Rapport pour le conseil scientifique et technique

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Rapport pour le conseil scientifique et technique

Claude Pavis, . Centre de Ressources Biologiques Plantes Tropicales, . Centre

de Ressources Biologiques Plantes Tropicales

To cite this version:

Claude Pavis, . Centre de Ressources Biologiques Plantes Tropicales, . Centre de Ressources Bi-ologiques Plantes Tropicales. Rapport pour le conseil scientifique et technique. [Autre] 2009, pp.1-35. �hal-02811700�

Centre de Ressources Biologiques Plantes tropicales

Rapport pour le Conseil scientifique & technique

Bilan 2005-2009 Projet 2010-2013

SOMMAIRE

Rapport scientifique et technique ... 2

Contexte, missions et enjeux du CRB... 2

Stratégie et partenariats ... 4

Présentation et analyse des résultats ... 7

Constitution des collections ... 7

Système d’information ...10 Démarche qualité...10 Acquisition de ressources ...12 Conservation de ressources ...12 Caractérisation de ressources ...12 Fourniture de ressources ...13

Assainissement des collections ...13

Partenariat international...13

Adossement à des projets de recherche...14

Organisation et fonctionnement du CRB...15

Production... 19

Formation des personnels du CRB... 21

Projet 2010-2013 ... 22

Rapport scientifique et technique Contexte, missions et enjeux du CRB

Le CRB Plantes tropicales a été initié de façon informelle en 2005. Il héberge des collections conservées par le Cirad et l’Inra en différents sites de Guadeloupe et Martinique.

Au niveau historique, ces collections ont été constituées au gré de programmes de recherche et de missions de prospection dans diverses zones tropicales. Dans ce contexte, le Cirad et l'Inra se sont associés pour faire connaître à un large public, incluant les professionnels de l'agriculture, les scientifiques et le monde de l'enseignement, les informations liées à leurs collections. En parallèle, le matériel présenté est destiné à être diffusé, dans des conditions garantissant leur authenticité et un bon état sanitaire.

Ces collections comportent des espèces cultivées et apparentées telles qu’ananas, bananiers, cannes à sucre, ignames, manguiers et orchidées, ainsi qu'un herbier référencé au niveau international. Cette biodiversité naturelle ou collectée constitue une base pour des programmes locaux de diversification, de création variétale, d'analyses de la diversité ou d’agro-écologie.

On peut rappeler ici les missions générales des CRB, telles que définies par l’OCDE :

« Les CRB conservent des collections de matériels biologiques et les informations associées, afin de faciliter l’accès aux ressources biologiques ex situ et de faire en sorte qu’elles demeurent disponibles à l’avenir pour une utilisation durable. Ces CRB sont des structures respectant la législation, les réglementations et les politiques nationales applicables, et leur mise en place répond aux missions essentielles suivantes :

- Préserver et fournir de ressources biologiques à des fins de recherche-développement dans les domaines de la science, de l’industrie, de l’environnement et de la médecine, ainsi que pour des procédés biotechnologiques.

- Réaliser des travaux de recherche-développement sur ces ressources biologiques. - Conserver la biodiversité.

- Conserver des ressources biologiques à des fins de protection de la propriété intellectuelle.

- Disposer de ressources utiles à l’information du public et à la formulation des politiques.

Elles ont pour objet d'aider à garantir la plus haute qualité possible et l'authenticité des matériels biologiques. Les techniques de conservation utilisées doivent conserver au matériel biologique ses caractéristiques essentielles et garantir son homogénéité. Le CRB doit justifier d’une stratégie visant à assurer sa pérennité à long terme. Les ressources de financement adéquates et fiables peuvent être des aides des pouvoirs publics, le revenu des services et des aides privées. »

Plus spécifiquement aux Antilles françaises, la mise en place du CRB Plantes tropicales résulte de la volonté des directions scientifiques Cirad et Inra de structurer le dispositif de recherche sur le végétal en Guadeloupe et Martinique. Différentes missions des directions scientifiques et des départements de recherche se sont déroulées en 2003 et 2004 en Guadeloupe, dont le bilan concernant les ressources biologiques est résumé page suivante.

Extrait du compte rendu de la mission en Guadeloupe du 11 au 15 octobre 2004 (Ph. Feldmann et G. Riba).

… plus que jamais, les ressources biologiques représentent un enjeu patrimonial essentiel qu’il faut enrichir, préserver, distribuer et explorer à des fins scientifiques, écologiques, économiques et sociales. Il souligne par ailleurs l’évolution des réglementations nombreuses et la pluralité des initiatives avec lesquelles il faut se coordonner.

Par leur statut public le CIRAD et l’INRA doivent avoir une ambition exemplaire en cohérence avec les réglementations internationales. Ceci implique :

- une politique explicite dotée de moyens spécifiques, - une participation active aux instances internationales,

- une activité de recherche compétitive en biologie de la conservation, - des centres de ressources dédiés au maintien des collections.

Dans ce contexte, en écho avec les initiatives récentes prises par la Région et en appui avec l’aide du FNS sollicité et obtenu par la D2RT, la création d’un centre de ressources biologiques en Guadeloupe devient une priorité forte. C’est une initiative stratégique, un créneau unique à saisir qui couvrira certaines espèces tropicales et certains de leurs bioagresseurs. De ce fait l’implication du CIRAD sera la plus importante.

Les équipes INRA et CIRAD doivent poursuivre leur coopération afin :

- d’identifier les collections qu’il convient d’y préserver et en tirer les conséquences pour les autres sites à partir desquels elles seront rapatriées,

- de caractériser les ressources,

- d’optimiser les informations qui les accompagnent par une informatisation adaptée des données,

- de mettre en cohérence les activités de ce centre avec celles des centres internationaux notamment,

- de mettre en place un processus de « bonnes pratiques »,

- d’organiser le dispositif local en concentrant les activités sur un nombre minimal de sites optimisés.

Les enjeux institutionnels, scientifiques et partenariaux du CRB sont donc bien définis dans ce compte-rendu.

Au niveau tropical, les Antilles françaises offrent des infrastructures et une stabilité favorable à la conservation et la diffusion des ressources génétiques. Sur certaines espèces, des organismes ont déjà un mandat international de conservation/diffusion, notamment Bioversity pour les Bananiers, et l’IITA pour les ignames. Il est donc important de veiller à une complémentarité avec ces organismes. Par ailleurs, d’autres départements d’outre-mer ou régions de l’hexagone ont constitué des CRB de plantes tropicales, avec lesquels il sera important de nouer des collaborations privilégiées. On peut citer principalement les CRB Vanille/Aulx/Légumes sous-utilisés de La Réunion (Cirad), Riz/Sorgho/Mil de Montpellier (Cirad), Café de Montpellier-La Réunion (IRD), et les collections Cacaoyers/Caféiers/Hévéas de Guyane (Cirad).

Le contexte international est en pleine évolution suite à la Conférence sur la Diversité Biologique en 1992, au traité FAO de 2001, et à la mise en place de nouvelles règles de biosécurité (protocole de Carthagène). Dans ce cadre, il est nécessaire que les ressources biologiques soient mieux caractérisées et documentées et que soit développées des modalités de conservation et d’échanges qui satisfassent aux critères prescrits par l’OCDE. Tant pour ses besoins propres sur son territoire que de par sa tradition de coopération, la France a développé une importante activité dans le domaine de l’adaptation d’espèces tropicales d’intérêt. L’objectif est de concevoir des systèmes de culture plus performants et mieux adaptés aux contraintes des agriculteurs, des consommateurs et des industriels transformateurs.

Ces travaux ont conduit les instituts de recherche français à constituer et à maintenir des collections ex situ de matériel génétique pour de nombreuses espèces tropicales et certains de leurs bioagresseurs dans les départements d’outre-mer. De par l’étendue et l’originalité de la diversité génétique qu’elles contiennent, ces collections présentent une importance stratégique non seulement au niveau local, mais souvent régional ou même mondial. La question de l’amélioration de la sécurisation de ces collections, de la qualité de leur conservation et de leur connaissance est donc un élément clé pour assurer leur pérennité, leur utilisation et valorisation dans un environnement changeant.

