Cystites à risque de complication : définition, épidémiologie et stratégie thérapeutique en 2017 d’après une cohorte prospective de 568 cystites communautaires

Texte intégral

(1)FACULTÉ MIXTE DE MÉDECINE ET DE PHARMACIE DE ROUEN. Année universitaire 2016-2017. N°. THÈSE POUR LE DOCTORAT EN MÉDECINE (Diplôme d’État). PAR. Mathilde RÉVEILLON – ISTIN Née le 19 octobre 1988 à Louviers. Présentée et soutenue publiquement le 13 octobre 2017. Cystites à risque de complication : Définition, épidémiologie et stratégie thérapeutique en 2017 d’après une cohorte prospective de 568 cystites communautaires. Président du jury : Pr François Caron Directeur de thèse : Pr François Caron.

(2) ANNÉE UNIVERSITAIRE 2016 - 2017 U.F.R. DE MÉDECINE ET DE PHARMACIE DE ROUEN. DOYEN :. Professeur Pierre FREGER. ASSESSEURS :. Professeur Michel GUERBET Professeur Benoit VEBER Professeur Pascal JOLY Professeur Stéphane MARRET. I - MÉDECINE. PROFESSEURS DES UNIVERSITÉS – PRATICIENS HOSPITALIERS Mr Frédéric ANSELME. HCN Cardiologie. Mme Isabelle AUQUIT AUCKBUR. HCN Chirurgie plastique. Mr Fabrice BAUER. HCN Cardiologie. Mme Soumeya BEKRI. HCN Biochimie et biologie moléculaire. Mr Ygal BENHAMOU. HCN Médecine interne. Mr Jacques BENICHOU. HCN Bio statistiques et informatique médicale. Mme Bouchra LAMIA. Havre Pneumologie. Mr Olivier BOYER. UFR Immunologie. Mr François CARON. HCN Maladies infectieuses et tropicales. Mr Philippe CHASSAGNE (détachement) HCN Médecine interne (gériatrie) Mr Vincent COMPERE. HCN Anesthésiologie et réanimation chirurgicale. Mr Jean-Nicolas CORNU. HCN Urologie. Mr Antoine CUVELIER. HB. Mr Pierre CZERNICHOW (surnombre). HCH Epidémiologie, économie de la santé. Mr Jean-Nicolas DACHER. HCN Radiologie et imagerie médicale. Pneumologie.

(3) Mr Stéfan DARMONI. HCN Informatique médicale et techniques de communication. Mr Pierre DECHELOTTE. HCN Nutrition. Mr Stéphane DERREY. HCN Neurochirurgie. Mr Frédéric DI FIORE. CB. Mr Fabien DOGUET. HCN Chirurgie Cardio Vasculaire. Mr Jean DOUCET. SJ Thérapeutique - Médecine interne et gériatrie. Mr Bernard DUBRAY. CB. Mr Philippe DUCROTTE. HCN Hépato-gastro-entérologie. Mr Frank DUJARDIN Traumatologique. HCN Chirurgie orthopédique -. Mr Fabrice DUPARC et traumatologique. HCN Anatomie - Chirurgie orthopédique. Mr Eric DURAND. HCN Cardiologie. Mr Bertrand DUREUIL. HCN Anesthésiologie et réanimation chirurgicale. Mme Hélène ELTCHANINOFF. HCN Cardiologie. Mr Thierry FREBOURG. UFR. Mr Pierre FREGER. HCN Anatomie - Neurochirurgie. Mr Jean François GEHANNO. HCN Médecine et santé au travail. Mr Emmanuel GERARDIN. HCN Imagerie médicale. Mme Priscille GERARDIN. HCN Pédopsychiatrie. Mr Michel GODIN (surnombre). HB. M. Guillaume GOURCEROL. HCN Physiologie. Mr Dominique GUERROT. HCN Néphrologie. Mr Olivier GUILLIN. HCN Psychiatrie Adultes. Mr Didier HANNEQUIN. HCN Neurologie. Mr Fabrice JARDIN. CB. Mr Luc-Marie JOLY. HCN Médecine d’urgence. Mr Pascal JOLY. HCN Dermato - Vénéréologie. Mme Annie LAQUERRIERE. HCN Anatomie et cytologie pathologiques. Mr Vincent LAUDENBACH. HCN Anesthésie et réanimation chirurgicale. Cancérologie. Radiothérapie. Génétique. Néphrologie. Hématologie.

(4) Mr Joël LECHEVALLIER. HCN Chirurgie infantile. Mr Hervé LEFEBVRE. HB Endocrinologie et maladies métaboliques. Mr Thierry LEQUERRE. HB. Mme Anne-Marie LEROI. HCN Physiologie. Mr Hervé LEVESQUE. HB. Mme Agnès LIARD-ZMUDA. HCN Chirurgie Infantile. Mr Pierre Yves LITZLER. HCN Chirurgie cardiaque. Mr Bertrand MACE. HCN Histologie, embryologie, cytogénétique. M. David MALTETE. HCN Neurologie. Mr Christophe MARGUET. HCN Pédiatrie. Mme Isabelle MARIE. HB. Mr Jean-Paul MARIE. HCN Oto-rhino-laryngologie. Mr Loïc MARPEAU. HCN Gynécologie - Obstétrique. Mr Stéphane MARRET. HCN Pédiatrie. Mme Véronique MERLE. HCN Epidémiologie. Mr Pierre MICHEL. HCN Hépato-gastro-entérologie. M. Benoit MISSET. HCN Réanimation Médicale. Mr Jean-François MUIR (surnombre). HB. Mr Marc MURAINE. HCN Ophtalmologie. Mr Philippe MUSETTE. HCN Dermatologie - Vénéréologie. Mr Christophe PEILLON. HCN Chirurgie générale. Mr Christian PFISTER. HCN Urologie. Mr Jean-Christophe PLANTIER. HCN Bactériologie - Virologie. Mr Didier PLISSONNIER. HCN Chirurgie vasculaire. Mr Gaëtan PREVOST. HCN Endocrinologie. Mr Bernard PROUST. HCN Médecine légale. Mr Jean-Christophe RICHARD (détachement). HCN Réanimation médicale - Médecine d’urgence. Mr Vincent RICHARD. UFR. Mme Nathalie RIVES. HCN Biologie du développement et de la reproduction. Mr Horace ROMAN. HCN Gynécologie - Obstétrique. Rhumatologie. Médecine interne. Médecine interne. Pneumologie. Pharmacologie.

(5) Mr Jean-Christophe SABOURIN. HCN Anatomie - Pathologie. Mr Guillaume SAVOYE. HCN Hépato-gastrologie. Mme Céline SAVOYE–COLLET. HCN Imagerie médicale. Mme Pascale SCHNEIDER. HCN Pédiatrie. Mr Michel SCOTTE. HCN Chirurgie digestive. Mme Fabienne TAMION. HCN Thérapeutique. Mr Luc THIBERVILLE. HCN Pneumologie. Mr Christian THUILLEZ (surnombre). HB. Pharmacologie. Mr Hervé TILLY. CB. Hématologie et transfusion. M. Gilles TOURNEL. HCN Médecine Légale. Mr Olivier TROST. HCN Chirurgie Maxillo-Faciale. Mr Jean-Jacques TUECH. HCN Chirurgie digestive. Mr Jean-Pierre VANNIER (surnombre). HCN Pédiatrie génétique. Mr Benoît VEBER. HCN Anesthésiologie - Réanimation chirurgicale. Mr Pierre VERA. CB Biophysique et traitement de l’image. Mr Eric VERIN. HB. Mr Eric VERSPYCK. HCN Gynécologie obstétrique. Mr Olivier VITTECOQ. HB. Mr Jacques WEBER. HCN Physiologie. Service Santé Réadaptation. Rhumatologie. MAITRES DE CONFERENCES DES UNIVERSITÉS – PRATICIENS HOSPITALIERS Mme Noëlle BARBIER-FREBOURG. HCN Bactériologie – Virologie. Mme Carole BRASSE LAGNEL. HCN Biochimie. Mme Valérie BRIDOUX HUYBRECHTS. HCN Chirurgie Vasculaire. Mr Gérard BUCHONNET. HCN Hématologie. Mme Mireille CASTANET. HCN Pédiatrie. Mme Nathalie CHASTAN. HCN Neurophysiologie. Mme Sophie CLAEYSSENS. HCN Biochimie et biologie moléculaire. Mr Moïse COEFFIER. HCN Nutrition. Mr Manuel ETIENNE. HCN Maladies infectieuses et tropicales. Mr Serge JACQUOT. UFR. Immunologie.

