Résumé : Les infections fongiques sont de plus en plus fréquentes chez les patients hospitalisés en réanimation et leur diagnostic reste difficile.
Objectifs :rapporter le profil de la flore fongique isolée de prélèvements provenant de patients hospitalisés dans les services de réanimation médicale et chirurgicale du CHU Ibn Sina de Rabat entre les années 2001 et 2004.
Méthodes :c’est une étude rétrospective qui a concerné tous les prélèvements mycologiques provenant de malades hospitalisés dans les services concernés par l’enquête. Pour chaque malade inclus, les informations suivantes sont notées : sexe, service d’hospitalisation, nature et nombre de prélèvements, résultats de l’examen direct et de la culture et enfin l’identification de l’agent infectieux.
Résultats :Le nombre de prélèvements adressés au laboratoire par les services de réanimation a triplé entre les années 2001 et 2004 et la différence était statistiquement significative (p=0,01). Les infections fongiques observées sont quasi représentées par les levuroses (98,6%) et plus particulièrement les candidoses (94,3%). Plus des deux tiers (71,8%) des prélèvements urinaires étaient positifs, a l’inverse des hémocultures avec 4,4% de positivité. Les infections urinaires étaient principalement causées par Candida albicans (45,5%), C.tropicalis (15,6%) et C. glabrata (6,5 %). Pour ce qui est des autres prélèvements, la flore est de loin dominée par C. albicans (84,7 %).
Conclusion :la flore fongique isolée auprès des malades hospitalisés en réanimation est représentée essentiellement par le genre Candida avec les trois espèces principales : C. albicans qui reste prédominante suivie de C. tropicalis et de C. glabrata.
Mots-clés :flore fongique et réanimation.
Profil de la flore fongique isolée dans des services de réanimation
Profile of the fungal flora isolated from intensive care services
L Zougaghi, S Aoufi, B Ghfir, A Moustachi, A Agoumi.
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Abstract :The fungal infections are more and more frequent among the patients hospitalized in intensive care services and their diagnosis remained difficult.
Objectives :to return the profile of the fungal flora isolated of withdrawals coming from patients hospitalized in the services of medical and surgical intensive care of the hospital Ibn Sina of Rabat between the years 2001 and 2004.
Methods :it is a retrospective survey that concerned all cases of mycosis collected in the services concerned by the investigation.
For every patient included, the following information are noted: sex, service of hospitalization, nature and number of withdrawals, results of the direct exam and the culture and finally the identification of the infectious agent.
Results :The number of addressed withdrawals to the laboratory by the services of resuscitation tripled between the years 2001 and 2004 and the difference was statistically meaningful (p=0.01). The observed fungal infections are almost represented by the levuroses (98.6%) and more especially the candidoses (94.3%). More of the two third (71.8%) some urinary withdrawals were positive, has the inverse of the hemocultures with 4.4% of positivity. The urinary infections were caused mainly by Candida albicans (45.5%), C. tropicalis (15.6%) and C. glabrata (6.5%). For what is other withdrawals, flora is dominated from afar by C.
albicans (84.7%).
Conclusion :the fungal flora isolated by the patients hospitalized in resuscitation is essentially represented by the kind Candida with the three main cash: C. albicans that remains predominant consistent of C. tropicalis and C. glabrata.
Key-words :Fungal flora, Intensive care.
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Tiré à part :L. Zougaghi : Laboratoire de parasitologie mycologie hôpital Ibn Sina Rabat - Maroc E-mail : Laila.zougaghi@menara.com
Introduction
L’incidence des infections fongiques, en particulier systémiques a augmenté considérablement ces vingt dernières années, elle est marquée par la grande diversité des agents isolés [1].
Etant donné les facteurs de risque bien connus de ces atteintes (antibiothérapie prolongée, cathéter, neutropénie, chirurgie digestive…), les services d’onco-hématologie et de réanimation sont les plus concernés [2-3].
