Author contributions
Appendix 5. Five single-season occupancy models considered to determine the influence of sampling method on the probability of detection of the boreal chorus frog (Pseudacris maculata) at 63 sites sampled using eDNA and call surveys in 2018 in southeastern Québec, Canada.
Model name Model structure
Null (Dry) p(.)
Method (Dry) p(Method)
Julian day (Dry) p(Jday + Jday2)
Method and Julian day (Dry) p(Method + Jday + Jday2)
Conclusion
L’objectif principal de ce projet de maîtrise était de quantifier l’influence de caractéristiques locales et du paysage sur la présence de la rainette faux-grillon boréale dans les milieux humides des basses- terres du Saint-Laurent dans le sud du Québec, tout en prenant en compte la détection imparfaite. Nous avons émis l’hypothèse que l’occupation de site est favorisée par certaines caractéristiques locales, telles qu’une hydropériode longue ainsi qu’une couverture de la canopée faible, et par des caractéristiques du paysage contribuant à la connectivité du site. Nous avons aussi émis l’hypothèse que l’occupation de site par la rainette faux-grillon boréale diminue avec la quantité et la proximité des perturbations anthropiques. Cependant, les résultats de notre étude montrent que l’occupation de site par P. maculata variait seulement avec l’année d’échantillonnage et la présence historique de l’espèce. La probabilité d’occupation de site était plus élevée en 2018 qu’en 2017 et dans les sites connus pour avoir été occupés par l’espèce au moins une fois entre 2004 et 2016. Nous pensons que la probabilité d’occupation était plus élevée en 2018 qu’en 2017 en raison de conditions environnementales antérieurs, telle que la quantité de précipitations, plus favorables au recrutement de la rainette faux- grillon boréale. De plus, les sites échantillonnés en 2018 semblaient avoir des caractéristiques plus favorables à la présence de l’espèce que les sites échantillonnés en 2017, telle qu’une plus faible quantité de perturbations anthropiques environnantes. La probabilité d’occupation pouvait être plus élevée dans les sites avec la présence historique de l’espèce parce qu’ils comportent une couverture de la canopée plus faible que les sites sans une telle information passée.
L’absence d’effet des perturbations anthropiques sur la présence de la rainette faux-grillon boréale était surprenante parce que l’intensification de l’agriculture et l’urbanisation sont considérées comme les menaces les plus importantes pour la persistance de l’espèce (COSEWIC, 2008). Ce résultat suggère que l’espèce pourrait être résiliente à une certaine quantité de perturbations autour des sites de reproduction. En effet, cette absence d’impact peut résulter du faible nombre de zones anthropiques ou de routes (couverture anthropique moyenne < 50% et densité routière moyenne < 25 m/ha) autour des sites. Cependant, l’absence de relation entre et l’occupation des sites et les caractéristiques locales ou du paysage, dont les perturbations anthropiques, pourrait également résulter de la rareté de l’espèce dans notre aire d’étude. Nous avons observé une diminution marquée du nombre de sites occupés, passant de 90 sites occupés (selon les mentions historiques) à 43 de ces sites étant toujours
occupés lors de notre étude. Cette diminution de 48% implique qu’il y a eu plusieurs extinctions importantes de populations, potentiellement dû à des perturbations entre les inventaires passés et la présente étude. De plus, l’espèce a été détectée au moins une fois dans seulement 18% des 180 sites échantillonnés lors de notre étude. Une forte proportion de sites inoccupés par la rainette faux-grillon boréale, mais comportant des caractéristiques locales et du paysage favorables à l’espèce a rendu difficile d’établir un effet de ces sur la probabilité d’occupation de site. Les études futures devraient donc non seulement augmenter l’effort d’échantillonnage, mais également étudier l’occupation sur plusieurs années dans un nombre équilibré de sites connus pour avoir été occupés ou non dans un passé récent.
