Mate riel et Me thodes
II. a.1. Préparation des seringues
Le c be de c i ance n ali e en i lica d chan ill n. P ali e le cin i e e i n , le lab a i e di e de 5 inc ba e ha e e i n e ha e em a e . De c l e de m an e m in n a , 20 mL de TRM in c l a 0,2 mL de c l e inc b e 85 C la n i . Le lendemain ne c l e f aiche e a e a i de TRM in c l 10% a la c l e de la eille, le e ing e n a e a i de ce e c l e f aiche i c e nd a em 0h. P alablemen le e ing e n lan e dan de fi le fe m e he m i emen e fl h e la am e ga , de fa n enle e l g ne.
Le e ing e n a e ilemen imi de la flamme en c ndi i n ile, e fe m e he m i emen a n b ch n en l ne. Le e ing e n lac e dan de inc ba e e i n de e i n de 0,1, 40 70 MPa, e ne em a e de 85 C, endan 12 h. Un i i e ali a fi a i n de cell le dan de be de a af mald h de 2% (50 L de a af mald h de 450 L de c l e). Le be n anal a c m e
de fl (dil i n a di i me dan ne l i n de NaCl 20 g/L).
II.a. . Mise en pression des incubateurs
Le LM2E de cin inc ba e ha e e i n e ha e em a e (figure 22), il n en acie in dable e n en d ne e ha e em a e (T Ind ie). Le me de c n le de la em a e e a ma i a n b ie lec ni e andi e le me de c n le de la e i n e man el g ce ne al e de ie.
P le ili a i n, n j in i e e lac dan la g ge de l inc ba e . Un me de fl e e ili le e ing e de 2,5 mL c n enan le c l e , de fa n le c e
l facilemen .
De l ea d i ni e e ili e em li le inc ba e ; en fai an bien a en i n e de l ea ne c le a dan le f .
Le c e cle de l inc ba e e i i nn c ec emen e i a ec le 6 c l aide d ne cl d nam m i e e de la ige m alli e de main ien.
L inc ba e fe m e de cend d cemen dan le f en le main enan a ni ea de la anne de l inc ba e e a a ni ea d man m e.
Le b i ie lec i e e mi en i n, e le glage de la em a e de c n igne n ali a ni ea d g la e ma e.
Le inc ba e n en i e mi e i n, cela ne m e man elle e c nnec e la anne de l inc ba e ( ifie le ni ea d ea de la m e). La m e e ac i nn e d cemen a ec le le ie (en enan a i le e i d ea e n n le man m e) de fa n fai e m n e la e i n en eillan le man m e de l inc ba e .
A ec le cha ffage la e i n a a gmen e d en i n 1 MPa 1 C, il e n ce ai e d an ici e ce e a gmen a i n.
Le bine anne de l inc ba e e en i e fe m e. La m e e d c nnec e de l inc ba e . Le b n cha ffage d b i ie lec i e e ac i nn . La m n e en e i n e eill e, e i n ce ai e de dimin i n de e i n n ali e en an la anne de l inc ba e . Une f i le i i cin i e e min , le inc ba e n d e i g e i emen e
e . Le cha ffage e ein , l inc ba e e le a ni ea de la anne e d
ne cl la e. La anne de l inc ba e e e e d cemen c n le la de cen e de e i n. L inc ba e e e a ec la cl d nam m i e e la ige de main ien en d i an le 6 c . La a ie ie e de l inc ba e e ie e i i nn e en ilib e n i an file . Le b ie lec i e e mi h en i n. Le e ing e n e i e en fai an a en i n l ea cha de. En i e l inc ba e e i i nn le 6 i an file .
Fig e 22: Inc ba e ha e p e ion /ha e emp a e (Top Ind ie)
II.a. . Dénombrement cellulaire
Le d n mb emen de cell le a ali a c m ie de fl (C fl S ace, Pa ec). Ce a a eil e n di i if e me an n ammen de ali e de c m age cell lai e a d ec i n de cell le a ec n la e . Le ma age de cell le a ali a ec n agen in e calan de l ADN, i fl e ce UV, le SYBR G een (P mega). P l anal e le chan ill n n dil a 1/10 me dan ne l i n de H20 + NaCl (20 g/L) e 1 L de SYBR G een a aj . Pa all lemen , le cell le n d n mb e a c m age a mic c e
en cell le de THOMA, an dil i n (figure 23).
Fig e 23: Sch ma capi la if de ape de i i de c oi ance o p e ion
II.a. . Contraintes liées à la pression
La c l e ha e e i n ind i de n mb e e c n ain e echni e . En effe le inc ba e ha e e i n ili ne e me en a de ali e le c l e dan le m me c ndi i n e ne inc ba i n en e e i n a m h i e.
