Gestion des ressources halieutiques du Haut-Maroni : impacts des pratiques de pêche et des traits d'histoire de vie des espèces sur la diversité génétique intra et inter-populations

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Submitted on 14 Oct 2020

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impacts des pratiques de pêche et des traits d’histoire de vie des espèces sur la diversité génétique intra et

inter-populations

Chrystelle Delord

To cite this version:

Chrystelle Delord. Gestion des ressources halieutiques du Haut-Maroni : impacts des pratiques de pêche et des traits d’histoire de vie des espèces sur la diversité génétique intra et inter-populations.

Biodiversité et Ecologie. Agrocampus Ouest, 2019. Français. �NNT : 2019NSARH107�. �tel-02966951�

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T HESE DE DOCTORAT DE

AGROCAMPUSOUEST RENNES COMUE UNIVERSITE BRETAGNE LOIRE

ECOLE DOCTORALE N°600

Ecole doctorale Ecologie, Géosciences, Agronomie et Alimentation Spécialité : Ecologie et évolution

Gestion des ressources halieutiques du Haut-Maroni :

,PSDFWGHODSUHVVLRQGHSrFKHHWGHVWUDLWVG¶KLVtoire de vie des espèces sur la diversité génétique intra- et interpopulations

Thèse présentée et soutenue à Rennes, le 13 février 2019

Unité de recherche : UMR Ecologie et Santé des Ecosystèmes, INRA/Agrocampus Ouest, Rennes Thèse N° : 2019-3 H-107

Par

Chrystelle DELORD

Rapporteurs avant soutenance :

Carole Kerdelhue Directrice de recherche ± Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (INRA) Simon Blanchet Directeur de recherche ± Laboratoire d'Ecologie Théorique et Expérimentale (CNRS) Composition du Jury :

Président : Yannick Outreman Professeur ± Institut de génétique environnement et protection des plantes (Agrocampus Ouest)

Examinateurs : Etienne Bezault Chargé de recherche ± Laboratoire de biologie marine (Université des Antilles)

Dir. de thèse : Pierre-Yves Le Bail Directeur de recherche ± Laboratoire de physiologie et de génomique des poissons (INRA)

Co-dir. de thèse : Sophie Launey Chargée de recherche ± UMR Ecologie et santé des écosystèmes (INRA) Jean-Marc Roussel Directeur de recherche ± UMR Ecologie et santé des écosystèmes (INRA) Invité(s)

Régis Vigouroux Directeur adjoint du Laboratoire Environnement de Petit-Saut, Hydreco Guyane SARL

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!

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Remerciements

On entend souvent dire que la thèse est une entreprise solitaire. Pourtant, je me suis rarement sentie moins seule que durant ces trois années (et des poussières !) passées aux côtés de toutes les personnes qui ont mûri, porté et soutenu ce projet depuis ses débuts͘ĞƐƉĞƌƐŽŶŶĞƐƐŽŶƚŶŽŵďƌĞƵƐĞƐĞƚũ͛ĞƐƉğƌĞ͕

à la lecture de ces remerciements, quĞ ĐŚĂĐƵŶĞ Ě͛ĞŶƚƌĞ ĞůůĞƐ ƉŽƵƌƌĂmesurer ů͛ĂŵƉůĞƵƌ ĚĞ ŵĂ reconnaissance.

Avant toute chose, je tiens à remercier les rapporteurs et examinateurs de mon jury : Carole

<ĞƌĚĞůŚƵĞ͕^ŝŵŽŶůĂŶĐŚĞƚ͕ƚŝĞŶŶĞĞǌĂƵůƚĞƚzĂŶŶŝĐŬKƵƚƌĞŵĂŶ͕Ě͛ĂǀŽŝƌĂĐĐĞƉƚĠĚ͛ĠǀĂůƵĞƌĐĞ travail.

DĞƌĐŝăĂƌŽůĞĞƚ^ŝŵŽŶĚ͛ĂǀŽŝƌƉĂƐƐĠ ƵŶĞ ƉĂƌƚŝĞ ĚĞůĞƵƌƐĐŽŶŐĠƐ ĚĞ ĨŝŶĚ͛ĂŶŶĠĞăůŝƌĞůĞƉƌĠƐĞŶƚ manuscrit ! Merci, à vous tous, de vos ĐŽŶƐĞŝůƐĞƚƐƵŐŐĞƐƚŝŽŶƐƋƵŝŵĞƐĞƌŽŶƚĚ͛ƵŶĞŐƌĂŶĚĞĂŝĚĞƉŽƵƌůĞ travail de valorisation à venir.

A présent, je souhaite remercier vivement mes encadrants pour leur présence à mes côtés ũƵƐƋƵ͛ă ů͛ĂďŽƵƚŝƐƐĞŵĞŶƚĚĞĐĞƚƚĞƚŚğƐĞ͘:͛ĂŝĞƵůĂĐŚĂŶĐĞĚĞďĠŶĠĨŝĐŝĞƌĚ͛ƵŶĞŶĐĂĚƌĞŵĞŶƚďŝ-‐partite dans le cadre de cette thèse CIFRE͕ ƋƵŝ Ɛ͛ĞƐƚ ĐŽŶĚƵŝƚĞ ĞŶ ĐŽůůĂďŽƌĂƚŝŽŶ ĞŶƚƌĞ ů͛/EZ Ğƚ ůĞ ďƵƌĞĂƵ Ě͛ĠƚƵĚĞ Hydreco Guyane (Laboratoire Environnement de Petit Saut à Kourou). A ce titre, je remercie mes encadrants scientifiques Pierre-‐Yves Le Bail, Sophie Launey et Jean-‐Marc Roussel ĚĞŵ͛ĂǀŽŝƌĂĐĐŽƌĚĠ leur confiance, ũƵƐƋƵ͛ĂƵďŽƵƚŵĂůgré les dernières semaines un peu difficiles : Pierre-‐Yves, merci pour ton calme et ta patience indéfectibles qui ont permis aux deux esprits têtus que nous sommes de trouver un ƚĞƌƌĂŝŶĚ͛ĞŶƚĞŶƚĞ à chacune de nos réunions animées. Sophie, merci pour ta douceur et ta bienveillance ƋƵŝŵ͛ŽŶƚƚŽƵũŽƵƌƐƌĂƉƉĞůĠŵŽŶĚƌŽŝƚăů͛ĞƌƌĞƵƌ et ƉĞƌŵŝƐĚ͛ĂƐƐƵŵĞƌĂŝŶƐŝŵĞƐŵŽŵĞŶƚƐ de doute. Jean-‐DĂƌĐ͕ŵĞƌĐŝƉŽƵƌƚĂƌŝŐƵĞƵƌĞƚƚĂƉĞƌƐƉŝĐĂĐŝƚĠƋƵŝŵ͛ŽŶƚƌĠŐƵůŝğƌĞŵĞŶƚĂŝĚĠĞăƉƌĞŶĚƌĞ du recul et rester réaliste͘:͛ĂĚƌĞƐƐĞƵŶgrand merci également à mon encadrant technique, Régis sŝŐŽƵƌŽƵǆ͘ ZĠŐŝƐ͕ ũ͛Ăŝ ƚŽƵũŽƵƌƐ ƐĞŶƚŝ, au cours de ces trois années, ton regard à la fois discret et ďŝĞŶǀĞŝůůĂŶƚƐƵƌŵŽŶƚƌĂǀĂŝů͘DĞƌĐŝĚĞŵ͛ĂǀŽŝƌƚŽƵũŽƵƌƐĨĂŝƚĐŽŶĨŝĂŶĐĞĞƚĚĞŵ͛ĂǀŽŝƌƉĞƌŵŝƐĚ͛ĂǀĂŶĐĞr à mon rythme avec optimisme. DĞƌĐŝăƚŽŝĚĞů͛ĠŶĞƌŐŝĞƋƵĞƚƵĂƐŝŶǀĞƐƚŝĞƉŽƵƌŵĞƉĞƌŵĞƚƚƌĞĚ͛ĞĨĨĞĐƚƵĞƌ ĐĞƚƚĞƚŚğƐĞƐŽƵƐĐŽŶƚƌĂƚ/&Z͘:ĞƚĞƌŵŝŶĞƌĂŝĞŶƌĞŵĞƌĐŝĂŶƚĂŝŶƐŝĠŐĂůĞŵĞŶƚů͛ƐƐŽĐŝĂƚŝŽŶEĂƚŝŽŶĂůĞĚĞ Recherche et de Technologie (ANRT) pour avoir contribué à ma rémunération.