Certaines des caractéristiques locales et du paysage variaient selon que les sites étaient connus pour avoir été occupés par l’espèce au moins une fois entre 2004 et 2016 ou non. Étonnamment, les sites avec mentions historiques de la présence de l’espèce avaient des caractéristiques davantage associées aux perturbations anthropiques que les sites sans une telle information passée. En effet, la quantité de zones anthropiques et la densité de routes dans des rayons de 1000 et 1500 m étaient plus élevées pour les sites ayant une présence historique connue que pour les autres sites. De plus, les sites dans lesquels l’espèce avait été détectée au moins une fois dans le passé avaient une couverture de la canopée, une distance à la route et un couvert forestier dans des zones tampons de 200 à 1500 m faible comparativement à ceux sans présence antérieure documentée. Les études futures devraient investiguer l’impact des caractéristiques locales et du paysage sur la colonisation et l’extinction des populations locales afin de prédire la dynamique et la persistance de la (méta)population à long terme.
Nous avons émis l’hypothèse que la probabilité de détection de la rainette faux-grillon boréale varie avec l’année d’échantillonnage et la date. Nous avons aussi émis l’hypothèse que la détection varie avec le volume d’eau filtrée avec l’échantillonnage par ADN environnemental. Nos résultats indiquent que la probabilité de détection de l’espèce ne varie avec aucune de ces conditions d’échantillonnage. Le deuxième objectif du projet visait à comparer la probabilité de détection de l’ADNe à celle des relevés auditifs traditionnels. En lien avec cet objectif, nous avons testé l’hypothèse que la probabilité
de détection était plus élevée avec l’ADNe qu’avec les relevés visuels et auditifs dans leurs études réalisées lorsque des têtards étaient dans l’eau en plus des adultes. Étant donné que la rainette faux- grillon boréale se développe en une seule saison, seuls les adultes et les œufs étaient présents dans les étangs durant la saison de reproduction où nous avons effectué notre échantillonnage (Whiting, 2004). Il est possible que le pic d’abondance de l’ADNe de la rainette faux-grillon dans notre aire d’étude soit en été lorsque les têtards sont présents dans l’eau. C’est peut-être lors de ce pic d’abondance qu’il serait possible d’observer une probabilité de détection plus élevée avec l’ADNe qu’avec les méthodes d’échantillonnage traditionnelles. Nous suggérons donc que les études futures comparent la probabilité de détection obtenue à partir de l’ADNe avec celle d’autres méthodes d’échantillonnage lorsque différents stades de vie, en particulier les têtards, sont présents dans l’eau. Notre étude était la première à utiliser l’ADNe afin d’échantillonner la rainette faux-grillon boréale. Cette méthode a comme avantage considérable de permettre d’échantillonner sur une plus longue fenêtre de temps que les relevés auditifs traditionnels (20 vs 49 jours). En effet, en débutant l’échantillonnage le 20 avril, les relevés auditifs ont permis de détecter l’espèce jusqu’au 10 mai seulement. L’ADNe quant à elle, nous as permis d’échantillonner l’espèce jusqu’au 8 juin, ce qui coïncide avec la fin de la saison d’échantillonnage. L’ADNe s’est révélé être un outil prometteur afin d’échantillonner l’espèce et une alternative valide afin d’évaluer l’occupation de site par P. maculata puisque la détection de l’ADNe est la même que celle des relevés auditifs. Le protocole que nous avons développé afin d’échantillonner l’espèce avec l’ADNe est donc efficace et pourrait être utilisé par d’autres études portant sur P. maculata. Le protocole que nous avons développé comporte également un aspect quantitatif puisqu’il nous informe sur le nombre de segments d’ADN de l’espèce présent dans les échantillons d’eau. Comme prochaine avenue de recherche, il serait intéressant d’évaluer les relations entre la concentration de segments d’ADN dans l’eau d’un site, le nombre d’individus présents à ce même site et les caractéristiques locales et du paysage.
Bibliographie
Acevedo, M. A., Fletcher, R. J., Jr., Tremblay, R. L., & Meléndez-Ackerman, E. J. (2015). Spatial asymmetries in connectivity influence colonization−extinction dynamics. Oecologia, 179(2), 415–424.
https://doi.org/10.1007/s00442-015-3361-z
Alford, R. A., & Richards, S. J. (1999). Global amphibian declines: a problem in applied ecology. Annual
Review of Ecology and Systematics, 30(1), 133–165. https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.30.1.133
Amburgey, S., Funk, W. C., Murphy, M., & Muths, E. (2012). Effects of hydroperiod duration on survival, developmental rate, and size at metamorphosis in boreal chorus frog tadpoles (Pseudacris maculata).