L’existence d’un CRB Plantes tropicales aux Antilles françaises peut donner une visibilité internationale aux deux instituts. A terme, la certification des structures détentrices de ressources sera nécessaire pour obtenir certains financements, et pour assurer la valorisation académique des travaux. Le CRB peut également constituer un outil pour faciliter le transfert des résultats de la recherche.Cependant, il faut noter que la France ne s’est pas encore positionnée sur le principe de diffusion des ressources, et que suite au Grenelle de l’environnement, il y a un risque que ce soient désormais les régions qui décident souverainement de la diffusion de leurs ressources et des modalités de partages des bénéfices retirés de leur utilisation.

Stratégie et partenariats

Dans un premier temps, notre stratégie a reposé sur deux objectifs prioritaires et préalables : la constitution d’un système d’information ouvert et partagé, et la mise en œuvre d’une démarche qualité permettant de sécuriser la conservation et de tracer des activités liées au CRB. Bien que n’étant pas formalisé, le groupe des gestionnaires de collection s’est constitué autour d’un animateur, pour avancer sur ces objectifs.

En parallèle à ce travail en commun, les équipes du CRB avançaient sur leurs objectifs spécifiques de caractérisation, de conservation, d’assainissement.

Pour conduire nos activités, nous nous sommes appuyés sur différents partenariats :

Qualité

Des personnels temporaires se sont succédés pour assurer le développement de la démarche qualité au sein du CRB. La qualiticienne du CRB Tropicales de Montpellier (N. Maghnaoui) est venue en appui pour la sensibilisation des équipes, et pour la conduite d’audits blancs. La mission qualité du Cirad nous a également appuyés en organisant une formation ciblée sur la norme ISO 9001.

Informatique

Avant 2005, les gestionnaires de collections avaient mis en place des bases de données Access, avec l’appui de différents informaticiens, et sans concertation d’une collection à l’autre. Pour le développement d’un site web interfacé avec ces bases locales, nous nous sommes appuyés sur un ingénieur en CDD. Cet ingénieur a travaillé avec l’appui de l’équipe en charge du système d’information ressources génétiques du département ‘Génétique et amélioration des plantes’ de l’INRA (S. Durand). La modernisation des bases locales a commencé, grâce à l’implication de l’équipe informatique de centre de l’INRA Guadeloupe (M. Publicol).

Assainissement et diagnostic viral

L’assainissement pose problème chez l’igname, pour lequel la totalité des accessions conservées est infectée par différents virus. Nous avons travaillé avec l’appui de l’UMR BGPI de Montpellier (D. Filloux), en harmonisant nos pratiques de détection de virus, et d’assainissement. Localement, un chercheur de l’UPR APMV (P.-Y. Teycheney) assume un rôle de référent scientifique en virologie.

Méthodologies de la conservation

Les collections sont majoritairement conservées au champ, et également in vitro. Ces méthodes sont lourdes, et il faut envisager des copies de sécurité. Une des voies explorées est la cryoconservation, en partenariat avec l’IRD de Montpellier (UMR DIAPC, F. Engelmann).

Partenariat international

Dans certains cas, un partenariat existe avec les organismes internationaux mandatés pour la diffusion des ressources :

• partenariat de longue date avec l’INIBAP puis Bioversity pour les Bananiers. Impliqué dans des projets d’évaluation de matériel végétal (IMTP), et de caractérisation et de gestion des collections (MGIS). Projets plus ponctuels de vérification de conformité des accessions de la collection de l’International Transit Centre de Leuven.

• partenariat initié avec l’IITA pour les ignames : projet d’analyse comparative de la diversité des collections, avec des marqueurs communs.

• membre de l’ISSCT (l’International Society of Sugarcane Technologists), avec libre accès aux ressources génétiques canne à sucre de la collection mondiale gérée par l’USDA. Nous sommes également positionnés dans certains réseaux de ressources génétiques, ce qui nous permet d’acquérir une certaine lisibilité, et avoir accès à des financements spécifiques :

• Réseau CAPGERNET (PROCICARIBE) • Réseau FAO / GCDT

La représentation page suivante fait ressortir des partenariats généraux au CRB, ou spécifiques de collections. Le pôle ‘science et technique’ est le mieux représenté, à l’inverse des pôles ‘usagers’ et ‘technologie’, qui sont à développer.

Représentation du partenariat Bananiers Ignames Canne Manguiers Orchidées

UPR Amélio Plantes multiplication végétative Guadeloupe CIRAD Diagnostic virologique

UMR Biologie & Gestion Pop Invertébrés Montpellier CIRAD Diagnostic et assainissement UMR DAP Montpellier CIRAD Développement marqueurs Ignames CRB Riz Montpellier CIRAD Qualité Conservatoire Botanique Guadeloupe IITA (Ignames) Nigeria

Autre centre détenteur

CRB CRB Pôle Science & technique P ô le T e c h n o lo g ie P ô le P o lit iq u e s & R é g le m e n ta tio n Groupement Producteurs Ignames (UPROFIG) Chambres Agriculture Association Arboriculteurs (ASSOFWI) Région Guadeloupe MESR MOM ODEA DOM Global Crop Diversity Trust SPV ANR DG UE Institut technique banane Pépiniériste privé arboriculture UMR DIAPC Montpellier IRD Cryoconservation Association guadeloupéenne d’orchidophilie IGUACANNE Bioversity (babaniers) Autre centre détenteur ? (Canne)

Autre centre détenteur

FAO CARDI Entreprise ‘Frites

Présentation et analyse des résultats Constitution des collections

A l’heure actuelle, le CRB s’articule autour de 6 collections d’importance différentes, qui ont les particularités suivantes :

Collection : Ananas Institut : Cirad Unité : UPR MV (75) Localisation : Martinique, Rivière Lézarde Nombre d’accessions : 585 Gestionnaire : J.-P. HORRY, puis L. FEREOL (2009) Mode de conservation : champ Type de ressources : essentiellement RG patrimoniales. Très faible diffusion de matériel à fin d’évaluation

Représentativité : Collection unique au niveau mondial en raison du nombre important d’accessions, de la diversité des origines et de la représentativité du genre Ananas. A. ananassoides et dérivés sont des sources potentielles de résistance pour la fusariose, le wilt et les nématodes. La conservation du matériel végétal n’est soumise à aucun risque majeur comme la fusariose qui a décimé la collection du Brésil.

Partenariats/réseau (autres centres de ressources) : Pas de réseau établi Freins à la diffusion du matériel :

Contraintes phytosanitaires : Importation interdite en Martinique en raison du risque de virose due au Pineapple mealybug wilt-associated closterovirus transmise par les cochenilles Dysmicoccus sp.

Restrictions des mouvements de matériel végétal entre Martinique et Guadeloupe Centre(s) de quarantaine : Pas de centre de quarantaine en Martinique ni de moyen d’indexation du virus. Possibilité d’exportation en passant par des centres nationaux de quarantaine.

Clients

UR INRA ou Cirad aux Antilles. Autres UR. Institut de recherche à l’étranger Partenaires socio-professionnels locaux (DFA1)

Collection : Bananiers Institut : Cirad Unité : UPR MV (75) Localisation : Guadeloupe, Neufchâteau Nombre d’accessions : 400

Gestionnaire : Christophe JENNY Mode de conservation : ex situ, in vivo Type de ressources : Tous les bananiers aux Antilles sont importés. Il s’agit donc d’une collection scientifique, et de sous-collections de travail.

Représentativité : Variétés sauvages d’origine (Sud-Est asiatique), variétés ancestrales diploïdes, variétés naturelles actuelles triploïdes. Description morphotaxonomiques complètes sur environ 50% des accessions. Diverses caractérisations moléculaires. Partenariats/réseau (autres centres de ressources) : Bioversity International Freins à la diffusion du matériel Indexation préalable

Objectifs spécifiques

- Local / Cirad : en tant que support du programme d’amélioration génétique. Connaissance et structuration de la diversité. Phylogénie. Caractérisation des gènes d’intérêt.