(6) Mr Joël LADNER. HCN Epidémiologie, économie de la santé. Mr Jean-Baptiste LATOUCHE. UFR. Mr Thomas MOUREZ. HCN Virologie. Mme Muriel QUILLARD. HCN Biochimie et biologie moléculaire. Mme Laëtitia ROLLIN. HCN Médecine du Travail. Mr Mathieu SALAUN. HCN Pneumologie. Mme Pascale SAUGIER-VEBER. HCN Génétique. Mme Anne-Claire TOBENAS-DUJARDIN. HCN Anatomie. Mr David WALLON. HCN. Biologie cellulaire. Neurologie. PROFESSEUR AGRÉGÉ OU CERTIFIÉ Mme Dominique LANIEZ. UFR. Anglais – retraite 01/10/2016. Mr Thierry WABLE. UFR. Communication. II - PHARMACIE. PROFESSEURS Mr Thierry BESSON. Chimie Thérapeutique. Mr Jean-Jacques BONNET. Pharmacologie. Mr Roland CAPRON (PU-PH). Biophysique. Mr Jean COSTENTIN (Professeur émérite). Pharmacologie. Mme Isabelle DUBUS. Biochimie. Mr Loïc FAVENNEC (PU-PH). Parasitologie. Mr Jean Pierre GOULLE (Professeur émérite). Toxicologie. Mr Michel GUERBET. Toxicologie. Mme Isabelle LEROUX - NICOLLET. Physiologie. Mme Christelle MONTEIL. Toxicologie. Mme Martine PESTEL-CARON (PU-PH). Microbiologie. Mme Elisabeth SEGUIN. Pharmacognosie.

(7) Mr Rémi VARIN (PU-PH). Pharmacie clinique. Mr Jean-Marie VAUGEOIS. Pharmacologie. Mr Philippe VERITE. Chimie analytique. MAITRES DE CONFÉRENCE Mme Cécile BARBOT. Chimie Générale et Minérale. Mr Jérémy BELLIEN (MCU-PH). Pharmacologie. Mr Frédéric BOUNOURE. Pharmacie Galénique. Mr Abdeslam CHAGRAOUI. Physiologie. Mme Camille CHARBONNIER (LE CLEZIO) Statistiques Mme Elizabeth CHOSSON. Botanique. Mme Marie Catherine CONCE-CHEMTOB. Législation pharmaceutique et économie de la santé. Mme Cécile CORBIERE. Biochimie. Mr Eric DITTMAR. Biophysique. Mme Nathalie DOURMAP. Pharmacologie. Mme Isabelle DUBUC. Pharmacologie. Mme Dominique DUTERTE- BOUCHER. Pharmacologie. Mr Abdelhakim ELOMRI. Pharmacognosie. Mr François ESTOUR. Chimie Organique. Mr Gilles GARGALA (MCU-PH). Parasitologie. Mme Nejla EL GHARBI-HAMZA. Chimie analytique. Mme Marie-Laure GROULT. Botanique. Mr Hervé HUE. Biophysique et mathématiques. Mme Laetitia LE GOFF. Parasitologie – Immunologie. Mme Hong LU. Biologie. Mme Marine MALLETER. Toxicologie. Mme Sabine MENAGER. Chimie organique. Mme Tiphaine ROGEZ-FLORENT. Chimie analytique. Mr Mohamed SKIBA. Pharmacie galénique. Mme Malika SKIBA. Pharmacie galénique. Mme Christine THARASSE. Chimie thérapeutique. Mr Frédéric ZIEGLER. Biochimie.

(8) PROFESSEURS ASSOCIÉS Mme Cécile GUERARD-DETUNCQ. Pharmacie officinale. Mr Jean-François HOUIVET. Pharmacie officinale. PROFESSEUR CERTIFIÉ Mme Mathilde GUERIN. Anglais. ASSISTANT HOSPITALO-UNIVERSITAIRE Mme Sandrine DAHYOT. Bactériologie. ATTACHÉS TEMPORAIRES D’ENSEIGNEMENT ET DE RECHERCHE Mr Souleymane ABDOUL-AZIZE. Biochimie. Mme Hanane GASMI. Galénique. Mme Caroline LAUGEL. Chimie organique. Mr Romy RAZAKANDRAINIBE. Parasitologie. LISTE DES RESPONSABLES DES DISCIPLINES PHARMACEUTIQUES. Mme Cécile BARBOT. Chimie Générale et minérale. Mr Thierry BESSON. Chimie thérapeutique. Mr Roland CAPRON. Biophysique. Mme Marie-Catherine CONCE-CHEMTOB. Législation et économie de la santé. Mme Elisabeth CHOSSON. Botanique. Mr Jean-Jacques BONNET. Pharmacodynamie. Mme Isabelle DUBUS. Biochimie. Mr Loïc FAVENNEC. Parasitologie. Mr Michel GUERBET. Toxicologie. Mr François ESTOUR. Chimie organique. Mme Isabelle LEROUX-NICOLLET. Physiologie. Mme Martine PESTEL-CARON. Microbiologie.

(9) Mme Elisabeth SEGUIN. Pharmacognosie. Mr Mohamed SKIBA. Pharmacie galénique. Mr Rémi VARIN. Pharmacie clinique. Mr Philippe VERITE. Chimie analytique. III – MÉDECINE GÉNÉRALE. PROFESSEUR Mr Jean-Loup HERMIL. UFR. Médecine générale. Mr Emmanuel LEFEBVRE. UFR. Médecine Générale. Mme Elisabeth MAUVIARD. UFR. Médecine générale. Mr Philippe NGUYEN THANH. UFR. Médecine générale. PROFESSEURS ASSOCIÉS A MI-TEMPS. MAITRES DE CONFERENCE ASSOCIES A MI-TEMPS Mr Pascal BOULET. UFR. Médecine générale. Mr Emmanuel HAZARD. UFR. Médecine Générale. Mme Lucile PELLERIN. UFR. Médecine générale. Mme Yveline SEVRIN. UFR. Médecine générale. Mme Marie Thérèse THUEUX. UFR. Médecine générale. ENSEIGNANTS MONO-APPARTENANTS. PROFESSEURS Mr Serguei FETISSOV (med). Physiologie (ADEN). Mr Paul MULDER (phar). Sciences du Médicament.

(10) Mme Su RUAN (med). Génie Informatique. MAITRES DE CONFERENCE Mr Sahil ADRIOUCH (med). Biochimie et biologie moléculaire (Unité Inserm 905). Mme Gaëlle BOUGEARD-DENOYELLE (med) Biochimie et biologie moléculaire (UMR 1079) Mme Carine CLEREN (med). Neurosciences (Néovasc). M. Sylvain FRAINEAU (phar). Physiologie (Inserm U 1096). Mme Pascaline GAILDRAT (med). Génétique moléculaire humaine (UMR 1079). Mr Nicolas GUEROUT (med). Chirurgie Expérimentale. Mme Rachel LETELLIER (med). Physiologie. Mme Christine RONDANINO (med). Physiologie de la reproduction. Mr Antoine OUVRARD-PASCAUD (med). Physiologie (Unité Inserm 1076). Mr Frédéric PASQUET. Sciences du langage, orthophonie. Mme Isabelle TOURNIER (med). Biochimie (UMR 1079). CHEF DES SERVICES ADMINISTRATIFS : Mme Véronique DELAFONTAINE. HCN - Hôpital Charles Nicolle. HB - Hôpital de BOIS GUILLAUME. CB - Centre Henri Becquerel. CHS - Centre Hospitalier Spécialisé du Rouvray. CRMPR - Centre Régional de Médecine Physique et de Réadaptation. SJ – Saint Julien Rouen.

(11) Par délibération en date du 3 mars 1967, la faculté a arrêté que les opinions émises dans les dissertations qui lui seront présentées doivent être considérées comme propres à leurs auteurs et qu’elle n’entend leur donner aucune approbation ni improbation..

