Partie 3 : Résultats et discussions
6. Sélection des pieds
La représentation des résultats d’analyse est réalisée avec des ACP pour chaque groupe d’étude, en prenant en compte les variables actives suivantes : nombre de grappes réel, estimation de rendement, fertilité, compacité, poids d’une grappe, anthocyanes à pH1 et la maturité des pépins. Le degré potentiel et l’IBMP ont déjà permis d’homogénéiser la sélection. Le choix des variables est ensuite modifié si besoin pour augmenter le pourcentage d’inertie des dimensions et il est également ajusté pour chaque groupe d’étude. L’ACP sert à représenter de manière globale les résultats et à choisir les meilleurs pieds mais il est tout de même indispensable de vérifier les données du fichier brut pour être certains de ne pas oublier des pieds dans la sélection. Ainsi, en parallèle du traitement des ACP, les données seront regardées avec soin. Groupe 1 (Parcelles 34-35) : 29 pieds analysés
Le cercle de corrélation des variables et le graphe des individus se trouvent en figure 21. Quatre variables sont prises en compte : les anthocyanes à pH1 et la compacité, qui contribuent à la dimension 1 à 46.55%, et la maturité des pépins et le poids moyen d’une grappe, qui contribuent à la dimension 2 à 25.86%. Deux groupes principaux se dessinent de part et d’autre de l’axe 2 : à gauche les pieds manquant de maturité (MP élevée) avec des grosses grappes et à droite les
Figure 20: Cercle de corrélation des variables (à gauche) et graphe des individus (à droite) de la parcelle 48 du groupe d'étude 2
Figure 21: Cercle de corrélation des variables (à gauche) et graphe des individus (à droite) de la parcelle 49B du groupe d'étude 2
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pieds avec des grappes petites, lâches et ayant un fort potentiel anthocyanique. Ces derniers correspondent aux critères de sélection du domaine et 8 pieds sont ainsi sélectionnés : 34/78/17, 34/55/28, 35/3/20, 34/25/1, 34/28/13, 35/36/15, 35/17/25 et 35/20/19. Le pied 35/3/20 est un extrême d’un point de vue des anthocyanes, les pieds 34/25/1, 34/28/13, 35/17/25, 35/36/15 et 35/20/19 ont des MP assez fortes mais compensée par un degré élevé. Les pieds 34/78/17 et 34/55/24 correspondent aux élites car les MP sont faibles, le degré est dans la moyenne avec une teneur en ApH1 élevée.
Groupe 2 (48 et 49H) : 47 pieds analysés
Une première ACP a été effectuée avec l’ensemble des pieds des parcelles 48 et 49H mais les pieds qui étaient sélectionnables appartenaient seulement à la parcelle 49H. Il est cependant important de choisir des pieds dans chaque parcelle, afin d’avoir le plus de diversité possible. Ainsi, une ACP a été réalisée pour chaque parcelle et les graphes des individus et les cercles de corrélation se trouvent en figure 22 pour la parcelle 48 et 23 pour la parcelle 49H. Les pieds choisis sur la parcelle 48 sont ceux se situant au-dessus de l’axe 1, ayant des fortes teneurs en ApH1 soit les 6 pieds suivant : 48/18/10, 48/198/13, 48/153/4, 48/118/9, 48/166/24 et 48/106/11. En associant l’analyse des données brutes, le pied 48/58/20 peut aussi prétendre à la sélection, ce qui revient à sélectionner 7 pieds sur cette parcelle. Concernant la parcelle 49H, les pieds à choisir se trouvent sur la partie en haut à gauche du graphique (individus en noirs) et sont caractérisés par des fortes teneurs en ApH1, une bonne fertilité et une production moyenne. Ce sont les 10 pieds suivants : 49/78/14, 49/65/14, 49/44/13, 49/86/22, 49/177/43, 49/84/20, 49/177/14, 49/189/8, 49/191/24 et 49/32/36.
Groupe 3 (49B et 51B) : 29 pieds analysés
Les résultats de l’ACP se trouvent en figure 24. L’axe 1 est expliqué à 34% par les variables ApH1 et le poids moyen d’une grappe, l’axe 2 est expliqué à 30% par la MP et le nombre de grappes réel. La partie en bas à gauche du graphe des individus contient les meilleurs pieds répondant aux critères de sélection c’est-à-dire bien murs, des anthocyanes élevés et assez productif. Les 8 pieds suivants sont donc conservés : 49/286/10, 49/213/16, 49/259/31, 51/291/35, 51/228/23, 51/202/16, 49/238/17, 49/207/12. En regardant de plus près les données brutes, les pieds 49/286/8, 51/237/23 et 51/271/19 sont aussi sélectionnés car les ApH1 sont biens et la MP est plutôt faible. L’ACP ne les met pas en évidence car d’autres facteurs ont plus de poids.