- Externe : fonctionnement en réseau d’excellence entre l’International Transit Center de Bioversity, basé à Leuwen et le Cirad Guadeloupe. A monter.

Clients

UR INRA ou Cirad aux Antilles. Autres UR. Institut de recherche à l’étranger Partenaires socio-professionnels locaux (DFA*)

1

Collection : Canne à sucre Institut : Cirad Unité : UPR MV (75) Localisation : Guadeloupe, Roujol Nombre d’accessions : 200

Gestionnaire : Danièle ROQUES Mode de conservation : in vitro, champ Type de ressources : Ressources génétiques scientifiques et collection de travail,

introduites en Guadeloupe depuis 1985 pour l’amélioration génétique de la canne à sucre. Collection dynamique qui s’enrichit chaque année d’une vingtaine de clones d’origine étrangère diverse.

Représentativité : Toutes les espèces du genre Saccharum sont représentées (1400 génotypes : clones ancestraux, hybrides de 1ère génération, hybrides commerciaux). La description agromorphologique est complète. L’intérêt de cette collection est sa grande diversité génétique, précieuse tant pour l’amélioration variétale que pour les études génétiques plus fondamentales. Elle constitue aujourd’hui l’unique collection de canne à sucre du Cirad et de la Guadeloupe.

Partenariats/réseau (autres centres de ressources) : West Indies Sugar Cane Breeding Network (réseau WISBEN) ; Centre d’Essai de Recherche et de Formation de la Réunion (CERF), Membres de l’ISSCT.

Freins à la diffusion du matériel : règlementation phytosanitaire européenne et internationale : quarantaine obligatoire pour les pays européens.

Objectifs spécifiques

Politique d’acquisition. 200 clones représentant la diversité de la collection font l’objet d’une caractérisation phénotypique et génotypique fine pour les caractères d’intérêts

agronomiques, de résistance aux maladies, de qualité technologiques, énergétiques, et de biologie florale. Compte tenu de l’intérêt scientifique de ce matériel et des données qui lui sont associées, ces 200 génotypes ont été identifiés prioritaires pour intégrer le CRB. Par la suite, les espèces naturelles et apparentées ainsi que les hybrides interspécifiques présents dans les collections de travail des Centres de recherche français du Cirad et du CERF y seront intégrées.

Développement de la cryoconservation Clients

- UR75 (programme d’amélioration variétale, études de génétique d’association) - UR 102 / Distillerie de Bologne (projet Can’elec : utilisation de la canne à des fins énergétiques)

- UMR DAP (études de génétique d’association, étude du génôme) - UMR BGPI (diversité du Scylv, Quarantaine)

- CERF- Réunion (échanges de RG, création de populations spécifiques)

- BSES- Australie & Central Romana - République Dominicaine (échanges de RG) Collection : Ignames Institut : INRA Unité : UR PV (979)

Localisation : Guadeloupe, Duclos & Godet Nombre d’accessions : 500

Gestionnaire : Franciane GAMIETTE Mode de conservation : in vitro, champ Type de ressources : Ressources génétiques patrimoniales, collections de travail, espèces américaines.

Représentativité : Collection la plus importante pour l’espèce américaine D. trifida. La plus importante du continent américain pour D. alata et D. cayenensis rotundata

Partenariats/réseau (autres centres de ressources) : IITA (Nigéria), CTCRI (Inde) Freins à la diffusion du matériel : Etat sanitaire (viroses)

Objectifs spécifiques

- Une caractérisation qui contribue au développement de la production d’igname dans le monde (caractères d’intérêt agronomique, phénotypage…).

- Le développement de méthodes de cryoconservation.

- Une politique d’acquisition axée sur l’espèce américaine Disocorea trifida. Clients

Equipes de recherche utilisatrices (UR INRA ou Cirad aux Antilles) Partenaires socio-professionnels locaux

Collection : Manguiers Institut : Cirad Unité : UPR Hortsyst (103) Localisation : Guadeloupe, Vieux-habitants Nombre d’accessions : 90

Curateur : Fabrice LE BELLEC Mode de conservation : champ Type de ressources : ressources patrimoniales

Représentativité :

Plantée sur le domaine expérimental du Cirad de Vieux-Habitants en 1990, principale espèce présente : Mangifera indica

L’ensemble des accessions sont originaires d’Afrique, de Floride, d’Inde, d’Egypte, d’Australie, des Canaries, de Trinidad, de Colombie et d’Indonésie. C’est une des plus importante collection de la zone américaine et Caraïbe.

Partenariats/réseau (autres centres de ressources) : Néant Freins à la diffusion du matériel : Néant

Projets spécifiques

Intégration d’accessions faisant partie du patrimoine guadeloupéen. Etude des relations entre caractères phénotypiques et génotypiques.

Etude comparative de diversité de la collection avec les autres centres détenteurs, à l’aide de marqueurs communs.

Clients

Pépiniéristes privés. Institut de recherche à l’étranger. Partenaires socio-professionnels locaux et à l’étranger.

Collection : Orchidées Institut : Cirad Unité : UPR MV (75) Localisation : Guadeloupe, Roujol Nombre d’accessions : 15

Curateur : Claire AMAR Mode de conservation : in vitro, serre Type de ressources

Ressources patrimoniales : espèces sauvages menacées. Représentativité

Seule collection d’Orchidées endémique des petites Antilles existante

Certaines accessions endémiques de la Guadeloupe sont quasiment éteintes à l’état sauvage. Elles sont menacées de disparition car elles font l’objet de prélèvement important et leur habitat est parfois menacé.

Partenariats/réseau :

Conservatoire Botanique des Antilles françaises, Gestionnaires d’espaces naturels (Parc National de Guadeloupe, ONF)

Association Guadeloupéenne d’orchidophilie (AGO)

Freins à la diffusion du matériel : statut juridique contraignant (protection par arrêté ministériel, annexe 2 de la CITES)

Clients

Gestionnaires d’espaces naturels (Parc National de Guadeloupe, ONF) Association Guadeloupéenne d’orchidophilie (AGO) et orchidophiles. Pépiniéristes.

Système d’information

Un site Internet a été créé : http://collections.antilles.inra.fr

Il propose des informations générales sur les collections et services offerts. Un système de requêtes permet d’obtenir des informations sur des critères taxonomiques ou agronomiques. La plupart des accessions sont illustrées.

Ce système d’information est constitué par une interface entre des bases locales Access, gérées par les responsables de collection, et le site. La mise à jour des informations est possible, mais relativement contraignante. Il en résulte le fait que ces mises à jour ne sont pas faites. Ceci n’est pas pour le moment un handicap, les bases ayant été relativement bien pourvues en données lors du lancement du site.

Il est nécessaire d’évoluer vers des outils plus génériques qu’Access, avec des bases MySquel, qui permettraient des mises à jour beaucoup plus faciles par les informaticiens de site, et un interfaçage aisé avec les systèmes d’information nationaux, et internationaux. Cette démarche est engagée pour la collection Ignames gérée par l’INRA, ce qui lui permettra d’incrémenter SIReGal, le système d’information commun aux collections du Département GAP de l’INRA, lui-même interconnecté aux bases de données de séquençage, de SNP, de cartographie, de génomique, de protéomique, de transcriptomique, de phénotypage etc…

Une réflexion est également engagée pour l’herbier. Un partenariat avec le Parc National de la Guadeloupe et le Conservatoire Botanique des Petites Antilles va permettre la numérisation et le géo-référencement des échantillons. Un contact a été pris avec le GBIF2 pour interconnecter les données dans leur système d’information, et déclarer l’herbier en tant que méta-donnée. Nous pourrons ainsi renforcer notre lisibilité internationale.