(12) Remerciements Aux membres du jury,. À Monsieur le Professeur Caron, Merci de me faire l’honneur d’avoir dirigé ma thèse et de la présider, Et merci pour votre rigueur et votre grande pédagogie depuis toutes ces années. Soyez assuré de mon profond respect et de toute mon admiration.. À Madame le Professeur Pestel-Caron, Soyez assurée de ma sincère admiration. Merci d’avoir accepté de faire partie de ce jury, Et merci pour votre accueil chaleureux dans le monde incroyable de la bactériologie.. À Monsieur le Docteur Etienne, presque Professeur, D’avoir pu travailler à tes côtés, quel honneur ! Merci d’avoir accepté d’être présent et juge aujourd’hui, Merci pour ta pertinence, ta bienveillance envers chacun et ta grande sympathie.. À Monsieur le Professeur Levesque, Tant de connaissances « intrinsèques » … Merci pour votre grande pédagogie, votre sens clinique et votre humanité. Merci d’être présent aujourd’hui, soyez assuré de mon profond respect.. À Madame le Docteur Delbos, ou plutôt à Valérie, Un merci sincère pour ta présence aujourd’hui. Contente d’avoir partagé « Vitale » et bien d’autres choses à tes côtés, Merci pour ta gentillesse et ton accessibilité..

(13) À tous ceux avec qui j’ai partagé mes études de médecine,. À toute l’équipe du service de Maladies Infectieuses de Rouen, Merci de vous montrer envers chacun si accueillant, De nous faire partager votre savoir, votre passion, votre métier, Merci Elise pour ton énergie débordante, Isabelle pour tes connaissances sur tous les sujets, Merci Claire et Anaïs d’être aussi souriantes, bienveillantes et enjouées, Merci Laure, CCA ou PH quel plaisir de travailler à tes cotés.. À toute l’équipe du laboratoire de bactériologie, À tous pour votre accueil & surtout Anaïs pour ton enthousiasme & ton soutien, merci !. À tous ceux avec qui j’ai travaillé durant mon internat, Qui à leur manière m’ont tant appris à chaque fois. La médecine interne dieppoise, elbeuvienne et rouennaise, La néphrologie, la réanimation médicale et la dermatologie havraise.. À la future équipe havraise, Anne, Vincent & Laurence, J’ai hâte de vous rejoindre, mais surtout travailler à vos côtés est une immense chance !. À tous les co-internes et chefs avec qui j’ai partagé tant de moments forts à l’hosto, Avec une grande pensée pour tous les internistes et les ptits internes de bactério ! À Charlotte, Benjamin, Cécile, Marine, Vincent E., Steven, Véro… Et une dédicace spéciale à Valentin, son amour pour le TMP et sa Twingo !. À Kévin, pour ton regard objectif, ton soutien efficace, Que de moments partagés à faire des 0,5 Mac Farlan sur la paillasse. Fini le « in vitro » au labo… Mais je me réjouis que nous nous retrouvions bientôt dans le service pour du « in vivo ».. Et aussi aux patients, Qui à chaque fois nous apprennent tant….

(14) À mes très chers amis,. À « la secte » de Louviers, Nous grandissons ensemble depuis le lycée, Merci à tous pour cette belle amitié, Qui j’espère continuera à s’inscrire dans la durée.. À Laura, À la gym, à l’Ile de Ré… Merci pour tous ces moments de complicité partagés avec toi !. À Camille, Marine, Rebecca, Bérengère, Marion et Audrey, Merci de savoir que sur vous toutes je peux compter (bien sûr l'inverse est aussi très vrai !). Aux copains « médecins », Lise, Greg, Amélie, Claire, Quentin, Marie et Julien, Merci pour tous ces moments de décompression, les films, les petits verres et les soirées ! Je vous aime très fort j’espère que vous le savez !. Aux copains « ESTP », Grâce à vous j’ai beaucoup appris sur les chantiers, Je ne sais pas si ça m'a aidé pour mes infections urinaires, Mais en tout cas chaque moment passé avec vous a été super !.

(15) À ma très chère famille, À Maman, Je te remercie profondément et sincèrement, Même si mon grand regret sera de ne te l’avoir jamais assez dit. Saches que si je suis arrivée jusqu’ici, c’est grâce à toi et à ton amour infini. J'espère que tu es à mes côtés aujourd’hui, Et que tu le seras pour le restant de ma vie.. À Jean-Marie, Merci de m’avoir soutenue toutes ces années et d’être présent aujourd’hui, Merci pour l'amour qu’à ta manière tu m’as apporté, Et saches que sur nous tu pourras toujours compter.. À Papa, Après les deux grossesses et surtout toutes ces années, Tu vas être content et enfin soulagé… Ça y est je passe enfin mon doctorat !. À mes frères et sœurs, beaux-frères et belles sœurs, Je ne vous souhaite à tous que du bonheur, Nous sommes à la fois tous si proches et si différents, J’espère que vous savez à quel point je vous aime sincèrement.. À mes neveux et nièces : Augustine, Apolline, Dorian, Maël et Maxence, De vous avoir et de savoir que deux nouveaux sont encore à venir, quelle chance ! Vous êtes des petites perles de bonheur, Merci d’avoir illuminé cet été mes longues heures de labeur !. À Mamie Irène et à mes grands-parents adorés, Merci de nous avoir tant aimés, Et surtout merci pour toutes ces valeurs inestimables que vous nous avez apporté, Que j’espère nous n'oublierons jamais..

(16) À ma belle-famille, ou ma deuxième famille, Anne, Olivier, je ne vous remercierais jamais assez, Pour tout ce que vous faites pour nous et nos petits poulets, Camille, Solène, Romain, vous êtes bien plus que des simples copains, Merci pour tout, je vous aime tous très fort soyez en certains !. Et enfin… À mes chouchous,. À Martin, Tu auras peut-être du mal à me croire quand tu seras grand, Mais si petit, ton sourire et ta joie de vivre ont été l’un de mes plus grands soutiens. Quel bonheur d'être ta maman !. Au deuxième petit bébé à venir, Tu auras écrit toute cette thèse avec moi mais je te déconseillerai de la lire !. À Victor, Le meilleur pour la fin… je te décerne la palme d’or… Du plus grand et du meilleur soutien de tous les temps ! Pour cette période de thèse, mais surtout pour tout le reste, je te remercie profondément. Peintre sur route certes, mais aussi relecteur, metteur en page, statisticien et boute-en-train, Je pourrais t’écrire des pages et des pages mais ce n’est pas le lieu et tout a une fin… J.

(17) Table des matières. 1. Introduction ........................................................................................................... 1. 2. Etat de l’art : cystites à risque de complication .................................................. 2 2.1. Définition ................................................................................................................... 2. 2.1.1 En France................................................................................................................ 2 2.1.2 A l’étranger ............................................................................................................ 3 2.2. Epidémiologie clinique ........................................................................................... 10. 2.2.1 Incidence des infections urinaires ........................................................................ 10 2.2.2 Epidémiologie clinique des cystites simples et compliquées ............................... 11 2.3. Epidémiologie microbienne ................................................................................... 14. 2.4. Résistance bactérienne aux antibiotiques ............................................................ 18. 2.5. Facteurs associés à la résistance bactérienne aux antibiotiques ........................ 26. 2.5.1 Facteurs associés à la résistance aux β-lactamines............................................... 27 2.5.2 Facteurs associés à la résistance aux fluoroquinolones ........................................ 30 2.5.3 Facteurs associés à la résistance au cotrimoxazole et au triméthoprime .............. 33 2.6. Stratégies thérapeutiques ...................................................................................... 37. 2.6.1 Prise en charge en France ..................................................................................... 37 2.6.2 Recommandations à l’étranger ............................................................................. 38. 3. Etude originale ..................................................................................................... 47 3.1. L’étude Vitale ......................................................................................................... 47. 3.1.1 Contexte général et objectifs de l’étude Vitale .................................................... 47 3.1.2 Méthodologie et déroulement de l’étude Vitale ................................................... 47 3.1.3 Participation personnelle au recueil de données .................................................. 49 3.2. Présentation de l’étude nichée ............................................................................... 50. 3.2.1 Contexte et objectifs ............................................................................................. 50 3.2.2 Matériel et méthodes ............................................................................................ 51 3.2.3 Analyse des données ............................................................................................ 53. 4. Résultats ............................................................................................................... 55 4.1. Epidémiologie clinique ........................................................................................... 55. 4.1.1 Cohorte Vitale ...................................................................................................... 55 4.1.2 Cohorte des cystites .............................................................................................. 57 4.2. Epidémiologie microbienne des cystites ............................................................... 60.

