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Régulation épigénétique de l’expression de FOXL2 et voies activées en aval de ce gène dans la gonade
Clara Gobe
To cite this version:
Clara Gobe. Régulation épigénétique de l’expression de FOXL2 et voies activées en aval de ce gène dans la gonade. Biologie de la reproduction. Université Paris Saclay (COmUE), 2018. Français.
�NNT : 2018SACLS476�. �tel-01988150�
Régulation épigénétique de l’expression de FOXL2 et voies activées en aval de ce gène dans la gonade.
Thèse de doctorat de l'Université Paris-Saclay préparée à l’Université Paris-Sud
École doctorale n°568 : signalisations et réseaux intégratifs en biologie (Biosigne)
Spécialité de doctorat : sciences de la vie et de la santé
Thèse présentée et soutenue à Jouy-En-Josas, le 3 décembre 2018, par
Clara GOBÉ
Composition du Jury : M. François VIALARD
Professeur, praticien hospitalier, UVSQ (– GIG, Hôpital de Poissy) Président Mme. Julie COCQUET
Chargée de recherche, Institut Cochin (– INSERM U1016, CNRS UMR8104) Rapporteure M. Ayhan KOCER
Maître de conférences, UCA (– GReD, CNRS UMR6293, l'INSERM U1103) Rapporteur Mme. Anne-Amandine CHASSOT
Chargée de recherche, INSERM (– UMR1091, CNRS UMR7277, iBV Nice) Examinatrice M. Gabriel LIVERA
Professeur, Université Paris 7 (– CEA, INSERM UMR967) Examinateur M. Norbert GHYSELINCK
Directeur de recherche, CNRS (– UMR7104, IGBMC, INSERM U964) Examinateur M. Eric PAILHOUX
Directeur de recherche, INRA (– BDR, UMR1198) Directeur de thèse Mme. Maëlle PANNETIER
Chargée de recherche, INRA (– BDR, UMR1198) Co-Directrice de thèse
NNT : 2018SACLS476
1
TABLE DES MATIERES
REMERCIEMENTS 8
LISTE DES ABREVIATIONS 15
LISTE DES ILLUSTRATIONS 24
PREAMBULE 29
INTRODUCTION GENERALE 31
« CHAPITRE 1 » : LA DIFFERENCIATION GONADIQUE 32
I. Le développement des crêtes génitales 32
A. Formation et croissance des crêtes génitales à partir du mésonéphros 32
Origine du mésonéphros 32
Formation des crêtes génitales 33
Croissance des crêtes génitales 34
B. Les Cellules Germinales Primordiales 35
Spécification des CGP 35
Migration des CGP 36
Colonisation des CGP 37
Différenciation des CGP 37
II. Différenciation du sexe et développement des gonades 38
A. Généralités 38
B. Détermination du sexe : rôle de SRY 39
Mise en évidence de SRY comme déterminant testiculaire 40
Structure et conservation de SRY 40
Expression et rôles de SRY 41
a. SRY en tant qu’inhibiteur 42
b. SRY en tant qu’activateur 42
« CHAPITRE 2 » : LA DIFFERENCIATION TESTICULAIRE 44 I. Aspects moléculaires – Cascade génétique initiée en aval de SRY 44
A. Principale cible de SRY : le gène Sox9/SOX9 44
Conservation et fonction de SOX9 44
Activation et régulation de l’expression de Sox9 45
B. Gènes activés en aval de SOX9 dans les cellules de Sertoli et qui participent à la
différenciation de ces cellules 47
2
Sox8 et Sox10 47
Dmrt1 et controverses 49
C. Gènes activés directement par SOX9 dans les cellules de Sertoli mais ayant un rôle sur
la différenciation d’autres types cellulaires 52
Amh 52
Dhh et Cyp26b1 52
II. Aspects cellulaires – Premières étapes de la morphogénèse testiculaire 53 A. Différenciation des cellules de Sertoli et mise en place des cordons séminifères 53
Origine des cellules de Sertoli 53
Formation des cordons séminifères 54
B. Différenciation des cellules germinales mâles 55
Inhibition de l’entrée en méiose des cellules germinales XY 55
a. Cyp26b1 56
b. Fgf9 57
c. Nanos2 58
Différenciation des cellules germinales XY en pro-spermatogonies 58 C. Différenciation des cellules de Leydig fœtales et production d’androgènes 60
Origine des cellules de Leydig fœtales 60
Différenciation des cellules de Leydig fœtales 61
Fonctions des cellules de Leydig fœtales et devenir 62
III. Développement testiculaire post-natal – Vers l’acquisition de la fertilité 63 A. Maturation des cellules de Sertoli et mise en place de la puberté 63
B. La spermatogénèse 65
Généralités 65
Cas particulier de la première vague de spermatogénèse 66 Renouvellement et différenciation des spermatogonies – L’entrée en méiose 68
Méiose des cellules germinales mâles 69
a. La prophase de méiose I 69
b. La poursuite de la méiose 70
C. La spermiogénèse 71
L’acrosome 72
Le noyau 72
Le flagelle 73
D. Trouble de la fertilité chez l’homme. 74
« CHAPITRE 3 » : DIFFERENCIATION OVARIENNE 77
I. Trouble de la fertilité chez la femme 77
A. Quelques exemples de causes d’infertilité féminine 77
Infections 77
Désordre hormonal et immunitaire lié à la thyroïde 78
3
Endométriose 78
Syndrome des ovaires polykystiques 79
B. L’insuffisance ovarienne prématurée 80
Définition et conséquences en matière de santé publique 80
Les causes de l’IOP 81
a. Généralités 81
b. Origines génétiques de l’IOP 81
II. Etapes clés de la morphogenèse ovarienne – exemple de la souris 83 A. Différenciation et organisation des cellules germinales femelles dans l’ovaire fœtal 84
Entrée en méiose des cellules germinales XX 84
Formation des nids ovigères 86
B. Fragmentation des nids ovigères : formation des follicules primordiaux 87
