Weekly epidemiological record
Relevé épidémiologique hebdomadaire
9 APRIL 2021, 96th YEAR / 9 AVRIL 2021, 96e ANNÉE No 14, 2021, 96, 113–116
http://www.who.int/wer
2021, 96, 113–116 No 14
113
Contents
113 9th Meeting of the WHO Expert Working Group of the Global Influenza Surveillance and Response System for Surveillance of Antiviral Susceptibility 115 Executive summary of the
11th Meeting of the WHO Working Group for the Molecular Detection and Subtyping of Influenza Viruses and the use of next-generation sequencing in the Global Influenza Surveillance and Response System
Sommaire
113 Neuvième réunion du groupe de travail d’experts de l’OMS sur la surveillance de la sensibilité aux antiviraux dans le cadre du Système mondial de surveillance de la grippe et de riposte
115 Résumé d’orientation de la onzième réunion du groupe de travail de l’OMS sur la détection moléculaire et le sous-typage des virus grippaux et l’utilisation du séquençage de nouvelle génération dans le Système mondial de surveillance de la grippe et de riposte
9th Meeting of the WHO Expert Working Group of the Global Influenza Surveillance and Response System for Surveillance of Antiviral Susceptibility
Executive summary
The WHO Expert Working Group on Surveillance of Influenza Antiviral Suscep- tibility (AVWG) supports the WHO Global Influenza Surveillance and Response System (GISRS) by providing practical guidance for monitoring antiviral suscep- tibility of seasonal and emerging influ- enza viruses through global surveillance.
The 9th AVWG meeting was held virtually on 26–28 October 2020.
Update on susceptibility of seasonal and zoonotic influenza viruses to approved antiviral agents
Global human seasonal influenza activity has remained low since the declaration of the COVID-19 pandemic. In 2019–2020, human seasonal influenza viruses with reduced susceptibility to approved antiviral agents were detected at a low frequency.
The most commonly reported amino acid substitution that lead to reduced suscep- tibility to neuraminidase (NA) inhibitors (NAIs) was the H275Y substitution in the NA protein of A(H1N1)pdm09 viruses.
Various NA amino acid substitutions have been identified in a small number of B/Victoria viruses with reduced suscepti- bility to NAIs. In addition, amino acid substitutions (I38L, I38V, or E23K) in the polymerase acidic (PA) protein gene asso- ciated with reduced susceptibility to baloxavir marboxil have been detected at a very low frequency in the United States of America and Japan. Among non- seasonal and zoonotic influenza viruses, A(H5N1) variants with NA N295S and S247N substitutions associated with reduced susceptibility to NAIs have been detected at a low frequency, and none
Neuvième réunion du groupe de travail d’experts de l’OMS sur la surveillance de la
sensibilité aux antiviraux dans le cadre du Système mondial de surveillance de la grippe et de riposte
Résumé d’orientation
Le groupe de travail d’experts de l’OMS sur la surveillance de la sensibilité des virus grippaux aux antiviraux (AVWG) appuie le Système mondial OMS de surveillance de la grippe et de riposte (GISRS) en fournissant des orientations pratiques sur le suivi de la sensibilité aux anti- viraux des virus grippaux saisonniers et émer- gents dans le cadre de la surveillance mondiale.
La neuvième réunion de l’AVWG s’est tenue virtuellement du 26 au 28 octobre 2020.
Mise à jour sur la sensibilité des virus grippaux saisonniers et zoonotiques aux agents antiviraux approuvés
L’activité de la grippe saisonnière humaine est demeurée faible à l’échelle mondiale depuis la déclaration de la pandémie de COVID-19. En 2019-2020, des détections peu fréquentes de virus grippaux saisonniers humains présen- tant une sensibilité réduite aux agents antivi- raux approuvés ont été signalées. Parmi les substitutions d’acides aminés menant à une réduction de la sensibilité aux inhibiteurs de la neuraminidase (INA), celle qui a été le plus souvent observée était la mutation H275Y sur la protéine NA des virus A(H1N1)pdm09.
Diverses substitutions d’acides aminés sur la NA ont été identifiées chez un petit nombre de virus B/Victoria présentant une sensibilité réduite aux INA. En outre, des substitutions d’acides aminés (I38L, I38V ou E23K) sur le gène de la protéine de polymérase acide (PA), associées à une baisse de la sensibilité au baloxavir marboxil, ont été détectées avec une très faible fréquence aux États-Unis d’Amé- rique et au Japon. Parmi les virus grippaux non saisonniers et zoonotiques, des variants A(H5N1) porteurs de substitutions N295S et S247N sur la NA, entraînant une sensibilité réduite aux INA, ont été détectés de manière
114 WEEKLY EPIDEMIOLOGICAL RECORD, NO 14, 9 APRIL 2021
contained known PA amino acid substitutions associ- ated with reduced susceptibility to baloxavir marboxil.