(18) 4.3. Epidémiologie de l’antibiorésistance des cystites ................................................ 62. 4.3.1 Données disponibles ............................................................................................. 62 4.3.2 Résistance de E. coli............................................................................................. 62 4.3.3 Résistance des entérobactéries ............................................................................. 65 4.3.4 Résistance pour l’ensemble des bactéries ............................................................ 67 4.3.5 Résistance des entérobactéries sécrétrices de β-lactamases à spectre étendu ...... 69. 5. Discussion ............................................................................................................. 70 5.1. Epidémiologie clinique ........................................................................................... 70. 5.1.1 Problématique de la définition des cystites compliquées ..................................... 70 5.1.2 L’âge : principal facteur de risque de complication ............................................. 71 5.1.3 Les patients multi-inclus ...................................................................................... 73 5.2. Epidémiologie microbienne ................................................................................... 74. 5.2.1 Escherichia coli .................................................................................................... 74 5.2.2 Autres germes ....................................................................................................... 74 5.3. Résistance aux antibiotiques ................................................................................. 75. 5.3.1 Etat des lieux de la résistance d’une cohorte de cystites ...................................... 75 5.3.2 Facteurs associés à la résistance ........................................................................... 78 5.4. Stratégie thérapeutique des cystites ...................................................................... 79. 5.4.1 Place du triméthoprime ........................................................................................ 79 5.4.2 Place du pivmecillinam ........................................................................................ 82 5.4.3 Place de la fosfomycine ........................................................................................ 84 5.4.4 Place de la nitrofurantoïne.................................................................................... 86 5.5. Perspectives thérapeutiques .................................................................................. 89. 5.5.1 Vers une simplification de la prise en charge de la personne âgée ...................... 89 5.5.2 Résumé de la place proposée aux différentes molécules ..................................... 90 5.5.3 Autres perspectives thérapeutiques ...................................................................... 91. 6. Conclusion ............................................................................................................ 93. 7. Bibliographie ........................................................................................................ 94.

(19) Table des tableaux Tableau 1- Facteurs de risque (FDR) d’infection urinaire, selon la classification ORENUC de l’EAU (European Association of Urology) (6). ......................................................................... 4 Tableau 2 - Résumé des principaux facteurs de risque de complication variables selon les pays. .......................................................................................................................................... 10 Tableau 3 : Résumé des études épidémiologiques sur les infections urinaires (IU) : cystites simples (CS) et à risque de complication (CC). ....................................................................... 13 Tableau 4 : Résumé des études sur l’épidémiologie microbienne des IU (infections urinaires) : tous tableaux cliniques confondus, cystites simples (CS) et compliquées (CC). ..................... 17 Tableau 5 : Résumé des données de résistance aux antibiotiques, portant sur des souches sans données cliniques, sur des souches de cystites simples (CS) et compliquées (CC) (exprimées en % de souches résistantes) .................................................................................................... 23 Tableau 6 - Résumé des études sur les facteurs de risque (FDR) de b-lactamase à spectre étendu (BLSE) dans les infections urinaires (IU), notamment l’influence de la consommation d’antibiotiques (ATB) et des hospitalisations antérieures. ....................................................... 29 Tableau 7 - Résumé des études sur les facteurs de risque (FDR) de résistance aux fluoroquinolones (FQ), notamment influence de la consommation d’antibiotiques (ATB) et des hospitalisations antérieures. ............................................................................................... 32 Tableau 8 - Résumé des études sur les facteurs de risque (FDR) de résistance au triméthoprime (TMP) et au cotrimoxazole dans les infections urinaires (IU), notamment influence de la consommation d’antibiotiques (ATB). ............................................................ 36 Tableau 9 - Résumé des principaux référentiels de prise en charge des infections urinaires (IU) compliquées par pays. ...................................................................................................... 46 Tableau 10 - Critères d’inclusion et d’exclusion de l’étude Vitale. ......................................... 48 Tableau 11: Répartition des diagnostics de l’étude Vitale au sein de la cohorte entière, de la cohorte de ville et de la cohorte hospitalière, selon le nombre d’inclusions (unique ou multiple) et selon la catégorie d’âge (£ 15 ans, 15 - 65 ans et ≥ 65 ans). ................................ 56 Tableau 12 : Répartition des facteurs de risque (FDR) de complication sur l’ensemble des cystites compliquées (CC), puis selon l’âge et le nombre d’inclusions (unique ou multiple). 58 Tableau 13 : Données démographiques de la cohorte des cystites (simples : CS et compliquées : CC) : âge et facteurs de risque (FDR) de complication, sur la cohorte entière, la cohorte de ville, la cohorte hospitalière et selon le nombre d’inclusions (unique ou multiple). .................................................................................................................................................. 59.

(20) Tableau 14 : Répartition des espèces bactériennes au sein de la cohorte entière, dans la cohorte de ville, la cohorte hospitalière, selon l’âge, la présentation clinique : cystite simple (CS) ou compliquée (CC) et le nombre d’inclusions (unique ou multiple). ............................ 61 Tableau 15 : Données de résistance des souches de E. coli pour l’ensemble des cystites, selon la présentation clinique : cystite simple (CS) ou compliquée (CC), la catégorie d’âge et le nombre d’inclusions (unique ou multiple). .............................................................................. 64 Tableau 16 : Données de résistance des entérobactéries pour l’ensemble des souches isolées de cystites, selon la présentation clinique : cystite simple (CS) ou compliquée (CC), la catégorie d’âge et le nombre d’inclusions (unique ou multiple). ............................................. 66 Tableau 17 : Données de résistance de l’ensemble des cystites, pour toute la cohorte, selon la présentation clinique : cystite simple (CS) ou compliquée (CC), la catégorie d’âge et le nombre d’inclusions (unique ou multiple). .............................................................................. 68 Tableau 18 : Proposition de prise en charge diagnostique et thérapeutique stratifié des cystites simples (CS) et à risque de complication (CC). ....................................................................... 90.

(21) Table des figures Figure 1 - Paramètres additifs de la classification des infections urinaires et de l’évaluation de la gravité selon l’EAU (European Association of Urology) (6). ................................................ 5 Figure 2 - Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM) et entérobactéries productrices de BLSE (b-lactamase à spectre étendu) : incidence pour 100 admissions. Données ONERBA (Observatoire National de l’Epidémiologie de la Résistance Bactérienne aux Antibiotiques) (66). ........................................................................................................... 19 Figure 3 - Pourcentage d’isolats résistants aux fluoroquinolones par pays, en 2015, données de l’ECDC (69). ....................................................................................................................... 24 Figure 4 - Pourcentage d’isolats résistants aux céphalosporines de troisième génération par pays, en 2015, données de l’ECDC (69). ................................................................................. 24 Figure 5 - Proportion de souches urinaires de Escherichia coli productrices de b-lactamase à spectre étendu (Réseau ONERBA-ville 2013) (66). ................................................................ 25.

(22) Glossaire des abréviations AFU : Association Française d’Urologie AMC : association amoxicilline – acide clavulanique AMM : autorisation de mise sur le marché BLSE : b-lactamase à spectre étendu BU : bandelette urinaire CA-SFM : Comité de l’Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie CC : cystite à risque de complication ou compliquée CMI : concentration minimale inhibitrice CS : cystite simple C3G : céphalosporines de troisième génération EARS-Net : European Antimicrobial Resistance Surveillance Network EAU : European Association of Urology EBLSE : entérobactérie sécrétrice de β-lactamase à spectre étendu ECBU : examen cytobactériologique des urines ECDC : European Center for Disease Prevention and Control FDR : facteur de risque FQ : fluoroquinolone IU : infection urinaire IV : intraveineux NICE : National Institute for Health and Care Excellence ONERBA : Observatoire National de l’Epidémiologie de la Résistance Bactérienne aux Antibiotiques OR : Odds ratio PO : per os SAD : sonde à demeure SARM : Staphylococcus aureus Résistant à la Méthicilline SEIMC : Société Espagnole de Microbiologie Clinique et de Maladies Infectieuses SMX : Sulfaméthoxazole SPILF : Société de Pathologie Infectieuse de Langue Française SRIS : Syndrome de réponse inflammatoire systémique TMP : triméthoprime.