C. Folliculogenèse basale 87
Formation des follicules primaires 88
Formation des follicules secondaires 88
Formation des follicules pré-antraux 89
D. Folliculogenèse terminale 90
Action des gonadotropines – Formation de l’antrum 90
Stéroïdogénèse ovarienne et action des stéroïdes 91
Maturation de l’ovocyte 91
Ovulation et formation du corps jaune. 92
III. Aspects génétiques de la différenciation ovarienne 93
A. Voie de signalisation RSPO1/WNT4/β-caténine 93
WNT4 93
a. La voie WNT 94
b. Invalidation de Wnt4 chez la souris 94
c. Mutations de WNT4 chez l’Homme 95
RSPO1 96
a. RSPO1 et la voie WNT/β-caténine 96
b. Invalidation de Rspo1 chez la souris 97
c. Mutations de RSPO1 chez l’Homme 97
Action de l’effecteur de la voie WNT : la β-caténine 98
B. FOXL2 99
Invalidation de Foxl2 chez la souris 99
Rôle de FOXL2 dans l’ovaire caprin 100
Rôle de FOXL2 dans d’autres tissus 101
« CHAPITRE 4 » : FOXL2, BPES ET IOP : UNE HISTOIRE DE CIBLES ET DE
REGULATION 103
I. Syndrome BPES chez l’Homme 103
4
A. Description générale du BPES de type I et II 103
B. Variabilité de l’atteinte ovarienne dans les BPES de type I 104
II. Les IOP non-syndromiques liées à FOXL2 106
III. Test in vitro des cibles de FOXL2 – Différences de régulation entre les ovaires et les
paupières 108
IV. Cibles connues de FOXL2 dans l’ovaire 110
V. Objectifs de ma thèse 112
AXE N°1 : VOIES ACTIVEES EN AVAL DE FOXL2 : ROLE DE DMXL2 DANS LE
DEVELOPPEMENT GONADIQUE 115
« CHAPITRE 5 » : A LA DECOUVERTE DE DMXL2 116
I. Mais pourquoi étudions-nous DMXL2 dans notre laboratoire ? 116 II. Description et rôles connus de Dmxl2/DMXL2 en 2013 117
A. Structure du gène et de la protéine DMXL2 117
B. Premières description/caractérisation de DMXL2 118
Interaction de DMXL2 avec la pompe à protons V-ATPase 118 Implication de DMXL2 dans la voie de signalisation Notch 119
a. Description générale de la voie Notch 119
b. La voie Notch dans la morphogénèse ovarienne 119
c. Liens entre DMXL2 et la voie Notch 120
Implication de DMXL2 dans des pathologies humaine – Données publiées au cours
de ma thèse 121
RÉSUMÉ DE L’ARTICLE 122
ARTICLE : « DUAL ROLE OF DMXL2 IN OLFACTORY INFORMATION
TRANSMISSION AND THE FIRST WAVE OF SPERMATOGENESIS » 124
RESULTATS COMPLEMENTAIRES ET DISCUSSION 125
I. Description de DMXL2/DMXL2 au cours du développement gonadique chez la
chèvre 125
A. Expression et localisation de DMXL2/DMXL2 dans les gonades 125
B. Lien entre FOXL2 et DMXL2 127
5
II. Rôles de Dmxl2/DMXL2 chez la souris 127
A. Controverses sur la mutation Dmxl2+/tm1a 128
B. Implication de DMXL2 dans l’olfaction… mais pas que 129
C. Implication de DMXL2 dans le métabolisme du glucose… mais pas que 130
Rôle de DMXL2 dans la sécrétion d’insuline 130
Rôle de DMXL2 dans la fonction rénale – Interaction avec la pompe V-ATPase 130 D. Implication de DMXL2 dans le développement testiculaire 132
AXE N°2 : EPIGENETIQUE ET REGULATION LONGUE DISTANCE DE
L’EXPRESSION DE FOXL2 136
« CHAPITRE 6 » : REGULATION A DISTANCE DE L’EXPRESSION DE FOXL2 137 I. Syndrome BPES et délétions/translocations en dehors de FOXL2 137
A. Translocations chromosomiques et BPES de type II. 137
B. Délétions de régions génomiques autour de FOXL2 et BPES de type II. 138 II. Introduction de la « Smallest Region of deletion Overlap » 139
A. Découverte de la SRO 139
B. Interaction de la SRO avec FOXL2 140
INTRODUCTION 143
I. Régulations épigénétiques et enhancers : 143
A. Les enhancers et leurs caractéristiques épigénétiques 143 B. Modification génétique et épigénétique : le système CRISPR/(d)Cas9 144 Modification du génome : présentation du système CRISPR/Cas9 144 Modification de l’épigénome : création et utilisation du système CRISPR/dCas9 145
II. But du travail : 146
MATERIEL ET METHODES 148
I. Animaux et prélèvements 148
II. ChIP 148
A. Préparation des noyaux 148
B. Digestion et incubation avec l’anticorps 149
C. Extraction d’ADN 150
III. Préparation des différents plasmides d’expression 150 A. Amplification et purification des vecteurs d’expression dCas9 et gRNA 150
6 B. Création des différents plasmides d’expression des ARN guides 151
Linéarisation du plasmide pSPgRNA 151
Préparation des oligonucléotides 151
Ligation et électroporation 151
Sélection des clones d’intérêts et maxipreps 152
IV. Culture cellulaire et transfection 152
A. Conditions de culture des différents types cellulaires. 152
B. Tests d’efficacité de transfection. 153
C. Transfection et culture cellulaire sous sélection 153
V. Extraction des ARN totaux 154
VI. RT-qPCR 155
A. Reverse transcription (RT) 155
B. PCR quantitative (qPCR) 155
RESULTATS PRELIMINAIRES ET PERSPECTIVES 156
I. Etat épigénétique du locus FOXL2 chez l’Homme 156
II. Conservation de la SRO chez les vertébrés et focus sur la souris 157 III. Etat épigénétique du locus Foxl2 chez la souris 158 IV. Choix de la lignée cellulaire pour les études in vitro 160 A. Expression de Foxl2/FOXL2 dans les différentes lignées 160
B. Test de transfection GFP 161
V. Validation des outils de modification épigénétique : technologie CRISPR/dCas9 161 A. Etat épigénétique du promoteur de Foxl2/FOXL2 dans les lignées cellulaires αT3 et
