Analyse globale
Tableau S3 : Présentation de toutes les régions détectées sous sélection chez les races caprines métropolitaines par le programme hapFLK ainsi que les gènes et les races associés à celles-ci.
Chromosome Début région Fin région Début pic Fin pic Gènes Races
1 114323058 114683573
114368000 114449500 NA ALP LOR PTV SAA
114496500 114631500 P2RY1 ALP LOR PTV PVC ROV LOC106502324 4 83615398 83733021 83665500 83684000 NA ALP PTV SAA SAV 4 87150587 87251884 87189300 87217500 DMTF1 ALP PTV SAV LOC102179731 6 14007660 14164400 14059000 14114600 NA FSS PYR 6 51554424 51690957 51571800 51614000 NA ALP LOR PTV SAV 51614000 51644600 NA LOR PTV SAA 6 63279790 63400033 63329000 63373500 NA LOR 6 83260323 83381550 83309900 83337000 NA ALP LOR PTV PYR ROV 6 85597941 85702865 85645000 85655000 LOC102183682 ALP LOR PTV
PYR SAA SAV 6 85731399 85839941 85778600 85814000 SULT1B1 ALP LOR PTV
PYR LOC102178524 6 90829178 90930186 90866000 90893500 RCHY1 FSS LOR PTV THAP6 6 91759972 91865741 91804000 91829000 CCDC158 LOR PTV SHROOM3 6 109745976 109850921 109795000 109808000 NA LOR PYR 9 79229134 79333095 79278800 79301900 NOX3 ALP PYR SAV 10 27568543 27675459 27600000 27628300 RHOJ LOR PTV SAV 11 6995989 7099330 7043000 7052500 IL18R1 ALP LOR PTV
SAA 13 57062336 57169248 57081000 57126000 NA FSS LOR 13 59467159 59607028 59512000 59583000 ANGPT4 SAA SAV FAM110A LOC108637404 SLC52A3
13 61217573 61350799 61260000 61302000 LOC102190706 LOR SAA SAV NOL4L
13 62210588 62568730
62258000 62319000 BPIFA1 LOR PTV ROV BPIFA3 62382000 62461500 LOC102187691 FSS LOR PTV ROV SAA LOC108637413 LOC102171893 CDK5RAP1 62461500 62514500 SNTA1 FSS PTV ROV 13 62833529 63539347
62881000 62925000 TRNAG-UCC ALP LOR PTV SAA 62945000 63160000 LOC108637417 ALP LOR PTV SAA SAV RALY EIF2S2 LOC108637418 63160000 63288000 LOC102190531 ALP PTV SAA SAV ASIP AHCY
63288000 63400000 ITCH LOR PTV ROV SAA SAV 63400000 63525000 DYNLRB1 ALP FSS PTV ROV MAP1LC3A PIGU 13 64000715 64228651 64051000 64099000 MMP24 FSS LOR PTV PVC SAV 64141000 64180000 FAM83C PTV ROV SAA
LOC102172278 13 64376554 64483576 64394000 64433000 LOC102173760 LOR PTV SPAG4 CPNE1 13 64660439 64892421 64708000 64737000 CNBD2 FSS LOR PTV SAA SAV 64776000 64845000 EPB41L1 ALP FSS LOR
PTV SAA SAV 13 65094529 65199534 65132000 65151000 DLGAP4 ALP FSS LOR PTV ROV SAA SAV 13 66093183 66217223 66139000 66168000 NA FSS LOR PTV PYR SAA SAV 18 33766811 33868720 33810000 33823000 NA ALP FSS LOR PTV PYR SAA SAV 19 19341398 19442589 19390000 19406000 NA FSS LOR PYR SAA 20 70334783 70435949 70382000 70400000 NA PTV PVC SAA
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Région 1
Figure S6 : Région détectée sous sélection par le logiciel hapFLK. Les haplotypes présents dans chaque race sont représentés par différentes couleurs ; les q-valeurs du test hapFLK sont présentées au-dessus avec la ligne horizontale représentant le seuil q-valeur égale 0,05 ; ensuite nous retrouvons les arbres locaux associés à chaque pic significatif. Les gènes présents dans la région sont encadrés en bleus s’ils sont associés au pic (distance de moins de 10 Kb) ou en rouge si ce n’est pas le cas.
Région 2
Figure S7 : Région détectée sous sélection par le logiciel hapFLK. Les haplotypes présents dans chaque race sont représentés par différentes couleurs ; les q-valeurs du test hapFLK sont présentées au-dessus avec la ligne horizontale représentant le seuil q-valeur égale 0,05 ; ensuite nous retrouvons les arbres locaux associés à chaque pic significatif. Les gènes présents dans la région sont encadrés en bleus s’ils sont associés au pic (distance de moins de 10 Kb) ou en rouge si ce n’est pas le cas.
