Spécification des caractères bactériologiques, de la présence chez l’homme et des normes en vigueur

2.2.1 Coliformes totaux

2.2.1.1 Caractères bactériologiques

Les coliformes appartiennent à la famille des enterobacteriaceae. Ils comprennent les genres Escherichia, Enterobacter, Klebsiella, Citrobacter, Serratia et Hafnia. Ce sont des bacilles aérobies ou anaérobies facultatifs, à Gram négatif (Holt et al., 1994).

2.2.1.2 Présence chez l'Homme.

Les coliformes totaux comprennent les coliformes fécaux commensaux du tube digestif.

2.2.1.3 Présence dans l'environnement et valeur indicatrice

La présence de coliformes totaux dans le milieu naturel n'est pas considérée comme indicatrice de pollution fécale (Ashbolt et al., 2001). En effet, certains coliformes sont capables de se multiplier dans les conditions environnementales (WHO, 2004). En revanche, la présence de coliformes totaux peut indiquer la présence de coliformes fécaux, indicateurs classiques de pollution fécale (WHO, 1997).

2.2.1.4 Normes (pour l’eau potable)

Les coliformes doivent être absents dans un échantillon de 100 mL d'eau potable (décret n° 2001-1220 du 20 décembre 2001).

2.2.2 Escherichia coli

2.2.2.1 Caractères bactériologiques

Escherichia coli est un coliforme fécal c'est à dire thermotolérant (capable de fermenter le glucose à 44,5°C). C'est un bacille assez court, anaérobie facultatif, isolé, groupé par 2 ou plus rarement en amas. Il existe plus de 1000 types antigéniques.

2.2.2.2 Présence chez l'Homme et pouvoir pathogène

Escherichia coli est un commensal du tube digestif de l'homme et de nombreux animaux. Il représente à lui-seul la plus grande partie de la flore bactérienne aérobie de l'intestin à raison de 108 par gramme de fèces pour une flore totale de 1011 à 1012 bactéries par gramme (Prescott et al., 2003). Escherichia coli est un pathogène opportuniste. Il ne devient pathogène que par pénétration des voies urétrales (cause de 75 % des infections urinaires), par essaimage à point de départ digestif (septicémie), ou suite à l'acquisition d'un gène de pathogénicité (exemples : diarrhée du voyageur et souche entéro-hémorragique O157:H7).

2.2.2.3 Présence dans l'environnement et valeur indicatrice

En milieu tempéré, Escherichia coli n'est pas saprophyte, sa présence témoigne donc d'une contamination fécale. Elle a cependant une durée de survie pouvant excéder 100 j. (Filip et al., 1988) dans des eaux souterraines et ne témoigne donc souvent pas d'une contamination récente (Jamieson et al., 2002). C'est la bactérie coliforme la mieux appropriée pour indiquer une pollution fécale d'animaux à sang chaud (Ashbolt et al., 2001; APHA, 1998) car c'est la plus commune (Jamieson et al., 2002) et elle est résistante dans l'environnement (Edberg et al., 2000). Elle a une durée de survie équivalente à celle des bactéries pathogènes (Bitton, 2005b ; APHA, 1998), mais n'est pas un bon indicateur pour les protozoaires et virus pathogènes. Sa capacité à proliférer en milieu tropical dans les rivières (Hardina & Fujioka, 1991), même dans les eaux non contaminées (Bermudez & Hazen, 1988), en fait un indicateur peu fiable dans ces milieux.

2.2.2.4 Normes (pour l’eau potable)

La présence d'Escherichia coli n'est pas tolérée dans 100 mL d'eau potable (décr. 2001-1220 du 20/12/01).

IV. Présence bactérienne dans les lixiviats et les eaux souterraines 1. Introduction, Matériels et Méthodes

2.2.3 Entérocoques

2.2.3.1 Classification et caractères bactériologiques

Ils étaient classés jusque dans les années 80 parmi les Streptocoques fécaux (Leclerc et al., 1996). Ils s'en distinguent par leur capacité à se multiplier à 6,5 % NaCl, pH 9,6 et 45°C. Le genre Enterococcus comprend une vingtaine d'espèces.

Les entérocoques sont des coques à Gram positif, se présentant de manière isolée, en courtes chaînes ou en petits amas. Ce sont des bactéries anaérobies facultatives.

2.2.3.2 Présence chez l'Homme et pouvoir pathogène

Les entérocoques sont communément présents dans le tractus intestinal des Vertébrés à sang chaud. Chez l'Homme, les plus fréquents sont Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium et Enterococcus durans.

