Le contexte de ce travail est la réanimation chirurgicale qui est un domaine médical spécialisé dans la prise en charge des complications postopératoires et dans la trau-
22Nous renvoyons le lecteur à (Aussenac-Gilles et al., 2002), pour une description et un typage de ces outils.
23Plus précisément, SYNTEXnécessite d’avoir utilisé en amont un étiqueteur qui étiquette les mots d’une
phrase avec leur rôle grammatical (nom, adjectif, verbe, etc.)
24La description faite ici est tirée de (Le Moigno et al., 2002) et a été écrite par D. Bourigault. On trouve
aussi dans (Bouaud et al., 2000) d’intéressants travaux sur l’usage de l’analyse distributionnelle pour la construction d’ontologies.
matologie. Dans cette spécialité, les pathologies et les actes à prendre en compte sont divers (en fonction de la chirurgie réalisée, du type de complication, etc.). Pour leur acti-
vité de codage obligatoire25, les praticiens s’aident d’un thésaurus de spécialité qui a été
élaboré de façon à ce que les séjours de réanimation soient le mieux possible valorisés. Mais il est reconnu que l’ambiguïté du thésaurus est une source d’erreurs et de variabi- lité et ce pour de nombreuses raisons : omissions de la part des codeurs qui ne sont pas d’accord avec les items proposés, manque de données dans le compte rendu d’hospita- lisation (CRH), durée du séjour. Une ontologie permettant d’organiser les concepts du thésaurus s’impose alors comme nous l’avons déjà évoqué précédemment (cf. supra).
Pour ce qui est de la méthode de travail, elle a consisté en l’exploitation des sorties
de UPERY par l’expert non informaticien et non linguiste. Dans un premier temps, il a
analysé les couples de termes (nominaux, adjectivaux) et les couples de contextes (ver- baux, nominaux) qui présentaient des proximités suffisamment élevées pour dégager de grandes classes de concepts. Dans un second temps, la classification des concepts est raffinée par un retour à l’analyse du réseau terminologique en Tête et Expansion. Nous renvoyons à (Le Moigno et al., 2002) pour une description in extenso de la méthode proposée.
L’ontologie construite est constituée d’une hiérarchie is-a de concepts et d’une hié- rarchie is-a de relations. La hiérarchie is-a de classes est initiée par 2 branches prin- cipales : objet-reel et objet-abstrait. La branche objet-reel comprend essentiellement les éléments anatomiques et organiques, les instruments, les produits thérapeutiques et enfin les objets vivants animés. La branche objet-abstrait est décomposée en deux branches principales : objet-description (etat, attribut, objet-fonction) et objet-action. Dans la classe etat, on retrouve tous les états pathologiques (maladie, syndrome, lésion et symptômes (cliniques et paracliniques)). La classe objet-fonction décrit les fonctions phy- siques physiologiques et les dysfonctions. La classe objet-action comprend tous les actes et les processus pathologiques (on peut assimiler ces derniers à des mécanismes phy- siopathologiques). La hiérarchie is-a des relations comprend 3 branches principales :
objet, relation-etat et relation-action. Par choix, peu d’adjectifs sont représentés dans
cette ontologie. Les adjectifs sont remplacés par l’adjonction d’une relation au nom se rapportant à cet adjectif (ex cardiaque est remplacé par « localisé au-niv-de cœur »). La majorité des concepts sont construits sur ce principe. L’ontologie est visible à l’URL <http://www.biomath.jussieu.fr>.
La validation de l’ontologie se fait ici en testant sa couverture par rapport au thésau- rus de la spécialité (découpé en chapitres). Cette couverture est évaluée en vérifiant la possibilité de construire une représentation conceptuelle d’un ensemble de pathologies du thésaurus en utilisant les briques conceptuelles fournies par l’ontologie – en fait, l’ontologie des concepts et l’ontologie des relations. Sur les 658 libellés de pathologies qui composent le thésaurus, 400 (60%) sont couverts par l’ontologie. Dans le domaine choisi de la traumatologie, le niveau de couverture est de 100%. Les concepts de ce cha- pitre sont simples dans la mesure où la plupart se contentent de relier une lésion ou un processus à une localisation anatomique (fracture du col du fémur). D’autres plus com- plexes, comme ceux représentés figure 4.7, sont également représentés par l’ontologie. L’ontologie couvre 100% des 100 libellés de pathologie exprimés dans ce chapitre.
Les résultats présentés ici de façon rapide sont approfondis et nuancés dans (Le Moigno et al., 2002). On peut dire que ce travail est une validation des outils de TAL utilisés dans la mesure où l’expert a pu être autonome et travailler dans un temps décent (moins de 200 heures) et que l’ontologie est valable au regard de la couverture du
thésaurus, critère qui était le nôtre26. Pour terminer la description de ce travail on peut
25 Le Programme de médicalisation du système d’information (PMSI), vise à introduire des concepts de
comptabilité analytique dans la gestion administrative des hôpitaux : les diagnostics et actes effectués dans un établissement de santé sont codés et comptabilisés, rapportés à un patient et aux différents coûts de la structure. Cela permet ainsi de bâtir des indices de coûts relatifs par groupe homogène de malades. Le PMSI utilise un système de codage international, la CIM-10.
5 – De la réutilisation aux ontologies génériques 67 Fracture de la base du crâne
[LESION : Fracture]
(LOCALISATION : localisé_au_niv_de) [SITUATION_DANS_OBJET : base] (OBJET : du) [OS: crâne
Hémorragie extra-durale traumatique
[PROCESSUS_PATHOLOGIQUE_INTERNE : hémorragie]
(LOCALISATION : à_l’extérieur_de) [ANATOMIE_TISSU_ENVELOPPE : duremère] (ETIOLOGIE : est_causé_par) [PROCESSUS_PATHOLOGIQUE_EXTERNE : traumatisme]
Lésion traumatique intracrânienne avec coma prolongé
[LESION]
(ETIOLOGIE : est_causé_par) [PROCESSUS_PATHOLOGIQUE_EXTERNE : traumatisme] (LOCALISATION : à l’intérieur_de) [OS :crâne
(EXPRESSION : se_manifeste_par) [SIGNE_OBJECTIF : coma]
(REL_EVOLUTION : évolue_de_façon) [VALEUR_NIV_EVOLUTION : prolongé]
Hémopéritoine
[LESION : épanchement hématique]
(LOCALISATION : localisé_au_niv_de) [ANATOMIE_TISSU_ENVELOPPE : péritoine]
FIG. 4.7 – Quelques exemples de couverture du thésaurus de spécialité
noter que ce n’est pas réellement une validation des autres étapes de la méthodologie dans la mesure où l’expert n’a pas spécifiquement cherché à la suivre (et ce travail de « normalisation » reste à faire ou, a minima, à vérifier, en sachant que l’expert l’a quand même abordé de manière assez intuitive). Enfin, on peut voir que l’opérationalisation d’un tel travail se ferait dans le contexte des serveurs de terminologie (cf. § 3.4.3) même s’il n’a pas été développé pour un serveur opérationnel à ce jour.