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Région 3
Figure S8 : Région détectée sous sélection par le logiciel hapFLK. Les haplotypes présents dans chaque race sont représentés par différentes couleurs ; les q-valeurs du test hapFLK sont présentées au-dessus avec la ligne horizontale représentant le seuil q-valeur égale 0,05 ; ensuite nous retrouvons les arbres locaux associés à chaque pic significatif. Les gènes présents dans la région sont encadrés en bleus s’ils sont associés au pic (distance de moins de 10 Kb) ou en rouge si ce n’est pas le cas.
Région 4
Figure S9 : Région détectée sous sélection par le logiciel hapFLK. Les haplotypes présents dans chaque race sont représentés par différentes couleurs ; les q-valeurs du test hapFLK sont présentées au-dessus avec la ligne horizontale représentant le seuil q-valeur égale 0,05 ; ensuite nous retrouvons les arbres locaux associés à chaque pic significatif. Les gènes présents dans la région sont encadrés en bleus s’ils sont associés au pic (distance de moins de 10 Kb) ou en rouge si ce n’est pas le cas.
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Région 5
Figure S10 : Région détectée sous sélection par le logiciel hapFLK. Les haplotypes présents dans chaque race sont représentés par différentes couleurs ; les q-valeurs du test hapFLK sont présentées au-dessus avec la ligne horizontale représentant le seuil q-valeur égale 0,05 ; ensuite nous retrouvons les arbres locaux associés à chaque pic significatif. Les gènes présents dans la région sont encadrés en bleus s’ils sont associés au pic (distance de moins de 10 Kb) ou en rouge si ce n’est pas le cas.
Région 6
Figure S11 : Région détectée sous sélection par le logiciel hapFLK. Les haplotypes présents dans chaque race sont représentés par différentes couleurs ; les q-valeurs du test hapFLK sont présentées au-dessus avec la ligne horizontale représentant le seuil q-valeur égale 0,05 ; ensuite nous retrouvons les arbres locaux associés à chaque pic significatif. Les gènes présents dans la région sont encadrés en bleus s’ils sont associés au pic (distance de moins de 10 Kb) ou en rouge si ce n’est pas le cas.
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Région 7
Figure S12 : Région détectée sous sélection par le logiciel hapFLK. Les haplotypes présents dans chaque race sont représentés par différentes couleurs ; les q-valeurs du test hapFLK sont présentées au-dessus avec la ligne horizontale représentant le seuil q-valeur égale 0,05 ; ensuite nous retrouvons les arbres locaux associés à chaque pic significatif. Les gènes présents dans la région sont encadrés en bleus s’ils sont associés au pic (distance de moins de 10 Kb) ou en rouge si ce n’est pas le cas.
Région 8
Figure S13 : Région détectée sous sélection par le logiciel hapFLK. Les haplotypes présents dans chaque race sont représentés par différentes couleurs ; les q-valeurs du test hapFLK sont présentées au-dessus avec la ligne horizontale représentant le seuil q-valeur égale 0,05 ; ensuite nous retrouvons les arbres locaux associés à chaque pic significatif. Les gènes présents dans la région sont encadrés en bleus s’ils sont associés au pic (distance de moins de 10 Kb) ou en rouge si ce n’est pas le cas.
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Région 9
Figure S14 : Région détectée sous sélection par le logiciel hapFLK. Les haplotypes présents dans chaque race sont représentés par différentes couleurs ; les q-valeurs du test hapFLK sont présentées au-dessus avec la ligne horizontale représentant le seuil q-valeur égale 0,05 ; ensuite nous retrouvons les arbres locaux associés à chaque pic significatif. Les gènes présents dans la région sont encadrés en bleus s’ils sont associés au pic (distance de moins de 10 Kb) ou en rouge si ce n’est pas le cas.
Région 10
Figure S15 : Région détectée sous sélection par le logiciel hapFLK. Les haplotypes présents dans chaque race sont représentés par différentes couleurs ; les q-valeurs du test hapFLK sont présentées au-dessus avec la ligne horizontale représentant le seuil q-valeur égale 0,05 ; ensuite nous retrouvons les arbres locaux associés à chaque pic significatif. Les gènes présents dans la région sont encadrés en bleus s’ils sont associés au pic (distance de moins de 10 Kb) ou en rouge si ce n’est pas le cas.
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Région 11
Figure S16 : Région détectée sous sélection par le logiciel hapFLK. Les haplotypes présents dans chaque race sont représentés par différentes couleurs ; les q-valeurs du test hapFLK sont présentées au-dessus avec la ligne horizontale représentant le seuil q-valeur égale 0,05 ; ensuite nous retrouvons les arbres locaux associés à chaque pic significatif. Les gènes présents dans la région sont encadrés en bleus s’ils sont associés au pic (distance de moins de 10 Kb) ou en rouge si ce n’est pas le cas.
Région 12
Figure S17 : Région détectée sous sélection par le logiciel hapFLK. Les haplotypes présents dans chaque race sont représentés par différentes couleurs ; les q-valeurs du test hapFLK sont présentées au-dessus avec la ligne horizontale représentant le seuil q-valeur égale 0,05 ; ensuite nous retrouvons les arbres locaux associés à chaque pic significatif. Les gènes présents dans la région sont encadrés en bleus s’ils sont associés au pic (distance de moins de 10 Kb) ou en rouge si ce n’est pas le cas.