Cov434 162
B. Modification de l’acétylation du promoteur de Foxl2/FOXL2 163
VI. Travaux en cours, conclusion et perspectives 164
A. Analyse de l’état épigénétique de la SRO dans les lignées cellulaires αT3 et Cov434 164
B. Etude des sites de fixation putatifs de facteurs de transcription dans la SRO 165
Chez l’Homme 166
Chez la souris et les autres espèces 167
a. Les sites spécifiques d’une région : DMRT 167
b. Les sites spécifiques d’une espèce : cas particulier des mammifères placentaires 167
7 C. Perspectives pour la suite de mon travail : délétion de la SRO in vivo chez la souris par
CRISPR-Cas9 168
DISCUSSION 170
I. Autres études menées au locus FOXL2/Foxl2 170
A. Potentiel activateur de la SRO in vitro 170
B. Insertion d’un Piggybac entre la SRO et Foxl2 chez la souris 171
Phénotype des souris homozygotes PB/PB 171
Effet de l’insertion du Piggybac sur la chromatine 172
C. La mutation PIS chez la chèvre 173
II. Thérapies épigénétiques et applications de l’épigénome editing 174 A. Les thérapies épigénétiques dans le traitement du cancer 174
B. L’utilisation du système CRISPR/(d)Cas9 176
La thérapie génique via CRISPR/Cas9 chez l’Homme 176
La thérapie épigénétique via CRISPR/dCas9 177
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES 180
ANNEXE 224
COMMUNICATIONS 226
8
Remerciements
« La valeur d’un homme tient dans sa capacité à donner et non dans sa capacité à recevoir. » Albert Einstein
J’ai choisi d’introduire mes remerciements avec cette citation que j’apprécie tout particulièrement, car elle résume parfaitement mes cinq années passées à l’INRA. En effet, durant mes stages de master et ma thèse, de nombreuses personnes m’ont offert leur aide, leur connaissance, leur technique, leur amitié, leur soutien et c’est pour cela que j’aimerais leur dire aujourd’hui un grand merci...
Je voudrais tout d’abord remercier les membres du jury qui ont acceptés d’évaluer mon travail de thèse. Je remercie donc chaleureusement Ayan Kocer et Julie Cocquet d’avoir accepté d’étudier mon manuscrit et d’en être les rapporteurs. Je remercie également Anne- Amandine Chassot, Norbert Ghyselinck et Gabriel Livera d’avoir accepté d’être examinateurs, avec un remerciement spécial pour Gabriel, qui a été rapporteur de mon manuscrit de Master 2 et qui suit mon évolution depuis le concours de l’école doctorale. And the last but not least, un grand merci à François Vialard d’avoir accepté de présider ce jury.
Au cours de ma thèse, j’ai été amenée à expérimenter dans d’autres laboratoires pour surmonter quelques difficultés techniques. Aussi, j’aimerais remercier Céline Guigon et Nicolas Narbout-Nême, qui m’ont accueillie dans leurs locaux et avec qui j’ai eu la chance de travailler. Je rajouterais un petit clin d’œil à Céline, concernant les solutions toutes étiquetées
« CG » qui m’ont données l’impression d’être dans mon labo .
Mes stages de master et ma thèse n’auraient pas eu lieu si Corinne Cotinot ne m’avait pas acceptée au sein de son unité… et donc un grand merci pour toutes ces années passées en BDR. Merci aussi de ne pas m’avoir assommée à coup de courgette-gourdin (vive les jardins de l’INRA !) le jour où je me suis réinscrite (un peu) en retard . Je remercie également les filles du secrétariat (Martine P., Céline D., Claire) qui ont toujours été disponibles et qui m’ont toujours aidée, avec une mention spéciale pour Annie P., qui gère à la perfection tous nos ordres de missions. Je voudrais aussi remercier tout spécialement Corinne F. qui fait un travail formidable avec tous les stagiaires et doctorants, que ce soit aux niveaux
9 administratifs, des aides, du logement, des badges et tout pleins d’autres problèmes… Bref, merci Corinne d’avoir été une aide si précieuse !!!
Au cours de mes cinq années passées en BDR (et n’étant malheureusement pas née avec la science infuse), j’ai dû aller quérir de l’aide auprès de plusieurs personnes de mon unité. Je dois mentionner que j’ai toujours été extrêmement bien reçue, que ces personnes se sont toujours montrées disponibles et à l’écoute, et qu’auprès d’elles j’ai beaucoup appris et je me suis enrichie. Je leur dédie donc ces paragraphes de remerciements.
A Anne G., merci de m’avoir prêté votre appareil de test de la glycémie et pour ton expertise et tes conseils dans ce domaine.
A Mélanie J., merci de m’avoir consacré du temps pour cette fameuse manip’ de dosage de l’insuline. Je me souviendrais toujours de la maltraitance qu’on a infligé à ces pauvres plaques !
A Eli S., merci pour toutes les manip’ de spermogramme que tu m’as aidé à réaliser.
C’était sportif et compliqué pour moi, mais ta patience m’a énormément rassuré et les résultats obtenus étaient inattendus . Ah, et je suis encore mille fois désolé pour le Tuc saveur bacon… ça va me hanter longtemps crois moi.
A Anne T., merci de m’avoir prêter ton livre sur les analyses stéréologiques et de m’avoir enseigner cet art . Ton aide m’a été très précieuse pour réaliser mes études histologiques !
