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A Multi-Site Constraint Programming Model of Alternative Splicing Regulation

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Academic year: 2021

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(1)A Multi-Site Constraint Programming Model of Alternative Splicing Regulation Damien Eveillard, Delphine Ropers, Hidde de Jong, Christiane Branlant, Alexander Bockmayr. To cite this version: Damien Eveillard, Delphine Ropers, Hidde de Jong, Christiane Branlant, Alexander Bockmayr. A Multi-Site Constraint Programming Model of Alternative Splicing Regulation. [Research Report] RR-4830, INRIA. 2003. �inria-00071756�. HAL Id: inria-00071756 https://hal.inria.fr/inria-00071756 Submitted on 23 May 2006. HAL is a multi-disciplinary open access archive for the deposit and dissemination of scientific research documents, whether they are published or not. The documents may come from teaching and research institutions in France or abroad, or from public or private research centers.. L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est destinée au dépôt et à la diffusion de documents scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, émanant des établissements d’enseignement et de recherche français ou étrangers, des laboratoires publics ou privés..

(2) INSTITUT NATIONAL DE RECHERCHE EN INFORMATIQUE ET EN AUTOMATIQUE. A Multi-Site Constraint Programming Model of Alternative Splicing Regulation Damien Eveillard — Delphine Ropers — Hidde de Jong — Christiane Branlant — Alexander Bockmayr. N° 4830 Mai 2003. N 0249-6399. ISRN INRIA/RR--4830--FR+ENG. THÈMES 2 et 3. apport de recherche.

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(36)  #  -!,   BP. SD. SA. exon 1. exon 2. 5’. P GU. A. 3’. AG P. ATP. UG P A. exon 1. +. 5’. exon 2 3’. AG P. ATP. exon 1. UG. exon 2. P. ˆŠ˜ †† zKzKŠE‹m{„Œ,x“h~ ˜ †‡zz‰E~ ½|52zKŒ0z£u) _~vx{~z½~ {’vx‰#©xzˆŠz0† ¨}Œ¦£†‡‰m¿ x h‹º { Á©œO˜’u)‰£~Œ0vœ~ zZzevx{’z{¥z¦£‰m0 ‰m©:6 œz{*˜“œOt†‡~’ œ˜ zZzj›x{%†‡›x†Š x /z‹&ˆŠ~’†‡y.vx{ª†‡z~’†‡~’z †ŠzKÁ& @›_~’º˜ “r‰m‘¢ x{’†ŽzK~’Œ*Œ0vœ‰E˜ zz œ‹m0›Ó†Š6 ‰m˜ /zKtm‰m œŒ0¾P›~’†Š.‰m0 ©œº ˜’ŒzK“x£ye~ †‡ hzZ{j›£{’†‡{’†‡ bz œ œ‹/~’‹mvx{’zz†‡˜¥~’zK©x¨}{ vx¿Á‰@ºº{ª©œvœ~ ÜvœO˜O~ { z~~ ›x‰myt†Š #‰m¾o~ vxz0 º “x†Š œ›£†Š x‹W{’†§~ z Á  EŒv#˜ zKEŒ,~’†Š‰m ˜ zK”@x†Š˜’zZ{ º u) zK xz˜ ‹m‘ Á ~ Œvx‰mz} œ›x˜ †§z~ ‹E†‡‰Ex ˆŽOÁ ~’†Š‰m .†Š œŒ0˜ zKE{ªzZ{ ½ †‡~’v~ vxzˌKt©œEŒ0†‡~ ‘j‰m¾ m Wz0¦£‰E .~’‰“:zKŒ‰my.zˍm †‡ @~’˜ ‰m †Š [6‹E†‡»Ez WŒzˆŠ‡xˆŽt˜ Ãhm œ˜ {ª›&~„–— 8“hŒKmzK†ˆ‡{’Š‰ z‹ ½ Á ›£xzK~’šO{ vœŒ0{’zWz˜ †Š»m©x“hzK˜ zZ 6z{Ëy.~ Œ‘rzKˆŠ©hE{ zZ{’{ª{{’zK†Š x‰mŒK‹m¾xtzKˆ †‡ @˜z0~’¦£¨¥˜ ‰m‰m¿ œ º{ zÁ ˆŠ†‡‹mu)y.†Š»mvœ†Š œzezjO~ {’~ ½ zK†‡‰EŒ0‰]‰E  œŒt‰m›]˜ œzžŒKŒ{ªm˜’vœ{’z‰z~’z.½ Œ mz0¦x ]Á m–—“hye z.©œzZm{’ˆ‡zZzŒ{6zv _‰tŒK¾%mm{’{„†Šzm EWšZ~ ~’˜’Œ0vx‰E‰E _z2ye›£zK©:‰tˆ‡†Šz0~’y.~’~ zZ†§†‡~ ›6 h†‡‰EOˆ‡ U†Š~’ x†Š‰mzZ“: { z0Á~m½ “hu)z‰OzKvx»E zz ~ “:›xvx†§z0ÈDz_~ ½z˜ EzzŒzK @Œ e~z©£~ z0½~ ¦£‰m‰6‰m˜[ hzm¦r{ œÁ‰E› œ–—{ b~’Á vx–—~ z_ .vxz›£~’vœ‰m~’z% xvx‰EˆŠ†ŠE˜˜#›{ ~P{’†§m~ ~ ½ œz]›Â‰˜ zKŒ~ {’Evx©h{ªz/zZzZ{Œ,¾À‰mšO~’†Š~ œ»mvx˜ªzK~ z}ˆ‡v ‘ ŒÁ vxŒK‰Em–—†Š{’ Œzmz)šd~’“hvx˜ zzzU~ ‹E½ xÃxzKˆŽ¾æOz~’v~’ †Š‰m›£Œ <†‡mÈ:{’›£zKzm˜’zš%zK©: Emz~X œ›œ©x†‡˜’{ @‰E~’‰my.˜ <‰m‰t ~’~’zKvx†Ž˜ {Wz/{©h‰E©:˜dt‰E˜’{’›£~’†§†‡†‡~ È:~’†‡†Š‰EzK‰m <˜’ xzKzZ E‰m› ~ ¾ ©:‰mˆŠ‘EE›£z r‘rˆŽO~’†Š‰m {ª†‡~’zZ{)†‡ hŒ0˜ zKm{’zK{X~ vxzŒ0‰Eye©œˆ‡z¦r†‡~ ‘W‰m¾o~’vœztˆ‡~’z˜ œt~’†Š»mz*{ª©xˆŠ†ŽŒ0†Š x‹ Á 5’. . P. 3’. ')*!,+J'#(.  /1"

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Références

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