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Région 13
Figure S18 : Région détectée sous sélection par le logiciel hapFLK. Les haplotypes présents dans chaque race sont représentés par différentes couleurs ; les q-valeurs du test hapFLK sont présentées au-dessus avec la ligne horizontale représentant le seuil q-valeur égale 0,05 ; ensuite nous retrouvons les arbres locaux associés à chaque pic significatif. Les gènes présents dans la région sont encadrés en bleus s’ils sont associés au pic (distance de moins de 10 Kb) ou en rouge si ce n’est pas le cas.
Région 14
Figure S19 : Région détectée sous sélection par le logiciel hapFLK. Les haplotypes présents dans chaque race sont représentés par différentes couleurs ; les q-valeurs du test hapFLK sont présentées au-dessus avec la ligne horizontale représentant le seuil q-valeur égale 0,05 ; ensuite nous retrouvons les arbres locaux associés à chaque pic significatif. Les gènes présents dans la région sont encadrés en bleus s’ils sont associés au pic (distance de moins de 10 Kb) ou en rouge si ce n’est pas le cas.
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Région 15
Figure S20 : Région détectée sous sélection par le logiciel hapFLK. Les haplotypes présents dans chaque race sont représentés par différentes couleurs ; les q-valeurs du test hapFLK sont présentées au-dessus avec la ligne horizontale représentant le seuil q-valeur égale 0,05 ; ensuite nous retrouvons les arbres locaux associés à chaque pic significatif. Les gènes présents dans la région sont encadrés en bleus s’ils sont associés au pic (distance de moins de 10 Kb) ou en rouge si ce n’est pas le cas.
Région 16
Figure S21 : Région détectée sous sélection par le logiciel hapFLK. Les haplotypes présents dans chaque race sont représentés par différentes couleurs ; les q-valeurs du test hapFLK sont présentées au-dessus avec la ligne horizontale représentant le seuil q-valeur égale 0,05 ; ensuite nous retrouvons les arbres locaux associés à chaque pic significatif. Les gènes présents dans la région sont encadrés en bleus s’ils sont associés au pic (distance de moins de 10 Kb) ou en rouge si ce n’est pas le cas.
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Région 17
Figure S22 : Région détectée sous sélection par le logiciel hapFLK. Les haplotypes présents dans chaque race sont représentés par différentes couleurs ; les q-valeurs du test hapFLK sont présentées au-dessus avec la ligne horizontale représentant le seuil q-valeur égale 0,05 ; ensuite nous retrouvons les arbres locaux associés à chaque pic significatif. Les gènes présents dans la région sont encadrés en bleus s’ils sont associés au pic (distance de moins de 10 Kb) ou en rouge si ce n’est pas le cas.
Région 18
Figure S23 : Région détectée sous sélection par le logiciel hapFLK. Les haplotypes présents dans chaque race sont représentés par différentes couleurs ; les q-valeurs du test hapFLK sont présentées au-dessus avec la ligne horizontale représentant le seuil q-valeur égale 0,05 ; ensuite nous retrouvons les arbres locaux associés à chaque pic significatif. Les gènes présents dans la région sont encadrés en bleus s’ils sont associés au pic (distance de moins de 10 Kb) ou en rouge si ce n’est pas le cas.
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Région 20
Figure S24 : Région détectée sous sélection par le logiciel hapFLK. Les haplotypes présents dans chaque race sont représentés par différentes couleurs ; les q-valeurs du test hapFLK sont présentées au-dessus avec la ligne horizontale représentant le seuil q-valeur égale 0,05 ; ensuite nous retrouvons les arbres locaux associés à chaque pic significatif. Les gènes présents dans la région sont encadrés en bleus s’ils sont associés au pic (distance de moins de 10 Kb) ou en rouge si ce n’est pas le cas.
Région 21
Figure S25 : Région détectée sous sélection par le logiciel hapFLK. Les haplotypes présents dans chaque race sont représentés par différentes couleurs ; les q-valeurs du test hapFLK sont présentées au-dessus avec la ligne horizontale représentant le seuil q-valeur égale 0,05 ; ensuite nous retrouvons les arbres locaux associés à chaque pic significatif. Les gènes présents dans la région sont encadrés en bleus s’ils sont associés au pic (distance de moins de 10 Kb) ou en rouge si ce n’est pas le cas.
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Région 22
Figure S26 : Région détectée sous sélection par le logiciel hapFLK. Les haplotypes présents dans chaque race sont représentés par différentes couleurs ; les q-valeurs du test hapFLK sont présentées au-dessus avec la ligne horizontale représentant le seuil q-valeur égale 0,05 ; ensuite nous retrouvons les arbres locaux associés à chaque pic significatif. Les gènes présents dans la région sont encadrés en bleus s’ils sont associés au pic (distance de moins de 10 Kb) ou en rouge si ce n’est pas le cas.