TD biochimie L2

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Université Oran1 Ahmed Benbella

Département : Biologie

Dossier numéro

: ………

Titre

Biochimie Structurale

TD destiné aux étudiants de

Licence (spécialité et niveau) : L2

Master (spécialité et niveau) : biochimie. M1

Préparé par Dr. ADIDA-CHERIF H

Année Universitaire: 2020-2021

Polycopié pédagogique

Habilitation Universitaire

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Biochimie Structurale

TD destinés aux étudiants en L2

Préparé par Dr. ADIDA-CHERIF H Maitre de conférences classe B Département de Biologie

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Avant-propos

Ce polycopie est le résultat de nos expériences d’enseignement avec les étudiants de la deuxième année du premier cycle universitaire (L2), de la faculté des sciences de la nature et de la Vie à l’Université Ahmed ben bella –Oran 1. Ce document est destiné à fournir des bases solides en biochimie structurale aux étudiants (L2), ainsi qu’à tous ceux qui dans d’autres disciplines, s’intéressent à cette science.

Ce polycopié est structuré en Cinque chapitres comme suit :

Dans le premier chapitre, nous avons donné les notions de base sur les glucides, suivi par des exercices et leurs corrigés.

Le deuxième chapitre est consacré à l’étude des structures des lipides, leurs classification et propriétés physico-chimiques. À la fin de résumé nous trouvons des exercices proposés avec leurs corrigés.

Le troisième chapitre décrit les structures et les classes des acides aminés. Ainsi que les propriétés de base de ces molécules. Nous trouvons après des exercices pour bien comprendre les caractères de ces acides aminés.

Dans le quatrième chapitre, nous avons étudié les peptides en se basant sur les différentes méthodes de détermination de la structure d'un peptide, suivi bien-sûr par des exercices et leurs corrigés bien détaillés.

Enfin, dans le cinquième chapitre décrit les différentes classes des protéines et les méthodes de séparation les plus utilisés. À la fin de ce chapitre nous trouvons des exercices et leurs corrigés

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SOMMAIRE

INTRODUCTION ……… 1

Chapitre I : LES GLUCIDES………... 2

EXERCICES ……… 9

CORRIGÉS ……….. 12

Chapitre II : LES LIPIDES ………... 16

EXERCICES ……… 25

CORRIGÉS ……….. 27

Chapitre III: LES ACIDES AMINÉS ……….. 30

EXERCICES ……… 33

CORRIGÉS ……….. 35

Chapitre IV : LES PEPTIDES ………... 38

EXERCICES ……… 43

CORRIGÉS ……….. 45

Chapitre V: LES PROTÉINES……… 50

EXERCICES ……… 54

CORRIGÉS ……… 56

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INTRODUCTION

La biochimie est l’étude de corrélation entre la structure des molécules biologiques et les conséquences sur leur activité. Elle permet de comprendre selon quels "processus chimiques" fonctionnent les organismes vivants, des plus simples jusqu'aux plus complexes.

La biochimie s'intéresse en particulier aux structures, aux fonctions et aux interactions des macromolécules biologiques.

Particulièrement la biochimie structurale étudie la composition atomique précise des molécules biologiques, les quatre classes principales de ces molécules , sont : les glucides, les lipides, les acides aminés et les protéines.

Les structures et les propriétés de ces molécules sont abordées dans des chapitres distingués, ce qui devrait permettre d’intégrer de façon plus aisée la diversité des molécules du vivant. Après chaque chapitre, nous proposons des exercices avec des corrigés détailles.

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Chapitre I : LES GLUCIDES

1. Définition

Ce sont des molécules organiques dont les carbones sont porteurs : - de fonctions alcools

- d’une fonction aldéhyde ou cétonique (fonction carbonylique) - parfois d’une fonction acide ou aminée.

2. Classification des glucides

En se basant sur les critères de classification des glucides, on peut distinguer deux principales classes : les oses et les osides.

Glucides

Oses

Sucres simples (monosaccharides): Unités simples non hydrolisable.

sont des hydrates de Carbones, C_n (H₂O)_n

Osides

sucres complexes (polysaccharides) Ce sont des molécules dont l’hydrolyse fournit 2 ou plusieurs molécules d’oses ces

oses sont identiques (Holosides) ou différents (Hétérosides). Objectifs

 Connaître les familles des glucides.

 Maîtriser la représentation de Fischer des sucres.

 Connaître les différentes formes d’isoméries liées aux sucres.  Maîtriser la représentation cyclique des oses selon Haworth.

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3. Structure linéaire des oses (la représentation de Fischer)

C’est une représentation en deux dimensions dont les liaisons sont projetées sur un même plan. Le C* se situe dans le plan de la feuille, la chaine carbonée la plus longue est verticale et les liaisons sont orientées en dessous du plan de la feuille, les autres substituants non carbonés du C* sont placés à l’horizontale et les liaisons sont orientés vers le dessus du plan de la feuille.

Cette représentation est formée à partir du D-Glycéraldéhyde, par l’addition successive des atomes de carbones.

Triose → Tétrose → Pentose → Hexose 3C 4C 5C 6C 3.1. La série D et L des oses

 En général, on parle de la configuration du OH porté par le C* le plus éloigné de la fonction réductrice (aldéhyde ou cétone) qui détermine la configuration D ou L. Si l’hydroxyle (OH) est situé à droite du plan de la chaîne carbonée, c’est la configuration D, s’il est à gauche on parle donc de la configuration L.

 La majorité des oses naturels sont de la série D.

D- glycéraldéhyde L- glycéraldéhyde Les osides Holosides Polyosides Oligosides Hétérosides Oligosaccharides 2≤x≤10 Polysaccharides X unités Homopolyosides

Un seul type d’oses Hétéropolyosides Plusieurs types d’oses

Ils donnent par hydrolyse oses+aglycone (partie

4 3.2.Filiation des aldoses

5 3.4. Les isomères

Deux molécules sont dite isomères si elles ont la même formule brute, mais la formule développé, semi- développé et la représentation spatiale différente.

3.4.1. Enantiomère

Sont deux molécules qui sont images en miroir l’une de l’autre, comme le sont les deux mains, on parle de la série D et L.

3.4.2. Diastéréo-isomères

Représentent le cas des composés qui ont au moins 2 carbones asymétriques, ils sont des stéréo-isomées qui ne sont pas énantiomères. Exemple : le D-glucose et le D-gulose (car ils différent par la configuration de 2 sur 4 de leurs C*).

3.4.3. Les épimères

Deux épimères sont deux isomères ne différant que par la configuration absolue d'un seul et même C*. Exemple le D-glucose et le D-mannose (épimères en C2)

3.4.4. Les isomères de fonctions

Ont la même formule brute, mais des propriétés physiques et chimiques différentes. Exemple : le D-Glucose et le D-fructose.

4. Structure cyclique des oses : structure de Haworth

- Le cycle est formé par une liaison dans la molécule d’ose entre la fonction carbonylique (aldéhyde ou cétone) et un OH alcoolique = liaison hémiacétalique.

- La fonction aldéhyde ou cétonique de l’ose, partiellement dissimulée, est appelée pseudoaldéhydique ou pseudocétonique.

- L’anomère α a un OH hémiacétalique du même côté que le OH porté par le C subterminal qui détermine la série. Il a le pouvoir rotatoire le plus élevé.

6 - Deux structures cycliques sont possibles.

• La forme pyranique correspond à un hérérocycle à 6 sommets (5 C et 1 O). • La forme furanique correspond à un hétérocycle à 5 sommets (4 C et 1 O). 4.1.Cyclisation des oses

7 5. Les osides

 Les osides sont des molécules qui donnent par hydrolyse 2 ou plusieurs molécules d’oses. Ces oses peuvent être identiques ou différents.

 Deux oses sont unis entre eux par une liaison osidique (ou glycosidique) pour donner un diholoside.

 Selon le mode de liaison des 2 oses le diholoside est non réducteur ou réducteur. 5.1.Diholoside non réducteur : liaison osido-oside

Il y a condensation de la fonction hémiacétalique de chaque ose par une liaison osido-oside

5.2. Diholoside réducteur : liaison osido-ose

 Il y a condensation d’une fonction hémiacétalique d’un ose avec une fonction alcoolique d’un second ose par une liaison osido-ose.