(23) 1 Introduction Les cystites sont, de loin, au premier rang des infections urinaires (IU). Parmi elles, les cystites simples (CS), dénommées « uncomplicated urinary tract infections » par les anglo-saxons, représentent une entité clinique monomorphe, très bien caractérisée, ayant fait l’objet de nombreux travaux. Par définition, ces infections surviennent chez des femmes jeunes, au moins physiologiquement et indemnes de toute comorbidités ou anomalie de l’arbre urinaire. La microbiologie y est stable au fil du temps et selon les régions, avec une très large dominance de Escherichia coli (70 à 80%) devant Staphylococcus saprophyticus (5 à 10%), les autres espèces étant bien plus rares. Les traitements sont parfaitement codifiés, avec des recommandations de prise en charge dans tous les pays industrialisés, globalement très homogènes, à base de schémas brefs (3 à 5 jours, voire monodose selon la molécule) apportant d’excellents coefficients d’éradication clinique et microbiologique. Tout oppose les cystites compliquées (CC) (« complicated urinary tract infections »), désormais plutôt appelées cystites avec facteur de risque (FDR) de complication. Ayant pour trait commun de comporter au moins un facteur rendant l’infection plus difficile à éradiquer, ces cystites réalisent des tableaux très divers. Le terrain de survenue est très variable, certains auteurs y englobant les cystites de l’enfant, de l’homme et les infections associées aux soins (en particulier survenant sur sonde vésicale). La microbiologie y est bien plus variée, aussi bien en matière d’espèce microbienne en cause que d’antibiorésistance. Les schémas thérapeutiques sont également plus divers, tant pour le choix antibiotique que pour la durée de traitement. Maints pays au système de soins pourtant très développé ne proposent pas de recommandation nationale, tandis que certains référentiels se focalisent sur un FDR de complication, traitant par exemple des cystites gravidiques mais non des autres formes cliniques. En France, les dernières recommandations de prise en charge des IU comportent un chapitre sur la prise en charge des CC de la femme adulte acquises en milieu communautaire, les IU de l’enfant, de l’homme et celles liées aux soins étant traitées à part. Cependant, la force des recommandations émises n’a pas pu être forte au regard des données de la littérature. En particulier, il manquait au dossier des données récentes relatives à l’épidémiologie nationale. Dans ce contexte, il est réalisé ici une revue des connaissances sur les CC, avant de présenter un travail original prospectif visant à détailler l’épidémiologie microbienne de 568 cas survenus en Normandie en 2015 - 2016, pour en tirer ensuite toute une série d’enseignements quant au traitement de telles infections.. 1.

(24) 2 Etat de l’art : cystites à risque de complication 2.1 Définition Une revue de la littérature a été effectuée dans le but de déterminer les critères de définition des CC dans différents pays. Cette recherche a été effectuée à la fois sur « Pubmed » et sur « Google » en utilisant les mots clefs suivants : « urinary tract infection » ou « cystitis » et « complicated ». Différents référentiels nationaux ont été trouvés ainsi que des articles originaux. Seuls les articles publiés en français et en anglais ont été retenus.. 2.1.1. En France. Les IU regroupent des entités cliniques hétérogènes pour lesquelles il est observé des différences en termes d’épidémiologie et de prise en charge. En France, les IU communautaires sont distinguées des infections associées aux soins, qui regroupent les infections associées à une manœuvre invasive (comme le sondage vésical) et les infections acquises en structure de soins : infections nosocomiales. Seules les IU communautaires seront discutées ici, les IU associées aux soins faisant l'objet de recommandations particulières (1). Les différentes entités regroupées sous le terme « IU » sont bien définies par le référentiel national en vigueur de 2014, actualisé en 2015 puis en 2017 (2, 3, 4). Tout d’abord, il faut distinguer l’IU symptomatique de la colonisation urinaire, ou bactériurie asymptomatique, qui se traduit par la présence d’un micro-organisme dans les urines sans manifestations cliniques associées. Ensuite, les IU sont définies par la localisation de l’infection : cystite (inflammation vésicale), pyélonéphrite (inflammation du parenchyme rénal), prostatite et autres IU masculines. La gravité du tableau clinique est également importante à reconnaître, les IU graves étant définies par un sepsis grave, un choc septique ou une indication de drainage chirurgical ou interventionnel. Enfin, le terrain permet de distinguer les IU simples (de la femme jeune, sans comorbidités) des IU à risque de complication. Les FDR de complication sont le sexe masculin (traité dans un chapitre à part entière), la grossesse (traitée dans un chapitre à part entière), les anomalies organiques ou fonctionnelles de l'arbre urinaire (résidu vésical, reflux, lithiase, tumeur, acte récent...), l’âge (supérieur à 65 ans avec plus de trois critères de fragilité de Fried ou supérieur à 75 ans), l’immunodépression grave et l’insuffisance rénale chronique sévère (clairance < 30 ml/min). Le diabète n’est plus considéré comme un FDR de complication, les IU sont plus fréquentes sur ce terrain, mais non les complications. Les critères 2.

(25) de Fried sont : la perte de poids involontaire au cours de la dernière année, la vitesse de marche lente, la faible endurance, la faiblesse ou fatigue et l'activité physique réduite. Les cystites récidivantes sont une autre entité importante, définies par la survenue d’au moins quatre épisodes par an. L’Association Française d’Urologie (AFU) propose également un référentiel national, en 2012 sous forme de synthèse des recommandations de l’European Association of Urology (EAU) (5). Les auteurs se réfèrent à la catégorisation dite ORENUC de l’EAU (cf. infra) et chaque sous-groupe de patients est traité séparément : les IU simples de l’adulte, les IU compliquées liées à un désordre urologique, les sepsis sévères, les IU associées aux sondes, les IU chez les patients insuffisants rénaux, diabétiques, immunodéprimés, les urétrites, les prostatites, les orchites ou épididymites et les IU de la femme ménopausée. Les IU liées à un désordre urologique sont séparées en deux groupes : les patients pour lesquels le facteur peut être corrigé par un traitement spécifique (ablation de la sonde vésicale, extraction de calculs...) et ceux pour lesquels il ne peut être corrigé (sonde à demeure [SAD], calculs résiduels après traitement ou neuro-vessie…). Ce travail porte sur les CC, groupe constitué d’une population hétérogène, avec une définition variable selon les pays voire parfois au sein d’un même pays.. 2.1.2. A l’étranger. Dans les autres pays, la définition des CC n’est pas la même qu’en France. Certains pays regroupent en effet sous ce terme les IU masculines, les IU sur matériel étranger, les infections à germes multi-résistants ou encore les infections ne répondant pas à un traitement de première ligne. Ainsi, une revue de la littérature sur les différentes définitions des CC est présentée ici. Selon les pays, il a été retrouvé des référentiels nationaux, des revues de la littérature ou encore des textes d’experts. En Europe, l’EAU propose une définition complète des IU (6) qui permet d’organiser les connaissances actuelles et de fournir un cadre nosologique pour les recommandations diagnostiques et thérapeutiques et pour les projets de recherche (7). Les IU à risque de complication regroupent une population hétérogène. Dans ce référentiel, la classification est basée sur :. 3.

