).
1. Hause BM, Collin EA, Liu R, Huang B, Sheng Z, Lu W, et al. Characterization of a novel influenza virus in cattle and Swine: proposal for a new genus in the Orthomyxoviridae family. mBio. 2014;
5(2):e00031-14.
2. Jiang WM, Wang SC, Peng C, Yu JM, Zhuang QY, Hou GY, et al. Identification of a potential novel type of influenza virus in Bovine in China. Virus Genes. 2014; 49:493–496.
3. Hause BM, Ducatez M, Collin EA, Ran Z, Liu R, Sheng Z, et al. Isolation of a novel swine influenza virus from Oklahoma in 2011 which is distantly related to human influenza C viruses. PLoS pathogens. 2013; 9(2):e1003176
4. Ducatez MF, Pelletier C, Meyer G. Influenza D virus in cattle, France, 2011-2014. Emerging Infectious Diseases. 2015; 21(2):10.3201/eid2102.141449.
5. Collin EA, Sheng Z, Lang Y, Ma W, Hause BM, Li F. Cocirculation of Two Distinct Genetic and Antigenic Lineages of Proposed Influenza D Virus in Cattle. Journal of Virology. 2015; 89(2): 1036- 42.
Echantillo n
Date du prélèvement (jour/moi/anné
e)
Nature de l’échantillo
n
Age (mois)
Traitement antibiotiqu
e
Vacci- nation1
Durée des symptômes respiratoires
FluD2 (valeur de
ct)
VRSB3 PI34 P. multo- cida5
M.
haemo- lytica6
M.
bovis7
H.
somni8 CoVb9
HVbo- 110
5731 25/01/2014 poumon Adulte oui NC NC P (35) N N FP FP N P NT P
5831 05/02/2014 poumon 12 oui oui 3-4
semaines P (31) N N N N N N NT NT
5920 18/02/2014 poumon 1 oui oui 3 jours P (27) N N N N N N N NT
6106 14/03/2014 poumon 1 non oui 1 jour P (35) N N FP N N FP N NT
2364 30/03/2011 poumon ND ND ND ND P (35) NT NT P N N N NT NT
2986 17/01/2012 EN ND ND ND ND P (15) P N FP FP N N NT NT
1 vaccination contre Virus Respiratoire Syncytial Bovin et Virus Parainfluenza-3; 2Virus influenza D, 3Virus Respiratoire Syncytial Bovin, 4Virus Parainfluenza 3, 5Pasteurella multocida, 6Mannheimia haemolytica, 7Mycoplasma bovis, 8Histophilus somni, 9Coronavirus bovin, 10Herpervirus bovin type I; EN: écouvillon
nasal; ND: non disponible, NT: non testé; P: positif (CT<35), FP: faiblement positif (35<CT<40), N: négatif.
Tableau 1: Co-infections détectées par (RT)-PCR quantitative dans les six échantillons de bovins influenza D positifs
JQ922308 C/swine/Oklahoma/1334/2011 KM392499 D/bovine/Kansas/14-22/2012 KM392478 D/bovine/Kansas/1-35/2010
KF425669 C/bovine/Minnesota/729/2013 KF425655 C/bovine/Minnesota/628/2013 KM015508 D/bovine/Shandong/Y217/2014 KM015494 D/bovine/Shandong/Y125/2014 KM015501 D/bovine/Shandong/Y127/2014 D/bovine/France/2986/2012
KM392492 D/bovine/Kansas/13-21/2012 KM392485 D/bovine/Texas/3-13/2011 KM392506 D/bovine/Kansas/11-8/2012 KF425662 C/bovine/Oklahoma/660/2013 KM392471 D/bovine/Nebraska/9-5/2012 HM748626 C/Catalonia/2072/2009
M11638 C/Ann Arbor/1/50 D30697 C/Nara/2/85
AJ872181 C/Johannesburg/1/66 D88428 C/Yamagata/4/89
99 82
95 95 100
99
100 96
94
0.1
HEF
KM392503 D/bovine/Kansas/11-8/2012 KM392496 D/bovine/Kansas/14-22/2012 KM392468 D/bovine/Nebraska/9-5/2012 KF425659 D/bovine/Oklahoma/660/2013 KM392475 D/bovine/Kansas/1-35/2010
KM392489 D/bovine/Kansas/13-21/2012 KF425666 C/bovine/Minnesota/729/2013 KF425652 D/bovine/Minnesota/628/2013 D/bovine/France/2986/2012
KM392482 D/bovine/Texas/3-13/2011 JQ922305 D/swine/Oklahoma/1334/2011 KM015498 D/bovine/Shandong/Y127/2014 KM015491 D/bovine/Shandong/Y125/2014 KM015505 D/bovine/Shandong/Y217/2014
D78393 C/Mississippi/80
AF170576 C/Johannesburg/1/66 AB126191 C/Ann Arbor/1/50 X55992 C/Berlin/1/85
D78405 C/pig/Beijing/115/81 D30694 C/Nara/1/85
D78414 C/Yamagata/7/88
FJ969516 A/California/04/2009(H1N1)
CY095672 A/swine/Texas/4199-2/1998(H3N2) J02179 A/WSN/1933(H1N1)
CY018659 B/Victoria/504/2000 CY018771 B/Yamagata/16/1988 CY033858 B/Florida/7/2004
HQ259671 Infectious salmon anemia virus isolate Glesvaer/2/90 Y17873 Thogoto virus
81 100 98
100
92
7651
50 100
99
100 100
65 100 71 10097
98
98 95
97
0.2
PB2
Gène PB2 PB1 P3 HEF NP P42 NS
Distance génétique minimale*
(séquence la plus proche)
1,35%
(D/bovine Kansas/1- 35/2010)
2,5%
(D/bovine Kansas/1- 35/2010)
1,9%
(D/bovine/
Kansas/1- 35/2010)
4,4%
(D/bovine/
Kansas/11- 8/2010)
2,1%
(D/bovine/ Nebraska/9- 5/2012 ou
D/bovine/Kansas/11- 8/2012)
1,8%
(D/swine/Oklahoma/
1334/2011)
2,9%
(D/bovine/Shandong/
Y127/2014 ou
D/bovine/Shandong/
Y125/2014) Distance
génétique maximale*
(séquence la plus éloignée)
1,9%
(D/bovine/
Kansas/13- 21/2012)
3,2%
(D/bovine/
Oklahoma/660/
2013)
2,5%
(D/bovine/
Minnesota/729/
2013)
5,4%
(D/bovine/
Shandong/Y217/
2014)
3,4%
(D/bovine/Shandong/
Y127/2014 ou
D/bovine/Shandong/
Y217/2014)
3,7%
(D/bovine/Oklahoma/
660/2013 ou
D/bovine/Minnesota/
729/2013)
4.3%
(D/bovine/Oklahoma/
660/2013)
*Distances Maximum composite likelihood
Figures 2 et 3: arbres phylogénétiques des segments PB2 et HEF du virus influenza D D/bovine/France/2986/2012 à l’échelle nucléotidique Tableau 2: Distances génétiques des différents segments du virus influenza D/bovine/France/2986/2012 avec les souches de
virus influenza D disponibles dans les bases de données
Références
