Variables générées lors de l’analyse des images des images

Chacune des propriétés calculées par la fonction regionprops décrit une caractéristique d’un groupe de pixels ayant été identifié comme étant une colonie sur l’image. Chacun des pixels consiste en une valeur d’intensité dans 3 canaux de couleur (rouge, vert et bleu) associés à une position dans l’image. Une valeur unique d’intensité est également associée à chaque pixel par sa conversion en tons de gris et qui consiste en une moyenne pondérée de l’intensité des couleurs de chaque canal. Comme chaque région contient plusieurs pixels, les propriétés calculées décrivent la façon dont sont organisées ces valeurs. Il s’agit donc de résumer une tendance de la région en une seule valeur.

Tableau 12: Liste des variables générées pour décrire les colonies observées sur les images de géloses (définitions adaptées de 165)

Nom Description

Area Aire correspondant au nombre de pixels qui composent la région

EquivDiameter Diamètre du cercle ayant la même aire que la région

MajorAxisLength Longueur de l'axe majeur de l'ellipse correspondant à la région MinorAxisLength Longueur de l'axe mineur de l'ellipse correspondant à la région

Perimeter Distance autour de la région

MaxIntensity Valeur du pixel ayant la plus grande intensité de la région MinIntensity Valeur du pixel ayant la plus faible intensité de la région

MeanIntensity Valeur moyenne de l'intensité des pixels contenus dans la région Eccentricity Excentricité de l'ellipse correspondant à la région, calculée comme

étant le ratio de la distance entre les foyers de l'ellipse et la longueur de son axe majeur

PixelDataSigma Écart-type d'une distribution normale ajustée aux valeurs d'intensité des pixels formant la région

PixelDataSkew Asymétrie de la distribution de valeurs d'intensité des pixels formant la région, indiquant si les valeurs sont plus fortement situées à droite ou à gauche du centre

PixelDataKurt Kurtosis ("aplatissement") de la distribution de valeurs d'intensité des pixels formant la région

PixelDataEntropy Entropie des valeurs d'intensité des pixels formant la région, selon la définition utilisée par MATLAB (où l'entropie est égale à -

sum(p.*log2(p)), où p est un vecteur contenant le nombre de pixels ayant chacune des intensités de 0 à 255)

PixelDataEnergy Énergie des pixels formant la région, définie comme étant la somme des valeurs d'intensité des pixels contenus dans la région

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MaxIntensity_Red Valeur du pixel ayant la plus grande intensité de la région, en utilisant uniquement le canal de couleur rouge

MinIntensity_Red Valeur du pixel ayant la plus faible intensité de la région, en utilisant uniquement le canal de couleur rouge

MeanIntensity_Red Valeur moyenne de l'intensité des pixels contenus dans la région, en utilisant uniquement le canal de couleur rouge

Eccentricity_Red Excentricité de l'ellipse correspondant à la région, calculée comme étant le ratio de la distance entre les foyers de l'ellipse et la longueur de son axe majeur, en utilisant uniquement le canal de couleur rouge

PixelDataSigma_Red Écart-type d'une distribution normale ajustée aux valeurs d'intensité des pixels formant la région, en utilisant uniquement le canal de couleur rouge

PixelDataSkew_Red Asymétrie de la distribution de valeurs d'intensité des pixels formant la région, en utilisant uniquement le canal de couleur rouge

PixelDataKurt_Red Kurtosis ("aplatissement") de la distribution de valeurs d'intensité des pixels formant la région, en utilisant uniquement le canal de couleur rouge

PixelDataEntropy_Red Entropie des valeurs d'intensité des pixels formant la région, selon la définition utilisée par MATLAB (où l'entropie est égale à -

sum(p.*log2(p)), où p est un vecteur contenant le nombre de pixels ayant chacune des intensités de 0 à 255), en utilisant uniquement le canal de couleur rouge

PixelDataEnergy_Red Énergie des pixels formant la région, définie comme étant la somme des valeurs d'intensité des pixels contenus dans la région, en utilisant uniquement le canal de couleur rouge

MaxIntensity_Blue Valeur du pixel ayant la plus grande intensité de la région, en utilisant uniquement le canal de couleur bleue

MinIntensity_Blue Valeur du pixel ayant la plus faible intensité de la région, en utilisant uniquement le canal de couleur bleue

MeanIntensity_Blue Valeur moyenne de l'intensité des pixels contenus dans la région, en utilisant uniquement le canal de couleur bleue

Eccentricity_Blue Excentricité de l'ellipse correspondant à la région, calculée comme étant le ratio de la distance entre les foyers de l'ellipse et la longueur de son axe majeur, en utilisant uniquement le canal de couleur bleue

PixelDataSigma_Blue Écart-type d'une distribution normale ajustée aux valeurs d'intensité des pixels formant la région, en utilisant uniquement le canal de couleur bleue

PixelDataSkew_Blue Asymétrie de la distribution de valeurs d'intensité des pixels formant la région, en utilisant uniquement le canal de couleur bleue

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PixelDataKurt_Blue Kurtosis ("aplatissement") de la distribution de valeurs d'intensité des pixels formant la région, en utilisant uniquement le canal de couleur bleue

PixelDataEntropy_Blue Entropie des valeurs d'intensité des pixels formant la région, selon la définition utilisée par MATLAB (où l'entropie est égale à -

sum(p.*log2(p)), où p est un vecteur contenant le nombre de pixels ayant chacune des intensités de 0 à 255), en utilisant uniquement le canal de couleur bleue

PixelDataEnergy_Blue Énergie des pixels formant la région, définie comme étant la somme des valeurs d'intensité des pixels contenus dans la région, en utilisant uniquement le canal de couleur bleue

MaxIntensity_Green Valeur du pixel ayant la plus grande intensité de la région, en utilisant uniquement le canal de couleur verte

MinIntensity_Green Valeur du pixel ayant la plus faible intensité de la région, en utilisant uniquement le canal de couleur verte

MeanIntensity_Green Valeur moyenne de l'intensité des pixels contenus dans la région, en utilisant uniquement le canal de couleur verte

Eccentricity_Green Eccentricité de l'ellipse correspondant à la région, calculée comme étant le ratio de la distance entre les foyers de l'ellipse et la longueur de son axe majeur, en utilisant uniquement le canal de couleur verte

PixelDataSigma_Green Écart-type d'une distribution normale ajustée aux valeurs d'intensité des pixels formant la région, en utilisant uniquement le canal de couleur verte

PixelDataSkew_Green Asymétrie de la distribution de valeurs d'intensité des pixels formant la région, en utilisant uniquement le canal de couleur verte

PixelDataKurt_Green Kurtosis ("aplatissement") de la distribution de valeurs d'intensité des pixels formant la région, en utilisant uniquement le canal de couleur verte

PixelDataEntropy_Green Entropie des valeurs d'intensité des pixels formant la région, selon la définition utilisée par MATLAB (où l'entropie est égale à -

sum(p.*log2(p)), où p est un vecteur contenant le nombre de pixels ayant chacune des intensités de 0 à 255), en utilisant uniquement le canal de couleur verte

PixelDataEnergy_Green Énergie des pixels formant la région, définie comme étant la somme des valeurs d'intensité des pixels contenus dans la région, en utilisant uniquement le canal de couleur verte