ĞƚƌĂǀĂŝůĚĞƚŚğƐĞŶ͛ĂƵƌĂŝƚƉĂƐƉƵǀŽŝƌůĞũŽƵƌƐĂŶƐů͛ĞŶƐĞŵďůĞĚĞƐĂĐƚĞƵƌƐĚƵWĂƌĐŵĂǌŽŶŝĞŶĚĞ 'ƵǇĂŶĞ;W'Ϳ͕ŝŶŝƚŝĂƚĞƵƌĚƵWƌŽŐƌĂŵŵĞWġĐŚĞĞƚĂƉƉƵǇĠĠŐĂůĞŵĞŶƚƉĂƌůĂ>Ğƚů͛KĨĨŝĐĞĚĞů͛ĂƵĚĞ ůĂ'ƵǇĂŶĞ͘:ĞƌĞŵĞƌĐŝĞƚŽƵƚĚ͛Ăbord Raphaëlle Rinaldo, responsable scientifique du PAG, pour avoir mené le pilotage administratif et technique de ce projet de grande envergure. Un grand merci également à Guillaume Longin, qui non-‐ĐŽŶƚĞŶƚ Ě͛ĂǀŽŝƌ ďƌŝůůĂŵŵĞŶƚ ŵĞŶĠ ĚĞ ĨƌŽŶƚ ƐŽŶ ƉŽƐƚĞ ĚĞ chargé biodiversité au PAG et son stage de fin de Master (clôturant ainsi deux des trois grands volets du Programme Pêche), a également toujours su répondre avec efficacité à mes questions. Guillaume, ta connaissance extrêmement poussée des réalités sociales ĞƚŐĠŽŐƌĂƉŚŝƋƵĞƐĚĞŶŽƚƌĞĂŝƌĞĚ͛ĠƚƵĚĞ ĐŽŵŵƵŶĞŵ͛ĂĠƚĠĚ͛ƵŶƚƌğƐŐƌĂŶĚƐĞĐŽƵƌƐ͘

Je ne saurais oublier les nombreux autres employés du PAG qui ont joué un rôle déterminant dans la constitution du jeu de données utilisé dans cette thèse. Je remercie ainsi tous les référents PAG, habitants des villages Amérindiens et Boni du Haut-‐Maroni, qui ont assuré la mise en relation quotidienne entre les personnes mobilisées sur le terrain et les pêcheurs. A tous, un très grand merci Ě͛ĂǀŽŝƌ ƉĂƌƚĂŐĠ ǀŽƚƌĞ quotidien durant toutes les campagnes de collecte de matériel biologique :

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Kutaka Aïtalé, Palanaïwa Alikana, Sébastien Amaïpetit (pour ta bonne humeur et les virées tardives au Chinois), Moloko Atuwaïke, Alfred Djaba, Kalou, Janakalé Makiloewala (pour ta pêche miraculeuse et ta superbe cuisine), Pitoma Mekouanali, Kuliwaïkë Menali, Marc Pinson, Mones Tokotoko, Hervé Tolinga et Etulano Yamo. Une pensée très émue pour Rastaman et Raymond Essimon ainsi que leurs proches. Merci à toutes les autres personnes employées au PAG͕ă,ǇĚƌĞĐŽ'ƵǇĂŶĞ͕ăů͛/EZŽƵĂƵ DE,' ƋƵŝ ŽŶƚ ĠƚĠ ŵŽďŝůŝƐĠĞƐ ƉŽƵƌ ůĞƐ ĐĂŵƉĂŐŶĞƐ ĚĞ ĐŽůůĞĐƚĞ͘ Ŷ ŽƵƚƌĞ͕ ũ͛ĂĚƌĞƐƐĞ ƚŽƵƚĞ ŵĂ reconnaissance aux pêcheurs des villages du Haut-‐Maroni et à leurs familles ƋƵŝĨŽŶƚƉƌĞƵǀĞĚ͛ƵŶĞďŝĞŶ grande patience vis-‐à-‐vis de tous ces visiteurs déambulant jour après jour.

Les échantillons biologiques récoltés sur le Haut-‐Maroni ont été traités (extraction, quantification et ĚŝůƵƚŝŽŶƐ Ě͛EͿ ĞŶ ůĂďŽƌĂƚŽŝƌĞ ĂǀĞĐ ůĞ ĐŽŶĐŽƵƌƐ ƉƌĠĐŝĞƵǆ Ě͛ĚƌŝĞŶ KŐĞƌ͕ ŶŶĞ-‐Laure Besnard et Thibaut Jousseaume. Merci à tous les trois du temps passé à me former et ŵ͛aider, toujours dans la bonne humeur malgré les quelques frayeurs et casses-‐tête rencontrés ;ƉĞƚŝƚ ĐůŝŶ Ě͛ƈŝů ƐƉĠĐŝĂů Pherastar à Anne-‐Laure !). De même, je remercie la plateforme Génome-‐Transcriptome de Pierroton, ƋƵŝ Ă ĞĨĨĞĐƚƵĠ ƚŽƵƚĞ ůĂ ƉƌŽĐĠĚƵƌĞ ĚĞ ŐĠŶŽƚǇƉĂŐĞ͕ ĚĞ ŵ͛ĂǀŽŝƌ ĂĐĐƵĞŝůůŝĞ ĚĂŶƐ ƐĞƐ ůŽĐĂƵǆ ƉŽƵƌ ŵĞ ŵŽŶƚƌĞƌůĞĨŽŶĐƚŝŽŶŶĞŵĞŶƚĚĞůĂƐƉĞĐƚƌŽŵĠƚƌŝĞĚĞŵĂƐƐĞDĂƐƐƌƌĂǇĞƚŵĞĨŽƌŵĞƌăů͛ĂŶĂůǇƐĞĚĞƐ données brutes. Erwan Guichoux, Adline Delcamp, Emilie Chancerel et Marie Massot, je suis heureuse de vous avoir apporté un peu de poisson parmi votre multitude de plantes.

ĞƚƌĂǀĂŝůĚĞƚŚğƐĞŶ͛ĂƵƌĂŝƚƉĂƐƉƵaboutir sans une première étape décisive : le développement de ressources moléculaires. A ce titre, je souhaite remercier vivement Eric Petit pour la conception et le pilotage du projet inter-‐équipes « RAD4SNPs », qui a abouti à la mise au point de marqueurs SNP pour ƉůƵƐŝĞƵƌƐĞƐƉğĐĞƐĠƚƵĚŝĠĞƐĂƵƐĞŝŶĚĞů͛hDZ͕ǇĐŽŵƉƌŝƐďŝĞŶĞŶƚĞŶĚƵŶŽƐĐŚĞrs poissons de Guyane.

Merci Eric, pour ton pragmatisme et ta façon de détecter puis signaler, toujours avec justesse, pertinence et sans détours, les failles de raisonnement ou autres fausses routes qui ont pu être ŵŝĞŶŶĞƐ͘:͛ĞƐƉğƌĞĂĐƋƵĠƌŝƌƵŶũŽƵƌůĞƌĞcul impressionnant que tu possèdes sur le paysage bigarré de la génétique des populations. Venons-‐en à tout le développement pratique de « RAD4SNPs » ! Un très, très grand merci à Gilles Lassalle, alias « Le Hibou ͕ͩĞƚďŝŽŝŶĨŽƌŵĂƚŝĐŝĞŶĚĞƐŽŶŵĠƚŝĞƌ͙ŽƵƉƐ, que dis-‐

je, biologiste ET informaticien ͊ YƵĞ Ŷ͛ĂƵƌĂŝƐ-‐je fait sans ton aide, Gilles, bien des choses. Les connaissances ƋƵĞũ͛Ăŝacquises grâce à toi ƋƵĂŶƚĂƵǆůŽŐŝĐŝĞůƐĚĞŐĠŶŽŵŝƋƵĞ͕ů͛ĞŶǀŝƌŽŶŶĞŵĞŶƚ>ŝŶƵǆ et la programmation Python ont déclenché chez mŽŝƵŶŝŶƚĠƌġƚƉŽƵƌůĞƐƵũĞƚăƵŶŶŝǀĞĂƵƋƵĞũĞŶ͛ĂƵƌĂŝƐ pas soupçonné, qui avais toujours été si effrayée par les ordinateurs. Merci pour ces longues heures ƉĂƐƐĠĞƐ ă ƐĞ ďƌƸůĞƌ ůĞƐ ŶĞƵƌŽŶĞƐ ă ĚĞƵǆ ĚĞƌƌŝğƌĞ ŶŽƚƌĞ ĠĐƌĂŶ͘ DĞƌĐŝ ĚĞ ŵ͛ĂǀŽŝƌ ĨŽƌĐée͙euh, encouragée à me réinscrire pour passer mon permis de conduire.