En effet, le développement d’une mycose invasive est une complication hospitalière particulièrement redoutée en raison d’une mortalité dominante, comparable à celle du choc septique. De plus, ces mycoses invasives représentent actuellement 10 à 15% des infections nosocomiales et sont responsables d’un allongement de la durée de séjour à l’hôpital et d’une augmentation de la charge en soins [1,4].
Le but de ce travail est d’étudier les champignons isolés à partir de prélèvements provenant des services de réanimation médicale et chirurgicale de l’hôpital Ibn Sina de Rabat entre les années 2001 et 2004.
Matériel et méthodes
La présente étude rétrospective a concerné tous les prélèvements mycologiques provenant de malades hospitalisés dans les services de réanimation médicale et chirurgicale de l’hôpital Ibn Sina de Rabat, durant une période de quatre ans, entre le 1er janvier 2001 et le 31 décembre 2004.
Ce travail a exploité les données rapportées sur les registres tenus à jour au laboratoire de parasitologie- mycologie de l’hôpital Ibn Sina de Rabat.
Pour chaque malade inclus dans l’étude une liste de renseignements a été dressée comportant les informations suivantes : sexe, service d’hospitalisation, nature et nombre de prélèvements, résultats de l’examen direct et de la culture et enfin l’identification de l’agent infectieux.
Les produits pathologiques ont été traités en deux étapes : l’examen direct, qui s’est intéressé à l’analyse du produit pathologique avec observation directe à frais ou après coloration (PAS, Gram, MGG) et la culture systématique de ce produit dans trois milieux (Sabouraud simple, Sabouraud additionné de chloramphénicol et Sabouraud additionné de cyclohéximide). Un prélèvement est considéré positif devant la mise en évidence d’un champignon aussi bien à l’examen direct qu’au niveau de la culture quand il s’agissait d’un prélèvement superficiel,
Les prélèvements profonds sont considérés positifs si l’examen direct et/ou la culture sont positifs.
L’isolement et l’identification des éléments fongiques se
sont basés sur l’observation des cultures (examen macroscopique et examen microscopique). Le test de filamentation et l’utilisation des tests d’assimilation des sucres ont permis de compléter l’identification des levures.
Sur le plan statistique, les variables qualitatives ont été exprimées en nombre et en pourcentage et ont été ensuite comparées à l’aide du test de Chi 2 ou par le test exact de Fisher si les effectifs étaient faibles. Le seuil de significativité était retenu pour p < 0,05.
Résultats
La présente étude a comptabilisé 367 prélèvements mycologiques appartenant à 197 patients.
Le sex-ratio était de 1,03 (100 hommes et 97 femmes) p = 0,7 (non significatif).
La majorité des produits à analyser soit 85% (n = 311) du total provenait du service de réanimation médicale versus 15% (n = 56) pour la réanimation chirurgicale (p < 0,0001).
Le nombre de prélèvements adressés au laboratoire par ces deux services a triplé entre les années 2001 et 2004 et la différence était statistiquement significative (p = 0,01) (figure 1).
Les prélèvements pathologiques étaient très variés avec prédominance des prélèvements urinaires et sanguins : 31,9% et 30,8% respectivement (tableau I).
La majorité des produits pathologiques à analyser provenaient de sites profonds (95,6% n=351) : l’examen direct était positif dans 32,2% des cas (n=118), la culture l’était dans 38,4% des cas (n=141), la différence n’était pas statistiquement significative p>0,05.
Les infections fongiques observées sont quasi représentées Répartition du nombre des prélèvements en fonction
des années Figure1
par les levuroses (98,6 % n = 139) et plus particulièrement les candidoses (94,3 % n = 133).
La figure 2, représente la répartition des différentes espèces de Candida retrouvées dans les produits pathologiques examinés.
