MetaMatch: un algorithme fiable et précis pour l'assignation taxonomique au niveau de l'espèce

Perspectives

Améliorer la vitesse de calcul

Étudier les cohérences/incohérences

taxonomiques morphologie/moléculaire Modèle statistique d'assignation

Étudier la structure de la base (image euclidienne)

MetaMatch: un algorithme fiable et précis pour l'assignation taxonomique au niveau de l'espèce

Jean-Marc Frigerio (1) Philippe Chaumeil (1), Pierre Gay (2), Lenaïg Kermarrec (3,4), Frédéric Rimet (4), Agnès Bouchez (4), and Alain Franc (1)

1INRA, UMR BioGeCo, 33610 Cestas, France, ²Université de Bordeaux 1, 33400 Talence, France.³Asconit Consultants, 66350 Toulouges, France ⁴INRA, UMR CARRTEL, 74200 Thonon-les-Bains,

Obtenir l'inventaire des espèces d'une communauté

MetaMatch:

metaMatch parfait: 0/1 Assignation si correspon-

-dance parfaite entre le read et une partie de la séquence de référence.

metaMatch imparfait

distance reliée au score de l'algorithme de Smith &

Waterman (alignement local)

Assignation si distance < seuil

Dendogramme de classification ascendante hiérarchique sur des distances de Jaccard. Réel: inventaire assemblé à partir de lignées de diatomées connues. M(1-3)_BLAST_11: inventaire obtenu avec Blast (paramètres par défaut, -W 11), M(1-3)_BLAST_130, avec Blast paramètre -W 130. M(1-3)_MetaMatch: distances produites par metaMatch. M(1-3) sont des mélanges en proportions connues de lignées de diatomées.

01,22,43,64,867,28,49,610,8 0,4 0,48 0,56 0,64 0,72 0,8 0,88 0,96

Similarity

M1_BLAST_11 M3_BLAST_11 M2_BLAST_11 M1_MetaMatch M2_MetaMatch

Réel

M3_MetaMatch M3_BLAST_130 M1_BLAST_130 M2_BLAST_130

Spécimens de référence

(Atlas, algothèque, herbier, etc.) Méta-échantillon

(prélèvement environnemental)

Base de références Séquençage massif

1500 entrées 1500 pbs

10⁶ reads

450 pbs

Utilisation des infrastructures

Algorithme très facilement distribuable Implémenté sur :

cluster Avakas du Mésocentre de Bordeaux

(3168 cœurs Intel Xeon X5675) - Ordonnanceur TORQUE+MAUI

Et sur grille EGI, VO France-Grille via l'interface web Dirac et les commandes en ligne Dirac