Je remercie également les personnes ƋƵŝŵ͛ŽŶƚĨĂŝƚďĠŶĠĨŝĐŝĞƌĚĞůĞƵƌintérêt et de leur expertise tout au long de cette aventure queůůĞƋƵ͛ĞŶƐŽŝƚů͛ĠƚĂƉĞ͗ƌŝĐWĞƚŝƚ͕KůŝǀŝĞƌ>ĞƉĂŝƐ͕ZĂƉŚĂģůŽǀĂŝŶ, Ivan Paz-‐

Vinas, Jérôme Prunier, Simon Blanchet, Quentin Rougemont, Guillaume Evanno, Damien Fourcy, Louis de Beaufort, Guy Fontenelle, Sébastien Brosse et tous ceux que je ne peux pas citer ici mais que je Ŷ͛ŽƵďůŝĞƉĂƐ. Je remercie chaleureusement Oscar Gaggiotti, du Scottish Oceans Institute͕ĚĞŵ͛ĂǀŽŝƌ ĂĐĐƵĞŝůůŝĞĚĂŶƐƐŽŶĠƋƵŝƉĞĚƵƌĂŶƚƚƌŽŝƐŵŽŝƐĞŶĐŽƐƐĞĞƚĚĞŵ͛ĂǀŽŝƌapporté son expertise concernant ů͛ƵƚŝůŝƐĂƚŝŽŶĚĞƐƐŝŵƵůĂƚŝŽŶƐĞŶŐĠŶĠƚŝƋƵĞĚĞƐƉŽƉƵůĂƚŝŽŶƐ͘DĞƌĐŝăDĂƌŝĞ>ŽƵŝƐĞƚŵŵĂĂƌƌŽůůƉŽƵƌ leur gentillesse et leur soutien au cours de séjour. Par ailleurs, j͛ĂŝĞƵůĂĐŚĂŶĐĞĚ͛ĞĨĨĞĐƚƵĞƌĐĞƐĠũŽƵƌ dans le cadre du programme EIR-‐ƉƌŽƉŽƐĠƉĂƌůĞĐŽŶƚŽƌƐŝƵŵŐƌĞĞŶŝƵŵ͕ƋƵŝŵ͛ĂƉĞƌŵŝƐĚĞďĞůůĞƐ rencontres avec de nombreux chercheurs et doctorants.

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Merci à tous mes collègues des UMR ESE et U3E. Un grand merci à Gervaise Février, Marie-‐Thérèse Delaroche et Jessica Vincent de leur titanesque ƚƌĂǀĂŝůĚ͛ĂĚŵŝŶŝƐƚƌĂƚŝŽŶ : les choses iraient bien de travers sans vous ! Jessica, grâce à toi je ramènerai même chez moi une nouvelle amie à mauvais caractère et longues moustaches. Merci ă'ŝůůĞƐDĂƵďĞƌƚ͕ĂĚŵŝŶŝƐƚƌĂƚĞƵƌƌĠƐĞĂƵ͕Ě͛ĂǀŽŝƌƚŽůĠƌĠŵĞƐ ŝŶĨŝĚĠůŝƚĠƐ ă tŝŶĚŽǁƐ Ğƚ Ě͛ġƚƌĞconstamment resté disponible pour faire face à mes déboires informatiques. Merci à tous ĐĞƵǆ ƋƵŝ ŵ͛ŽŶƚ ĞŶƚŽƵƌĠĞ ĂƵ ƋƵŽƚŝĚŝĞŶ͘ DĂƌĐ ŽůůŝŶĞƚ͕ ƚĞƐ ĐƌŽĐƐ ƌŽƐĞƐ ĨƵƐŚŝĂ͕ ƚĂ ƐĞƌǀŝĂďŝůŝƚĠ ĞƚƚŽŶ ŽƵǀĞƌƚƵƌĞ Ě͛ĞƐƉƌŝƚ ƌĞƐƚĞƌŽŶƚ ůŽŶŐƚĞŵƉƐ ĚĂŶƐŵĂŵĠŵŽŝƌĞ ĐŽŵŵĞ ƵŶ ǀĠƌŝƚĂďůĞ ŵŽĚğůĞ ĚĞ ǀŝĞ͘ >ĞƐ ĐĂĨĠƐ ĚĞ ůĂ ƉĂƵƐĞ ĚĞ ϴ͗ϬϬ ŵ͛ŽŶƚ ĚŽŶŶĠ ĐƈƵƌ ă ů͛ŽƵǀƌĂŐĞ ũƵƐƋƵ͛ă la (presque) toute fin (eh oui, le lever pouvait alors devenir plus difficile ;-‐) !). Merci à Clarisse, Anne et Aurélie de leur gentillesse. Merci Clarisse, pour ton soutien sans faille y compris durant les phases les plus critiques. Tu as beaucoup contriďƵĠăŵĞĨĂŝƌĞǀŽŝƌůĞƐĐŚŽƐĞƐĚĞŵĂŶŝğƌĞƉůƵƐƉŽƐŝƚŝǀĞůŽƌƐƋƵ͛ŝůůĞ fallait et tu en auras toujours toute ma reconnaissance. Merci à toutes celles et ceux que je ne cite pas, ŵĂŝƐƋƵĞũĞŶ͛ŽƵďůŝĞƉĂƐƉŽƵƌĂƵƚĂŶƚ !

Je remercie tous les compagnons de galères qui ont partagé avec moi le « bureau des thésards »/« garde-‐manger officiel du bâtiment 33 » au cours de ces trois années : Lucie, Pierre-‐Loup,

&ĂŶŶǇ͕:ƵůŝĞŶ͕ŚŵĞĚĞƚĠĐŝůĞ͘ĞƌƚĂŝŶƐĚ͛ĞŶƚƌĞǀŽƵƐƐŽŶƚƉĂƐƐĠƐĚĞů͛ĂƵƚƌĞĐƀƚĠĚĞůĂďĂƌƌŝğƌĞŝůǇĂun moment déjà, Cécile je ne me fais aucun souci pour toi, tu en sortiras plus que victorieuse lorsque le temps sera venu ! DĞƌĐŝ ă ƚŽƵƐ ƉŽƵƌ ǀŽƚƌĞ ďŽŶƚĠ Ğƚ ǀŽƚƌĞ ŚƵŵŽƵƌ͕ ůĞƐ ďĂƚĂŝůůĞƐ Ě͛ĠůĂƐƚŝƋƵĞƐ, les ŚŝƐƚŽŝƌĞƐĚ͛ĂĠƌŽďŝĐŽƵĚĞďŽŽƚǇƐŚĂŬĞ et toutes nos conversations cultes (« :͛ĂŝŵĞďŝĞŶů͛ĂŵďŝĂŶĐĞĚĂŶƐ le bureau, vous me faites rire. » « KƵŝĐ͛ĞƐƚƌĠĐŝƉƌŽƋƵĞ͕ƐĂƵĨƋƵĞŶŽƵƐŽŶůĞĨĂŝƚĞǆƉƌğƐ͘ » « Comment ça ? »). Merci pour ces belles années passées en votre compagnie. Merci aux stagiaires de Master Ě͛ĂǀŽŝƌĐŽŶtribué à rafraîchir notre quotidien de doctorant encroûté !