 Il reste donc dans le diholoside un -OH hémiacétalique libre responsable du pouvoir réducteur de la molécule.

5.3.Nomenclature des diholosides

Osyl: le 1er ose dont à la fonction hémiacétalique engagée dans la liaison osidique, Oside: le dernier ose dont la fonction hémiacétalique engagée à la liaison osidique, Ose: le dernier ose dont sa fonction hémiacétalique est libre.

8 6. Polysacharide

Sont des polymères de la famille des glucides constitués de plusieurs oses liés entre eux par des liaisons osidiques. On distingue deux catégories de polysaccharides :

- Les homopolysaccharides : constitués du même monosaccharide. Tel que : l’amidon, le glycogène, cellulose...

- Les hétéropolysaccharides : formés de différents monosaccharides. On a comme exemple : Les pectines, L'agar-agar…

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EXERCICES

Exercice N°01

1. Parmi les propositions suivantes, laquelle (lesquelles) est (sont) exacte(s)? a. La plupart des oses naturels appartiennent à la série D.

b. Le glycéraldéhyde possède deux fonctions alcool. c. Le L-ribose est un aldopentose.

d. Le D-glucose et le D-galactose sont des isomères de fonction. 2. Parmi les affirmations suivantes, lesquelles sont exactes?

a. Un cétohexose est composé de cinq carbones hydroxylés et d’une fonction cétone. b. Un aldohexose est composé de quatre carbones hydroxylés et d’une fonction cétone. c. Un aldopentose est composé de cinq carbones hydroxylés et d’une fonction aldéhyde. d. Un cétotriose est composé de quatre carbones hydroxylés et d’une fonction cétone. 3. Laquelle (lesquelles) des affirmations suivantes relatives au glucose est (sont) exacte(s)? a. C’est un cétohexose.

b. Il est le carburant essentiel des cellules animales. c. Il possède trois carbones asymétriques.

d. Il existe naturellement sous la forme d’un isomère de la série D. 4. Parmi les propositions suivantes, lesquelles sont exactes? a. Le D-fructose est un isomère de fonction du D-mannose.

b. Un aldohexose est constitué de cinq fonctions hydroxyles et d’une fonction réductrice. c. Le glucose et le galactose sont épimères en C2.

d. Le glucose et le mannose sont des épimères en C2.

5. Parmi les propositions suivantes, laquelle (lesquelles) est (sont) exacte(s)? a. Le D-Gulose est un aldopentose.

b. Le D-Talose est un cétohexose. c. Le D-Sorbose est un cétohexose. d. Le D-Ribose est un aldopentose. e. Le D-Allose est un aldohexose.

6. Parmi les propositions suivantes, laquelle (lesquelles) est (sont) exacte(s)? a. Le glycéraldéhyde possède deux fonctions alcools.

b. Le fructose et le sorbose sont deux épimères. c. Les oses sont des molécules hydrophobes.

d. Les oses possèdent toujours une fonction hémiacétalique.

e. Les oses peuvent être classés en fonction du nombre d’atomes de carbone qui les constituent.

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Exercice N°02

Indiquer si chacune des paires suivantes de sucres est formée d'une paire d'anomères, d'épimères, de diastéréoisomères, d'énantiomères ou d'une paire d'aldose-cétose :

D-Glycéraldéhyde et Dihydroxyacétone D-Glucose et D-Mannose D-Glucose et D-Fructose α-D-Glucose et β-D-Glucose D-Ribose et D-Ribulose D-Galactose et D-Glucose D-Mannose et D-Galactose Exercice N°03

Observer les oses A et B, pour chaque ose donner :

1- A quelle série d’oses appartiennent-ils ? Lequel est un aldose ? Un cétose ?

2- Nombre de C* ?

3- Ose A : Son nom ? Le nom de ses épimères ? Représenter les en projection de Fisher.

4- Dessiner l’isomère de A, le nommer ?

5- Représenter selon Haworth les formes cycliques pyraniques de A et furaniques de B, les nommer ?

Exercice N°04

On considère les glucides suivants.

A : α-D-glucopyranosyl-(1→2)-β-D-fructofuranoside. B : β-Dgalactopyranosyl-(1→4)-β-D-glucopyranose. C : α-D-glucopyranosyl-(1→4)-α-D-glucopyranose. 1. Quels sont ces trois glucides ?

11 A B C Structure cyclique Est-il réducteur ? et pourquoi ? Exercice N°05

1. Représenter le α-D-galactopyranosyl (1 6) α-D-glucopyranosyl (1 2) β-fructofuranoside.

2. Ce composé a-t-il un pouvoir réducteur ?

3. Une solution fraîche de ce composé présente-elle le phénomène de mutarotation ?

Exercice N°06

Soit le diholoside ci-dessous :

1- Quel est le nom de ce composé suivant la nomenclature officielle ? 2- Ce diholoside est-il réducteur ? Pourquoi ?

O CH2OH

O

CH2

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CORRIGÉS

D-Glycéraldéhyde et Dihydroxyacétone Isomères de fonction aldose-cétose

D-Glucose et D-Mannose Epiméres en C2

D-Glucose et D-Fructose Isomères de fonction aldose-cétose α-D-Glucose et β-D-Glucose Anoméres

D-Ribose et D-Ribulose Isomères de fonction aldose-cétose

D-Galactose et D-Glucose Epimères en C4 D-Mannose et D-Galactose Diastéréoisomères

Exercice N°03

1. Les deux oses appartiennent à la série D. A : Aldose, B : Cétose

2. Nombre de C* : pour l’ose A c’est 4 C*. Pour l’ose B c’est 3 C* Nombre de stéréoisoméres: A : 2n-2= 24= 16

B : 2n-3= 23 = 8

13 B : D-Fructose. Epiméres : D-Psicose en C3, D-Tagatose en C4.

4. L’énantiomère de A c’est le L- Mannose

- La caractéristique principale de deux énantiomères : sont l’image l’un de l’autre. Seulement une propriété qui change entre deux énantiomères : c’est le pouvoir rotatoire.

14 5. La représentation selon Haworth les formes cycliques pyraniques et furaniques de A et B.

Exercice N°04

A (saccharose) B (lactose) C (maltose)

Structure cyclique Est-il réducteur ? et pourquoi ?

le diholoside formé n’est pas réducteur car il ne possède plus un OH hémiacétalique libre.

le diholoside formé est réducteur car il possède un OH hémiacétalique libre.

le diholoside formé est réducteur car il possède un OH hémiacétalique libre.

Exercice N°05

1. la représentation du : α-D-galactopyranosyl (1 6) α-D-glucopyranosyl (1 2) β-fructofuranoside :

15 2. Le raffinose est un triholoside non réducteur. Il ne donne pas de réaction positive avec la liqueur de Fehling (précipité rouge). Ce résultat s'explique par le fait que chaque ose constitutif engage sa fonction réductrice dans une liaison glycosidique.

3. Phénomène de mutarotation d'une solution fraîche de raffinose. Une solution fraîche de raffinose ne présente pas de mutarotation, car les fonctions réductrices sont engagées dans les liaisons osidiques.

Exercice N°06

- Le nom de diholoside : β-D-galactopyranosyl (1→6) α-D-glucopyranose.

- Oui, ce diholoside est réducteur. Car, il porte une fonction carbonyle en C1 du α-D-glucopyranose est libre.

16 Chapitre II : LES LIPIDES

1. Définition

 Ce sont des molécules organiques (C, H, O).

 Ce sont des molécules insolubles dans l’eau (lipos) et solubles dans les solvants organiques apolaires comme benzène, chloroforme, éther,…

 Ils sont caractérisés par la présence dans la molécule d’au moins un acide gras ou chaîne grasse.

2. Classification des lipides

La classification est basée sur la structure chimique :

Lipides Lipides simples (C, H, O) Glycérides Cérides Stérides Lipides complexes (C, H, O, N, P, S) Glycérophospholipides Glycéroglycolipides Sphingolipides Objectifs

 Connaître les familles des lipides.