Démarche qualité

L’OCDE préconise que les Ressources Biologiques soient gérées dans les CRB selon de bonnes pratiques qui ont fait, pour certains types de ressources (microbes et produits humains), l’objet d’une norme française (NF S96-900), qui est en cours d’adaptation pour matériel végétal. De ce fait l’approche processus a été choisie étant la plus appropriée pour une future certification du CRB, selon la norme ISO 9001, et les recommandations de l’OCDE.

Le périmètre d’activités a été défini au cas par cas selon les collections. Le périmètre minimum des processus de réalisation est « recevoir, conserver, fournir des accessions ». Les processus support et de management sont les suivants : achats, gestion des équipements, gestion des ressources humaines, communication, management de la qualité… Ces processus support dépassent largement le cadre des équipes affectées au CRB, et la question de leur maîtrise reste donc posée.

Pour la mettre en œuvre, de manière cohérente et intégrative entre les deux institutions, avec un maximum d’efficacité tout en garantissant une certaine souplesse, nous avons proposé le champ d’application et la logique de travail définis dans la cartographie suivante.

2

CARTOGRAPHIE DES PROCESSUS DU CRB PT

Gestion des locaux et des équipements Processus de réalisation

Mesures,analyses et améliorations

Recevoir Conserver

Fournir du matériel biologique Diffuser des informations

Recevoir Conserver

Fournir des VP sains Produire info basique

Recevoir Conserver

Fournir du matériel biologique

Diffuser des informations Caractérisation agro.

Processus externalisés Gestion des ressources humaines Responsabilités de la direction ANANAS ANANAS ANANAS ANANAS CANNE A SUCRE

CANNE A SUCRECANNE A SUCRE

CANNE A SUCRE IGNAME IGNAME IGNAME IGNAME BANANE BANANEBANANE BANANE Recevoir Conserver

Fournir du matériel biologique Diffuser des informations

Diffuser des informations

Cette construction permet de créer un Système de Management de la Qualité commun CRB Plantes tropicales dans la logique du rapprochement INRA-Cirad.

Dans ce champ d’application, on distingue :

- les processus de réalisation constitués de la description des activités de chacune des collections : le périmètre minimum des processus de réalisation est « Recevoir, conserver, fournir des accessions et des informations liées à ce matériel» et dans certains cas, la caractérisation et la recherche-développement font partie du périmètre. Cette phase est la plus avancée.

- les processus de management seront élaborés de manière commune, constitués d’une part de la responsabilité de la direction (fixe les objectifs, établit la politique qualité et sa planification…) et d’autre part du management de la qualité (mesure et surveille le SMQ, organise les audits internes…).

- les processus supports qui seront distincts ou communs et ne s’appliqueront dans certains cas qu’à l’une ou l’autre des collections (ex : gestion des serres).

Différentes formations ont été organisées conjointement par les deux instituts, à la fois par un prestataire extérieur, et aussi par le responsable de la mission qualité du Cirad et par les ingénieurs qualiticiens du CRB Tropicales de Montpellier et de l’UMR Maladies émergentes. L’ensemble des cadres et du personnel technique impliqué dans le CRB a été plus ou moins sensibilisé à la démarche qualité en général, et à la norme ISO 9001 en particulier. La rédaction des documents qualité a démarré, et des audits à blanc ont été organisés en 2009. Un plan d’action a été élaboré pour avancer dans la démarche ISO 9001 et envisager la certification pour une ou plusieurs des entités du CRB. Le tableau page suivante résume l’état d’avancement de la documentation selon les domaines.

Nombre de documents qualité

Domaine Prévus Rédigés Vérifiés Approuvés Appliqués

Cannes 19 10 9 - - Bananiers 13 7 5 - - Ananas 21 6 - - - Ignames 73 54 49 44 44 Management 9 3 3 3 3 Support 19 4 - - - Total 154 84 (55%) 66 (43%) 47 (31%) 47 (31%)

Si le démarrage dans ce domaine a été lent, du fait d’un manque de professionnalisme dans le domaine de la qualité au sein de nos équipes, un travail collection par collection a été mené. Ceci a permis aux gestionnaires de s’approprier peu à peu la démarche, et de prendre conscience de sa nécessité. L’audit effectué par N. Maghnaoui fin 2009 atteste d’une réelle avancée dans la mise en place du système de management de la qualité.

La labellisation IBiSa a été obtenue en avril 2009

Acquisition de ressources

Jusqu’à présent, nous nous sommes très peu engagés dans cette voie, préférant définir au préalable une politique d’acquisition pour chaque collection. Nous devons en outre être vigilants sur les aspects juridiques (propriété des accessions) et sur les aspects sanitaires (procédure de quarantaine et/ou d’assainissement).

Conservation de ressources

Elle est majoritairement réalisée au champ (ananas, bananiers, canne à sucre, manguiers). Chez l’igname, on tend vers une double conservation au champ et in vitro. Les espèces florales sont conservées in vitro et sous serre. D’autres méthodes sont en cours de développement, par le biais de la cryoconservation (igname et canne à sucre) qui permettrait une conservation à long terme moins coûteuse, sans risque de variations soma-clonales. Chaque gestionnaire est en train de définir de quelle façon assurer la meilleure duplication de sa collection, qui est une exigence de l’OCDE.

Caractérisation de ressources

Les équipes mènent à la fois des actions de caractérisation agro-morphologique, en utilisant des descripteurs [IPGRI (igname), GRIN (canne à sucre), Programme Musaid (Banane)] et des caractérisations moléculaires, afin de disposer d’empreintes génétiques. L’avancement de ces caractérisations est variable selon les collections.

Fourniture de ressources

Un certain nombre d’accessions maintenues en collection ont été diffusées en direction d’équipes de recherche ou du développement, localement ou dans l’hexagone. Excepté pour la canne (après passage en quarantaine à Montpellier), nous ne diffusons pas ou très peu pour le moment de matériel à l’étranger, pour des raisons sanitaires.

Assainissement des collections

Les collections de canne à sucre et d’ignames hébergent différentes espèces de virus, rendant impossible la diffusion de matériel en dehors de la Guadeloupe, voire même (pour l’igname), son évaluation agro-morphologique.

Pour la canne, l’assainissement de la collection est réalisé par thermothérapie de boutures pour les infections bactériennes et fongiques, et par culture in vitro d’apex pour celles dues au virus de la feuille jaune.

Pour les ignames, nous avons mis en œuvre un programme d’assainissement par thermothérapie couplée à la culture d’apex. Le transfert de compétences et de techniques a été réalisé depuis l’UMR BGPI de Montpellier (équipe Quarantaines) vers l’INRA. Des difficultés subsistent pour avancer dans le programme d’assainissement en Guadeloupe. Lors d’un séminaire INRA Cirad qui s’est déroulé fin 2009, la part a été faite entre les problèmes de mise en œuvre des tests de détection des différents virus, de méthodologie de détection et d’assainissement et de manque de connaissances scientifiques sur les virus. Le détail de cette analyse est présenté en annexe 1.

Partenariat international

Il est nécessaire de développer ce partenariat pour i) faire connaître nos ressources, et susciter un intérêt de la part des instituts de recherche et de développement (diffusion & acquisition de ressources et/ou de données), et ii) être reconnus par les instances internationales, pour obtenir des financements spécifiques.

Nos actions dans ce domaine se sont concrétisées par la participation et un rôle moteur au sein du réseau Caraïbe des ressources génétiques du CARDI (PROCICARIBE), ainsi que la participation aux symposiums sur les ressources génétiques d’Amérique latine (SIRGEALC) et de la Caraïbe, couplés aux rencontres du Global Crop Diversity Trust (GCDT).

Le leadership des Antilles Françaises a été reconnu pour les Bananiers et plantains et L’Igname (espèces de l’annexe 1 de la FAO) et l’Ananas (hors annexe 1).

Par ailleurs, certains partenaires ont manifesté leur intérêt sur le principe d’échanger des ressources, et d’utiliser l’outil informatique de gestion de données (CTCRI3 en Inde, IAC4 en Nouvelle-Calédonie). D’autres ont sollicité une formation aux techniques de caractérisation moléculaire (ISA5 en République Dominicaine).