Herpetologica, 68(4), 456–467. https://doi.org/10.1655/HERPETOLOGICA-D-11-00093
Baber, M. J., & Babbitt, K. J. (2004). Influence of habitat complexity on predator–prey interactions between the fish (Gambusia holbrooki) and tadpoles of Hyla squirella and Gastrophryne carolinensis. Copeia,
2004(1), 173–177. https://doi.org/10.1643/CE-03-056R1
Baguette, M., & Van Dyck, H. (2007). Landscape connectivity and animal behavior: functional grain as a key determinant for dispersal. Landscape Ecology, 22(8), 1117–1129. https://doi.org/10.1007/s10980-007- 9108-4
Bailey, L. L., Simons, T. R., & Pollock, K. H. (2004). Estimating site occupancy and species detection probability parameters for terrestrial salamanders. Ecological Applications, 14(3), 692–702. https://doi.org/10.1890/03-5012
Baillie, J. E. M., Bennun, L. A., Brooks, T. M., Butchart, S. H. M., Chanson, J. S., Cokeliss, Z., … Stuart, S. N. (2004). 2004 IUCN red list of threatened species: a global species assessment. (J. E. M. Baillie, C. Hilton-Taylor, & S. N. Stuart, Eds.). Gland, Switzerland and Cambridge, UK: International Union for Conservation of Nature.
Bank, M. S., Sarno, R. J., & Franklin, W. L. (2003). Spatial distribution of guanaco mating sites in southern Chile: conservation implications. Biological Conservation, 112(3), 427–434.
https://doi.org/10.1016/S0006-3207(02)00342-7
Barnosky, A. D., Matzke, N., Tomiya, S., Wogan, G. O. U., Swartz, B., Quental, T. B., … Ferrer, E. A. (2011). Has the Earth’s sixth mass extinction already arrived? Nature, 471(7336), 51–57.
https://doi.org/10.1038/nature09678
Bauerfeind, S. S., Theisen, A., & Fischer, K. (2009). Patch occupancy in the endangered butterfly Lycaena
helle in a fragmented landscape: effects of habitat quality, patch size and isolation. Journal of Insect Conservation, 13(3), 271–277. https://doi.org/10.1007/s10841-008-9166-1
Bélisle, M. (2005). Measuring landscape connectivity: the challenge of behavioral landscape ecology. Ecology,
0248.2002.00352.x
Blevins, E., & With, K. A. (2011). Landscape context matters: local habitat and landscape effects on the abundance and patch occupancy of collared lizards in managed grasslands. Landscape Ecology, 26(6), 837–850. https://doi.org/10.1007/s10980-011-9612-4
Boal, C. W., & Andersen, D. E. (2003). Pilot study of boreal chorus frog and wood frog distribution and aquatic
habitat conditions in Cape Churchill, Manitoba. USA. https://doi.org/10.2305/IUCN.UK.2015-
4.RLTS.T136004A78906835.en
Bongaarts, J. (2009). Human population growth and the demographic transition. Philosophical Transactions of
the Royal Society B: Biological Sciences, 364(1532), 2985–2990. https://doi.org/10.1098/rstb.2009.0137
Boscolo, D., & Metzger, J. P. (2011). Isolation determines patterns of species presence in highly fragmented landscapes. Ecography, 34(6), 1018–1029. https://doi.org/10.1111/j.1600-0587.2011.06763.x
Bouchard, J., Ford, A. T., Eigenbrod, F. E., & Fahrig, L. (2009). Behavioral responses of northern leopard frogs (Rana pipiens) to roads and traffic: implications for population persistence. Ecology and Society, 14(2). Retrieved from http://www.ecologyandsociety.org/vol14/iss2/art23/
Bradford, D. F., Neale, A. C., Nash, M. S., Sada, D. W., & Jaeger, J. R. (2003). Habitat patch occupancy by toads (Bufo punctatus) in a naturally fragmented desert landscape. Ecology, 84(4), 1012–1023. https://doi.org/10.1890/0012-9658(2003)084[1012:HPOBTB]2.0.CO;2
Brown, J. H., & Kodric-Brown, A. (1977). Turnover rates in insular biogeography: effect of immigration on extinction. Ecology, 58(2), 445–449. https://doi.org/10.2307/1935620
Cassel, K. W., Vanek, J. P., Glowacki, G. A., Preuss, T. S., & Nielsen, C. K. (2019). Multiscale habitat factors influence the occupancy and turnover of the suburban herpetofauna of Chicago, Illinois, USA.