>ŽƌƐƋƵĞũĞƐƵŝƐĂƌƌŝǀĠĞăZĞŶŶĞƐ͕ũĞŶ͛ǇĐŽŶŶĂŝƐƐĂŝƐquasiment personne. Au cours de ces trois années, ũ͛Ăŝ ƉƵ Ǉ ĐŽŶƐƚƌƵŝƌĞ ƵŶ ƋƵŽƚŝĚŝĞŶ enrichissant et réconfortant y compris en dehors du cadre professionnel. Merci à mes « colocatrices » de 1^ère année, Amanda, Manon, Dior et Divna grâce à qui je ne me suis jamais sentie seule le soir ; ĂƵĚĠƉĂƌƚĞŵĞŶƚhƌŐĞŶĐĞĞƚ^ĞĐŽƵƌŝƐŵĞĚĞů͛hŶŝƚĠ>ŽĐĂůĞĚĞ la Croix-‐Rouge de Rennes ĚĞŵ͛ĂǀŽŝƌĂĐĐƵĞŝůůŝĞăďƌĂƐgrands ouverts dès mon arrivée et de tout de ƐƵŝƚĞŵ͛ĂǀŽŝƌĨĂŝƚ me sentir à ma place. DĞƌĐŝăůĂ^ĐğŶĞƌĞŝǌŚ͛/ůůŝğŶĞ;ĂƵũŽƵƌĚ͛ŚƵŝZĞŶŶĞƐDƵƐŝĐĂůͿ pour les merveilleux moments de danse et de chansons partagés le mercredi soir. Je me souviendrai avec émotion de chacun et chacune Ě͛ĞŶƚƌĞǀŽƵƐ͘

dŽƵƚĐĞůĂŶ͛ĂƵƌĂŝƚƉĂƐĠƚĠƉŽƐƐŝďůĞĚĂŶƐůĞƐŽƵƚŝĞŶŝŶĐŽŶĚŝƚŝŽŶŶĞůĚĞŵĂĨĂŵŝůůĞ͘DĞƌĐŝăŵĞƐƉĂƌĞŶƚƐ et à ma grand-‐mère, qui ont toujours eu confiance en mes choix professionnels et personnels. Merci à mon petit frère ŵŵĂŶƵĞůĚ͛ĂǀŽŝƌƐƵƉƉŽƌƚĠŵĂƌŽŶĐŚŽŶŶĞƌŝĞĚ͛ĠƚƵĚŝĂŶƚĞƉůŽŶŐĠĞĚĂŶƐƐĞƐďŽƵƋƵŝŶƐ͘

DĞƌĐŝăƚŽƵƐŵĞƐĂŵŝƐĚĞŵ͛ĂǀŽŝƌĂĚŽƉƚĠĞĞƚĚĞƌĞƐƚĞƌŵĂůŐƌĠůĂĚŝƐƚĂŶĐĞ géographique qui nous sépare, certains depuis un bon bout de temps déjà. Merci à Marylène, Manon & Manon, Sissou &

EĂƐƐŽƵĚ͛ġƚƌĞůăƉŽƵƌŵŽŝĚĞƉƵŝƐplus de dix ans. Merci à tous les copains et copines de fac de me ůĂŝƐƐĞƌƐƵŝǀƌĞ ůĂƐƵŝƚĞĚĞ ǀŽƐĂǀĞŶƚƵƌĞƐ͘DĞƌĐŝăĐĞůƵŝƋƵŝŶĞ ŵ͛ĂƉůƵƐũĂŵĂŝƐquittée depuis notre première année de licence ͗ŵŝĞů͕ƚƵŶ͛ĞƐƉĂƐĞŶĐŽƌĞĚĠďĂƌƌĂƐƐĠĚĞŵŽŝ͕ũ͛ĞƐƉğƌĞďŝĞŶƌĞƐƚĞƌăƚĞƐ côtés pour encore un bon moment.

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Table des matières

Liste des figures ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘ŝŝŝ Liste des tableaux ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘ǀŝ Liste des annexes ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘ǀŝŝ

Introduction

I. ŽŶƚĞǆƚĞƐŽĐŝŽůŽŐŝƋƵĞĚĞů͛ĠƚƵĚĞ ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘Ϯ I.1. La Guyane française, un cas particulier pour la gestion des ressources naturelles ͙͙͙͙͙͘͘6 I.2. La pêche vivrière et commerciale sur le Haut-‐Maroni, un bassin de vie ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘ϳ I.3. >ĞWĂƌĐŵĂǌŽŶŝĞŶĚĞ'ƵǇĂŶĞĞƚůĞƐĂĐƚĞƵƌƐĚĞů͛ĞĂƵĞŶƚĞƌƌŝƚŽŝƌĞŐƵǇĂŶĂŝƐ ͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘ϵ II. ŽŶƚĞǆƚĞƐĐŝĞŶƚŝĨŝƋƵĞĞƚĠƚĂƚĚĞů͛Ăƌƚ ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘ϭϮ lI.1. Biodiversité et conservation des écosystèmes aquatiques néotropicaux : le cas de la Guyane

française ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘ϭϰ

II.1.1͘>ĞƐĠĐŽƐǇƐƚğŵĞƐĚ͛ĞĂƵĚŽƵĐĞ͗ƌƀůĞƐ͕ŵĞŶĂĐĞƐĞƚĐŽŶƐĞƌǀĂƚŝŽŶ ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘. 14 II.1.2. Diversité et répartition des espèces néotropicales ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙.͙͙͙ϭϱ II.1.3. Préservation de la diversité ichtyque des fleuves guyanais ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘ϭϴ II.1.3.1. YƵĂůŝƚĠĚ͛ŚĂďŝƚĂƚĞƚƌŝĐŚĞƐƐĞƐƉĠĐŝĨŝƋƵĞŽƵĨŽŶĐƚŝŽŶŶĞůůĞ ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘͘͘ϭϴ II.1.3.2. Les principales caractéristiques biologiques des espèces : identifier des espèces

plus vulnérables ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘͘ϮϬ

II.1.3.3. dƌĂŝƚƐĚ͛ŚŝƐƚŽŝƌĞĚĞǀŝĞĞƚĚǇŶĂŵŝƋƵĞĚĞƐƉŽƉƵůĂƚŝŽŶƐ ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘Ϯϯ II.2. La variabilité génétique comme support de gestion des populations naturelles ͙͙͙͙͙͘͘Ϯϱ II.2.1. sĂƌŝĂďŝůŝƚĠŐĠŶĠƚŝƋƵĞ͕ƚƌĂŝƚƐĚ͛ŚŝƐƚŽŝƌĞĚĞǀŝĞĞƚĞŶǀŝƌŽŶŶĞŵĞŶƚ ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘Ϯϱ II.2.1.1. Mécanismes de la variabilité génétique et marqueurs moléculaires ͙͙͙͙͙͙͘Ϯϱ II.2.1.2. Forçages biotiques et abiotiques de la variabilité génétique ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘Ϯϵ II.2.1.3. ŽŵƉƌĞŶĚƌĞ Ğƚ ƉƌĠĚŝƌĞ ůĂ ǀĂƌŝĂďŝůŝƚĠ ŐĠŶĠƚŝƋƵĞ ͗ ů͛ĂƉƉŽƌƚ ĚĞ ůĂ ŐĠŶĠƚŝƋƵĞ comparative des populations ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙.͙͙͙͘ϯϭ II.2.2. Variabilité génétique et pressions anthropiques ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘ϯϰ II.2.2.1. Diversité et structure génétique de populations exploitées ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘ϯϰ II.2.2.2. Des indices de variabilité génétique comme support de gestion ͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘ϯϲ III. Enjeux méthologiques de la thèse ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘ϯϴ III.1. Le développement de ressources moléculaires ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙ϯϴ III.2. Appliquer une approche comparative entre espèces ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘ϯϵ III.3. Révéler la mise ĞŶ ƉůĂĐĞ Ğƚ ů͛ŝƐƐƵĞ ĚĞ ƉƌŽĐĞƐƐƵƐ ĐŽŵƉůĞǆĞƐ ͗ ^ŝŵƵůĞƌ ĚĞƐ ƉƌŽĐĞƐƐƵƐ Ğƚ explorer des hypothèses ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘ϰϭ IV. KďũĞĐƚŝĨƐĚĞů͛ĠƚƵĚĞĞƚƐƚƌĂƚĠŐŝĞ ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘ϰϰ

Chapitre 1 :

ĠǀĞůŽƉƉĞƌůĞƐƌĞƐƐŽƵƌĐĞƐŵŽůĠĐƵůĂŝƌĞƐŶĠĐĞƐƐĂŝƌĞƐƉŽƵƌů͛ĠƚƵĚĞĚĞůĂǀĂƌŝĂďŝůŝƚĠŐĠŶĠƚŝƋƵĞĐŚĞǌĚĞƐ

espèces non-‐ŵŽĚğůĞƐ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘48

1. Résumé étendu en français ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘48 2. Article n°1 : ĐŽƐƚͲĂŶĚͲƚŝŵĞĞĨĨĞĐƚŝǀĞƉƌŽĐĞĚƵƌĞƚŽĚĞǀĞůŽƉ^EWŵĂƌŬĞƌƐĨŽƌŵƵůƚŝƉůĞƐƉĞĐŝĞƐ͗

support for community genetics ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘͘52