Enfin, nous avons sollicité l’IITA (Nigeria) et le CTCRI (Inde) pour participer à un projet d’analyse de la diversité génétique de nos collections respectives, à l’aide de marqueurs communs. Ces organismes ont accepté de nous fournir des échantillons de leur core-collection pour ce projet.

3

Central Tuber Crops Research Institute

4

Institut Agronomique Calédonien

5

Adossement à des projets de recherche

L’activité d’un CRB n’est pas scientifique par essence, sauf pour les développements méthodologiques de conservation ou d’assainissement, et pour les analyses de diversité permettant de piloter la politique d’acquisition des ressources. Cependant, les collections sont adossées à une expertise forte sur les espèces conservées, et à des projets de recherche menés le plus souvent localement, et en partenariat avec des équipes de l’hexagone.

Historiquement, les ressources biologiques étaient liées à des programmes de création variétale pour la résistance aux bioagresseurs ou la diversification. Ceci reste d’actualité, notamment sur bananiers (cercosporioses, nématodes), canne à sucre (échaudure des feuilles, maladie de la feuille jaune, charbon) et ignames (anthracnose).

D’autres thèmes sont désormais abordés en utilisant ces mêmes collections. Ils sont détaillés en annexe 2.

Organisation et fonctionnement du CRB

Le CRB est constitué par des équipes du Cirad et de l’INRA, en Guadeloupe et en Martinique. Ces équipes sont localisées sur 6 sites, dépendent de 3 unités de recherche, réparties sur 3 départements de recherche. Les gestionnaires des 6 collections animent leurs équipes respectives, qui sont parfois impliquées dans d’autres domaines que celui du CRB. Pages suivantes, ces éléments sont synthétisés sous la forme d’un organigramme, et de tableaux précisant l’affectation des ressources humaines par institut, unités, collections et domaines de compétences. Sont également indiqués les plateaux techniques auxquels ont accès les équipes du CRB.

De 2005 à 2007, le groupe des gestionnaires de collections a travaillé en ateliers6, l’animation étant assurée par Florent Engelmann, puis par Claudie Pavis au départ de ce dernier. Un comité de pilotage du projet a été constitué7. Il s’est réuni deux fois en Guadeloupe, pour apporter un appui aux gestionnaires de collections et aux informaticiens statutaires, sur des questions conceptuelles et méthodologiques.

En avril 2007, le Cirad a positionné Marc Boisseau en Guadeloupe pour apporter un appui opérationnel au CRB. Les acteurs du CRB ont poursuivei leurs activités, en mettant l’accent sur la démarche qualité. Pour l’animation, Marc Boisseau a travaillé principalement avec Claudie Pavis, mais il n’y a pas eu à proprement parler de pilotage de projet ou d’outil. La bonne qualité des relations entre l’ensemble des intervenants a permis malgré tout des avancées significatives.

Cependant, sur la période, on a noté pour diverses raisons des désengagements plus ou moins importants au sein de certaines collections (mobilités, manque de disponibilité et d’incitation de la hiérarchie). A l’heure actuelle, les activités sont surtout développées sur ananas, bananiers, cannes à sucre, ignames. En raison de sa forte lisibilité internationale, nous avons intégré dans la démarche la collection constituée par l’herbier de Guadeloupe. Une démarche parallèle de développement de CRB en productions animales et santé humaine a été menée par l’INRA, le Cirad, l’INSERM, le CHRU, et le Centre caribéen contre la drépanocytose. Ceci a permis de mener des réflexions méthodologiques lors de rencontres inter-instituts. Un atelier de cryoconservation a été créé dans les locaux INRA de l’URPV, dans un premier temps pour les besoins de l’INRA (productions animales) et du Cirad (contrôle des maladies animales, exotiques et émergentes). Il propose des prestations (production d’azote liquide), et pourra être ouvert aux partenaires des productions végétales quand les avancées méthodologiques permettront la cryoconservation des collections. Fin 2009, un atelier a été organisé en Guadeloupe avec les hiérarchies (directeurs d’unité, chefs de département) pour débattre des modes d’organisation à mettre en place. Les points spécifiques suivants ont été soulignés :

- La collection d’orchidées n’a pas vocation à rester dans le CRB. Il faudrait formaliser la gestion de ces ressources avec le Parc national et/ou le Conservatoire botanique.

- La collection de manguiers présente un intérêt certain mais le site de Vieux-Habitants va être fermé. Il est demandé de rassembler les éléments pour permettre une analyse plus complète sur la représentativité de cette collection à échéance de juin 2010. Ceci permettra de décider de son devenir dans le cadre du CRB.

- La gestion des 1 400 accessions de la collection de travail de Canne à sucre est lourde. Il est demandé de restreindre le nombre d’accessions du CRB à environ 400 accessions.

6

Six ateliers formels en système d’information et qualité

7

P. Feldmann & J.-M. Prosperi (ressources biologiques), Roland Cottin (CRB Semences tropicales), Sophie Durand (informatique)

Organigramme janvier 2009

Le CRB Plantes Tropicales

aux Antilles françaises et son environnement

Le CIRAD et L’INRA ont en charge des collections de plantes tropicales, et mettent en place depuis 2005 une démarche de CRB, visant à conserver et diffuser ces ressources génétiques, dans le respect des réglementations nationales et des conventions internationales

Comité de pilotage 2005-2007

J.-M. Prosperi (INRA) P. Feldmann (CIRAD) R. Cottin (CIRAD) Mise en place

d’une démarche qualité Prescriptions OCDE - Norme ISO 9001

Guadeloupe

CIRAD 8,1 ETP INRA7,9 ETP

Bananiers Canne à sucre Orchidées Manguiers Ignames

DGAP-SPE-EA UR 979-UE 805

BIOS UPR 75 Persyst

UPR 103 Système d’information commun

http://collections.antilles.inra.fr Partenariat international CAPGERNET GCDT FAO, Bioversity Neufchâteau C. Jenny Ananas Martinique Coordination : M. Boisseau Vx- Habitants C. Amar D. Roques Roujol PRAM L. Férréol F. Le Bellec Duclos F. Gamiette Réglementation SPV Guadeloupe, Martinique Montpellier UR Génomique informatique Système d’information SIReGAL S. Durand Domaines expérimentaux de Vieux-Habitants, Roujol, Duclos,

Neufchâteau et Godet (conservation, caractérisation) Laboratoire CIV de Roujol

CIRAD (conservation)

Appui sur démarche qualité

LSRG CRB Riz CIRAD UPR 104 Montpellier

R. Cottin, N. Maghnaoui

Laboratoire de BM INRA Duclos (caractérisation, indexage) Laboratoire CIV de Duclos

INRA Laboratoire IRD de cryoconservation UMR DIAPC Montpellier

F. Engelmann

Quarantaine (Canne à sucre, Fleurs)

CIRAD UMR BGPI Montpellier

J.-C. Girard Laboratoire de BM CIRAD Neufchâteau (caractérisation, radioactivité) Centre de Transit (Igname)