 Maîtriser la structure des acides gras saturés et insaturés.  Maîtriser la structure des lipides simples et complexes.  Faire calculer les indices d’iode et de saponification.

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3. Les acides gras

- Ils sont monoacides,

- Ils sont linéaires, non ramifiés

- à nombre pair de carbone, supérieur ou égal à 4

- Sont soit saturés, ou insaturés.

- Donc sont des acides carboxylique (COOH) avec une longue queue formée de groupement CH2

3.1.Acides gras saturés

- Formule générale: [CH3 -(CH2)n - COOH]

- La numérotation commence par le carbone le plus oxydé c’est-à-dire la fonction carboxyle. - Tous les C sont saturés en atomes d’H, c’est-à-dire il n’y pas de double liaison,

3.1.1. La nomenclature

Il existe pour chaque acide gras saturé un nom systématique et un symbole qui se basent sur sa composition chimique, et un nom courant qui rappelle son origine.

Tableau N°01 : Nomenclature des acides gras saturés.

Nom Systematique n- [nC] an oique

n : indique que l'acide gras est normal (chaîne non branchée)

[nC] : nombre de carbones

an : indique que la chaîne est saturée

Le Symbole Cn:0

Cn : nombre de carbones

0 : indique que la chaîne est saturée (absence de double liaison)

Exemple :

18 3.2.Acides gras insaturés

Cependant il existe une ou plusieurs double(s) liaison(s) au sein de la molécule,

Dans les acides gras insaturés, la position de la première double liaison peut s’exprimer :  soit en partant du carboxyle (1er carbone) ; le symbole est delta Δ

 soit en partant du méthyl (dernier carbone) ; le symbole est oméga ω.

- En médecine clinique et en biologie, la désignation des acides gras insaturés la plus courante est celle qui fait appel au symbole oméga (ω).

3.2.1. La nomenclature

Il existe pour chaque acide gras insaturé:

 une nomenclature systématique et un symbole qui se basent sur sa composition chimique,

 une nomenclature diététique, qui permet de le regrouper en série.  un nom courant qui rappelle son origine.

Tableau N°02: Nomenclature des acides gras insaturés. Nom Systematique conf-p-[nC] x én oique

conf-p : configuration (cis ou trans) et position des doubles liaisons [nC] : nombre d’atomes de carbone.

x: le nombre de double liaison dans la chaîne hydrocarbonée.

Le Symbole Cn : x Δ x’

n : nombre de carbones, x : nombre de doubles liaisons, x’ : position des doubles liaisons.

La série ω p

p : est la position de la première double liaison notée par rapport à la position ω (le carbone 1 est celui du

groupement méthyle terminal).

3.2.2. Les acides gras monoinsaturés

Certains atomes de C sont insaturés en atomes d’H, leurs chaines aliphatique contient donc Une double liaison.

19 Exemple: l’acide oléique C18 : 1 Δ 9

L’acide oléique possède 18C, une double liaison en oméga 9 (ω9) ce qui s’écrit C18 :1 ω9.

3.2.3. Les acides gras polyinsaturés

Sont des acides gras qui possèdent plusieurs doubles liaisons. 3.3.Propriétés des acides gras

3.3.1. Propriétés physiques  Solubilité

- L’acide butyrique à 4C est soluble dans l’eau, puis la solubilité des acides gras baisse progressivement et ils sont insolubles à partir de 10 C.

- Ils sont solubles dans les solvants organiques apolaires : benzène, chloroforme,…  Le point de fusion

La Température de fusion d’un acide gras est la température à laquelle il passe de l’état solide à l’état liquide, elle dépend de deux paramètres le nombre de carbones (plus la chaine aliphatique est longue, plus le point de fusion est élevé) et le nombre d’insaturation (plus ce nombre est grand plus le point de fusion est faible).

3.3.2. Propriétés chimiques

 L’oxydation par l’oxygène de l’air conduit au rancissement des graisses.  Formation de sels de sodium ou potassium

- Ce sont des savons à propriétés moussantes,

- Dans l’eau les savons se dissocient en Na+ + R-COO L’anion 2 pôles : Ces molécules appelées amphiphiles ou amphipathiques.

20 Tableau N°03 : Les acides gras les plus abondants.

Nombre d’atomes de

carbones Nom de l’acide gras

Nombre de (s) double (s) liaison (s) Position de (s) double (s) liaison (s) 4 Butyrique 0 6 Caproique 0 8 Caprylique 0 10 Caprique 0 12 Laurique 0 14 Myristique 0 16 Palmitique 0 16 Palmitoléique 1  9 18 Stéarique 0 20 Arachidique 0 22 Béhénique 0 24 Lignocérique 0

18 Oléique 1 (forme cis) 9

18 Linoléique 2 9, 12

18 Linolénique 3  9, 12, 15

20 Arachidonique 4  5, 8, 11, 14

24 Cérébronique 0 Fonction alcool sur

C2

26 Cérotique 0

28 Montanique 0

30 Mellisique 0

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4. Les lipides simples

- Ce sont des esters d’acides gras + Alcool. On peut distinguer trois types d’alcool qui sont estérifié par des acides gras, citons :

 Glycérol → Glycérides  Cholestérol → Stérides

 Alcool à poids moléculaire élevé → Cérides. 4.1. Les glycérides

Ce sont des esters d’acide gras (AG) et de glycérol, qui sont formés par l’union des groupements hydroxyles polaires (OH) du glycérol avec les carboxylates (COOH) polaires des acides gras.

Un, deux ou trois molécules d’AG estérifient le glycérol. (monoglycérides, diglycérides, et triglycérides).

Dans un triglycéride, si les trois acides gras sont identiques, le glycéride est dit « homogène », s’ils sont différents, il est dit « hétérogène »

4.1.1. Propriétés physiques

- Les glycérides se présentent soit à l’état liquide ou solide (point de fusion des AG)

- Ils sont solubles dans l’acétone ce qui les différencie des phospholipides (ils sont très apolaires).

4.1.2. Propriétés chimiques

 Hydrolyse des triglycérides par voie enzymatique

La lipase, est une enzyme du suc pancréatique, hydrolyse les triglycérides alimentaires en monoglycéride + 2 acides gras.

22  Hydrolyse des triglycérides par voie

chimique

L’indice de saponification (IS) permet de déterminer le poids moléculaire du glycéride. Il est défini comme étant la quantité en mg de potasse nécessaire pour saponifier 1 g de matière grasse.

4.2.Les stérides

Ce sont des esters d’acide gras et de stérol, créés par une estérification entre le groupe hydroxyle d'un stérol et un acide gras.

4.3.Les cérides

Ce sont des mono-esters d'acides gras et d'alcools aliphatiques à longue chaîne « alcool gras ».

 Alcool gras : il est principalement : alcools primaires, saturés et non ramifiés. Il est très apolaire donc hydrophobe et solide à température ambiante avec une température de fusion très élevée.

-

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5. Les lipides complexes 5.1.Glycérophospholipides

5.1.1. Définition

- Ce sont des esters d'acides gras et d’alcools dont la molécule contient divers groupes en plus de l'acide gras et de l'alcool (N,P,S).

- Dans ce type de composé, une fonction alcool primaire du glycérol est estérifiée par de l’acide phosphorique (H3PO4) et non par un acide gras.

- Le plus souvent un AG saturé estérifie la position 1 et un AG insaturé estérifie la position 2 du glycérol.

- Le représentant le plus simple de la classe des glycérophospholipides est l’acide phosphatidique.

- Un glycérophospholipide se compose par : Glycérol +AG+ acide phosphorique (H₃PO₄) +

X (phospholipide).

5.1.2. Hydrolyse enzymatique des glycérophospholipides Il existe 4 phospholipases spécifiques A1, A2, C et D

- La phospholipase A1 : catalyse l’hydrolyse d’ester d’acide gras et d’alcool primaire. - La phospholipase A2 : catalyse l’hydrolyse d’ester d’acide gras et d’alcool secondaire. - La phospholipase C : agit sur l’ester phosphorique du glycérol. C’est-à-dire entre le phosphate et le glycérol.

- La phospholipase D : agit sur l’ester phosphorique d’alcool autre que le glycérol.