(10)

Chapitre 2 :

Description des patrons de variabilité génétique chez 18 esƉğĐĞƐĚĞƉŽŝƐƐŽŶƐĚ͛ŝŶƚĠƌġƚŚĂůŝĞƵƚŝƋƵĞă ů͛ĠĐŚĞůůĞĚƵ,ĂƵƚ-‐DĂƌŽŶŝ͗ƉƉƌŽĐŚĞĐŽŵƉĂƌĂƚŝǀĞĞŶƚƌĞƐŝƚĞƐĞƚĞŶƚƌĞĞƐƉğĐĞƐ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘80 1. Résumé étendu en français ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘ϴϬ 2. Article n°2 : Riverscape patterns of within and between-‐population genetic diversity in eighteen harvested Neotropical freshwater fish species ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙.͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘84

Chapitre 3 :

ŶĂůǇƐĞ ĞǆƉůŽƌĂƚŽŝƌĞ ĚĞ ů͛ĠǀŽůƵƚŝŽŶ ĚĞ ůĂǀĂƌŝĂďŝůŝƚĠ ŐĠŶĠƚŝƋƵĞ ĂƵ ƐĞŝŶ ĚĞ ƉŽƉƵůĂƚŝŽŶƐ Ě͛ƵŶ ƌĠƐĞĂƵ ŚǇĚƌŽŐƌĂƉŚŝƋƵĞĚĞŶĚƌŝƚŝƋƵĞ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙.͙͙ϭϮϬ

1. Introduction ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙.͙ϭϮϭ

2. DĠƚŚŽĚĞƐ͗^ŝŵƵůĂƚŝŽŶĚ͛ƵŶƐĐĠŶĂƌŝŽƐŝŵƉůĞĂǀĞĐĞƚƐĂŶƐƉƌĞƐƐŝŽŶĚĞƉġĐŚĞ ͙͙͙͙͙͙͙͙.͙ϭϮϯ 3. Résultats et discussion préliminaires ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙.͙͙͙ϭϮϱ

4. Références ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙.͙͙͘ϭϯϬ

Discussion générale et perspectives ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘ϭϰϮ 1. Réponse aux enjeux méthodologiques ĚĞů͛ĠƚƵĚĞ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘ϭϰϰ ϭ͘ϭ͘>ĞĚĠǀĞůŽƉƉĞŵĞŶƚĚĞƐƌĞƐƐŽƵƌĐĞƐŵŽůĠĐƵůĂŝƌĞƐ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘ϭϰϰ 1.1.1. Des SNP disponibles pour les espèces de poissons du Haut-‐Maroni ͙͙͙͙͙͙͙͙͙ϭϰϰ ϭ͘ϭ͘Ϯ͘ŝĨĨŝĐƵůƚĠƐƌĞŶĐŽŶƚƌĠĞƐĞƚůŝŵŝƚĞƐĚĞů͛ĂƉproche ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘ϭϰϰ 1.1.3. Recommandations pratiques ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘ϭϰϳ 1.2. Appliquer une approche comparative entre espèces ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙.͙͙͙͙ϭϰϴ 1.3. Simuler des processus et explorer des hypothèses ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘ϭϰϵ 2. Pratiques de pêche et conservation des populations de poissons du Maroni ͙͙͙͙͙͙͙.͙͙. 150 2.1͘sĂƌŝĂďŝůŝƚĠŐĠŶĠƚŝƋƵĞĞƚƉĂǇƐĂŐĞĂƋƵĂƚŝƋƵĞ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙. 151 Ϯ͘ϭ͘ϭ͘/ŶĨůƵĞŶĐĞĚĞů͛ĞŶǀŝƌŽŶŶĞŵĞŶƚŶĂƚƵƌĞů ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘ϭϱ1 2.1.2. Contrastes géographiques des rendements de captures ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘ϭϱϯ 2.2͘sĂƌŝĂďŝůŝƚĠŐĠŶĠƚŝƋƵĞĞƚƚƌĂŝƚƐĚ͛ŚŝƐƚŽŝƌĞĚĞǀŝĞ ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘ϭϱ4 2.2.1. Relation entre les caractéristiques biologiques et la structure génétique des

populatŝŽŶƐ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙ϭϱ4

2.2.2. Composition spécifique des captures sur le Haut-‐DĂƌŽŶŝ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘ϭϱ5 2.3. Conclusion et recommandations ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘ϭϱϲ

Bibliographie ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘ϭϲϮ Annexes ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙.. 186

(11)

Liste des figures

Introduction :

Figure I.1: ĂƌƚĞŐĠŶĠƌĂůĞĚĞůĂ'ƵǇĂŶĞĨƌĂŶĕĂŝƐĞ͕ĂǀĞĐƐĞƐƉƌŝŶĐŝƉĂƵǆĐŽƵƌƐĚ͛ĞĂƵĞƚƐĞƐƉƌŝŶĐŝƉĂůĞƐ communes ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙... 5 Figure I.2: Carte des bassins versants de Guyane française ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘.. 8 Figure I.3: Carte générale du bouclier guyanais .͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘..͙ 17 Figure I.4: Caractéristiques et comparatif des trois principaux types de marqueurs moléculaires : ADN mitochondrial, microsatellites et SNPƐ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘ 28 Figure I.5: Positionnement relatif de différentes approches moléculaires en écologie aquatique, le long Ě͛ƵŶ Őƌadient de recherche fondamentale à appliquée (abscisse) et de différents niveaux Ě͛ŽƌŐĂŶŝƐĂƚŝŽŶĚĞůĂĚŝǀĞƌƐŝƚĠ͕ĚĞƐŐğŶĞƐĂƵǆĐŽŵŵƵŶĂƵƚĠƐ;ŽƌĚŽŶŶĠĞͿ ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙33 Chapitre 1 :

Figure C1.1: Summarized description of data treatment from reception of raw paired-‐end reads, to the obtaining of amplifiable single-‐nucleotide-‐polymorphism (SNP) markers. Previous demultiplexing, raw reads cleaning, and Stacks catalogue building need to be done manually before the automatized process throughout the pipeline begins ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘ 61 Figure C1.2: (A) Total number of paired-‐end reads after PCR duplicates removal, per species and per library (2 libraries/species) (grey bars) and mean per-‐RAD-‐tag depth of coverage, per species and per library (black dots). (B) Number of polymorphic RAD-‐tags per species and number of RAD-‐tags containing a single detected SNP ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘͘͘ϲϰ Figure C1.3: (A) Analysis of molecular variance showing within-‐site (framed values), between-‐site within river tributary (light), and between tributaries (dark) sources of variation (B) Evolution of the WĞĂƌƐŽŶ͛ƐĐŽƌƌĞůĂƚŝŽŶĐŽĞĨĨŝĐŝĞŶƚďĞƚǁĞĞŶǁŝƚŚŝŶ-‐site polymorphism rate (P) and the distance to the most downstream site across species. ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘ϲϳ Chapitre 2 :

Figure C2.1: Map of French Guiana (A) and of the Upper-‐Maroni (B) with its main tributaries. Sampling locations are indicated with villages (i.e., high fishing pressure, closed circles) and reference sites (i.e., low fishing pressure, open circles). Streams in black are main channels with Strahler index > 4 while ƐƚƌĞĂŵƐŝŶŐƌĞǇĂƌĞƐƚƌĞĂŵƐǁŝƚŚ^ƚƌĂŚůĞƌŝŶĚĞǆчϰ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙ 88 Figure C2.2: Values of (A) internal diversity ID and (B) standardized local isolation (FST.p, i.e., average

pairwise FST) per sampling site across species ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘͘ϵϳ

Figure C2.3: Graphical representation of the estimated marginal means (grey dots) with 95%

confidence intervals (grey bars) for each species (rows), obtained from the three covariance analyses (columns) performed to test the effect of the upstream distance (i.e. the distance from the Abattis Cottica) and the longitude (i.e. the site position on tributaries from West to East) on local genetic diversity (P95, HS) and mean genetic isolation (FST.p) across species ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙100

