Test d’association de variantes de MST1 et MST1R

Les expériences réalisées dans ce mémoire visent à améliorer notre compréhension des signaux d’association provenant de la région chromosomique 3p21 pour les maladies inflammatoires de l’intestin. En effet, de multiples études de liaison et d’association ont identifié cette région génomique comme facteur de risque aux MII. Le signal d’association le plus répliqué jusqu’ici provient du SNP codant non-synonyme rs3197999, situé dans le gène MST1 [58, 66], qui encode la protéine MSP. Cette variante encode pour la mutation R689C de MSP, et pourrait, en introduisant une cystéine supplémentaire et en étant située dans le site de liaison de MSP avec son récepteur, être dommageable pour la fonction et la maturation de MSP. Le signal d’association dans 3p21 provient très probablement de la variante R689C. Cependant, une étude indépendante a aussi identifié un signal d’association à la maladie de Crohn corrélé à des SNP codants non-synonymes de MST1R [53]. Ce gène encode pour la protéine RON, le récepteur de MSP, et est situé à 250 kb du gène MST1. La corrélation entre ces deux signaux étant faible (r2 0.387), il est possible que ces deux signaux d’association soient indépendants l’un de l’autre. De plus,

MST1 et MST1R sont tous les deux de bons gènes candidats dans l’optique des MII,

puisque qu’ils ont un rôle lié à l’inflammation. Enfin, bien que l’existance de duplications de la séquence entourant le gène MST1 puisse mettre en doute la validité du génotypage

des SNP situés au cœur de cette séquence, le LD entre ces variantes et celles situées à l’extérieur de la région dupliquée reste notre meilleur outil afin de confirmer la légitimité des signaux qui y sont détectés. Tel est entre autre le cas de R689C, fortement corrélé au SNP rs9858542 mainte fois associé aux MII et situé à l’extérieur de la région dupliquée. La conception d’amorces spécifiques à la séquence du chromosome 3 est également une étape déterminante afin d’obtenir des résultats valides. Le bon taux de génotypage de R689C dans nos essais, indiquant une amplification spécifique de la séquence sur le chromosome 3, est dû au positionnement des amorces de PCR et d’extension sur des différences nucléotidiques entre les duplications et la séquence de MST1. Ces observations suggèrent la validité des résultats de génotypage pour R689C.

Ainsi, comme les études d’association précédentes n’ont pas fait un génotypage exhaustif des gènes MST1 et MST1R, nous avons testé l’association d’autres variantes de MST1 et

MST1R. Dans ce but, nous avons génotypé dans une cohorte de 1110 témoins et 1647 cas

de CU, des SNP identifiés dans une expérience de re-séquençage de ces gènes ou dans la base de données dbSNP. Lors de l’étape de contrôle de qualité, les seuils de taux de génotypage des ADN et des SNP ont été gardés assez haut pour éliminer les génotypages contenant trop d’erreurs, mais aussi assez bas pour permettre l’analyse des variants dont le génotypage est compliqué par l’existance des duplications dans la région de MST1.

Les tests d’association subséquents nous montrent que autre que R689C, une seule variante codante synonyme de MST1, R641R (rs13085791), a un signal d’association significatif à la CU. R641R est parfaitement corrélée à R689C (r2=1), notre signal d’association principal dans la région 3p21. Puisque les SNP codant non-synonymes sont plus aptes à induire un dysfonctionnement des protéines comparativement aux variantes codantes synonymes, le signal d’association à R641R est probablement dû à sa grande corrélation avec R689C. En effet, il a été suggéré que les arginines autour de ce site sont indispensables à cette liaison[63]. De plus, l’introduction d’une autre cystéine dans la séquence d’acides aminés de MSP pourrait permettre la formation d’un pont disulfure

supplémentaire qui pourrait changer le repliement de la protéine[66]. Une seule des variantes codante non-synonyme corrélée ( r2 0.5) à R689C est un SNP du gène BSN. Il introduit un codon stop dans la protéine, et pourrait avoir un effet fort sur la fonction de sa protéine, mais il n’a jamais été génotypé. Cependant, la protéine basoon, encodée par

BSN, semble avoir un rôle connu que dans la formation de la matrice des terminaisons

neuronales, et est exprimée surtout dans le cerveau, ce qui ne fait pas de BSN un bon gène candidat ayant un rôle à jouer dans la pathogénèse des MII. Nos résultats suggèrent donc que R689C est la variante causale d’où origine ce signal d’association. Pour MST1R, aucune des variantes testées ne montre de signal d’association à la CU.

Cependant, on ne peut pas exclure la possibilité que d’autres variantes additionnelles de

MST1 et MST1R soient associées aux MII, pour diverses raisons. Entre autre,

probablement que tous les SNP de ces gènes n’ont pas été génotypés. Aussi, une étude indépendante avait précédemment détecté un autre signal d’association à la MC en corrélation avec MST1R [53]. Malgré qu‘aucun signal d’association à la CU n’a été détecté pour MST1R dans notre cohorte, il est aussi possible que ce signal soit plutôt un facteur de risque exclusif à la MC, ou que la taille de notre cohorte ne soit pas suffisante (1110 témoins et 1647 cas) pour détecter une association significative à la CU pour un variant ayant un faible effet.

Ainsi, bien que nos résultats suggèrent que R689C est une variante causale dans MST1, et qu’aucune association n’est détectée pour les SNP de MST1R qui ont été testés, il serait nécessaire de génotyper les variantes de ces gènes dans les cas de MC de notre cohorte, ainsi que d’augmenter de la taille des cohortes génotypées avant de conclure qu’il n’y a pas d’autres signaux d’association dans la région 3p21.