4 classes de phospholipides (X)

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5.2. Les glycéroglycolipides

Les carbones C1 et C2 du glycérol sont estérifiés par des acides gras. L'alcool du carbone C3 n’est pas estérifié mais lié à un ose par une liaison glycosidique.

5.3.Les sphingolipides

Les sphingolipides sont constitué d'un squelette de type sphingoide, un diolamine à chaîne carbonée longue.

Le squelette sphingoide peut être une molécule dite:

- sphinganine (18C), une combinaison de l'acide palmitique (16C) et de l'amino-acide sérine (3C), ou;

- sphingosine (sphinganine + double liaison en position 4 en configuration trans), ou; - 4-hydroxysphinganine (sphinganine + un hydroxyle en position 4).

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EXERCICES

Exercice N°01 :

On considère les lipides suivants : - trioléylglycérol

- 2-stéaryl-dipalmitylglycérol

- 1-palmityl-2-linoléyl-3-laurylglycérol - galctosyl-dilinolénylglycérol

- 1-palmityl-2-oleyl-phosphatidylcholine

Écrire leurs formules. À quelle classe de lipides appartiennent ces composés ?

Exercice N°02 :

Soient les acides gras suivants : C16 : 0 ; C18 : 0 ; C18 : 1 (w9); C18 : 2 (w6) ; C20 : 4 (w6) On a les points de fusion suivants: -43,5°C ; -5°C ; 13°C ; 63°C ; 70°C.

1. Donnez le nom des différents acides gras. 3. Apparier acides gras et points de fusion.

Exercice N°03 :

Soit un triglycéride avec un indice à saponification est égal à 196mg.

Ce triglycéride est estérifié avec l'acide palmitique dans le carbone α du glycérol, estérifié avec l’acide oléique dans le carbone β et α' du glycérol.

1.Écrire la formule développée de ce lipide.

2. Quelle est la dénomination chimique de ce lipide 3. Déterminer la masse molaire de ce triglycéride. 4. Calculer l’indice d’iode pour ce triglycéride. PM de l’iode = 127g/mol

Exercice N°04 :

La structure d'un lipide est la suivante :

*Le carbone α du glycérol est estérifié avec l'acide stéarique *Le carbone β du glycérol est estérifié avec l’acide linoléique.

26 *Le carbone α' du glycérol est liée à une molécule d'acide phosphorique, laquelle est liée à une molécule d'Ethanolamine.

1.Écrire la formule développée de ce lipide.

2. Quelle est la dénomination chimique de ce lipide 3. Calculer son indice d'iode.

4. Calculer son indice de saponification.

PM glycérol = 92 g/mol ; PM acide stéarique : 284g/mol ; PM acide linoléique= 280g/mol ; PM d'acide phosphorique= 98g/mol ; PM d'Ethanolamine= 61g/mol ; PM d’iode= 127g/mol.

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CORRIGÉS

Exercice N°01 :

1. Trioléylglycérol : lipide simple

CH2 – O – CO – (CH2)7 – CH = CH – (CH2)7 – CH3

CH – O – CO – (CH2)7 – CH = CH – (CH2)7 – CH3

CH2 – O – CO – (CH2)7 – CH = CH – (CH2)7 – CH3

2. 2-stéaryl-dipalmitylglycérol: lipide simple CH2 – O – CO – (CH2)14 – CH3

CH – O – CO – (CH2)16 – CH3

CH2 – O – CO – (CH2)14 – CH3

3. 1-palmityl-2-linoléyl-3-laurylglycérol: lipide simple CH2 – O – CO – (CH2)14 – CH3

CH – O – CO – (CH2)7 – CH = CH – CH2 – CH = CH – (CH2)4 – CH3

CH2 – O – CO – (CH2)10 – CH3

4. 1-palmityl-2-oleyl-phosphatidylcholine : lipide complexe CH2 – O – CO – R CH – O – CO – R’ O CH2 – O – P –O – CH2 – CH2 – N+H3 O Exercice N°02 :

1. Nomination des différents acides gras : Acide gras Noms d’acides gras

C16 : 0 Acide Palmitique C18 : 0 Acide Stéarique C18 : 19 Acide Oléique C18 : 29,12 Acide Linoléique C20 : 45,8,11,14 Acide Arachidonique

28 2. Point de fusion : c’est la température à laquelle l’acide gras passe de l’état solide à l’état liquide ou inversement. Il dépend de deux facteurs :

6. La langueur de la chaine hydrocarbonée : plus la langueur de chaine hydrocarbonée augmente, plus le point de fusion augmente.

7. Le nombre d’insaturations : plus le nombre de doubles liaisons augmente, plus le point de fusion diminue.

Exercice N°03 :

1. Formule développé de lipide :

CH2 – O – CO – (CH2)7 – CH=CH–(CH2)7– CH3

CH – O – CO – (CH2)16 – CH3

CH2 – O – CO – (CH2)7 – CH=CH–(CH2)7– CH3

2. La dénomination chimique de ce lipide : 1-palmitoyl-2,3di-oleoyl glycérol

3. Calcule de la masse molaire de triglycéride :

Indice de Saponification : c’est la quantité en mg de potasse KOH (MM=56 g/mole) nécessaire pour neutraliser 1g de matière grasse.

0.196 1g de matière grasse 3x56 x

La masse molaire de triglycéride= 857.14g 4. Calcule d’indice d’iode de triglycéride :

L’indice d’iode : c’est la quantité d’iode en g fixées par addition par 100g de lipide. Une molécule d’iode (2 atomes d’iode) se fixe par double liaison.

Acide gras Point de fusion

C16 : 0 63°C C18 : 0 70°C C18 : 19 13°C C18 : 29,12 -5°C C20 : 45,8,11,14 _-43.5°C

29 4x127 857.14g

X 100g L’indice d’iode = 59.26g

Exercice N°04 :

1. La formule développée de lipide : CH2 – O – CO – (CH2)16 – CH3

CH – O – CO – (CH2)7 – CH=CH– CH2– CH=CH– (CH2)4– CH3 O

CH2 – O – P– O–CH2 –CH2 –NH3+

O

2. La dénomination chimique de lipide : 1-stéaryl-2-linoléyl-phosphatidylethanolamine 3. Calculer l’indice d'iode de lipide :

Masse moléculaire de lipide= la somme des masse moléculaire des AG et le glycérol M= 92+284+280+98+61-4(18)=743g

743g 4x127 100g x I.I= 68.37g

4. Calcul de l’indice de saponification : 2x56 743g

X 1g

30 Chapitre III: LES ACIDES AMINÉS

1. Définition

Sont des acides organiques contenant un groupement amine, les plus communs des acides aminés sont les acides α –aminés de la série L. Seulement 20 acides α -aminés L sont utilisés pour produire les protéines.

2. Structure des acides α –aminés

Un acide aminé est une molécule simple qui comprend une fonction

acide (–COOH) et une fonction amine (–NH2).

3. Classification des acides aminés

On peut répartir les acides aminés selon la nature de leur chaine latérale:

Acides aminés

Chaînes latérales non polaires

Ala, Leu, Ile, Met, Phe, Pro, Trp, Val

Chaînes latérales polaires

Chaînes latérales polaires non chargées

Asn, Cys, Gln, Gly, Ser, Thr, Tyr Chaînes latérales polaires chargées Négativement: Glu, Asp Positivemernt: Arg, His, Lys

Objectifs

 Connaître les différentes classes d’acides aminés.  Faire calculer les pHi des acides aminés.

 Maitriser les différentes formes d’ionisations des acides aminés.

31

4. Propriétés physico-chimiques

- Les acides aminés sont des molécules solubles dans l'eau donc dans les liquides physiologiques par leurs diverses propriétés.

- Les solutions d’acides aminés sont incolores - La plupart des AA absorbent à une λ < 230 nm

- Les AA aromatiques absorbent vers 280 nm (ultraviolet).

5. Ionisations des acides aminés

- 2 fonctions ionisables sont portées par le C*, conférant aux acides aminés leur caractère amphotère.

À pH acide (saturation en H+), les formes protonées, acides dominent. L'acide aminé est alors un cation (aminoacide chargé positivement) portant un groupement COOH et un groupement NH3+.