(12)

&ŝŐƵƌĞϮ͘ϯ͛͗ Values of expected heterozygosity HS per sites grouped into three categories (reference sites from Litani and Marouini: LM.trib; sites with harvesting pressure: Villages, and reference sites from the Tampok and the Waki: TW.trib), for each species ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘ 101

&ŝŐƵƌĞϮ͘ϯ͛͛͗ Values of mean local isolation FST.p per sites grouped into three categories (reference sites from Litani and Marouini: LM.trib; sites with harvesting pressure: Villages, and reference sites from the Tampok and the Waki: TW.trib), for each species ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙ϭϬϮ Figure C2.4: Biplot of the principle-‐components analysis used to describe the relative position of all species regarding the strenght of isolation-‐by-‐distance (IBDR) and of the evolution of expected heterozygosity (HS), polymorphism rate (P95) and local differentiation (FST.p) along the upstream

gradient ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙104

Chapitre 3 :

Figure C3.1: Représentation schématique du réseau dendritique servaŶƚĚĞƐƵƉƉŽƌƚăů͛ĞŶƐĞŵďůĞĚĞƐ simulations présentées dans ce chapitre. Les patchs 0, 7, 8, 10 et 14 représentent des zones peu connectées au reste du réseau tandis que les patchs 3, 4, 5 et 13 représentent une aire de plus forte ĐŽŶŶĞĐƚŝǀŝƚĠ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘ϭϮϯ Figure C3.2 à C3.5: Evolution, respectivement, du r de Mantel (IBDr) (C3.2), de CORFST (C3.3), de CORP (C3.4) et du FST global (C3.5), au cours des générations n°140 à 200, pour chacune des huit ĐŽŵďŝŶĂŝƐŽŶƐĚĞƉĂƌĂŵğƚƌĞƐĞǆƉůŽƌĠĞƐĚƵƌĂŶƚĐĞƚƚĞƉƌŽĐĠĚƵƌĞĚĞƐŝŵƵůĂƚŝŽŶƐĚ͛ƵŶĞŵĠƚĂƉŽƉƵůĂƚŝŽŶ de type dendritique (taille des patch N=100 ou 1000 ; probabilités de migration m=0,05 ou 0,20 ; ƉƌŽƉŽƌƚŝŽŶĚ͛ŝŶĚŝǀŝĚƵƐĠůŝŵŝŶĠƐĚĂŶƐƉĂƚĐŚƐĐĞŶƚƌĂƵǆ,сϬŽƵϬ͕ϭϮϱͿ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘͘ϭϯϮ Figure C3.6: Evolution de CORFST, au cours des générations 140 à 350 pour plusieurs combinaisons de ƉĂƌĂŵğƚƌĞƐ ĞǆƉůŽƌĠĞƐ ĚƵƌĂŶƚ ĐĞƚƚĞ ƉƌŽĐĠĚƵƌĞ ĚĞ ƐŝŵƵůĂƚŝŽŶƐ Ě͛ƵŶĞ métapopulation dendritique (taille des patchs N=100 ; probabilités de migration m=0,05 ; 0,10 ; 0,20 ou 0,30 ; proportion Ě͛ŝŶĚŝǀŝĚƵƐĠůŝŵŝŶĠƐĚĂŶƐƉĂƚĐŚƐĐĞŶƚƌĂƵǆ,сϬăϬ͕ϱϬ) ..͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘ϭϯϲ Figure C3.7: Evolution de CORFST, au cours des générations 140 à 350 pour plusieurs combinaisons de ƉĂƌĂŵğƚƌĞƐ ĞǆƉůŽƌĠĞƐ ĚƵƌĂŶƚ ĐĞƚƚĞ ƉƌŽĐĠĚƵƌĞ ĚĞ ƐŝŵƵůĂƚŝŽŶƐ Ě͛ƵŶĞ ŵĠƚĂƉŽƉƵůĂƚŝŽŶ ĚĞŶĚƌŝƚŝƋƵĞ (taille des patchs N=1000 ; probabilités de migration m=0,05 ; 0,10 ; 0,20 ou 0,30 ; proportion Ě͛ŝŶĚŝǀŝĚƵƐĠůŝminés dans patchs centraux H=0 à 0,50). ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘ϭϯϳ Figure C3.8: Evolution de CORP, au cours des générations 140 à 350 pour plusieurs combinaisons de ƉĂƌĂŵğƚƌĞƐ ĞǆƉůŽƌĠĞƐ ĚƵƌĂŶƚ ĐĞƚƚĞ ƉƌŽĐĠĚƵƌĞ ĚĞ ƐŝŵƵůĂƚŝŽŶƐ Ě͛ƵŶĞ ŵĠƚĂƉŽƉƵůĂƚŝŽŶ ĚĞŶĚƌŝƚŝque (taille des patchs N=100; probabilités de migration m=0,05 ; 0,10 ; 0,20 ou 0,30 ; proportion Ě͛ŝŶĚŝǀŝĚƵƐĠůŝŵŝŶĠƐĚĂŶƐles patchs centraux H=0 à 0,50). ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘ϭϯϴ Figure C3.9: Evolution de CORP, au cours des générations 140 à 350 pour plusieurs combinaisons de ƉĂƌĂŵğƚƌĞƐ ĞǆƉůŽƌĠĞƐ ĚƵƌĂŶƚ ĐĞƚƚĞ ƉƌŽĐĠĚƵƌĞ ĚĞ ƐŝŵƵůĂƚŝŽŶƐ Ě͛ƵŶĞ ŵĠƚĂƉŽƉƵůĂƚŝŽŶ ĚĞŶĚƌŝƚŝƋƵĞ (taille des patchs N=1000 ; probabilités de migration m=0,05 ; 0,10 ; 0,20 ou 0,30 ; proportion Ě͛ŝŶĚŝǀŝĚƵƐĠůŝŵŝŶĠƐĚĂŶƐƉĂƚĐŚƐĐĞŶƚƌĂƵx H=0 à 0,50). ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘..͙͘͘ϭϯϵ

(13)

Discussion :

Figure D.1: Schéma décrivant les étapes successives de sélection de marqueurs moléculaires SNP pour les espèces focales du Haut-‐Maroni, depuis la première étape de la constitution du panel de ĚĠƚĞĐƚŝŽŶ ĚĞ ^EW ũƵƐƋƵ͛ă ŽďƚĞŶƚŝŽŶ ĚƵ ƐĞƚ ĚĞ ŵĂƌƋƵĞƵƌƐ ĨŝŶĂů ĂǇĂŶƚ ƐĞƌǀŝ ĚĞ ďĂƐĞ ĂƵ

génotypage͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘ 145

Figure D.2: WƌŝŶĐŝƉĂƵǆĐŽƵƌƐĚ͛ĞĂƵŝŵƉĂĐƚĠƐƉĂƌů͛ŽƌƉĂŝůůĂŐĞƐƵƌůĞƚĞƌƌŝƚŽŝƌĞĚƵWĂƌĐŵĂǌŽŶŝĞŶĚĞ

Guyane͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘ϭϱϮ

(14)

Liste des tableaux

Introduction :

Table I.1: Avantages et inconvénients des principales approches en génétique comparative des populations ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙.. 40

Chapitre 1 :

Table C1.1: Phylogenetic status of sampled species, geographic origin and number NS of samples included in the pools uƐĞĚĨŽƌďƵŝůĚŝŶŐƚŚĞůŝďƌĂƌŝĞƐ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙ϱϲ Table C1.2: Number of individuals and markers genotyped for each fish species from French Guiana using the MassARRAY facilities, and genotyping success per species ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙ϲϱ Table C1.3: Per-‐species evolution of the number of markers between RAD-‐tags assembly and pipeline output, with proportion of loss for each of the three filtering steps, when using identical, default parameter values of the pipeline for all species͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘ϲϲ Chapitre 2 :

Table C2.1: Information about the sites sampled across the Upper-‐Maroni for this study ͙͙͙͙͙͙ 88 Table C2.2: Information about the eighteen species chosen to conduct this study ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘ϵϭ Table C2.3: Values of IBDR (and slope of the isolation by distance IBDSlope), Zr.P95, Zr.HS and Zr.FST.p per

species) ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘͘ϵϰ

Table C2.4: Estimates of local contemporary effective size Ne {with 95% parametric confidence intervals} for each species and sampling site. Estimates were obtained from the linkage-‐

disequilibrium method implemented within the software NeEstimator with PCRIT=0.05. Estimates with finite confidence intervals are grey-‐shaded ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙... 95 Table C2.5: Results of the covariance analyses (multiple linear regression models) performed to test the effect of the upstream distance and the longitude on local genetic diversity (P95, HS) and mean genetic isolation (FST.p) across species ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘99 Chapitre 3 :