CIRAD UMR BGPI Montpellier

D Filloux

Échanges de pratiques

Atelier de Cryoconservation Productions animales

INRA-CIRAD Duclos

Cités comme partenaires

du projet ARCAD

Ressources humaines

ETP sur la période 2005-2009. Détail par institut, par unité, par collection et par domaine de compétences. Institut Total Cadre permanent CDD ingénieur CDD technicien Technicien permanent VCAT Cirad 8.4 2.3 6.1 INRA 7.6 1.2 0.1 0.4 5.0 0.9 INRA-Cirad 0.5 0.5 Total 16.5 3.5 0.6 0.4 11.1 0.9 Unité Total Cadre permanent CDD ingénieur CDD technicien Technicien permanent VCAT UE végétale 1.1 0.1 1.0 UPR 103 1.3 0.1 1.2 UPR 75 7.1 2.2 4.9 URPV 6.4 1.1 0.2 0.4 3.9 0.8 USDAR 0.2 0.1 0.1 Multi 0.4 0.4 Total 16.5 3.5 0.6 0.4 11.1 0.9 Collection Total Cadre permanent CDD ingénieur CDD technicien Technicien permanent VCAT Ananas 1.2 0.2 0.95 Bananiers 1.3 0.25 1 Cannes 3.1 0.4 2.7 Fleurs 0.4 0.15 0.2 Ignames 7.6 1.3 0.1 0.4 4.9 0.9 Manguiers 0.3 0.1 0.2 Multi 2.7 1.1 0.5 1.1 Total 16.5 3.5 0.6 0.4 11.05 0.9 Activité

principale Total Ananas Bananiers Cannes Fleurs Ignames Manguiers Multi

Assainissement 0.6 0.1 0.5 Caractérisation agronomique 3.4 0.75 0.4 2.2 Caractérisation moléculaire 1.8 1.8 Conservation 6.4 0.95 0.5 1.9 0.2 1.9 0.2 1 Gestionnaire de collection 2.1 0.2 0.25 0.4 0.15 1 0.1 Informatique* 0.4 0.1 0.3 Management 1.2 0.1 1.1 Qualité* 0.6 0.3 0.3 Total 16.5 1.2 1.3 3 0.35 7.6 0.3 2.7 * Assuré majoritairement par du personnel temporaire

Facilités

Le tableau indique les moyens techniques dédiés en partie aux activités spécifiques du CRB.

Structure ou

équipement Institut Lieu Remarques Cirad Neufchâteau

Conservation & caractérisation bananiers

Cirad Roujol

Conservation & caractérisation cannes Agrément pour la détention et la manipulation d’organismes de quarantaine

Cirad

Vieux-Habitants Conservation manguiers Cirad

Rivière

Lézarde Conservation & caractérisation ananas INRA Godet Conservation & caractérisation ignames Stations

expérimentales de

terrain INRA Duclos Conservation & caractérisation ignames

Cirad

Neufchâteau Roujol

Agrément quarantaine en cours (banane)

Sevrage vitroplants fleurs et cannes Duclos

Conservation & assainissement ignames

Serres confinées INRA Duclos Serre S2 en projet pour 2011

Cirad Roujol

Conservation cannes, bananes et ignames, assainissement, multiplication Chambres de CIV INRA Duclos

Conservation, assainissement, multiplication

Chambres

climatiques INRA Duclos Sevrage vitro-plants, phénotypage Cirad Neufchâteau

Caractérisation bananiers, ignames (radioactivité)

Laboratoire BM INRA Duclos

Indexation maladies, caractérisation ignames

Laboratoire de

Biochimie Cirad Martinique Analyse qualité ananas & bananiers Microscope à

épifluorescence INRA Duclos Acquisition en 2010 Atelier

cryoconservation INRA-Cirad Duclos

Locaux sécurisés, actuellement dédiés au CRB animal

Générateur d'azote

liquide INRA-Cirad Duclos Inclus dans l’atelier de cryoconservation Cryoconservateur +

tank N2 Cirad Roujol

Prévu d’être transféré à l'atelier de cryoconservation INRA

Production

Production scientifique et technique

Boisseau M., Roques, D., Jenny, C., Amar, C., Le Bellec, F., Féréol, L., Gamiette, F. & Pavis, C. (2009) Démarche qualité au sein du CRB Plantes tropicales - Antilles françaises. Poster présenté à l’Ecole Inter- organismes « Qualité en Recherche et en Enseignement Supérieur » IAM, Montpellier, 9 -11 septembre 2009.

Duval, M.-F., Calabre, C., Le Bellec, F., Risterucci, A.-M., Bunel, J. & Sitbon, C. (2009) Genetic diversity of Caribbean mangoes (Mangifera indica L.), using microsatellites markers. In : S. A. Oosthuyse (ed.), Proc. VIIIth International Mango Symposium, Sun City, South Africa, 5-10 February 2006, Acta Hort., 820, 183-188.

Engelmann, F., Balsemin, E., Barreneche, T., Chatelet, P., Chauvin, J.-E., Couturon, E.,

Curk, F., Dantec, M.-A., Dantec, J.-P., Dussert, S., Feugey, L., Froelicher Y., Fouilhaux L., Gamiette, F., Grapin, A., Grisoni, M., Guérif, P., Guyarder, A., Label, A., Luro, F., Moulin, B., Muller, M., Peyrière, A., Prigent, Y., Renard, M., Roux-Cuvelier, M., Roques, D., Rubens, S., Sapotille, J., Souchet, C. & Teyssedre, D. (2009) Cryopreservation of French plant genetic resource collections (CRYOVEG). Cryobiology, 59 (3) : 411.

Perrier, X., Bakry, F., Carreel, F., Jenny, C., Horry, J.-P., Lebot, V., Hippolyte, I. (2009) Combining biological approaches to shed light on the evolution of edible bananas. Ethnobotany research and application, 7 : 199-216.

Hoarau J.Y., Roques, D., (2008) Sugarcane biodiversity : Genetic resources for varietal improvement. Poster présenté au Salon International de l’Agriculture, Paris mars 2008.. Jenny, C. & Cao Van, P. (2008) Les ressources génétiques des fruitiers tropicaux : des

collections ex-situ d'espèces fruitières tropicales. In : Fruits et légumes tropicaux. Montpellier : Cirad, [2] p.

Dolezel, J., Hippolyte, I., Jenny C., Rouard, M., & Roux, N. (2007) Supporting distribution of reference germplasm (Musa) (SP1) : [Poster]. In : Annual Research Meeting Generation Challenge Programme, Benoni, South Africa, 12-16 September 2007. s.l. : s.n., 1 p. Annual Research Meeting Generation Challenge Programme, 2007-09-12/2007-09-16, Benoni, Afrique du Sud.

Gallet, S., Gamiette, F., Filloux, D. & Engelmann, F. (2007) Cryopreservation of yam germplasm in Guadeloupe (FWI). Advances in Horticultural Science, 21, 244-246.

Gamiette, F., Gallet, S., Gomez, R.-M., Lange, D., Rubens, S., Lator, J., Irep, J.-L. & Bandou, E. (2007) Conservation of yam (Dioscorea spp.) genetic resources in Guadeloupe. Poster presented at the Meeting CAPGERNET Development of a regional strategy fir the conservation of plant genetic resources. (Trinidad & Tobago).

Gamiette, F., Boisseau, M., Jenny, C., Horry J.-P., Roques D., Le Bellec F., Amar & Pavis C. (2007) Implementación de centros de recursos fitogenéticos tropicales en las Antillas Francesas. Poster presented at the Meeting Recursos genéticos para America Latina y el Caribe (SIRGEALC) México.

Hippolyte, I., Bakry, F., Carreel, F., Jenny, C., Arnaud, E., Roux N., Glaszmann, J.-C., Risterucci A.-M., Garsmeur, O., D'Hont, A. & Baurens, F.C. (2007) Progress of Musa (banana and plantain) genetic diversity and genome analysis at Agropolis-Cirad [Abstract]. In : Abstracts of Plant and Animal Genomes XVth Conference, San Diego, CA (USA), January 13-17, 2007. [Online]. [S.l.] : s.n.. Plant and Animal Genomes Conference. 15, 2007-01-13/2007-01-17, San Diego, Etats Unis.

Le Bellec, F. & Le Bellec, V. (2007) La Mangue – la collection de manguier du Cirad Guadeloupe, 158-163. In Le verger tropical – cultiver les arbres fruitiers. ORPHIE Editions, ISBN: 978-2-87763-384-0, 264 pp.

De Roffignac, L., Le Bellec, F. & Herzog, D. (2006) Vers un contrôle du charançon du noyau de la mangue Sternochetus mangiferai (Fabricius) (Coleoptera : Curculionidae) en vergers de manguiers en Guadeloupe. Fruits, 62 (5) : 279-293.