À pH basique (départ maximal des H+), les formes déprotonées dominent. L'acide aminé est alors un anion (aminoacide chargé négativement) portant un groupement COO- et un groupement NH2

6. Séparation des acides aminés

Les acides aminés peuvent être séparé et analysé par différentes techniques:  Électrophorèse

 Chromatographie sur résine échangeuse d'ions

6.1. Séparation des acides aminés par électrophorèse

Dans un milieu liquide ou semi-liquide sont plongé deux électrodes : Une cathode (chargé négativement) et une anode (chargé positivement). Puis il aura un courant électrique qui s’applique sur ces deux électrodes. Les molécules vont migrer en fonction de leurs charges.

32 - Les acides aminés chargés négativement appelés les anions vont migrés vers l’anode

chargée positivement.

- Les acides aminés chargés positivement appelés les cations vont migrés vers la cathode chargée négativement.

6.2. Séparation des acides aminés par Chromatographie sur résine échangeuse d'ions

Différents résines sont modifiés par un ajout de groupement chargé, il peut s’agit de groupement chargé négativement donc échange de cations. Il peut aussi s’agit des groupements chargés positivement donc chromatographie échange d’anions. Le support chargé forme la phase stationnaire dans la colonne.

33

EXERCICES

Exercice N°01 :

Écrire les formes d’ionisation prédominantes de la Lysine aux pH suivants : 1, 5, 10 et 11. Calculer le point isoélectrique (pHi) de la Lysine : pK1=2,2 pK2=8,9 et pK3=10,5.

Exercice N°02 :

D’après les valeurs de pKa des groupements α-carboxyle, α-aminé et chaines latérales du tableau ci-dessous. Calculer le point isoélectrique des acides aminés.

pK1 (α-COOH) pK2 (α-NH3) pKR (chaines latérales)

Histidine 1,82 9,17 6,00

Cystéine 1,71 10,78 8,33

Tyrosine 2,20 9,11 10,07

Exercice N°03:

À quel schéma correspond la migration des deux acides aminés AA1 et AA2, lors d’une

électrophorèse sur papier à pH 9,8 ? Justifiez votre réponse. a)

Anode AA1 pHi 3,1 Cathode

AA2 pHi 5,2 b)

Anode AA1 pHi 3,1 Cathode AA2 pHi 5,2

c)

Anode AA1 pHi 3,1 Cathode AA2 pHi 5,2

d)

Anode AA1 pHi 3,1 Cathode AA2 pHi 5,2

34

Exercice N° 04 :

Une électrophorèse sur papier est effectuée à pH = 6 sur un mélange d’acides aminés ( Gly, Ala, Glu, Lys, Arg et ser).

- Quels composés migrent le plus rapidement vers l’anode ? - Quels composés migrent le plus rapidement vers la cathode ? - Quels composés restent au voisinage du point de dépôt .

Exercice N° 05 : Répondre par vrai ou faux

1. La forme zwitterion d’un acide aminé est majoritaire à un pH acide au pHi. 2. Le glutamate migre vers la cathode lors d’une électrophorèse à pH 12. 3. La tyrosine fait partie des acides aminés apolaire.

4. Les acides aminés des protéines appartiennent tous à la série D. 5. La méthionine est un acide aminé à radical hydroxylé.

6. Tous les acides aminés sont actifs à la lumière polarisée sauf la glycine. 7. À pH 4 la Lysine (pK: 2,2-9-10,5) porte une charge = -2

8. À pH 8 l’Histidine (pK: 1,8-9,2-6) porte une charge =0

Exercice N°06 :

On veut séparer l’Acide glutamique (pHi=3,22), la Glycine (pHi=5,95) et l’Arginine (pHi=10,75) par chromatographie échangeuse d’anions. On dépose ces 3 acides α aminés sur une colonne à pH=12 puis on ramène progressivement le pH à 2. Quel est l’ordre d’élution (de sortie) de ces acides α aminés ?

35

CORRIGÉS

Exercice N°01 :

pK8,9 pK2,2

Lysine (Lys) NH+3 – CH – COOH

(CH2)4 NH2 pK10,5 Fonctions ionisables 1 pK1=2,2 5 pK2=8,9 10 pK3=10,5 11 α-COOH 0 -1/2 - - - - - α-NH2 + + + +1/2 0 0 0 ɛ- NH2 + + + + + +1/2 0 Charge nette +2 +3/2 +1 +1/2 0 -1/2 -1 Formes prédominantes

Lys+2 Lys+1 Lys0 Lys-1

pHi = ½ (8,9+10,5) = 9,7

Pour calculer le pHi d’un acide aminé basique, on choisit les deux pK basiques.

Exercice N°02 :

pK1 (α-COOH) pK2 (α-NH3) pKR (chaines latérales) pHi

Histidine 1,82 9,17 6,00 (pK R +pK2 ) /2 =7,58

Cystéine 1,71 10,78 8,33 (pK R +pK1 ) /2 =5,02

Tyrosine 2,20 9,11 10,07 pHi = (pK 2 +PK1 ) /2 =5,65

Justification

 L’Histidine est acide aminé basique, c’est pour cette raison que le pHi est calculé à partir des pK des deux groupement NH3+.

 La tyrosine à 3 pK mais nous utilisons le pK 1 et le pK 2. Le radicale de la tyrosine porte un

groupement OH qui est un acide très faible donc le pHi dépond des pK des autres groupements

 La Cystéine à un groupement SH qui est plus acide que le groupement OH donc il influence le pHi et ce dernier va être calculé à partir du pK1 et pKR.

36

Exercice N°03 :

La bonne réponse c’est « d » Justification

Pour trouver la charge des acides aminés il faut comparer pH du milieu par rapport au pHi des AA : pH ˂ pHi AA+

pH > pHi AA-

pH = pHi AA0

pH milieu = 9.8 > pHi AA1=3.1 AA1-

pH milieu = 9.8 > pHi AA2=5.2 AA2-

Les deux acides aminés sont chargés négativement donc ils vont migrer vers l’anode qui est chargé positivement.

Exercice N°04 :

- L’acide glutamique migre le plus rapidement vers l’anode.

- L’Arginine et le Lysine migrent le plus rapidement vers la cathode. - L’Alanine, Glycine et la serine restent au voisinage du point de dépôt.

Exercice N° 05 :

1 Faux : La forme zwitterion d’un acide aminé possède une charge globale nulle 2 Faux : Le glutamate migre vers l’anode lors d’une électrophorèse à pH 12. 3 Faux : La tyrosine fait partie des acides aminés cyclique.

4 Faux : Les acides aminés des protéines appartiennent tous à la série L. 5 Faux : La méthionine est un acide aminé qui possède un atome de soufre 6 Vrai

7 Faux : 8 Vrai

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Exercice N° 06 :

Acides aminés pHi Charge à pH=12 Charge à pH=2

l’Acide glutamique 3,22 - +

Glycine 5,95 - +

Arginine 10,75 - +

Sur colonne échangeur d’anions (-), la phase stationnaire est chargé positivement. Le mélange des 3 acides aminés doit être passé à travers la colonne.

D’abord à un pH =12, les 3 acides aminés sont chargés négativement, ces acides aminés seront donc fixés par des liaisons ioniques sur la phase stationnaire dans la colonne. Puis avec la diminution graduelle du pH et passer d’un pH basique à un pH acide=2, les acides aminés commenceront à éluer c’est-à-dire à sortir de la colonne, avec l’ordre suivant : Glycine, Arginine, acide glutamique.

38 Chapitre IV : LES PEPTIDES

1. Définition

Un peptide est une molécule constituée d'acides aminés enchaînés par un lien peptidique. La réaction d’un groupe COOH d’un acide aminé avec un groupe NH2 d’un autre acide

aminé donne un amide. La liaison formée est une liaison peptidique, cette liaison, une fois formée, est très stable.

2. Les chaînes peptidiques et leur nomenclature

• Les chaînes peptidiques sont vectorisées : les liaisons peptidiques attachent les acides aminés dans un ordre spécifique.