(26) -. Le niveau anatomique de l’infection : urétrite, cystite, pyélonéphrite, uro-sepsis et infection des organes génitaux masculins.. -. Le grade de sévérité, de 1 à 6 : gravité faible ou cystite (grade 1), gravité modérée ou pyélonéphrite (grade 2), pyélonéphrite sévère installée (grade 3), uro-sepsis avec syndrome de réponse inflammatoire systémique (SRIS) (grade 4), uro-sepsis avec dysfonction d’organe (grade 5), uro-sepsis avec défaillance d’organe (grade 6).. -. Les FDR sous-jacents, selon la classification ORENUC : NO risk factors, IU Récidivantes, FDR Extra-uro-génitaux, maladie Néphrologique, FDR Urologique, Cathéter urinaire permanent (cf. Tableau 1).. -. Les données microbiologiques (germe et sensibilité) : grades a (germe sensible), b (germe de moindre sensibilité) et c (germe multi-résistant).. Type. Catégorie de FDR. O. NO risk factor.. R. IU Récidivante, sans risque d’infection sévère.. E. FDR Extra-uro-génitaux, avec risque d’infection sévère.. N. Maladie Néphrologique, avec risque d’infection sévère.. U. FDR Urologique, potentiellement résolutif sous traitement, avec risque d’infection sévère.. C. Cathéter urinaire permanent et FDR urologique irréversible, avec risque d’infection sévère.. Exemple Femme jeune non ménopausée. - Habitudes sexuelles/méthode contraceptive, - Déficit hormonal post-ménopause, - Certains groupes sanguins, - Diabète contrôlé. - Grossesse, - Sexe masculin, - Diabète non contrôlé, - Immunodépression notable, - Connectivite, - Prématurité, nouveau-né. - Insuffisance rénale sévère, - Polykystose rénale. - Obstruction urétérale : calcul, rétrécissement - Sonde urinaire transitoire, - Bactériurie asymptomatique, - Vessie neurologique contrôlée, - Chirurgie urologique. - Sonde urinaire à long terme, - Obstruction urinaire non résolutive, - Vessie neurologique non contrôlée.. Tableau 1- Facteurs de risque (FDR) d’infection urinaire, selon la classification ORENUC de l’EAU (European Association of Urology) (6). Ces cinq catégories de FDR ne permettent malheureusement pas d’évaluer l’impact pronostic de chaque facteur et ne peuvent s’additionner entre eux (8). Certains facteurs affectent le 4.

(27) pronostic vital (immunodépression, nouveau-né), d'autres impliquent une prise en charge urologique élaborée et enfin une partie signifie que le risque de récidive est plus élevé. Il peut sembler étonnant que le sexe masculin soit considéré comme à risque d’infection sévère. Par ailleurs, le score SOFA (Sequential Organ Failure Assessment) est dorénavant recommandé à la place des critères SRIS pour identifier les patients à haut risque de mortalité (9). Selon la définition du SRIS, le grade de sévérité 4 peut donc être rapidement atteint. La Figure 1 est un résumé de la classification de l'EAU qui permet de classer chaque cas en cumulant les différents paramètres. Exemple : CY-1R : E. coli (a) : CS mais récidivante, à bactérie sensible aux antibiotiques ; PN-3U : Klebsielle pneumoniae (b) : pyélonéphrite sévère, avec pathologie urologique sous-jacente et bactérie à résistance modérée.. Figure 1 - Paramètres additifs de la classification des infections urinaires et de l’évaluation de la gravité selon l’EAU (European Association of Urology) (6). La Société espagnole de microbiologie clinique et de maladies infectieuses (SEIMC) a édité un guide de prise en charge des IU en 2016 (Guidelines of the Spanish Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, SEIMC) (10). La définition des CC n’y est que peu détaillée. Les facteurs prédisposant chez la femme post-ménopausée y sont décrits : incontinence urinaire, antécédents de chirurgie gynécologique, diabète, cystocèle, résidu post mictionnel, historique d’IU récidivantes avant la ménopause. Le rôle de l’activité sexuelle est moins important que pour la femme pré-ménopausée.. 5.

(28) Il n’a pas été identifié de référentiel national en Italie, les informations trouvées proviennent d’une étude descriptive sur les IU (11), d’une étude prospective sur la prise en charge des IU compliquées (12) et d’un article original sur la prise en charge des IU par des auteurs italiens, allemands et norvégiens (13). Les italiens semblent se référer à la classification ORENUC de l’EAU. Les cystites sont définies par les différents auteurs comme compliquées si elles surviennent chez des femmes enceintes, âgées, en cas d’immunodépression (diabète, transplanté), d’instrumentalisation récente, de présence de SAD, de traitement antibiotique récent ou d’anomalie anatomique ou fonctionnelle des voies urinaires sous-jacente (anomalies congénitales, calculs, néoplasie, maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, vessie neurologique, hypertrophie bénigne de prostate…) (11, 12). L’échec de traitement antérieur définit également selon certains auteurs la CC (13). Aux Pays-Bas, les IU compliquées sont définies dans un référentiel national (14). Deux articles originaux précisent également ces définitions (15, 16). Deux entités sont regroupées dans les IU compliquées : -. Les IU survenant sur un terrain à risque de complication : hommes, femmes enceintes, anomalies anatomiques ou fonctionnelles des voies urinaires (calculs urinaires, vessie neurologique, sonde urinaire, lésion de la moelle épinière), maladie rénale (polykystose, transplantation rénale) et immunodépression (dont le diabète).. -. Les IU avec signes systémiques (fièvre, douleurs lombaires, signes neurologiques) : uro-sepsis, prostatites et pyélonéphrites.. Dans ce référentiel, les femmes âgées ne sont pas considérées comme à risque de complication. Le diabète fait partie des FDR de complication, même si le risque de complication y est controversé. Chaque groupe « à risque » est ensuite traité séparément. Au Royaume-Uni, il n’a pas été retrouvé de référentiel national. Une mise au point sur le diagnostic et le traitement invasif minimal des IU compliquées a été publiée en 2014 (17). Les IU compliquées y sont décrites comme survenant sur un terrain à risque de complication : anomalie anatomique ou fonctionnelle du tractus urinaire (tumeurs du tractus urinaire, lithiases urinaires, hypertrophie bénigne de la prostate, syndrome de jonction pyélo-urétéral, kystes rénaux, anomalies congénitales des voies urinaires, résidu post-mictionnel, fistule vésicovaginale. et. colo-vaginale,. vessie. neurologique,. lésion. médullaire,. cystocèle),. immunodépression (transplantés rénaux, SIDA, diabète), manipulations du tractus génitourinaire (cathéter urétral, sondage intermittent, stent urétéral, néphrostomie), anomalies 6.

(29) métaboliques (néphrocalcinose, insuffisance rénale, abcès et intra-rénaux, pyélonéphrite emphysémateuse, nécrose papillaire, pyélonéphrite xantho-granulomateuse) et chez les hommes. En 2000, une revue originale sur les IU compliquées a été réalisée par deux auteurs, un grec et un allemand (18). Dans cet article, il est rappelé qu’historiquement le terme d’IU compliquée était utilisé pour les infections qui ne répondaient pas à un traitement court. Elles sont désormais définies, selon ces auteurs, par la présence d’un terrain sous-jacent à risque de complication : SAD, anomalie anatomique ou fonctionnelle des voies urinaires, immunodépression (diabète, neutropénie persistante, corticothérapie). L’obstruction du flux urinaire semble être l’un des éléments les plus forts associés à une IU compliquée, par compression extrinsèque ou intrinsèque (anomalie. congénitale,. calculs,. néoplasie,. vaisseaux. aberrants,. maladie. inflammatoire de l’intestin, hématome ou fibrose rétro-péritonéale, reflux vésico-urétral, séquelles de radiothérapie, pathologies de la vidange vésicale, hypertrophie bénigne de prostate, vessie neurologique, calculs vésicaux). Les auteurs indiquent que les IU survenant chez les hommes et les personnes âgées sont souvent considérées comme compliquées. Les facteurs bactériens comme les germes résistants, l’origine nosocomiale ou l’antibiothérapie récente, sont également proposés comme critères de complication. En Allemagne, il n’a pas été identifié de référentiel national, mais un auteur a publié plusieurs séries originales et trois revues de la littérature qui traitent des IU compliquées (19, 20, 21, 22). Ces infections sont décrites comme très hétérogènes. Les infections nosocomiales y sont intégrées. Les autres FDR de complication sont les suivants : anomalie anatomique ou fonctionnelle des voies urinaires (stent, désordre dans le transport des urines, instrumentation du tractus urinaire, calculs, tumeurs, désordres neurologiques), altération de la fonction rénale (par une néphropathie pré, intra ou post-rénale, insuffisance cardiaque) et altération du statut immunitaire (diabète, insuffisance hépatique, immunodépressions, cancer, SIDA). Au Canada, un référentiel national sur les IU compliquées a été publié en 2005 (23), d’autres auteurs experts se sont également intéressés à ce sujet (24, 25, 26). Enfin, une revue sur les IU dans certains groupes de population (diabète, transplanté rénal, infection par le VIH et patients lésés médullaires) (27) et un article original sur les IU sur vessie neurologique ont été publiés en 2014 et 2016 (28). Dans ces différents articles, les IU étaient séparées en communautaires, associées aux soins et nosocomiales. Une répartition était également faite selon le site de l’infection : IU basse (cystite, urétrite et prostatite) ou haute (pyélonéphrite). Enfin, étaient distinguées les IU simples et compliquées, indépendamment du site et de la sévérité de 7.

