Mise en place d’une plateforme de gestion de matériels biologiques : quels avantages pour les chercheurs ?

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Mise en place d’une plateforme de gestion de matériels

biologiques : quels avantages pour les chercheurs ?

Dr Xavier Manival, Laboratoire IMoPA, CR, CNRS

Françoise Tisserand-Bedri, Documentaliste, Inist-CNRS

GFII 12/09/2013 X. Manival, F.Tisserand-Bedri 1

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Positionnement du projet/thématique « open data et données de la recherche »



Répond au besoin d’un laboratoire



Concerne les matériels d’étude, en amont des données de la recherche

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Historique de la collaboration

 Envoi de la part de l’Inist d’un questionnaire aux chercheurs lorrains sur la valorisation des données de la recherche

 A l’issue de ce questionnaire, une réunion de travail a été organisée à l’Inist pour préciser les besoins des laboratoires

Début de la collaboration entre IMoPA et Inist officialisée par une convention CNRS-UL (N°8J/2990)

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Programme prévisionnel (en accord avec la

convention de coopération Université de Lorraine/CNRS)

 Janvier 2013 : élaboration d’un document d’expression des besoins par IMoPA

 Juin 2013 : élaboration du cahier des charges fonctionnel de la plateforme ESCOLA (ESpace COllaboratif pour les LAboratoires) par l’Inist

 Automne 2013 : livraison par l’Inist de la première version (prototype) de la plateforme

 Hiver 2014 : retour de IMoPA suite au prototype de la plateforme. En fonction, une nouvelle version du cahier des charges sera élaborée

 Mai 2014 : livraison de la version définitive par l’Inist, les deux mois suivants seront alors consacrés à la VSR (Vérification de Service Régulier)

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IMoPA

(Ingénierie Moléculaire et Pathologie Articulaire)

5

Homme

Animal

Tissu

Cellule

Gène

Protéine

Atome Biomatériaux

Ingénierie tissulaire

Chondrocytes Cellules souches

Biologie Moléculaire

ARN Génie protéique

Enzymologie Structure 3D Mécanistique Modélisation 3D

CHU

Transcriptomique

Protéomique

RX, DC, ITC Microscopie

confocale Imagerie

Modèles animaux

3300 m², 150 personnes

ARN, RNP Structure-

Fonction-Maturation Ingénierie Moléculaire, Cellulaire, Thérapeutique &

Glycosyl Transférases (MolCelTEG) Enzymologie Moléculaire

& Structurale (EMS)

Inflammation, Dérégulation Phénotypique & Remodelage Articulaire Pathologique

(IPeDAAR) Cell & Tissue Engineering,

Vectorization, Imaging (CeTEVI)

5 équipes

Directeur: J-Y. Jouzeau Co-directeur: B. Charpentier

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Contexte et émergence du besoin

Situation actuelle: cinq équipes gèrent de façon indépendante les descriptifs de leurs matériels biologiques (plasmides, oligonucléotides, anticorps, siRNA, séquençages, souches bactériennes et de levures, cellules animales, prélèvements biologiques) et les commandes pour certains d’entre eux à l’aide de différents types de documents (tableaux Excel, fichiers Word, PDF...)

volonté de mutualiser la gestion des matériels d’études et les commandes, afin de les partager en interne

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Objectifs de la plateforme ESCOLA

 produire de façon collaborative des fiches descriptives des matériels d’études et commandes, de les centraliser et de les partager

 gérer les matériels d’étude (suivi de production, réception, envoi, commande)

 associer des documents à ces matériels (exemples:

images de constructions plasmidiques, résultats de séquençage, publications)

 extraire des contenus afin de faciliter la constitution de différents types de documents (rapports, bons de commandes)

 permettre la consultation des informations par des collaborateurs extérieurs authentifiés

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Acteurs du système

Utilisateurs concernés :

ensemble des membres de l’unité IMoPA, soit un effectif de 150 personnes + des collaborateurs externes

5 types d’utilisateurs avec différents niveaux de droit

 Rédacteurs

 Validateurs scientifiques

 Responsables des commandes

 Administrateurs

 Invités (collaborateurs extérieurs, stagiaires de passage)

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Méthodologie : Protagonistes



Unité IMoPA : Maître d’ouvrage



Inist :

Assistant à maîtrise d’ouvrage (documentalistes) Maître d’œuvre (informaticiens)

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Méthodologie : Apports du documentaliste



Recueil des besoins



Rédaction du cahier des charges fonctionnel



Participation à l’élaboration du modèle de données



Structuration, reprise et correction/enrichissement des métadonnées

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Structuration et reprise des métadonnées

Constat

:

Descriptions hétérogènes, fichiers de formats différents (Word, Excel, PDF, voire documents papier), erreurs de saisie

Actions menées :

 Etablissement des listes d’éléments de métadonnées à partir des fichiers existants et en s’appuyant sur des standards et des recommandations (ex: MIBBI) ainsi que sur les grandes bases du domaine (ex: NCBI, ATCC)

 Reprise et traitements/enrichissement des métadonnées existantes

Travail en collaboration étroite avec les responsables des matériels au laboratoire

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Traitements appliqués aux métadonnées

 Homogénéisation (ex : plusieurs désignations pour un même objet, abréviations…)

 Normalisation (ex : ajout d’identifiants des grandes bases de données internationales du domaine comme PubMed, NCBI taxonomy, Entrez gene, Uniprot)

favorisent l’interopérabilité

 Récupération d’informations via des web services

 Echanges avec des laboratoires extérieurs

 Dépôt des données dans des entrepôts publics internationaux

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Développements informatiques

A partir du cahier des charges fonctionnel Méthode itérative

Travail en collaboration étroite avec les chercheurs

Prototype prévu pour l’automne qui permettra de valider le modèle de données et servira de base pour la réalisation de la version finale

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Intérêts de la plateforme pour les chercheurs

 Gestion mutualisée et centralisée des matériels d’étude

 Saisie assistée des informations

 Descriptions avec des métadonnées conformes et validées

 Extraction d’informations pour faciliter la rédaction de rapports, le remplissage de bons de commande, …, et pour garantir la reproductibilité de l’information

 Gain en temps et en efficacité

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Conclusion

 Synergie chercheur/documentaliste/informaticien

 Perspectives :

 Déploiement possible de l’application vers d’autres laboratoires

 Ouverture des données vers l’extérieur

 Evolutions possibles vers le cahier de laboratoire électronique

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Personnes impliquées



Inist

Documentalistes : M.C. Jacquemot, F. Tisserand-Bedri, A.

Zasadzinski

Informaticiens : T. Chardet, S. Schneider, L. Walle



IMoPA

Coordinateur : X. Manival

Responsables de bases de données : C. Loegler, A. Bianchi, L.

Ayadi, S. Boutserin, J-B. Vincourt, H. Kempf, F. Blanloeil