• Les aminoacides engagés dans une chaîne peptidique sont appelés résidus. Leur nom est celui de l'aminoacide auquel on ajoute le suffixe « yl ».

• Les deux aminoacides aux extrémités de la chaîne sont appelés : N-terminal pour celui qui a sa fonction aminée libre et C-terminal pour celui qui a sa fonction COOH libre.

• On numérote les aminoacides en écrivant l'enchaînement de gauche à droite à partir de l'extrémité N-terminal.

Objectifs

 Maitriser la structure d’un peptide  Connaitre la nomenclature d’un peptide

 Connaitre les différentes méthodes de détermination de la structure d'un peptide : méthodes chimique et enzymatique.

39

3. Classification des peptides

On distingue trois types de peptides :

3.1. Peptide formé d'une seule chaîne (monocaténaire) et linéaire

3.2. Peptide formé d'une seule chaîne (monocaténaire) et cyclique

Une liaison covalente (pont S-S) intra-chaines est présente et réalisée par l’oxydation de deux fonctions thiol de deux cystéines.

3.3. Peptide formé de plusieurs chaînes (polycaténaire)

Une liaison covalente (pont S-S) inter-chaines est présente et réalisée par l’oxydation de deux fonctions thiol de deux cystéines appartenant à deux chaines peptidiques différentes.

4. Détermination de la structure d'un peptide

La détermination de la structure primaire d'un peptide est conduite en deux étapes :  Détermination de la composition en aminoacides.

 Détermination de l'ordre des enchaînements des résidus.

4.1. Hydrolyse chimique complète

C’est une hydrolyse acide à chaud (HCl 6 N à 105° pendant 24 à 72 heures) pour séparer et déterminer les différents types d’acides aminés constitutifs des polypeptides.

L’hydrolyse acide coupe les liaisons peptidiques, détruit le tryptophane (Trp) et ne distingue pas entre (l’acide aspartique « Asp » et l’Asparagine « Asn ») et (l’acide glutamique « Glu » et Glutamine « Gln ») avec libération d’ammoniac. Signalons qu’à l’inverse, l’hydrolyse alcaline par chauffage conduit à la destruction de tous les AA excepté le Trp.

40

4.2. Hydrolyse chimique spécifique

Certains réactifs hydrolysent une liaison peptidique avec une spécificité sur un des aminoacides participant à la liaison. Il s’agit de :

4.2.1. Bromure de cyanogène (BrCN) : hydrolyse la liaison peptidique du côté carboxyle de la méthionine.

4.2.2. Le 2-nitro-5-thiocyanobenzoate (NTCB) : hydrolyse la liaison peptidique du côté amine de la cystéine.

4.2.3. Détermination de l’AA N-terminal d’un peptide :

 Méthode de SANGER au DNFB (2,4 dinitro- fluorobenzène)

Le DNFB se fixe sur l’acide aminé N-terminal, qui porte une fonction NH2 libre.

Après hydrolyse au HCl, tous les AA sont libres, et l’acide aminé N-terminal est sous forme de DNP-AA (dinitrophényl-AA).

 Méthode au chlorure de dansyle (dansylation)

Le chlorure de dansyle forme avec l’acide aminé N-terminal un dérivé dansylé qui se libère après hydrolyse sous forme de Dansyl-AA très fluorescent.

 Méthode d’EDMAN au PITC (phénylisothiocyanate)

Le phénylisothicyanate (PITC) réagit avec la fonction aminée N-terminal pour donner un complexe qui, après action d’un acide dans des conditions douces libère une phénylthihydantoine (PTH-AA).

La réaction est renouvelée avec le reste du peptide : le PITC détache successivement chaque AA, à partir de l’extrémité N-terminal, c’est une méthode soustractive qui permet la détermination d’une séquence en AA d’un peptide ayant jusqu’à 20 AA.

41 4.2.4. Détermination du C-terminal d’un peptide

 L’hydrazinolyse

L’hydrazine à 100 °C permet de rompre les liaisons peptidiques ; tous les résidus sont transformés en hydrazides sauf le résidu C-terminal reste sous forme d’AA libre.

42

4.3. Hydrolyse enzymatique

L'hydrolyse des liaisons peptidiques peut être réalisée par des enzymes protéolytiques (protéases ou encore peptidases)

4.3.1. Exopeptidase

L’enzyme n’hydrolyse que la 1er

liaison peptidique (aminopeptidase), ou la dernière liaison peptidique (carboxypeptidase) en libérant l’aminoacide terminal.

4.3.2. Endopeptidase

L'enzyme hydrolyse des liaisons peptidiques internes entre deux aminoacides i, (i+1). Il peut être spécifique du résidu en position i ou (i+1).

L'hydrolyse d'un peptide par une endopeptidase donnera plusieurs fragments peptidiques. Tableau N°04: Liste des principaux endopeptidases.

Enzymes Le clivage des peptides du côté Acides aminés

La trypsine (-CO) Arg et Lys

La chymotrypsine (-CO) résidus aromatiques.

La thermolysine (-NH) Leu, Ile et Val

La pepsine Tyr, Trp, Phe

43

EXERCICES

Exercice N°01

Donner les noms des peptides suivants : 1. Lys-Met-Ala-Gly.

2. Val-Ser-Gly.

Exercice N°02

1- Écrire la formule développée plane du tétrapeptide: Asp-Gly- Glu-Arg. 2- Quelle est l’enzyme qui peut libérer l’Arg de ce peptide ?

Exercice N°03

Soit le pentapeptide suivant: Lys-Val-His-Glu-Met. 1. Écrire la formule chimique développée de ce peptide.

2. Étudier la variation de sa charge nette en fonction du pH et en déduire la valeur de son pH isoélectrique.

Données: pK des différents groupements ionisables.

pK1 pK2 pKR Histidine 1.82 9.17 6.00 Acide glutamique 2.19 9.67 4.25 Lysine 3.18 8.95 10.53 Methionine 2.28 9.21 Valine 2.32 9.62 Exercice N°04

Donner les résultats des traitements suivants :

Val-Leu-Asp-Arg + Thermolysine ………...…………..……… Leu-Phe-Arg-Lys-Met + Trypsine ………..…………..……… Met-Val-Trp-Tyr+ chymotrypsine ……….…………..……… Val-Phe-Trp-Asp-Pro + PITC + HCl ………..……… Phe-Val-Met-Arg-Leu + DNFB + HCl ………..……… Val-Leu-Arg-Asp + Dansylation + HCl ……….……… Val-Leu-Asp-Arg + action de Sanger+HCl ………..……….

44

Exercice N°05: Choisissez la bonne réponse

1. L'étude d'un pentapeptide donne les résultats suivants :

- Une hydrolyse acide (HCl 6N, 110° C, 48h) donne la composition suivante : Ala, Arg, Cys, Lys, Ser

- L'action de la trypsine donne un tripeptide et un dipeptide - L'action du DNFB sur le tripeptide donne le DNP-Ser

Parmi les séquences primaires suivantes, laquelle est compatible avec les séquences ci-dessous :

a. Ser-Arg-Cys-Lys-Ala b. Ser-Ala-Arg-Cys-Lys c. Ser-Lys-Ala-Arg-Cys

Exercice N°06

Après hydrolyse trypsique de la protéine L7 de la grande sous-unité ribosomale d’Escerichia

coli, on a isolé un oligopeptide P, dont la composition en acides aminés est : Lys1, Asx1,

Thr1, Glx1, Val1, Leu1, Ile1, Phe1. La charge nette de P est (-1) à pH 6,5. Après action du chlorure de dansyl sur P, puis hydrolyse acide, on identifie la dansylthréonine. La carboxypeptidase détache successivement de P : Lys, Leu, Ile et Val. Quand P est hydrolysé par la chymotrypsine on obtient notamment un oligopeptide P’ dont la composition brute en acides aminés est : Asx1, Val1, Leu1, Ile1.

Quelle est la séquence de P ?