T d ab d, le c l e d i en e ali e en e ing e i e c e l ac i n d i n de ce e de ni e i e me l l a i n de la e i n dan le milie . Ce m de de c l e n e ce endan a id al le mic gani me ana bie bliga i e c mme T. barophilus i e de change de ga n lie a e la a i en la i e de e ing e e a ni ea d i n. Il a d nc de i e d g na i n d milie endan l inc ba i n. Ce e d change e ce endan n ce ai e limine le ga i e , c mme l H2S d i a le mic gani me endan la c l e.
En i e il e im ible de ali e n l emen en c d inc ba i n. En effe ne a e de d e i a i n e n ce ai e c e le e ing e e effec e n l emen . Le cell le ne e en a e n ea mi e e i n e inc b e a la i e, la
ali a i n d n i i de c i ance a e em le, i e la d e i a i n a n im ac le cell le . P ali e de cin i e de c i ance, il e d nc n ce ai e d ili e n inc ba e diff en cha e em de l emen , ce i im li e e le diff en in de la cin i e c e nden de cell le i n n a inc b e e ac emen dan le m me c ndi i n i e l inc ba e ai diff en .
Enfin le n mb e de e ing e a inc ba e en m me em e limi ca e de la c e d c lind e d n diam e de 5 cm e de 50 cm de f nde de la chamb e d inc ba i n. Ain i e le 6 e ing e de 1 mL de 2,5 mL 2 e ing e de 20 mL e en e inc b e dan n m me ac e . De l le lab a i e di e ni emen de 5 inc ba e . Cela limi e d nc le n mb e d e ai e de lica ali able ne m me e ience.
Un n el il h e ba e a d el a LM2E, en c llab a i n a ec l ind iel HP em (figure 24). Un bi ac e d n l me de 350 mL, an ne e i n ma imale de 1200 ba e ne em a e de 100 C, e f nc i nne en ana bie. Il e d d ne chamb e d b e a i n in situ chamb e d inc ba i n, e e me de fai e de c l e en c n in e i n e de le e di ec emen le c l e . Le me e enc e en ha e d imi a i n. Une f i l a a eil imi il e me ai de allie a el e inc n nien de inc ba e T ind ie e facili e le c l e ha e e i n
ali e a LM2E.
Fig e 24: Bio ac e HP em
II.b. Mesures d’hydrogène II.b.1. Préparation des fioles
De fi le de c l e d m in e de diff en m an n a e a ec an f e.
Le fi le c n iennen 20 mL de TRM, n d i e a fl h d a e e la ha e li ide a d Na2S 10% (1%). Le lendemain de ie de fi le n in c l e , n i lica e i a a i i de c i ance cell lai e (85 C endan 72 h, a ec de l emen e le 3 h j
12 h i e le 24 h j 72 h), 450 L n l e e fi e dan 50 L de gl a ald h de. Le c m age e fe n a c m ie de fl . L a e i lica n de fi le de 20 mL de TRM, a ec an f e el n la c ndi i n e e, a e de la m me fa n l e ce i n de la e i n dan la fi le, i d i e c n l e e la f i ffi an e
e d ec e a mic -GC, e la f i a le e ne a l end mmage . La e i n dan la fi le d i e i e en e 1000 e 2000 MBAR.
II.b. . Mesures au micro-GC
Le lab a i e di e d n mic ch ma g a he en ha e ga e e (mic -GC, MTI M200, Agilen ) (figure 25). C e ne echni e de chimie anal i e e me an la d ec i n e la an ifica i n de c m en dan n chan ill n ga e . Un ch ma g a he e e d c i c mme c m de 3 ni f nc i nnelle de ba e in e c nnec e a de ca illai e a an le an d ga le l ng d me. Le ni e me en linjection d ne an i d nn e d chan ill n, la séparation de e ce chimi e en e e la détection en a al d me. Le mic -GC e i de de ie e de de d ec e c nd c i i he mi e TCD (SRA in men , Ma c l E ile, F ance) c l n ca e de
e i n. Le ie A e B n c m e de c l nne cha ff e 100 C e 80 C le elle le ga ec e n l a g n e l h li m. Le ga ec e ili dan ce e anal e, e l a g n. Cel i-ci e me de e le c m en dan la ha e ga e e e le d ec e . Le em d injec i n e de 30 n em d anal e de 160 (Jean Pie e D n al, REM/GM). Le l giciel de il age e d ac i i i n e SOPRANE (SRA in men ).
Fig e 25: Me e a mic o-GC