A Isabelle H., merci de m’avoir donné accès à toutes ces possibilités d’analyses in silico. Que ce soit IPA ou Genomatix, j’ai adoré découvrir ça avec toi, là-haut cachée dans le pigeonnier .
A Sophie C., merci de m’avoir consacré un peu de ton temps pour me donner tes petits secrets sur Zotero. Tu mérites amplement ton diplôme de la gentillesse !
A Audrey P., merci merci merci de t’être auto-proposée pour m’enseigner les bases des Staaaatistiiiiques… ma bête noire. Ce n’était pas gagné, mais tu m’as consacré de ton temps précieux et tu as su rendre ça simple. Merci aussi pour le livret que tu m’as donné, il est juste génialissime !! A part ça, c’était aussi un vrai plaisir de venir camper parfois dans votre bureau avec JP et de prendre un café ou un thé avec toi quand tu avais un peu de temps
<3 !
Même si je n’ai pas directement travaillé avec eux, je voudrais également remercier Véronique D. et Olivier S., qui sont deux directeurs d’équipe m’ayant régulièrement apporté leurs soutiens. Merci donc à vous deux d’avoir pris de mes nouvelles dès que l’occasion s’en
10 présentait, ces petits gestes me touchent. Ils n’ont pas été les seuls, malheureusement il ne m’est pas possible de citer toute l’unité (désolé Vincent B., Eugénie C., et toutes ces personnes qui ont le cœur sur la main) ! Mais je ne vous oublie pas et à tous un grand merci !
Vous vous en doutez peut-être déjà, mais je n’ai pas été embêter uniquement les personnes de mon unité durant mes années passées à l’INRA. Aussi, les paragraphes qui suivent sont dédiés à toutes les personnes de l’INRA m’ayant apporté leurs soutiens.
A Abdel B., un énorme MERCI pour tout l’immense travail que tu as accompli en histologie. Toujours prêt à rendre service, curieux, impliqué dans ton travail (peut-être même un peu trop ), ça a été un réel plaisir de travailler avec toi. Je me souviendrais toujours du fameux TP que tu as fait faire à tes stagiaires pour savoir combien de temps il fallait fixer les testicules !! Je regrette ton départ de la plateforme mais te souhaite une bonne continuation pour la suite, tu le mérites !!
A Nicolas M. et Patrice C., un grand merci également pour toutes les manip’ sur l’olfaction et votre aide dans ce domaine d’expertise. Vous avez toujours été plus que disponible et aidant, je me souviens aussi bien du prêt du microscope IF, que de vos astuces de traitement d’images(J) et vos maintes explications sur l’olfaction .
A Luc J., merci est un bien petit mot si l’on considère tout le temps que tu as passé sur nos analyses de micro-array et de RNA-seq. Et comme si cela ne suffisait pas, merci aussi d’avoir pris le temps de répondre à mes questions et de m’avoir aidée à résoudre quelques problèmes d’analyses stats. Ta gentillesse est sans limite quand il s’agit de nous conduire dans les méandres de la bioinformatique !
A Bruno P. et Johan C., merci pour vos conseils et votre aide concernant le modèle murin. Aussi bizarre que cela puisse paraitre en biologie, notre équipe n’étudiait pas cette espèce, et votre expertise m’a été précieuse durant ma thèse.
A Marthe V., merci pour ton aide pour la congélation de sperme. Dis comme ça ce n’est pas très glamour, mais mes 8 lignées de souris sont bien conservées grâce à toi et Johan.
A Nicolas « de la laverie », ce titre te fera peut-être sourire mais tu es un peu mon interlocuteur privilégier dans ce domaine. Merci à toi pour ta disponibilité et toutes les vaisselles et les autoclaves qui m’ont dépannées .
Au personnel de l’animalerie, merci pour l’entretien journalier des souris.
L’animalerie est chronophage et lors de mes nombreux aller-retour là-bas j’ai pu faire plus ample connaissance avec une personne formidable, Charline P., que je souhaite remercier plus spécialement. Charline, ton professionnalisme et ton dynamisme n’ont d’égal que ta
11 gentillesse, et je suis contente de t’avoir aujourd’hui comme amie. Je suis aussi vraiment heureuse que tu aies évolué en tant que technicienne au sein de la BDR chez Anne G., tu le mérites !
Bon, l’étau se resserre et il est maintenant temps de passer à « mon » équipe, aussi surnommée ma seconde famille scientifique . En effet, arrivée à 21 ans dans l’ER3 j’ai vite été affublée d’un magnifique surnom : « le bébé » (merci encore hein). J’ai grandi parmi 2 boucs, 3 chèvres, 2 brebis, 3 lapines et 1 vache, qui ont su au fil des années me donner les outils nécessaires pour être autonome dans cette grande ferme.
Je commencerais donc par remercier mon chef et directeur de thèse, Eric P., de m’avoir accueillie dans son équipe pendant cinq (longues ?) années. Eric, je dois t’avouer aujourd’hui avoir été timide pendant un temps à l’idée d’entrer dans ton bureau, « le bureau du boss ». Mais ton accessibilité, ta bonne humeur, tes blagues et ton rire caractéristique m’ont vite fait me sentir à l’aise. J’ai été impressionnée par toutes tes connaissances et tes idées, mais également surprise par des sujets de conversations plus inattendus tel que chasse
& pêche et l’ébénisterie ! Je suis très contente d’avoir fait partie de ton équipe pendant un temps, alors merci merci merci.
Je voudrais continuer dans la lignée des chefs et remercier, non-seulement mon encadrante de stage de master 1, mais aussi mon encadrante de stage de master 2 et ma co- directrice de thèse : Maëlle P. Maëlle, je pense que tu le sais déjà mais tu représentes pour moi une personne très particulière, car tu es celle qui m’a élevée à plein temps dans le monde scientifique. Tu m’as énormément apporté en rigueur scientifique et tu m’as appris à canaliser mon énergie lorsque ça partait dans tous les sens (élocution comprise ^^). Tu as aussi su être à mon écoute lorsque j’en avais besoin, et je pense sincèrement que la communication est une qualité dont on ne peut pas se passer. J’ai trouvé que notre duo a été très complémentaire au fil des années et j’ai été plus que ravie de travailler avec toi. Tu es à la fois mon mentor et mon bourreau, et pour tout ça… Merci <3 !