Figure 23: Cercle de corrélation (à gauche) et graphe des individus (à droite) du groupe d'étude 4
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Groupe 4 (52, 54 et 55) : 8 pieds analysés
La classification après l’ACP (Figure 25) fait apparaitre 6 classes ce qui montre la diversité des pieds au sein du même groupe. Les pieds à choisir sont ceux se trouvant sur la partie gauche de l’axe 1 soit les 4 pieds suivants : 55/43/22, 55/151/34, 55/58/12 et 55/168/9. Ces pieds ont des fortes teneurs en ApH1, des maliques faibles par rapport au reste et des grappes plutôt lâches. De plus, ils sont réguliers par rapport à 2016, ce qui n’est pas le cas des autres.
Groupe 5 (56) : 23 pieds analysés
Les résultats de l’ACP se trouvent en figure 26. Les variables actives expliquent 57% de la dimension 1. Il y a une corrélation positive entre la fertilité et la MP et négative entre la MP et les ApH1. Les pieds à garder sont ceux à gauche de l’axe 1 car ils ont des forts anthocyanes, de faibles MP, et concernant les composantes du rendement, elles sont dans la moyenne. Ainsi, les 10 individus suivants sont gardés : 56/59/27, 56/146/32, 56/46/18, 56/107/28, 56/128/22 et 56/103/14, à très fort potentiel, et 56/22/4, 56/116/8, 56/104/16 et 56/123/29 à fort potentiel. Groupe 6 (132) : 37 pieds analysés
Les graphes de sorties de l’ACP sont disponibles plus bas en figure 27 La maturité des pépins n’est pas prise en compte dans cette ACP car cette variable n’expliquait pas assez la dimension. La classification après l’ACP fait apparaître 3 groupes d’individus, mais sont assez proches, ce qui rend plus difficile l’interprétation de l’ACP et le choix des individus. Ainsi, les données sur les pieds seront regardées attentivement pour ne pas en oublier lors de la sélection. La parcelle 132 est plutôt particulière avec un degré potentiel moyen de 12.02 %vol et des ApH1 à 1931 mg/L. les valeurs de MP seront néanmoins prises en compte pour enlever celles supérieures à 30 (somme de l’écart type et de la moyenne). Le groupe de pieds en vert semble être celui correspondant le mieux aux critères de sélection avec des teneurs en anthocyanes élevées, une bonne production et des grappes lâches, soit les 15 pieds suivants : 132/38/40, 132/7/40, 132/56/67, 132/75/73, 132/53/43, 132/62/54, 132/46/32, 132/90/83, 132/36/37, 132/18/27, 132/34/33, 132/78/43, 132/95/80, 132/53/35 et 132/35/26. Les 6 pieds suivants sont également sélectionnés après vérification des données, la plupart d’entre eux se trouvant dans la partie en haut à gauche : 132/1/62, 132/61/37, 132/42/27, 132/30/12, 132/1/85 et 132/29/43.
Figure 26: Cercle de corrélation (à gauche) et graphe des individus (à droite) du groupe d'étude 7
Tableau 8 : Nombre de pieds sélectionnés
Groupe Parcelle Nb de pieds initial Nb de pieds dans ACP Nb de pieds sélectionnés % sélection
1 M34 43 29 4 27,59 M35 4 2 M48H 58 47 7 36.17 M49H 10 3 M49B 42 29 6 40.74 M51B 5 4 M52 7 2 0 M54 3 2 0 36,36 M55 8 7 4 5 M56 30 23 10 43,48 6 FP132 44 37 21 56.76 7 TL18S 14 13 7 53.85 Total 249 189 78 39.15
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Groupe 7 (18S) : 13 pieds analysés
Les sorties de l’ACP se trouvent en figure 28. L’ensemble des variables mesurées a été prises en compte pour ce traitement et ont ensuite été ajusté pour obtenir un pourcentage d’explication de la dimension 1 de 51% et de la dimension 2 de 25%. La réalisation d’une classification après l’ACP fait apparaitre 4 classes. Les pieds se trouvant dans la partie gauche et en haut sont ceux retenus, se caractérisant par des fortes teneurs en ApH1, des faibles MP et un rendement moyen, soit les 7 pieds suivants : 18S/63/26, 18S/54/45, 18S/17/54, 18S/12/41, 18S/11/44, 18S/73/9 et 18S/16/39.
Suite à ce traitement des données par ACP, 78 pieds ont été sélectionnés, dont les résultats d’analyse se trouvent en Annexe VII. Les pieds en caractère gras dans les résultats sont les pieds avec des indices de précocité de cycle supérieurs à 100, qui pourraient donc être qualifiés « d’élites » : cela constitue 42 pieds, soit 60% de la sélection. La proportion des pieds sélectionnés est bien répartie dans les différents groupes d’étude (Tableau 8). Le pourcentage de pieds sélectionnés est plus important dans le groupe 7, à cause de l’échantillonnage plus faible, et dans le groupe 6 car la sélection était plus complexe et a été faite plus largement. La géolocalisation des pieds sélectionnés montre une répartition homogène par rapport à la sélection d’origine (voir Annexe V). La probabilité d’avoir sélectionné des individus d’origines différentes est donc augmentée.