En dehors de Trichosporon sp. isolé cinq fois, cryptococcus neoformans et géotrichum sp. isolés une fois chacun, sept espèces du genre candida ont été identifiées : il s’agit de candida albicans (49,6 % n = 66), C. tropicalis (14,3 % n
= 19), C.parapsilosis (4,5% n = 6), C. glabrata (3,75 % n = 5), C .krusei (2,25% n = 3), C.kefyr (1,5 % n = 2) et C.dubiliensis (0,75 % n = 1), sachant que trente et une levures du genre Candida n’ont pas bénéficié d’un test pour l’identification de l’espèce.
Plus des deux tiers (71,8% n = 83) des prélèvements urinaires étaient positifs, à l’inverse des hémocultures avec seulement 4,4% de positivité (tableau I).
Les résultats en rapport avec la nature de la flore fongique isolée, figurent dans le tableau II. Les infections urinaires étaient principalement causées par C.albicans (45,8 %), C. tropicalis (14,5%) et C. glabrata (6 %). Pour ce qui est des autres prélèvements, la flore est de loin dominée par C. albicans (84,7%).
Discussion
La présente étude a intéressé 197 patients pour la plupart Nature du prélèvement Total de Prélèvements
prélèvements positifs
Urine 31,9% (n=117) 71% (n=83)
Sang 30,8% (n=113) 4,4% (n=5)
PDP 11,4% (n=42)
Cathéter 10,1% (n=37) 10,8% (n=4)
LCR 4,4% (n=16) 6,25% (n=1)
Muqueuse buccale 2,7% (n=10) 70% (n=7 Muqueuse vaginale 2,2% (n=8) 100% (n=8)
Liquide pleural 1,1% (n=4) 0% (n=0)
Liquide péripancréatique 1,1% (n=4) 50% (n=2)
Crachats 0,8% (n=3) 100% (n=3)
Pus 0,8% (n=3) 33,3% (n=1)
Ongles 0,8% (n=3) 100% (n=3)
LBA 0,5% (n=2) 50% (n=1)
Liquide péritonéal 0,5% (n=2) 50% (n=1)
Selles 0,5% (n=2) 50% (n=1)
Biopsie gastrique 0,3% (n=1) 100% (n=1)
Total 100% (n=367) 38,4% (n=141)
Tableau I
LCR : Liquide céphalo-rachidien, PDP : Prélèvement distal protégé, LBA: Lavage broncho-alvéolaire
Répartition des différentes espèces de Candida isolées tous prélèvements confondus : (n=133)
Tableau II
LCR: Liquide céphalo-rachidien, PDP: Prélèvement distal protégé, LBA: Lavage broncho-alvéolaire
Répartition des prélèvements en fonction de leur nature et leur résultat
Figure 2
Répartition de la flore fongique isolée des différents prélèvements :
hospitalisés en réanimation médicale. Ce résultat n’est pas classique, puisqu’un grand nombre d’études mettent l’accent sur la grande fréquence des mycoses profondes chez les malades hospitalisés en réanimation chirurgicale [1,5].
L’explication résiderait probablement dans le fait que les médecins en réanimation chirurgicale instaurent le traitement antifongique systématique devant la non amélioration clinique sous antibiothérapie.
Le nombre de prélèvements mycologiques des malades analysés a triplé entre les années 2001 et 2004. Ceci démontre l’intérêt croissant des médecins pour les mycoses profondes qui génèrent une morbidité et une mortalité considérables et un surcoût financier très lourd pour l’hôpital [1, 6].
Entre les années 2001 et 2004, 367 prélèvements mycologiques ont été analysés et un peu plus du tiers était positif.
Pour les sites profonds, l’examen direct était positif dans 32,2% des cas (n=118), la culture l’était dans 38,4% des cas (n=141), en effet, l’examen direct est primordial car la mise en évidence d’éléments fongiques (levures ou filaments) au sein d’un prélèvement profond affirme le diagnostic de mycose. Pour les autres types de prélèvements, seule une confrontation entre les données de l’examen direct et de la culture permettre de distinguer contamination aérienne lors du prélèvement, colonisation et infection [1].