Table C3.1: Liste des statistiques et indices de diversité génétique calculés sur chaque jeu de pseudo-‐

données simulé͙..͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙. 125

(15)

Liste des annexes

Annexe I: Planches descriptives dĞƐƉƌŝŶĐŝƉĂůĞƐĞƐƉğĐĞƐĚ͛ŝŶƚĠƌġƚŚĂůŝĞƵƚŝƋƵĞrencontrées dans le Haut-‐

Maroni ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘187

Annexe II: Understanding and managing fish populations: keeping the toolbox fit for purpose, Journal of Fish Biology, 92, 727ʹ751 ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘191 Annexe III: Informations pratiques sur le protocolĞĚ͛ĠĐŚĂŶƚŝůůŽŶŶĂŐĞĚƵŵĂƚĠƌŝĞůďŝŽůŽŐŝƋƵĞeffectué pour ce travail de thèse ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙Ϯϭϳ Annexe IV: Génotypage : La spectrométrie de masse MALDI-‐TOF͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘ϮϮϭ Annexe V: Détection et gestion des phénomènes de contaminations croisées rencontrés lors de la procédure de séquençage RADSeq pour la mise au point des marqueurs moléculaires utilisés durant la thèse ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘ϮϮϱ Annexe VI: DĂƚĠƌŝĞůƐƵƉƉůĠŵĞŶƚĂŝƌĞĚĞů͛Ăƌƚicle n°1 présenté en ŚĂƉŝƚƌĞϭ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘ϮϯϬ Annexe VII: Scripts Python constitutifs du pipeline informatique présenté en Chapitre 1 ͙͙͙͙͙͘Ϯϯϵ Annexe VIII: Exemple de fichier final issu du pipeline informatique présenté en Chapitre 1 pour ů͛ĞƐƉğĐĞSerrasalmus rhombeus ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘Ϯϲϰ Annexe IX: DĂƚĠƌŝĞůƐƵƉƉůĠŵĞŶƚĂŝƌĞĚĞů͛ĂƌƚŝĐůĞŶΣϮƉƌĠƐĞŶƚĠen Chapitre 2 ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘͘Ϯϲϱ Annexe X: Scripts SimuPOP commentés ayant fourni les pseudo-‐données analysées dans le Chapitre 3

͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙ϮϴϬ Annexe XI: Figures supplémentaires du Chapitre 3 ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙Ϯϴϯ Annexe XII: Informations supplémentaires relatives aux marqueurs sélectionnés au cours de la phase de mise au point des ressources génétiques pour les espèces étudiées ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘͘Ϯϴϱ Annexe XIII: Liste des productions et communications scientifiques effectuées au cours de la thèse ͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͙͘ 290

(16)

(17)

(18)

Introduction:

I. C ŽŶƚĞǆƚĞƐŽĐŝŽůŽŐŝƋƵĞĚĞů͛ĠƚƵĚĞ

(19)

(20)

(21)

(22)

I.1. La Guyane française, un cas particulier pour la gestion des ressources naturelles

La Guyane française (Fig. 1), « Pays des milles eaux » (Lézy 2000) situé en zone équatoriale humide Ě͛ŵĠƌŝƋƵĞĚƵ^ƵĚ͕se caractérise par un milieu de type tropical amazonien connu pour sa très riche diversité faunistique et floristique (Haffer 1982). Longtemps préservé de ů͛occupation humaine moderne en dehors du développement relativement récent de ses zones côtières, le territoire guyanais ne fit objet que de peu de politiques suivies de conservation de ses ressources naturelles, et ce, ŵĂůŐƌĠƐĞƐƋƵĂƚƌĞƐŝğĐůĞƐĚ͛ŽĐĐƵƉĂƚŝŽŶƉĂƌ le gouvernement français. Bien que le département de Guyane soit théoriquement concerné par la règlementation en vigueur en France métropolitaine͕ŝůĞƐƚĂŝƐĠĚ͛ŝŵĂŐŝŶĞƌĚĞƋƵĞůůĞ façon ses spécificités géographiques (zone moins densément peuplée, biodiversité riche mais restant partiellement documentée) et sociologiques (présence antérieure de peuples autochtones ayant vécu, et vivant toujours, en lien étroit avec les ressources naturelles) compliquent ů͛application de ces règlements. Cependant, les pressions anthropiques sur le milieu naturel ;ĚĠĨŽƌĞƐƚĂƚŝŽŶ͕ĂĐƚŝǀŝƚĠĚ͛ŽƌƉĂŝůůĂŐĞůĠŐĂůŽƵŝůůĠŐĂů͕ĨƌĂŐŵĞŶƚĂƚŝŽŶĚĞƐŚĂďŝƚĂƚƐ ou encore exploitation des ressources) se sont accrues au cours des dernières décennies.

ƵũŽƵƌĚ͛ŚƵŝ͕ ĐĞƐ ƉƌĞƐƐŝŽŶƐ ƌĞŶĚĞŶƚ plus urgente la mise au point de mesures de gestion ĂĚĂƉƚĠĞƐĂĨŝŶĚ͛ĂƐƐƵƌĞƌůĂƉĠƌĞŶŶŝƚĠĚĞƐƌĞƐƐŽƵƌĐĞƐĚƵƚĞƌƌŝƚŽŝƌĞ (Meunier et al. 1998).

La riche faune ichtyque, dulçaquicole et marine͕ ĚĞ 'ƵǇĂŶĞ ĨƌĂŶĕĂŝƐĞ ĨĂŝƚ ů͛ŽďũĞƚ Ě͛ƵŶĞ exploitation par la pêche à plusieurs niveaux. Tandis que pêches commerciale et de loisir se concentrent principalement sur les zones côtières et estuariennes, la pêche de subsistance, elle, persiste plus largement dans les fleuves de ů͛ŝŶƚĠƌŝĞƵƌ ĚĞƐ ƚĞƌƌĞƐ͕ ƉĂƌĨŽŝƐ ƌĞŶĨŽƌĐĠĞ localement par une pêche commerciale de moindre envergure (Balland & Roux 2005). Des ƚĞŶƚĂƚŝǀĞƐĚ͛élevage de certaines espèces (par exemple ů͛ĂƚŝƉĂHoplosternum littorale, le paya Astronotus ocellatus et la carpe locale Leporinus friderici) ont été menées afin de renforcer la mise à disposition locale de poisson en zone côtière (Boujard et al. 1988). Son implantation est cependant plus complexe au niveau des fleuves (Giron et al. 2001) où, comme en milieu côtier, la pêche reste prédominante. La pêche maritime commerciale et de loisir fonƚů͛ŽďũĞƚ de quelques arrêtés préfectoraux qui définissent principalement les engins et lieux de pêche autorisés¹. En eau douce, il existe une règlementation succincte ƌĞůĂƚŝǀĞăů͛ƵƐĂŐĞĚƵĨŝůĞƚ dormant (arrêté préfectoral n° 936 ID/2B de Mai 1978), portant sur la longueur totale par ĞŵďĂƌĐĂƚŝŽŶ͕ůĂůĂƌŐĞƵƌĚĞĐŽƵƌƐĚ͛ĞĂƵĐŽƵǀĞƌƚĞ et la durée maximale de pose autorisées. Il est cependant ĚĠůŝĐĂƚĚ͛ŝŵƉŽƐĞƌ͕Ğƚdifficile de vérifier, ů͛ĂƉƉůŝĐĂƚŝŽŶĚ͛ƵŶƚĞůƌğŐůĞŵĞŶƚĂƵ quotidien surtout dans lĞƐǌŽŶĞƐŽƶůĞƉŽƵǀŽŝƌĚ͛ĂĐŚĂƚƌĞƐƚĞůŝŵŝƚĠĞƚŽƶůĂƉġĐŚĞǀŝǀƌŝğƌĞ, ĨŽƌƚĞŵĞŶƚ ŝŶƚĠŐƌĠĞ ĚĂŶƐ ůĞƐ ŵƈƵƌƐ͕ ƉĞƌŵĞƚ Ě͛ĂƐƐƵƌĞƌ ƵŶ ĂƉƉŽƌƚ ĂůŝŵĞŶƚĂŝƌĞ ƌĠŐƵůŝĞƌ (Richard-‐Hansen 2002 ; Martin 2014). En outre ĞƚũƵƐƋƵ͛ăůĂĨŝŶĚĞƐĂŶŶĠĞƐϮϬϬϬ, ů͛ĂďƐĞŶĐĞ de texte référent établissant la liste des ƉŽŝƐƐŽŶƐĚ͛ĞĂƵĚŽƵĐĞĚĞ'ƵǇĂŶĞůŝŵŝƚĂŝƚ la portée Ě͛ƵŶĞƌğŐůĞŵĞŶƚĂƚŝŽŶĐŽŶĐĞƌŶĂŶƚůĞƵƌĞǆƉůŽŝƚĂƚŝŽŶ. Balland et Roux (2005), dans leur rapport ĚĞů͛/ŶƐƉĞĐƚŝŽŶ'ĠŶĠƌĂůĞĚĞů͛ŶǀŝƌŽŶŶĞŵĞŶƚ, considèrent ainsi le poisson guyanais au sens large comme un « non-‐être juridique ».