Exercice N° 07

Soit un nanopeptide sujet à plusieurs analyses visant la détermination de sa séquence en acides aminés. A la lumière des résultats suivants, déduire la séquence du polypeptide. - Hydrolyse acide: (Ala2 , Arg , Lys2 , Met, Phe, Ser2);

- Digestion à la carboxypeptidase A: Ala;

- Digestion à la trypsine: (Ala, Arg), (Lys, Phe, Ser), (Lys), (Ala, Met, Ser) - Traitement au bromure de cyanogène: (Ala, Arg, Lys2 , Met, Phe, Ser), (Ala, Ser) - Digestion à la thermolysine: (Ala), (Ala, Arg, Ser), (Lys2 , Met, Phe, Ser)

45

CORRIGÉS

1. La structure tétrapeptide: Asp-Gly- Glu-Arg H2N-CH-CO-NH-CH-CO-NH-CH-CO-NH-CH-COOH

CH2 H (CH2)2 (CH2)3

COOH COOH NH C=NH2

NH2

3- L’enzyme qui peut libérer l’Arg de ce peptide: c’est la Carboxypeptidase

Carboxypeptidase : c’est une exopeptidase qui catalyse le clivage (de façon séquentielle) des LP à partir de l’extrémité C-terminale.

Exercice N°03

1. La formule chimique développée de peptide:

2. Ordre de dissociation du pH le plus faible au pH le plus fort :

COOH de Met (pK1) > COOH radical de Glu (pK2) > NH radical de His (pK3) > NH2 de Lys

(pK4) > NH2 radical de Lys (pK5).

Le pHi du pentapeptide est la moyenne des pK qui entoure la forme à charge nette égale à

zéro, soit la moyenne de pK3 et pK4. Donc pHi= (6+8.95)/2=7.48

Exercice N°04

Les résultats des traitements suivants :

Val-Leu-Asp-Arg + Thermolysine Val+ Leu-Asp-Arg + Thermolysine Leu-Phe-Arg-Lys-Met + Trypsine Leu-Phe-Arg + Lys + Met + Trypsine Met-Val-Trp-Tyr+ chymotrypsine Met-Val-Trp + Tyr + chymotrypsine

46 Phe-Val-Met-Arg-Leu + DNFB + HCl DNP- Phe + Val-Met-Arg-Leu

Val-Leu-Arg-Asp + Dansylation + HCl Dansyl-Val+ Leu-Arg-Asp Val-Leu-Asp-Arg + action de Sanger+HCl DNP- Val+ Leu-Asp-Arg

Exercice N°05

- L’hydrolyse acide : aboutit à un hydrolysat contenant les aminoacides : Ala, Arg, Cys, Lys, Ser

- La trypsine : endopeptidase catalyse le clivage des LP du côté (-CO) de Lys et Arg.

Dans la possibilité « b », on peut avoir un tripeptide (Ser-Ala-Arg) et un dipeptide (Cys-Lys) par l’action de trypsine.

- Le DNFB : se fixe sur l’extrémité N-terminal d’un peptide et détache, après hydrolyse acide, l’acide aminé N-terminal sous forme de DNP-acide aminé.

- L'action du DNFB sur le tripeptide donne le DNP-Ser : donc la Ser c’est me N-terminal de peptide.

- La séquence compatible pour le peptide c’est la séquence « b » : Ser-Ala-Arg-Cys-Lys.

Exercice N°06

Pendant la détermination de la séquence primaire des peptides, l'hydrolyse acide totale à chaud peut provoquer:

* la rupture de toutes les liaisons peptidiques

* Trp est dégradé (sa présence peut être révélée par dosage de l'absorption à 280nm)

* Asn et Gln perdent leurs amines de leurs groupements amides; on distingue alors Asp et Glu c'est la dernière action du HCl qui nous intéresse dans cet exercice: car Asx et Glx dans la composition du peptide sont des données qui laissent penser que ces 2 AA ne peuvent pas

être connus au début: "est-ce qu'il s'agit de Asn et Gln ou bien de Asp et Glu", mais la

phrase citée « la charge nette de P est (-1) à pH 6.5 », nous permet de savoir que le peptide aura dans sa composition des acides aminés extrêmement acides (Asp et Glu) qui lui confèrent cette charge -1.

Trypsine + L7 P (Lys1, Asx1, Thr1, Glx1, Val1, Leu1, Ile1, Phe1) - La trypsine : endopeptidase catalyse le clivage des LP du côté (-CO) de Lys. Charge nette de p à pH 6,5 = -1

47 - Le chlorure de dansyl forme avec l’aminoacide N-terminal un dérivé dansylé qui se libère après hydrolyse sous forme de Dansyl-aa très fluorescent. On en conclu que :

Thréonine est l’acide aminé N-terminal dans la séquence de P. Carboxypeptidase + P Lys, Leu, Ile et Val

- Carboxypeptidase : exopeptidase qui catalyse le clivage (de façon séquentielle) des LP à partir de l’extrémité C-terminale. On déduit que la séquence C-terminale de P est :

P = ………..Val-Ile-Leu-Lys

Chymotrypsine + P P’ (Asx1, Val1, Leu1, Ile1)

- La chymotrypsine endopeptidase catalyse le clivage des LP du côté (-CO) des résidus aromatiques (Phe) : donc

Phe---/Asx-Val-Ile-Leu chymotrypsine

Puisque Thr est l’acide aminé N-terminal, et puisque la charge nette de P est-1, donc Asx et Glx ne peuvent être que Glu et Asp (confirmé par l’étude de distribution de charges à pH 6,5). P s’écrit :

(+1) NH+3 Thr - Glu - Phe - Asp - Val - Ile - Leu – Lys (+1) NH+3 et (-1) COO- (-1) COO- _{(-1) COO}-

Exercice N°07

Nanopeptide : ce constitue par 9 acides aminés

- Hydrolyse acide: (Ala2 , Arg , Lys2 , Met, Phe, Ser2) ça donne 9 acides aminés donc aucun AA n’est détruit pas l’hydrolyse.

- Digestion à la carboxypeptidase A: c’est une exopeptidase qui catalyse le clivage (de façon séquentielle) des liaisons peptidiques à partir de l’extrémité C-terminale. Donc C-terminal = Ala. - Digestion à la trypsine: c’est une endopeptidase catalyse le clivage des liaisons peptidiques du côté (-CO) de : Arg et Lys. Ça donne :

a. (Ala, Arg), b. (Lys, Phe, Ser)

48 c. (Lys),

d. (Ala,Met,Ser).

Puisque le C terminal est un Ala donc on peut savoir le fragment qui vient à la fin du peptide

C’est a ou d.

Mais puisque le ne contient pas d’Arg ni la lysine donc c’est le fragment -terminald C

L’ordre de chaque peptide doit changer en sort que la Lys ou Arg sera le C-terminal.

a. (Ala- Arg),

b. (Phe, Ser)-Lys),

c. (Lys),

d. (Ser, Met -Ala)

De plus, la digestion à la trypsine indique qu'une Lys est situé du côté C-terminal de Lys ou Arg (libération d'une lysine avec la trypsine). Donc le fragment « C « est soit le 2eme soit le 3eme.

- Traitement au bromure de cyanogène donne deux peptides (Ala, Arg, Lys2 , Met, Phe, Ser), (Ala, Ser).

- Le bromure de cyanogène (BrCN) : hydrolyse la liaison peptidique du côté carboxyle de la méthionine. Donc cet acide aminé est le 1er de la chaine d.→(Met-Ser-Ala).

- Digestion à la thermolysine donne : (Ala), (Ala, Arg, Ser), (Lys2 , Met, Phe, Ser).

Ala+ Met,Ser+ 2Lys,1Ser,1Arg,1Ala,1Phe

La thermolysine coupe du côté N-terminal de résidus hydrophobes…donc avant Ala ou Met dans ce peptide.

Le Ala libéré tout seul est celui du d qui est le C-terminal

On tenant compte de ces deux fragments et les 4 qu’on avait au début on peut déduire l’ordre final :

Met, Ser + 2Lys,1Ser,1Arg,1Ala,1Phe

On peut donc déduire la position des résidus hydrophobes des deux fragments obtenus: Ala-(Arg, Ser) Phe-(Lys, Lys,)-Met-Ser +Ala

Avec cette dernière information et considérant la digestion à la trypsine, on peut conclure que la séquence du peptide est:

Ala-Arg-(Ser , Phe)-Lys-Lys-Met-Ser-Ala Ou bien

49 (Ser et Phe ) on peut pas savoir qui vient avant l’autre donc il faut les écrire entre ( ) séparé par une virgule.