Herpetological Conservation and Biology, 14(2), 438–454.
Cayuela, H., Lambrey, J., Vacher, J. P., & Miaud, C. (2015). Highlighting the effects of land-use change on a threatened amphibian in a human-dominated landscape. Population Ecology, 57(2), 433–443.
https://doi.org/10.1007/s10144-015-0483-4
Ceballos, G., Ehrlich, P. R., Barnosky, A. D., Garcia, A., Pringle, R. M., & Palmer, T. M. (2015). Has the Earth’s sixth mass extinction already arrived? Science Advances, 1(5), e1400253–e1400253. https://doi.org/\\url{10.1126/sciadv.1400253}
Clay, J. (2013). World agriculture and the environment: a commodity-by-commodity guide to impacts and
practices. Washington, D.C., MD: Island Press.
Cline, B. B., & Hunter, M. L, Jr. (2014). Different open-canopy vegetation types affect matrix permeability for a dispersing forest amphibian. Journal of Applied Ecology, 51(2), 319–329. https://doi.org/10.1111/1365- 2664.12197
Cline, B. B., & Hunter, M. L., Jr. (2016). Movement in the matrix: substrates and distance-to-forest edge affect postmetamorphic movements of a forest amphibian. Ecosphere, 7(2), e01202.
https://doi.org/10.1002/ecs2.1202
Cole, E. M., Hartman, R., & North, M. P. (2016). Hydroperiod and cattle use associated with lower recruitment in an r-selected amphibian with a declining population trend in the Klamath Mountains, California.
Journal of Herpetology, 50(1), 37–43. https://doi.org/10.1670/14-014
Collins, J. P. (2010). Amphibian decline and extinction: what we know and what we need to learn. Diseases of
Aquatic Organisms, 92(2–3), 93–99. https://doi.org/10.3354/dao02307
Cosentino, B. J., Schooley, R. L., & Phillips, C. A. (2011). Connectivity of agroecosystems: dispersal costs can vary among crops. Landscape Ecology, 26(3), 371–379. https://doi.org/10.1007/s10980-010-9563-1 COSEWIC. (2008). COSEWIC assessment and update status report on the western chorus frog Pseudacris
triseriata Carolinian population and Great Lakes/St. Lawrence – Canadian Shield population in Canada. Retrieved from https://wildlife-species.canada.ca/species-risk-
registry/virtual_sara/files/cosewic/sr_western_chorus_frog_0808_e.pdf
Cushman, S. A. (2006). Effects of habitat loss and fragmentation on amphibians: a review and prospectus.
Biological Conservation, 128(2), 231–240. https://doi.org/10.1016/j.biocon.2005.09.031
De Wan, A. A., Sullivan, P. J., Lembo, A. J., Smith, C. R., Maerz, J. C., Lassoie, J. P., & Richmond, M. E. (2009). Using occupancy models of forest breeding birds to prioritize conservation planning. Biological
Conservation, 142(5), 982–991. https://doi.org/10.1016/j.biocon.2008.12.032
Dejean, T., Valentini, A., Miquel, C., Taberlet, P., Bellemain, E., & Miaud, C. (2012). Improved detection of an alien invasive species through environmental DNA barcoding: the example of the American bullfrog
Lithobates catesbeianus. Journal of Applied Ecology, 49(4), 953–959. https://doi.org/10.1111/j.1365-
2664.2012.02171.x
Desroches, J.-F., & Rodrigue, D. (2004). Amphibiens et reptiles du Québec et des Maritimes. Waterloo, Canada: Éditions Michel Quintin.
Dodd, C. K, Jr.. (2013). Frogs of the United States and Canada. Baltimore, MD: The John Hopkins University Press.
Duellman, W. E., & Trueb, L. (1986). Biology of amphibians. Baltimore, MD: The John Hopkins University Press.