1 La pêche maritime de loisir est encadrée juridiquement par les articles R921-‐83 à R921-‐93 du code rural et de la pêche maritime. La pêche commerciale, elle, est règlementée par quelques arrêtés de 1984, 1999 et 2010 ainsi que par une décision du CRPMEM (Comité Régional des Pêches Maritimes et des Elevages Marins) de 2009 et 2016.

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En comparaison, la gestion de la faune terrestre vis-‐à-‐vis de la chasse (vivrière, commerciale ou de loisir) a davantage bénéficié de réglementations successives portant sur des espèces particulières, protégées à différents niveaux de tolérance par des arrêtés préfectoraux dédiés. Ce processus a permis la ǀĂůŝĚĂƚŝŽŶ͕ ĞŶ ϮϬϬϰ͕ Ě͛ƵŶ ĞŶƐĞŵďůĞ Ě͛KZ'&,² complémentées par des rencontres entre divers acteurs de la chasse en Guyane et a abouti à la signature, le 10 août ϮϬϬϲ͕Ě͛ƵŶĂƌƌġƚĠŵŝŶŝƐƚĠƌŝĞů ƌĞůĂƚŝĨăůĂĐĂƉƚƵƌĞĚ͛ĂŶŝŵĂƵǆƐĂƵǀĂŐĞƐ sur le territoire guyanais. Un socle juridique commun devenait alors disponible pour ů͛ĠůĂďŽƌĂƚŝŽŶ ĚĞ règlementations de la chasse tenant compte des spécificités et des contraintes socio-‐écologiques locales, telles que la dimension culturelle de la chasse vivrière (Hansen 2009 ; Richard-‐Hansen 2002).

Ŷů͛ĂŶϮϬϬϬ͕ le premier SDAGE³ en application au niveau des bassins versants guyanais faisait état de la nécessité de mieux connaître la composition et le fonctionnement biologique des peuplements piscicoles exploités par la pêche, en vue de la mise en place de mesures plus adaptées à leur conservation. Entre temps, les travaux de description et inventaires de la diversité ichtyque guyanaise ont permis de quantifier son importance et sa répartition (Le ĂŝůĞƚĂů͘ϮϬϭϮͿ͛͘ĂƵƚƌĞƐƚƌĂǀĂƵǆ͕ƉůƵƐƐƉĠĐŝĨŝƋƵĞŵĞŶƚĚĠĚŝĠs à la place de la pêche dans le quotidien des peuples autochtones de Guyane, ont également permis de caractériser les espèces de forte importance halieutique et patrimoniale (e.g. Pagézy et Jégu 2002; Meunier 2004). Cependant, les pratiques et impacts de la pêche restent actuellement peu connus à ů͛ĠĐŚĞůůĞĚƵƚĞƌƌŝƚŽŝƌĞ(voir cependant Hurault 1965; Richard-‐Hansen 2002; Longin 2016 en ce qui concerne les milieux dulçaquicoles; ou encore Cissé et al. 2014 pour un exemple en milieu marin), et il apparaît nécessaire de développer ces connaissances dans une perspective de préservation des espèces exploitées.

I.2. La pêche vivrière et commerciale sur le Haut-‐Maroni, un bassin de vie

>Ă 'ƵǇĂŶĞ &ƌĂŶĕĂŝƐĞ ďĠŶĠĨŝĐŝĞ Ě͛ƵŶ ƌĠƐĞĂƵ ŚǇĚƌŽŐƌĂƉŚŝƋƵĞ particulièrement dense comparativement au territoire français métropolitain, avec quatre grands bassins versants principaux (l͛KǇĂƉŽĐŬĞƚůĞDĂƌŽŶŝ étant les plus importants en termes de superficie, suivis ĚĞů͛ƉƉƌŽƵĂŐƵĞĞƚĚĞůĂDĂŶĂͿet plusieurs autres fleuves côtiers (Fig.2). Bien que les larges tributaires représentent moins de 30% du réseau hydrographique guyanais (la majorité -‐

ũƵƐƋƵ͛ăϳϬй-‐ étaŶƚƌĞƉƌĠƐĞŶƚĠƉĂƌůĞƐƉĞƚŝƚĞƐŵĂƐƐĞƐĚ͛ĞĂƵ;WDͿŽƵͨ criques », Dedieu et al. 2014), ils concentrent des liens socio-‐culturels importants entre les populations humaines ƌŝǀĞƌĂŝŶĞƐ͕ƚŽƵƚƉĂƌƚŝĐƵůŝğƌĞŵĞŶƚĚğƐůŽƌƐƋƵĞů͛ŽŶƐ͛ĠůŽŝŐŶĞĚĞůĂǌŽŶĞĐƀƚŝğƌĞ͕ůĞƐfleuves devenant alors les principales voies de communication et le support essentiel de la vie ƋƵŽƚŝĚŝĞŶŶĞ͘ĞĐŝĞƐƚƉĂƌƚŝĐƵůŝğƌĞŵĞŶƚǀƌĂŝƉŽƵƌů͛KǇĂƉŽĐŬĞƚůĞDĂƌŽŶŝ͕qui délimitent le ƚĞƌƌŝƚŽŝƌĞŐƵǇĂŶĂŝƐăů͛ƐƚĞƚăů͛KƵĞƐƚ͕ƌĞƐƉĞĐƚŝǀĞŵĞŶƚ͕ĨĂŝƐĂŶƚĨƌŽntière avec le Brésil et le Suriname. Ils abritent depuis la fin du XVIIIème siècle plusieurs populations natives Amérindiennes Wayana, Teko et Wayãpi mais également des populations Bushinengués, essentiellement Aluku, fondées sur les rives du Maroni par d͛ĂŶĐŝĞŶƐĞƐĐůĂǀĞƐ originaires des ĞǆƉůŽŝƚĂƚŝŽŶƐŚŽůůĂŶĚĂŝƐĞƐĚƵ^ƵƌŝŶĂŵĞ͘ƵũŽƵƌĚ͛ŚƵŝ͕ĐĞƐƉŽƉƵůĂƚŝŽŶƐ͕ƉĂƌĨŽŝƐƌĞŶĨŽƌĐĠĞƐƉĂƌ

2 « Orientations régionales de gestion de la faune sauvage et Ě͛ĂŵĠůŝŽƌĂƚŝŽŶĚĞůĂ ƋƵĂůŝƚĠĚĞƐĞƐŚĂďŝƚĂƚƐ », énoncées à ů͛ĠĐŚĞůůĞŶĂƚŝŽŶĂůĞĞŶĐŽůůĂďŽƌĂƚŝŽŶĂǀĞĐůĞƐŝƌĞĐƚŝŽŶƐƌĠŐŝŽŶĂůĞƐĚĞů͛ŶǀŝƌŽŶŶĞŵĞŶƚ;/ZEͿ Ğƚů͛Kffice national de la Chasse et de la Faune Sauvage (ONCFS) par la loi 2000-‐698 du 26 juillet 2000.

3 « ^ĐŚĠŵĂĚŝƌĞĐƚĞƵƌĚ͛ĂŵĠŶĂŐĞŵĞŶƚĞƚĚĞŐĞƐƚŝŽŶĚĞƐĞĂƵǆ »

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