Engelmann, F., Gonzalez Arnao, M. T., Paulet, F., Roques D., (2006) Cryopreservation as a tool for long-term conservation of sugarcane germplasm - In : 8th ISSCT Breeding and Germplasm Workshop. Abstract book. Guayaquil, Equateur - p. 37-38.

Gamiette, F., Rousteau, A., Fournet, J., Morin, J. & Gomez, R.-M. (2005) Potentialites of valorisation as food crop of the wild yam Dioscorea cordata, native from west indies islands. Proc. of the 41st Annual meeting of the Caribbean Food Crops Society, Le Gosier (Guadeloupe), 41: 421-423.

Gamiette, F., Pavis, C., Gomez, R.-M., Lange, D., Rubens, S., Lator, J. & Irep, J.-L. (2005) Conservation of yam (Dioscorea spp.) genetic resources in Guadeloupe (French west indies). Poster presented et the Symposium Recursos Généticos para América Latina y el Caribe (SIRGEALC). Montevideo (Uruguay).

Site web

Système d’information sur les ressources biologiques du CRB Plantes tropicales (2005).

http://collections.antilles.inra.fr/

Projets retenus

Nom du projet Institut Financement Période

Part

organisme €

Montant subvention € Mise en place CRB Plantes

tropicales INRA-Cirad Ministère 2005-2007 150 000 CRB Plantes tropicales : assurance qualité et assainissement d’accessions d’ignames américaines INRA-Cirad Région Guadeloupe 2007-2008 28 000 42 000 Développement de marqueurs microsatellites pour les ignames D. alata

Cirad- INRA

AIP

INRA-Cirad 2008-2009 16 000 50 000

Caractérisation et maintien des ressources biologiques CARAMBA……….. Cirad

CPER

2007-2013 2008-2009 170 000 500 000

Regeneration and safety duplication of regionally prioritized crop collections:

Yams INRA GCDT 2008-2010 12 000 INRA 2009-2011 43 000 Cryoconservation de collections françaises de ressources génétiques végétales : Ignames, Canne

CRYOVEG Cirad ANR IBiSA 2009-2011 19 000

Caractérisation et maintien des ressources biologiques

CARAMBA INRA

CPER

2007-2013 2009-2010 72 000 550 000

Cirad 13 200

Mise en réseau des CRB de plantes tropicales

INTER-TROP INRA ANR IBiSA 2010-2012 83 240

Participation à des meetings sur les ressources génétiques CAPGERNET 2005 Guadeloupe

SIRGEALC / GCDT 2005 Uruguay

L’union Européenne et la recherche Outre-mer (Les CRB sont présentés comme la priorité scientifique pour la Guadeloupe par le Conseil Régional) 2006 Madère

CAPGERNET 2007 Trinidad SIRGEALC / GCDT 2007 Mexico

Labellisation

La labellisation IBiSA est obtenue en 2009, nous reconnaissant comme plate-forme de ressources biologiques.

Formation des personnels du CRB

Domaine Année Contenu Cadres Techniciens

2005 à 2009

Sensibilisation Tous Tous

2008 2009 Accompagnement consultant M. Boisseau F. Gamiette Qualité

2008 ISO 9001 & conduite d’audits M. Boisseau F. Gamiette C. Pavis D. Roques 2008 Labcollector (logiciel de gestion d’échantillons et de documentation) F. Gamiette O. Boinot C. Pavis R.-M. Gomez D. Lange E. Francius 2009 Bases de donnés C. Pavis

Informatique

2009 Analyse des données avec XLStat D. Roques 2007 Habilitation conduite d'autoclaves R.-M. Gomez 2008 Caractérisation moléculaire F. Gamiette S. Rubens R.-M. Gomez Technique 2005 Les transferts de Ressources Biologiques : Aspects législatifs et règlementaires D. Roques Langues 2005 2006

Anglais e-learning C. Pavis S. Rubens 2006 Gestion de projet D. Roques

2006 2007

Formation tuteur emploi aidé

F. Gamiette D. Lange 2009 Conduite de projets F. Gamiette

Management

2008 Les programmes

communautaires dans les RUP

Projet 2010-2013

Management

L’organisation actuelle du CRB pose deux problèmes principaux : i) il n’y a pas de direction identifiée, ce qui est incompatible avec les exigences de certification, ii) les instances de pilotage ne sont pas définies, ce qui freine la prise de décisions et partant de là la mise en œuvre des activités.

Le fonctionnement suivant est proposé pour la période 2010-2013 :

Pour simplifier le fonctionnement de ce dispositif pluri-instituts/départements/unités/sites, il est décidé de nommer C. Pavis directrice. A ce titre, les deux organismes lui délèguent la responsabilité opérationnelle du CRB.

Un conseil scientifique & technique aura un rôle d’appui et de conseil pour l’élaboration des objectifs et le plan d’action du CRB, dans ses différents domaines de compétence (génétique, sanitaire, juridique, qualité, informatique, internationalisation).

Un comité managérial constitué des chefs de département BIOS & GAP, et des DU TGU & ASTRO (ou le comité de pilotage du GIS le cas échéant) sera chargé de prendre des décisions sur le périmètre du CRB (quelles collections le constituent, quels types de projets il peut porter). Il valide le plan d’actions proposé par le CRB. Il prend également des décisions sur l’organisation et l’évolution du système, notamment sur la mise à disposition croisée de compétences et d’infrastructures.

Qualité

Les audits réalisés fin 2009 nous ont fixé une feuille de route générale, et pour les processus recevoir, conserver, fournir des accessions des collections ananas, bananiers, cannes à sucre et ignames.

Les points les plus importants sont les suivants : - mettre en œuvre des copies de sécurité

- réfléchir au plus vite à la gestion des enregistrements (quels documents doivent être gardés impérativement et où sont-ils stockés)

- définir clairement les fonctions des agents suite au changement de l’organisation des unités de recherche

- rédiger une politique d’acquisition des accessions en accord avec le comité scientifique et technique

- valider les documents examinés et modifiés suite à l’audit

- rédiger les procédures obligatoires pour un système de management de la qualité - définir les processus supports et les décrire par collection, par institut ou en commun - choisir un logiciel de gestion documentaire commun

Compte tenu de l’ensemble des recommandations, nous visons une certification AFNOR 96-900 en 2012.

Politiques d’acquisition

Ananas. Compte tenu des forces en présence et de la richesse de la collection, il n’est pas prévu de nouvelles acquisitions pour le prochain quadriennal.

Bananiers. L’acquisition de nouvelles accessions de bananiers est actuellement suspendue, suite à l’interdiction d’introduction de musacées aux Antilles. Cette contrainte devrait être levée courant 2010, suite à la mise en conformité des installations de quarantaine du Cirad à Neufchâteau. Dès lors, l’acquisition de nouvelles accessions pourra reprendre. L’objectif est d’enrichir en matériels ancestraux la collection de bananiers. L’accent est donc mis sur les accessions diploïdes, sauvages et cultivées, de la section Eumusa, et en s’appuyant sur les travaux réalisés sur l’évolution et la phylogénie des bananiers cultivés. Ces individus sont évalués et introduits dans le schéma d’amélioration du génétique du bananier qui s’appuie sur le CRB Bananiers.

Cannes à sucre. Parmi les ressources génétiques en collection de travail, 200 clones représentant la diversité de la collection font l’objet d’une caractérisation phénotypique et génotypique fine pour les caractères d’intérêts agronomiques, de résistance aux maladies, de qualité technologiques, énergétiques, et de biologie florale. Ces résultats permettront d’une part, d’optimiser les stratégies de combinaisons sexuées nécessaires à l’innovation variétale, et d’autre part d’aborder des études de déterminismes génétiques de ces caractères cibles à travers des études de génétique d’associations. Compte tenu de l’intérêt scientifique de ce matériel et des données qui lui sont associées, ces 200 génotypes ont été identifiés prioritaires pour intégrer le CRB. Par la suite, les espèces naturelles et apparentées ainsi que les hybrides interspécifiques présents dans les collections de travail des Centres de recherche français du Cirad et du CERF y seront intégrées. Enfin, les clones d’intérêt (pour des usages diversifiés), que nous aurons identifiés suite à l’étude de diversité concernant les composantes de la biomasse ligno-cellulosique qui sera réalisée dans les 3 ans sur nos ressources cannes, seront intégrés au CRB.