Update of protocols and guidance for GISRS laboratories
Since 2018, baloxavir marboxil has been approved for therapeutic and prophylactic use against influenza infection in otherwise healthy individuals aged
≥12 years. Members of AVWG reviewed genotypic and phenotypic methods for monitoring susceptibility for baloxavir and suggested that national influenza centres (NICs) may gradually adopt the genotypic assays, espe- cially the use of Sanger sequencing and next-generation sequencing (NGS), to monitor influenza susceptibility to baloxavir. For guidance, AVWG members will summa- rize a reference table listing known PA amino acid substitutions associated with reduced susceptibility to baloxavir marboxil that have been identified clinically or experimentally. The table will be posted on the WHO antiviral susceptibility surveillance AVWG website1 once it is available. For NICs, reference viruses for NAI and baloxavir marboxil susceptibility tests can be requested from the International Reagent Resource (IRR)2 following registration with IRR.2
Review of External Quality Assessment Programme panels
The antiviral panel was introduced in 2013 as an optional component in the External Quality Assessment Programme (EQAP) to evaluate the ability of NICs in identifying influenza variants with reduced susceptibil- ity to approved antiviral agents. The 2020 global EQAP antiviral panel was updated to contain one A(H1N1)pdm09 specimen containing a NA 275H/Y mixture with the Y being able to confer highly reduced inhibition for osel- tamivir when present at high levels, one A(H1N1)pdm09 specimen contained the PA-I38T associated with reduced susceptibility to baloxavir marboxil, and one wild-type influenza B specimen. The A(H1N1)pdm09 specimen encoding PA-I38T substitution was included for preparedness purpose as baloxavir marboxil may grad- ually achieve global licensure. In 2020, 49 out of 144 NICs that participated in the EQAP performed testing of the 3 specimens included in the antiviral panel with an overall 89.8%–91.8% accuracy in reporting the final results. Of these 49 participants, 29 used both pheno- typic and genotypic assays, 14 used genotypic assays alone, and 6 used phenotypic assays alone. The number of participating laboratories that has adopted full genome NGS for genotypic analyses has increased since 2018, and 2 out of 7 laboratories that used NGS correctly identified the PA-I38T mutation in the A(H1N1)pdm09 specimen. Members of the AVWG considered continua- tion with an antiviral panel to be a useful exercise.
1 Laboratory methodologies for testing the antiviral susceptibility of influenza viruses.
Geneva: World Health Organization (https://www.who.int/influenza/gisrs_labora- tory/antiviral_susceptibility/en/, accessed March 2021).
2 International Reagent Source: https://www.internationalreagentresource.org.
peu fréquente; aucun d’entre eux ne présentait de substitution des acides aminés de la PA associée à une réduction de la sensi- bilité au baloxavir marboxil.
Mise à jour des protocoles et des orientations à l’intention des laboratoires du GISRS
Depuis 2018, le baloxavir marboxil est approuvé pour un usage thérapeutique et préventif contre les infections grippales chez les personnes saines âgées de ≥12 ans. Les membres de l’AVWG ont passé en revue les méthodes génotypiques et phénotypiques de suivi de la sensibilité au baloxavir et ont invité les centres nationaux de lutte contre la grippe (CNG) à adopter progressi- vement les épreuves génotypiques, en particulier le séquençage Sanger et le séquençage de nouvelle génération, pour surveiller la sensibilité des virus grippaux au baloxavir. À titre d’orienta- tion, les membres de l’AVWG établiront un tableau de référence récapitulatif donnant la liste des substitutions d’acides aminés de la PA associées à une sensibilité réduite au baloxavir marboxil qui ont été identifiées à partir d’observations cliniques ou expérimentales. Ce tableau, une fois disponible, sera publié sur le site Web de l’AVWG de l’OMS consacré à la surveillance de la sensibilité aux antiviraux.1 Les CNG peuvent demander des virus de référence pour les tests de sensibilité au baloxavir marboxil et aux INA auprès de l’International Reagent Resource (IRR), après s’être inscrits au IRR.2
Examen de la série d’échantillons pour le programme d’évaluation externe de la qualité
Depuis 2013, une série d’échantillons destinés aux tests de sensi- bilité aux antiviraux est incluse, à titre de composante facultative, dans le programme d’évaluation externe de la qualité (EQAP) afin d’évaluer la capacité des CNG à identifier les variants grip- paux présentant une sensibilité réduite aux antiviraux approuvés.
