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Chapitre 3 - Grid Files Manager un logiciel utilitaire de suivis d'échantillons en Cryo-ME

l'interface permet de modifier le chemin relatif de la base de données. Par exemple s’il y a plusieurs bases de données en parallèle, on peut changer de dossier de référence sans redémarrer ni relancer une nouvelle instance. La deuxième partie du logiciel (partie "Data" sur la figure 110) permet les opérations simples sur la base de données, à savoir la sauvegarde, le rechargement, et la décompression et compression de la base de données s’il y a nécessité d'intervenir directement dessus manuellement. Ce dernier point sera vu plus en détails dans la partie discussion de la présentation de Grid Files Manager. La troisième partie (partie "Manage" sur la figure 110) permet la gestion et la visualisation des données. Cette dernière est composée d'une première interface qui permet de créer une nouvelle grille dans la base de données en lui donnant un nom en fonction de la préférence et des habitudes de chacun. Une fois créée, une nouvelle ligne apparait où l'on peut renseigner la composition de l'échantillon dans la colonne "Sample", les détails et remarques pertinentes sur les différentes étapes de purification dans la colonne "Purif.", la composition du tampon final utilisé avant cryogénisation dans la colonne "Buffer", les conditions de cryogénisation dans la colonne "Cryo. Cond.", les paramètres de microscopie utilisés dans la colonne "Microscope", l'image de l'atlas de la grille dans la colonne "Atlas", une image à haut grossissement représentatif de l'échantillon dans la colonne "Image" ainsi que des commentaires divers et variés pour toutes informations n'ayant pas de case appropriée. La colonne "Export" quant à elle permet d'exporter l'ensemble des données relatives à une grille dans un fichier PDF composé de 2 pages A4, utile pour l'archivage ou le partage sous forme électronique ou papier de ses expériences et résultats.

Figure 110 : Interface principale dans Grid Files Manager. De manière générale l'ensemble des boutons "Set" peuvent

adopter 3 états visualisés par un code couleur. Les boutons rouges indiquent les cellules pour lesquelles aucune information n'est saisie. Les boutons gris indiquent les cellules pour lesquelles une partie ou la totalité des champs sont saisis mais qui ne sont pas jugé complets ou en version finale pour l'utilisateur. Les boutons verts indiquent les cellules pour lesquelles toutes les informations sont saisies de manière définitive (un retour en arrière est possible à tout moment).

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La colonne "Sample" permet de renseigner la composition de l'échantillon, c'est à dire la liste des protéines/ARNs/ADNs/complexes présents en fonction du cas et leur stœchiométrie. Les valeurs peuvent être changées avec le clavier ou avec les petites flèches prévues à cet effet. Le nom de l'entité biologique est présenté dans un menu déroulant qui se complète au fur et à mesure. En effet, dès que j'écris un nom qui n'est pas encore dans la base de données, il est automatiquement ajouté au menu déroulant. Nous pouvons également renseigner la concentration du complexe dans cette fenêtre (Figure 111). L'interface de la composition du tampon, colonne "Buffer" est similaire, seule une troisième case sur chaque ligne est disponible pour indiquer la quantité de chaque composé, qu'elle soit indiquée en gramme, en molaire ou dans une autre unité. Dans ce contexte, les unités sont également dans une interface à menu déroulant qui se complète au fur et à mesure des saisies. La colonne "Purif." n'a pas de champ particulier, il s'agit d'une grande zone de texte où l'on peut écrire les grandes étapes de la purification et tous les détails que l'on souhaite conserver pour la comparaison des expériences.

Figure 112 : Interface de saisie des détails de cryogénisation des échantillons dans Grid Files Manager.

La colonne "Cryo. Cond." permet de renseigner toutes les informations relatives aux détails de cryogénisation des échantillons. On peut y renseigner la date de cryogénisation, les paramètres de décharge luminescente (glow discharge) utilisés ainsi que les paramètres de vitrification utilisés qui

dans mon cas sont relatifs à la machine utilisée, c'est à dire un Vitrobot (FEI). Nous pouvons également renseigner la quantité d'échantillon déposé sur grille.

Figure 113 : Interface de saisie des détails d'acquisition et du microscope dans Grid Files Manager.

La colonne "Microscopie" permet de renseigner les détails relatifs aux paramètres d'acquisition, notamment la date et le type de grille visualisée (or, carbone, taille des trous, grille commerciale, carbone flotté etc.). On ajoute également le microscope utilisé, la caméra choisie, le grandissement d'acquisition et la plage de défocalisation choisie. Enfin nous pouvons renseigner l'état générale de l'acquisition suivant un code couleur, lui-même reporté directement dans la cellule "Microscope" de l'interface principale pour une vue d'ensemble complète de l'acquisition. Si la date est sur fond vert, la grille a été acquise en vue des étapes de traitement d'images décrites au chapitre 2 de cette thèse. Orange veut dire que certaines images ont été acquises, dans le cadre d'un criblage de grilles par exemple. Jaune indique un problème quelconque lors de l'acquisition, par exemple un arrêt non remarqué lors d'une acquisition automatique ou encore tout autres problèmes optiques non remarqués rendant les données inutilisables pour du traitement d'images. Et enfin bleu correspond à

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Figure 114 : Interface d'ajout de l'image de l'atlas de la grille dans Grid Files Manager.

La colonne "Atlas" permet d'ajouter un fichier image de format JPEG ou PNG de l'atlas permettant d'avoir une vision globale de la qualité de la glace sur l'ensemble de la grille. Cela permet principalement de voir si les conditions de cryogénisation doivent être modifiées, notamment celles de la machine qui exerce la pression pour absorber l'excès d'échantillons sur la grille.

Il est également possible d'ajouter une image des particules et de leur distribution, ceci dans le but d'avoir une idée de l'aspect général de la grille à un fort grandissement.

Figure 115 : Interface d'ajout d'une image exemple de l'échantillon à grandissement de travail dans Grid Files Manager.