Polycétides

Figure 9 : Structure d’un saccharolipide, exemple Kdo2-lipide A

1.8 Polycétides

Les polycétides sont des molécules cycliques issues de la condensation successive de sous-unités acétyle et propionyle. Cette catégorie de lipides se répartit en trois classes principales : les macrolides, les polycétides aromatiques et les polycétides non ribosomiques. Les différents squelettes peuvent être modifiés par glycosylation, méthylation, hydroxylation ou par différents phénomènes d’oxydation. Les différentes structures des classes principales sont représentées Figure 10.

12 Les polycétides représentent une famille très diverse de produits naturels possédant une activité pharmacologique. On dénombre les macrolides et les tétracyclines, qui sont des antibiotiques largement utilisés encore de nos jours, un immunosuppresseur (tacrolimus), un antifongique (amphotéricine B) ou encore des molécules cytostatiques (famille des anthracyclines).

Au travers de cette présentation rapide des différentes catégories de lipides, nous pouvons mesurer la diversité structurale des lipides qui est associé à une multiplicité des rôles biologiques. En effet, ces molécules peuvent avoir un rôle structural au niveau des membranes cellulaires, du métabolisme énergétique et de second messager dans les voies de transduction des voies de signalisation.

Cette diversité s’exprime notamment au niveau des squelettes des différentes catégories de lipides, de la longueur du nombre et de la position des insaturations des chaînes hydrocarbonées, de la nature de la tête polaire du squelette principal. Le consortium LIPID MAPS fait état de 40 000 structures référencées. De plus, il est établi qu’en fonction de l’espèce vivante étudiée, les proportions des différentes classes lipidiques peuvent varier qualitativement et quantitativement.

A l’évidence et au regard de la diversité structurale qui engendre des propriétés physicochimiques très différentes, à ce jour aucune technique analytique ne peut prétendre à l’analyse exhaustive des composés lipidiques d’un échantillon biologique. Ainsi, pour la caractérisation des espèces lipidiques présentes dans un milieu biologique, il est souvent nécessaire d’associer une technique de préparation de l’échantillon qui permet d’extraire une ou plusieurs fractions lipidiques d’un milieu complexe à une technique analytique. Cette dernière fait le plus souvent appel à des techniques séparatives généralement couplées à la spectrométrie de masse ou à des techniques spectrales. Le choix d’une technique par rapport à une autre sera orienté en fonction de la nature de l’information recherchée et de la nature de l’échantillon étudié. Lors de ce travail de thèse, nous nous sommes particulièrement intéressés à deux catégories de lipides : les glycérophospholipides et les sphingolipides ainsi qu’à leurs modifications dans différents types de macrophages exposés à différentes conditions de culture.

2 La préparation de l’échantillon

La préparation de l’échantillon biologique est une étape nécessaire et déterminante à l’analyse des lipides³. Elle conditionne la qualité des observations effectuées et consiste à extraire les analytes d’une matrice. En effet, les lipides sont des molécules structurellement hétérogènes avec des propriétés

physico-chimiques très variables. extraction au sein des matrices biologiques

la technique analytique choisie et à la nature de l’échantillon (tissus, organes, fluides biologiques…).

De plus, cette étape doit permettre l’extraction

met en relation la polarité de quelques solvants utilisés en chromatographie liquide et la polarité de quelques classes lipidiques placées sur l’échelle d’Hildebrand. On observe effectivement

des polarités observées est importante polarité proche des alcanes tandis que les

Figure 11 : Gamme de polarité des lipides et quelques solvant l’échelle de polarité d’Hildebrand²³

Plusieurs étapes de prétraitement de l’échantillon peuvent être nécessaires afin de réduire les interactions entre la matrice et les lipides avant leur extraction

ou encore filtration. Les matrices biologiques sont souvent issu liquide céphalorachidien) ou encore de tissus ou de cellules en culture

chimiques très variables. La diversité des structures lipidiques peut complexifier leur extraction au sein des matrices biologiques. Les différents protocoles mis en jeu doivent être adaptés à la technique analytique choisie et à la nature de l’échantillon (tissus, organes, fluides biologiques…).

it permettre l’extraction de lipides de polarité variable

en relation la polarité de quelques solvants utilisés en chromatographie liquide et la polarité de quelques classes lipidiques placées sur l’échelle d’Hildebrand. On observe effectivement

importante. En effet, les glycérolipides ou les esters de cholestérol ont une polarité proche des alcanes tandis que les PL ont une polarité proche de celle du méthanol.

me de polarité des lipides et quelques solvants utilisés en chromatographie liquide placé

23

Plusieurs étapes de prétraitement de l’échantillon peuvent être nécessaires afin de réduire les interactions entre la matrice et les lipides avant leur extraction : broyage mécaniqu

filtration. Les matrices biologiques sont souvent issues de biofluides (sang total, plasma, liquide céphalorachidien) ou encore de tissus ou de cellules en culture^24–30.

13 ut complexifier leur . Les différents protocoles mis en jeu doivent être adaptés à la technique analytique choisie et à la nature de l’échantillon (tissus, organes, fluides biologiques…).

de lipides de polarité variable. La Figure 11 en relation la polarité de quelques solvants utilisés en chromatographie liquide et la polarité de quelques classes lipidiques placées sur l’échelle d’Hildebrand. On observe effectivement que l’étendue . En effet, les glycérolipides ou les esters de cholestérol ont une

méthanol.

utilisés en chromatographie liquide placés sur

Plusieurs étapes de prétraitement de l’échantillon peuvent être nécessaires afin de réduire les broyage mécanique, déprotéinisation s de biofluides (sang total, plasma,

14 L’objectif de cette étape est d’extraire sélectivement les lipides en quantité détectable par la technique analytique. La préparation de l’échantillon est souvent considérée comme une étape chronophage et difficilement automatisable. Elle doit de plus être reproductible pour éliminer une source de variabilité entre les différents échantillons. Une technique très souvent utilisée pour extraire les lipides d’un échantillon est l’extraction liquide-liquide³¹.