On sort de la lignée des chefs mais on reste dans l’esprit de formation, j’aimerais maintenant dire un énorme merci à Maëva E. (M. officiellement), ex-thésarde de l’équipe et amie. Maëva, je peux te poser une question ? Est-ce que mes questions te manquent ? Est-ce que tu penses qu’un jour nos sens de l’humour s’accorderont ? Maëva, je te dois aussi beaucoup, toi que j’ai suivi comme ton ombre pendant plusieurs mois, et qui m’a appris énormément sur le terrain. Ta patience pour tout m’expliquer, tout le temps que tu m’as consacré, tes conseils, ta bienveillance, ta gentillesse et ton écoute pour tous mes problèmes…
12 je ne les oublierai jamais, alors simplement merci <3 ! Tu as une force de caractère impressionnante et tu t’investis à fond dans tout ce que tu entreprends. Je t’admirais, je t’admire et je t’admirerai encore je pense... Je te souhaite une belle continuation et j’espère que la vie offrira plein de bonheur à toute ta petite famille.
Attention, la personne suivante est à mes yeux un monument dans l’équipe. Discrète mais néanmoins sur tous les fronts, je voudrais dire aujourd’hui un immense MERCI à Marjolaine A. Marjo, je dois avouer ne pas savoir par où commencer… Si je commence d’un point de vue professionnel, je dirais que si notre équipe était un dieu hindou, toi et Gégé représenteraient une bonne partie des paires de bras ! Enfin bon, pour le moment tu n’as qu’une seule paire alors prends en soin . Tu m’as énormément aidée pendant ma thèse, et pour cela je ne te remercierais jamais assez ! D’un point de vue plus personnel, notre amitié n’était pas évidente à prédire au début, car de nature réservée il faut s’accrocher pour passer ta carapace et tu ne laisses pas rentrer n’importe qui (heureusement tu vas me dire !). Mais je suis chanceuse (et tenace) et j’ai pu découvrir une personne formidable, profondément gentille et sensible, faisant partie de la catégorie que j’appelle « les belles personnes » . Ton soutien a ensoleillé toutes mes années à l’INRA et pour cela… merci <3 !
Héhéhé la personne à qui est dédié ce paragraphe est haute en couleur et à toujours une paire de chaussure à assortir à ses tenues… j’ai nommé Aurélie B. ! Aurélie, quand je suis arrivé dans l’équipe tu étais en congé maternité, mais je n’arrêtais pas d’entendre parler de toi ! Et c’était pour une bonne raison : pleine d’énergie et dynamique tu es toujours à fond dans tes manip’ et néanmoins tu trouvais encore le temps de venir nous faire rire dans le bureau. Tes paroles m’ont souvent motivées et tes petites attentions m’ont vraiment touchées, et je tiens vraiment à te remercier du fond du cœur pout tout ça <3 !
C’est un puit de science qui s’intéresse absolument à tout, et qui n’arrête pas de nous surprendre avec ces RIBDR légendaires, oui oui c’est Dominique T. ! Dom, je pense que j’aurais toujours les yeux comme des billes quand je t’écouterais parler d’une espèce exotique ou qui m’est inconnue. On a peut-être un seul point commun, mais je pense que c’est notre intérêt pour la phylogénie, l’évolution et les bêtes bizarres . Merci pour toutes tes anecdotes incroyables, elles vont me manquer.
Je dois vous présenter le second monument de notre équipe, la personne qui marche plus vite que son ombre : Geneviève J. Gégé, j’ai toujours été impressionnée par le nombre incalculable de choses que tu gères au sein de l’équipe et en dehors. Je me souviendrais toujours aussi de ta présence de 7h à 19h, qui nous fais nous sentir jamais vraiment tout seul dans le labo . J’ai été ravie de maniper avec toi, et que tu m’aies enseigné ton art des
13 bactéries et des plasmides ! Tu es une personne volontaire qui ne rechigne jamais à la tâche et je t’admire beaucoup pour ça… merci encore pout tout le temps que tu m’as accordé <3 !
J’ai également beaucoup appris avec la personne de ce paragraphe, qui m’a couvé comme un œuf lorsqu’il s’agissait de designer des manip’, Nathalie DC., tu t’es peut-être reconnue. Nathalie, le contact entre nos deux bureaux à mis un temps à s’établir mais je ne regrette pas du tout de t’avoir découverte. Ton sens de la rigueur m’a beaucoup apporté en réflexion et ton côté maternelle m’a guidé tout au long de mon apprentissage. Merci de m’avoir enseigné tes techniques de culture cell et de transfection, ta disponibilité et ton implication m’ont fait chaud au cœur… je pense fort à toi et te souhaite une bonne continuation dans ton nouveau poste <3 !
J’hésite à écrire ce paragraphe en majuscule pour remercier Erwana H., qu’il est difficile de rater . Erwana, toi et ton caractère bien trempé allez me manquer. Même si l’on n’a jamais vraiment travaillé ensemble, tu m’as soutenue à coup de café et tu me mettais de la musique pour animer mes longues journées de montage de lames paraffines… Bon, aussi mes journées de bureau vu l’isolation, mais pour tous tes petits gestes : merci et bonne continuation dans le sud <3 !
Je voudrais aussi remercier Béatrice MP., dont le fameux « ça va clarinette ? » va résonner encore pendant longtemps dans mes souvenirs. Béa, même si je n’étais pas ta thésarde, tu as toujours pris le temps de prendre de mes nouvelles et de m’écouter te raconter ma vie. Tu es une personne franche et coquette (oui oui je me souviens des vernis colorés et des tatous brillants ), et j’ai apprécié nos discussions. Alors merci <3 !