(30) l’infection, selon la présence d’un terrain sous-jacent à risque de récidive ou d’échec de traitement. Ces FDR de complication étaient : les anomalies anatomiques ou fonctionnelles de l’appareil urinaire (hypertrophie bénigne de la prostate, sténose, calculs, tumeur, hématome, kystes rénaux, présence d’une SAD, d’auto-sondages, de stents ou de sondes de néphrostomie, détournement des voies urinaires, instrumentalisation récente des voies urinaires) et les comorbidités médicales ou chirurgicales significatives (grossesse, diabète, insuffisance rénale, immunodépression, transplantation rénale). Certaines études canadiennes incluaient également les hommes, les IU récidivantes, la consommation récente d’antibiotiques (dans les trois mois précédents), les infections à germes résistants, les infections acquises à l’hôpital et les symptômes persistants plus de sept jours avant le recours aux soins (23, 26). Les patients diabétiques sont décrits comme à risque augmenté d’IU, avec un faible niveau de preuve, notamment en cas d’évolution longue du diabète, en présence de complications (neuropathie, rétinopathie) et en cas de traitement par insuline ou antidiabétique oraux. Il n’est pas décrit de risque de surmortalité ou de choc septique chez les patients diabétiques (27). Il n’est pas formellement prouvé que le VIH contribue directement à augmenter la fréquence des IU (27). Les FDR de bactériurie décrits sont la charge virale haute. L’association entre taux de CD4 et survenue d’une bactériurie est controversée. Les patients avec lésion médullaire et maladie neurologique (SEP, maladie de parkinson, spina bifida) sont à risque de troubles neurologiques du bas appareil urinaire avec rétention d’urine, elle-même à risque d’infections (28). La population représentée par ces patients est hétérogène et beaucoup ont une SAD où effectuent des sondages intermittents. Ces patients sont eux-mêmes sous-divisés en IU simple ou compliquée (immunodépression, grossesse). Aux Etats-Unis, le référentiel national de prise en charge porte sur les IU simples et ne traite pas des IU à risque de complication (29). Divers experts se sont intéressés plus spécifiquement aux IU à risque de complication (30, 31, 32, 33, 34, 35, 36). Dans ces différentes études, les FDR comprenaient : les anomalies anatomiques ou fonctionnelles des voies urinaires, l’insuffisance rénale, la transplantation rénale, l’immunodépression, le diabète, la préadolescence, la ménopause et la présence d’une bactérie virulente ou résistante (31, 32). Certains auteurs prenaient également en compte dans les IU compliquées : les IU de l’enfant, les infections nosocomiales, les symptômes évoluant depuis plus de sept jours et l’utilisation récente d’antibiotiques. Les IU masculines et les IU sur SAD sont parfois considérées comme compliquées (33, 34). La FDA (Food and Drug Administration) englobe dans les IU compliquées : les infections sur SAD, la présence d'un résidu post-mictionnel supérieur à 100 ml avec vessie neurologique, les rétentions urinaires, y compris par hypertrophie bénigne 8.

(31) de la prostate, les uropathies obstructives (lithiase rénale, fibrose) et les insuffisances rénales chroniques (35). Les pyélonéphrites sans anomalies des voies urinaires sous-jacentes sont parfois considérées comme un sous-groupe de patients avec IU compliquée, ce qui n’est pas le cas pour tous les auteurs (36). Au Mexique, un auteur a effectué une étude rétrospective sur la prise en charge des IU compliquées (37). Celles-ci étaient définies par un FDR sous-jacent : utilisation récente d’antibiotiques, uropathies obstructives, antécédents d’IU, diabète, calculs rénaux, manipulations récentes du tractus urinaire, immunodépression et non réponse au traitement standard. Dans cette étude étaient également comptées parmi les IU compliquées : les pyélonéphrites aigues et emphysémateuses, les abcès rénaux et péri-rénaux, les pyonéphroses, les orchi-épididymites et prostatites aigues. Selon un auteur à Singapour, les IU compliquées étaient définies selon la classification « ORENUC » (38). Au Japon, dans une revue sur les IU compliquées, quatre groupes de patients étaient traités de manière distincte : les patients diabétiques, ceux avec vessie neurologique, les IU sur sonde et les infections en lien avec des calculs urinaires (39). Les patients diabétiques étaient considérés comme présentant des infections plus fréquentes (augmentation proportionnelle à la sévérité du diabète), davantage récidivantes et compliquées (pyélonéphrites, altération de la fonction rénale). La neuropathie y est réputée plus fréquente et favoriserait les dysfonctions vésicales avec trouble de la vidange vésicale. La pyélonéphrite emphysémateuse est une complication sévère décrite comme survenant surtout en cas de diabète non contrôlé (ce facteur étant identifié dans 85 à 100% des cas).. Ainsi, cette revue de la littérature reflète certaines variations dans la définition de la CC d’un pays à l’autre, voire au sein d’un même pays d’un auteur à l’autre. Les facteurs consensuels sont : la grossesse, le sexe masculin, l’immunodépression, l’insuffisance rénale chronique et les anomalies anatomiques ou fonctionnelles des voies urinaires. Les autres facteurs ne faisant pas l’unanimité sont regroupés dans le Tableau 2. En particulier, la France ne comprend pas dans sa définition les patients diabétiques et porteurs de SAD à la différence des autres pays.. 9.

(32) X. Diabète. X. Enfant. X. Sonde urinaire. X. Traitement antibiotique récent Chirurgie récente. X. Echec traitement antérieur. X. X. X. Japon. Mexique. X X. X. X. X. X. X. +/X. X. X. X. X. X. X. X. X. X. +/-. X. +/-. +/-. X. +/-. X. +/-. X. X. +/X. Signes d’infection systémique. Etats-Unis. Canada. Allemagne. +/-. X X. Grèce. Royaume-Uni. Pays-Bas. Italie. Europe Personne âgée. Germes résistants. X. Origine nosocomiale. X. X. Symptômes de plus de 7 jours Ménopause ou préadolescence. +/-. X. +/-. +/-. X. +/X. Tableau 2 - Résumé des principaux facteurs de risque de complication variables selon les pays. La connaissance de ces définitions selon les pays est importante, permettant de mieux interpréter les études épidémiologiques et de comparer les données.. 2.2 Epidémiologie clinique 2.2.1. Incidence des infections urinaires. En France, les IU communautaires seraient le deuxième motif de consultation et de prescription antibiotique en médecine communautaire (40). L’incidence annuelle est estimée à 4 à 6 millions de cas par an. Ces données sont potentiellement sous estimées par le fait que les patientes souffrant de CS ne bénéficient pas systématiquement d’un examen cytobactériologique des urines (ECBU). Cependant, une étude épidémiologique française récente a montré qu’un quart 10.