Dullinger, S., Mang, T., Dirnböck, T., Ertl, S., Gattringer, A., Grabherr, G., … Hülber, K. (2011). Patch configuration affects alpine plant distribution. Ecography, 34(4), 576–587. https://doi.org/10.1111/j.1600- 0587.2010.06601.x
Dunson, W. A., Wyman, R. L., & Corbett, E. S. (1992). A symposium on amphibian declines and habitat acidification. Journal of Herpetology, 26(4), 349–352. https://doi.org/10.2307/1565110
Earl, J. E., Luhring, T. M., Williams, B. K., & Semlitsch, R. D. (2011). Biomass export of salamanders and anurans from ponds is affected differentially by changes in canopy cover. Freshwater Biology, 56(12), 2473–2482. https://doi.org/10.1111/j.1365-2427.2011.02672.x
Ebenhard, T. (1991). Colonization in metapopulations: a review of theory and observations. Biological Journal
Eiler, A., Löfgren, A., Hjerne, O., Nordén, S., & Saetre, P. (2018). Environmental DNA (eDNA) detects the pool frog (Pelophylax lessonae) at times when traditional monitoring methods are insensitive. Scientific
Reports, 8(1), 5452. https://doi.org/10.1038/s41598-018-23740-5
Fahrig, L. (2003). Effects of habitat fragmentation on biodiversity. Annual Review of Ecology, Evolution, and
Systematics, 34(1), 487–515. https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.34.011802.132419
Fahrig, L., Pedlar, J. H., Pope, S. E., Taylor, P. D., & Wegner, J. F. (1995). Effect of road traffic on amphibian density. Biological Conservation, 73(3), 177–182. https://doi.org/10.1016/0006-3207(94)00102-V Ficetola, G. F., Manenti, R., & Taberlet, P. (2019). Environmental DNA and metabarcoding for the study of
amphibians and reptiles: species distribution, the microbiome, and much more. Amphibia-Reptilia, 40(2), 129–148. https://doi.org/10.1163/15685381-20191194
Ficetola, G. F., Miaud, C., Pompanon, F., & Taberlet, P. (2008). Species detection using environmental DNA from water samples. Biology Letters, 4(4), 423–425. https://doi.org/10.1098/rsbl.2008.0118
Filipe, A. F., Marques, T. A., Seabra, S., Tiago, P., Ribeiro, F., Moreira Da Costa, L., … Collares-Pereira, M. J. (2004). Selection of priority areas for fish conservation in Guadiana River Basin, Iberian Peninsula.
Conservation Biology, 18(1), 189–200. https://doi.org/10.1111/j.1523-1739.2004.00620.x
Fischer, J., & Lindenmayer, D. B. (2007). Landscape modification and habitat fragmentation: a synthesis.
Global Ecology and Biogeography, 16(3), 265–280. https://doi.org/10.1111/j.1466-8238.2006.00287.x
Foley, J. A., DeFries, R., Asner, G. P., Barford, C., Bonan, G., Carpenter, S. R., … Snyder, P. K. (2005). Global consequences of land use. Science, 309(5734), 570–574.
https://doi.org/10.1126/science.1111772
Franklin, T. W., Wilcox, T. M., Mckelvey, K. S., Greaves, S. E., Dysthe, J. C., Young, M. K., … Lindstrom, J. (2019). Repurposing environmental DNA samples to verify the distribution of rocky mountain tailed frogs in the warm springs creek basin, Montana. Northwest Science, 93(1), 85–92.