En 2020, cette série a été mise à jour pour inclure un échantillon A(H1N1)pdm09 contenant un mélange NA 275H/Y dont la composante Y est capable de réduire fortement l’inhibition par l’oseltamivir à des concentrations élevées, un échantillon A(H1N1)pdm09 porteur de la substitution I38T sur la PA asso- ciée à une sensibilité réduite au baloxavir marboxil, et un échantillon de virus grippal B de type sauvage. L’échantillon de A(H1N1)pdm09 codant pour la substitution I38T sur la PA a été inclus à des fins de préparation, le baloxavir marboxil étant susceptible d’être progressivement homologué à l’échelle mondiale. Sur les 144 CNG ayant participé à l’EQAP en 2020, 49 ont analysé les 3 échantillons de la série destinée aux tests de sensibilité aux antiviraux, et le taux global de résultats corrects obtenus pour ces échantillons s’établissait à 89,8%-91,8%. Parmi ces 49 participants, 29 ont effectué à la fois des tests phénoty- piques et génotypiques, 14 ont réalisé uniquement des tests géno- typiques et 6 uniquement des tests phénotypiques. Le nombre de laboratoires participants ayant adopté le séquençage de nouvelle génération du génome complet pour les analyses géno- typiques a progressé depuis 2018 et 2 des 7 laboratoires ayant utilisé cette méthode ont correctement identifié la mutation I38T sur la PA de l’échantillon A(H1N1)pdm09 concerné. Les membres de l’AVWG ont estimé utile de continuer à inclure une série d’échantillons destinés aux tests de sensibilité aux antiviraux.
1 Laboratory methodologies for testing the antiviral susceptibility of influenza viruses. Genève:
Organisation mondiale de la Santé (https://www.who.int/influenza/gisrs_laboratory/antiviral_
susceptibility/en/, consulté en mars 2021).
2 International Reagent Source: https://www.internationalreagentresource.org.
RELEVÉ ÉPIDÉMIOLOGIQUE HEBDOMADAIRE, No 14, 9 AVRIL 2021 115
Way forward
A combined report on 2018–2019 and 2019–2020 global surveillance data will be summarized for publication.
Members of AVWG also discussed response planning for antiviral susceptibility surveillance during zoonotic outbreaks and pandemic settings. Efforts to monitor antiviral susceptibility of zoonotic and non-human influenza viruses with pandemic potential should be coordinated within WHO and OFFLU that have access to animal influenza viruses under outbreak conditions.
Data emerging will be used to inform risk assessment estimated using WHO TIPRA (Tool for Influenza Pandemic Risk Assessment). To facilitate easy and accu- rate identification of NA amino acid changes associated with reduced susceptibility to NAIs in various NA subtypes, members of AVWG will evaluate the use of FluSurver to map substitutions and update information on the NA reference table3 listing relevant amino acid changes found in zoonotic influenza viruses.
3 Summary table of neuraminidase amino acid substitutions associated with reduced inhibition by neuraminidase inhibitors (NAI). Geneva: World Health Organization (https://www.who.int/influenza/gisrs_laboratory/antiviral_susceptibility/NAI_Re- duced_Susceptibility_Marker_Table_WHO.pdf?ua=1, accessed March 2021).
Voie à suivre
Une synthèse des données de la surveillance mondiale, portant à la fois sur la période 2018-2019 et 2019-2020, sera publiée. Les membres de l’AVWG ont également abordé la planification des activités de surveillance de la sensibilité aux antiviraux à mener en riposte à des flambées de grippe zoonotique et en cas de pandémie. Les efforts de surveillance de la sensibilité aux anti- viraux des virus grippaux zoonotiques et non humains à poten- tiel pandémique devraient être coordonnés entre l’OMS et le Réseau d’experts sur la grippe animale (OFFLU), lequel a accès aux virus grippaux animaux en situation de flambée. Les nouvelles données recueillies seront utilisées pour orienter l’évaluation des risques, réalisée à l’aide de l’outil TIPRA (Tool for Influenza Pandemic Risk Assessment) de l’OMS. Afin de faciliter l’identification correcte des substitutions d’acides aminés sur la NA entraînant une baisse de la sensibilité aux INA pour différents sous-types de la NA, les membres de l’AVWG étudieront l’usage pouvant être fait de FluSurver pour carto- graphier les substitutions et actualiser les informations conte- nues dans le tableau de référence sur la NA3 recensant les subs- titutions pertinentes d’acides aminés observées parmi les virus grippaux zoonotiques.
3 Summary table of neuraminidase amino acid substitutions associated with reduced inhibition by neuraminidase inhibitors (NAI). Genève: Organisation mondiale de la Santé (https://www.
who.int/influenza/gisrs_laboratory/antiviral_susceptibility/NAI_Reduced_Susceptibility_Mar- ker_Table_WHO.pdf?ua=1, consulté en mars 2021).
