Sélection des articles utilisables

Les articles ont été sélectionnés dans un premier temps avant de les obtenir, d’après leur titre et leur résumé lorsque celui-ci était disponible. Lorsque le résumé n’était pas disponible par le biais de PubMed ou du site Internet du journal, la sélection sur le résumé a éventuellement été effectuée après obtention de l’article.

Dans un second temps, une sélection a été opérée sur l’ensemble du texte de chaque article pour vérifier la qualité de l’étude.

3.2.1. Sélection sur le titre et le résumé

Nous avons décidé de n’inclure que les articles disponibles en langue anglaise ou française. Pour les besoins de notre méta-analyse, seules les études expérimentales sur le cancer colorectal chimio-induit chez les rats et les souris étaient recherchées.

La première sélection sur le titre a surtout permis d’écarter les articles qui relataient des études non conformes à celles que l’on recherchait : articles en “langues étrangères”, études épidémiologiques, études in vitro, études sur d’autres cancers que celui du côlon.

Cependant, le titre d’un article n’apporte pas toujours suffisamment d’informations sur les caractéristiques de l’étude. Le résumé précise généralement au minimum la relation étudiée et les critères de jugement utilisés : les dernières études in vitro passées au travers du crible du titre ont été écartées de la méta-analyse.

3.2.2. Sélection sur l’article en entier

Les articles de qualité insatisfaisante ou non conformes aux exigences de la méta-analyse ont été écartés suite à cette seconde sélection.

„ Qualité de l’article

Nous avons considéré que la qualité de l’article était suffisante pour l’inclure dans la méta- analyse lorsque les conditions suivantes étaient remplies :

- le nombre d’animaux de chaque groupe expérimental est indiqué (nous avons choisi d’intégrer les études pour lesquels ces nombres, à défaut d’être clairement énoncés, pouvaient être calculés avec certitude).

- le nombre d’animaux de chaque groupe est supérieur ou égal à cinq.

- le nom du carcinogène utilisé, ainsi que la dose, la fréquence et la durée de son administration sont spécifiés.

- le probiotique utilisé : nom du genre et de l’espèce (et si possible de la souche), dose, fréquence et durée d’administration sont indiqués. Nous avons cependant intégré certaines études qui ne précisaient pas l’espèce et/ou le nombre de bactéries utilisées dans la méta-analyse globale, mais ces études n’ont pas été utilisées pour les méta- analyses en sous-groupes en rapport avec le critère manquant.

- le protocole de dénombrement des cryptes aberrantes et des tumeurs concorde avec les protocoles de référence (coloration au bleu de méthylène pour les cryptes aberrantes, dénombrement des tumeurs macroscopiques puis analyse histologique de ces tumeurs).

„ Conformité du protocole aux exigences de la méta-analyse

— Probiotiques

Les probiotiques étudiés sont d’espèces et de souches variables, mais toutes les études intégrées à la méta-analyse utilisent des bactéries entières viables.

Les bactéries peuvent être conservées sous forme lyophilisée ou congelée, ou cultivées pendant la durée de l’étude.

Les probiotiques sont administrés par voie orale aux animaux : gavage, mélange des bactéries à l’eau de boisson ou à l’aliment des animaux sont des formes d’administration retenues.

— Animaux

Les animaux utilisés sont des rats ou des souris, mâles ou femelles, dotés d’une flore digestive « naturelle », c’est à dire que les animaux gnotoxéniques ou axéniques sont exclus de la méta- analyse. En raison de l’interaction supposée entre les probiotiques et la flore digestive, cette condition nous paraissait plus logique.

Nous n’avons défini aucun critère de restriction quant à l’âge ou au poids des animaux utilisés.

— Critères de jugement

Nous avons décidé dans notre protocole initial d’utiliser l’incidence des tumeurs et les nombres moyens d’ACF et de cryptes aberrantes comme critères de jugement.

Lors de l’extraction des données, nous avons choisi de relever les données concernant la mortalité, le nombre de tumeurs, le nombre de cryptes par ACF et le nombre de foyers à plus de 4 cryptes aberrantes lorsque ces données étaient disponibles, afin de pouvoir y revenir si leur méta-analyse se révélait possible et intéressante.

— Composition des groupes d’animaux

Pour chaque probiotique testé sur un groupe d’animaux, il existe un groupe contrôle d’animaux similaires. Ces animaux sont de la même espèce, du même sexe, de la même

Les deux groupes d’animaux sont élevés dans les mêmes conditions, ils reçoivent le même traitement cancérigène et la même alimentation (hormis la complémentation en probiotiques, éventuellement remplacée par un placebo dans le groupe contrôle). Les deux groupes sont sacrifiés en même temps. Les mêmes données sont recueillies pour chacun des groupes afin d’être comparées.

Nous avons été confronté après avoir rédigé le protocole, à un problème lié au nombre de groupes « contrôle » : dans certaines études les auteurs comparent plusieurs groupes « probiotiques » à un seul groupe contrôle. Or, pour la méta-analyse, il faut toujours comparer un groupe « probiotiques » à son équivalent sans probiotique. Si l’on réutilise l’unique groupe contrôle de l’article comme contrôle pour chaque groupe « probiotique », on recompte autant de fois les animaux du groupe contrôle dans la méta-analyse.

Pour résoudre ce problème, nous avons décidé, lorsque le cas se présentait, de garder uniquement le groupe « probiotique » qui reçoit les bactéries les plus courantes (ex : lactobacilles plutôt que Clostridium perfringens), ou aux doses les plus fréquemment utilisées. Eventuellement, lorsque deux groupes « probiotiques » présentent un intérêt similaire pour la méta-analyse (ex : Lactobacillus acidophilus et Bifidobacterium longum à des doses similaires), ces deux groupes sont inclus dans la méta-analyse, et le groupe contrôle est exceptionnellement inclus deux fois.

— Randomisation des animaux

Nous n’avions pas précisé dans le protocole rédigé avant la recherche et la sélection des articles que la répartition des animaux dans les groupes « contrôle » ou « probiotiques » devait être randomisée. Cette condition est indispensable pour éviter les biais de sélection. Cependant, la randomisation des animaux est rarement précisée, et nous aurions du choisir entre trois possibilités :

- l’élimination systématique des études où ce n’était pas précisé dans le protocole - garder ces études en supposant que la randomisation avait été réalisée correctement - essayer de deviner si cela avait été réalisé, ce qui aurait introduit un biais supplémentaire.

— Double aveugle

Comme la randomisation, le double aveugle est une condition nécessaire pour éviter d’obtenir des résultats biaisés.

Pour l’administration des probiotiques aux animaux de laboratoire, le problème du double aveugle n’est pas extrêmement important. En effet, les rats ne savent pas trop ce qu’ils mangent, et ne s’en préoccupent pas beaucoup, contrairement aux personnes dans les essais d’intervention. Lors d’études sur des animaux domestiques, il est important que le propriétaire ne sache pas si son animal fait partie du groupe « placebo » ou du groupe « traitement » car il pourrait modifier les soins qu’il donne à son compagnon. On peut supposer que ce n’est pas le cas avec les soigneurs des animaux de laboratoire.

Par contre, il est indispensable que les personnes qui dénombrent les cryptes aberrantes ou les tumeurs des côlons des animaux sacrifiés ignorent les groupes auxquels appartenaient les