(33) des IU présumées avaient un ECBU négatif, les IU confirmées seraient donc possiblement surestimées (41). Cette même étude retrouvait une incidence des IU présumées à 3 200 par 100 000 femmes de plus de 18 ans (2 200 pour les CS et 730 pour les CC). Dans une étude italienne sur 13 030 patients consultant en urologie, 1 201 souffraient d’une IU compliquée, soit une prévalence de 10,8% (12). Une enquête téléphonique a été réalisée auprès de 29 754 foyers américains (42). Il était trouvé que 10,8% des femmes âgées de plus de 18 ans avaient eu au moins une IU présumée durant les 12 derniers mois. Cette incidence était plus élevée chez les femmes âgées de 18 - 24 ans (17,5%) que chez celles âgées de 55 - 59 ans (6,5%). Au sein de chaque groupe d’âge, plus de 75% des patientes (et 100% des 45 - 49 ans) avaient déjà cumulé au moins deux épisodes d’IU par le passé. D'autres études retrouvaient, à l'inverse, une augmentation de la prévalence des IU avec l’âge (18). Les IU seraient la première cause d’infection chez les personnes âgées et représenteraient 25% de toutes celles-ci chez les personnes institutionnalisées (40). Concernant les groupes de population particuliers, chez le patient greffé rénal, l’IU serait l’infection la plus fréquente (27). Entre 25 et 47% des patients transplantés auraient une IU symptomatique, avec un risque plus élevé dans la première année suivant la transplantation (27). L’incidence des IU chez les patients avec troubles de la vidange vésicale serait également élevée : dans une étude américaine sur 46 271 patients, 36% auraient eu une IU dans l’année précédente (28). Les infections nosocomiales aux Etats-Unis sont estimées à un million de cas par an, parmi lesquelles 80% seraient liées aux sondes (33). En parallèle, les colonisations urinaires sont fréquentes et pourraient atteindre jusqu’à 50% des femmes âgées vivant en institution, alors que l’incidence est décrite comme faible chez la femme jeune sans FDR (43).. 2.2.2. Epidémiologie clinique des cystites simples et compliquées. Les données d'épidémiologie clinique concernant spécifiquement les CC sont peu nombreuses. Le Tableau 3 propose un résumé des études apportant des éléments d’épidémiologie clinique sur les cystites notamment à risque de complication (âge, sexe, FDR).. 11.

(34) Etude. Population. Répartition IU. Sexe. Age moyen. CS / CC. France. Elkharrat & al, France, 2000 (étude APPUI) (40). 78 services d’urgences. 1 054 IU : 43% cystites CS (femme 15-65 ans, non enceinte, 38% pyélo sans maladie évolutive), CC, pyélo, IU 9% prostatites masculines.. De Mouy & al, France, 2003 (44). 11 laboratoires de ville. 420 souches IU communautaires non répétitives. Femmes 15-65 ans.. Rossignol & al, France, 2012-2013 (41). 538 IU femmes > 18 ans : pyélo, CS, CC (³ 65 ans, diabète, IRC, cancer, anomalie arbre urinaire). Exclusion si institutionnalisation & ATB dans les 7 derniers jours.. 71% femmes. CS : 36,5 ans. 92% parmi les CS CC : 65 ans 72% parmi les Toutes les IU : CC. 46,3 ans. 25% pyélo 35% IU dans les 3 mois précédent. Femmes uniquement.. 15-65 ans uniquement. Femmes uniquement.. 45 ans. 33% CS - 33% CC. Anomalie urogénitale : 9%, SAD 7 jours avant : 6%, grossesse : 11%.. CC : 23% des IU.. 7% IU fébriles 84% : atcd d’IU. CC : 25,6% des cystites.. 7% : ³ 3 IU/an. 25% : > 65ans. Maladie chronique (diabète, IRC, cancer) : 6%, grossesse : 3%, anomalies tractus urinaire : 2%.. Europe 1 936 IU ambulatoires > 16 ans, non institutionnalisés. CC : hommes, IU Katsarolis & al, 15 derniers jours, hospitalisation le Grèce, 2005-2006 (45) mois précédent, diabète, lithiase rénale, SAD.. 24% patients symptomatiques.. Hommes : 15% sur ensemble IU, 45% sur IU compliquées.. 46% IU Simples. Sur l’ensemble des cystites : 11% diabètes, 10% lithiases, 4% SAD ; 2% grossesses.. 12.

(35) Etude. Population. Ferri & al, Italie, 2002 (12). 1 201 IU compliquées ambulatoires (consultation urologie).. Galatti & al (11) Italie, 1999-2002. 35 120 IU dont 20 503 CC. CC : hommes, âge > 50ans, grossesse, diabète, ou diagnostic posé par prescripteur.. Spoorenberg & al, Pays-Bas, 2010 (46). 19 hôpitaux. Médecine interne (71%) & urologie. 1 252 IU compliquées (SAD, hommes, grossesse, anomalies tractus urinaire, ID, IS ou infection systémique) >16 ans, hospitalisés & ambulatoires.. Répartition IU. Sexe. 24% IU fébriles 40,8% récidives chez les femmes. 78% hommes. 96% de cystites. CC : 70% femmes.. Age moyen. 61,7 ans 63% > 55ans. CS : 35 ans CC : 65 ans 50% > 65 ans. CS / CC Chez les femmes : 14% diabètes, 52% cystocèles, 19% calculs urinaires, 12% hystérectomies, 7% antécédent de chirurgie urologique, 4% SAD, 4% vessie neuro et 4% reflux vésico-urétral.. 39% CS. 58% CC.. Comorbidités urologiques : 22,9%, 86,6% IU fébriles.. 59% femmes.. 63 ans. Comorbidités autres : 49% dont diabète : 19%, SAD : 17,2%.. Hors Europe Qiao & al, Chine, 2011 (47). 175 ECBU 18-70 ans : CS, CC ou IU récidivante.. Shigemura & al, Japon, 2004-2010 (48). 858 E. coli IU ambulatoires et hospitalisées : cystite, pyélo, prostatite, épididymite, urétrite.. 72% cystites.. 70,9% femmes.. 55% CS, 21% CC, 24% IU récidivantes.. Toutes les IU : 79% femmes.. 51% IU compliquées.. Tableau 3 : Résumé des études épidémiologiques sur les infections urinaires (IU) : cystites simples (CS) et à risque de complication (CC). (BU : bandelette urinaire, pyélo : pyélonéphrite, ATB : antibiotique, IRC : insuffisance rénale chronique, ID : immunodéprimé, IS : immunosuppresseur). 13.

(36) Ainsi, les données d’épidémiologie clinique sont variées et leur interprétation doit être prudente.. En. effet,. certaines. études. concernent. différents. tableaux. cliniques. d’IU (pyélonéphrites, prostatites, cystites voire colonisations urinaires) tandis que d’autres ne s’intéressent qu’à une entité comme les cystites. Ces IU ne sont par ailleurs pas toutes confirmées par un ECBU positif. Il faut également être vigilant à la définition des IU compliquées proposée par les auteurs, celle-ci comprend parfois les pyélonéphrites (jusqu’à 38% de patients), les patients sondés (entre 4 et 17%), les hommes (entre 30 et 70%) ou encore les personnes âgées. Enfin, le recrutement doit être observé avec précaution, il peut être ambulatoire et/ou hospitalier, peut ne concerner que des patients de moins de 65 ans ou uniquement des femmes. En résumé, dans les CC, l’âge moyen est plus élevé que dans les CS (65 versus 35 ans). Les données sur les FDR de complication sont peu nombreuses : la grossesse représente selon les études entre 2 et 11% des FDR ; les anomalies de l’arbre urinaire entre 2 et 22% (voire jusqu’à 52% de cystocèle lors de recrutement en service d’urologie) ; le diabète entre 11 et 19%, part importante sachant qu’il n’est pas compris dans la définition française. Les données d’épidémiologie bactérienne méritent également d’être analysées.. 2.3 Epidémiologie microbienne De nombreuses études sur l’épidémiologie microbienne des IU ont été réalisées avec possiblement pour nombre d’entre-elles l’inclusion non seulement d’analyses d’IU mais aussi de colonisation. Certaines études ont un recrutement basé sur les ECBU positifs, sans distinction de tableau clinique, de terrain, ni de gravité de l’infection. Des études s’intéressent aux patients ambulatoires (49, 50), d’autres aux patients hospitalisés (51) ou encore aux deux (33, 52). Des données concernent les CS communautaires de la femme jeune (53, 54, 55, 56), tandis que d’autres concernent spécifiquement les IU nosocomiales ou hospitalières (qui ne seront pas détaillées ici) (20, 57, 58, 59). Enfin, certains auteurs se sont intéressés à l’épidémiologie microbienne des IU à risque de complication avec une population davantage hétérogène (12, 44, 45, 47, 60, 61, 62). Le Tableau 4 résume ces différentes études.. 14.