Le genre candida était isolé dans la presque totalité des prélèvements (94,3%). L’espèce retrouvée dans près de la moitié des cas est le candida albicans. Il s’agit de la levurose la plus représentée dans les unités de soins intensifs au CHU de Rabat. Notons cependant que les autres espèces candidosiques peuvent constituer dans certaines études prés de 70% des souches isolées [2,7,8].
L’émergence des souches de candida non albicans varie en fonction du type de population étudiée, mais également en fonction de facteurs géographiques : une prédominance de candida non albicans existe en Amérique Latine, sur la cote Ouest des Etats Unis, alors que candida albicans reste majoritaire sur la côte Est des Etats Unis, au Canada et en Europe [2,12].
Ainsi, il serait utile que des études multicentriques fassent la lumière sur le phénomène des mycoses émergentes au Maroc en prenant soin de multiplier les prélèvements dans différents services et hôpitaux car il existe des variations inter-régionales et inter-hospitalières très importantes.
Egalement, l’attention doit se porter sur l’existence probable de candidoses polymicrobiennes associant plusieurs espèces du genre candida.
Parmi les 113 hémocultures réalisées sur milieu Brain Heart « bactériologique », cinq étaient positives. Les hémocultures qui, bien que très décriées en raison de leur faible sensibilité (40 à70%), permettent un diagnostic de
certitude (spécificité 100%) [9]. Cette sensibilité peut être améliorée par le recours à des milieux fongiques adaptés [10].
La levururie était positive dans 71% des cas, elle était à prédominance candidosique. Ce résultat est en accord avec celui obtenu dans certaines études américaines qui mettent l’accent sur le fait que les unités de réanimation représentent un milieu à très haut risque de colonisation des urines par une levure [11].
La signification diagnostique de la candidurie est controversée : colonisation, infection ou simple contamination lors du prélèvement ? De même, les décisions thérapeutiques qui en découlent ne sont pas codifiées, faute d’informations claires sur l’histoire naturelle et le risque d’infection disséminée ultérieure.
Ces infections urinaires étaient principalement causées par C albicans (45,8 %), C. tropicalis (14,5%) et C.
glabrata (6%), mais aussi dans des proportions moindres : C. krusei, C.kefyr et C.parapsilosis. Ce résultat rejoint celui de Chabasse et col qui retrouvent parmi 133 levures isolées des urines, 49% représentées par C.albicans [13]
confirmant la prédominance de ce dernier dans ces infections, avec une augmentation parallèle des autres Candida non albicans, ces derniers peuvent poser des problèmes thérapeutiques difficiles [2,14,15].
Concernant les autres sites anatomiques, il a été remarqué un faible nombre de prélèvements de la muqueuse buccale et des selles, en effet ces localisations représentent la porte d’entrée des candida en milieu de réanimation. Ce constat pourrait être expliqué par la prise en charge de la mycose en dehors de toute analyse mycologique.
Par ailleurs, il serait utile de pratiquer chez tous les malades de réanimation des prélèvements de plusieurs sites superficiels et profonds afin d’établir un indice de colonisation par les levures et pouvoir prédire la survenue d’une mycose profonde d’origine endogène ou nosocomiale.
Conclusion
Dans les services de réanimation médicale et chirurgicale de l’hôpital Ibn Sina, la flore fongique isolée à partir de prélèvements provenant de malades hospitalisés en réanimation est représentée essentiellement par le genre Candida avec les trois espèces principales : C. albicans qui reste prédominante suivie de C .tropicalis et de C. glabrata.
Au terme de cette étude, force est de constater qu’il est nécessaire :
- d’effectuer d’autres études pour établir la liaison clinico-biologique concernant les infections fongiques et leur signification pathologique afin de mieux codifier la prise en charge prophylactique et thérapeutique de ces patients à haut risque.
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pouvoir ainsi alerter en cas d’émergence de souches de sensibilité réduite ou d’épidémies.