Chez l'homme, les entérocoques sont des bactéries pathogènes opportunistes responsables de nombreuses infections parmi lesquelles 10 % des infections nosocomiales (notamment urinaires). L'espèce la plus fréquemment en cause est Enterococcus faecalis (85-90 % des souches isolées) puis Enterococcus faecium (5-10 % des souches isolées). Leurs facteurs de pathogénicité sont encore mal connus.

2.2.3.3 Présence dans l'environnement et valeur indicatrice

Les entérocoques sont des bactéries ubiquistes présentes dans les eaux usées, l'eau douce, l'eau de mer, le sol et sur les végétaux. Le milieu extérieur constitue l'habitat principal de Enterococcus casseliflavus, Enterococcus haemoperoxidus, Enterococcus moraviensis, Enterococcus mundtii et Enterococcus sulfureus (Leclerc et al., 1996) mais il peut également être contaminé par d'autres espèces comme Enterococcus faecalis et Enterococcus faecium. Dans l'environnement, la survie des entérocoques fécaux est favorisée par des températures basses (Kibbey et al., 1978) et un pH compris entre 6 et 7 (Yates & Yates, 1988). Elles ont une durée de vie plus longue que les coliformes (Gordon et al., 1974 ; Clausen et al., 1977 ; Edberg et al., 1997 ; WHO, 2004) et même équivalente à celle des virus (Bitton et al., 1983) mais ne sont pas capables de se multiplier (Bitton, 2005a). Tout cela en fait de très bons indicateurs de contamination fécale et également de la présence de virus.

2.2.3.4 Normes (pour l’eau potable)

Aucun Entérocoque ne doit être détecté dans 100 mL d'eau potable (décret 2001-1220).

2.2.4 Pseudomonas aeruginosa

2.2.4.1 Caractères bactériologiques

C'est un bacille à Gram négatif, aérobie strict, au métabolisme respiratoire, ne fermentant pas le glucose.

2.2.4.2 Présence chez l'Homme et pouvoir pathogène

Pseudomonas aeruginosa vit à l'état commensal dans l'intestin de l'homme et des animaux. Plus rarement il est isolé de la peau et des muqueuses. Pseudomonas aeruginosa est peu virulent chez les individus normaux et, au contraire, très pathogène chez les sujets dont les moyens de défense sont altérés (Hardalo & Edberg, 1997). Il est alors responsable d'infections très diverses (yeux, oreilles, plaies, brûlures, infections urinaires, pulmonaires, méningites, gastro-entérites aiguës, septicémies). C'est l'une des bactéries les plus fréquemment isolées lors d'infections nosocomiales (10-20 % des cas). Siphons d’éviers, tuyaux évacuateurs de chasse d’eau, humidificateurs d’ambiance, nébuliseurs, fleurs coupées, fruits, légumes crus, mains, savon, draps, linge, éponges, etc. peuvent être sources de contamination (WHO, 2004). Pseudomonas aeruginosa possède un grand nombre de facteurs de virulence jouant un rôle dans la survie de la bactérie et l'invasion des tissus.

2.2.4.3 Présence dans l'environnement et valeur indicatrice

Pseudomonas aeruginosa est l'espèce bactérienne dont l'habitat est le plus vaste. Elle vit à l'état saprophyte dans l'eau et les sols humides (elle résiste mal à la dessiccation mais supporte de grands écarts de température) ou à la surface des végétaux. Sa croissance dans les eaux douces n'est pas directement liée à la teneur en matière organique : elle peut se multiplier dans les eaux pures. Sa présence est, cependant, constante et abondante dans les eaux usées (Leclerc, 2003). Pseudomonas aeruginosa peut se multiplier dans l'environnement et n'a donc aucune valeur indicatrice d'une contamination fécale récente. D'autre part, aucune étude épidémiologique n’a montré l’existence d’une association entre la présence de cette bactérie dans les eaux d’alimentation et l’apparition de cas de maladie. La présence de Pseudomonas

IV. Présence bactérienne dans les lixiviats et les eaux souterraines 1. Introduction, Matériels et Méthodes

aeruginosa dans les eaux d’alimentation ne pose donc pas un problème de santé publique d’actualité (Hunter, 2002 ; Fricker, 2002 ; Allen et al., 2002).

2.2.4.4 Normes (pour l’eau potable)

Pseudomonas aeruginosa n'est pas pris en compte dans la norme de potabilité des eaux de distribution (décret 2001-1220).

Les bactéries étudiées ont été choisies pour leur présence habituelle dans les eaux polluées et la routine de leur dénombrement, mais leur présence à nos points de prélèvements n'a donc pas les mêmes conséquences sanitaires ni la même signification pour chacune.