La première fois que j’ai vu cette personne c’était dans une pièce de théâtre, alors ça ne peut être que Elodie L. . Elo, merci de ton volontariat pour me filer un coup de main quand j’en avais besoin, tu n’étais jamais obligée mais tu l’as fait et ça, ça me touche beaucoup <3 ! J’espère que tu évolueras comme tu le souhaites, et merde pour ton EPHE !!
Je ferais aussi un petit clin d’œil à toutes les stagiaires, doctorants et post-doc qui sont partis : Alix, Barbara, Mathilde, Fanny …et celle qui reste… Manon C. ! Manon, j’espère avoir été utile quand tu en avais besoin, tu es pleine d’énergie alors fonce !!! Bon courage pour ta thèse !
Bien, je suis déjà à 6 pages et il serait beaucoup trop long d’écrire sur les personnes qui suivent. En effet, je remercie chaleureusement tous les membres de Doc’J avec qui j’ai passé de supers années, mais aussi les extérieurs car, qu’ils soient doctorants ou non, ce sont devenus avant tout des amis et confidents : Jean-Philippe, Tatiana, Déborah, Charline, Audrey
14 P., Polina, Matteo, Audrey L., Mouna, Thibaut, Baudoin, Renaud, Nathalia, Maxime, Sarah- Anne, Marion, Aaron… et tellement d’autres encore qu’il m’est impossible d’en dresser la liste complète sans en oublier (ou bien d’y passer un sacré bout de temps).
Et enfin, j’ai gardé le meilleur pour la fin : ma famille, mon amour et ma belle-famille.
Dire merci à mes parents aujourd’hui me parait un faible mot pour exprimer toute la reconnaissance que j’ai pour eux. Leur courage et leur abnégation pour nous offrir tout ce qu’ils n’avaient pas eu la chance d’avoir, m’ôte les mots. Si j’ai pu faire les études que je voulais c’est grâce à vous et je ne vous dirais jamais assez merci. Vous m’avez toujours soutenu dans mes choix, vous m’avez donné confiance pour avancer, et j’espère aujourd’hui vous rendre fier. Je vous aime <3… Bon, pour les deux autres membres de ma famille j’ai un doute . Vous mangiez mes bonbons et me piquiez mes affaires, mais vous avez toujours été deux petits diablotins que j’aime profondément. A ma petite sœur Lise, j’espère que tu trouveras ta voie. A mon petit frère Rémy, profite bien de tes années étudiantes. A tous les deux, merci d’avoir composé une fratrie aussi mouvementée . Je voudrais aussi remercier ma formidable grand-mère, Aline, pour m’avoir hébergée lors de mon arrivée dans la région et m’avoir toujours soutenue .
A ma belle-famille, Nathalie, Thierry, Emeline, Nicolas, Mathieu, Téa, Antoine et Julia : merci pour votre soutien, vous êtes géniaux . Et pour finir, à l’homme de ma vie, Romain, merci de m’avoir épaulée dans les moments difficiles. Te rencontrer a été l’une des plus belles choses qui me soit arrivée dans ma vie… je t’aime <3 !
15
Liste des abréviations
(d)CAS9 (dead) CRISPR Associated protein 9 (q)PCR (quantitative) Polymerase Chain Reaction
°C Degrés Celsius
%ID Pourcentage d’identité
α Alpha
β Beta
β-TrCP Beta-Transducin Repeat Containing E3 Ubiquitin Protein Ligase γH2AX Histone H2A, Member X, phosphorylated on Serine 139
µm Micromètre
3β-HSD 3β-Hydroxysteroid Dehydrogenase 5(h)mC 5 (hydroxy)méthyl Cytosine
17β-HSD3 17β-Hydroxysteroid Dehydrogenase type 3 Aal4 et Aal8-16 A alignées
Apr A appariées
As A souches
aa Acides aminés
ACTB Actin B
AD Aorte Dorsale
ADN (ou DNA) Acide Désoxyribonucléique AIRE Autoimmune Regulator AKT AKT Serine/Threonine Kinase
Ala Alanine
AMH Anti-Müllerian Hormone
AMHR2 Anti-Müllerian Hormone Receptor 2 Amnio Amniotes
AMP Adenosine Monophosphate ANTXR1 Anthrax Toxin Receptor 1 APC Adenomatosis Polyposis Coli
APECED Autoimmune Polyendocrinopathy Candidiasis Ectodermal Dystrophy APH-1B Anterior Pharynx Defective 1 Homolog B
Apr A paired
APS Autoimmune Polyendocrine Syndrome ARN (ou RNA) Acide Ribonucléique
ARNnc ARN non-codants
ARX Aristaless Related Homeobox ATG7 Autophagy Related 7
ATM Ataxia Telangiectasia Mutated
ATR Ataxia Telangiectasia And Rad3-Related Protein
As Asingle
AXL AXL Receptor Tyrosine Kinase
B Bladder
BANF1 Barrier To Autointegration Factor 1
16
BAX BCL2 Associated X
BCL B-Cell CLL/Lymphoma
BCL2A1 BCL2 Related Protein A1 BECN1 Beclin 1
BHT Barrière hémato-testiculaire
BLIMP1 B-Lymphocyte-Induced Maturation Protein 1 BLM Bloom Syndrome RecQ Like Helicase BMP Bone Morphogenetic Protein
BMPR1B Bone Morphogenetic Protein Receptor Type 1B
BPA Bisphénol A
