Introduction
Grâce à l’évolution des techniques de séquençage haut d é b i t e t d e l a b i o i n f o r m a t i q u e , l ’ a n a l y s e métagénomique est devenue un outil puissant pour étudier la flore bactérienne d’échantillons issus de divers environnements.
• Quarante espèces bactériennes différentes ont été
identifiées pour les deux types de poissons
• Des variations importantes de la flore initiale ont été
observées suivant le type de conditionnement et le type de poisson
• Les bactéries Gram négatives sont majoritaires et
certaines flores sont connues pour causer l’altération du poisson (Moraxellaceae et
Pseudomonadaceae)
• Shewanella baltica est une bactérie productrice de
H2S donnant des mauvaises odeurs au filet de
poisson
• Certaines espèces de Lactobacillaceae ont été
décrites pour leurs effets de protection contre les bactéries pathogènes et l’altération du poisson
• Pour le pangasius, Planococcus donghaensis est
présent uniquement avant le conditionnement et sa présence pourrait être un indicateur de la fraîcheur du poisson
Etude de la flore microbienne de filets de poissons d’eau douce et
d’eau de mer sous différents condi7onnements
par analyse métagénomique ciblée sur l’ADN ribosomial 16S
Conclusions
Cette étude a permis d’appliquer l’analyse métagénomique pour identifier et mesurer les proportions relatives des espèces bactériennes dans les filets de poissons au cours du temps sous différents conditionnements.
La croissance de certaines espèces Gram négatives pourrait être un indicateur d’altération. Par conséquent, l’analyse métagénomique pourrait être un outil supplémentaire pour fixer adéquatement la date limite de consommation.
Objectifs
Etude de la population bactérienne
• de deux types de filets de poissons : pangasius (eau
douce) et églefin (eau de mer)
• au début et à la fin de la durée de vie
• sous air atmosphérique ou sous atmosphère modifiée
(40% N2/40% CO2/20% O2)
Delhalle L.1, Taminiau B.2, Nezer C.1, Darcis A.1, Daube G.2
1 Quality Partner sa, 62 Rue Hayeneux, 4040 Herstal, Belgique ; T+32 (0)4 240 75 00 / F+32 (0)4 240 75 10
2 Université de Liège, Département des Sciences des Denrées Alimentaires ; B43 Bis, 4000 Liège, Belgique ; T+32 (0)4 366 40 29 / F+32 (0)4 366 40 44
Matériels et méthodes
Résultats et discussions
Fig. 2 & 3: Résultats de l’analyse métagénomique, respectivement, pour le filet de pangasius et d’églefin le jour de réception et à la fin de la durée de vie sous différents conditionnements
Fig. 1: description des différentes étapes pour la réalisation de l’analyse métagénomique et pour son interprétation
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ba uma nn ii ha emo lyt icu s jo hn so ni i junii lwof fii pa rvu s sch in dl eri ve ne tia nu s Bro ch ot hri x th ermo sp ha ct a di ve rg en s fu nd itu m ga lli na ru m in hi be ns pl ei st oce ni um vi rid an s En te ro ba ct er amn ig en us Esch eri ch ia vu ln eri s Ja nt hi no ba ct eri um ag ari ci da mn osu m Ja nt hi no ba ct eri um livi du m Ph ot ob act eri um ili op isca riu m Ph ot ob act eri um ki sh ita ni i Pl an oco ccu s do ng ha en si s ae ru gi no sa asp le ni i ge ssa rd ii me rid ia na mo sse lii pa na ci s al ime nt ari us aq ui ma ris are no su s ci ba riu s cryo ha lo le nt is fa eca lis fri gi di co la gl aci nco la ma rit imu s orn ith in ol yt ica Sh ew an el la b al tica
Acinetobacter Carnobacterium Pseudomonas Psychrobacter Pangasius day 0 Pangasius plastic wrap (end of the shelf life) Panagasius MAP (end of the shelf life)
0 1 2 3 4 5 6 ba uma nn ii ha emo lyt icu s jo hn so ni i junii lwof fii pa rvu s sch in dl eri ve ne tia nu s Bro ch ot hri x th ermo sp ha ct a di ve rg en s fu nd itu m ga lli na ru m in hi be ns pl ei st oce ni um vi rid an s En te ro ba ct er amn ig en us Esch eri ch ia vu ln eri s Ja nt hi no ba ct eri um ag ari ci da mn osu m Ja nt hi no ba ct eri um livi du m Ph ot ob act eri um ili op isca riu m Ph ot ob act eri um ki sh ita ni i Pl an oco ccu s do ng ha en si s ae ru gi no sa asp le ni i ge ssa rd ii me rid ia na mo sse lii pa na ci s al ime nt ari us aq ui ma ris are no su s ci ba riu s cryo ha lo le nt is fa eca lis fri gi di co la gl aci nco la ma rit imu s orn ith in ol yt ica Sh ew an el la b al tica
Acinetobacter Carnobacterium Pseudomonas Psychrobacter Eglefin day 0 Englefin plastic wrap (end of the shelf life) Englefin MAP (end of the shelf life)