https://doi.org/10.3955/046.093.0108
Gibbons, J. W., Winne, C. T., Scott, D. E., Willson, J. D., Glaudas, X., Andrews, K. M., … Rothermel, B. B. (2006). Remarkable amphibian biomass and abundance in an isolated wetland: implications for wetland conservation. Conservation Biology, 20(5), 1457–1465. https://doi.org/10.1111/j.1523-1739.2006.00443 Gibbs, J. P. (1993). Importance of small wetlands for the persistence of local populations of wetland-
associated animals. Wetlands, 13(1), 25–31. https://doi.org/10.1007/BF03160862
Gibbs, J. P., Whiteleather, K. K., & Schueler, F. W. (2005). Changes in frog and toad populations over 30 years in New York State. Ecological Applications, 15(4), 1148–1157. https://doi.org/10.1890/03-5408 Gill, D. E. (1978). The metapopulation ecology of the red-spotted newt, Notophthalmus viridescens
(Rafinesque). Ecological Monographs, 48(2), 145–166. https://doi.org/10.2307/2937297
Goldberg, C. S., Strickler, K. M., & Fremier, A. K. (2018). Degradation and dispersion limit environmental DNA detection of rare amphibians in wetlands: increasing efficacy of sampling designs. Science of the Total
Environment, 633, 695–703. https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2018.02.295
Gould, W. R., Patla, D. A., Daley, R., Corn, P. S., Hossack, B. R., Bennetts, R., & Peterson, C. R. (2012). Estimating occupancy in large landscapes: evaluation of amphibian monitoring in the Greater
Yellowstone Ecosystem. Wetlands, 32(2), 379–389. https://doi.org/10.1007/s13157-012-0273-0 Groner, M. L., & Relyea, R. A. (2011). A tale of two pesticides: how common insecticides affect aquatic
communities. Freshwater Biology, 56(11), 2391–2404. https://doi.org/10.1111/j.1365-2427.2011.02667.x Gunzburger, M. S. (2007). Evaluation of seven aquatic sampling methods for amphibians and other aquatic
fauna. Applied Herpetology, 4(1), 47–63. https://doi.org/10.1163/157075407779766750 Guzy, J. C., Mccoy, E. D., Deyle, A. C., Gonzalez, S. M., Halstead, N., & Mushinsky, H. R. (2012).
Urbanization interferes with the use of amphibians as indicators of ecological integrity of wetlands.
Journal of Applied Ecology, 49(4), 941–952. https://doi.org/10.1111/j.1365-2664.2012.02172.x
Hamer, A. J., & McDonnell, M. J. (2008). Amphibian ecology and conservation in the urbanising world: a Hanski, I. (1998). Metapopulation dynamics. Nature, 396(6706), 41–49. https://doi.org/10.1038/23876 Hanski, I. (1999). Metapopulation ecology. New-York, NY: Oxford University Press.
Harding, J. H., & Mifsud, D. A. (2017). Amphibians and reptiles of the Great Lakes region. Ann Arbor, MI: University of Michigan Press.
Harrison, S. (1991). Local extinction in a metapopulation context: an empirical evaluation. Biological Journal of
the Linnean Society, 42(1–2), 73–88. https://doi.org/10.1111/j.1095-8312.1991.tb00552.x
Hartel, T., Nemes, S., Cogãlniceanu, D., Öllerer, K., Schweiger, O., Moga, C.-I., & Demeter, L. (2007). The effect of fish and aquatic habitat complexity on amphibians. Hydrobiologia, 583(1), 173–182. https://doi.org/10.1007/s10750-006-0490-8
Hels, T., & Buchwald, E. (2001). The effect of road kills on amphibian populations. Biological Conservation,
99(3), 331–340. https://doi.org/10.1016/S0006-3207(00)00215-9
International Union for Conservation of Nature. (2019). Summary statistics. Retrieved from https://www.iucnredlist.org/resources/summary-statistics
James, P. (2018). The biology of urban environments. New-York, NY: Oxford University Press.
Johnson, C. M., Johnson, L. B., Richards, C., & Beasley, V. (2002). Predicting the occurrence of amphibians: an assessment of multiple-scale models. In M. J. Scott, P. Heglund, & M. L. Morrison (Eds.), Predicting
species occurrences: Issues of accuracy and scale (pp. 157–170). Washington, MD: Island Press.
Karraker, N. E., Gibbs, J. P., & Vonesh, J. R. (2008). Impacts of road deicing salt on the demography of vernal pool‐breeding amphibians. Ecological Applications, 18(3), 724–734. https://doi.org/10.1890/07-1644.1 Keck, A., Sharma, N. P., & Feder, G. (1994). Population growth, shifting cultivation, and unsustainable
agricultural development: a case of study in Madagascar. USA: World Bank Publications.
https://doi.org/10.1890/1051-0761(2003)13[1069:DPMTPA]2.0.CO;2
Knutson, M. G., Herner-Thogmartin, J. H., Thogmartin, W. E., Kapfer, J. M., & Nelson, J. C. (2018). Habitat selection, movement patterns, and hazards encountered by northern leopard frogs (Lithobates pipiens) in an agricultural landscape. Herpetological Conservation and Biology, 13(1), 113–130.