BPES Blepharophimosis, Ptosis, Epicanthus inversus Syndrome BPESC1 Blepharophimosis, Epicanthus Inversus And Ptosis, Candidate 1 BRCA1 Breast Cancer type 1, DNA Repair Associated
CASP Caspase CBX2 Chromobox 2 CDB Cassure Double Brin
CDC20 Cell-Division Cycle protein 20 CDH1 Cadherin 1
CDK1 Cyclin Dependent Kinase 1 CFC1 Cripto, FRL-1, Cryptic Family 1
CHH Congenital Hypogonadotropic Hypogonadism CMV Cytomegalovirus minimal promoter
CNe Cordons Néphrogènes
COPB2 Coatomer Protein Complex Subunit Beta 2 Co-A Co-Activator
Co-R Co-Repressor
COUP-TFII COUP Transcription Factor II CGP Cellules Germinales Primordiales ChIP Chromatin immunoprecipitation
Chr Chromosome
C-KIT KIT Proto-Oncogene Receptor Tyrosine Kinase
CL Corpus Luteum
CNCs Conserved Non-Coding sequences CPA Complexe Promoteur d’Anaphase CREM CAMP Responsive Element Modulator
CRISPR Clustered Regularly Interspersed Palindromic Repeats CSF1 Colony Stimulating Factor 1
CSS Cellules Souches Spermatogoniales C-term Région C-terminale
CTNNB1 Catenin beta 1
CXCL12 C-X-C Motif Chemokine Ligand 12 CXCR4 C-X-C Chemokine Receptor type 4 CX43 Connexin 43
CXXC CXXC Finger Protein
CYP11A1 Cytochrome P450, family 11, subfamily A, member 1 CYP17A1 Cytochrome P450, family 17, subfamily A, member 1
17 CYP19A1 Cytochrome P450, family 19, subfamily A, member 1
CYP26B1 Cytochrome P450, family 26, subfamily B, member 1
D Diplotène
DAPI 4',6-diamidino-2-phénylindole DAZL Deleted in Azoospermia Like DDX4 Dead-box Helicase 4
DHEA Déhydroépiandrostérone
DHH Desert Hedgehog
DHT Dihydrotestosterone
DIAPH2 Diaphanous Related Formin 2 DIM Domaine de Dimérisation DMC1 DNA meiotic recombinase 1
DMRT1 Double sex and Mab-3 Related Transcription factor 1 DMXL2 Dmx-Like 2
DNMT3L DNA Methyltransferase 3-Like DSD Disorders of Sex Development
DVL Dishevelled
E Epididymis
E2 Estradiol
E2F1 E2F Transcription Factor 1
ECF Evolutionarily Conserved Fragment EEx Endoderme Extra-embryonnaire EGF Epidermal Growth Factor
EGFR Epidermal Growth Factor Receptor
EIF2B Eukaryotic Translation Initiation Factor 2B Subunit EMX2 Empty spiracles homeobox 2
ENCODE Encyclopedia Of DNA Elements ENH13 Enhancer 13
Epi Epiblaste
ERG ETS-Related Gene
ERK Extracellular Signal-Regulated Kinase ESR Estrogen Receptor
ESRR Estrogen Receptor Related ETV5 ETS Variant 5
et al. et alii (et les autres)
EV(A) Endoderme Viscéral (Antérieur)
F Femelle
FAS Fas Cell Surface Death Receptor, Tumor Necrosis Factor Receptor Superfamily, Member 6 FAU Ubiquitin Like And Ribosomal Protein S30 Fusion
FGF Fibroblast Growth Factor
FGFR Fibroblast Growth Factor Receptor FIGLA Factor In the Germline Alpha FLRE FOXL2 Responsive Element FMR1 Fragile X Mental Retardation 1 FOG2 Friend of GATA protein 2
FOS FBJ Murine Osteosarcoma Viral Oncogene Homolog , AP-1 Transcription Factor Subunit
18 FOXL2 Forkhead box L2
FOXL2NB FOXL2 Neighbor FOXL2OS FOXL2 Opposite Strand FOXO (3A) Forkhead box O(3)
FSH(-β) Follicle Stimulating Hormone (beta subunit) FSHR Follicle Stimulating Hormone Receptor
FST Follistatin
GALT Galactose-1-Phosphate Uridylyltransferase
GNAS Guanine Nucleotide Binding Protein (G Protein), Alpha Stimulating Activity GAS6 Growth Arrest Specific 6
GATA4 GATA binding protein 4 GDF9 Growth Differentiation Factor 9
GDNF Glial cell-line Derived Neurotrophic Factor GDP Guanosine Diphosphate
GFP Green Fluorescent Protein GFRA1 GDNF Family Receptor Alpha 1
GMEB1 Glucocorticoid Modulatory Element Binding Protein 1 GnRH Gonadotropin Releasing Hormone
GSK3-β Glycogen Synthase Kinase 3β GTP Guanosine Triphosphate H3K27ac Histone 3 Lysine 27 acétylé H3K4me1 Histone 3 Lysine 4 monométhylé H3K9ac Histone 3 Lysine 9 acétylé H3K9me3 Histone 3 Lysine 9 triméthylé H3K36me3 Histone 3 Lysine 36 triméthylé HDAC Histones Désacétylases
H(&)E Hématoxyline et Eosine (coloration) HES1 Hairy and Enhancer of Split 1
HEY2 Hairy/Enhancer-of-Split Related with YRPW Motif 2 HIS Hybridation in situ
HMG High Mobility Group box
HPRT1 Hypoxanthine phosphoribosyltransferase 1 HSD3β2 3β-Hydroxysteroid Dehydrogenase type 2 ID4 Inhibitor Of DNA Binding 4, HLH Protein IGF Insulin-like growth factor
IGF1R Insulin-like growth factor 1 receptor IgG Immunoglobuline G
In Intermédiaire
INHA Inhibin Subunit Alpha
INRA Institut National de la Recherche Agronomique INSL3 Insulin Like-3
INSR Insulin Receptor
INVS Institut National de Veille Sanitaire IOP Insuffisance Ovarienne Prématurée
IP Immunoprécipitation