Ignames. L’originalité de la collection réside dans la présence de 200 accessions de la seule espèce alimentaire d’origine américaine, Dioscorea trifida. L’accent sera donc mis sur cette espèce. Pour l’espèce D. alata, très représentée dans la collection de l’IITA (Nigeria) et du CTCRI (Inde), une étude de diversité génétique avec des marqueurs communs permettra de situer respectivement ces collections, d’éliminer d’éventuels doublons, et d’orienter nos choix de conservation ou d’introduction. D’autre part, l’INRA dispose de 3 populations de cartographie de D. alata utilisées pour étudier la résistance à l’anthracnose. Il serait intéressant de les intégrer au CRB pour que d’autres équipes puissent se pencher sur d’autres caractères. Cependant, la faisabilité de cette intégration doit être étudiée, car cela représente environ 300 accessions.

Manguiers. La collection regroupe des accessions floridiennes, indiennes, égyptiennes, des cultivars améliorés ou sélectionnés en Afrique, ainsi que des variétés provenant d’Australie, des Canaries, de Trinidad, de Colombie et d’Indonésie. Des marqueurs microsatellites ont permis de réaliser une analyse de diversité sur 300 accessions (collection, prospections dans des vergers antillais, accessions réunionnaises et accessions de référence de l’USDA et du Fairchild Botanical Garden en Floride). La diversité observée dans la collection est élevée. Cette étude a également permis d’établir les relations généalogiques entre accessions, de mettre en évidence une diversité importante chez les variétés locales antillaises, et d’émettre des hypothèses sur leur origine. Il serait intéressant de compléter cette analyse par l’étude comparative avec des accessions d’autres collections, en particulier les collections maintenues en Asie et à l’USDA. Si les directions du Cirad décident de conserver cette collection, son transfert sera envisagé sur le site INRA de Godet, et il serait intéressait d’y ajouter une dizaine de variétés parmi celles collectées aux Antilles.

Orchideés. Seul un faible nombre d’espèces est conservé, et ce matériel n’a pas vocation à être diffusé. Cette collection ne sera donc plus visible au niveau du CRB.

Développement de partenariats

Au niveau français, il existe plusieurs CRB et équipes, implantés dans les DOM ou sur l’hexagone, qui conservent des espèces tropicales. On peut citer principalement les CRB Vanille/Aulx/Légumes sous-utilisés de La Réunion (Cirad), Riz/Sorgho/Mil de Montpellier (Cirad), Café de Montpellier-La Réunion (IRD), et les collections Cacaoyers/Caféiers/Hévéas de Guyane (Cirad).

Dans un souci d’acquérir une meilleure lisibilité internationale, nous avons pour projet de développer des actions en réseau dans les domaines de la qualité, la sécurisation des collections, et du système d’informations. Ce projet démarre, grâce à un financement CCRB / IBiSA. L’objectif à deux ans est de mettre en place un site web commun qui donne accès aux informations des collections et d’harmoniser les pratiques et outils liés à l’informatique, la qualité, la conservation et le contrôle sanitaire du matériel végétal.

De plus, le partenariat international doit être développé. On pourrait envisager chez le Bananier, un partenariat plus étroit avec Bioversity International, visant à renforcer le réseau des ressources génétiques du bananier. Le CRB Bananier en Guadeloupe aurait alors vocation à devenir la collection de référence internationale au champ, pendant de l’International Transit Center de Leuven.

Interopérabilité des systèmes d’information

Le paysage informatique des ressources génétiques végétales tropicales françaises est pour le moins assez confus, différents systèmes se recoupant partiellement. Il est nécessaire de faire le bilan de l’existant, et de développer de façon pertinente des interfaces avec des systèmes tels que SIReGal, le GBIF, TropGeneDB, Tela Botanica…

Cryoconservation chez la Canne à sucre et l’Igname

La cryoconservation permet d’envisager la conservation à long terme, en sécurité et à coût réduit, des ressources génétiques d’espèces multipliées végétativement et d’espèces à semences non orthodoxes. En France, la cryoconservation n’est aujourd’hui utilisée que pour un petit nombre d’espèces forestières et elle n’est pas appliquée pour la conservation des ressources génétiques végétales d’espèces alimentaires.

Nous participons à un projet en réseau avec 11 CRB implantés dans les DOM ou sur l’hexagone, qui conservent des espèces tropicales et tempérées cultivées. L’objectif est de développer ou optimiser les techniques de cryoconservation et mettre en place d’un réseau scientifique et technique national des CRB végétaux utilisant les techniques de cryoconservation. Nos collections de canne à sucre et d’ignames sont concernées par ce projet.

Concernant la canne à sucre, des premiers travaux, conduits il y a une dizaine d’année en partenariat avec l’IRD, avaient permis la mise au point d’un protocole de congélation utilisant la technique d’encapsulation-déshydratation sur 3 variétés. L’objectif à 2 ans est de reprendre le protocole, d’en optimiser les étapes successives et de le tester sur une gamme d’accessions représentative de la diversité de la collection pour une application en routine. Courant 2010, une personne de chaque équipe sera formée à Montpellier à la technique de cryoconservation adaptée à son matériel d’étude, puis elle mettra en œuvre dans son laboratoire la technique mise au point à l’IRD Montpellier.

Assainissement et diagnostic viral chez les ignames Optimisation de la méthode d’assainissement

L’assainissement a été identifié comme action prioritaire pour la collection d’ignames. Il a été engagé depuis 2006, mais sa mise en œuvre en routine nous pose problème.

Le processus d’assainissement par culture d’apex est long et hasardeux. Un frein identifié est le fait que les apex prélevés sur vitroplants ont un faible taux de régénération. L’hyptohèse est faite que des apex provenant de plantes issues de tubercules se régénéreront plus facilement. Dans ce cadre, nous projetons de tester l’efficacité de cette méthode pour améliorer le rendement du processus d’assainissement (augmentation du taux de régénération des apex, abaissement de la durée du cycle d’assainissement). La méthode proposée est la suivante :

• Semis en chambre climatique de tubercules d’au moins 100g

• Prélèvement de la zone apicale, environ 20 jours après la levées de dormance (2 ou 3 entre nœuds)

• Désinfection

• Mise en culture du dôme apical.

L’apex de la tige principale étant coupé 20 jours après la levée, cela devrait induire le démarrage des apex axillaires, et donc multiplier par 2 ou par 3 le nombre de dômes apicaux à mettre en culture

La limite de la technique est que le matériel mère (tubercules) n’est disponible que de mars à juin.

Par ailleurs, lorsque la mise au point méthodologique de la cryoconservation aura abouti (aboutissement du projet Cryo-Veg fin 2011), nous pourrons évaluer l’intérêt de cette méthode à des fins de cryothérapie.

Optimisation des méthodes de diagnostic

Notre objectif est de disposer de tests de détection des virus des ignames fiables, reproductibles et adaptés à tout type de matériel végétal

Les objectifs spécifiques sont : • Genres potex et potyvirus:

o vérifier que les techniques existantes permettent la détection de toutes les espèces virales

o le cas échéant appliquer une technique générique permettant un inventaire exhaustif des virus de ces genres chez les ignames, à des fins de mise au point de techniques d’indexation adaptées à leur détection

• CMV : comparer la sensibilité des méthodes disponibles et généraliser la détection à toute la collection du CRB PT

• Genre badnavirus :

o optimiser le test générique existant, notamment pour s’affranchir de la présence d’éventuelles séquences pararétrovirales endogènes

o développer des outils de détection spécifiques d’éventuels badnavirus autres que ceux qui sont décrits, en s’appuyant sur des études de diversité menées par d’autres groupes ou, à défaut, en en entreprenant