Kroll, A. J., Risenhoover, K., Mcbride, T., Beach, E., Kernohan, B. J., Light, J., & Bach, J. (2008). Factors influencing stream occupancy and detection probability parameters of stream-associated amphibians in commercial forests of Oregon and Washington, USA. Forest Ecology and Management, 255(11), 3726– 3735. https://doi.org/10.1016/j.foreco.2008.03.005
Labadie, M. (2017). Effet à retardement de l’ouverture de la canopée et de l’hydropériode sur le
développement, la sélection d’habitat et la survie de la grenouille des bois (Master’s thesis, Université
Laval, Québec, Canada). Retrieved from https://corpus.ulaval.ca/jspui/handle/20.500.11794/28132 Lapointe St-Pierre, M. (2018). L’impact des coupes progressives irrégulières sur les populations de
salamandre cendrée (Plethodon cinereus) dans les peuplements mixtes (Master’s thesis, Université
Laval, Québec, Canada). Retrieved from https://corpus.ulaval.ca/jspui/handle/20.500.11794/30744 Lee, S. Y., Dunn, R. J. K., Young, R. A., Connolly, R. M., Dale, P. E. R., Dehayr, R., … Welsh, D. T. (2006).
Impact of urbanization on coastal wetland structure and function. Austral Ecology, 31(2), 149–163. https://doi.org/10.1111/j.1442-9993.2006.01581.x
Lemmon, E. M., Lemmon, A. R., Collins, J. T., Lee-Yaw, J. A., & Cannatella, D. C. (2007). Phylogeny-based delimitation of species boundaries and contact zones in the trilling chorus frogs (Pseudacris). Molecular
Phylogenetics and Evolution, 44(3), 1068–1082. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2007.04.010
Mächler, E., Deiner, K., Spahn, F., & Altermatt, F. (2016). Fishing in the water: effect of sampled water volume on environmental DNA-based detection of macroinvertebrates. Environmental Science and Technology,
50(1), 305–312. https://doi.org/10.1021/acs.est.5b04188
MacKenzie, D. I., & Bailey, L. L. (2004). Assessing the fit of site-occupancy models. Journal of Agricultural,
Biological, and Environmental Statistics, 9(3), 300–318. https://doi.org/10.1198/108571104X3361
MacKenzie, D. I., Nichols, J. D., Hines, J. E., Knutson, M. G., & Franklin, A. B. (2003). Estimating site occupancy, colonization, and local extinction when a species is detected imperfectly. Ecology, 84(8), 2200–2207. https://doi.org/10.1890/02-3090
MacKenzie, D. I., Nichols, J. D., Lachman, G. B., Droege, S., Royle, A. J., & Langtimm, C. A. (2002). Estimating site occupancy rates when detection probabilities are less than one. Ecology, 83(8), 2248– 2255. https://doi.org/10.1890/0012-9658(2002)083[2248:ESORWD]2.0.CO;2
Mackenzie, D. I., & Royle, J. A. (2005). Designing occupancy studies: general advice and allocating survey effort. Journal of Applied Ecology, 42(6), 1105–1114. https://doi.org/10.1111/j.1365-2664.2005.01098.x Marzluff, J. M., Shulenberger, E., Endlicher, W., Alberti, M., Bradley, G., Ryan, C., … ZumBrunnen, C. (2008).
An international perspective on the interaction between humans and nature. New York, NY: Springer.
Mazerolle, M. J., Bailey, L. L., Kendall, W. L., Andrew Royle, J., Converse, S. J., & Nichols, J. D. (2007). Making great leaps forward: accounting for detectability in herpetological field studies. Journal of
Mazerolle, M. J., & Desrochers, A. (2005). Landscape resistance to frog movements. Canadian Journal of
Zoology, 83(3), 455–464. https://doi.org/10.1139/Z05-032
Mazerolle, M. J., Desrochers, A., & Rochefort, L. (2005). Landscape characteristics influence pond occupancy by frogs after accounting for detectability. Ecological Applications, 15(3), 824–834.
https://doi.org/10.1890/04-0502
McMenamin, S. K., Hadly, E. A., & Wright, C. K. (2008). Climatic change and wetland desiccation cause amphibian decline in Yellowstone National Park. Proceedings of the National Academy of Sciences of
the United States of America, 105(44), 16988–16993. https://doi.org/10.1073/pnas.0809090105