J Jours
19 jpc jours post-coitum
jpp jours post-partum
KAP-1 KRAB Associated Protein 1
kb kilobases
KCNJ15 Potassium Channel inwardly rectifying subfamily J member 15
kDa kilodalton
KITL Kit Ligand
KO Knock-Out
KRAB-O Krüppel Associated Box-Only
L Litre
L(ep) Leptotène
LC Leydig Cells
LEF Lymphoid Enhancer Factor
LGR Leucine-rich repeat-containing G-protein coupled Receptors
LH Luteinizing Hormone
LHCGR Luteinizing Hormone/Choriogonadotropin Receptor LHR Luteinizing Hormone Receptor
LHX Lim homeobox
LIF LIF, Interleukin 6 Family Cytokine
LIN28 Lin-28 Homologue A, Zinc Finger CCHC Domain-Containing Protein 1
LOF Loss Of Function
LRP LDL Receptor-related Protein
M Mâle
MAB-3 Male Abnormal-3
MAF V-Maf Musculoaponeurotic Fibrosarcoma Oncogene Homolog
Mam Mammifères
MAPK Mitogen-Activated Protein Kinase
Mb Mégabases
ME Mésoderme Embryonnaire
MED1 Mediator Complex Subunit 1
MERTK MER Proto-Oncogene, Tyrosine Kinase MEx Mésoderme Extra-embryonnaire mGSC male Germline Stem Cell MI Mésoderme Intermédiaire Mir-133 MicroRNA 133
mL millilitre
MLH MutL Homolog
mm millimètre
MRKH Syndrome Mayer-Rokitansky-Küster-Hauser MRPS22 Mitochondrial Ribosomal Protein S22 MSCI Meiotic Sex Chromosome Inactivation MSH5 MutS Homolog 5
MSX Msh homeobox
MTORC Mechanistic Target Of Rapamycin Kinase
MVH Mouse Vasa Homologue
MYBPC Myosin Binding Protein C
20 NANOG Nanog homeobox
NANOS Nanos C2HC-Type Zinc Finger
NDUFB6 NADH-Ubiquinone Oxidoreductase Beta Subunit, 6
NES Nestin
NGF Nerve Growth Factor NGN3 Neurogenin 3
NICD Notch Intracellular Domain NLS Nuclear Localization Signal NMD Non-sens Mediated Decay
NOBOX Newborn Ovary homeobox protein
NoC Notochorde
NODAL Nodal growth differentiation factor
NR Non Renseigné
NR2C1 Nuclear Receptor Subfamily 2, Group C, Member 1 NR2F2 Nuclear Receptor Subfamily 2 Group F Member 2 NR5A1 Nuclear Receptor Subfamily 5, Group A, Member 1 NR5A2 Nuclear Receptor Subfamily 5, Group A, Member 2 N-term Région N-terminale
NTRK2 Neurotrophic Receptor Tyrosine Kinase 2
O Ovaire
OCT Octamer-Binding Protein
of Ovarian Follicle
OMS Organisation Mondial de la Santé
Oo Oocyte
OSR2 Odd-skipped related 2
Ov Oviducte
P Pachytène
P4 Progestérone
PAM Protospacer-Adjacent Motif PARP1 Poly (ADP-Ribose) Polymerase 1 PAS Periodic Acid Schiff (coloration) PAX7 Paired Box 7
PB PiggyBac
pb paire de bases
PCB Polychlorobiphényles PDE3A Phosphodiesterase 3A
PDGF(α) Platelet-Derived Growth Factor (Alpha)
PDGFRα Platelet Derived Growth Factor Receptor Alpha PECAM Platelet And Endothelial Cell Adhesion Molecule PEN-2 Presenilin Enhancer 2 Homolog
PF Primordial Follicle
PFOXic Promoter FOXL2 inverse complementary PGD2 Prostaglandine D2
PGE2 Prostaglandine E2 PGR Progesterone Receptor
PGRMC1 Progesterone Receptor Membrane Component 1
21 PI3K Phosphoinositide 3-Kinase
PIAS Protein Inhibitor Of Activated STAT PIS Polled Intersex Syndrome
PISRT PIS regulated transcript
PKA Protein Kinase cAMP-Activated
Pl Pré-leptotène
Pla Placentaires
PLIN1 Perilipin 1
PLZF Promyelocytic Leukaemia Zinc Finger POD1 Podocyte expressed 1
POLG Polymerase (DNA) Gamma, Catalytic Subunit polyAla poly-Alanines
POU5F1 POU class 5 homeobox 1
PQA Proline-Glutamine-Alanine (domaine) PRC1 Polycomb Repressive Complexe 1 PRDM PR/SET domain
PRM Protamin
PROS1 Protein S
PRR23A Proline Rich 23A PT Protéines de Transition PTCH1 Patched 1
PTEN Phosphatase and Tensin Homolog PTGDS Prostaglandin D synthase
PTGS2 Prostaglandin-Endoperoxide Synthase 2 qsp Quantité suffisante pour
RAB3A RAB3A, Member RAS Oncogene Family RAB3-GAP RAB3 GTPase Activating Protein
RAB3-GEP RAB3 GDP/GTP Exchange Protein RAB-GDI RAB GDP Dissociation Inhibitor
RAB7B RAB7B, Member RAS Oncogene Family RAD1/9/17 Cell Cycle Checkpoint Protein
RAD51/54 DNA Repair And Recombination Protein RALDH Retinaldehyde Dehydrogenases
RAR Retinoic Acid Receptor
RAVE Regulator of the (H+)-ATPase of the Vacuolar and Endosomal membranes RBCN-3α Rabconnectin 3 Alpha
RBP-J Recombining Biding Protein suppressor of hairless REC8 REC8 Meiotic Recombination Protein
REDD1 Protein Regulated In Development And DNA Damage Response 1 RET Ret Proto-Oncogene, Receptor Tyrosine Kinase
RHOX13 Reproductive Homeobox 13 (M. musculus) RIM Rab3-Interacting Molecule
RPA Replication Protein A RPKM Reads Per Kilobase Million
RPLP1 Ribosomal Protein Lateral Stalk Subunit P1 RRBS Reduced Representation Bisulfite Sequencing