50 Chapitre V : LES PROTÉINES

1. Définition

Les protéines (ou les protides) sont des polymères (macromolécules) composée d’une ou plusieurs chaînes d'acides aminés (chaines polypeptidiques) .

2. Structure des protéines

La structure des protéines est définie à plusieurs niveaux :

2.1. Structure primaire : c’est une structure qui est représentée par la séquence d’acides

aminés qui se lient de manière à former une chaîne polypeptidique.

2.2. Structure secondaire : Les protéines n'existent pas sous forme de chaînes linéaires d'acides aminés : elles se tordent et se replient sur elles-mêmes

 L’hélice α: Cette structure est favorisée par les résidus dont les chaînes latérales ne portent pas de charges. Mais certains résidus déstabilisent l'hélice par la présence de charge dans leurs chaînes latérales (Asp, Glu, Arg et Lys). La proline est un point de rupture d'une hélice.

 Feuillet β: Cette structure est une structure à plat, étirée et étalée. Les feuillets sont respectivement dits parallèles ou anti-parallèles. Les chaînes latérales des résidus se distribuent alternativement de part et d'autre du plan moyen.

Objectifs

 Connaître les différentes classes de protéines.

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2.3. Structure tertiaire : L'arrangement spatial des structures secondaires locales aboutit à une forme globale spécifique de la protéine maintenue par des interactions de nature différente. La conformation native de la protéine est la structure tertiaire qui correspond à celle qui exprime sa fonction biologique. Cette structure est très influencer par le milieu dans lequel elles se trouvent (solvant, température, pH, force ionique, agents détruisant ces interactions…).

2.4. Structure quaternaire : La structure quaternaire est le résultat de liaisons diverses

(hydrogène, hydrophobes, électrovalentes,

covalentes,...) entre des acides aminés de chaînes peptidiques différentes mais qui sont unies en une seule molécule. Les liaisons de la structure quaternaire sont les mêmes que celles de la structure tertiaire.

3. Quelques techniques de purification et d’étude des protéines

3.1. Electrophorèse sur gel : Permet de conjuguer la mobilité électrophorétique à un effet de filtration sur gel, la taille des pores limitant la vitesse de migration. On utilise généralement des gels d'agarose ou de polyacrilamide qui se solidifient.

 l’électrophorèse sur gel de polyacrylamide-SDS : C’est une technique qui permet la séparation des protéines uniquement en fonction de leur poids moléculaire "PM". Le SDS (Sodium Dodécyl Sulfate) est un agent dissociant qui rompt les liaisons de faible énergie existant entre les différentes sous unités de la protéine et les charge négativement :

- Protéines oligomériques (plusieurs sous unités)+ SDS monomères tous chargés (-) qui migrent vers l’anode +.

- Le SDS provoque donc la dissociation des structures quaternaires des protéines et permet la détermination de la masse moléculaire des sous unités qui composent la protéine.

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3.2. Chromatographie d’exclusion moléculaire ou gel de filtration ou tamisage

moléculaire : C’est une méthode de séparation basée sur la taille des molécules (par un

tamisage moléculaire) :

 Les molécules de taille supérieure au plus gros pore des granules du gel ne peuvent pas y pénétrer ; elles passeront entre les mailles et seront exclues (éluées) en premier.  Les molécules les plus petites (de taille inférieure aux pores du gel) y pénétreront et

seront freinées : elles seront éluées dans l’ordre des masses moléculaires décroissantes.

 La taille des pores déterminera la limite d’exclusion du gel.

Dans la chromatographie d’exclusion moléculaire. On a : tr = Ve/d

 tr: est le temps de rétention au cours d’une chromatographie ; c’est le temps durant lequel les molécules sont retenues à l’intérieur des billes du gel.

 Ve: est le volume d’élution ; volume de l’éluant qui permet la sortie (élution totale) d’une molécule.

 d: est le débit de la colonne : c’est un débit réglable (unité de temps qui permet la sortie d’un volume donné de l’éluat).

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EXERCICES

Exercice N°01

Quel est le temps de rétention d’une protéine, séparer par chromatographie sur séphadex ; sachant que le débit d de la colonne est de 4mL/min et le volume d’élution est de 68mL:

Exercice N°02

Les 5 protéines dont les masses moléculaires et les points isoélectriques sont donnés ci-dessous, sont séparées par électrophorèse sur gel de polyacrylamide en présence de SDS. Donner l'ordre de leur migration du sommet (le point de dépôt des échantillons) à la partie

inférieure du gel.

a : alpha-Antitrypsine (PM: 45000, pI: 5,4),

b: Cytochrom c (PM: 13400, pI: 10,6),

c: Myoglobine (PM: 17000, pI: 7,0),

d: Albumine sérique (PM: 69000, pI: 4,8),

e: Transferrine (PM: 90000, pI: 5,9)

Exercice N°03

Dans quel ordre apparaîtront les protéines suivantes après filtration d’un mélange sur gel de séphadex dont la limite d’exclusion est de 200 000 : myoglobine (MM = 16 000), catalase (MM = 500 000), cytochrome C (MM = 12 000), chymotrypsinogène (MM = 26 000) et sérumalbumine (MM = 65 000).

Exercice N°04

On détermine les temps de rétention (tr) au cours d’une chromatographie sur séphadex, des protéines suivantes dont on connaît la masse moléculaire (MM) (le débit d de la colonne est de 5mL/min) : MM tr (min) Aldolase 145 000 10,4 Lactate déshydrogénase 135 000 11,4 Phasphatase alcaline 80 000 18,4 Ovalbumine 45 000 26,2 Lactoglobuline 37 100 28,6

55 1- Calculer les volumes d’élution (Ve) correspondants.

2- porter le log MM en fonction de Ve. Que remarquez-vous ?

3- Pour la glucokinase, tr = 21 min ; déterminer sa masse moléculaire à l’aide du graphique précédent.

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CORRIGÉS

Exercice N°01

Calcule de temps de rétention tr : tr = Ve/d

 tr: est le temps de rétention au cours d’une chromatographie ; c’est le temps durant lequel les molécules sont retenues à l’intérieur des billes du gel.

 Ve: est le volume d’élution ; volume de l’éluant qui permet la sortie (élution totale) d’une molécule.

 d: est le débit de la colonne : c’est un débit réglable (unité de temps qui permet la sortie d’un volume donné de l’éluat).

tr = Ve/d tr= 68/ 4= 17 min

Exercice N°02

L’ordre de migration des protéines du Sommet à la partie inférieure: e, d, a, c, b. La séparation est réalisée en fonction de la taille des molécules (PM).

Exercice N°03

Il s’agit d’une chromatographie d’exclusion moléculaire (gel filtration). La limite d’exclusion du gel = 200 000.

L’ordre d’élution des protéines sera :

Catalase 500 000 est totalement exclue du tamis moléculaire

SAB 65 000, puis Chymotrypsine 26 000 ensuite myoglobine 16 000 et enfin CytC 12 000.

Exercice N°04

1. Il s’agit d’une chromatographie d’exclusion moléculaire. On a tr = Ve/d ; d’où Ve = d x tr

Protéines Ve = d x tr Aldolase 5 x 10,4 = 52 mL LDH 5 x 11,4 = 57 mL PAL 5 x 18,4 = 92 mL Ovalbumine 5 x 26,2 = 131 mL Lactoglobuline 5 x 28,6 = 143 mL

57 2. La représentation graphique de Log MM = f (Ve) donne une droite qui fournit un moyen rapide et relativement précis pour évaluer les MM des protéines inconnues.

MM Log MM log MM 145 000 5,16 135 000 5,13 ≈4,8 80 000 4,96 45 000 4,65 37 100 4,57 105ml Ve (mL) 3. tr Glucokinase = 21 mn, donc Ve = 5 x 21 = 105 mL. Par extrapolation sur le graphe, on aura Log MM = 4,8. La masse moléculaire de la Glucokinase est de 66 000.